Can power laws help us understand gene and proteome information?

Proteins are biochemical entities consisting of one or more blocks typically folded in a 3D pattern. Each block (a polypeptide) is a single linear sequence of amino acids that are biochemically bonded together. The amino acid sequence in a protein is defined by the sequence of a gene or several genes encoded in the DNA-based genetic code. This genetic code typically uses twenty amino acids, but in certain organisms the genetic code can also include two other amino acids. After linking the amino acids during protein synthesis, each amino acid becomes a residue in a protein, which is then chemically modified, ultimately changing and defining the protein function. In this study, the authors analyze the amino acid sequence using alignment-free methods, aiming to identify structural patterns in sets of proteins and in the proteome, without any other previous assumptions. The paper starts by analyzing amino acid sequence data by means of histograms using fixed length amino acid words (tuples). After creating the initial relative frequency histograms, they are transformed and processed in order to generate quantitative results for information extraction and graphical visualization. Selected samples from two reference datasets are used, and results reveal that the proposed method is able to generate relevant outputs in accordance with current scientific knowledge in domains like protein sequence/proteome analysis.

European information users: topics from a comparative analysis within the European Union

Purpose – The aim of this article is to present some results from research undertaken into the information behaviour of European Documentation Centre (EDC) users. It will reflect on the practices of a group of 234 users of 55 EDCs covering 21 Member States of the European Union (EU), used to access European information. Design/methodology/approach – In order to collect the data presented here, five questionnaires were sent to users in all the EDCs in Finland, Ireland, Hungary and Portugal. In the remaining EU countries, five questionnaires were sent to two EDCs chosen at random. The questionnaires were sent by post, following telephone contact with the EDC managers. Findings – Factors determining access to information on the European Union and the frequency of this access are identified. The information providers most commonly used to access European information and the information sources considered the most reliable by respondents will also be analysed. Another area of analysis concerns the factors cited by respondents as facilitating access to information on Europe or, conversely, making it more difficult to access. Parallel to this, the aspects of accessing information on EU that are valued most by users will also be assessed. Research limitations/implications – Questionnaires had to be used, as the intention was to cover a very extensive geographical area. However, in opting for closed questions, it is acknowledged that standard responses have been obtained with no scope for capturing the individual circumstances of each respondent, thus making a qualitative approach difficult. Practical implications – The results provide an overall picture of certain aspects of the information behaviour of EDC users. They may serve as a starting point for planning training sessions designed to develop the skills required to search, access, evaluate and apply European information within an academic context. From a broader perspective, they also constitute factors which the European Commission should take into consideration when formulating its information and communication policy. Originality/value – This is the first piece of academic research into the EDCs and their users, which aimed to cover all Members State of the EU.

Group decision making and Quality-of-information in e-Health systems

Knowledge is central to the modern economy and society. Indeed, the knowledge society has transformed the concept of knowledge and is more and more aware of the need to overcome the lack of knowledge when has to make options or address its problems and dilemmas. One’s knowledge is less based on exact facts and more on hypotheses, perceptions or indications. Even when we use new computational artefacts and novel methodologies for problem solving, like the use of Group Decision Support Systems (GDSSs), the question of incomplete information is in most of the situations marginalized. On the other hand, common sense tells us that when a decision is made it is impossible to have a perception of all the information involved and the nature of its intrinsic quality. Therefore, something has to be made in terms of the information available and the process of its evaluation. It is under this framework that a Multi-valued Extended Logic Programming language will be used for knowledge representation and reasoning, leading to a model that embodies the Quality-of-Information (QoI) and its quantification, along the several stages of the decision-making process. In this way, it is possible to provide a measure of the value of the QoI that supports the decision itself. This model will be here presented in the context of a GDSS for VirtualECare, a system aimed at sustaining online healthcare services.

