Dominant Splice Site Mutations in PIK3R1 Cause Hyper IgM Syndrome, Lymphadenopathy and Short Stature.

The purpose of this research was to use next generation sequencing to identify mutations in patients with primary immunodeficiency diseases whose pathogenic gene mutations had not been identified. Remarkably, four unrelated patients were found by next generation sequencing to have the same heterozygous mutation in an essential donor splice site of PIK3R1 (NM_181523.2:c.1425 + 1G > A) found in three prior reports. All four had the Hyper IgM syndrome, lymphadenopathy and short stature, and one also had SHORT syndrome. They were investigated with in vitro immune studies, RT-PCR, and immunoblotting studies of the mutation's effect on mTOR pathway signaling. All patients had very low percentages of memory B cells and class-switched memory B cells and reduced numbers of naïve CD4+ and CD8+ T cells. RT-PCR confirmed the presence of both an abnormal 273 base-pair (bp) size and a normal 399 bp size band in the patient and only the normal band was present in the parents. Following anti-CD40 stimulation, patient's EBV-B cells displayed higher levels of S6 phosphorylation (mTOR complex 1 dependent event), Akt phosphorylation at serine 473 (mTOR complex 2 dependent event), and Akt phosphorylation at threonine 308 (PI3K/PDK1 dependent event) than controls, suggesting elevated mTOR signaling downstream of CD40. These observations suggest that amino acids 435-474 in PIK3R1 are important for its stability and also its ability to restrain PI3K activity. Deletion of Exon 11 leads to constitutive activation of PI3K signaling. This is the first report of this mutation and immunologic abnormalities in SHORT syndrome.

Characterization of the human and mouse ETV1/ER81 transcription factor genes: Role of the two alternatively spliced isoforms in the human

The Ets transcription factors of the PEA3 group - E1AF/PEA3, ETV1/ER81 and ERM - are almost identical in the ETS DNA-binding and the transcriptional acidic domains. To accelerate our understanding of the molecular basis of putative diseases linked to ETV1 such as Ewing's sarcoma we characterized the human ETV1 and the mouse ER81 genes. We showed that these genes are both encoded by 13 exons in more than 90 kbp genomic DNA, and that the classical acceptor and donor splicing sites are present in each junction except for the 5' donor site of intron 9 where GT is replaced by TT. The genomic organization of the ETS and acidic domains in the human ETV1 and mouse ER81 (localized to chromosome 12) genes is similar to that observed in human ERM and human E1AF/PEA3 genes. Moreover, as in human ERM and human E1AF/PEA3 genes, a first untranslated exon is upstream from the first methionine, and the mouse ER81 gene transcription is regulated by a 1.8 kbp of genomic DNA upstream from this exon. In human, the alternative splicing of the ETV1 gene leads to the presence (ETV1α) or the absence (ETV1β) of exon 5 encoding the C-terminal part of the transcriptional acidic domain, but without affecting the alpha helix previously described as crucial for transactivation. We demonstrated here that the truncated isoform (human ETV1β) and the full-length isoform (human ETV1α) bind similarly specific DNA Ets binding sites. Moreover, they both activate transcription similarly through the PKA-transduction pathway, so suggesting that this alternative splicing is not crucial for the function of this protein as a transcription factor. The comparison of human ETV1α and human ETV1β expression in the same tissues, such as the adrenal gland or the bladder, showed no clear-cut differences. Altogether, these data open a new avenue of investigation leading to a better understanding of the functional role of this transcription factor.

