Aerodynamic database error filtering via high order singular value decomposition

Esta Tesis presenta un nuevo método para filtrar errores en bases de datos multidimensionales. Este método no precisa ninguna información a priori sobre la naturaleza de los errores. En concreto, los errrores no deben ser necesariamente pequeños, ni de distribución aleatoria ni tener media cero. El único requerimiento es que no estén correlados con la información limpia propia de la base de datos. Este nuevo método se basa en una extensión mejorada del método básico de reconstrucción de huecos (capaz de reconstruir la información que falta de una base de datos multidimensional en posiciones conocidas) inventado por Everson y Sirovich (1995). El método de reconstrucción de huecos mejorado ha evolucionado como un método de filtrado de errores de dos pasos: en primer lugar, (a) identifica las posiciones en la base de datos afectadas por los errores y después, (b) reconstruye la información en dichas posiciones tratando la información de éstas como información desconocida. El método resultante filtra errores O(1) de forma eficiente, tanto si son errores aleatorios como sistemáticos e incluso si su distribución en la base de datos está concentrada o esparcida por ella. Primero, se ilustra el funcionamiento delmétodo con una base de datosmodelo bidimensional, que resulta de la dicretización de una función transcendental. Posteriormente, se presentan algunos casos prácticos de aplicación del método a dos bases de datos tridimensionales aerodinámicas que contienen la distribución de presiones sobre un ala a varios ángulos de ataque. Estas bases de datos resultan de modelos numéricos calculados en CFD. ABSTRACT A method is presented to filter errors out in multidimensional databases. The method does not require any a priori information about the nature the errors. In particular, the errors need not to be small, neither random, nor exhibit zero mean. Instead, they are only required to be relatively uncorrelated to the clean information contained in the database. The method is based on an improved extension of a seminal iterative gappy reconstruction method (able to reconstruct lost information at known positions in the database) due to Everson and Sirovich (1995). The improved gappy reconstruction method is evolved as an error filtering method in two steps, since it is adapted to first (a) identify the error locations in the database and then (b) reconstruct the information in these locations by treating the associated data as gappy data. The resultingmethod filters out O(1) errors in an efficient fashion, both when these are random and when they are systematic, and also both when they concentrated and when they are spread along the database. The performance of the method is first illustrated using a two-dimensional toymodel database resulting fromdiscretizing a transcendental function and then tested on two CFD-calculated, three-dimensional aerodynamic databases containing the pressure coefficient on the surface of a wing for varying values of the angle of attack. A more general performance analysis of the method is presented with the intention of quantifying the randomness factor the method admits maintaining a correct performance and secondly, quantifying the size of error the method can detect. Lastly, some improvements of the method are proposed with their respective verification.

