Why is Asari (= Manila) clam Ruditapes philippinarum fitness poor in Arcachon Bay: a meta-analysis to answer?

Asari (= Manila) clam, Ruditapes philippinarum, is the second bivalve mollusc in terms of production in the world and, in many coastal areas, can beget important socio-economic issues. In Europe, this species was introduced after 1973. In Arcachon Bay, after a decade of aquaculture attempt, Asari clam rapidly constituted neo-naturalized population which is now fished. However, recent studies emphasized the decline of population and individual performances. In the framework of a national project (REPAMEP), some elements of fitness, stressors and responses in Arcachon bay were measured and compared to international data (41 publications, 9 countries). The condition index (CI=flesh weight/shell weight) was the lowest among all compared sites. Variation in average Chla concentration explained 30% of variation of CI among different areas. Among potential diseases, perkinsosis was particularly prevalent in Arcachon Bay, with high abundance, and Asari clams underwent Brown Muscle Disease, a pathology strictly restricted to this lagoon. Overall element contamination was relatively low, although arsenic, cobalt, nickel and chromium displayed higher values than in other ecosystems where Asari clam is exploited. Finally, total hemocyte count (THC) of Asari clam in Arcachon Bay, related to the immune system activity, exhibited values that were also under what is generally observed elsewhere. In conclusion, this study, with all reserves due to heterogeneity of available data, suggest that the particularly low fitness of Asari clam in Arcachon Bay is due to poor trophic condition, high prevalence and intensity of a disease (perkinsosis), moderate inorganic contamination, and poor efficiency of the immune system.

Réseau national d’observation de la moule bleue Mytilus edulis, MYTILOBS / Campagne 2015

Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon et des Roulières (pertuis Breton), d’Yves et de Boyard (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2014, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (25,54 +/- 0,7mm), captées sur corde dans la baie d’Yves. Les prélèvements trimestriels de la campagne 2015 (septembre 2014 - décembre 2015) sont renforcés par un suivi mensuel entre octobre et juillet. Les mesures de biométrie et les comptages de mortalité sont effectués à chaque sortie. Les points Roulières et Boyard renforcent l’expertise du « phénomène mortalité » apparu en 2014. Des prélèvements histologiques (n=1300) et en cryologie (n=1200) ont renforcé un travail de collaboration établi avec le projet Morbleu. La campagne Mytilobs 2015 est marquée par la forte croissance en longueur des moules durant l’automne 2014. Par contre, la croissance des moules sur Filière est exceptionnellement faible au cours des printemps et automne 2015 avec respectivement -60% et -53% (références réseau REMOULA 2000-2010). Ces faibles performances sur Filière peuvent être reliées aux deux pics de mortalité des printemps et automne 2015 sur ce site. L’évolution du poids sec au travers l’indice scientifique de Walne et Mann révèle une ponte importante sur le site Filière en juin 2015, mais également sur Pont Mahé et le Vivier. Les indices de qualité requis pour la commercialisation des moules sont atteints en juin (STG) dans les principales régions de France suivi par Mytilobs et en juillet sur le Vivier (Label Rouge baie du Mont Saint Michel). Le suivi environnemental indique que les apports des fleuves n’ont pas le caractère exceptionnel de l’hiver 2014, mais la salinité confirme la typologie des sites : euryhalins (Baie de Vilaine, pertuis charentais) et océaniques (Agon et Vivier). En fin d’hiver, la température enregistre un retard de 3 semaines pour atteindre 10°C, température référence au-dessous de laquelle les mortalités (2014 et 2015) ne sont pas apparues. Comme au cours de la campagne Mytilobs 2014, deux familles d’algues phytoplanctoniques : les Diatomophyceae et les Dinophyceae représentent près de 99% de l’effectif dénombré. Parmi les 5 saisons étudiées, les automnes 2014 et 2015 sont les périodes de l’année où les concentrations algales disponibles sont environ 10 fois plus faibles que durant les autres périodes. Un référentiel sur les mortalités de la moule bleue a été établi à partir des données de mortalité du réseau REMOULA (2000-2010). Entre 0% et 22%, les mortalités sont classées comme « habituelles » ; entre 22% et 34% elles deviennent « inhabituelles » ; supérieures à 34%, elles sont dites « exceptionnelles ». Seules les mortalités de moules sur les sites Filière (51%) et Roulières (38%) du pertuis Breton sont classées comme « exceptionnelles » en 2015. En 2014 les mortalités de la plupart des sites mytilicoles des pertuis charentais étaient « exceptionnelles ». Les mortalités sont « inhabituelles » sur les sites de Boyard (23%) et d’Aiguillon (22%) et « habituelles » sur Agon (corrigé de la prédation par les perceurs) (20%), Pont Mahé (18%), Yves (14%), Le Vivier (9%). En 2015, des analyses histologiques ont été réalisées entre février et juillet pour : l’étude de maturation sexuelle, la recherche de parasites et l’identification de granulomes inflammatoires sur des sites contrastés en mortalités (Filière, Roulières, Yves, Pont Mahé et Vivier). Outre l’absence de Marteilia refringens, la présence de Mytilicola intestinalis est confirmée sur tous les sites notamment Yves (50%) et Le Vivier (70%). L’étude des stades de maturation des moules sur les différents sites du réseau montre que la maturation sexuelle a bien lieu entre mars et juin 2015. En 2015 les mortalités les plus fortes apparaissent sur Filière et Roulières en avril et en mai alors que les moules sont en gamétogénèse active, avant la période de ponte principale. Une observation centrée sur la période février-juillet a mis en évidence la présence de granulomes inflammatoires. Dans le cas des pertuis charentais (Filière et Roulières) cette présence concorde avec le phénomène de mortalités « exceptionnelles » de moules pour lequel des bactéries pathogènes du groupe Splendidus semblent bien impliquées.

