Assembling genes from predicted exons in linear time with dynamic programming

In a number of programs for gene structure prediction in higher eukaryotic genomic sequences, exon prediction is decoupled from gene assembly: a large pool of candidate exons is predicted and scored from features located in the query DNA sequence, and candidate genes are assembled from such a pool as sequences of nonoverlapping frame-compatible exons. Genes are scored as a function of the scores of the assembled exons, and the highest scoring candidate gene is assumed to be the most likely gene encoded by the query DNA sequence. Considering additive gene scoring functions, currently available algorithms to determine such a highest scoring candidate gene run in time proportional to the square of the number of predicted exons. Here, we present an algorithm whose running time grows only linearly with the size of the set of predicted exons. Polynomial algorithms rely on the fact that, while scanning the set of predicted exons, the highest scoring gene ending in a given exon can be obtained by appending the exon to the highest scoring among the highest scoring genes ending at each compatible preceding exon. The algorithm here relies on the simple fact that such highest scoring gene can be stored and updated. This requires scanning the set of predicted exons simultaneously by increasing acceptor and donor position. On the other hand, the algorithm described here does not assume an underlying gene structure model. Indeed, the definition of valid gene structures is externally defined in the so-called Gene Model. The Gene Model specifies simply which gene features are allowed immediately upstream which other gene features in valid gene structures. This allows for great flexibility in formulating the gene identification problem. In particular it allows for multiple-gene two-strand predictions and for considering gene features other than coding exons (such as promoter elements) in valid gene structures.

Informática em enfermagem: desenvolvimento de software livre com aplicação assistencial e gerencial

O presente estudo teve como objetivo desenvolver um sistema de informação em enfermagem com aplicação na assistência de enfermagem e no gerenciamento do serviço. O SisEnf - Sistema de Informação em Enfermagem - é um software livre composto pelo módulo assistencial de enfermagem: histórico, exame clínico e plano de cuidados; o módulo gerencial compõe-se de: escala de serviço, gestão de pessoal, indicadores hospitalares e outros elementos. O sistema foi implementado na Clínica Médica do Hospital Universitário Lauro Wanderley, da Universidade Federal da Paraíba. Tendo em vista a necessidade de aproximação entre usuário e desenvolvedor, e a constante mudança de requisitos funcionais durante o processo iterativo, foi adotado o método do processo unificado. O SisEnf foi desenvolvido sobre plataforma WEB e com emprego de software livre. Portanto, o trabalho desenvolvido procurou auxiliar o processo de trabalho da enfermagem que agora terá oportunidade de incorporar a tecnologia da informação na sua rotina de trabalho.

Construção e avaliação de software educacional sobre cateterismo urinário de demora

Tratando-se de uma era na qual a informação constitui abertura concernente aos benefícios que dela advêm, o campo da informática em enfermagem ganha seu momento. Este estudo teve como objetivo construir um software educativo para o ensino-aprendizado da técnica de cateterismo urinário de demora e comparar a apreensão do conhecimento sobre a técnica de cateterismo urinário de demora antes e após a aplicação de um software educativo. Pesquisa descritiva de abordagem quantitativa tendo como fundamentação pedagógica na construção do software as teorias de Piaget e Vygotsky. Posteriormente, avaliou-se o processo ensino-aprendizagem através de um questionário composto por 10 questões de múltipla escolha, anterior à utilização do software, e o mesmo teste após o manuseio do software, resolvidos por 60 alunos participantes. Os dados obtidos demonstraram significativa contribuição do software após a aplicação do mesmo, sendo bastante útil no processo ensino-aprendizagem.

Free-and open source software for a course on network management: authoring and enactment of scripts based on collaborative learning strategies

This paper describes a Computer-Supported Collaborative Learning (CSCL) case study in engineering education carried out within the context of a network management course. The case study shows that the use of two computing tools developed by the authors and based on Free- and Open-Source Software (FOSS) provide significant educational benefits over traditional engineering pedagogical approaches in terms of both concepts and engineering competencies acquisition. First, the Collage authoring tool guides and supports the course teacher in the process of authoring computer-interpretable representations (using the IMS Learning Design standard notation) of effective collaborative pedagogical designs. Besides, the Gridcole system supports the enactment of that design by guiding the students throughout the prescribed sequence of learning activities. The paper introduces the goals and context of the case study, elaborates onhow Collage and Gridcole were employed, describes the applied evaluation methodology, anddiscusses the most significant findings derived from the case study.

