Desenvolvimento de Primer universal de SBE para codificação espectral de SNP

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia

Stresse térmico em plantas de trigo. Alterações na composição do grão

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Tecnologia e Segurança Alimentar

Gastroenterite Aguda por Rotavírus em Portugal: Estudo Multicêntrico

Os dados sobre diarreia por rotavírus em Portugal são limitados. Este estudo teve como objectivo estimar a proporção de gastroenterite aguda por este vírus em crianças observadas em serviços de urgência de vários hospitais do país e analisar as suas características clínicas e moleculares. Estudo prospectivo, multicêntrico, observacional, incluindo crianças como menos de 5 anos, com gastroenterite aguda, observadas em 10 serviços de urgência pediátricos, entre outubro de 2008 e setembro de 2009. Foram recolhidos dados demográfico e clínicos. as amostras positivas de rotavírus foram genotipadas por reacção em cadeia da polimerase. Foram incluídas 1846 crianças, 58% do sexo masculino, com idade média de 19,3 +- 14,4 meses. Foi identificado rotavírus nas fezes em 28,3% (intervalo de confiança 95%, 26,2-30,4%), com maior proporção no inverno e na primavera e em crianças com idade de 7-24 meses. Os genótipos mais frequentes foram G4P(8) (46%) e G1P(8) (37%), com variações de norte para sul. As crianças com gastroenterite por rotavírus tinham probabilidade significativamente superior (p<0,001) de ter febre, vómitos, perda de peso, desidratação e necessidade de internamento, comparativamente aos casos negativos para rotavírus. A gastroenterite aguda por rotavírus em crianças portuguesas com idade inferior a 5 anos associou-se a maior morbilidade e hospitalização do que nos casos sem identificação de rotavírus. Houve diferenças importantes na distribuição dos genótipos entre as regiões. Na era das vacinas contra o rotavírus, este conhecimento é importante para as decisões relativas à prevenção da doença e para monitorizar tendências da epidemiologia molecular do rotavírus.

Resistência a insecticidas em Anopheles gambiae s.l. na Região de Luanda, Angola

Em Angola, a malária é a principal causa de morbilidade e de mortalidade infantil. O controlo de vectores com recurso aos insecticidas representa uma parte importante da estratégia actual para a prevenção da doença. Em Anopheles gambiae s.s., principal vector de malária em África, estão identificadas duas mutações pontuais no gene que codifica os canais de sódio das membranas das células do sistema nervoso, conferindo resistência knockdown (kdr) aos insecticidas piretróides e ao DDT. Também se encontra descrita para esta espécie uma mutação no gene acetilcolinesterase-1 (ace-1), associada à resistência a carbamatos e organofosfatos. Este trabalho teve como principal objectivo avaliar o nível de resistência aos insecticidas em An. gambiae da província de Luanda, Angola e determinar a frequência destas mutações. Foram realizadas colheitas entomológicas em 2009 e 2010, através da prospeção de criadouros larvares. Os insectos capturados foram criados até a emergência do adulto e sujeitos a ensaios de susceptibilidade a insecticidas, através de testes da OMS. A identificação de espécies e formas moleculares do complexo An. gambiae, bem como a pesquisa de mutações no gene ace-1 foram feitas por PCR-RFLP. A pesquisa de mutações no gene kdr foi realizada por PIRA-PCR. Amostras selecionadas de mosquitos (incluindo uma amostra proveniente de uma colheita de adultos) foram ainda genotipadas para 11 loci microssatélites. Os níveis de resistência para a permetrina, DDT e -cialotrina foram elevados, com taxas de mortalidade inferiores a 70% em ambos os anos. Em contraste, as taxas de mortalidade foram sempre acima de 98% para bendiocarb e fenitrotião, indicadoras de susceptibilidade a estes insecticidas. Todas as amostras processadas foram identificadas como An. gambiae s.s., forma molecular M e não se observou a mutação no gene ace-1 associada à resistência. Em ambos os anos, foi detectada apenas a mutação L1014F no locus kdr e a frequência do alelo mutante (TTT) foi bastante elevada. Em 2009, observou-se uma associação entre genótipos homozigóticos para o alelo 1014F e o fenótipo resistente, para os insecticidas piretróides e para o DDT. O polimorfismo dos loci microssatélites analisados foi elevado, com a riqueza alélica a variar entre 5 (45C1) e 20 (H128) e a heterozigotia esperada entre 0,529 (H577) e 0,862 (H249). A análise genética não revelou um grau de parentesco entre os indivíduos que constituíram as amostras estudadas. Este resultado sugere que os elevados níveis de resistência observados não foram influenciados pelo método de colheita de mosquitos que, em certas condições, poderia contribuir para a amostragem de indivíduos aparentados.

