Frequencies of CCR5-D32, CCR2-64I and SDF1-3'A mutations in Human Immunodeficiency Virus (HIV) seropositive subjects and seronegative individuals from the state of Pará in Brazilian Amazonia

ABSTRACT: The distribution of genetic polymorphisms of chemokine receptors CCR5-D32, CCR2-64I and chemokine (SDF1-3 A) mutations were studied in 110 Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) seropositive individuals (seropositive group) and 139 seronegative individuals (seronegative group) from the population of the northern Brazilian city of Belém which is the capital of the state of Pará in the Brazilian Amazon. The CCR5-D32 mutation was found in the two groups at similar frequencies, i.e. 2.2% for the seronegative group and 2.7% for the seropositive group. The frequencies of the SDF1-3 A mutation were 21.0% for the seronegative group and 15.4% for the seropositive group, and the CCR2-64I allele was found at frequencies of 12.5% for the seronegative group and 5.4% for the seropositive group. Genotype distributions were consistent with Hardy-Weinberg expectations in both groups, suggesting that none of the three mutations has a detectable selective effect. Difference in the allelic and genotypic frequencies was statistically significant for the CCR2 locus, the frequency in the seronegative group being twice that found in the seropositive group. This finding may indicate a protective effect of the CCR2-64I mutation in relation to HIV transmission. However, considering that the CCR2-64I mutation has been more strongly associated with a decreased risk for progression for AIDS than to the resistance to the HIV infection, this could reflect an aspect of population structure or a Type I error.

Epidemiologia molecular das infecções por rotavírus G2 ao longo de 16 anos (1992 a 2008) na região amazônica, Brasil

No Brasil, estima-se que os rotavírus causem 3.352.053 episódios de diarreia, 655.853 ambulatoriais, 92.453 hospitalizações e 850 mortes envolvendo crianças menores de 5 anos de idade. Os rotavírus pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus. A partícula viral é constituída por três camadas proteicas concêntricas e pelo genoma viral reunindo 11 segmentos de RNA com dupla fita. Reconhecem-se 23 genótipos G e 31 genótipos P. Dentre os genótipos G detectados até o momento, o G2 atua como um dos mais importantes, estando geralmente associado ao genótipo P[4]. Nos últimos três anos se tem observado em larga escala global a reemergência do genótipo G2, sendo um dos mais detectados nos anos que sucederam a implantação da vacina contra rotavírus, particularmente no Brasil. Este estudo teve como objetivo a caracterização molecular de amostras do tipo G2 obtidas de crianças participantes de estudos em gastroenterites virais na região amazônica, Brasil, no período de 1992 a 2008. Foram selecionadas 53 amostras positivas para rotavírus genótipo G2 que foram sequenciadas para VP7 e 38 para VP4. Inicialmente, as amostras foram genotipadas por RT-PCR e seus produtos purificados, quantificados e sequenciados. As amostras também foram testadas quanto ao perfil de migração dos segmentos de RNA. As sequências obtidas dos genes VP4 e VP7 foram alinhadas e editadas no programa Bioedit (v.6.05) e comparadas a outras sequências de RV registradas no banco de genes utilizando o programa BLAST. A árvore filogenética foi feita utilizando o programa Mega 2.1. Do total de 53 amostras sequenciadas para o gene VP7, a análise filogenética revelou a existência de duas linhagens (II e III) e três sublinhagens (IIa, IIc, IId) que circularam em períodos diferentes na população. Amostras das sub-linhagem IIa e IIc apresentaram mutação na posição no aminoácido da posição 96 (Asp/ Asn) . Essa modificação pode resultar em uma alteração conformacional dos epítopos reconhecidos por anticorpos neutralizantes. As linhagens de G2 que circularam em Belém foram idênticas àquelas de outros Estados da região amazônica envolvidos no estudo. O gene VP[4] foi sequenciado na região da VP8*, sendo 36 pertencentes do genótipo P[4] e 3 ao P[6]. No genótipo P[4] foi identificada a circulação de duas linhagens, P[4]-4 ocorrendo nos anos de 1998-2000, e P[4]-5 que circulou nos períodos de 1993-1994 e 2006-2008. Nossos resultados reforçam dados de ocorrência continental que evidenciam a reemergência do genótipo G2 com a variante gênica IIc, a qual se estabeleceu na população em associação com o genótipo P[4]-5. A grande homologia entre as cepas de G2 que circularam entre os diferentes estados envolvidos no estudo sugere que as mutações registradas ultrapassaram barreiras geográficas e temporais.

