Copy number variation in the porcine genome inferred from a 60 k SNP BeadChip

Background: Recent studies in pigs have detected copy number variants (CNVs) using the Comparative Genomic Hybridization technique in arrays designed to cover specific porcine chromosomes. The goal of this study was to identify CNV regions (CNVRs) in swine species based on whole genome SNP genotyping chips. Results: We used predictions from three different programs (cnvPartition, PennCNV and GADA) to analyze data from the Porcine SNP60 BeadChip. A total of 49 CNVRs were identified in 55 animals from an Iberian x Landrace cross (IBMAP) according to three criteria: detected in at least two animals, contained three or more consecutive SNPs and recalled by at least two programs. Mendelian inheritance of CNVRs was confirmed in animals belonging to several generations of the IBMAP cross. Subsequently, a segregation analysis of these CNVRs was performed in 372 additional animals from the IBMAP cross and its distribution was studied in 133 unrelated pig samples from different geographical origins. Five out of seven analyzed CNVRs were validated by real time quantitative PCR, some of which coincide with well known examples of CNVs conserved across mammalian species. Conclusions: Our results illustrate the usefulness of Porcine SNP60 BeadChip to detect CNVRs and show that structural variants can not be neglected when studying the genetic variability in this species.

Metabolic responses of guava trees irrigated withdifferent N and K levels in São Francisco Valley

The guava (Psidium guajava L.) cv. Paluma has been cultivated in São Francisco Valley, Northeastern of Brazil, for in natura consumption and processing purposes. In spite of its importance, there are few scientific knowledge regarding guava physiology, nutrition, irrigation and fertigation. The objective of this work was to evaluate the effect of weather conditions and different concentrations of N and K applied by fertigation in foliar contents of reducing sugars, total soluble sugars, starch, sucrose, amino acids, and proteins. The field experiment was carried out at Bebedouro Experimental Field and the biochemical evaluations at the Laboratory of Seed and Plant Physiology, both located at Embrapa Semi-Árido, Petrolina-PE. The doses of 200 g N and 100 g K2O; 400 g N and 200 g K2O; 600 g N and 300 g K2O; and 800 g N and 400 g K2O per plant were applied in an experiment field. The experimental design was totally randomized blocks, with four treatments and five blocks. The weather conditions influenced the plant photosynthesis, which affects the plants metabolism. Guava presented specific responses to N and K fertigation for each parameter evaluated. The weather conditions during the evaluation period influenced guava responses to N and K fertigation.

Fertirrigação da bananeira cv. Prata-Anã com N e K em um argissolo vermelho-amarelo

O Nordeste brasileiro é a principal região produtora de banana, responsável por cerca de 35,80% da produção nacional. Apesar das condições favoráveis ao seu cultivo, a produtividade tem sido muito abaixo do seu potencial. Geralmente, isso se deve a problemas de suprimento hídrico e nutricional. Dentre os nutrientes, o nitrogênio (N) e o potássio (K) são requeridos em maiores quantidades pela bananeira. Com o objetivo de estudar o efeito de quatro doses de N (0; 117; 235 e 352 kg ha-1 de N) e de K (0; 157; 313 e 470 kg ha-1 de K2O), aplicados via fertirrigação, avaliaram-se características produtivas de um 2º ciclo de cultivo da banana cv. Prata-Anã, em um Argissolo Vermelho-Amarelo dos tabuleiros costeiros do Nordeste brasileiro. O N não influenciou na produção de banana, enquanto a resposta ao K foi linear. O nível crítico de K pelo Mehlich-1, na profundidade de 0,20- 0,40 m, foi 0,71 mmol c kg-1.

