Pre-processing for noise detection in gene expression classification data

Due to the imprecise nature of biological experiments, biological data is often characterized by the presence of redundant and noisy data. This may be due to errors that occurred during data collection, such as contaminations in laboratorial samples. It is the case of gene expression data, where the equipments and tools currently used frequently produce noisy biological data. Machine Learning algorithms have been successfully used in gene expression data analysis. Although many Machine Learning algorithms can deal with noise, detecting and removing noisy instances from the training data set can help the induction of the target hypothesis. This paper evaluates the use of distance-based pre-processing techniques for noise detection in gene expression data classification problems. This evaluation analyzes the effectiveness of the techniques investigated in removing noisy data, measured by the accuracy obtained by different Machine Learning classifiers over the pre-processed data.

Resultados preliminares de um algoritmo para ablação de lente de contato personalizada

OBJETIVO: Desenvolver simulação computadorizada de ablação para produzir lentes de contato personalizadas a fim de corrigir aberrações de alta ordem. MÉTODOS: Usando dados reais de um paciente com ceratocone, mensurados em um aberrômetro ("wavefront") com sensor Hartmann-Shack, foram determinados as espessuras de lentes de contato que compensam essas aberrações assim como os números de pulsos necessários para fazer ablação as lentes especificamente para este paciente. RESULTADOS: Os mapas de correção são apresentados e os números dos pulsos foram calculados, usando feixes com a largura de 0,5 mm e profundidade de ablação de 0,3 µm. CONCLUSÕES: Os resultados simulados foram promissores, mas ainda precisam ser aprimorados para que o sistema de ablação "real" possa alcançar a precisão desejada.

Determinação de minoxidil em formulações farmacêuticas usando permanganometria

Um método clássico para a determinação de minoxidil em formulações farmacêuticas é proposto baseado na reação redox entre KMnO4 e o minoxidil. Os melhores resultados na permanganometria foram obtidos usando concentrações de 1,00 x 10-2 mol L-1 para o permanganato. O minoxidil foi usado como titulante na concentração de 2,00 x 10-2 mol L-1 diluído em solução de H2SO4 2,00 mol L-1. As recuperações para método proposto foram da ordem de 94,5 a 95,2 % dependendo da amostra comercial. O método proposto foi aplicado à amostras comerciais contendo minoxidil e comparado com resultados obtidos a partir de procedimentos cromatográficos com erros relativos da ordem de -1 a -5,26%. O procedimento se mostrou simples, rápido e pode ser uma alternativa para a determinação de minoxidil em amostras farmacêuticas, nas quais a concentração do fármaco é relativamente elevada.

Medidas de associação em estudo transversal com delineamento complexo: razão de chances e razão de prevalência

O objetivo deste estudo foi apresentar e discutir a utilização das medidas de associação: razão de chances e razão de prevalências, em dados obtidos de estudo transversal realizado em 2001-2002, utilizando-se amostra estratificada por conglomerados em dois estágios (n=1.958). As razões de chances e razões de prevalências foram estimadas por meio de regressão logística não condicional e regressão de Poisson, respectivamente, utilizando-se o pacote estatístico Stata 7.0. Intervalos de confiança e efeitos do desenho foram considerados na avaliação da precisão das estimativas. Dois desfechos do estudo transversal com diferentes níveis de prevalência foram avaliados: vacinação contra influenza (66,1%) e doença pulmonar referida (6,9%). Na situação em que a prevalência foi alta, as estimativas das razões de prevalência foram mais conservadoras com intervalos de confiança menores. Na avaliação do desfecho de baixa prevalência, não se observaram grandes diferenças numéricas entre as estimações das razões de chances e razões de prevalência e erros-padrão obtidos por uma ou outra técnica. O efeito do desenho maior que a unidade indicou que a amostragem complexa, em ambos os casos, aumentou da variância das estimativas. Cabe ao pesquisador a escolha da técnica e do estimador mais adequado ao seu objeto de estudo, permanecendo a escolha no âmbito epidemiológico.