Estudo da influência do uso de agrotóxicos e de polimorfismo do gene GSTT1 na etiologia de fissuras labiopalatais em pacientes do Estado do Pará

Defeito congênito ou malformação congênita é qualquer anomalia anatômica, metabólica ou funcional, herdada por um mecanismo de transmissão mendeliana, ou causada por uma mutação gênica nova, por uma alteração cromossômica ou por uma agressão física, química ou infecciosa sobre o feto ou embrião em desenvolvimento. Suas causas podem ser genéticas ou ambientais, sendo, na maioria das vezes, de origem multifatorial, onde fatores de predisposição genética interagem com fatores ambientais desencadeadores. No estado do Pará, um grande número de indivíduos acometidos por Fissuras Labiopalatinas são oriundos de zonas rurais, principalmente no nordeste do estado onde sabidamente se faz uso indiscriminado de agrotóxicos nocivos a saúde humana, muitos dos quais tem alto potências teratogênico .O objetivo de nosso estudo foi Investigar a associação entre o polimorfismo (rs4630) no gene GSTT1 e a exposição a agrotóxicos na etiologia das fissuras lábio palatinas, bem como analisar o padrão das alterações de fala dos pacientes de acordo com o tipo da fissura . Foram analisados 83 pacientes portadores de Fissuras Palatinas, labiais ou Labiopalatinas de ambos os sexos, e 83 mães desses pacientes, todos oriundos do estado do Pará, com residência em zona rural e capital. Foram realizadas análises fonoaudiológicas e com o sangue desses indivíduos foi feita a análise molecular. A análise estatística foi realizada através dos programas estatísticos SPSS v. 12.0 e BioEstat v. 5.0. Os testes realizados foram os testes de Regressão Logística Multipla, teste x²e o teste exato de Fisher. O resultado consiste em cinco análises moleculares diferentes. Constatamos que a presença do alelo C no genótipo dos indivíduos pode influenciar no metabolismo de xenobióticos e aumentar o risco para desenvolver fissuras Orais.

Prevalência de genótipos e de mutantes pré-core A-1896 do vírus da hepatite B e suas implicações na hepatite crônica, em uma população da Amazônia oriental

A infecção pelo virus da hepatite B apresenta amplo espectro de manifestações clínicas. Objetivando conhecer os genótipos do HBV mais prevalentes e determinar a ocorrência da mutação pré-core A-1896, em uma população da Amazônia oriental, correlacionando com o diagnóstico clínico, foram selecionados 51 pacientes portadores crônicos de HBsAg e HBV-DNA positivos e divididos em três grupos: grupo A (n=14, pacientes assintomáticos); grupo B (n=20, sintomáticos HBeAg positivos) e grupo C (n=17, sintomáticos HBeAg negativos), sendo usado o sequenciador automático ABI modelo 377 para identificação de genótipos e mutantes pré-core. Os resultados evidenciaram o genótipo A como o mais prevalente, 81,8%, 89,5% e 93,7%, nos grupos A, B e C, respectivamente. A mutação pré-core A-1896 foi encontrada em 11,5% (3/26), sendo todos assintomáticos. Concluiu-se que na população estudada o genótipo A foi o mais prevalente e houve baixa ocorrência do mutante pré-core A-1896, ambos não se constituindo fatores agravantes da doença hepática.