Nutrição mineral e produção de abacaxizeiro 'Pérola', em função das relações K/N na adubação

A adubação do abacaxizeiro deve contemplar a reposição das quantidades de N e K absorvidas pela planta e exportadas pelos frutos e mudas, e o estabelecimento de relações adequadas entre as doses destes nutrientes. Este trabalho objetivou avaliar o efeito de diferentes relações K/N na adubação sobre a nutrição mineral e a produção de abacaxizeiro 'Pérola', em solos de Tabuleiros Costeiros da Paraíba. O experimento foi conduzido em delineamento experimental em blocos casualizados com 13 tratamentos e três repetições. Os tratamentos resultaram da combinação de quatro relações K/N (0,85:1; 1:1; 2:1 e 3:1), duas doses de N (7,2 e 10,8 g planta-1), quatro tratamentos adicionais (relação K/N de 2:1 na maior dose de N, variando-se a fonte, o parcelamento, a época e a forma de aplicação das doses de N e K) e uma testemunha absoluta (sem adubação). O aumento das relações K/N eleva o peso da folha 'D', os teores de K e os valores das relações K/N e K/Mg; reduz os teores de N e não afeta os teores de P, Ca e a relação K/Ca. O aumento das relações K/N não influencia no peso médio, na produtividade e no percentual de frutos das classes I, II e III. A utilização de sulfato de K, o parcelamento das doses de N e K, na forma de KCl, em cinco aplicações, e a aplicação de metade das doses de N e K via foliar na relação 2:1 aumentam o peso da folha 'D', o teor foliar de N e os valores de peso médio, produtividade e percentual de frutos da classe II.

Avaliação nutricional, produção e incidência do mal-do-panamá em bananeira 'Prata-Anã' (AAB) adubada com K, no quarto ciclo

O presente trabalho teve como objetivos estimar a dose de K para obter a máxima eficiência física e econômica, estimar o nível crítico foliar de K e relacionar o equilíbrio nutricional da bananeira 'Prata-Anã' com a incidência de plantas com mal-do-panamá no 4º ciclo. O experimento foi realizado em Latossolo Vermelho-Amarelo (LVA), textura média, na região semiárida do norte de Minas Gerais, Brasil. Os tratamentos consistiram nas aplicações de quatro doses de K (0; 400; 800 e 1.200 kg ha-1 ano de K2O). Estes foram distribuídos em blocos ao acaso, com cinco repetições. A adubação com K promoveu aumento na produção da bananeira no 4º ciclo. A máxima eficiência física (31 Mg ha-1) e a econômica (30,5 Mg ha-1) foram obtidas com as aplicações de 969 e 707 kg ha-1 ano-1 de K2O, respectivamente. Os níveis críticos foliares de K obtidos foram 29,5 e 27,1 g kg-1, para a máxima eficiência física e econômica, respectivamente. O aumento das doses de K proporcionou melhor equilíbrio nutricional à bananeira e reduziu a porcentagem de plantas infestadas com o mal-do-panamá.

Materiaalimallin määrityksestä kylmämuovattujen putkipalkkien K-liitosten FE-analyysissä

Työssä on tutkittu kylmämuovattujen nelikulmaisten putkipalkkien K-liitosten mallinnusta epälineaarisella elementtimenetelmällä. Työn tärkeimpänä tavoitteena on ollut kehittää putkipalkin osien materiaalimalleja siten, että liitosten kestävyyttä voidaan tutkia laboratoriokokeiden ohella luotettavasti myös elementtimenetelmällä. Toisena tavoitteena on ollut tutkia, voidaanko putkipalkkien liitosten mitoitusohjeita turvallisesti soveltaa kylmämuovatuille putkipalkeille, joissa valmistusprosessi aiheuttaa muutoksia materiaaliominaisuuksiin, erityisesti muodonmuutoskykyyn. Työssä tehtyjen laboratoriokokeiden ja elementtianalyysien perusteella elementti-menetelmä on käyttökelpoinen työkalu putkipalkkiliitosten staattista kestävyyttä määritettäessä, kun materiaalimallit on määritetty oikein. Erityisesti liitoksen käyttö-rajatilan mukaisen kestävyyden laskennassa elementtimenetelmällä saadaan hyvin laboratoriokokeita vastaavia tuloksia. Tehdyt laboratoriokokeet osoittavat myös, että Eurocode 3:n mukaisia putkipalkkien liitosten mitoitusohjeita voi turvallisesti käyttää kylmämuovatuille putkipalkeille.

