Monitoring procalcitonin in febrile neutropenia: what is its utility for initial diagnosis of infection and reassessment in persistent Fever?

Background: Management of febrile neutropenic episodes (FE) is challenged by lacking microbiological and clinical documentation of infection. We aimed at evaluating the utility of monitoring blood procalcitonin (PCT) in FE for initial diagnosis of infection and reassessment in persistent fever.Methods: PCT kinetics was prospectively monitored in 194 consecutive FE (1771 blood samples): 65 microbiologically documented infections (MDI, 33.5%; 49 due to non-coagulase-negative staphylococci, non-CNS), 68 clinically documented infections (CDI, 35%; 39 deep-seated), and 61 fever of unexplained origin (FUO, 31.5%).Results: At fever onset median PCT was 190 pg/mL (range 30-26'800), without significant difference among MDI, CDI and FUO. PCT peak occurred on day 2 after onset of fever: non-CNS-MDI/deep-seated-CDI (656, 80-86350) vs. FUO (205, 33-771; p<0.001). PCT >500 pg/mL distinguished non-CNS-MDI/deep-seated-CDI from FUO with 56% sensitivity and 90% specificity. PCT was >500 pg/ml in only 10% of FUO (688, 570-771). A PCT peak >500 pg/mL (1196, 524-11950) occurred beyond 3 days of persistent fever in 17/21 (81%) invasive fungal diseases (IFD). This late PCT peak identified IFD with 81% sensitivity and 57% specificity and preceded diagnosis according to EORTC-MSG criteria in 41% of cases. In IFD responding to therapy, median days to PCT <500 pg/mL and defervescence were 5 (1-23) vs. 10 (3-22; p = 0.026), respectively.Conclusion: While procalcitonin is not useful for diagnosis of infection at onset of neutropenic fever, it may help to distinguish a minority of potentially severe infections among FUOs on day 2 after onset of fever. In persistent fever monitoring procalcitonin contributes to early diagnosis and follow-up of invasive mycoses

Resolving the ortholog conjecture: orthologs tend to be weakly, but significantly, more similar in function than paralogs.

The function of most proteins is not determined experimentally, but is extrapolated from homologs. According to the "ortholog conjecture", or standard model of phylogenomics, protein function changes rapidly after duplication, leading to paralogs with different functions, while orthologs retain the ancestral function. We report here that a comparison of experimentally supported functional annotations among homologs from 13 genomes mostly supports this model. We show that to analyze GO annotation effectively, several confounding factors need to be controlled: authorship bias, variation of GO term frequency among species, variation of background similarity among species pairs, and propagated annotation bias. After controlling for these biases, we observe that orthologs have generally more similar functional annotations than paralogs. This is especially strong for sub-cellular localization. We observe only a weak decrease in functional similarity with increasing sequence divergence. These findings hold over a large diversity of species; notably orthologs from model organisms such as E. coli, yeast or mouse have conserved function with human proteins.

Balanço de água no volume de solo explorado pelo sistema radicular de uma planta de citros