Seroprevalência e subtipos do vírus da hepatite C circulantes em indivíduos co-infectados com o vírus da imunodeficiência humana

Mundialmente, estima-se que 40 milhões de pessoas estejam infectadas com VIH, 5 milhões das quais cronicamente infectadas com VHC. A co-infecção com VIH aumenta a taxa de persistência do VHC, acelera a velocidade de progressão da doença hepática e reduz significativamente a resposta à terapia do VHC. O VHC possui extensa diversidade genética, sendo classificado em seis genótipos e cerca de 90 subtipos com padrões epidemiológicos e resposta à terapia distintos. Tendo isto presente e devido a serem limitados os dados relativos aos genótipos e subtipos do VHC circulantes em Portugal e ainda ao facto de os utilizadores de drogas injectáveis (UDIs) serem um grupo de risco importante para a co-infecção por VIH e VHC, realizámos um estudo retrospectivo para determinar a prevalência da infecção por VHC e a distribuição de subtipos deste vírus num grupo de UDIs infectados com VIH. Amostras de plasma de 66 indivíduos (1998-2001) foram testadas para anticorpos anti-VHC (ensaio imunoenzimático) e RNA do VHC (amplificação da 5’UTR por RT-PCR). Para identificar os subtipos de VHC e detectar recombinantes, as amostras com RNA viral detectável foram sujeitas a amplificação, sequenciação e análise filogenética de sequências nucleotídicas parciais para C/E1 e NS5B. Encontrámos que 86,4% dos indivíduos possuíam anticorpos anti-VHC, 93,0% dos quais com infecção activa. Todas as amostras, exceptuando duas, com RNA viral detectável originaram amplicões para C/E1 e NS5B. A análise filogenética permitiu incluir as estirpes de VHC nos subtipos 1a (43,8%), 1b (3,6%), 2a (1,8%), 3a (21,1%), 4a (8,8%) e 4d (15,8%), revelando um padrão epidemiológico semelhante ao dos UDIs de outros países do Sul da Europa. Apenas uma amostra apresentou discordância entre os subtipos das duas regiões (4d para C/E1 e 4a para NS5B) sugerindo um potencial recombinante intragenótipo. No total, os subtipos 1a, 4a e 4d do VHC são responsáveis por 68,4% das infecções nos UDIs infectados com VIH analisados. Considerando que apenas 20-30% dos doentes positivos para VIH e co-infectados com os genótipos 1 e 4 respondem à terapia do VHC e que ocorre transmissão do VHC dos UDIs para a população em geral, são prioritários estudos alargados de vigilância epidemiológica e implementação de estratégias de prevenção para controlar ambos os vírus neste grupo de risco.

Estimativa de parâmetros genéticos, correlações fenotípicas e ambientais no girassol do cerrado do Distrito Federal.

