BioJADE: A Design and Simulation Tool for Synthetic Biological Systems

The next generations of both biological engineering and computer engineering demand that control be exerted at the molecular level. Creating, characterizing and controlling synthetic biological systems may provide us with the ability to build cells that are capable of a plethora of activities, from computation to synthesizing nanostructures. To develop these systems, we must have a set of tools not only for synthesizing systems, but also designing and simulating them. The BioJADE project provides a comprehensive, extensible design and simulation platform for synthetic biology. BioJADE is a graphical design tool built in Java, utilizing a database back end, and supports a range of simulations using an XML communication protocol. BioJADE currently supports a library of over 100 parts with which it can compile designs into actual DNA, and then generate synthesis instructions to build the physical parts. The BioJADE project contributes several tools to Synthetic Biology. BioJADE in itself is a powerful tool for synthetic biology designers. Additionally, we developed and now make use of a centralized BioBricks repository, which enables the sharing of BioBrick components between researchers, and vastly reduces the barriers to entry for aspiring Synthetic Biologists.

Assembly Guidance in Augmented Reality Environments Using a Virtual Interactive Tool

The application of augmented reality (AR) technology for assembly guidance is a novel approach in the traditional manufacturing domain. In this paper, we propose an AR approach for assembly guidance using a virtual interactive tool that is intuitive and easy to use. The virtual interactive tool, termed the Virtual Interaction Panel (VirIP), involves two tasks: the design of the VirIPs and the real-time tracking of an interaction pen using a Restricted Coulomb Energy (RCE) neural network. The VirIP includes virtual buttons, which have meaningful assembly information that can be activated by an interaction pen during the assembly process. A visual assembly tree structure (VATS) is used for information management and assembly instructions retrieval in this AR environment. VATS is a hierarchical tree structure that can be easily maintained via a visual interface. This paper describes a typical scenario for assembly guidance using VirIP and VATS. The main characteristic of the proposed AR system is the intuitive way in which an assembly operator can easily step through a pre-defined assembly plan/sequence without the need of any sensor schemes or markers attached on the assembly components.

Anonymisation, Deanonymisation and Data Management

Speaker: Dr Kieron O'Hara Organiser: Time: 04/02/2015 11:00-11:45 Location: B32/3077 Abstract In order to reap the potential societal benefits of big and broad data, it is essential to share and link personal data. However, privacy and data protection considerations mean that, to be shared, personal data must be anonymised, so that the data subject cannot be identified from the data. Anonymisation is therefore a vital tool for data sharing, but deanonymisation, or reidentification, is always possible given sufficient auxiliary information (and as the amount of data grows, both in terms of creation, and in terms of availability in the public domain, the probability of finding such auxiliary information grows). This creates issues for the management of anonymisation, which are exacerbated not only by uncertainties about the future, but also by misunderstandings about the process(es) of anonymisation. This talk discusses these issues in relation to privacy, risk management and security, reports on recent theoretical tools created by the UKAN network of statistics professionals (on which the author is one of the leads), and asks how long anonymisation can remain a useful tool, and what might replace it.

Análisis crítico del concepto de seguridad humana en relación con la actuación de la MINUEE (Misión de Naciones Unidas Para Etiopía y Eritrea). Período 1998-2008

La monografía buscó realizar un análisis crítico del concepto de Seguridad Humana en relación con la actuación de la MINUEE en el período de guerra(1998-2000) y luego del retiro de la Misión (Julio de 2008), para establecer una crítica constructiva al funcionamiento de las OMP de la ONU, determinar los aciertos y desaciertos de la Misión en el uso del concepto de Seguridad Humana y sus múltiples dimensiones definidas en el PNUD(Seguridad: de la comunidad, de la salud, política, alimentaria, ambiental y personal) y comprender por qué la Misión fracasó en su intento de dirimir la crisis humanitaria y dar fin al conflicto.