Swain: Stata module to correct the SEM chi-square overidentification test in small sample sizes or complex models. Statistical Software Components S457617, Boston College Department of Economics.

Swain corrects the chi-square overidentification test (i.e., likelihood ratio test of fit) for structural equation models whethr with or without latent variables. The chi-square statistic is asymptotically correct; however, it does not behave as expected in small samples and/or when the model is complex (cf. Herzog, Boomsma, & Reinecke, 2007). Thus, particularly in situations where the ratio of sample size (n) to the number of parameters estimated (p) is relatively small (i.e., the p to n ratio is large), the chi-square test will tend to overreject correctly specified models. To obtain a closer approximation to the distribution of the chi-square statistic, Swain (1975) developed a correction; this scaling factor, which converges to 1 asymptotically, is multiplied with the chi-square statistic. The correction better approximates the chi-square distribution resulting in more appropriate Type 1 reject error rates (see Herzog & Boomsma, 2009; Herzog, et al., 2007).

Dimensionamento informatizado de profissionais de enfermagem: avaliação de um software

A complexidade para operacionalizar o método de dimensionamento de profissionais de enfermagem, diante das inúmeras variáveis relativas à identificação da carga de trabalho, do tempo efetivo de trabalho dos profissionais e do Índice de Segurança Técnica (IST), evidenciou a necessidade de desenvolver um software, denominado: Dimensionamento Informatizado de Profissionais de Enfermagem (DIPE). Este estudo exploratório descritivo teve como objetivo avaliar a qualidade técnica e o desempenho funcional do DIPE. Participaram como sujeitos da pesquisa dezoito avaliadores, sendo dez enfermeiros docentes ou enfermeiros gerentes de unidades de saúde hospitalar e oito especialistas em informática em saúde. A avaliação do software baseou-se na norma NBR ISO/IEC 9126-1, considerando as características funcionalidade, confiabilidade, usabilidade, eficiência e ma­nutenibilidade. A avaliação do software obteve resultados positivos, sobre os quais os avaliadores concordaram em todas as características avaliadas. As sugestões relatadas serão importantes para a proposição de melhorias e aprimoramento do DIPE.

Desenvolvimento e avaliação de um software que verifica a acurácia diagnóstica

Este artigo descreve o desenvolvimento e avaliação de um software que verifica a acurácia diagnóstica de alunos de enfermagem. O software foi baseado num modelo que utiliza conceitos da lógica fuzzy, em PERL, banco de dados MySQL para acesso pela internet e a classificação NANDA-I 2007-2008. Avaliou-se a qualidade técnica e a usabilidade do software utilizando instrumentos específicos. A atividade proposta no software possui quatro etapas nas quais o aluno estabelece valores de relação entre diagnósticos de enfermagem, características definidoras/fatores de risco e casos clínicos. Os valores de relação determinados pelo aluno são comparados aos de especialistas, gerando escores de desempenho para o aluno. Na avaliação, o software atendeu satisfatoriamente as necessidades de qualidade técnica e, segundo os alunos, trouxe benefícios ao aprendizado, podendo transformar-se em uma ferramenta educacional no ensino do diagnóstico de enfermagem.

Diseño, implementación y evaluación de un juego educativo basado en puzles con scaffolding orientado a la programación

Existe una falta de interés por parte de los estudiantes en el área de las Tecnologías de la Información y la Comunicación (TIC) que se ve reflejada en el descenso de las matriculaciones en este ámbito. El uso de metodologías de aprendizaje basadas en el Constructivismo combinadas con tecnología software, se ha observado que es una buena solución para afrontar dicha falta de interés. Sin embargo, actualmente no existen aplicaciones software que implementen estas metodologías pedagógicas y que proporcionen a los estudiantes los mecanismos de ayuda necesarios (Scaffolding) para darles soporte durante el aprendizaje de conceptos TIC. Una posible solución a este problema es el uso de juegos educativos, los cuáles implementarán técnicas de Scaffolding que den el soporte necesario al estudiante para alcanzarlos objetivos de aprendizaje fijados. Por tanto, en este proyecto se diseñará e implementará un juego educativo basado en puzles orientado a la Programación que estará basado en un método aprendizaje basado en el Constructivismo en el que el estudiante construye su propio conocimiento. Una vez implementado, será evaluado en un centro escolar por parte deestudiantes de últimos cursos de ESO o Bachillerato.