A produtividade das culturas agrícolas, associada às condições climáticas e edáficas, depende da disponibilidade de água e nutrientes no solo em época e quantidades apropriadas. A falta ou excesso de água no solo são fatores limitantes ao crescimento vegetal e podem diminuir a produtividade. Portanto, estudos que levem a um melhor entendimento de como a água se comporta na zona radicular de uma cultura agrícola no campo são de importância indiscutível ao adequado manejo agrícola. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o método do balanço de água no solo aplicado ao volume de solo explorado pelo sistema radicular de uma planta de citros, considerando cinco profundidades de solo e cinco distâncias horizontais do tronco em duas direções a partir do tronco (uma ao longo e outra perpendicular à linha de plantas) e, então, verificar a contribuição de cada uma das camadas de solo avaliadas à evapotranspiração real da planta. O experimento foi realizado num Latossolo Vermelho-Amarelo distrófico argissólico em um pomar de citros, no município de Piracicaba (SP), durante dois períodos, um seco (40 dias) e um chuvoso (37 dias). Para atender ao objetivo proposto, um conjunto de 25 tensiômetros (cinco profundidades x cinco distâncias do tronco) foi instalado ao longo da linha e um outro, idêntico, perpendicular à linha, em direção à entrelinha. A armazenagem foi calculada a partir das leituras dos dois conjuntos de 25 tensiômetros cujos potenciais mátricos determinados foram convertidos em umidades volumétricas pelas curvas de retenção da água no solo. A drenagem interna e a ascensão capilar foram estimadas a partir das leituras diárias dos tensiômetros e da função K(fim) (condutividade hidráulica em função do potencial mátrico), por meio da equação de Darcy-Buckingham. Esta função K(fim) para cada profundidade foi determinada pelo método do perfil instantâneo realizado em área adjacente. A precipitação pluvial foi medida por pluviômetro com aquisição automática de dados instalado na área. Os resultados obtidos mostraram que o método do balanço de água proposto foi adequado para avaliar quanto cada camada de solo da zona radicular da planta contribuiu para o consumo total de água (evapotranspiração real) da planta, nos dois períodos estudados. Nesse sentido, a camada de 0,00 a 0,60 m de profundidade mostrou ser a que a planta deva apresentar maior volume de raízes ativas, de acordo com sua maior contribuição ao consumo de água pela planta.

Estabilidade temporal da distribuição espacial da armazenagem de água em um solo cultivado com citros

O presente trabalho objetivou quantificar e caracterizar a variabilidade espaço-temporal e a estabilidade temporal da armazenagem da água em um Latossolo Amarelo argissólico cultivado com citros. A parcela experimental foi montada em um solo sob uma cultura de citros com 10 anos de idade, consistindo de 40 pontos de observação ao longo de duas transeções, com espaçamento de 4 x 7 m, isto é, duas transeções 1 e 2 (coincidentes com duas linhas de plantas) paralelas e distantes entre si de 7 m e cada uma delas com 20 pontos, separados um do outro de 4 m, delimitando uma área de terreno de dimensões 80 x 14 m (40 plantas). Cada ponto localizava-se no centro da distância entre duas plantas (2 m do tronco) na linha de plantas. Os pontos de observação da transecão 1 foram enumerados de 1 a 20 e os da transecão 2 de 21 a 40 no sentido aposto. Em cada ponto de observação, foi instalado um tubo de acesso à sonda de nêutrons até a profundidade de 1,20 m. As medições foram feitas ao longo de dois anos, em períodos compreendidos entre novembro e julho do ano seguinte, semanalmente. Em cada ponto de observação, foram retiradas amostras de solo com estrutura deformada para a quantificação das frações granulométricas ao longo do perfil. A estabilidade temporal foi observada pelo comportamento dos valores nos 40 pontos ao longo do tempo, os quais mantiveram a sua característica, independentemente do tempo de amostragem, o que pôde ser comprovado por meio do coeficiente de correlação de Pearson utilizado entre datas de observação. Por meio da técnica da diferença relativa, foi possível identificar os pontos que, independentemente de tempo, estimaram a média real do campo, os mais secos e os mais úmidos. O ponto 28 foi escolhido, em decorrência do valor da diferença relativa, como o ponto representativo da média, e identificou-se o ponto 15 como o mais seco e o 05 como o mais úmido.

A protein interaction atlas for the nuclear receptors: properties and quality of a hub-based dimerisation network.