RESUMO: O propósito deste trabalho foi avaliar a estima - tiva de parâmetros genéticos, correlações fe - notipicas e ambientais no girassol do Cerrado do Distrito Federal. Os caracteres analisados foram: rendimento de grãos, tamanho do ca - pítulo, peso de mil aquênios, altura de plantas e dias para floração inicial. Foram constatadas diferenças altamente significativas entre os ge - nótipos para todas as características morfoa - gronômicas avaliadas. Para o coeficiente CVr a maioria dos valores foram superior a 1 nos dois anos considerados, indicando que para a maioria dos caracteres aferidos há a possibi - lidade de êxito na seleção fenotípica uma vez que a variância genética superou a ambiental. Na herdabilidade, a maior estimativa verifica - da foi para o caráter PMA (98,76%) em 2013 e para DFI (99,68%) em 2014. Foram cons - tatadas diferenças altamente significativas en - tre os genótipos para todas as características morfoagronômicas avaliadas. O alto coeficiente de variação genético destaca a possibilidade de obter ganhos genéticos para todas as caracte - rísticas analisadas salvo em tamanho de capi - tulo. Materiais genéticos com potencial para as características agronômicas pesquisadas foram identificados no trabalho, podem ser indicadas ao sistema de produção irrigado no Cerrado. abstract: The purpose of this study was to estimate ge - netic parameters, phenotypic and environmen - tal correlations in sunflower of Brazilian savan - nah. The characters analyzed were: grain yield, chapter length, weight of a thousand achenes, plant height and days to start flowering. Hi - ghly significant differences were observed among genotypes for all morphoagronomic cha - racteristics evaluated. For the most CVr coe - fficient values were higher than 1 in the two years under consideration, indicating that for the majority of measured characters there is the possibility of successful phenotypic selection once the genetic variance exceeded the envi - ronmental. The heritability estimate was the hi - ghest for the PMA character (98,76%) in 2013 and DFI (99,68%) in 2014. Highly significant differences were observed among genotypes for all morphoagronomic characteristics evalu - ated. The high coefficient of genetic variation show the possibility of obtaining genetic gain for all examined characteristics except in chap - ter length. Genetic material with potential for the researched agronomic characteristics were identified in the work, can be indicated to the irrigated production system in the Brazilian sa - vannah.

Qualidade de sementes de girassol na safrinha do Distrito Federal.

RESUMO: O presente trabalho teve como objetivo avaliar, através de diferentes testes, a qualidade fisiológica de sementes de girassol na safrinha do Distrito Federal. Os testes foram realizados no Laboratório de Sementes da Faculdade de Agronomia e Veterinária ? FAV, da Universidade de Brasília - UnB, Campus Universitário Darcy Ribeiro, Brasília, DF, em 2014. Foram realizados testes de germinação padrão em areia e em papel, peso da matéria verde e da matéria seca, envelhecimento acelerado, condutividade elétrica e lixiviados de potássio. Foram encontradas diferenças significativas entre os genótipos para as todas as características avaliadas. Dentre os genótipos avaliados, os híbridos que se destacaram quanto a qualidades fisiológicas desejáveis pelos testes de germinação, condutividade elétrica e lixiviação de potássio foram BRS G42 e SYN 045. Materiais genéticos foram identificados no trabalho para possível exploração em programas de melhoramento. ABSTRACT: This study aims to evaluate, through different tests, the seed physiological quality of sunflower in the second crop in the Brazilian savannah. The tests were carried on in the Seed Laboratory of Veterinary and Agriculture Faculty of University of Brasilia, in 2014. The tests were seedling emergence in sand and paper, green and dry matter weight, accelerated aging, electrical conductivity and potassium leached. Related to the evaluated characteristics, significant differences were found between genotypes. Among them, the hybrids that stood out for the physiologic characteristics through the germination test, electric conductivity and potassium leaching were BRS G42 and SYN 045. Genetic materials were identified in this study for a possible exploration in breeding programs.

Cebola: escolha adequada.

Com o objetivo de identificar genótipos de cebola mais adaptados e produtivos, e que atendam ao mercado consumidor nacional nas condições do Submédio do Vale do São Francisco.