Taajuusmuuttajien suorituskyvyn automaattinen testausympäristö

Tämä insinöörityö tehtiin ABB Oy, Drivesin Product AC -tulosyksikön tuotekehitysosastolle Helsingissä. Työssä kehitettiin taajuusmuuttajien suorituskyvyn automaattinen testausympäristö. ABB:n taajuusmuuttajien suorituskykytestejä ei ole aikaisemmin automatisoitu. Testit on tehty käsin ja niiden suorittamiseen ja tulosten käsittelyyn on kulunut paljon aikaa. Automaattisella testauksella pyrittiin testien suorittamiseen ja tulosten käsittelyyn kuluvan ajan huomattavaan pienentymiseen. Työssä ei ollut tarkoituksena tehdä suorituskykytestejä vaan kehittää automaattinen testausympäristö eli suorituskykytestipenkki, jossa suorituskykytestit on mahdollista suorittaa. Työssä keskityttiin taajuusmuuttajan nopeus- ja momenttisäätäjien suorituskykyyn. Työ toteutettiin suunnittelu- ja ohjelmointityönä. Testausympäristön laitteisto perustuu ABB:n tuotekehityslaboratorioiden olemassaoleviin testipaikkoihin. Testausympäristössä käytetään taajuusmuuttajien lisäksi pääasiassa kolmivaiheisia oikosulkumoottoreita. Lisäksi laitteistoon kuuluu ACS800-sarjan taajuusmuuttaja kuormakäyttönä, momenttianturi ja takometri eli kierrosnopeusmittari. Ohjelmointi tehtiin National Instrumentsin LabVIEW-ohjelmointiympäristön versiolla 8.0. Testausympäristön käyttöliittymänä toimii saman yrityksen TestStand-testausohjelmiston versio 3.5. Testattavien taajuusmuuttajien ohjausta ja momenttianturin lukemista varten ohjelmoitiin virtuaali-instrumentteja. Virtuaali-instrumentteja kutsutaan TestStand-testisekvensseistä. Testisekvenssit luodaan TestStandin sekvenssieditorilla ja suoritetaan sekvenssieditorissa tai operaattorin käyttöliittymässä. Työn tuloksena syntyi taajuusmuuttajien suorituskyvyn automaattinen testausympäristö. Testausympäristöä voidaan hyödyntää sekä nykyisen että seuraavan sukupolven taajuusmuuttajien testauksessa. Sillä on mahdollista suorittaa yleisimmät taajuusmuuttajien suorituskykytestit, kuten nopeus- ja momenttisäätöjen staattinen ja dynaaminen tarkkuus, hyvin kattavasti. Testit voidaan automaattisesti suorittaa koko testikäytön sallimalla pyörimisnopeus- ja kuormitusalueella. Näytteenottotaajuus voi olla enintään 1 kHz luettaessa pyörimisnopeutta ACS800-sarjan taajuusmuuttajan kautta ja momenttianturia samanaikaisesti. Virtuaali-instrumenteista koostuvia testisekvenssejä voidaan vapaasti muokata ja kehittää testejä edelleen tai luoda kokonaan uusia testejä. Testausympäristö perustuu teollisuudessa yleisesti käytettyihin ohjelmistoihin ja tarjoaa hyvät mahdollisuudet jatkokehitykselle.

Software CMAP TOOLS® para a construção de mapas conceituais: a avaliação dos estudantes de enfermagem

O mapeamento conceitual (MC) é uma estratégia de ensino que pode ser utilizada para resoluções de casos clínicos, porém de trabalhosa execução manuscrita. O estudo teve por objetivos descrever os desafios e as contribuições do software Cmap Tools® para a construção de mapas conceituais para resolução de caso clínico. Para isso, utilizou-se método descritivo, qualitativo, com estudantes da 3ª série de Graduação em Enfermagem da Universidade Federal de São Paulo. A estratégia de ensino foi aplicada e os dados foram coletados pela técnica do grupo focal. Os resultados evidenciaram que o software facilita e garante a organização, visualização e correlação dos dados, porém com dificuldades iniciais relacionadas ao manejo das ferramentas que dispõe. Concluiu-se que o software Cmap Tools® favoreceu a construção dos MC por seus recursos de formatação e autoformatação e que estratégias de orientação deveriam ser implantadas para a fase inicial de utilização.

