Optimization of the RNeasy Mini Kit to obtain high-quality total RNA from sessile cells of Staphylococcus aureus

Biofilm formed by Staphylococcus aureus is considered an important virulence trait in the pathogenesis of infections associated with implantable medical devices. Gene expression analyses are important strategies for determining the mechanisms involved in production and regulation of biofilm. Obtaining intact RNA preparations is the first and most critical step for these studies. In this article, we describe an optimized protocol for obtaining total RNA from sessile cells of S. aureus using the RNeasy Mini Kit. This method essentially consists of a few steps, as follows: 1) addition of acetone-ethanol to sessile cells, 2) lysis with lysostaphin at 37°C/10 min, 3) vigorous mixing, 4) three cycles of freezing and thawing, and 5) purification of the lysate in the RNeasy column. This simple pre-kit procedure yields high-quality total RNA from planktonic and sessile cells of S. aureus.

An investigation into differences between indoleacetic acid and fusicoccin in their influence on RNA synthesis, protein synthesis and growth in Avena coleoptile tissue

Growth stimulation of Avena coleoptile tissue by indoleacetic acid (IAA) and fusicoccin (FC) was compared by measuring both their influence on RNA and protein synthesis during IAA or FC stimulated growth. FC stimulated growth more than IAA during the initial four hour exposure, after which the growth rate gradually declined to the control rate. FC, but not IAA, increased the uptake of 3H-Ieucine into tissue and the specific radioactivity of extracted protein. Cycloheximide inhibited the incorporation of 3H-Ieucine into protein by approximately 60% to 70% in all cases. In the presence of cycloheximide 3H-radioactivity accumulated in FC-treated tissue, whereas IAA did not seem to influence 3H-accumulation. These results suggest that FC stimulated leucine uptake into the tissue and that increased specific activity of coleoptile protein is due to increased leucine uptake, not an increased rate of protein synthesis. There was no measurable influence of IAA and/or FC on RNA and protein synthesis during the initial hours of a growth stimulation. Inhibitors of RNA and protein synthesis, actinomycin D and cycloheximide, respectively, severely inhibited IAA enhanced growth but only partially inhibited FC stimulated growth. The data are consistent with suggestions that a rapidly turning over protein participates in IAA stimulated growth, and that a continual synthesis of RNA and proteins is an absolute requirement for a long term growth response to IAA. On the contrary, FC-stimulated growth exhibited less dependency on the transcription and translation processes. The data are consistent with proposals suggesting different sites of action for FC and IAA stimulated growth. l?hen compared to CO2-free air, CO2 at 300 ppm had no significant influence on coleoptile growth and protein synthesis in the presence or absence of lAA or FC. Also, I mM malate, pH 6.0 did not influence growth of coleoptiles in the presence or absence of lAA. This result was obtained despite reports indicating that 300 ppm CO2 or I mM malate stimulates growth and protein synthesis. This lack of difference between CO2-treated and untreated tissue could indicate either that the interstitial space CO2 concentration is not actually different in the two treatments due to significant endogenous respiratory CO2 or else the data would suggest a very loose coupling between dark CO2 fixation and growth. IAA stimulated the in vivo fixation of 14c-bicarbonate (NaHI4c03) by about 25% and the addition of cycloheximide caused an inhibition of bicarbonate fixation within 30 min. Cycloheximide has also been reported to inhibit IAA-stimulated H+ excretion. These data are consistent with the acid growth theory and suggest that lAA stimulated growth involves dark CO2 fixation. The roles of dark CO2 fixation in lAA-stimulated growth are discussed.

(A) Optimization of solid body phase synthesis of RNA using the Cpep chemistry. (B) Synthesis of BODIPY labeled oligonucleotides

(A) Solid phase synthesis of oligonucleotides are well documented and are extensively studied as the demands continue to rise with the development of antisense, anti-gene, RNA interference, and aptamers. Although synthesis of RNA sequences faces many challenges, most notably the choice of the 2' -hydroxy protecting group, modified 2' -O-Cpep protected ribonucleotides were synthesized as alternitive building blocks. Altering phosphitylation procedures to incorporate 3' -N,N-diethyl phosphoramidites enhanced the overall reactivity, thus, increased the coupling efficiency without loss of integrety. Furthermore, technical optimizations of solid phase synthesis cycles were carried out to allow for successful synthesis of a homo UIO sequences with a stepwise coupling efficiency reaching 99% and a final yield of 91 %. (B) Over the past few decades, dipyrrometheneboron difluoride (BODIPY) has gained recognition as one of the most versatile fluorophores. Currently, BODIPY labeling of oligonucleotides are carried out post-synthetically and to date, there lacks a method that allows for direct incorporation of BODIPY into oligonucleotides during solid phase synthesis. Therefore, synthesis of BODIPY derived phosphoramidites will provide an alternative method in obtaining fluorescently labelled oligonucleotides. A method for the synthesis and incorporation of the BODIPY analogues into oligonucleotides by phosphoramidite chemistry-based solid phase DNA synthesis is reported here. Using this approach, BODIPY-labeled TlO homopolymer and ISIS 5132 were successfully synthesized.