BACKGROUND: The nuclear receptors are a large family of eukaryotic transcription factors that constitute major pharmacological targets. They exert their combinatorial control through homotypic heterodimerisation. Elucidation of this dimerisation network is vital in order to understand the complex dynamics and potential cross-talk involved. RESULTS: Phylogeny, protein-protein interactions, protein-DNA interactions and gene expression data have been integrated to provide a comprehensive and up-to-date description of the topology and properties of the nuclear receptor interaction network in humans. We discriminate between DNA-binding and non-DNA-binding dimers, and provide a comprehensive interaction map, that identifies potential cross-talk between the various pathways of nuclear receptors. CONCLUSION: We infer that the topology of this network is hub-based, and much more connected than previously thought. The hub-based topology of the network and the wide tissue expression pattern of NRs create a highly competitive environment for the common heterodimerising partners. Furthermore, a significant number of negative feedback loops is present, with the hub protein SHP [NR0B2] playing a major role. We also compare the evolution, topology and properties of the nuclear receptor network with the hub-based dimerisation network of the bHLH transcription factors in order to identify both unique themes and ubiquitous properties in gene regulation. In terms of methodology, we conclude that such a comprehensive picture can only be assembled by semi-automated text-mining, manual curation and integration of data from various sources.

Variações espectrais em solos submetidos à aplicação de torta de filtro

Este trabalho teve por objetivo avaliar as alterações nas curvas espectrais de solos submetidos à aplicação da torta de filtro. Foi usado um espectrorradiômetro operando na faixa espectral entre 450 e 2.500 nm, em condições de laboratório. Amostras de quatro classes de solos, Latossolo Vermelho distrófico típico (LVd), Latossolo Vermelho distróférrico típico (LVdf), Argissolo Vermelho distrófico típico(PVd) e Cambissolo Háplico alumínico típico (CXa) foram subdivididas em subamostras que receberam tratamentos equivalentes a 0, 40 e 80 t ha-1 de torta de filtro, subproduto da produção de açúcar e álcool. A reflectância espectral dessas amostras foi obtida pelo espectrorradiômetro FieldSpec. A alteração da reflectância do solo com a aplicação da torta de filtro mostrou-se mais evidente nos solos arenosos, proporcionando redução na curva espectral com aumento da dose aplicada por causa do elemento matéria orgânica. Para o LVd, a intensidade de reflectância aumentou com a aplicação de torta de filtro, atribuída, nesse caso, ao Ca, cuja refletividade mascarou o efeito da matéria orgânica.

Meta-analysis of estrogen response in MCF-7 distinguishes early target genes involved in signaling and cell proliferation from later target genes involved in cell cycle and DNA repair.

ABSTRACT: BACKGROUND: Many studies have been published outlining the global effects of 17 beta-estradiol (E2) on gene expression in human epithelial breast cancer derived MCF-7 cells. These studies show large variation in results, reporting between ~100 and ~1500 genes regulated by E2, with poor overlap. RESULTS: We performed a meta-analysis of these expression studies, using the Rank product method to obtain a more accurate and stable list of the differentially expressed genes, and of pathways regulated by E2. We analyzed 9 time-series data sets, concentrating on response at 3-4 hrs (early) and at 24 hrs (late). We found >1000 statistically significant probe sets after correction for multiple testing at 3-4 hrs, and >2000 significant probe sets at 24 hrs. Differentially expressed genes were examined by pathway analysis. This revealed 15 early response pathways, mostly related to cell signaling and proliferation, and 20 late response pathways, mostly related to breast cancer, cell division, DNA repair and recombination. CONCLUSIONS: Our results show that meta-analysis identified more differentially expressed genes than the individual studies, and that these genes act together in networks. These results provide new insight into E2 regulated mechanisms, especially in the context of breast cancer.

Evapotranspiração real de uma cultura de laranja em produção num Latossolo Vermelho-Amarelo