Experiencia en nefrectomía: serie de casos de cuatro años

Introducción: Las indicaciones por las cuales un paciente requiere una nefrectomía son múltiples: las neoplasias, la hidronefrosis y la exclusión funcional son las principales. En manos expertas la nefrectomía es un procedimiento seguro, especialmente porque en la actualidad el abordaje por excelencia es realizar una técnica mínimamente invasiva con conservación de nefronas. Se presenta el análisis de la experiencia en Mederi, Hospital Universitario Mayor en esta intervención. Metodología: Se realizó una serie de casos de pacientes llevados a nefrectomía entre mayo de 2008 y mayo de 2012. Se incluyeron la totalidad de los casos. Resultados: Se analizaron 72 registros, 49 mujeres y 25 hombres; 13 de ellas fueron laparoscópicas. La edad promedio fue de 58,6 años. El tiempo medio operatorio fue 169,23 minutos (118-220 minutos). El sangrado operatorio promedio fue de 680,63 ml (IC95%: 2,83-1358 ml). El tiempo de hospitalización promedio fue de 4,88 días IC95%. La mayoría de los pacientes se distribuyeron en estadios medios de la enfermedad tumoral, con poco compromiso ganglionar y metástasis; el diagnóstico histológico y estadio dominante fueron el carcinoma de células renales grado 3 de Fuhrman respectivamente. Se reportan 13 casos de compromiso de la capsula de Gerota y 11 con compromiso del hilio. Discusión: La experiencia en nefrectomía de la institución es muy positiva por el bajo número de mortalidad y complicaciones. En cuanto a la técnica, es importante promover la técnica laparoscópica

Evaluación de una herramienta educativa en conocimiento de donación y trasplante de órganos y tejidos en Colombia

El trasplante de órganos es considerado uno de los avances más significativos de la medicina moderna y es un procedimiento cada vez más exitoso en términos de supervivencia de los pacientes, siendo actualmente la mejor opción de tratamiento para los pacientes con innumerables patologías. El proceso de donación es insuficiente para cubrir las necesidades de trasplante de la población, por lo tanto, se hace necesario el desarrollo de nuevas estrategias para fortalecer la experiencia y efectividad de los programas existentes. La falta de conocimiento de los profesionales de la salud, su percepción y actitud hacia temas relacionados con el proceso de donación, pueden convertirlos en facilitadores o barreras para la identificación de potenciales donantes. Por esta razón, los recursos disponibles, las actitudes hacia la donación, la legislación y conocimiento de los procesos involucrados en la donación de tejidos y órganos son críticos. Dada la influencia de los profesionales de salud se definen los objetivos de este proyecto de tesis: determinar cuál es el conocimiento y las habilidades de los profesionales de la salud encargados de los trasplantes de órganos y de tejidos en la regional 1, evaluados mediante una herramienta educativa para contribuir a mejorar un programa eficiente de Donación de Órganos y tejidos y así mismo, fijar recomendaciones en aras de aumentar las tasas de donación, con especial énfasis en la actividad hospitalaria en el país. METODOLOGIA Se realizó un estudio basado en el análisis de la evaluación de conocimientos del proceso donación- trasplante de órganos y tejidos en el personal de salud participante en la herramienta educativa llamada “Curso taller primer respondiente del potencial donante de órganos y tejidos”. Este curso incluía un formato evaluativo que fue diligenciado de manera anónima por los participantes antes y después de recibir el contenido del curso. El estudio se desarrolló en personal de la Salud de IPS pertenecientes a la Regional I, de la Red Nacional de donación y trasplantes de órganos y tejidos. Con el fin de evidenciar si existen diferencias en el conocimiento de los participantes del curso antes y después de asistir al mismo, se utilizó la prueba de McNemar (p< 0.05). RESULTADOS Entre julio del 2011 y junio del 2012, se realizó el “Curso taller primer respondiente del potencial donante de órganos y tejidos” y se obtuvieron 303 encuestados incluidos médicos, enfermeras y auxiliares de enfermería. Al inicio del curso las respuestas acertadas con relación a legislación, selección del donante, muerte encefálica y mantenimiento del donante estuvieron alrededor del 50%. No fue posible detectar la profesión que pudiese generar riesgo en la detección del donante y los procesos asociados. Posterior al curso, el 72% de las preguntas se respondieron de manera correcta, lo que representa un incremento estadísticamente significativo. Este cambio evidenció significancia estadística al usar la prueba de McNemar y arrojar un valor de p=0.00. .DISCUSIÓN El personal de salud participante en el curso taller proveniente de unidades involucradas como generadoras de donantes muestra un déficit de conocimientos del proceso donación trasplantes lo que puede convertirlos en limitantes para dicho proceso