Hepatite D

O vírus da hepatite D (VHD), também chamado de vírus delta, é um pequeno vírus contendo RNA circular. O VHD causa infecção, quando há coinfecção com o vírus da hepatite B (VHB) em indivíduos normais ou superinfecção em portadores crônicos do VHB. Três genótipos já foram clonados e seqüenciados. A infecção apresenta distribuição mundial, sendo a região ocidental da Amazônia brasileira considerada área de alta endemicidade. Estima-se que 18 milhões de pessoas encontram-se infectadas pelo vírus entre os 350 milhões de portadores crônicos do VHB no mundo. As vias de transmissão do VHD e os fatores de risco mostram-se similares aos da infecção pelo VHB. O diagnóstico se faz pela identificação imuno-histológica do HDAg no fígado e pelo encontro das frações IgM e IgG anti-HD no soro por radioimunoensaio ou ELISA. O curso clínico da infecção pelo VHD mostra-se variável. Os pacientes podem apresentar formas fulminantes de hepatite. As formas crônicas associam-se a achados histopatológicos graves no fígado, com curso rápido e progressivo, evoluindo para cirrose, insuficiência hepática e morte. O interferon alfa constitui a única opção terapêutica com algum efeito benéfico no tratamento da hepatite. O transplante hepático encontra indicação nos casos terminais de cirrose. A profilaxia indireta da infecção pelo VHD tornou-se possível com o advento da vacina contra o vírus da hepatite B.

Hepatite A

A hepatite A é conhecida desde as antigas civilizações chinesa, grega e romana, mas o primeiro relato escrito se deu no século 18. O agente é um picornavírus, do genêro Hepatovírus e o RNA viral possui fita simples. Existem sete genótipos. Nas infecções naturais, os anticorpos das classes IgM e IgA são os mais precoces, aparecendo junto com as primeiras manifestações clínicas, mas podem surgir apenas no final da primeira semana de doença. A infecção pelo vírus da hepatite A resulta em infecção assintomática, infecção sintomática anictérica, ou em infecção sintomática ictérica. A forma fulminante da hepatite não é freqüente. O diagnóstico etiológico é feito pela pesquisa dos anticorpos anti-VHA da classe IgM, geralmente, pelo método de ELISA. Nenhum medicamento, exceto os sintomáticos, devem ser prescritos. A imunoprofilaxia passiva é feita pela injeção intramuscular de gamaglobulina anti-A e a imunoprofilaxia ativa através da vacinação.

Avaliação do polimorfismo no gene da metilenotetrahidrofolato redutase e concentração de folato e vitamina B12 em pacientes portadores do HIV-1 em tratamento com anti-retrovirais

Neste trabalho, investigamos concentração da vitamina B12 e folato, considerando-se a influência dos genótipos da metilenotetrahidrofolato redutase, o perfil imunológico e a terapia antiretroviral utilizada na população brasileira portadora do HIV. Um grupo de 86 indivíduos portadores do HIV-1 e 29 doadores de sangue foram recrutados para compor a casuística. Entre os infectados pelo HIV-1, observou-se menor concentração de B12 no grupo com maior número de linfócitos TCD4+. Não encontramos diferença na distribuição genotípica para as mutações MTHFR C677T e A1298C entre infectados e não infectados pelo HIV-1. Indivíduos portadores do HIV, genótipo C677C, apresentaram concentrações menores de B12 em relação ao grupo controle de mesmo genótipo. A terapia antiretroviral não mostrou qualquer influência nos valores de folato e vitamina B12. Estudos adicionais são necessários para reavaliar a prevalência de menores concentrações de B12 e folato e de hiperhomocisteinemia na população portadora do HIV sob a ótica do uso de HAART e da melhoria na sobrevida dos pacientes.