Gestão e monitorização de uma rede departamental: um caso de estudo

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Segurança contra intrusão em redes informáticas

Devido ao facto de hoje em dia a informação que é processada numa rede informática empresarial, ser cada vez mais de ordem confidencial, torna-se necessário que essa informação esteja o mais protegida possível. Ao mesmo tempo, é necessário que esta a informação esteja disponível com a devida rapidez, para os parceiros certos, num mundo cada vez mais globalizado. Com este trabalho pretende-se efectuar o estudo e implementação da segurança, numa pequena e genérica rede de testes, que facilmente seja extrapolada, para uma rede da dimensão, de uma grande empresa com potenciais ramificações por diversos locais. Pretende-se implementar/monitorização segurança quer externamente, (Internet service provider ISP) quer internamente (activos de rede, postos de trabalho/utilizadores). Esta análise é baseada na localização (local, wireless ou remota), e, sempre que seja detectada qualquer anomalia, seja identificada a sua localização, sendo tomadas automaticamente acções de protecção. Estas anomalias poderão ser geridas recorrendo a ferramentas open source ou comerciais, que façam a recolha de toda a informação necessária, e tomem acções de correcção ou alerta mediante o tipo de anomalia.

Side information creation for efficient Wyner-Ziv video coding: Classifying and reviewing

Video coding technologies have played a major role in the explosion of large market digital video applications and services. In this context, the very popular MPEG-x and H-26x video coding standards adopted a predictive coding paradigm, where complex encoders exploit the data redundancy and irrelevancy to 'control' much simpler decoders. This codec paradigm fits well applications and services such as digital television and video storage where the decoder complexity is critical, but does not match well the requirements of emerging applications such as visual sensor networks where the encoder complexity is more critical. The Slepian Wolf and Wyner-Ziv theorems brought the possibility to develop the so-called Wyner-Ziv video codecs, following a different coding paradigm where it is the task of the decoder, and not anymore of the encoder, to (fully or partly) exploit the video redundancy. Theoretically, Wyner-Ziv video coding does not incur in any compression performance penalty regarding the more traditional predictive coding paradigm (at least for certain conditions). In the context of Wyner-Ziv video codecs, the so-called side information, which is a decoder estimate of the original frame to code, plays a critical role in the overall compression performance. For this reason, much research effort has been invested in the past decade to develop increasingly more efficient side information creation methods. This paper has the main objective to review and evaluate the available side information methods after proposing a classification taxonomy to guide this review, allowing to achieve more solid conclusions and better identify the next relevant research challenges. After classifying the side information creation methods into four classes, notably guess, try, hint and learn, the review of the most important techniques in each class and the evaluation of some of them leads to the important conclusion that the side information creation methods provide better rate-distortion (RD) performance depending on the amount of temporal correlation in each video sequence. It became also clear that the best available Wyner-Ziv video coding solutions are almost systematically based on the learn approach. The best solutions are already able to systematically outperform the H.264/AVC Intra, and also the H.264/AVC zero-motion standard solutions for specific types of content. (C) 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.

Classificação de anomalias e redução de falsos positivos em sistemas de detecção de intrusão baseados em rede utilizando métodos de agrupamento

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Optimization, high availability and redundancy in information communications and technology using networks and systems virtualization architectures

Mestrado em Engenharia Informática

A denoising approach for iterative side information creation in distributed video coding

In distributed video coding, motion estimation is typically performed at the decoder to generate the side information, increasing the decoder complexity while providing low complexity encoding in comparison with predictive video coding. Motion estimation can be performed once to create the side information or several times to refine the side information quality along the decoding process. In this paper, motion estimation is performed at the decoder side to generate multiple side information hypotheses which are adaptively and dynamically combined, whenever additional decoded information is available. The proposed iterative side information creation algorithm is inspired in video denoising filters and requires some statistics of the virtual channel between each side information hypothesis and the original data. With the proposed denoising algorithm for side information creation, a RD performance gain up to 1.2 dB is obtained for the same bitrate.

