Overexpression of RNase H partially complements the growth defect of an Escherichia coli delta topA mutant: R-loop formation is a major problem in the absence of DNA topoisomerase I.

Previous biochemical studies have suggested a role for bacterial DNA topoisomerase (TOPO) I in the suppression of R-loop formation during transcription. In this report, we present several pieces of genetic evidence to support a model in which R-loop formation is dynamically regulated during transcription by activities of multiple DNA TOPOs and RNase H. In addition, our results suggest that events leading to the serious growth problems in the absence of DNA TOPO I are linked to R-loop formation. We show that the overexpression of RNase H, an enzyme that degrades the RNA moiety of an R loop, can partially compensate for the absence of DNA TOPO I. We also note that a defect in DNA gyrase can correct several phenotypes associated with a mutation in the rnhA gene, which encodes the major RNase H activity. In addition, we found that a combination of topA and rnhA mutations is lethal.

A family of proteins structurally and functionally related to the E6-AP ubiquitin-protein ligase.

E6-AP is a 100-kDa cellular protein that interacts with the E6 protein of the cancer-associated human papillomavirus types 16 and 18. The E6/E6-AP complex binds to and targets the p53 tumor-suppressor protein for ubiquitin-mediated proteolysis. E6-AP is an E3 ubiquitin-protein ligase which accepts ubiquitin from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme in the form of a thioester and then directly transfers the ubiquitin to targeted substrates. The amino acid sequence of E6-AP shows similarity to a number of protein sequences over an approximately 350-aa region corresponding to the carboxyl termini of both E6-AP and the E6-AP-related proteins. Of particular note is a conserved cysteine residue within the last 32-34 aa, which in E6-AP is likely to be the site of ubiquitin thioester formation. Two of the E6-AP-related proteins, a rat 100-kDa protein and a yeast 95-kDa protein (RSP5), both of previously unknown function, are shown here to form thioesters with ubiquitin. Mutation of the conserved cysteine residue of these proteins destroys their ability to accept ubiquitin. These data strongly suggest that the rat 100-kDa protein and RSP5, as well as the other E6-AP-related proteins, belong to a class of functionally related E3 ubiquitin-protein ligases, defined by a domain homologous to the E6-AP carboxyl terminus (hect domain).

Avaliação de incertezas na calibração automática do modelo SWMM

Este trabalho é referente ao desenvolvimento de um calibrador multiobjetivo automático do modelo SWMM (Storm Water Management Model), e avaliação de algumas fontes de incertezas presentes no processo de calibração, visando à representação satisfatória da transformação chuva-vazão. O código foi escrito em linguagem C, e aplica os conceitos do método de otimização multiobjetivo NSGAII (Non Dominated Sorting Genetic Algorithm) com elitismo controlado, além de utilizar o código fonte do modelo SWMM para a determinação das vazões simuladas. Paralelamente, também foi criada uma interface visual, para melhorar a facilidade de utilização do calibrador. Os testes do calibrador foram aplicados a três sistemas diferentes: um sistema hipotético disponibilizado no pacote de instalação do SWMM; um sistema real de pequenas dimensões, denominado La Terraza, localizado no município de Sierra Vista, Arizona (EUA); e um sistema de maiores dimensões, a bacia hidrográfica do Córrego do Gregório, localizada no município de São Carlos (SP). Os resultados indicam que o calibrador construído apresenta, em geral, eficiência satisfatória, porém é bastante dependente da qualidade dos dados observados em campo e dos parâmetros de entrada escolhidos pelo usuário. Foi demonstrada a importância da escolha dos eventos utilizados na calibração, do estabelecimento de limites adequados nos valores das variáveis de decisão, da escolha das funções objetivo e, principalmente, da qualidade e representatividade dos dados de monitoramento pluvio e fluviométrico. Conclui-se que estes testes desenvolvidos contribuem para o entendimento mais aprofundado dos processos envolvidos na modelagem e calibração, possibilitando avanços na confiabilidade dos resultados da modelagem.

Análise de acetona em ar exalado: desenvolvimento de método eletroanalítico e algoritmo para processamento de sinais

Propõe-se método novo e completo para análise de acetona em ar exalado envolvendo coleta com pré-concentração em água, derivatização química e determinação eletroquímica assistida por novo algoritmo de processamento de sinais. Na literatura recente a acetona expirada vem sendo avaliada como biomarcador para monitoramento não invasivo de quadros clínicos como diabetes e insuficiência cardíaca, daí a importância da proposta. Entre as aminas que reagem com acetona para formar iminas eletroativas, estudadas por polarografia em meados do século passado, a glicina apresentou melhor conjunto de características para a definição do método de determinação por voltametria de onda quadrada sem a necessidade de remoção de oxigênio (25 Hz, amplitude de 20 mV, incremento de 5 mV, eletrodo de gota de mercúrio). O meio reacional, composto de glicina (2 mol·L-1) em meio NaOH (1 mol·L-1), serviu também de eletrólito e o pico de redução da imina em -1,57 V vs. Ag|AgCl constituiu o sinal analítico. Para tratamento dos sinais, foi desenvolvido e avaliado um algoritmo inovador baseado em interpolação de linha base por ajuste de curvas de Bézier e ajuste de gaussiana ao pico. Essa combinação permitiu reconhecimento e quantificação de picos relativamente baixos e largos sobre linha com curvatura acentuada e ruído, situação em que métodos convencionais falham e curvas do tipo spline se mostraram menos apropriadas. A implementação do algoritmo (disponível em http://github.com/batistagl/chemapps) foi realizada utilizando programa open source de álgebra matricial integrado diretamente com software de controle do potenciostato. Para demonstrar a generalidade da extensão dos recursos nativos do equipamento mediante integração com programação externa em linguagem Octave (open source), implementou-se a técnica da cronocoulometria tridimensional, com visualização de resultados já tratados em projeções de malha de perspectiva 3D sob qualquer ângulo. A determinação eletroquímica de acetona em fase aquosa, assistida pelo algoritmo baseado em curvas de Bézier, é rápida e automática, tem limite de detecção de 3,5·10-6 mol·L-1 (0,2 mg·L-1) e faixa linear que atende aos requisitos da análise em ar exalado. O acetaldeído, comumente presente em ar exalado, em especial, após consumo de bebidas alcoólicas, dá origem a pico voltamétrico em -1,40 V, contornando interferência que prejudica vários outros métodos publicados na literatura e abrindo possibilidade de determinação simultânea. Resultados obtidos com amostras reais são concordantes com os obtidos por método espectrofotométrico, em uso rotineiro desde o seu aperfeiçoamento na dissertação de mestrado do autor desta tese. Em relação à dissertação, também se otimizou a geometria do dispositivo de coleta, de modo a concentrar a acetona num volume menor de água gelada e prover maior conforto ao paciente. O método completo apresentado, englobando o dispositivo de amostragem aperfeiçoado e o novo e efetivo algoritmo para tratamento automático de sinais voltamétricos, está pronto para ser aplicado. Evolução para um analisador portátil depende de melhorias no limite de detecção e facilidade de obtenção eletrodos sólidos (impressos) com filme de mercúrio, vez que eletrodos de bismuto ou diamante dopado com boro, entre outros, não apresentaram resposta.

Imputação de dados em experimentos multiambientais: novos algoritmos utilizando a decomposição por valores singulares

As análises biplot que utilizam os modelos de efeitos principais aditivos com inter- ação multiplicativa (AMMI) requerem matrizes de dados completas, mas, frequentemente os ensaios multiambientais apresentam dados faltantes. Nesta tese são propostas novas metodologias de imputação simples e múltipla que podem ser usadas para analisar da- dos desbalanceados em experimentos com interação genótipo por ambiente (G×E). A primeira, é uma nova extensão do método de validação cruzada por autovetor (Bro et al, 2008). A segunda, corresponde a um novo algoritmo não-paramétrico obtido por meio de modificações no método de imputação simples desenvolvido por Yan (2013). Também é incluído um estudo que considera sistemas de imputação recentemente relatados na literatura e os compara com o procedimento clássico recomendado para imputação em ensaios (G×E), ou seja, a combinação do algoritmo de Esperança-Maximização com os modelos AMMI ou EM-AMMI. Por último, são fornecidas generalizações da imputação simples descrita por Arciniegas-Alarcón et al. (2010) que mistura regressão com aproximação de posto inferior de uma matriz. Todas as metodologias têm como base a decomposição por valores singulares (DVS), portanto, são livres de pressuposições distribucionais ou estruturais. Para determinar o desempenho dos novos esquemas de imputação foram realizadas simulações baseadas em conjuntos de dados reais de diferentes espécies, com valores re- tirados aleatoriamente em diferentes porcentagens e a qualidade das imputações avaliada com distintas estatísticas. Concluiu-se que a DVS constitui uma ferramenta útil e flexível na construção de técnicas eficientes que contornem o problema de perda de informação em matrizes experimentais.

Ajuste e ensaio de sistemas de proteção de geradores síncronos.

Os sistemas de proteção dos elementos da rede elétrica desempenham um papel de fundamental importância na segurança e confiabilidade dos sistemas de potência. A não atuação ou a atuação incorreta dos relés de proteção durante uma falta localizada em um componente da rede pode transformar-se em um evento sistêmico de grandes proporções (blecaute). Esses eventos trazem riscos e elevados prejuízos econômicos à sociedade. A proteção dos geradores síncronos, apesar do alto custo e complexidade deste tipo de equipamento, não recebe a mesma atenção na literatura que a dedicada à proteção de outros elementos da rede, como, por exemplo, a das linhas de transmissão. Isso decorre do menor número de geradores existentes na rede e também da ideia que as faltas neste tipo de equipamento são menos frequentes. Este trabalho aborda os principais aspectos envolvidos com o projeto de um sistema de proteção para geradores síncronos de grande porte. Incialmente, discutese os principais conceitos associados com os geradores, de interesse para a tarefa de proteção. Particular atenção é dedicada às formas de aterramento e aos critérios adotados para projeto do resistor de aterramento utilizado nesse equipamento. Em seguida, apresentam-se as principais funções de proteção aplicáveis aos geradores, particularmente aquelas voltadas para a detecção de faltas nos enrolamentos do estator. Discute-se também os critérios de ajustes dos parâmetros dessas funções. Descreve-se o uso de uma plataforma laboratorial, baseada em simulador de tempo real (RTDS), para ensaio e análise do sistema de proteção visando validar seu correto desempenho frente às possíveis condições operativas que podem ser encontradas em campo. Finalmente, utilizando os conceitos desenvolvidos ao longo do trabalho, desenvolve-se um estudo de caso, onde é realizado o projeto e implementação do sistema de proteção dos geradores de uma usina hidrelétrica hipotética. Para avaliar e analisar o desempenho do sistema de proteção dessa rede exemplo, parametrizou-se o IED G60 (GE) e realizou-se inúmeras simulações na plataforma de testes proposta.

TEXT-MESS: Intelligent, Interactive and Multilingual Text Mining based on Human Language Technologies, TIN2006-15265-C06

The goal of the project is to analyze, experiment, and develop intelligent, interactive and multilingual Text Mining technologies, as a key element of the next generation of search engines, systems with the capacity to find "the need behind the query". This new generation will provide specialized services and interfaces according to the search domain and type of information needed. Moreover, it will integrate textual search (websites) and multimedia search (images, audio, video), it will be able to find and organize information, rather than generating ranked lists of websites.

A new approach for semi-automatic rock mass joints recognition from 3D point clouds

Rock mass characterization requires a deep geometric understanding of the discontinuity sets affecting rock exposures. Recent advances in Light Detection and Ranging (LiDAR) instrumentation currently allow quick and accurate 3D data acquisition, yielding on the development of new methodologies for the automatic characterization of rock mass discontinuities. This paper presents a methodology for the identification and analysis of flat surfaces outcropping in a rocky slope using the 3D data obtained with LiDAR. This method identifies and defines the algebraic equations of the different planes of the rock slope surface by applying an analysis based on a neighbouring points coplanarity test, finding principal orientations by Kernel Density Estimation and identifying clusters by the Density-Based Scan Algorithm with Noise. Different sources of information —synthetic and 3D scanned data— were employed, performing a complete sensitivity analysis of the parameters in order to identify the optimal value of the variables of the proposed method. In addition, raw source files and obtained results are freely provided in order to allow to a more straightforward method comparison aiming to a more reproducible research.

Handling of Uncertainty in Life Cycle Inventory by Correlated Multivariate Lognormal Distributions: Application to the Design of Supply Chain Networks

Poster presented in the 24th European Symposium on Computer Aided Process Engineering (ESCAPE 24), Budapest, Hungary, June 15-18, 2014.

Handling of Uncertainty in Life Cycle Inventory by Correlated Multivariate Lognormal Distributions: Application to the Design of Supply Chain Networks

In this work, we analyze the effect of incorporating life cycle inventory (LCI) uncertainty on the multi-objective optimization of chemical supply chains (SC) considering simultaneously their economic and environmental performance. To this end, we present a stochastic multi-scenario mixed-integer linear programming (MILP) coupled with a two-step transformation scenario generation algorithm with the unique feature of providing scenarios where the LCI random variables are correlated and each one of them has the desired lognormal marginal distribution. The environmental performance is quantified following life cycle assessment (LCA) principles, which are represented in the model formulation through standard algebraic equations. The capabilities of our approach are illustrated through a case study of a petrochemical supply chain. We show that the stochastic solution improves the economic performance of the SC in comparison with the deterministic one at any level of the environmental impact, and moreover the correlation among environmental burdens provides more realistic scenarios for the decision making process.

Automatic Abdominal Aortic Aneurysm segmentation in MR images

Abdominal Aortic Aneurism is a disease related to a weakening in the aortic wall that can cause a break in the aorta and the death. The detection of an unusual dilatation of a section of the aorta is an indicative of this disease. However, it is difficult to diagnose because it is necessary image diagnosis using computed tomography or magnetic resonance. An automatic diagnosis system would allow to analyze abdominal magnetic resonance images and to warn doctors if any anomaly is detected. We focus our research in magnetic resonance images because of the absence of ionizing radiation. Although there are proposals to identify this disease in magnetic resonance images, they need an intervention from clinicians to be precise and some of them are computationally hard. In this paper we develop a novel approach to analyze magnetic resonance abdominal images and detect the lumen and the aortic wall. The method combines different algorithms in two stages to improve the detection and the segmentation so it can be applied to similar problems with other type of images or structures. In a first stage, we use a spatial fuzzy C-means algorithm with morphological image analysis to detect and segment the lumen; and subsequently, in a second stage, we apply a graph cut algorithm to segment the aortic wall. The obtained results in the analyzed images are pretty successful obtaining an average of 79% of overlapping between the automatic segmentation provided by our method and the aortic wall identified by a medical specialist. The main impact of the proposed method is that it works in a completely automatic way with a low computational cost, which is of great significance for any expert and intelligent system.

Fibrose quística : fenótipo e genótipo : descrição de caso clínico

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2014

Essays on the Effects of Corporate Taxation

Cette thèse est une collection de trois articles en macroéconomie et finances publiques. Elle développe des modèles d'Equilibre Général Dynamique et Stochastique pour analyser les implications macroéconomiques des politiques d'imposition des entreprises en présence de marchés financiers imparfaits. Le premier chapitre analyse les mécanismes de transmission à l'économie, des effets d'un ré-échelonnement de l'impôt sur le profit des entreprises. Dans une économie constituée d'un gouvernement, d'une firme représentative et d'un ménage représentatif, j'élabore un théorème de l'équivalence ricardienne avec l'impôt sur le profit des entreprises. Plus particulièrement, j'établis que si les marchés financiers sont parfaits, un ré-échelonnement de l'impôt sur le profit des entreprises qui ne change pas la valeur présente de l'impôt total auquel l'entreprise est assujettie sur toute sa durée de vie n'a aucun effet réel sur l'économie si l'état utilise un impôt forfaitaire. Ensuite, en présence de marchés financiers imparfaits, je montre qu'une une baisse temporaire de l'impôt forfaitaire sur le profit des entreprises stimule l'investissement parce qu'il réduit temporairement le coût marginal de l'investissement. Enfin, mes résultats indiquent que si l'impôt est proportionnel au profit des entreprises, l'anticipation de taxes élevées dans le futur réduit le rendement espéré de l'investissement et atténue la stimulation de l'investissement engendrée par la réduction d'impôt. Le deuxième chapitre est écrit en collaboration avec Rui Castro. Dans cet article, nous avons quantifié les effets sur les décisions individuelles d'investis-sement et de production des entreprises ainsi que sur les agrégats macroéconomiques, d'une baisse temporaire de l'impôt sur le profit des entreprises en présence de marchés financiers imparfaits. Dans un modèle où les entreprises sont sujettes à des chocs de productivité idiosyncratiques, nous avons d'abord établi que le rationnement de crédit affecte plus les petites (jeunes) entreprises que les grandes entreprises. Pour des entreprises de même taille, les entreprises les plus productives sont celles qui souffrent le plus du manque de liquidité résultant des imperfections du marché financier. Ensuite, nous montré que pour une baisse de 1 dollar du revenu de l'impôt, l'investissement et la production augmentent respectivement de 26 et 3,5 centimes. L'effet cumulatif indique une augmentation de l'investissement et de la production agrégés respectivement de 4,6 et 7,2 centimes. Au niveau individuel, nos résultats indiquent que la politique stimule l'investissement des petites entreprises, initialement en manque de liquidité, alors qu'elle réduit l'investissement des grandes entreprises, initialement non contraintes. Le troisième chapitre est consacré à l'analyse des effets de la réforme de l'imposition des revenus d'entreprise proposée par le Trésor américain en 1992. La proposition de réforme recommande l'élimination des impôts sur les dividendes et les gains en capital et l'imposition d'une seule taxe sur le revenu des entreprises. Pour ce faire, j'ai eu recours à un modèle dynamique stochastique d'équilibre général avec marchés financiers imparfaits dans lequel les entreprises sont sujettes à des chocs idiosyncratiques de productivité. Les résultats indiquent que l'abolition des impôts sur les dividendes et les gains en capital réduisent les distorsions dans les choix d'investissement des entreprises, stimule l'investissement et entraîne une meilleure allocation du capital. Mais pour être financièrement soutenable, la réforme nécessite un relèvement du taux de l'impôt sur le profit des entreprises de 34\% à 42\%. Cette hausse du taux d'imposition décourage l'accumulation du capital. En somme, la réforme engendre une baisse de l'accumulation du capital et de la production respectivement de 8\% et 1\%. Néanmoins, elle améliore l'allocation du capital de 20\%, engendrant des gains de productivité de 1.41\% et une modeste augmentation du bien être des consommateurs.

An Analysis of the Capitalisation of CAP Payments into Land Rental Rates in Ireland. Factor Markets Working Document No. 68, August 2013

EDITED VERSION SOON TO BE PUBLISHED In this paper the effect of decoupling on the capitalisation of agricultural subsidies into agricultural rents in Ireland are analysed using a dynamic rental equations estimated with a two step system GMM estimator that accounts for expectation error and endogenous regressors. The findings illustrate the importance of institutional details in determining the extent to which subsidies are capitalised. In the period prior to decoupling Pillar 1 subsidies were highly capitalised into Irish agricultural rents in both the short and the long run. Depending on the farm system considered between 58 to 80 cents per euro of subsidies were capitalised into agricultural rents. In the post decoupling period the rate at which Pillar 1 subsidies are capitalised into Irish agricultural rents is found to have declined. This change is likely due to short term character of the Irish agricultural land rental market, where 11 month rental periods predominate, and the freedom that the 2003 reform of the CAP offered farmers to consolidate entitlements established on rented land. The generally very short term nature of Irish agricultural rental contracts offered farmers an opportunity to consolidate entitlements that is unlikely to have arisen in other Member States with agricultural land rental markets characterised by long term contracts. The results in both the pre and post decoupling periods highlight the high degree of inertia of agricultural rents in Ireland, and the importance of accounting for dynamics when investigating the capitalisation of agricultural subsidies into land rents. The high degree of inertia in rents means that the impact of previously capitalised agricultural policy persists through time.

Zebrafish Caudal Fin Angiogenesis Assay-Advanced Quantitative Assessment Including 3-Way Correlative Microscopy.

BACKGROUND Researchers evaluating angiomodulating compounds as a part of scientific projects or pre-clinical studies are often confronted with limitations of applied animal models. The rough and insufficient early-stage compound assessment without reliable quantification of the vascular response counts, at least partially, to the low transition rate to clinics. OBJECTIVE To establish an advanced, rapid and cost-effective angiogenesis assay for the precise and sensitive assessment of angiomodulating compounds using zebrafish caudal fin regeneration. It should provide information regarding the angiogenic mechanisms involved and should include qualitative and quantitative data of drug effects in a non-biased and time-efficient way. APPROACH & RESULTS Basic vascular parameters (total regenerated area, vascular projection area, contour length, vessel area density) were extracted from in vivo fluorescence microscopy images using a stereological approach. Skeletonization of the vasculature by our custom-made software Skelios provided additional parameters including "graph energy" and "distance to farthest node". The latter gave important insights into the complexity, connectivity and maturation status of the regenerating vascular network. The employment of a reference point (vascular parameters prior amputation) is unique for the model and crucial for a proper assessment. Additionally, the assay provides exceptional possibilities for correlative microscopy by combining in vivo-imaging and morphological investigation of the area of interest. The 3-way correlative microscopy links the dynamic changes in vivo with their structural substrate at the subcellular level. CONCLUSIONS The improved zebrafish fin regeneration model with advanced quantitative analysis and optional 3-way correlative morphology is a promising in vivo angiogenesis assay, well-suitable for basic research and preclinical investigations.