“O CRISTO AFOGADO: UMA NÃO-CRISTOLOGIA” RELIGIÃO, LITERATURA E PÓS-COLONIALISMO

O objetivo dessa tese é aprofundar, a partir do discurso pós-colonial, uma crise na perspectiva teológica da libertação. Esta promoveu, na década de 1970, uma reviravolta nos estudos teológicos no terceiro mundo. Para tanto, leremos um conto de Gabriel García Márquez chamado “El ahogado más hermosodel mundo” (1968) analizando e avaliando as estratégias políticas e culturais ali inscritas. Para levar a frente tal avaliação é preciso ampliar o escopo de uma visão que divide o mundo em secular/religioso, ou em ideias/práticas religiosas e não religiosas, para dar passo a uma visão unificada que compreende a mundanalidade, tanto do que é catalogado como ‘religioso’ quanto do que se pretende ‘não religioso’. A teologia/ciências da religião, como discurso científico sobre a economia das trocas que lidam com visões, compreensões e práticas de mundo marcadas pelo reconhecimento do mistério que lhes é inerente, possuem um papel fundamental na compreensão, explicitação, articulação e disponibilização de tais forças culturais. A percepção de existirem elementos no conto que se relacionam com os símbolos sobre Jesus/Cristo nos ofereceu um vetor de análise; entretanto, não nos deixamos limitar pelos grilhões disciplinares que essa simbologia implica. Ao mesmo tempo, esse vínculo, compreendido desde a relação imperial/colonial inerente aos discursos e imagens sobre Jesus-Cristo, embora sem centralizar a análise, não poderia ficar intocado. Partimos para a construção de uma estrutura teórica que explicitasse os valores, gestos, e horizontes mundanos do conto, cristológicos e não-cristológicos, contribuindo assim para uma desestabilização dos quadros tradicionais a partir dos quais se concebem a teologia e as ciências da religião, a obra de García Márquez como literatura, e a geografia imperial/colonial que postula o realismo ficcional de territórios como “América Latina”. Abrimos, assim, um espaço de significação que lê o conto como uma “não-cristologia”, deslocando o aprisionamento disciplinar e classificatório dos elementos envolvidos na análise. O discurso crítico de Edward Said, Homi Bhabha e GayatriSpivak soma-se à prática teórica de teólogas críticas feministas da Ásia, da África e da América Latina para formular o cenário político emancipatório que denominaremos teologia crítica secular.

Multiprotein bridging factor 1 (MBF1) is an evolutionarily conserved transcriptional coactivator that connects a regulatory factor and TATA element-binding protein

Multiprotein bridging factor 1 (MBF1) is a transcriptional cofactor that bridges between the TATA box-binding protein (TBP) and the Drosophila melanogaster nuclear hormone receptor FTZ-F1 or its silkworm counterpart BmFTZ-F1. A cDNA clone encoding MBF1 was isolated from the silkworm Bombyx mori whose sequence predicts a basic protein consisting of 146 amino acids. Bacterially expressed recombinant MBF1 is functional in interactions with TBP and a positive cofactor MBF2. The recombinant MBF1 also makes a direct contact with FTZ-F1 through the C-terminal region of the FTZ-F1 DNA-binding domain and stimulates the FTZ-F1 binding to its recognition site. The central region of MBF1 (residues 35–113) is essential for the binding of FTZ-F1, MBF2, and TBP. When the recombinant MBF1 was added to a HeLa cell nuclear extract in the presence of MBF2 and FTZ622 bearing the FTZ-F1 DNA-binding domain, it supported selective transcriptional activation of the fushi tarazu gene as natural MBF1 did. Mutations disrupting the binding of FTZ622 to DNA or MBF1, or a MBF2 mutation disrupting the binding to MBF1, all abolished the selective activation of transcription. These results suggest that tethering of the positive cofactor MBF2 to a FTZ-F1-binding site through FTZ-F1 and MBF1 is essential for the binding site-dependent activation of transcription. A homology search in the databases revealed that the deduced amino acid sequence of MBF1 is conserved across species from yeast to human.

Bacterial diversity within the human subgingival crevice

Molecular, sequence-based environmental surveys of microorganisms have revealed a large degree of previously uncharacterized diversity. However, nearly all studies of the human endogenous bacterial flora have relied on cultivation and biochemical characterization of the resident organisms. We used molecular methods to characterize the breadth of bacterial diversity within the human subgingival crevice by comparing 264 small subunit rDNA sequences from 21 clone libraries created with products amplified directly from subgingival plaque, with sequences obtained from bacteria that were cultivated from the same specimen, as well as with sequences available in public databases. The majority (52.5%) of the directly amplified 16S rRNA sequences were <99% identical to sequences within public databases. In contrast, only 21.4% of the sequences recovered from cultivated bacteria showed this degree of variability. The 16S rDNA sequences recovered by direct amplification were also more deeply divergent; 13.5% of the amplified sequences were more than 5% nonidentical to any known sequence, a level of dissimilarity that is often found between members of different genera. None of the cultivated sequences exhibited this degree of sequence dissimilarity. Finally, direct amplification of 16S rDNA yielded a more diverse view of the subgingival bacterial flora than did cultivation. Our data suggest that a significant proportion of the resident human bacterial flora remain poorly characterized, even within this well studied and familiar microbial environment.