Vinculação determinística de Bancos de Dados sobre mortalidade por Aids

A vinculação determinística de bancos de dados sobre mortalidade por aids tem apresentado problemas causados por falhas nos arquivos. Assim, os objetivos deste estudo foram: avaliar o desempenho da vinculação determinística em bancos de óbito por aids do Programa de Aprimoramento das Informações de Mortalidade no Município de São Paulo (PRO-AIM) e da Fundação SEADE entre os anos de 2000 e 2004 e estimar a cobertura de cada banco. Utilizou-se a rotina merge de um software para vincular os bancos. A primeira etapa pareou os registros automaticamente e, na segunda etapa, cada banco foi conferido para localizar novos pares. Estimaram-se os óbitos pela soma entre casos pareados e não pareados para calcular a cobertura dos bancos. A primeira etapa da vinculação identificou 91,6% dos pares. A segunda etapa adicionou 457 pares. O total de óbitos foi estimado em 5.855, com cobertura de 97,1% do PRO-AIM e 96% do SEADE. O uso da vinculação determinística cobriu grande parte dos casos. O banco do PRO-AIM proporcionou a maior cobertura, com maior quantidade de informações completas e melhor localização geográfica dos casos.

Análise das metodologias diretas e indiretas para a contagem de células somáticas no leite de cabras hígidas

A particularidade da secreção láctea caprina, do tipo apócrina, diferente da secreção merócrina da vaca, leva a erros de interpretação durante a realização de técnicas de avaliação da celularidade do leite de fêmeas desta espécie. Portanto, o presente trabalho teve o objetivo de determinar a contagem de células somáticas pelo método indireto California Mastitis Test (CMT), e por métodos diretos, incluindo a contagem por citometria de fluxo e a contagem microscópica direta, através da coloração de verde de metil e pironina-Y, além de comparar os métodos de contagem celular. Foram analisadas 102 amostras de 51 fêmeas caprinas, das raças Saanen, Parda Alpina e Toggenburg, criadas no Estado de São Paulo. Os animais foram categorizados segundo a fase da lactação, exame físico da glândula mamária e exame do leite. As amostras foram colhidas, após a realização do exame Califórnia Mastitis Test, em duas alíquotas, uma destinada à contagem celular automática e a outra, a contagem microscópica direta, utilizando-se o corante verde de metil e pironina- Y. De acordo com os diferentes escores do CMT, observou- se 74,5% de amostras negativas, 8,8% de amostras com escore traços, 8,8% de amostras ligeiramente positivas (+), 6,8% de amostras fracamente positivas (++) e 0,9% de amostras fortemente positivas (+++). Os valores medianos das contagens de células somáticas presentes no leite de cabras, avaliadas através de contador automático e microscopia direta, e analisadas de acordo com os diferentes escores do CMT, foram, respectivamente, 181.000, 578.000, 628.000, 1.421.500 e 5.542.000 células/mL de leite e 74.991, 271.396, 71.420, 640.995 e 5.049.394 células/ mL de leite, nos escores negativo, traços, +, ++ e +++. Os valores medianos obtidos através da contagem de células somáticas pelo método automático e microscópico direto, de acordo com as fases de lactação foram de 159.500, 508.000 e 277.500 células/mL de leite, e 62.493, 89.275 e 146.411. A correlação obtida entre a contagem celular automática e microscópica direta foi de 88%. A partir dos resultados observados pode-se concluir que existe diferença na contagem celular determinada através do método automático e microscópico sendo este último o mais adequado para a determinação da celularidade no leite de cabras.

Cobertura de linhas telefônicas residenciais e vícios potenciais em estudos epidemiológicos