Conseiller les mères sur l’éducation de leurs enfants pendant l’entre-deux-guerres : les chroniques d’Odette Oligny

Cette étude porte sur les chroniques d’Odette Oligny sur l’éducation des enfants publiées dans Le Canada de 1931 à 1936. Cette journaliste écrit à une époque durant laquelle l’éducation est influencée par la montée des experts, qui comme Oligny, conseillent les mères sur les comportements et les pratiques à adopter pour former les futurs citoyens. Dans le premier chapitre de ce mémoire, nous traitons des responsabilités, selon la journaliste, qu’ont les mères envers leurs enfants. La charge de les éduquer revient exclusivement aux femmes et elles sont sévèrement critiquées par les experts lorsqu’elles ne peuvent ou ne veulent pas se conformer à leurs normes. Le deuxième chapitre analyse la discipline familiale qui doit être mises en oeuvre par les mères. De l’avis d’Oligny, certaines d’entre elles utilisent de façon excessive les punitions corporelles alors que d’autres sont trop indulgentes avec leur progéniture. Enfin, le troisième chapitre de ce mémoire se consacre au discours sur l’éducation des filles et des garçons. Les mères ont le devoir de développer des qualités chez leurs enfants qui leur permettront de remplir leurs futurs rôles de citoyens. À travers l’analyse des chroniques d’Oligny, nous montrerons qu’elle agit, en vulgarisant les connaissances, comme un pont entre les experts et la population qui n’a pas nécessairement accès aux travaux de ces derniers.