Alta prevalência do genótipo 1 em portadores de hepatite C crônica em Belo Horizonte, MG

O vírus da hepatite C é caracterizado pela significativa heterogeneidade genética e é atualmente classificado em seis genótipos principais e diversos subtipos. A determinação do genótipo do vírus tem importância na prática clínica para orientar o tratamento dos pacientes portadores de hepatite C crônica. A prevalência dos diferentes genótipos e subtipos do vírus da hepatite C não tem sido amplamente estudada em algumas regiões do Brasil. Neste estudo foram analisadas 788 amostras de pacientes portadores de hepatite C crônica atendidos nos Centros de Referência em Hepatites Virais de Belo Horizonte, entre 2002 e 2006. A genotipagem do vírus foi realizada por seqüenciamento direto da região 5’ UTR. Adicionalmente, foi realizada análise filogenética incluindo todas as variantes genotípicas obtidas. Observou-se alta prevalência do genótipo 1 (78,4%; 1b [40,4%], 1a [37,5%] e 1a/b [0,5 %]), seguida pelo genótipo 3a (17,9%) e pelo 2b (3,1%). Foram identificadas três amostras (0,4%) com o genótipo 2a/c e duas amostras (0,2%) com o genótipo 4. A análise filogenética mostrou a segregação esperada das seqüências obtidas junto às seqüências de referência para os genótipos 1, 2, 3 e 4, exceto em duas amostras do genótipo 1a. A alta prevalência do genótipo 1 (78,4%), encontrada na população de Belo Horizonte é semelhante à previamente descrita em outras cidades, como Rio de Janeiro, mas superior à encontrada em São Paulo e no Sul do país. A presença de raras seqüências atípicas da região 5’UTR sugere a presença de variantes do vírus da hepatite C nesta população.

Caracterização de múltiplos polimorfismos de Pneumocystis Jirovecii por multiplex-PCR/Single base extension

Pneumocystis jirovecii é conhecido por causar infecções específicas no aparelho respiratório de seus hospedeiros, principalmente em doentes imunocomprometidos, manifestando-se por uma pneumonia grave e por vezes fatal, normalmente designada por pneumonia por Pneumocystis. A caracterização da diversidade genética de P. jirovecii tem demonstrado que determinados polimorfismos de base única poderão ser reconhecidos como marcadores moleculares de eleição para o estudo da distribuição geográfica, vias de transmissão, resistência/susceptibilidade a fármacos, factores de virulência e genética populacional de subtipos genéticos. Este estudo teve como objectivo a caracterização de polimorfismos de P. jirovecii, através da metodologia PCR multiplex/Extensão de base única (do inglês single base extension), com a principal finalidade de constatar eventuais associações entre polimorfismos de base única, genótipos multilocus, e dados clínicos e demográficos da infecção. Sessenta e seis espécimes pulmonares, previamente considerados positivos para P. jirovecii, obtidos entre 2001 e 2012, a partir de doentes portugueses imunocomprometidos, foram seleccionados de forma aleatória para este estudo multilocus. PCR multiplex foi utilizada para a amplificação simultânea de três regiões genómicas: subunidade grande do rRNA mitocondrial, superóxido dismutase e dihidropteroato sintetase. Cinco polimorfismos de base única, previamente correlacionados com parâmetros da doença, foram genotipados por extensão de base única: mt85, SOD110, SOD215, DHPS165 e DHPS171. Um total de 330 polimorfismos de base única e 29 genótipos multilocus putativos de P. jirovecii foram identificados e caracterizados nos espécimes pulmonares analisados. Os padrões de distribuição dos polimorfismos foram analisados, sendo considerada a variação temporal e/ou geográfica das suas formas alélicas. Constatou-se grande diversidade genotípica entre os isolados de P. jirovecii que poderá ter influência a nível epidemiológico. Foram observadas associações estatísticas entre mt85/genótipos multilocus e parâmetros demográficos e clínicos. A correlação mais importante verificou-se entre mt85C e cargas parasitárias baixas a moderadas, enquanto mt85T foi associado com cargas parasitárias altas; MLG5, MLG9 e MLG13 foram associados com cargas parasitárias baixas, moderadas e altas, respectivamente. Tais associações demonstram que potenciais marcadores moleculares da infecção por P. jirovecii poderão existir e que polimorfismos/genótipos específicos poderão determinar perfis epidemiológicos da pneumonia por Pneumocystis. A análise genética cruzada permitiu verificar associações entre polimorfismos de base única. Os polimorfismos SOD110T e SOD215C, SOD110C e SOD215T, DHPS165A e DHPS171C, DHPS165G e DHPS171T foram associados estatisticamente. Os genótipos multilocus mais prevalentes foram considerados para o teste recombinatório d1. Dois genótipos multilocus (MLG7 e MLG9) foram observados com elevada frequência, e a análise genética indicou que estes se encontravam sobre-representados na população de P. jirovecii estudada. Estas evidências indicam que o fenómeno de desequilíbrio de ligação e a propagação clonal de subtipos genéticos é frequente, considerando que a espécie P. jirovecii poderá ser representada por uma população com estrutura epidémica. O presente trabalho confirmou a importância do estudo de polimorfismos em P. jirovecii, sugerindo que a caracterização multilocus poderá fornecer informação relevante para a compreensão dos padrões, causas e controlo da infecção, melhorando assim a investigação deste importante patogéneo.