Evaluación e intervención interdisciplinaria del dolor en Unidades de Cuidado Intensivo

El dolor es un problema importante para los pacientes hospitalizados en las UCI porque genera malestar y distrés. Además, la investigación ha demostrado que en algunos pacientes críticos el dolor agudo puede persistir después de alta y convertirse en crónico. La gestión eficaz del dolor en pacientes críticos requiere un enfoque interdisciplinario, que incorpore la visión y trabajo de expertos que representan una amplia variedad de especialidades clínicas. Así, la utilización de la intervención psicológica en el tratamiento del dolor es una parte integral de un enfoque global. Basado en una revisión de la evidencia científica, se identifican y señalan: (1) los tipos de dolor más comunes; (2) las características del dolor; (3) las patologías más frecuentes asociadas con la presencia de dolor; (4) los procedimientos que generan dolor en la UCI; (5) los métodos de evaluación del dolor; (6) la intervención del mismo y; (7) la contribución del psicólogo en la evaluación y manejo del dolor con el paciente, los familiares y los profesionales de la salud. La revisión realizada indica que los procesos psicológicos influyen tanto en la experiencia del dolor como en los resultados del tratamiento, por lo tanto la integración de los principios psicológicos en el tratamiento del dolor parecen tener potencial mejora de los resultados beneficiando la salud del paciente.

La experiencia de los receptores en el trasplante de órganos y tejidos

El trasplante de órganos y/o tejidos es considerado como una opción terapéutica viable para el tratamiento tanto de enfermedades crónicas o en estadios terminales, como de afectaciones no vitales, pero que generen una disminución en la calidad de vida percibida por el paciente. Este procedimiento, de carácter multidimensional, está compuesto por 3 actores principales: el donante, el órgano/tejido, y el receptor. Si bien un porcentaje significativo de investigaciones y planes de intervención han girado en torno a la dimensión biológica del trasplante, y a la promoción de la donación; el interés por la experiencia psicosocial y la calidad de vida de los receptores en este proceso ha aumentado durante la última década. En relación con esto, la presente monografía se plantea como objetivo general la exploración de la experiencia y los significados construidos por los pacientes trasplantados, a través de una revisión sistemática de la literatura sobre esta temática. Para ello, se plantearon unos objetivos específicos derivados del general, se seleccionaron términos o palabras claves por cada uno de estos, y se realizó una búsqueda en 5 bases de datos para revistas indexadas: Ebsco Host (Academic Search; y Psychology and Behavioral Sciences Collection); Proquest; Pubmed; y Science Direct. A partir de los resultados, se establece que si bien la vivencia de los receptores ha comenzado a ser investigada, aún es necesaria una mayor exploración sobre la experiencia de estos pacientes; exploración que carecería de objetivo si no se hiciera a través de las narrativas o testimonios de los mismos receptores

Terapias no farmacológicas en el manejo del dolor en neonatos pretérmino. revisión sistemática de la literatura

Antecedentes El dolor en neonatos ha sido un problema poco explorado. Se ha propuesto el uso de las terapias no farmacológicas para su tratamiento, sin embargo existen pocas aproximaciones sistemáticas para la evaluación de su eficacia. Objetivos Determinar la eficacia de las terapias no farmacológicas en el manejo del dolor en neonatos pretérmino a través de una revisión sistemática. Metodología Se realizó una revisión sistemática de la literatura para evaluar la eficacia de las terapias no farmacológicas en el manejo del dolor en el recién nacido petérmino. La búsqueda se realizó a través de las bases de datos Embase, Cochrane, Bireme y Embase. Se identificaron estudios publicados inglés y español. Se realizó un análisis cualitativo y cuantitativo. Resultados Se incluyeron 10 ensayos clínicos. La solución de sacarosa administrada por vía oral mostró reducir la intensidad del dolor en el recién nacido. La intubación y toma de muestras facilitada por el cuidador mostró también reducir la intensidad del dolor. Conclusión Se recomienda la administración solución de sacarosa y acompañamiento del cuidador durante los procedimientos como medidas para reducir el dolor en el recién nacido pretérmino.

Definition of an it project portfolio management methodology for a pharmaceutical company

Con la creciente popularidad de las soluciones de IT como factor clave para aumentar la competitividad y la creación de valor para las empresas, la necesidad de invertir en proyectos de IT se incrementa considerablemente. La limitación de los recursos como un obstáculo para invertir ha obligado a las empresas a buscar metodologías para seleccionar y priorizar proyectos, asegurándose de que las decisiones que se toman son aquellas que van alineadas con las estrategias corporativas para asegurar la creación de valor y la maximización de los beneficios. Esta tesis proporciona los fundamentos para la implementación del Portafolio de dirección de Proyectos de IT (IT PPM) como una metodología eficaz para la gestión de proyectos basados en IT, y una herramienta para proporcionar criterios claros para los directores ejecutivos para la toma de decisiones. El documento proporciona la información acerca de cómo implementar el IT PPM en siete pasos, el análisis de los procesos y las funciones necesarias para su ejecución exitosa. Además, proporciona diferentes métodos y criterios para la selección y priorización de proyectos. Después de la parte teórica donde se describe el IT PPM, la tesis aporta un análisis del estudio de caso de una empresa farmacéutica. La empresa ya cuenta con un departamento de gestión de proyectos, pero se encontró la necesidad de implementar el IT PPM debido a su amplia cobertura de procesos End-to-End en Proyectos de IT, y la manera de asegurar la maximización de los beneficios. Con la investigación teórica y el análisis del estudio de caso, la tesis concluye con una definición práctica de un modelo aproximado IT PPM como una recomendación para su implementación en el Departamento de Gestión de Proyectos.

Prevalencia de enfermedad de Fabry en pacientes en lista de trasplante y posttrasplante renal en fundación cardioinfantil Bogotá

Introducción: La Enfermedad de Fabry (EF), es una enfermedad multisistémica de almacenamiento lisosomal ligada al cromosoma X que afecta principalmente a hombres, pero también puede causar significativa morbilidad en las mujeres heterocigotas (1–5). La deficiencia de la enzyma α-galactosidaseA (α-Gal A,) provoca acumulación de glicosfingolipidos que afectan diferentes tipos celulares entre ellos el endotelio vascular en vasos de pequeño calibre, células epiteliales y Músculo liso en el sistema cardiovascular (cardiomiocitos), sistema nervioso y células epiteliales tubulares del riñón (6,7). Complicaciones como la falla renal es la causa de muerte más frecuente en la EF (7,8). La incidencia se ha calculado en 1 de cada 117.000 nacidos vivos. (9). Objetivos: Determinar la prevalencia de la Enfermedad de Fabry en pacientes con Insuficiencia renal terminal que se encuentren en lista de trasplante y Post-trasplante Renal en Fundación Cardioinfantil Bogotá. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio observacional en donde se evaluó la prevalencia de la EF en todos los sujetos mayores de 18 años que se encuentren en lista de trasplante y post-trasplante renal. Resultados: La prevalencia de Enfermedad de Fabry en 98 pacientes con enfermedad renal crónica fue de 7.1% para la muestra general y 12.9% para la muestra con etiología idiopática Conclusiones: La Enfermedad de Fabry es una importante casusa de Enfermedad Renal Crónica Terminal principalmente en el grupo de etiología idiopática. Palabras Clave: Enfermedad de Fabry (FA)

