Inferring Contagion in Regulatory Networks

Several gene regulatory network models containing concepts of directionality at the edges have been proposed. However, only a few reports have an interpretable definition of directionality. Here, differently from the standard causality concept defined by Pearl, we introduce the concept of contagion in order to infer directionality at the edges, i.e., asymmetries in gene expression dependences of regulatory networks. Moreover, we present a bootstrap algorithm in order to test the contagion concept. This technique was applied in simulated data and, also, in an actual large sample of biological data. Literature review has confirmed some genes identified by contagion as actually belonging to the TP53 pathway.

Density-Profile Processes Describing Biological Signaling Networks: Almost Sure Convergence to Deterministic Trajectories

We introduce jump processes in R(k), called density-profile processes, to model biological signaling networks. Our modeling setup describes the macroscopic evolution of a finite-size spin-flip model with k types of spins with arbitrary number of internal states interacting through a non-reversible stochastic dynamics. We are mostly interested on the multi-dimensional empirical-magnetization vector in the thermodynamic limit, and prove that, within arbitrary finite time-intervals, its path converges almost surely to a deterministic trajectory determined by a first-order (non-linear) differential equation with explicit bounds on the distance between the stochastic and deterministic trajectories. As parameters of the spin-flip dynamics change, the associated dynamical system may go through bifurcations, associated to phase transitions in the statistical mechanical setting. We present a simple example of spin-flip stochastic model, associated to a synthetic biology model known as repressilator, which leads to a dynamical system with Hopf and pitchfork bifurcations. Depending on the parameter values, the magnetization random path can either converge to a unique stable fixed point, converge to one of a pair of stable fixed points, or asymptotically evolve close to a deterministic orbit in Rk. We also discuss a simple signaling pathway related to cancer research, called p53 module.

Evidence of a Ca(2+)-(center dot)NO-cGMP signaling pathway controlling zoospore biogenesis in the aquatic fungus Blastocladiella emersonii

The sporulation stage of the aquatic fungus Blastocladiella emersonii culminates with the formation and release to the medium of a number of zoospores, which are motile cells responsible for the dispersal of the fungus. The presence in the sporulation solution of 1H-[1,2,4]Oxadiazolo[4,3-a]quinoxalin-1-one (ODQ), a potent and selective inhibitor of nitric oxide-sensitive guanylyl cyclases, completely prevented biogenesis of the zoospores. In addition, this compound was able to significantly reduce cGMP levels, which increase drastically during late sporulation, suggesting the existence of a nitric oxide-dependent mechanism for cGMP synthesis. Furthermore, increased levels of nitric oxide-derived products were detected during sporulation by fluorescence assays using DAF-2 DA, whose signal was drastically reduced in the presence of the nitric oxide synthase inhibitor N omega-Nitro-L-arginine methyl ester (L-NAME). These results were confirmed by quantitative chemiluminescent determination of the intracellular levels of nitric oxide-derived products. A putative nitric oxide synthase (NOS) activity was detected throughout sporulation, and this enzyme activity decreased significantly when L-NAME and 1-[2-(Trifluoromethyl)phenyl]imidazole (TRIM) were added to the assays. NOS assays carried out in the presence of EGTA showed decreased enzyme activity, suggesting the involvement of calcium ions in enzyme activation. Additionally, expressed sequence tags (ESTs) encoding putative guanylyl cyclases and a cGMP-phosphodiesterase were found in B. emersonii EST database (http://blasto.iq.usp.br), and the mRNA levels of the corresponding genes were observed to increase during sporulation. Altogether, data presented here revealed the presence and expression of guanylyl cyclase and cGMP phosphodiesterase genes in B. emersonii and provided evidence of a Ca(2+)-(center dot)NO-cGMP signaling pathway playing a role in zoospore biogenesis. (C) 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.

Increased SOD1 association with chromatin, DNA damage, p53 activation, and apoptosis in a cellular model of SOD1-linked ALS

Mutations in the gene encoding cytosolic Cu,Zn-superoxide dismutase (SOD1) have been linked to familial amyotrophic lateral sclerosis (FALS). However the molecular mechanisms of motor neuron death are multifactorial and remain unclear. Here we examined DNA damage;p53 activity and apoptosis in SH-SY5Y human neuroblastoma cells transfected to achieve low-level expression of either wild-type or mutant Gly(93) --> Ala (G93A) SOD1, typical of FALS. DNA damage was investigated by evaluating the levels of 8-oxo-7,8-dihydro-2`-deoxyguanosine (8-oxodGuo) and DNA strand breaks. Significantly higher levels of DNA damage, increased p53 activity, and a greater percentage of apoptotic cells were observed in SH-SY5Y cells transfected with G93A SOD1 when compared to cells overexpressing wild-type SOD1 and untransfected cells. Western blot, FACS, and confocal microscopy analysis demonstrated that G93A SOD1 is present in the nucleus in association with DNA. Nuclear G93A SOD1 has identical superoxide dismutase activity but displays increased peroxidase activity when compared to wild-type SOD1. These results indicate that the G93A mutant SOD1 association with DNA might induce DNA damage and trigger the apoptotic response by activating p53. This toxic activity of mutant SOD1 in the nucleus may play an important role in the complex mechanisms associated with motor neuron death observed in ALS pathogenesis. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Sjuksköterskans upplevelser av den palliativa vården vid användadet av Liverpool Care Pathway