Aplicação de métodos moleculares ao diagnóstico de Giardia lamblia e de Entamoeba spp.

Entamoeba histolytica e Giardia lamblia são protozoários com distribuição mundial que frequentemente infectam o Homem, sendo causadores de elevada morbilidade associada com quadros de diarreia. Este estudo consistiu na utilização de métodos moleculares na detecção e identificação destes parasitas em amostras de fezes recebidas no Laboratório de Patologia Tropical do Instituto de Higiene e Medicina Tropical (Lisboa, Portugal), no período decorrente entre Setembro de 2007 e Agosto de 2009. . Foi igualmente avaliada a eficácia e custo-benefício de um método alternativo de conservação para material biológico fecal – o papel de filtro, para subsequente extracção de DNA. Foram analisadas microscopicamente 80 amostras, 23,8 % (19/80) das quais positivas para Giardia e 27,5% (22/80) positivas para Entamoeba spp.. Através do método molecular da PCR, amplificou-se com sucesso DNA de Giardia para o gene ssurRNA em 94,7% (18/19) das amostras microscopicamente positivas. No que se refere às amostras positivas por exame microscópico para Entamoeba spp foi detectada E. dispar em 50,0% (11/22) das amostras após amplificação de parte do gene 16S rRNA. Adicionalmente foi também detectado DNA de E. histolytica em 20,0% (4/20) das amostras analisadas, microscopicamente negativas para Entamoeba spp.. Neste estudo realizou-se a genotipagem de G. lamblia utilizando parte dos genes bg (beta-giardina), tpi (triose-fosfato isomerase) e gdh (glutamato desidrogenase), que revelou haver 61,5% (8/13) dos isolados pertencentes ao genótipo B e 38,5% (5/13) do genótipo A. A determinação de subgenótipos através da análise de SNP’s para os 3 genes só foi possível para o gene bg do genótipo A, revelando 3 amostras correspondentes ao subgenótipo A2 e uma para o subgenótipo A3. Para os restantes genes não foi possível a determinação de subgenótipos devido à presença de polimorfismos genéticos para ambos os genótipos A e B. Realizou-se também a análise filogenética concatenada que apenas permitiu a integração de três amostras identificadas com o genótipo A no subgenótipo AII. Os resultados obtidos neste trabalho demonstram que a microscopia associada às técnicas moleculares possibilita a diferenciação das espécies do complexo Entamoeba favorecendo o correcto diagnóstico desta patologia e consequente tratamento. Para além disso, o uso dos métodos moleculares contribuiu para o esclarecimento e compreensão dos genótipos de Giardia em humanos. Neste estudo a utilização do método de conservação, papel de filtro apresentou um menor custo e elevada eficácia em relação aos métodos normalmente utilizados, conservação a -20ºC. Sugerindo a sua utilização com sucesso em estudos epidemiológicos em especial em zonas endémicas de condições precárias.