Hipotensión arterial y variabilidad de la frecuencia cardiaca en pacientes embarazadas llevadas a cesarea bajo anestesia raquídea

INTRODUCCION La hipotensión arterial por anestesia raquídea en embarazadas llevadas a cesárea es frecuente y deletérea para la madre y el feto, sin que a la fecha exista una herramienta clínicamente útil para predecirla. La variabilidad de la frecuencia cardiaca es una medida que estima la actividad del sistema nervioso autónomo y algunos estudio iniciales indican una posible utilidad como herramienta predictiva de hipotensión arterial en esta población. METODOLOGIA Se realizó un estudio observacional descriptivo para examinar el comportamiento de la variabilidad de la frecuencia cardiaca, medida como razón de Baja frecuencia/Alta frecuencia, con un punto de corte de 2.5 tomada con un reloj POLAR RS800CX, en una población de pacientes con embarazo a término llevadas a cesárea, en un hospital de tercer nivel en Bogotá- Colombia entre Febrero y Abril del 2015. RESULTADOS El estudio incluyó 82 pacientes. Se determinó que la razón Baja frecuencia/Alta frecuencia mayor a 2,5 era poco frecuente en nuestra población (15.85%), y su asociación no fue significativa. DISCUSION El presente estudio demostró que la asociación entre la presencia de hipotensión y un índice Baja frecuencia/Alta frecuencia con punto de corte de 2.5 no es significativo para nuestra población de mujeres con embarazo a término llevadas a cesárea con anestesia espinal. Según los resultados se sugieres un punto de corte de 1.6 como punto de partida para la realización de nuevos estudios que permitan validar este valor.

Eficacia de la estimulación magnética transcraneal en la disminución de severidad en el trastorno depresivo mayor en monoterapia y coadyuvante comparado con tratamientos farmacológicos. Revisión sistemática y meta-análisis

Resumen Introducción Una posible opción de tratamiento para el manejo del trastorno depresivo mayor (TDM) es la estimulación magnética transcraneal (EMT) que ha mostrado propiedades antidepresivas superiores al placebo con un buen perfil de seguridad. El objetivo del presente trabajo es determinar la reducción en la severidad del TDM y la proporción de eventos adversos (EA) en pacientes con TDM refractario y no refractario, posterior al uso de EMT administrada en monoterapia o tratamiento coadyuvante comparado con terapia farmacológica. Metodología Se planteó una pregunta PICOT de la cual se realizó una búsqueda sistemática de estudios clínicos en las bases de datos Medline, EMBASE y Cochrane. Dos investigadores en forma independiente realizaron la selección de artículos, evaluación de calidad con la herramienta de la colaboración Cochrane y extracción de datos. Se extrajeron datos de eficacia como tasa de respuesta, porcentaje de remisión, calidad de vida, diminución sintomática del trastorno depresivo mayor en la escala de Hamilton y capacidad funcional. Igualmente, proporción de pacientes con EA. Se realizó un meta-análisis de estas variables teniendo en cuenta la heterogeneidad. Resultados La presente revisión sistemática incluyó 26 estudios clínicos aleatorizados de baja calidad metodológica mostrando que la EMT presentó una eficacia superior cuando es usada como coadyuvante a las terapias con que venían siendo tratados los pacientes con TDM refractario y no refractario en los desenlaces de tasa de respuesta y porcentaje de remisión. En el caso de intervenciones farmacológicas específicas, la EMT presento eficacia similar, tanto en terapia coadyuvante como en monoterapia comparado con las intervenciones farmacológicas. En cuanto a seguridad, la EMT presenta un buen perfil de seguridad debido a que en todos los escenarios estudiados los EA fueron no serios y baja frecuencia Conclusiones La evidencia disponible sugiere que la EMT mostró ser efectivo y seguro para el manejo del TDM refractario y no refractario. Sin embargo, la evidencia es débil por lo tanto se necesita mayor investigación clínica que soporte su uso.