A disponibilidade de água e de nutrientes no solo em épocas e quantidades apropriadas, associada às condições edáficas e climáticas, é fator de indiscutível relevância à produção das culturas. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a evapotranspiração real de uma cultura de laranja, analisar sua variabilidade e verificar a influência deste processo de saída de água do solo na produtividade da cultura. O experimento foi realizado no município de Piracicaba (SP), num Latossolo Vermelho-Amarelo distrófico argissólico, e a evapotranspiração real foi avaliada pelo método do balanço de água no solo em 40 pontos correspondentes a 40 plantas de duas linhas adjacentes com 20 plantas cada. A cultura de laranja, plantada num espaçamento de 7 x 4 m (7 m entre linhas por 4 m entre plantas na linha), tinha 11 anos de idade. Em cada ponto, localizado na projeção da copa (2 m do tronco) de cada uma das 40 plantas ao longo da linha, foram instalados um tubo de Al até à profundidade de 1,2 m para acesso de uma sonda de nêutrons e três tensiômetros às profundidades de 1,0, 1,1 e 1,2 m. A variação da armazenagem de água no solo foi determinada a partir de leituras semanais da sonda de nêutrons. A precipitação pluvial, medida por meio de um pluviômetro com aquisição automática de dados, foi considerada normal para o período monitorado. A drenagem interna e a ascensão capilar foram estimadas pela equação de Darcy-Buckingham, a partir de leituras diárias dos três tensiômetros e da condutividade hidráulica determinada na profundidade de controle (1,1 m) em função do potencial mátrico pelo método do perfil instantâneo. A irrigação e os deflúvios foram inexistentes e a evapotranspiração real da cultura foi calculada pela diferença entre a variação de armazenagem e a soma algébrica dos outros processos avaliados. O balanço foi efetuado durante um ciclo anual da cultura de laranja, dividido em 14 períodos. Nesses 14 períodos de monitoramento, a evapotranspiração real foi analisada com base nos métodos da estatística descritiva e exploratória de dados, obtendo-se um coeficiente de variação médio desses 14 períodos de 16 %. Foi de 1.271 mm a evapotranspiração real anual desta comunidade de plantas cujos valores diários variaram de 0,4 a 8,4 mm. A eficiência de utilização da água ou a razão entre a produtividade e a evapotranspiração real por planta durante o período monitorado variou de 1,57 a 4,52 kg m-3; verificou-se que as plantas com maior produção estavam entre aquelas com maior evapotranspiração real.

Gene loss and evolutionary rates following whole-genome duplication in teleost fishes.

Teleost fishes provide the first unambiguous support for ancient whole-genome duplication in an animal lineage. Studies in yeast or plants have shown that the effects of such duplications can be mediated by a complex pattern of gene retention and changes in evolutionary pressure. To explore such patterns in fishes, we have determined by phylogenetic analysis the evolutionary origin of 675 Tetraodon duplicated genes assigned to chromosomes, using additional data from other species of actinopterygian fishes. The subset of genes, which was retained in double after the genome duplication, is enriched in development, signaling, behavior, and regulation functional categories. The evolutionary rate of duplicate fish genes appears to be determined by 3 forces: 1) fish proteins evolve faster than mammalian orthologs; 2) the genes kept in double after genome duplication represent the subset under strongest purifying selection; and 3) following duplication, there is an asymmetric acceleration of evolutionary rate in one of the paralogs. These results show that similar mechanisms are at work in fishes as in yeast or plants and provide a framework for future investigation of the consequences of duplication in fishes and other animals.

Avaliação espaço-temporal das armazenagens gravimétrica e volumétrica da água num Latossolo com citros

A estabilidade temporal é descrita como a persistência temporal de um padrão espacial e é avaliada pela análise de correlação de medidas em datas sucessivas. Neste trabalho, foi avaliada a armazenagem de água no solo em duas transeções de 76 m cada, contendo 20 pontos em cada uma. em um Latossolo Vermelho-Amarelo argissólico cultivado com citros com 11 anos em Piracicaba/SP. A umidade do solo para determinação da armazenagem, na camada de 0,00-1,10 m, ao longo do tempo, foi obtida com uma sonda de nêutrons, calibrada para o solo em estudo, realizando leituras semanais às profundidades de 0,20, 0,40, 0,60, 0,80, 1,0 e 1,10 m. A armazenagem de água no solo foi determinada utilizando-se o método de Simpson. Os dados da armazenagem média de água no solo nos três anos de estudo mostraram que sua distribuição, ao longo do tempo, apresentou comportamento semelhante e que os coeficientes de correlação linear e de posição de Spearman foram altos entre o ano 1 e o ano 2, o ano 2 e o ano 3 e o ano 1 e o ano 3, indicando existência de estabilidade temporal e persistência temporal significativa do padrão espacial observado. Foi verificada dependência espacial moderada de 17,10 m pelo semivariograma exponencial. Pela técnica da diferença relativa, os pontos que apresentaram comportamento estável no tempo foram o ponto 29, para os anos 1 e 2, e os pontos 16, 29 e 39, para o ano 3, que podem ser usados para estimar com segurança a armazenagem média de água no solo. O ponto 29 foi o que se apresentou estável para os três anos de estudo, sendo, portanto, o mais recomendável tanto para a armazenagem gravimétrica como para a volumétrica.