Papel de la región 3'UTR en la acumulación del RNA mensajero de VEGF-D en células PC12 que expresan constitutivamente el oncogen wnt-1

Tesis (Maestría en Ciencias con Especialidad en Biología Molecular e Ingeniería Genética) UANL

Inhibición por plomo de la síntesis in vitro de RNA de placenta humana desarrollo de un modelo experimental

Tesis (Maestro en Ciencias) U.A.N.L.

Detección y caracterización de la actividad de RNA polimerasa de la cepa PZ de Entamoeba invedens

Tesis (Maestría en Ciencias con especialidad en Biología Celular) U.A.N.L.

Obtención del DNA complementario al RNA mensajero de la hormona de crecimiento bovina [por] Felipe Amaya Manzanares.

Tesis ( Maestro en Ciencias con Especialidad en Biología Molecular e Ingeniería Genética) U.A.N.L.

RNA total de trofozoítos y quistes de entamoeba histolytica cultivados en presencia de extractos metanólicos de plantas con potencial amebicida.

Tesis (Maestro en Ciencias con acentuación en Microbiología) UANL, 2014.

Inhibición por plomo de la síntesis in vitro de RNA

UANL

Aislamiento de RNA mensajeros que codifican antígenos recombinantes desplegados diferencialmente en estados viruliento y no virulento por Entamoeba Histolytica

Tesis ( Doctorado en Ciencias con Especialidad en Biotecnología) UANL

Étude de l’activité de Staufen1 dans la régulation traductionnelle de certains ARNm

Le transport et la traduction localisée des ARN messagers sont observés chez plusieurs organismes et sont requis pour de multiples phénomènes tels la mémoire, la division cellulaire asymétrique et l’établissement des axes durant le développement. Staufen, une protéine liant l’ARN double-brin, a été identifié dans un premier temps chez la mouche à fruits Drosophila melanogaster. Il a été montré, chez cet organisme, que Staufen est requis pour la localisation des messagers bicoid et oskar aux pôles antérieur et postérieur de l’ovocyte, respectivement. Également, Staufen est requis afin que la répression traductionnelle du messager oskar soit levée une fois qu’il est bien localisé. Chez les mammifères, Stau1 est une protéine ubiquiste qui est présente dans des complexes prenant la forme de granules dans les dendrites des neurones. Également, Stau1 peut interagir de façon indépendante de l’ARN avec le ribosome et cofractionner tant avec la sous-unité 40S qu’avec la sous-unité 60S du ribosome dans un gradient de saccharose. L’implication de Stau1 dans un mécanisme permettant la dérépression traductionnelle de certains ARNm chez les mammifères était donc une voie d’investigation intéressante. Nous avons donc décidé de vérifier si Stau1 mammifère avait la capacité de stimuler la traduction d’un ARNm cellulaire via un mécanisme régulé. Au moment où cette thèse a été entreprise, aucun ARNm cellulaire lié par Stau1 n’avait été identifié chez les mammifères. Des structures d’ARN double-brin ont donc été employées afin de réprimer la traduction d’un ARNm rapporteur. C’est ainsi que nous avons montré que Stau1 peut stimuler la traduction d’un ARNm lorsqu’il lie celui-ci dans sa région 5’ non-traduite. Par la suite, en employant des micropuces d’ADN, nous avons identifié des messagers cellulaires dont la distribution dans les polysomes lourds est modifiée par Stau1. En effet, un groupe de messagers est enrichi dans les polysomes lourds suite à une surexpression de Stau1, ce qui suggère que Stau1 stimule la traduction de cette population d’ARNm. Afin d’identifier un mécanisme potentiel de régulation de l’activité traductionnelle de Stau1, nous nous sommes intéressés à la capacité d’auto-association de cette protéine. Nous avons montré que Stau1, tout comme plusieurs protéines liant l’ARN double-brin, est en mesure de s’associer à lui-même, et ce, d’une façon indépendante de l’ARN. Nous avons identifié les déterminants impliqués mettant ainsi au jour un nouveau mécanisme pouvant influencer les activités cellulaires de Stau1. Les résultats présentés dans cette thèse suggèrent donc que Stau1 est en mesure de stimuler la traduction d’une sous-population précise d’ARN messagers au sein de la cellule permettant ainsi de jeter un regard nouveau sur l’implication de cette protéine dans divers phénomènes au sein de l’organisme.

Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery

La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription.