Caracterização de genes de reparo de DNA em cana-de-açúcar

Sugarcane is an important culture for Brazil that holds almost half of all worldwide productivity. Plants face many challenges, because of biotic and abiotic stresses presents in the production field, which could prevent plants from reaching their genetic potential. As consequence, those stresses can generate Reactive Oxygen Species – ROS – that can cause damages on DNA. Another consequence of stress is the early-flowering process, which contributes for a reduction on yield. In this context, the aim of this work is to characterize ScMUTM1 and ScMUTM2, two DNA glycosylases belonging to base excision repair pathway; and identify genes potentially related to stress and DNA repair in two sugarcane cultivars with contrasting flowering phenotypes. The characterization of the DNA glycosylases included the construction of vector to over express the recombinant proteins ScMUTM1 and ScMUTM2; they will be used in a near future to purification of these proteins and use in enzymatic assays. It was also made a phylogenetic reconstruction of this gene in plants and analysis of its promoter. With the phylogenetic analysis, it is possible to observe the presence of these genes grouped inside a branch with monocots and another one with dicots. This suggests that the duplication of this gene probably occurred after the separation of these two groups. The analysis of the promotor of MUTM shows of the presence of stress-related regulatory motifs at ScMUTM2 promoter, when compared with ScMUTM1. This may suggests that ScMUTM1 might be suffering sub functionalization process. After the analysis of microarrays data, it is observed an up-regulation from some stress-related genes in one of the conditions analyzed, related to early flowering process.

Caracterização de genes de reparo de DNA em cana-de-açúcar

Sugarcane is an important culture for Brazil that holds almost half of all worldwide productivity. Plants face many challenges, because of biotic and abiotic stresses presents in the production field, which could prevent plants from reaching their genetic potential. As consequence, those stresses can generate Reactive Oxygen Species – ROS – that can cause damages on DNA. Another consequence of stress is the early-flowering process, which contributes for a reduction on yield. In this context, the aim of this work is to characterize ScMUTM1 and ScMUTM2, two DNA glycosylases belonging to base excision repair pathway; and identify genes potentially related to stress and DNA repair in two sugarcane cultivars with contrasting flowering phenotypes. The characterization of the DNA glycosylases included the construction of vector to over express the recombinant proteins ScMUTM1 and ScMUTM2; they will be used in a near future to purification of these proteins and use in enzymatic assays. It was also made a phylogenetic reconstruction of this gene in plants and analysis of its promoter. With the phylogenetic analysis, it is possible to observe the presence of these genes grouped inside a branch with monocots and another one with dicots. This suggests that the duplication of this gene probably occurred after the separation of these two groups. The analysis of the promotor of MUTM shows of the presence of stress-related regulatory motifs at ScMUTM2 promoter, when compared with ScMUTM1. This may suggests that ScMUTM1 might be suffering sub functionalization process. After the analysis of microarrays data, it is observed an up-regulation from some stress-related genes in one of the conditions analyzed, related to early flowering process.

Les pratiques culturelles des excisions et des infibulations à Bamako au Mali : la contribution de la dignité humaine au respect de l’intégrité physique des femmes

Une des questions les plus débattues dans le domaine de l’éthique en ce XXIème siècle entre l’Afrique et le monde occidental concerne le respect de l’intégrité physique des femmes. Parmi les actions humaines qui touchent le plus l’intégrité corporelle, les excisions et les infibulations sont les plus dénoncées en Afrique. Longtemps considérées comme des rites d’initiation pubertaire des filles, ces pratiques sont maintenant considérées comme néfastes à la santé, et communément désignées par la communauté internationale de « mutilations sexuelles féminines ». Au cours des dernières décennies, ces pratiques ont été progressivement interdites légalement tant dans la plupart des pays d’Afrique que dans les pays occidentaux. Le Comité Inter-Africain (CIAF) contre les mutilations sexuelles demande la « tolérance zéro » par rapport à ces pratiques. La communauté internationale les combat avec des armes juridiques, en se référant aux conséquences médicales et aux droits de l’homme. Notre thèse est née d’une interrogation sur les raisons pour lesquelles ces rites se poursuivent encore en Afrique et plus spécialement au Mali, alors que dans les pays occidentaux, on élève fortement la voix pour les dénoncer comme sévices infligés aux femmes. Sur le plan international, on hésite à imposer des valeurs universelles à un phénomène perçu dans une large mesure comme une tradition conforme aux normes sociales des communautés qui les maintiennent. Afin de mieux cerner le sujet, notre questionnement a été le suivant : « Comment les pratiques culturelles des excisions et des infibulations, dans la ville de Bamako au Mali, interpellent-elles l’éthique : en quoi l’analyse de ces rites constitue-t-elle un domaine légitime d’application des principes de la bioéthique ? » Notre réflexion part du postulat que la dignité humaine est une norme à l’aune de laquelle se mesurent les défis éthiques liés à ces rites. Un proverbe Bambara dit ceci : « Une seule main ne lave pas proprement un éléphant ». La logique de cette sagesse met en évidence qu’une seule approche disciplinaire ne saurait faire ressortir les enjeux éthiques de ces pratiques. Notre analyse bioéthique se veut une démarche interdisciplinaire, qui permet d’articuler les approches philosophiques, anthropologiques, sociologiques et biomédicales de ces pratiques. Le premier chapitre, à travers la revue des écrits, présente la problématique de ces rites. Le deuxième chapitre présente le cadre théorique basé sur la notion de dignité humaine et délimite « ses contours, ses sources, ses formes et ses conséquences » afin de la rendre plus efficace et opérationnelle comme moyen de protection de l’être humain. Le troisième chapitre présente la méthodologie de la recherche basée sur la méthode qualitative et l’induction analytique et décrit le contexte de l’étude. Le quatrième chapitre présente les résultats de la recherche qui font ressortir que ces pratiques se résument essentiellement au contrôle du désir sexuel féminin. Ces pratiques sont par ailleurs déritualisées, touchent de plus en plus des enfants, comportent des risques et des conséquences sur la santé avec des coûts humains et financiers pour la société. Le cinquième chapitre analyse ces pratiques avec les principes éthiques qui démontrent qu’elles constituent un problème de santé publique malgré leur caractère culturel. Enfin, le sixième chapitre présente la portée et la limite de la thèse. Celle-ci montre qu’il est possible de mener un débat sur les excisions et les infibulations à travers une éthique de discussion. Elle offre un moyen pour y parvenir avec une vision de la notion de dignité humaine comme une « valeur éthique universelle » susceptible d’être utilisée dans toutes les actions impliquant l’être humain et dans tous les contextes socio-culturels. Notre démarche élargit ainsi le champ d’application des principes bioéthiques à des pratiques non-médicales. Par cette thèse, nous souhaitons contribuer à enrichir la réflexion éthique sur les excisions et les infibulations et inspirer les politiques de santé publique dans le respect des diversités culturelles. Nous espérons pouvoir inspirer aussi d’autres recherches en vue de rapprocher la bioéthique des pratiques culturelles traditionnelles afin de trouver des compromis raisonnables qui pourraient renforcer le rôle de protection de la dignité humaine.

L'influence de la protéine p53 sur la réponse génotoxique des cellules humaines aux ultraviolets

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

The biological importance of apurinic/apyrimidinic endonucleases in the maintenance of genetic stability

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôles de la protéine p53 et de l'oncoprotéine virale HBx dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mitochondrial DNA damage induced autophagy, cell death, and disease.

Mammalian mitochondria contain multiple small genomes. While these organelles have efficient base excision removal of oxidative DNA lesions and alkylation damage, many DNA repair systems that work on nuclear DNA damage are not active in mitochondria. What is the fate of DNA damage in the mitochondria that cannot be repaired or that overwhelms the repair system? Some forms of mitochondrial DNA damage can apparently trigger mitochondrial DNA destruction, either via direct degradation or through specific forms of autophagy, such as mitophagy. However, accumulation of certain types of mitochondrial damage, in the absence of DNA ligase III (Lig3) or exonuclease G (EXOG), can directly trigger cell death. This review examines the cellular effects of persistent damage to mitochondrial genomes and discusses the very different cell fates that occur in response to different kinds of damage.

Les pratiques culturelles des excisions et des infibulations à Bamako au Mali : la contribution de la dignité humaine au respect de l’intégrité physique des femmes

Une des questions les plus débattues dans le domaine de l’éthique en ce XXIème siècle entre l’Afrique et le monde occidental concerne le respect de l’intégrité physique des femmes. Parmi les actions humaines qui touchent le plus l’intégrité corporelle, les excisions et les infibulations sont les plus dénoncées en Afrique. Longtemps considérées comme des rites d’initiation pubertaire des filles, ces pratiques sont maintenant considérées comme néfastes à la santé, et communément désignées par la communauté internationale de « mutilations sexuelles féminines ». Au cours des dernières décennies, ces pratiques ont été progressivement interdites légalement tant dans la plupart des pays d’Afrique que dans les pays occidentaux. Le Comité Inter-Africain (CIAF) contre les mutilations sexuelles demande la « tolérance zéro » par rapport à ces pratiques. La communauté internationale les combat avec des armes juridiques, en se référant aux conséquences médicales et aux droits de l’homme. Notre thèse est née d’une interrogation sur les raisons pour lesquelles ces rites se poursuivent encore en Afrique et plus spécialement au Mali, alors que dans les pays occidentaux, on élève fortement la voix pour les dénoncer comme sévices infligés aux femmes. Sur le plan international, on hésite à imposer des valeurs universelles à un phénomène perçu dans une large mesure comme une tradition conforme aux normes sociales des communautés qui les maintiennent. Afin de mieux cerner le sujet, notre questionnement a été le suivant : « Comment les pratiques culturelles des excisions et des infibulations, dans la ville de Bamako au Mali, interpellent-elles l’éthique : en quoi l’analyse de ces rites constitue-t-elle un domaine légitime d’application des principes de la bioéthique ? » Notre réflexion part du postulat que la dignité humaine est une norme à l’aune de laquelle se mesurent les défis éthiques liés à ces rites. Un proverbe Bambara dit ceci : « Une seule main ne lave pas proprement un éléphant ». La logique de cette sagesse met en évidence qu’une seule approche disciplinaire ne saurait faire ressortir les enjeux éthiques de ces pratiques. Notre analyse bioéthique se veut une démarche interdisciplinaire, qui permet d’articuler les approches philosophiques, anthropologiques, sociologiques et biomédicales de ces pratiques. Le premier chapitre, à travers la revue des écrits, présente la problématique de ces rites. Le deuxième chapitre présente le cadre théorique basé sur la notion de dignité humaine et délimite « ses contours, ses sources, ses formes et ses conséquences » afin de la rendre plus efficace et opérationnelle comme moyen de protection de l’être humain. Le troisième chapitre présente la méthodologie de la recherche basée sur la méthode qualitative et l’induction analytique et décrit le contexte de l’étude. Le quatrième chapitre présente les résultats de la recherche qui font ressortir que ces pratiques se résument essentiellement au contrôle du désir sexuel féminin. Ces pratiques sont par ailleurs déritualisées, touchent de plus en plus des enfants, comportent des risques et des conséquences sur la santé avec des coûts humains et financiers pour la société. Le cinquième chapitre analyse ces pratiques avec les principes éthiques qui démontrent qu’elles constituent un problème de santé publique malgré leur caractère culturel. Enfin, le sixième chapitre présente la portée et la limite de la thèse. Celle-ci montre qu’il est possible de mener un débat sur les excisions et les infibulations à travers une éthique de discussion. Elle offre un moyen pour y parvenir avec une vision de la notion de dignité humaine comme une « valeur éthique universelle » susceptible d’être utilisée dans toutes les actions impliquant l’être humain et dans tous les contextes socio-culturels. Notre démarche élargit ainsi le champ d’application des principes bioéthiques à des pratiques non-médicales. Par cette thèse, nous souhaitons contribuer à enrichir la réflexion éthique sur les excisions et les infibulations et inspirer les politiques de santé publique dans le respect des diversités culturelles. Nous espérons pouvoir inspirer aussi d’autres recherches en vue de rapprocher la bioéthique des pratiques culturelles traditionnelles afin de trouver des compromis raisonnables qui pourraient renforcer le rôle de protection de la dignité humaine.

L'influence de la protéine p53 sur la réponse génotoxique des cellules humaines aux ultraviolets

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

The biological importance of apurinic/apyrimidinic endonucleases in the maintenance of genetic stability

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôles de la protéine p53 et de l'oncoprotéine virale HBx dans la réponse cellulaire aux dommages à l'ADN

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

UV-Induced Melanoma Mouse Model Dependent on Endothelin 3 Over-Expression

Melanoma is one of the most aggressive types of cancer. It originates from the transformation of melanocytes present in the epidermal/dermal junction of the human skin. It is commonly accepted that melanomagenesis is influenced by the interaction of environmental factors, genetic factors, as well as tumor-host interactions. DNA photoproducts induced by UV radiation are, in normal cells, repaired by the nucleotide excision repair (NER) pathway. The prominent role of NER in cancer resistance is well exemplified by patients with Xeroderma Pigmentosum (XP). This disease results from mutations in the components of the NER pathway, such as XPA and XPC proteins. In humans, NER pathway disruption leads to the development of skin cancers, including melanoma. Similar to humans afflicted with XP, Xpa and Xpc deficient mice show high sensibility to UV light, leading to skin cancer development, except melanoma. The Endothelin 3 (Edn3) signaling pathway is essential for proliferation, survival and migration of melanocyte precursor cells. Excessive production of Edn3 leads to the accumulation of large numbers of melanocytes in the mouse skin, where they are not normally found. In humans, Edn3 signaling pathway has also been implicated in melanoma progression and its metastatic potential. The goal of this study was the development of the first UV-induced melanoma mouse model dependent on the over-expression of Edn3 in the skin. The UV-induced melanoma mouse model reported here is distinguishable from all previous published models by two features: melanocytes are not transformed a priori and melanomagenesis arises only upon neonatal UV exposure. In this model, melanomagenesis depends on the presence of Edn3 in the skin. Disruption of the NER pathway due to the lack of Xpa or Xpc proteins was not essential for melanomagenesis; however, it enhanced melanoma penetrance and decreased melanoma latency after one single neonatal erythemal UV dose. Exposure to a second dose of UV at six weeks of age did not change time of appearance or penetrance of melanomas in this mouse model. Thus, a combination of neonatal UV exposure with excessive Edn3 in the tumor microenvironment is sufficient for melanomagenesis in mice; furthermore, NER deficiency exacerbates this process.

Dual roles of DNA repair enzymes in RNA biology/post-transcriptional control

Despite consistent research into the molecular principles of the DNA damage repair pathway for almost two decades, it has only recently been found that RNA metabolism is very tightly related to this pathway, and the two ancient biochemical mechanisms act in alliance to maintain cellular genomic integrity. The close links between these pathways are well exemplified by examining the base excision repair pathway, which is now well known for dual roles of many of its members in DNA repair and RNA surveillance, including APE1, SMUG1, and PARP1. With additional links between these pathways steadily emerging, this review aims to provide a summary of the emerging roles for DNA repair proteins in the post-transcriptional regulation of RNAs. 

ALK translocation is associated with ALK immunoreactivity and extensive signet-ring morphology in primary lung adenocarcinoma.

BACKGROUND: ALK rearrangement is particularly observed in signet-ring sub-type adenocarcinoma. Since fluorescence in situ hybridization (FISH) is not suitable for mass screening, we aimed to characterize the predictive utility of tumour morphology and ALK immunoreactivity to identify ALK rearrangement, in a primary lung adenocarcinoma dataset enriched for signet-ring morphology, compared with that of other morphology. METHODS: 7 adenocarcinomas from diagnostic archives reported with signet-ring morphology were assessed and compared with 11 adenocarcinomas without signet-ring features over the same time period. Growth patterns were reviewed, ALK expression was assessed by standard immunohistochemistry using ALK1 clone and Envision detection (Dako), and ALK rearrangement was assessed by FISH (Abbott Molecular). Associations between groups and predictive utility of tumour morphology and ALK expression using FISH as gold standard were calculated. RESULTS: 2 excision lung biopsy cases with pure (100%) signet-ring morphology and solid patterns demonstrated diffuse moderate cytoplasmic ALK immunoreactivity (2+) and harboured ALK rearrangements (p=0.007), unlike 5 mixed-signet-ring and 11 non-signet-ring adenocarcinomas, which showed negative or 1+ immunoreactivity; and did not harbour ALK rearrangements (p>0.1). ALK expression was not associated with ALK copy number. 6 of 7 cases with signet ring morphology stained for TTF-1. Pure signet-ring morphology and moderate ALK expression were both associated with ALK rearranged tumours. CONCLUSION: ALK rearrangement is strongly associated with ALK immunoreactivity, and was seen only in tumours with pure signet-ring morphology and solid growth pattern. Tumour morphology, growth pattern and ALK immunoreactivity appear to be good indicators of ALK rearrangement, with TTF-1 positivity aiding in proving primary pulmonary origin.

Sesamoids of the metatarsophalangeal joint of the big toe: a sistematic review

Abstract: The first metatarsal sesamoid bones are not always taken into consideration when making a diagnosis, in pathologies that affect the region of the first metatarsal head. This is due to the insufficient knowledge of all the pathologies that can affect the sesamoids and the relative little incidence that they have. With the increment of sports activities, in particular the running, increasingly affects of the symptoms concerning this region are observed. Methods: A literature search was performed in 5 databases (Medline, PubMed, Scopus, Cochrane Library and BUCEA). The terms included in the search were: sesamoids, anatomy, biomechanics, sesamoids review and sesamoids pathology. In the initial search articles with no more than 10 years, only humans and revision texts are considered. Results: 24 articles were selected and include different pathologies with diagnosis using imaging tests and treatments, both conservative and surgical; as well as aspects from the biomechanics of the metatarsal-sesamoid joint. Conclusion: Sesamoids due of his anatomy, topography and function can be involved in a lot of pathologies; with similar signs and symptoms that can confuse the podiatry when he has to make a correct diagnosis or treatment.