Perfil mutacional do gene APC em pacientes com polipose adenomatosa familial no estado do Pará

O câncer colorretal é um grave problema de saúde pública na região norte, sendo a 3a neoplasia mais frequente entre os homens e a 2a entre as mulheres. Cerca de 10% destes tumores são hereditários e a polipose adenomatosa familial está entre as principais causas destes. Mutações no gene APC são responsáveis pelo desenvolvimento de tumores nestes pacientes e estão presentes desde a fase mais precoce na carcinogênese, além disso, existe uma relação entre o tipo de mutação e apresentação clínica da doença. Até o presente momento não existe uma publicação com o perfil de mutação do gene APC na região norte do país. Este trabalho tem como objetivo principal, identificar o perfil de mutações no gene APC em famílias do estado do Pará. Um total de 15 pacientes foi analisado provenientes de cinco famílias, todos atendidos no UNACON do HUJBB. Foi realizado a extração de DNA do sangue periférico e realizado um sequenciamento direto em um membro de cada família, obtendo desta forma um screening molecular e os demais membros da família foram genotipados pela técnica ARMS. A análise estatística foi realizada pelos softwares que acompanham o próprio produto. Neste estudo foram encontrados mutações nos 15 membros estudados (provenientes das 5 famílias), 40% das quais eram do tipo frameshift, 35% silenciadoras e 20% nonsense. Sendo que 60% de todas as mutações ocorreram na região MCR. Entre as três mutações mais frequentes na literatura, neste estudo foram encontradas duas: códon 1309 (em 40% dos indivíduos) e no códon 1061 (em 10% dos indivíduos). Estes números foram bem diferentes dos encontrados na literatura, reforçando o papel da miscigenação na frequência das mutações. A mutação c.3956delC foi a única encontrada em todas as famílias analisadas, o que pode comportar-se como um forte biomarcador desta síndrome. A avaliação clínica dos pacientes confirmou a correlação genótipo/fenótipo, sendo um fator determinante para o direcionamento clínico e aconselhamento genético. A plataforma confeccionada para análise de mutações pela técnica ARMS será de grande utilidade, já que conseguiu detectar mutações no 15 indivíduos estudados a um custo bem inferior que o sequenciamento direto por PCR.

Mucopolysaccharidoses in northern Brazil: targeted mutation screening and urinary glycosaminoglycan excretion in patients undergoing enzyme replacement therapy

Mucopolysaccharidoses (MPS) are rare lysosomal disorders caused by the deficiency of specific lysosomal enzymes responsible for glycosaminoglycan (GAG) degradation. Enzyme Replacement Therapy (ERT) has been shown to reduce accumulation and urinary excretion of GAG, and to improve some of the patients' clinical signs. We studied biochemical and molecular characteristics of nine MPS patients (two MPS I, four MPS II and three MPS VI) undergoing ERT in northern Brazil. The responsiveness of ERT was evaluated through urinary GAG excretion measurements. Patients were screened for eight common MPS mutations, using PCR, restriction enzyme tests and direct sequencing. Two MPS I patients had the previously reported mutation p.P533R. In the MPS II patients, mutation analysis identified the mutation p.R468W, and in the MPS VI patients, polymorphisms p.V358M and p.V376M were also found. After 48 weeks of ERT, biochemical analysis showed a significantly decreased total urinary GAG excretion in patients with MPS I (p < 0.01) and MPS VI (p < 0.01). Our findings demonstrate the effect of ERT on urinary GAG excretion and suggest the adoption of a screening strategy for genotyping MPS patients living far from the main reference centers.

Genotype effect on carcass and meat quality of lambs finished in irrigated pastures in the semiarid Northeastern Brazil