OBJETIVO: Estimar o efeito da taxa de cobertura de linhas telefônicas residenciais em potenciais vícios de informação em inquéritos epidemiológicos. MÉTODOS: Foram utilizadas as bases de dados da Pesquisa Nacional por Amostra de Domicílios no período de 1998 a 2003 para a estimativa das taxas de cobertura de linhas telefônicas residenciais nas cinco regiões geográficas brasileiras. Utilizou-se a regressão logística múltipla para identificar os fatores associados à posse de linha telefônica fixa. O impacto do vício nos intervalos com 95% de confiança foi avaliado em função da precisão alcançada em cada situação. RESULTADOS: Nas regiões metropolitanas Sudeste, Sul e Centro-Oeste com 70% e mais de cobertura, os vícios associados foram considerados desprezíveis. Nas demais regiões, os vícios relativos estavam acima do limite aceitável (0,4), indicando possíveis erros nas inferências construídas sob intervalo com 95% de confiança. A chance de acesso à linha telefônica residencial foi maior para população com cor da pele branca e maior escolaridade. CONCLUSÕES: Os achados mostram que o uso de cadastro de linhas telefônicas residenciais é indicado para a realização de inquéritos epidemiológicos apenas para estados com cobertura acima de 70%. Metodologias específicas para o tratamento de estimativas obtidas em localidades com taxas inferiores, precisam ser estudadas e divulgadas

Notificação imprecisa da ingestão energética na dieta de adolescentes

Objetivos: Examinar a prevalência da sub e supernotificação da ingestão energética em adolescentes e seus fatores associados. Métodos: Estudo transversal com 96 adolescentes na pós-puberdade (47 com peso normal e 49 obesos), com idade média de 16,6±1,3 anos. Peso e altura foram medidos e o índice de massa corporal foi calculado. A composição corporal foi avaliada através de absorciometria por raios X de dupla energia. A ingestão de alimentos foi avaliada por meio de um registro alimentar de 3 dias. Realizou-se uma avaliação bioquímica (níveis séricos de colesterol total, LDL, HDL, glicose plasmática e insulina). Os subnotificadores relataram uma ingestão energética < 1,35 x taxa metabólica basal (TMB), enquanto os supernotificadores relataram uma ingestão energética > 2,4 x TMB. Resultados: Notificação imprecisa (sub ou supernotificação) da ingestão energética foi identificada em 65,6 por cento dos adolescentes (64,6 e 1 por cento de sub e supernotificação, respectivamente). Os adolescentes obesos apresentaram 5.0 vezes mais chances de subnotificar a ingestão energética (IC95 por cento 2,0-12,7) do que os participantes com peso normal. Os subnotificadores apresentaram taxas mais altas de ingestão insuficiente de carboidratos (19,3 versus 12,1 por cento, p = 0,046) e de lipídios (11,3 versus 0 por cento, p < 0,001) do que os notificadores plausíveis. A ingestão de colesterol também foi mais baixa entre os subnotificadores (p = 0,017). Não houve diferenças significativas na composição corporal e nos parâmetros bioquímicos em relação à notificação imprecisa. Conclusões: Os resultados obtidos demonstraram alta porcentagem de notificação imprecisa da ingestão energética entre adolescentes, principalmente entre os obesos, o que sugere que os valores de consumo de nutrientes ajustado para o consumo de energia deveriam ser empregados na análise de risco da relação dieta-doença a fim de contribuir para a redução de erros associados à notificação imprecisa

Terminologia de incidentes com medicamentos no contexto hospitalar

Incidentes com medicamentos geram problemas aos pacientes e custos adicionais ao sistema de saúde. A variedade de termos utilizada para comunicá-los propicia divergências nos resultados de pesquisas e confundem notificadores. Objetivou-se revisar os termos utilizados para descrever estes incidentes confrontando-os com as conceituações/definições oficiais disponíveis. Pesquisaram-se as bases PubMed, MEDLINE, IPA e LILACS para selecionar estudos publicados entre janeiro de 1990 e dezembro de 2005. Selecionaram-se 33 publicações. Verificou-se que a terminologia supranacional recomendada para descrever incidentes com medicamentos é insuficiente, mas que há consenso de uso das expressões em função do gênero do incidente. O termo Reação Adversa a Medicamento é mais utilizado quando não se verifica intencionalidade. A expressão Evento Adverso a Medicamento foi mais usada quando se descreviam incidentes durante a hospitalização; e Problema Relacionado a Medicamento foi mais utilizada em estudos que avaliaram atenção/cuidados farmacêuticos (uso/falta do medicamento). Ainda assim, a linha divisória entre essas três categorias não é clara e simples. Futuros estudos das relações entre as categorias e investigações multidisciplinares sobre erro humano podem subsidiar a proposição de novas conceituações