First report of Diuraphis (Holcaphis) frequens as a pest of wheat in Finland

Selostus: Diuraphis frequens -kirva vehnässä

Serum androgen levels in elite female athletes.

OBJECTIVE: Prior to the implementation of the blood steroidal module of the Athlete Biological Passport, we measured the serum androgen levels among a large population of high-level female athletes as well as the prevalence of biochemical hyperandrogenism and some disorders of sex development (DSD). METHODS AND RESULTS: In 849 elite female athletes, serum T, dehydroepiandrosterone sulphate, androstenedione, SHBG, and gonadotrophins were measured by liquid chromatography-mass spectrometry high resolution or immunoassay. Free T was calculated. The sampling hour, age, and type of athletic event only had a small influence on T concentration, whereas ethnicity had not. Among the 85.5% that did not use oral contraceptives, 168 of 717 athletes were oligo- or amenorrhoic. The oral contraceptive users showed the lowest serum androgen and gonadotrophin and the highest SHBG concentrations. After having removed five doped athletes and five DSD women from our population, median T and free T values were close to those reported in sedentary young women. The 99th percentile for T concentration was calculated at 3.08 nmol/L, which is below the 10 nmol/L threshold used for competition eligibility of hyperandrogenic women with normal androgen sensitivity. Prevalence of hyperandrogenic 46 XY DSD in our athletic population is approximately 7 per 1000, which is 140 times higher than expected in the general population. CONCLUSION: This is the first study to establish normative serum androgens values in elite female athletes, while taking into account the possible influence of menstrual status, oral contraceptive use, type of athletic event, and ethnicity. These findings should help to develop the blood steroidal module of the Athlete Biological Passport and to refine more evidence-based fair policies and recommendations concerning hyperandrogenism in female athletes.

Are 10 min of seating enough to guarantee stable haemoglobin and haematocrit readings for the athlete's biological passport?

Haemoglobin (Hb) and haematocrit (Hct) are measured as indirect markers of doping in athletes. We studied the effect of posture on these parameters in a typical antidoping setting. Venous blood samples were obtained from nine endurance athletes (six males, three females) and nine control subjects (six males, three females) immediately and after 5, 10, 15, 20 and 30 min after having adopted a seated position from normal daily activity. Hb (CV 0.72%) and Hct (CV 0.87%) were determined using an automated cell counter, plasma volume changes were calculated. Differences between the time points, gender and groups were calculated using a mixed-model procedure. Significant changes were observed in the first 10 min after sitting down but no further changes were noted between 10 and 30 min. Mean directional change for Hb and Hct between 0 min and the average of the period from 10 to 30 min was -2.4% (-0.35 g/dl) for Hb and -2.7% (-1.2%) for Hct. Plasma volume increased accordingly. Neither group nor gender had significant effects. Under typical conditions encountered during blood testing in doping control, a period of 10 min in a seated position is sufficient for the vascular volumes to re-equilibrate and to adapt to the new posture.

Grain yield, net blotch and scald of barley in Finnish official variety trials

Selostus: Ohrasato ja verkko- ja rengaslaikku virallisissa lajikekokeissa