Exploitation du potentiel sismique des étoiles naines blanches

Le but de cette thèse est d’explorer le potentiel sismique des étoiles naines blanches pulsantes, et en particulier celles à atmosphères riches en hydrogène, les étoiles ZZ Ceti. La technique d’astérosismologie exploite l’information contenue dans les modes normaux de vibration qui peuvent être excités lors de phases particulières de l’évolution d’une étoile. Ces modes modulent le flux émergent de l’étoile pulsante et se manifestent principalement en termes de variations lumineuses multi-périodiques. L’astérosismologie consiste donc à examiner la luminosité d’étoiles pulsantes en fonction du temps, afin d’en extraire les périodes, les amplitudes apparentes, ainsi que les phases relatives des modes de pulsation détectés, en utilisant des méthodes standards de traitement de signal, telles que des techniques de Fourier. L’étape suivante consiste à comparer les périodes de pulsation observées avec des périodes générées par un modèle stellaire en cherchant l’accord optimal avec un modèle physique reconstituant le plus fidèlement possible l’étoile pulsante. Afin d’assurer une recherche optimale dans l’espace des paramètres, il est nécessaire d’avoir de bons modèles physiques, un algorithme d’optimisation de comparaison de périodes efficace, et une puissance de calcul considérable. Les périodes des modes de pulsation de modèles stellaires de naines blanches peuvent être généralement calculées de manière précise et fiable sur la base de la théorie linéaire des pulsations stellaires dans sa version adiabatique. Afin de définir dans son ensemble un modèle statique de naine blanche propre à l’analyse astérosismologique, il est nécessaire de spécifier la gravité de surface, la température effective, ainsi que différents paramètres décrivant la disposition en couche de l’enveloppe. En utilisant parallèlement les informations obtenues de manière indépendante (température effective et gravité de surface) par la méthode spectroscopique, il devient possible de vérifier la validité de la solution obtenue et de restreindre de manière remarquable l’espace des paramètres. L’exercice astérosismologique, s’il est réussi, mène donc à la détermination précise des paramètres de la structure globale de l’étoile pulsante et fournit de l’information unique sur sa structure interne et l’état de sa phase évolutive. On présente dans cette thèse l’analyse complète réussie, de l’extraction des fréquences à la solution sismique, de quatre étoiles naines blanches pulsantes. Il a été possible de déterminer les paramètres structuraux de ces étoiles et de les comparer remarquablement à toutes les contraintes indépendantes disponibles dans la littérature, mais aussi d’inférer sur la dynamique interne et de reconstruire le profil de rotation interne. Dans un premier temps, on analyse le duo d’étoiles ZZ Ceti, GD 165 et Ross 548, afin de comprendre les différences entre leurs propriétés de pulsation, malgré le fait qu’elles soient des étoiles similaires en tout point, spectroscopiquement parlant. L’analyse sismique révèle des structures internes différentes, et dévoile la sensibilité de certains modes de pulsation à la composition interne du noyau de l’étoile. Afin de palier à cette sensibilité, nouvellement découverte, et de rivaliser avec les données de qualité exceptionnelle que nous fournissent les missions spatiales Kepler et Kepler2, on développe une nouvelle paramétrisation des profils chimiques dans le coeur, et on valide la robustesse de notre technique et de nos modèles par de nombreux tests. Avec en main la nouvelle paramétrisation du noyau, on décroche enfin le ”Saint Graal” de l’astérosismologie, en étant capable de reproduire pour la première fois les périodes observées à la précision des observations, dans le cas de l’étude sismique des étoiles KIC 08626021 et de GD 1212.

Improving photofermentative hydrogen production through metabolic engineering and DOE (Design of Experiments)