Ultraviolet analysis of donated corneas: a portable prototype

As technology improves human vision, some procedures currently performed may be causing a decrease of the natural UV protection of the cornea. A portable dual beam system prototype was assembled for physicians for clinical studies of these effects on the corneas endowing two types of 300-400 nm evaluations: 1, regularly donated corneas and 2, simulating refractive keratectomy by corneal lamellae removal. The system performs 500 measurements/s, providing +/- 0.25% precision for the transmittance. The measurements performed on the prototype are 95% in agreement with Cary 17 and HR4000CG-UV-NIR Ocean Optics spectrophotometers. Preliminary studies on cadaveric corneas demonstrate that, as the stromal layer is reduced (similar to 150 mu m depth), there is significant loss-an average of 7.1%.-of the cornea's natural UV protection. The prototype is being tested in an eye bank for routine evaluation of donor corneas. (C) 2010 Optical Society of America

Analysis of the tip roundness effects on the micro- and macroindentation response of elastic-plastic materials

In this work, the effects of indenter tip roundness oil the load-depth indentation curves were analyzed using finite element modeling. The tip roundness level was Studied based on the ratio between tip radius and maximum penetration depth (R/h(max)), which varied from 0.02 to 1. The proportional Curvature constant (C), the exponent of depth during loading (alpha), the initial unloading slope (S), the correction factor (beta), the level of piling-up or sinking-in (h(c)/h(max)), and the ratio h(max)/h(f) are shown to be strongly influenced by the ratio R/h(max). The hardness (H) was found to be independent of R/h(max) in the range studied. The Oliver and Pharr method was successful in following the variation of h(c)/h(max) with the ratio R/h(max) through the variation of S with the ratio R/h(max). However, this work confirmed the differences between the hardness values calculated using the Oliver-Pharr method and those obtained directly from finite element calculations; differences which derive from the error in area calculation that Occurs when given combinations of indented material properties are present. The ratio of plastic work to total work (W(p)/W(t)) was found to be independent of the ratio R/h(max), which demonstrates that the methods for the Calculation of mechanical properties based on the *indentation energy are potentially not Susceptible to errors caused by tip roundness.

Near-infrared third-order nonlinearity of PbO-GeO(2) films containing Cu and Cu(2)O nanoparticles

We report measurements of the nonlinear (NL) refractive index n(2) of lead-germanium films (LGFs) containing Cu and Cu(2)O nanoparticles (NPs). The thermally managed eclipse Z-scan technique with 150 fs pulses from a laser operating at 800 nm was used. The NL refractive index measured, n(2)=6.3x10(-12) cm(2)/W has electronic origin and the NL absorption coefficient alpha(2) is smaller than 660 cm/GW. The figure of merit n(2)/lambda alpha(2) is enhanced by more than two orders of magnitude in comparison with the result for the LGFs without the copper based NPs. (C) 2008 American Institute of Physics.

Reactivity, photolability, and computational studies of the ruthenium nitrosyl complex with a substituted cyclam fac-[Ru(NO)Cl(2)(kappa(3)N(4),N(8),N(11)(1-carboxypropyl)cyclam)]Cl center dot H(2)O