Biana: a software framework for compiling biological interactions and analyzing networks

Background: The analysis and usage of biological data is hindered by the spread of information across multiple repositories and the difficulties posed by different nomenclature systems and storage formats. In particular, there is an important need for data unification in the study and use of protein-protein interactions. Without good integration strategies, it is difficult to analyze the whole set of available data and its properties.Results: We introduce BIANA (Biologic Interactions and Network Analysis), a tool for biological information integration and network management. BIANA is a Python framework designed to achieve two major goals: i) the integration of multiple sources of biological information, including biological entities and their relationships, and ii) the management of biological information as a network where entities are nodes and relationships are edges. Moreover, BIANA uses properties of proteins and genes to infer latent biomolecular relationships by transferring edges to entities sharing similar properties. BIANA is also provided as a plugin for Cytoscape, which allows users to visualize and interactively manage the data. A web interface to BIANA providing basic functionalities is also available. The software can be downloaded under GNU GPL license from http://sbi.imim.es/web/BIANA.php.Conclusions: BIANA's approach to data unification solves many of the nomenclature issues common to systems dealing with biological data. BIANA can easily be extended to handle new specific data repositories and new specific data types. The unification protocol allows BIANA to be a flexible tool suitable for different user requirements: non-expert users can use a suggested unification protocol while expert users can define their own specific unification rules.

Análise de riscos e dificuldades no desenvolvimento de software

O trabalho que ora apresentamos tem como tema “ O Ensino da Expressão e Educação Físico-Motora nas Escolas do Ensino Básico de São Lourenço dos Órgãos – Pós – Reforma.” O mesmo tem como horizonte temporal o ano lectivo 2006/07 e abarca as Escolas Básicas do novel Município de São Lourenço dos Órgãos. O ensino da Expressão e Educação Físico – Motora (E.E.F.M.) reveste-se de enorme importância e, nos últimos anos, tem-se emprestado muita atenção a esta área, quer seja a nível planetário, quer seja a nível nacional. Hoje, muitos estudiosos preocupam-se com o ensino desta área e, em consequência procuram fazer algo que permita a promoção da mesma e seja vista como as outras ditas académicas, isto porque todos estão cientes da sua importância e pertinência dentro do sistema escolar. Diante de tudo o que já foi dito e na possibilidade de poder dar um contributo a bem da educação no nosso pais, em geral, e no Município de São Lourenço dos Órgãos, em particular, pretendemos compreender, entretanto, porque é que muitos professores não leccionam ou raras vezes leccionam a área da Expressão e Educação Físico – Motora.

Desenvolupament d’una biblioteca per a la generació de diagrames vectorials basat en l’entorn gràfic de JAVA2D i aplicació d’aquesta biblioteca per a la implementació d’una eina per al desenvolupament de diagrames d’E/R

En aquest projecte es vol implementar una llibreria en Java, que proporcioni leseines necessàries per a crear diagrames i esquemes. Es vol proporcionar a la llibreria unconjunt d’objectes bàsics, també mètodes i funcionalitats suficients per a gestionaraquests objectes. Per altra part, es vol implementar una aplicació per a dissenyar diagrames Entitat-Relació que utilitzi aquesta llibreria

Disseny i construcció d’ un braç de robot de 5 graus de llibertat governat des de PC via USB.

El braç robot es va crear com a resposta a una necessitat de fabricació d’elements mitjançant la producció en cadena i en tasques que necessiten precisió. Hi ha, però, altres tipus de tasques les quals no són repetitives, ni poden ésser programades, que necessiten però ser controlades en tot moment per un ésser humà. Són activitats que han d’estar realitzades per un ésser humà, però que requereixen molta precisió, és per això que es creu necessari el disseny d’un prototipus de control d’un braç robot estàndard, que permeti a una persona el control total sobre aquest en temps real per a la realització d’una tasca no repetitiva i no programable prèviament.Pretenem, en el present projecte, dissenyar i construir un braç robot de 5 graus de llibertat, controlat des d’un PC mitjançant un microcontrolador PIC amb comunicació a través d’un bus USB. El robot serà governat des d’un PC a través d’un software de control específic