GenEST, a powerful bidirectional link between cDNA sequence data and gene expression profiles generated by cDNA-AFLP

The release of vast quantities of DNA sequence data by large-scale genome and expressed sequence tag (EST) projects underlines the necessity for the development of efficient and inexpensive ways to link sequence databases with temporal and spatial expression profiles. Here we demonstrate the power of linking cDNA sequence data (including EST sequences) with transcript profiles revealed by cDNA-AFLP, a highly reproducible differential display method based on restriction enzyme digests and selective amplification under high stringency conditions. We have developed a computer program (GenEST) that predicts the sizes of virtual transcript-derived fragments (TDFs) of in silico-digested cDNA sequences retrieved from databases. The vast majority of the resulting virtual TDFs could be traced back among the thousands of TDFs displayed on cDNA-AFLP gels. Sequencing of the corresponding bands excised from cDNA-AFLP gels revealed no inconsistencies. As a consequence, cDNA sequence databases can be screened very efficiently to identify genes with relevant expression profiles. The other way round, it is possible to switch from cDNA-AFLP gels to sequences in the databases. Using the restriction enzyme recognition sites, the primer extensions and the estimated TDF size as identifiers, the DNA sequence(s) corresponding to a TDF with an interesting expression pattern can be identified. In this paper we show examples in both directions by analyzing the plant parasitic nematode Globodera rostochiensis. Various novel pathogenicity factors were identified by combining ESTs from the infective stage juveniles with expression profiles of ∼4000 genes in five developmental stages produced by cDNA-AFLP.

Sequence similarity analysis of Escherichia coli proteins: functional and evolutionary implications.

A computer analysis of 2328 protein sequences comprising about 60% of the Escherichia coli gene products was performed using methods for database screening with individual sequences and alignment blocks. A high fraction of E. coli proteins--86%--shows significant sequence similarity to other proteins in current databases; about 70% show conservation at least at the level of distantly related bacteria, and about 40% contain ancient conserved regions (ACRs) shared with eukaryotic or Archaeal proteins. For > 90% of the E. coli proteins, either functional information or sequence similarity, or both, are available. Forty-six percent of the E. coli proteins belong to 299 clusters of paralogs (intraspecies homologs) defined on the basis of pairwise similarity. Another 10% could be included in 70 superclusters using motif detection methods. The majority of the clusters contain only two to four members. In contrast, nearly 25% of all E. coli proteins belong to the four largest superclusters--namely, permeases, ATPases and GTPases with the conserved "Walker-type" motif, helix-turn-helix regulatory proteins, and NAD(FAD)-binding proteins. We conclude that bacterial protein sequences generally are highly conserved in evolution, with about 50% of all ACR-containing protein families represented among the E. coli gene products. With the current sequence databases and methods of their screening, computer analysis yields useful information on the functions and evolutionary relationships of the vast majority of genes in a bacterial genome. Sequence similarity with E. coli proteins allows the prediction of functions for a number of important eukaryotic genes, including several whose products are implicated in human diseases.

Los homenajes a Eva Perón como prácticas de memoria en tiempos de la Resistencia peronista (1955-1963)

El objetivo de este artículo apunta a visualizar los homenajes efectuados en memoria de Eva Perón como instancias de participación en la Resistencia peronista (1955-1963), a partir del análisis de fuentes periodísticas, informes de inteligencia y entrevistas. La observación de este tipo de prácticas nos ha permitido analizar cómo se realizó el proceso de construcción de memoria durante esta etapa y sus anclajes materiales, el carácter religioso que impregnó a dichas prácticas, y cómo la imagen de Eva Perón se constituyó en una instancia de legitimación para la participación política femenina, aunque fueron atributos conservadores los que habilitaron dicha participación