Chemical reactivity, photolability, and computational studies of the ruthenium nitrosyl complex with a substituted cyclam, fac-[Ru(NO)Cl(2)(kappa(3)N(4),N(8),N(11)(1-carboxypropyl)cyclam)]Cl center dot H(2)O ((1-carboxypropyl) cyclam = 3-(1,4,8,11-tetraazacyclotetradecan-1-yl) propionic acid)), (I) are described. Chloride ligands do not undergo aquation reactions (at 25 degrees C, pH 3). The rate of nitric oxide (NO) dissociation (k(obs-NO)) upon reduction of I is 2.8 s(-1) at 25 +/- 1 degrees C (in 0.5 mol L(-1) HCl), which is close to the highest value found for related complexes. The uncoordinated carboxyl of I has a pK(a) of similar to 3.3, which is close to that of the carboxyl of the non coordinated (1-carboxypropyl) cyclam (pK(a) = 3.4). Two additional pK(a) values were found for I at similar to 8.0 and similar to 11.5. Upon electrochemical reduction or under irradiation with light (lambda(irr) = 350 or 520 nm; pH 7.4), I releases NO in aqueous solution. The cyclam ring N bound to the carboxypropyl group is not coordinated, resulting in a fac configuration that affects the properties and chemical reactivities of I, especially as NO donor, compared with analogous trans complexes. Among the computational models tested, the B3LYP/ECP28MDF, cc-pVDZ resulted in smaller errors for the geometry of I. The computational data helped clarify the experimental acid-base equilibria and indicated the most favourable site for the second deprotonation, which follows that of the carboxyl group. Furthermore, it showed that by changing the pH it is possible to modulate the electron density of I with deprotonation. The calculated NO bond length and the Ru/NO charge ratio indicated that the predominant canonical structure is [Ru(III)NO], but the Ru-NO bond angles and bond index (b.i.) values were less clear; the angles suggested that [Ru(II)NO(+)] could contribute to the electronic structure of I and b.i. values indicated a contribution from [Ru(IV)NO(-)]. Considering that some experimental data are consistent with a [Ru(II)NO(+)] description, while others are in agreement with [Ru(III)NO], the best description for I would be a linear combination of the three canonical forms, with a higher weight for [Ru(II)NO(+)] and [Ru(III)NO].

rho(0) photoproduction in ultraperipheral relativistic heavy ion collisions at root s(NN)=200 GeV

Photoproduction reactions occur when the electromagnetic field of a relativistic heavy ion interacts with another heavy ion. The STAR Collaboration presents a measurement of rho(0) and direct pi(+)pi(-) photoproduction in ultraperipheral relativistic heavy ion collisions at root s(NN) = 200 GeV. We observe both exclusive photoproduction and photoproduction accompanied by mutual Coulomb excitation. We find a coherent cross section of sigma(AuAu -> Au*Au*rho(0)) = 530 +/- 19(stat.) +/- 57(syst.) mb, in accord with theoretical calculations based on a Glauber approach, but considerably below the predictions of a color dipole model. The rho 0 transverse momentum spectrum (p(T)(2)) is fit by a double exponential curve including both coherent and incoherent coupling to the target nucleus; we find sigma(inc)/sigma(coh) = 0.29 +/- 0.03 (stat.) +/- 0.08 (syst.). The ratio of direct pi(+)pi(-) to rho(0) production is comparable to that observed in gamma(p) collisions at HERA and appears to be independent of photon energy. Finally, the measured rho(0) spin helicity matrix elements agree within errors with the expected s-channel helicity conservation.

Influence of a light meal on routine haematological tests

Introduction Patient-related variables such as physical exercise stress and fasting status are Important sources of variability in laboratory testing However no clear indications about tasting requirements exist for routine haematological tests nor has the influence of meals been assessed Methods We studied 17 healthy volunteers who consumed a light meal containing a standardized amount of carbohydrates, protein and lipids Blood was taken for routine haematological tests before the meal and 1 2 and 4 hours thereafter Results One hour after the meal neutrophil count and mean corpuscular haemoglobin (MHC) increased significantly whereas lymphocyte and monocyte counts red blood cell distribution width, haematocrit, and mean corpuscular volume decreased significantly A clinically significant variation was only observed for lymphocytes Two hours after the meal a significant increase was observed for neutrophils and MCH whereas lymphocytes eosinophils, haemoglobin and haematocrit decreased significantly Clinically significant variations were recorded for lymphocytes red blood cells (RBC), haemoglobin haematocrit and MCH Four hours after the meal MCH was significantly increased while lymphocytes eosinophils, RBC, haemoglobin and haematocrit were significantly decreased Clinically significant variations were recorded for neutrophils eosinophils RBC hematocrit and MCH Conclusion The significant variation of several haematological parameters after a light meal demonstrates that the fasting time needs to be carefully considered in order to interpret the results of haematological tests correctly