Syftet var att studera hur den palliativa vården upplevs av sjuksköterskor vid användandet av Liverpool Care Pathway. Studien baserades på data från sex informanter på särskild boende/korttidsboende i en kommun i Dalarna. Studien har en kvalitativ design med innehållsanalys enligt Graneheim och Lundman. Analys av insamlad data resulterade i de tre kategorierna: Tydliga kriterier ger trygghet i vården, Omvårdnadsarbetet har utvecklats och tydligare information. Resultatet visade att tydliga kriterier vid användningen av Liverpool Care Pathway i den kommunala vården gav den palliativa patienten trygghet i omvårdnaden vid livets slut samt klara kriterier som gjorde att personalen tillämpade lika arbetsätt i den palliativa vården. Att stanna kvar i hemmet vid livet slut var en självklarhet för den palliativa patienten när Liverpool Care Pathway var infört i kommunen. Information till anhöriga och patienten i livets slut hade underlättats då Liverpool Care Pathway tillhandahöll tydlig information om den palliativa patientens status. Studiens resultat visade att den palliativa vårdens dokumentation kvalitetssäkrats och utvecklats genom att Liverpool Care Pathway införts i den kommunala vården. 

Sjuksköterskors upplevelser av att vårda patienter i livets slutskede enligt Liverpool Care Pathway (LCP)

Syfte: Att beskriva sjuksköterskors upplevelser av att vårda patienter i livets slutskede enligt en vårdplan utformad som en journal med riktlinjer för vård i livets slutskede, den så kallade Liverpool Care Pathway (LCP). Metod: Studien är utförd som en litteraturöversikt. Artiklarna söktes via databaserna CINAHL, PubMed, MedLine, SAGE Journals och Scopus. Tolv artiklar valdes ut för kvalitétsgranskning enligt en förutbestämd granskningsmall. Elva artiklar godkändes och utgjorde grunden för resultatet. Resultat: En tydlig effekt av införandet av LCP var att sjuksköterskorna upplevde ett ökat självförtroende och en ökad kunskap i vårdandet. Detta bidrog till förbättringar gällande symtomkontroll samt ifrågasättande av fortsatt rutinmässig behandling. LCP anågs vara en bra utgångspunkt för samtal och undervisning i möten med patienter och anhöriga. LCP upplevdes ge ramar och gemensamma utgångspunkter i teamarbetet runt patienten vilket bidrog till en bättre planering och tydligare mål i vårdandet. Trots alla positiva upplevelser kände en del sjuksköterskor att de kunde uppstå svårigheter i vårdandet enligt LCP. Brister i vårdmiljön ansågs av sjuksköterskorna göra att målen med vården inte kunde tillgodoses. Tidsbrist och underbemanning ledde ofta till att patienter i livets slutskede fick en lägre prioritet. Vidare ansågs kriterierna vara för hårda enligt vissa sjuksköterskor gällande införande av LCP.

Sjuksköterskors erfarenhet av att vårda patienter i livets slutskede enligt Liverpool Care Pathway (LCP) : En litteraturöversikt

Syfte: Att redogöra för sjuksköterskors erfarenhet av att vårda patienter i livets slutskede enligt Liverpool Care Pathway (LCP). Metod: Litteraturstudien baseras på tio vetenskapliga artiklar med kvalitativ ansats. De vetenskapliga artiklarna söktes i databaserna CINAHL, PubMed och World of Science. Inklusionskriterier var att artiklarna skulle vara primärkällor, vara skrivna på svenska eller engelska samt publicerade mellan år 2003-2013. Ytterligare inklusionskriterier var att sjuksköterskorna skulle ha erfarenhet av LCP, samt att de vetenskapliga artiklarna erhöll medel eller hög poäng vid granskningen och var godkänd av en etisk kommitté. Studier från hela världen inkluderades. Huvudresultat: Ett flertal studier visade att LCP bidrog till ett ökat självförtroende och tydligare riktlinjer för den palliativa vården. Sjuksköterskorna upplevde en förbättrad symtomkontroll och förbättrad vård efter införandet av LCP. Sjuksköterskorna var positiva till dokumentationen i LCP och det framgick också att LCP hade förbättrat och underlättat kommunikationen med närstående. LCP erbjöd stöd och vägledning i vården men det framgick också att det fanns oklarheter vad beträffar diagnostiserande av en patient som döende. Slutsats: Syftet med litteraturstudien var att undersöka sjuksköterskors erfarenhet av att vårda patienter i livets slutskede enligt Liverpool Care Pathway. Det framgick att det fanns bristande kunskaper om palliativ vård, men att införandet av LCP gett sjuksköterskor stöd och vägledning samt förbättrat kunskapen om palliativ vård. En vårdplan som LCP kan vara ett stöd för sjuksköterskan i omvårdnaden av patienter inom palliativ vård, men en sådan vårdplan kan aldrig ersätta sjuksköterskans kliniska kompetens. Det är därför viktigt att sjuksköterskor erbjuds fortlöpande utbildning inom palliativ vård, samt att en vårdplan som LCP används utifrån ett kritiskt förhållningssätt.  