The Syntactic Information in the 'Diccionario Crítico Etimológico Castellano e Hispánico' by J. Corominas and J.A. Pascual as Expressed in the Database 'Syntax.Dbf'

L'objectiu d'aquest article és presentar l'estructura de la base de dades relacional que inclou tota la informació sintictica continguda en el Diccionario Critico Etimológico Castellano e Hispánico de J. Corominas i J. A. Pascual. Tot i que aquest diccionari conté un ampli ventall d'informacions històriques de cadascun dels temes, aquestes no es mostren de forma estructurada, per la qual cosa ha estat necessari estudiar i classificar tots aquells elements relacionats amb aspectes sintàctics. És a partir d'aquest estudi previ que s'han elaborat els diferents camps de la base de dades, els quals s'agrupen en cinc blocs temàtics: informació lemàtica; gramatical; sintàctica; altres aspectes relacionats; i observacions o comentaris rellevants fets per l'investigador. Aquesta base de dades no només reprodueix els continguts del diccionari, sinó que inclou diferents camps interpretatius. Per aquesta raó, Syntax. dbf representa una eina de treball fonamental per a tots aquells investigadors interessats en la sintaxi diacrònica de l'espanyol

Optimal management of natural resources. Accounting for heterogeneity

Dynamic optimization methods have become increasingly important over the last years in economics. Within the dynamic optimization techniques employed, optimal control has emerged as the most powerful tool for the theoretical economic analysis. However, there is the need to advance further and take account that many dynamic economic processes are, in addition, dependent on some other parameter different than time. One can think of relaxing the assumption of a representative (homogeneous) agent in macro- and micro-economic applications allowing for heterogeneity among the agents. For instance, the optimal adaptation and diffusion of a new technology over time, may depend on the age of the person that adopted the new technology. Therefore, the economic models must take account of heterogeneity conditions within the dynamic framework. This thesis intends to accomplish two goals. The first goal is to analyze and revise existing environmental policies that focus on defining the optimal management of natural resources over time, by taking account of the heterogeneity of environmental conditions. Thus, the thesis makes a policy orientated contribution in the field of environmental policy by defining the necessary changes to transform an environmental policy based on the assumption of homogeneity into an environmental policy which takes account of heterogeneity. As a result the newly defined environmental policy will be more efficient and likely also politically more acceptable since it is tailored more specifically to the heterogeneous environmental conditions. Additionally to its policy orientated contribution, this thesis aims making a methodological contribution by applying a new optimization technique for solving problems where the control variables depend on two or more arguments --- the so-called two-stage solution approach ---, and by applying a numerical method --- the Escalator Boxcar Train Method --- for solving distributed optimal control problems, i.e., problems where the state variables, in addition to the control variables, depend on two or more arguments. Chapter 2 presents a theoretical framework to determine optimal resource allocation over time for the production of a good by heterogeneous producers, who generate a stock externalit and derives government policies to modify the behavior of competitive producers in order to achieve optimality. Chapter 3 illustrates the method in a more specific context, and integrates the aspects of quality and time, presenting a theoretical model that allows to determine the socially optimal outcome over time and space for the problem of waterlogging in irrigated agricultural production. Chapter 4 of this thesis concentrates on forestry resources and analyses the optimal selective-logging regime of a size-distributed forest.