The aim of this study was to compare four genetic groups of sheep on the carcass and meat quality traits. Thirty-three contemporary and unrelated male lambs, all of single birth were used in the experiment, being thirteen from the Santa Inês (SI) breed, seven from the Brazilian Somali breed (BS), six from the Morada Nova (MN) breed and seven from the ½ Dorper - ½ Morada Nova (F1) crossbreed. The genotypes SI, BS and F1 presented similar performances in relation to hot and cold carcass weights, which values were 10.76±0.53kg and 10.46±0.52kg for SI, 9.20±0.73kg and 8.99±0.71kg for BS, and 9.35±0.73kg and 9.13±0.71kg for F1, respectively. The BS had a better hot carcass yield (47.10±0.88%) and cold carcass yield (46.00±0.87%). Better carcass conformation was observed in SI and F1 (2.73±0.12 and 2.50±0.17, respectively) while the BS presented a better finishing (3.29±0.20). The average for the rib eye area (REA) was 9.94±0.49cm², 8.66±0.67cm², 7.18±0.72cm² and 9.8±0.67cm², and for the carcass compactness index (CCI) it was 0.17±0.01kg/cm, 0.17±0.01kg/cm, 0.11±0.01kg/cm and 0.16±0,01kg/cm, for SI, SB, MN and F1, respectively. There were no significant differences between SI, BS and F1 regarding REA and CCI. Although, in general, the MN presented a relatively lower performance than the other genotypes, this breed had similar carcass yields and fat thickness when compared to SI and F1 and similar conformation and REA in comparison to the BS. Regarding meat quality, no differences were observed between genotypes, except for redness and cooking losses. It is concluded that no one group had a higher or lower performance in all traits analyzed. Moreover, for the management conditions employed in this study, there was evidence of greater specialization in meat production for genotypes SI, BS and F1 when compared to MN, although there are no substantial differences between the four groups regarding meat quality.

Characterization of cowpea genotype resistance to Callosobruchus maculatus

The objective of this work was to characterize the resistance of 50 cowpea (Vigna unguiculata) genotypes to Callosobruchus maculatus. A completely randomized design with five replicates per treatment (genotype) was used. No-choice tests were performed using the 50 cowpea genotypes to evaluate the preference for oviposition and the development of the weevil. The genotypes IT85 F-2687, MN05-841 B-49, MNC99-508-1, MNC99-510-8, TVu 1593, Canapuzinho-1-2, and Sanzi Sambili show non-preference-type resistance (oviposition and feeding). IT81 D-1045 Ereto and IT81 D-1045 Enramador exhibit antibiosis against C. maculatus and descend from resistant genitors, which grants them potential to be used in future crossings to obtain cowpea varieties with higher levels of resistance.

Application of Reactions Norms in Study of Genotype Environmental Interaction for Milk Yield of Buffaloes

The aim of this study was to estimate genetic parameters for milk yield (MY) in buffaloes using reaction norms. Model included the additive direct effect as random and contemporary group (herd and year of birth) were included as fixed effects and cow age classes (linear) as covariables. The animal additive direct random effect was modeled through linear Legendre polynomials on environment gradient (EG) standardized means. Mean trends were taken into account by a linear regression on Legendre polynomials of environmental group means. Residual variance was modeled trough 6 heterogeneity classes (EG). These classes of residual variance was formed : EG1: mean = 866,93 kg (621,68 kg-1011,76 kg); EG2: mean = 1193,00 kg (1011,76 kg-1251,49 kg); EG3: mean = 1309,37 kg (1251,49 kg -1393,20 kg); EG4: mean = 1497,59 kg (1393,20 kg-1593,53 kg); EG5: mean = 1664,78 kg (1593,53 kg -1727,32kg) e EG6: mean = 1973,85 kg (1727,32 kg -2422,19 kg).(Co) variance functions were estimated by restricted maximum likelihood (REML) using the GIBBS3F90 package. The heritability estimates for MY raised as the environmental gradient increased, varying from 0.20 to 0.40. However, in intermediate to favorable environments, the heritability estimates obtained with Considerable genotype-environment interaction was found for MY using reaction norms. For genetic evaluation of MY is necessary to consider heterogeneity of variances to model the residual variance.

A nonsynonymous mutation at HLA-E defines the new E*01:06 allele in Brazilian individuals

We report a novel nonclassical class I HLA-E*01:06 allele observed in Brazilian individuals.

High occurrence of Cryptosporidium ubiquitum and Giardia duodenalis genotype E in sheep from Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Genotype by environment interaction for post-weaning weight gain, scrotal circumference, and muscling score of composite beef cattle in different regions of Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Optimizing row spacing and plant population arrangement for a new short-height castor genotype in fall-winter

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Carbon isotope fractionation for cotton genotype selection

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)