Valor prognóstico das expressões da proteína p53 e do fator de crescimento do endotélio vascular em pacientes com carcinoma epidermóide de esôfago submetidos a esofagectomia

As mutações no gene de supressão tumoral p53 estão entre as anormalidades genéticas mais comuns encontradas numa ampla variedade de tumores. Embora a função do gene p53 ainda não esteja completamente esclarecida, ele parece ser um fator de transcrição nuclear que controla a proliferação celular, a apoptose e a manutenção da estabilidade genética. A angiogênese é essencial para o crescimento e a metastatização de tumores sólidos. O Fator de Crescimento do Endotélio Vascular (VEGF, Vascular Endothelial Growth Factor), um fator de crescimento identificado recentemente com propriedades angiogênicas significativas, pode ser um importante regulador da angiogênese tumoral. A associação entre as expressões da proteína p53 e do VEGF e o prognóstico tem sido pouco estudada. Foram estudadas peças cirúrgicas de 47 pacientes com carcinoma epidermóide de esôfago (CEE) submetidos à esofagectomia em estágios II e III, utilizando-se coloração imuno-histoquímica. As expressões da proteína p53 e do VEGF foram observadas em 53% e 40% dos tumores, respectivamente. As expressões da proteína p53 e do VEGF coincidiram em somente 21% dos casos, e não foi encontrada correlação entre elas. Nenhum dos fatores clinicopatológicos se correlacionaram significativamente com as expressões da proteína p53 ou do VEGF. Em relação ao prognóstico, não havia associação significativa entre as expressões da proteína p53 e do VEGF e pior prognóstico. Os autores concluem que tanto a expressão da proteína p53 como a expressão do VEGF não se correlacionaram com o prognóstico em pacientes com CEE em estágios II e III.

Expressão de HER-2/neu e p53 em adenocarcinoma de esôfago e cárdia

A incidência de adenocarcinoma de esôfago e cárdia tem aumentado nas últimas décadas por razões ainda não conhecidas. São doenças da civilização ocidental. A incidência de adenocarcinoma de esôfago e carcinoma de cárdia ultrapassou a de carcinoma epidermóide de esôfago. O desenvolvimento da biologia molecular e descoberta de oncogenes e genes supressores de tumores permitiu novos achados e melhor entendimento das características moleculares dos carcinomas de esôfago e cárdia. Novos genes envolvidos em ciclo celular, apoptose e reparo de DNA são agora alvo importante de estudos da patogênese destes tumores. HER-2/neu é um oncogene expresso in diversas neoplasias e relacionado à pior prognóstico. P53 é igualmente importante estando mutado em 50%-70% das neoplasias sólidas com implicações clínicas para muitos tumores. Este trabalho determina a frequência de p53 e HER-2/neu através de imunohistoquímica utilizando anticorpos policlonais e monoclonais DAKO anti-HER-2/neu e p53 respectivamente. Foram selecionados 22 casos de adenocarcinoma de esôfago e carcinoma de cárdia do departamento de cirurgia. HER-2/neu foi positivo em 47.7% dos casos, média entre dois observadores. P53 foi positivo em 36.6% dos casos. A correlação entre os escores de HER-2/neu e p53 foi estabelecida usando o coeficiente de correlação de Spearman que mostrou um resultado negativo –0.27 para o primeiro observador que não foi significante. Para o segundo observador, a correlação foi a mesma -0.27 e não significante, mostrando que o aumento na expressão de HER-2/neu não está relacionada com aumento de expressão de p53. Nós concluímos que a expressão de HER-2/neu neste grupo de neoplasias, necessita de investigações futuras e que mesmo estando alterado com muitos outros oncogenes em outros trabalhos, p53 não está correlacionado com aumento de expressão de HER-2/neu nesta série de casos.

Avaliação da presença de proteína p53 e receptores de estrogênio e progesterona em espécimes cirúrgicos de vesícula biliar

Resumo não disponível.