Reconfigurable computing for Monte Carlo simulations: results and prospects of the Janus project

We describe Janus, a massively parallel FPGA-based computer optimized for the simulation of spin glasses, theoretical models for the behavior of glassy materials. FPGAs (as compared to GPUs or many-core processors) provide a complementary approach to massively parallel computing. In particular, our model problem is formulated in terms of binary variables, and floating-point operations can be (almost) completely avoided. The FPGA architecture allows us to run many independent threads with almost no latencies in memory access, thus updating up to 1024 spins per cycle. We describe Janus in detail and we summarize the physics results obtained in four years of operation of this machine; we discuss two types of physics applications: long simulations on very large systems (which try to mimic and provide understanding about the experimental non equilibrium dynamics), and low-temperature equilibrium simulations using an artificial parallel tempering dynamics. The time scale of our non-equilibrium simulations spans eleven orders of magnitude (from picoseconds to a tenth of a second). On the other hand, our equilibrium simulations are unprecedented both because of the low temperatures reached and for the large systems that we have brought to equilibrium. A finite-time scaling ansatz emerges from the detailed comparison of the two sets of simulations. Janus has made it possible to perform spin glass simulations that would take several decades on more conventional architectures. The paper ends with an assessment of the potential of possible future versions of the Janus architecture, based on state-of-the-art technology.

Indicadores para avaliação de efeitos de intervenções de saneamento básico: a questão da sustentabilidade

As intervenções de saneamento básico, ou seja, as obras para implantação ou ampliação de sistemas de abastecimento de água e de esgotamento sanitário têm sido relacionadas à redução das taxas de mortalidade infantil ocorrida no estado de São Paulo nas últimas décadas. De fato, a relação entre saneamento básico e saúde pública é antiga, principalmente no que se refere ao controle das doenças de veiculação hídrica. Entretanto, ela se mostra muito fraca, ou até nula, para regiões onde os índices de cobertura por redes de água e esgotos já se encontram em patamares acima da média nacional, como é o caso de grande parte dos municípios do estado de São Paulo. Uma abordagem do saneamento básico, sob o ponto de vista da complexidade de suas relações, considerando aspectos multidimensionais, faz-se necessária como forma de repensar o setor de forma mais ampla, fugindo do senso comum. O objetivo desta pesquisa foi identificar, analisar e descrever indicadores de sustentabilidade que pudessem estabelecer uma nova base para avaliação de efeitos de intervenções de saneamento básico, melhorando a determinação e acompanhamento dos impactos decorrentes, constituindo, então, uma matriz de indicadores específicos para a área, a partir da investigação dos conceitos de sustentabilidade e seus desdobramentos para o setor saneamento básico e o ambiente empresarial. Pesquisas em bases de dados públicas permitiram a identificação e seleção de indicadores multidimensionais para o saneamento, assim como a análise de correlação entre os indicadores selecionados possibilitou identificar possíveis benefícios de curto, médio e longo prazos, oriundos das intervenções de saneamento para os municípios do Vale do Ribeira. Utilizando modelos de organização de indicadores, como o Triple Bottom Line (TBL) e a matriz de indicadores FPSEEA, da Organização Mundial da Saúde (OMS), com algumas adaptações, foi possível agrupar os indicadores de forma a permitir uma visão integrada das dimensões da sustentabilidade e, dessa maneira, determinar que as intervenções de saneamento básico possuem relações sistêmicas com indicadores sociais, ambientais e econômicos, que possibilitem, a partir de sua execução, o estabelecimento de um círculo virtuoso para os municípios

Productividad científica en España sobre las profesiones de comunicación entre 1971 y 2009