A l’heure actuelle, les biocarburants renouvelables et qui ne nuit pas à l'environnement sont à l'étude intensive en raison de l'augmentation des problèmes de santé et de la diminution des combustibles fossiles. H2 est l'un des candidats les plus prometteurs en raison de ses caractéristiques uniques, telles que la densité d'énergie élevée et la génération faible ou inexistante de polluants. Une façon attrayante pour produire la H2 est par les bactéries photosynthétiques qui peuvent capter l'énergie lumineuse pour actionner la production H2 avec leur système de nitrogénase. L'objectif principal de cette étude était d'améliorer le rendement de H2 des bactéries photosynthétiques pourpres non sulfureuses utilisant une combinaison de génie métabolique et le plan des expériences. Une hypothèse est que le rendement en H2 pourrait être améliorée par la redirection de flux de cycle du Calvin-Benson-Bassham envers du système de nitrogénase qui catalyse la réduction des protons en H2. Ainsi, un PRK, phosphoribulose kinase, mutant « knock-out » de Rhodobacter capsulatus JP91 a été créé. L’analyse de la croissance sur des différentes sources de carbone a montré que ce mutant ne peut croître qu’avec l’acétate, sans toutefois produire d' H2. Un mutant spontané, YL1, a été récupéré qui a retenu l'cbbP (codant pour PRK) mutation d'origine, mais qui avait acquis la capacité de se développer sur le glucose et produire H2. Une étude de la production H2 sous différents niveaux d'éclairage a montré que le rendement d’YL1 était de 20-40% supérieure à la souche type sauvage JP91. Cependant, il n'y avait pas d'amélioration notable du taux de production de H2. Une étude cinétique a montré que la croissance et la production d'hydrogène sont fortement liées avec des électrons à partir du glucose principalement dirigés vers la production de H2 et la formation de la biomasse. Sous des intensités lumineuses faibles à intermédiaires, la production d'acides organiques est importante, ce qui suggère une nouvelle amélioration additionnel du rendement H2 pourrait être possible grâce à l'optimisation des processus. Dans une série d'expériences associées, un autre mutant spontané, YL2, qui a un phénotype similaire à YL1, a été testé pour la croissance dans un milieu contenant de l'ammonium. Les résultats ont montré que YL2 ne peut croître que avec de l'acétate comme source de carbone, encore une fois, sans produire de H2. Une incubation prolongée dans les milieux qui ne supportent pas la croissance de YL2 a permis l'isolement de deux mutants spontanés secondaires intéressants, YL3 et YL4. L'analyse par empreint du pied Western a montré que les deux souches ont, dans une gamme de concentrations d'ammonium, l'expression constitutive de la nitrogénase. Les génomes d’YL2, YL3 et YL4 ont été séquencés afin de trouver les mutations responsables de ce phénomène. Fait intéressant, les mutations de nifA1 et nifA2 ont été trouvés dans les deux YL3 et YL4. Il est probable qu'un changement conformationnel de NifA modifie l'interaction protéine-protéine entre NifA et PII protéines (telles que GlnB ou GlnK), lui permettant d'échapper à la régulation par l'ammonium, et donc d'être capable d'activer la transcription de la nitrogénase en présence d'ammonium. On ignore comment le nitrogénase synthétisé est capable de maintenir son activité parce qu’en théorie, il devrait également être soumis à une régulation post-traductionnelle par ammonium. Une autre preuve pourrait être obtenue par l'étude du transcriptome d’YL3 et YL4. Une première étude sur la production d’ H2 par YL3 et YL4 ont montré qu'ils sont capables d’une beaucoup plus grande production d'hydrogène que JP91 en milieu d'ammonium, qui ouvre la porte pour les études futures avec ces souches en utilisant des déchets contenant de l'ammonium en tant que substrats. Enfin, le reformage biologique de l'éthanol à H2 avec la bactérie photosynthétique, Rhodopseudomonas palustris CGA009 a été examiné. La production d'éthanol avec fermentation utilisant des ressources renouvelables microbiennes a été traitée comme une technique mature. Cependant, la plupart des études du reformage de l'éthanol à H2 se sont concentrés sur le reformage chimique à la vapeur, ce qui nécessite généralement une haute charge énergetique et résultats dans les émissions de gaz toxiques. Ainsi le reformage biologique de l'éthanol à H2 avec des bactéries photosynthétiques, qui peuvent capturer la lumière pour répondre aux besoins énergétiques de cette réaction, semble d’être plus prometteuse. Une étude précédente a démontré la production d'hydrogène à partir d'éthanol, toutefois, le rendement ou la durée de cette réaction n'a pas été examiné. Une analyse RSM (méthode de surface de réponse) a été réalisée dans laquelle les concentrations de trois facteurs principaux, l'intensité lumineuse, de l'éthanol et du glutamate ont été variés. Nos résultats ont montré que près de 2 moles de H2 peuvent être obtenus à partir d'une mole d'éthanol, 33% de ce qui est théoriquement possible.

Modelatge basat en funcions per la aproximació als fenòmens naturals

Aquesta presentació resumeix les tècniques computacionals existents que aborden l'estudi dels fenòmens naturals i prososa una aproximació basada en funcions.

Recherche et analyse d'étoiles naines blanches chimiquement stratiées dans le Sloan Digital Sky Survey

Ce mémoire présente une recherche détaillée et une analyse des étoiles naines blanches hybrides chimiquement stratifiées dans le Sloan Digital Sky Survey (SDSS). Une seule étoile stratifiée, PG 1305-017, était connue avant notre recherche. L'objectif principal est de confirmer l'existence de plusieurs nouvelles étoiles stratifiées. Pour ce faire, il a fallu dans un premier temps développer une nouvelle génération de modèles d'atmosphère à partir de ceux de Bergeron et al. (1991) et Tremblay & Bergeron (2009). Nous y avons ajouté l'opacité de toutes les raies d'hélium et les calculs nécessaires pour tenir compte de la stratification chimique de l'atmosphère, où une mince quantité d’hydrogène flotte en équilibre diffusif au-dessus d’une enveloppe massive d’hélium. En parallèle, nous avons aussi calculé des modèles standards, chimiquement homogènes. Ensuite, nous avons sélectionné des naines blanches chaudes (Teff > 30,000 K) de type spectral hybride (traces d'hélium et d'hydrogène) parmi les ~38,000 naines blanches répertoriées dans le SDSS. Un total de 52 spectres d'étoile a été retenu dans notre échantillon final. La technique spectroscopique, c'est-à-dire l'ajustement des raies spectrales des modèles sur un spectre observé, a été appliquée à toutes les étoiles de notre échantillon. Nous avons ainsi mesuré la température effective, la gravité de surface et la composition chimique de l'atmosphère de ces étoiles. Par l'ajustement simultané de modèles stratifiés et homogènes, nous avons aussi pu déterminer si les étoiles étaient stratifiées ou non. Nous identifions ainsi 14 naines blanches stratifiées. Nous tirons de ces résultats plusieurs conclusions sur les processus physiques expliquant la présence d'hélium dans l'atmosphère.