Oncogenic K-Ras segregates at spatially distinct plasma membrane signaling platforms according to its phosphorylation status

Activating mutations in the K-Ras small GTPase are extensively found in human tumors. Although these mutations induce the generation of a constitutively GTP-loaded, active form of K-Ras, phosphorylation at Ser181 within the C-terminal hypervariable region can modulate oncogenic K-Ras function without affecting the in vitro affinity for its effector Raf-1. In striking contrast, K-Ras phosphorylated at Ser181 shows increased interaction in cells with the active form of Raf-1 and with p110α, the catalytic subunit of PI 3-kinase. Because the majority of phosphorylated K-Ras is located at the plasma membrane, different localization within this membrane according to the phosphorylation status was explored. Density-gradient fractionation of the plasma membrane in the absence of detergents showed segregation of K-Ras mutants that carry a phosphomimetic or unphosphorylatable serine residue (S181D or S181A, respectively). Moreover, statistical analysis of immunoelectron microscopy showed that both phosphorylation mutants form distinct nanoclusters that do not overlap. Finally, induction of oncogenic K-Ras phosphorylation - by activation of protein kinase C (PKC) - increased its co-clustering with the phosphomimetic K-Ras mutant, whereas (when PKC is inhibited) non-phosphorylated oncogenic K-Ras clusters with the non-phosphorylatable K-Ras mutant. Most interestingly, PI 3-kinase (p110α) was found in phosphorylated K-Ras nanoclusters but not in non-phosphorylated K-Ras nanoclusters. In conclusion, our data provide - for the first time - evidence that PKC-dependent phosphorylation of oncogenic K-Ras induced its segregation in spatially distinct nanoclusters at the plasma membrane that, in turn, favor activation of Raf-1 and PI 3-kinase.

QUALIDADE DO ABACAXIZEIRO ‘BRS IMPERIAL’ EM FUNÇÃO DE DOSES DE N-K

A qualidade do fruto do abacaxizeiro é influenciada pelos macronutrientes, principalmente N e K. Este trabalho avaliou a influência de doses de N e K2O sobre as características de qualidade físico-químicas e sobre os defeitos externos e internos dos frutos de abacaxizeiro ‘BRS Imperial’. Aplicaram-se quatro doses de N (0; 160; 320; 550 kg ha-1) e quatro de K2O (0; 240;480 e 600 kg ha-1), em delineamento experimental em blocos ao acaso, com cinco repetições, em um fatorial completo 42. As doses de N e K2O influenciaram todas as variáveisfísico-químicasestudadas, exceto a firmeza dos frutos, que apresentaram média de 10,7 kgf. As doses de N reduziram a acidez titulável (AT) e os sólidos solúveis (SS) e aumentaram o pH e o ratio dos frutos, apresentando, na dose de 550 kg ha-1 de N, os valores médios de 0,31%, 17,9 oBrix, 4,02 e 57,7, respectivamente. As doses de K2O aumentaram AT e os SS, e reduziram o ratio dos frutos, apresentando, na dose de 600 kg ha-1 de K2O, os valores médios de 0,41%, 19,4 oBrix e 47,9, respectivamente. O pH respondeu de forma quadrática, com o valor mínimo de 3,95 na dose de 273 kg ha-1 de K2O. As correlações significativas de Pearson indicaram que plantas com maiores teores foliares de N na época da indução floral produziram frutos com menor AT e SS, enquanto aquelas com maiores teores foliares de K apresentaram maior AT e SS nos frutos. Com aplicação de 550 kg ha de-1 N, os frutos apresentaram translucidez entre 50 e 75% sem adubação potássica e de menos de 25% de translucidez na dose de 400 kg ha-1 de K2O.