A la luz de la Convergencia Europea, los títulos de grado en comunicación elaborados en España están fundamentados en las competencias requeridas para el ejercicio de cada una de las profesiones. Es necesario, pues, analizar al profesional de la Publicidad y las Relaciones Públicas, del Periodismo y de la Comunicación Audiovisual. Este trabajo pretende conocer los estudios de investigación centrados en este tema. Realiza una revisión sistemática de los artículos, libros y tesis doctorales sobre las profesiones de comunicador desde la década de los setenta hasta 2009, en las bases de datos ISOC, ISBN y TESEO. Extrae indicadores bibliométricos y sigue los criterios de evaluación mantenidos por la CNEAI (Comisión Nacional Evaluadora de la Actividad Investigadora) y la ANECA (Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y Acreditación) para valorar las investigaciones. Los resultados muestran que es la firma del Plan Bolonia lo que parece iniciar un ciclo de atención hacia las profesiones de comunicación. Periodismo es la profesión más estudiada. La mayoría de los estudios no cumplen con los criterios de calidad de las agencias evaluadoras. En conjunto, se observa la necesidad de aumentar la cantidad y la calidad de las investigaciones para realizar planes de estudios «basados en evidencia», así como la pertinencia de fortalecer la formación de los investigadores en la metodología de la investigación social.

Especialización y revistas académicas españolas de Comunicación

Introducción. La especialización de las revistas se desprende de la clasificación que reciben en bases de datos y de los términos utilizados en su información pública (denominación, temática declarada y público destinatario). La especialización se manifiesta en la imagen proyectada por la revista y es decisiva para su elección y consideración; también indica el grado de consolidación del campo científico. Se adopta el enfoque de la Comunicación Estratégica. Metodología. Se realiza un análisis de contenido de las variables mencionadas en las webs y de las categorías de clasificación en IN-RECS, Dialnet, Carhus Plus+, RESH, DICE, MIAR e ISOC. La muestra está compuesta por 63 revistas académicas españolas de Comunicación. Resultados y conclusiones. La mayoría de revistas (80%) utiliza descriptores generalistas coincidentes con el campo científico o área de conocimiento. El 57% de revistas menciona subdisciplinas concretas manifestando un grado de especialización mayor. Se verifica que las denominaciones utilizadas por las bases de datos para nombrar el campo científico y el área de conocimiento presentan cierto desorden y no observan criterios comunes.

Macroecología y ecoinformática: sesgos, errores y predicciones en el modelado de distribuciones

Hoy en día es común estudiar los patrones globales de biodiversidad a partir de las predicciones generadas por diferentes modelos de nicho ecológico. Habitualmente, estos modelos se calibran con datos procedentes de bases de datos de libre acceso (e.g. GBIF). Sin embargo, a pesar de la facilidad de descarga y de la accesibilidad de los datos, la información almacenada sobre las localidades donde están presentes las especies suele tener sesgos y errores. Estos problemas en los datos de calibración pueden modificar drásticamente las predicciones de los modelos y con ello pueden enmascarar los patrones macroecológicos reales. El objetivo de este trabajo es investigar qué métodos producen resultados más precisos cuando los datos de calibración incluyen sesgos y cuáles producen mejores resultados cuando los datos de calibración tienen, además de sesgos, errores. Para ello creado una especie virtual, hemos proyectado su distribución en la península ibérica, hemos muestreado su distribución de manera sesgada y hemos calibrado dos tipos de modelos de distribución (Bioclim y Maxent) con muestras de distintos tamaños. Nuestros resultados indican que cuando los datos sólo están sesgados, los resultados de Bioclim son mejores que los de Maxent. Sin embargo, Bioclim es extremadamente sensible a la presencia de errores en los datos de calibración. En estas situaciones, el comportamiento de Maxent es mucho más robusto y las predicciones que proporciona son más ajustadas.