Benchmarking de uma aproximação de ticketing as a service (Taas)

Dissertação de natureza científica realizada para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Redes de Computadores e Multimédia

Representações dos pais primíparos e multíparos sobre creche

Dissertação apresentada na Escola Superior de Educação de Lisboa, para obtenção do grau de Mestre em Ciências da Educação - Especialidade Intervenção Precoce

Descoberta de conhecimento em Logs de tentativas de intrusão. Um estudo de caso em Instituições de Ensino Superior

Perante a evolução constante da Internet, a sua utilização é quase obrigatória. Através da web, é possível conferir extractos bancários, fazer compras em países longínquos, pagar serviços sem sair de casa, entre muitos outros. Há inúmeras alternativas de utilização desta rede. Ao se tornar tão útil e próxima das pessoas, estas começaram também a ganhar mais conhecimentos informáticos. Na Internet, estão também publicados vários guias para intrusão ilícita em sistemas, assim como manuais para outras práticas criminosas. Este tipo de informação, aliado à crescente capacidade informática do utilizador, teve como resultado uma alteração nos paradigmas de segurança informática actual. Actualmente, em segurança informática a preocupação com o hardware é menor, sendo o principal objectivo a salvaguarda dos dados e continuidade dos serviços. Isto deve-se fundamentalmente à dependência das organizações nos seus dados digitais e, cada vez mais, dos serviços que disponibilizam online. Dada a mudança dos perigos e do que se pretende proteger, também os mecanismos de segurança devem ser alterados. Torna-se necessário conhecer o atacante, podendo prever o que o motiva e o que pretende atacar. Neste contexto, propôs-se a implementação de sistemas de registo de tentativas de acesso ilícitas em cinco instituições de ensino superior e posterior análise da informação recolhida com auxílio de técnicas de data mining (mineração de dados). Esta solução é pouco utilizada com este intuito em investigação, pelo que foi necessário procurar analogias com outras áreas de aplicação para recolher documentação relevante para a sua implementação. A solução resultante revelou-se eficaz, tendo levado ao desenvolvimento de uma aplicação de fusão de logs das aplicações Honeyd e Snort (responsável também pelo seu tratamento, preparação e disponibilização num ficheiro Comma Separated Values (CSV), acrescentando conhecimento sobre o que se pode obter estatisticamente e revelando características úteis e previamente desconhecidas dos atacantes. Este conhecimento pode ser utilizado por um administrador de sistemas para melhorar o desempenho dos seus mecanismos de segurança, tais como firewalls e Intrusion Detection Systems (IDS).

Interface HL7 para observation patterns

Com a generalização das tecnologias de informação e comunicação na área da saúde, a monitorização remota de pacientes, a partir de dispositivos móveis, é uma realidade que contribui para uma melhor qualidade de vida dos pacientes. Mas, não são só os pacientes que ganham com a introdução destas tecnologias, também os profissionais de saúde e os hospitais retiram as suas vantagens. Os profissionais de saúde são munidos de uma ferramenta móvel de monitorização permanente de sinais vitais, aumentando desta forma a ligação médico-paciente. Relativamente aos hospitais, estes vêem os custos de manutenção reduzirem, em virtude da possibilidade dos pacientes puderem ser monitorizados a partir dos seus lares. Neste projecto pretende-se identificar mecanismos que possibilitem responder de forma eficaz à necessidade de partilha de informação, nomeadamente protocolos de comunicação, segurança e sistemas de integração. Foi projectado um protótipo, constituído por um middleware e uma aplicação cliente móvel, onde o middleware tem como missão garantir a interoperabilidade entre um servidor HL7 e a aplicação cliente, utilizada pelo profissional de saúde. A normalização da informação médica trocada entre o servidor HL7 e o middleware obedece à norma internacional HL7.

A importância da informação contabilística multidimensional face às necessidades dos múltiplos stakeholders: estudo de caso da entidade BETA, SROC, Lda.

Mestrado em Contabilidade

Sistemas de informação ao público nos transportes públicos de passageiros: análise crítica

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia na Área de especialização em Vias de Comunicação e Transportes