The NRF-1/α-PAL transcription factor regulates human E2F6 promoter activity

E2F6 is widely expressed in human tissues and cell lines. Recent studies have demonstrated its involvement in developmental patterning and in the regulation of various genes implicated in chromatin remodelling. Despite a growing number of studies, nothing is really known concerning the E2F6 expression regulation. To understand how cells control E2F6 expression, we analysed the activity of the previously cloned promoter region of the human E2F6 gene. DNase I footprinting, gel electrophoretic-mobility shift, transient transfection and site-directed mutagenesis experiments allowed the identification of two functional NRF-1/α-PAL (nuclear respiratory factor-1/α-palindrome-binding protein)-binding sites within the human E2F6 core promoter region, which are conserved in the mouse and rat E2F6 promoter region. Moreover, ChIP (chromatin immunoprecipitation) analysis demonstrated that overexpressed NRF-1/α-PAL is associated in vivo with the E2F6 promoter. Furthermore, overexpression of full-length NRF-1/α-PAL enhanced E2F6 promoter activity, whereas expression of its dominant-negative form reduced the promoter activity. Our results indicate that NRF-1/α-PAL is implicated in the regulation of basal E2F6 gene expression.

Bases moleculares de la interacción virus-planta : relación entre genes de defensa, ARNs pequeños y sintomatología

Los virus fitopatógenos producen alteraciones en el metabolismo y la fisiología de sus huéspedes provocadas principalmente por alteraciones en la expresión génica durante las infecciones. Numerosos cambios están asociados a respuestas de estrés y defensa y sus efectos secundarios son probablemente causantes de los síntomas. El uso de plantas transgénicas que expresan proteínas virales constituye un sistema útil para estudiar la complejidad de la interacción planta-virus. Con el fin de determinar patrones de expresión génica alterados, se emplearon líneas que expresan proteínas del TMV sin función supresora del silenciamiento: la proteína de cápside mutada (CPT42W), la proteína de movimiento (MP) y una línea co-expresante (MPxCPT42W) que mostró alteraciones morfológicas (semejantes a síntomas) y de acumulación de miARNs. Se realizó un microarreglo para detectar cambios transcripcionales asociados a la coexpresión de CPT42W y MP, utilizando como control una línea isogénica con ambos transgenes silenciados y fenotipo normal (mpxcpT42W*). Se estudiaron procesos biológicos cuyos genes mostraron alteraciones por la co-expresión de CPT42W y MP, focalizando en vías relacionadas a estrés oxidativo, inmunidad innata y vías degradación de ARN. Se demostró que CPT42W y MP modularon la defensa innata de un modo complejo: MP parecería actuar como inductor de defensa, alterando los niveles de ERO y SA mientras que CP jugaría un rol antagónico, inhibiendo la expresión de PR-1 y RDR1. Por otro lado, estudios funcionales en vías de degradación de ARN, demostraron que genes componentes del ARN exosoma, inducidos por la expresión de MP y CPT42W, estarían implicados en la alteración de miARNs y constituirían mecanismos alternativos subyacentes a la generación de síntomas en infecciones virales. Este trabajo constituye un importante aporte al entendimiento de los mecanismos de defensa antiviral y de producción de síntomas, proporcionando herramientas para diseñar nuevas estrategias biotecnológicas de control de virosis en cultivos de interés agronómico.

Fisiología del fruto de kiwi (Actinidia deliciosa) durante su desarrollo y ablandamiento : expresión de genes asociados y su modulación por etileno y 1-metilciclopropeno