Estudio de fiabilidad y viabilidad de la Web 2.0 y la Web semántica para enriquecer lexicones en el dominio farmacológico

Los actuales sistemas de Reconocimiento de Entidades en el dominio farmacológico, necesarios como apoyo para el personal sanitario en el proceso de prescripción de un tratamiento farmacológico, sufren limitaciones relacionadas con la falta de cobertura de las bases de datos oficiales. Parece por tanto necesario analizar la fiabilidad de los recursos actuales existentes, tanto en la Web Semántica como en la Web 2.0, y determinar si es o no viable utilizar dichos recursos como fuentes de información complementarias que permitan generar y/o enriquecer lexicones empleados por sistemas de Reconocimiento de Entidades. Por ello, en este trabajo se analizan las principales fuentes de información relativas al dominio farmacológico disponibles en Internet. Este análisis permite concluir que existe información fiable y que dicha información permitiría enriquecer los lexicones existentes con sinónimos y otras variaciones léxicas o incluso con información histórica no recogida ni mantenida en las bases de datos oficiales.

Ingesta energética y de macronutrientes en mujeres atletas

Objetivo: determinar la ingesta de macronutrientes adecuada para mejorar el estado nutricional de las mujeres atletas y su rendimiento deportivo. Métodos: se realizó una búsqueda en cuatro bases de datos: EBSCO, Proquest, Pubmed y OvidSP, empleando las palabras clave “protein intake” AND “athletes” y “endurance athletes” AND “nutrition”. Criterios de selección: artículos originales sobre el consumo de proteínas en atletas femeninas (Entre 2009 y 2014), en revistas científicas indexadas. Resultados: se identificaron 722 artículos, de los cuales solo el 1,4% fueron considerados como incluidos. El 100% eran ensayos clínicos finalizados y publicados en el extranjero, el 50% en EE. UU. El 20% eran estudios exclusivos de mujeres atletas y el 80% incluían hombres y mujeres en la muestra. En el 70% de los estudios las mujeres atletas presentaron déficits energéticos; en la ingesta proteica, el 70% cumplieron con las recomendaciones dietéticas; la ingesta de hidratos de carbono fue inadecuada en el 90% de los ensayos clínicos y, en el 50%, las mujeres presentaban una sobreingesta de grasas. Conclusiones: existe una deficiencia de información acerca de la nutrición en mujeres atletas en Europa y a nivel internacional. Las atletas femeninas consumen energía y macronutrientes en menor proporción que los atletas masculinos. No existe consenso en el rango de proteínas recomendado y se encuentran discrepancias en el consumo en función del tipo de ejercicio físico que se realice. Se recomienda llevar a cabo un acuerdo entre instituciones científicas de prestigio sobre la ingesta energética y de macronutrientes en el deporte, especialmente en la mujer.

Impacto de la mutilación genital femenina en los objetivos del milenio

Objetivo: Relacionar la Mutilación Genital Femenina como factor negativo para la consecución de los Objetivos de Desarrollo del Milenio 1, 3, 4, 5 y 6. Métodos: Se ha realizado la recogida de datos a través de una revisión integradora de la literatura en los años 2014 y 2015. Se consultaron las bases de datos Medline/PubMed, Web of Science, LILACS, SCIELO, Tesis Doctorales TESEO y en las webs de WOK, UNICEF, UNAF y WHO utilizando los descriptores: circuncisión femenina, objetivos de desarrollo del milenio y mutilación genital femenina. Se incluyeron artículos publicados entre los años de 2010 y 2015, y se seleccionaron finalmente 24 artículos. Resultados: La Mutilación Genital Femenina es una práctica basada en discriminaciones de género que refuerza e incentiva el círculo de la pobreza. Provoca complicaciones físicas que pueden repercutir en la mortalidad y morbilidad infantil, así como en complicaciones en el embarazo y el parto y en la adquisición del virus de la inmunodeficiencia humana. Conclusión: La lucha contra la Mutilación Genital Femenina contribuye a la consecución de cinco de los ocho Objetivos del Milenio.