The Amplifier - v. 15, no. 7

In this issue...Liberal Art Degree, Climbing Club, Caterpillar Tractor Company, Gary Lee Knudson, Wilhelm's Flower Shop, Marcus Daly, Baseball, Du Pont Research

Recherche et analyse d'étoiles naines blanches chimiquement stratiées dans le Sloan Digital Sky Survey

Ce mémoire présente une recherche détaillée et une analyse des étoiles naines blanches hybrides chimiquement stratifiées dans le Sloan Digital Sky Survey (SDSS). Une seule étoile stratifiée, PG 1305-017, était connue avant notre recherche. L'objectif principal est de confirmer l'existence de plusieurs nouvelles étoiles stratifiées. Pour ce faire, il a fallu dans un premier temps développer une nouvelle génération de modèles d'atmosphère à partir de ceux de Bergeron et al. (1991) et Tremblay & Bergeron (2009). Nous y avons ajouté l'opacité de toutes les raies d'hélium et les calculs nécessaires pour tenir compte de la stratification chimique de l'atmosphère, où une mince quantité d’hydrogène flotte en équilibre diffusif au-dessus d’une enveloppe massive d’hélium. En parallèle, nous avons aussi calculé des modèles standards, chimiquement homogènes. Ensuite, nous avons sélectionné des naines blanches chaudes (Teff > 30,000 K) de type spectral hybride (traces d'hélium et d'hydrogène) parmi les ~38,000 naines blanches répertoriées dans le SDSS. Un total de 52 spectres d'étoile a été retenu dans notre échantillon final. La technique spectroscopique, c'est-à-dire l'ajustement des raies spectrales des modèles sur un spectre observé, a été appliquée à toutes les étoiles de notre échantillon. Nous avons ainsi mesuré la température effective, la gravité de surface et la composition chimique de l'atmosphère de ces étoiles. Par l'ajustement simultané de modèles stratifiés et homogènes, nous avons aussi pu déterminer si les étoiles étaient stratifiées ou non. Nous identifions ainsi 14 naines blanches stratifiées. Nous tirons de ces résultats plusieurs conclusions sur les processus physiques expliquant la présence d'hélium dans l'atmosphère.

Quantification de l'amortissement visqueux élastique des piles en béton armé des ponts routiers québécois

Le dimensionnement des ponts et viaducs au Canada se base sur la norme CAN/CSA S6-14. Pour le calcul de ces structures sous des charges extrêmes, des cartes d'aléa sismique sont produites par la Commission géologique du Canada selon un taux d'amortissement de 5 %. La norme propose des taux d'amortissement visqueux élastique de 2 % pour le béton et de 1 % pour l'acier. Un nouveau facteur de correction selon l'amortissement est mentionné dans cette norme pour modifier les spectres de réponse provenant des cartes sismiques. Plusieurs études sur des ouvrages d'art quantifient les taux d'amortissement visqueux élastique entre 1 % et 2 %, confirmant ainsi qu'il est nécessaire d'utiliser un facteur de correction des spectres pour éviter une sous-évaluation des déplacements au niveau du tablier. Le projet de recherche consiste à quantifier le taux d'amortissement visqueux élastique des ponts routiers grâce à des essais in situ sur des ouvrages du Québec. Les essais débutent avec l'acquisition de données à l'aide d'accéléromètres alors que le pont est sous vibrations ambiantes. Une fois les propriétés modales extraites, un essai sous vibrations forcées par balayage des fréquences est effectué, en ciblant les fréquences propres. L'interprétation de la réponse de la structure à ce dernier essai permet de trouver précisément l'amortissement. Une étude paramétrique sur le logiciel OpenSees est aussi effectuée pour évaluer l'impact de la variation du taux d'amortissement utilisé sur les déplacements du tablier lors d'un séisme. Les résultats démontrent que le taux d'amortissement visqueux élastique peut être aussi bas que 1 %, ce qui peut doubler la réponse en déplacements aux joints d'un pont par rapport à une analyse avec 5 % d'amortissement. Le mémoire cherche à clarifier l'utilisation de la norme S6-14, à démontrer l'importance d'utiliser un bon taux d'amortissement et à encourager l'utilisation d'un facteur de correction des spectres adéquat pour calculer la réponse sismique des ponts routiers québécois et canadiens. Des recommandations sont proposées dans ce sens.