A fin de investigar el efecto fisiológico del etileno y del 1-metilciclopropeno en el progreso del ablandamiento del kiwi, se trató los frutos con esos reguladores inmediatamente después de la cosecha, o con 1-metilciclopropeno en diferentes estadios de la maduración después de 40, 80 o 120 d de almacenamiento refrigerado (0ºC). El tratamiento con etileno inmediatamente después de la cosecha estimuló el ablandamiento de la pulpa, incrementó y adelantó el pico de producción de etileno y la expresión de los genes KWACS1 y KWACO1 involucrados en la biosíntesis del etileno. En cambio, el tratamiento con 1-metilciclopropeno en el mismo estadio retrasó marcadamente el ablandamiento e inhibió la producción de etileno. Los incrementos en la abundancia de transcriptos de KWACS1 y KWACO1 fueron bloqueados por el tratamiento con 1-metilciclopropeno, indicando que estos genes son regulados positivamente por el etileno. Los kiwis almacenados en frío (0 ºC) por 40, 80 o 120 d y luego tratados con 1-metilciclopropeno antes de su retorno a 20 ºC para su maduración ulterior mostraron una tasa reducida de ablandamiento de la pulpa y un estadio de madurez de consumo extendido. Estos resultados indican claramente que la aplicación de 1-metilciclopropeno puede jugar un papel significativo en el inicio y en el progreso del ablandamiento del kiwi. El 1-metilciclopropeno inhibió o restringió severamente la producción autocatalítica de etileno en cualquier estado de maduración. La transcripción de los genes KWACS1 y KWACO1 resulto inhibida por el tratamiento con 1-metilciclopropeno después de 40 y 80 d de almacenamiento en frío, sugiriendo que existe una regulación por retroalimentación positiva para la producción de etileno, incluso después del almacenamiento refrigerado. Para investigar los niveles de expresión de genes relacionados con la pared celular durante la ontogenia del kiwi y en respuesta a la aplicación de etileno y de 1-metilciclopropeno, se obtuvo una secuencia completa de cDNA a la cual se denominó AdGAL1, determinándose por análisis bioinformático que es un homólogo de ß-D-galactosidasa de kiwi. El producto deducido de la traducción de AdGAL1 consta de 728 aminoacidos de longitud mientras que laproteina madura posee una masa molecular predicha de 81,12 kDa y un pI teorico de 7,5. Se efectuaron reacciones de RT-PCR semicuantitativas para evaluar la expresión de AdGAL1 y de una serie de secuencias de ADN. Los transcriptos que hibridizan con AdGAL1 resultaron apenas detectables durante el crecimiento del fruto pero se observaron tanto en mesocarpo externo como en columela al comienzo del ablandamiento del fruto (Fase IV, Estadio 1), y durante el ablandamiento tardío (Estadio 3) sugiriendo su injerencia en las grandes pérdidas de galactosa de la pared celular durante el ablandamiento del kiwi. La abundancia de transcriptos que hibridizan con AdARF1 y AdARF/XYL (codificantes de alfa-L-arabinofuranosidasa y de alfa-L-arabinofuranosidasa/ß-D-xilosidasa putativas) permaneció relativamente constante a traves de todo el crecimiento y la maduración(...)

Introgresión diferencial de los genes Rht1 y Rht2 en cultivares de trigo pan en las distintas subregiones trigueras argentinas

p.107-113

Efecto modificador de genes supresores de la expresión fenotípica del floury-a en maíz

p.65-77

Socialising young literacy learners into a discourse of failure: Dominant discourses in literacy teaching and assessment and their impact on the progression of young literacy learners into employment

This paper argues that contemporary literacy programmes are a mismatch for the expectations of both the government and employers as well as the goals of learners. It submits that the dominant discourses in literacy provision have led to the emergence of a learning culture which not only fails the learners but is also incapable of meeting the aspirations of both the government and employers. To support this argument, the paper reports a small scale research project that analyses the perceptions of learners, teachers and employers who were involved in a work placement scheme for young literacy learners in a college of further education. Data for the study were collected through focus group and face to face interviews and analysed using the framework of discourse analysis provided by Gill (2000) with findings codified and analysed thematically. The study found that teachers were aware that their learners were not adequately prepared for the world of work because of the demands of the dominant discourses of quality and performance measurement which were most obviously manifested in their assessment, teaching methods and the attitudes of learners. It found that employers perceive young learners as inadequate in terms of the workplace expectations. Learners in the study revealed that their workplace culture and expectations were totally different from the culture to which they had been socialised in their studies. The study concludes that unless the dominance of these discourses is ameliorated, young literacy learners will continue to be socialised into a discourse of failure.