Statistical potentials for evolutionary studies

Les séquences protéiques naturelles sont le résultat net de l’interaction entre les mécanismes de mutation, de sélection naturelle et de dérive stochastique au cours des temps évolutifs. Les modèles probabilistes d’évolution moléculaire qui tiennent compte de ces différents facteurs ont été substantiellement améliorés au cours des dernières années. En particulier, ont été proposés des modèles incorporant explicitement la structure des protéines et les interdépendances entre sites, ainsi que les outils statistiques pour évaluer la performance de ces modèles. Toutefois, en dépit des avancées significatives dans cette direction, seules des représentations très simplifiées de la structure protéique ont été utilisées jusqu’à présent. Dans ce contexte, le sujet général de cette thèse est la modélisation de la structure tridimensionnelle des protéines, en tenant compte des limitations pratiques imposées par l’utilisation de méthodes phylogénétiques très gourmandes en temps de calcul. Dans un premier temps, une méthode statistique générale est présentée, visant à optimiser les paramètres d’un potentiel statistique (qui est une pseudo-énergie mesurant la compatibilité séquence-structure). La forme fonctionnelle du potentiel est par la suite raffinée, en augmentant le niveau de détails dans la description structurale sans alourdir les coûts computationnels. Plusieurs éléments structuraux sont explorés : interactions entre pairs de résidus, accessibilité au solvant, conformation de la chaîne principale et flexibilité. Les potentiels sont ensuite inclus dans un modèle d’évolution et leur performance est évaluée en termes d’ajustement statistique à des données réelles, et contrastée avec des modèles d’évolution standards. Finalement, le nouveau modèle structurellement contraint ainsi obtenu est utilisé pour mieux comprendre les relations entre niveau d’expression des gènes et sélection et conservation de leur séquence protéique.

Grounds for telling it : transnational feminism and Canadian women's writing

Cette thèse explore les connections entre la littérature canadienne contemporaine féminine et le féminisme transnational. Le « transnational » est une catégorie qui est de plus en plus importante dans la critique littéraire canadienne, mais elle n’est pas souvent evoquée en lien avec le féminisme. À travers cette thèse, je développe une méthodologie de lecture féministe basée sur le féminisme transnational. Cette méthodologie est appliquée à la littérature canadienne féminine; parallèlement, cette littérature participe à la définition et à l’élaboration des concepts féministes transnationaux tels que la complicité, la collaboration, le silence, et la différence. De plus, ma méthodologie participe à la recontextualisation de certains textes et moments dans l’histoire de la littérature canadienne, ce qui permet la conceptualisation d’une généalogie de l’expression féministe anti-essentialiste dans la littérature canadienne. J’étudie donc des textes de Daphne Marlatt, Dionne Brand, et Suzette Mayr, ainsi que le périodique Tessera et les actes du colloque intitulé Telling It, une conférence qui a eu lieu en 1988. Ces textes parlent de la critique du colonialisme et du nationalisme, des identités post-coloniales et diasporiques, et des possibilités de la collaboration féministe de traverser des frontières de toutes sortes. Dans le premier chapitre, j’explique ma méthodologie en démontrant que le périodique féministe bilingue Tessera peut être lu en lien avec le féminisme transnational. Le deuxième chapitre s’attarde à la publication editée par le collectif qui a été formé à la suite de la conférence Telling It. Je situe Telling It dans le contexte des discussions sur les différences qui ont eu lieu dans le féminisme nord-américan des dernières décennies. Notamment, mes recherches sur Telling It sont fondées sur des documents d’archives peu consultés qui permettent une réflexion sur les silences qui peuvent se cacher au centre du travail collaboratif. Le trosième chapitre est constitué d’une lecture proche du texte multi-genre « In the Month of Hungry Ghosts, » écrit par Daphne Marlatt en 1979. Ce texte explore les connexions complexes entre le colonialisme, le postcolonialisme, la complicité et la mondialisation. Le suject du quatrième chapitre est le film Listening for Something… (1994) qui découle d’une collaboration féministe transnationale entre Dionne Brand et Adrienne Rich. Pour terminer, le cinquième chapitre explore les liens entre le transnational et le national, la région – et le monstrueux, dans le contexte du roman Venous Hum (2004) de Suzette Mayr. Ces lectures textuelles critiques se penchent toutes sur la question de la représentation de la collaboration féministe à travers les différences – question essentielle à l’action féministe transnationale. Mes recherche se trouvent donc aux intersections de la littérature canadienne, la théorie féministe contemporaine, les études postcoloniales et la mondialisation. Les discussions fascinantes qui se passent au sein de la théorie transnationale féministe sont pertinentes à ces intersections et de plus, la littérature contemporaine féminine au Canada offre des interventions importantes permettant d’imaginer la collaboration féministe transnationale.

Bioassay-guided fractionation of Larix laricina du Roi, and antidiabetic potentials of ethanol and hot water extracts of seventeen medicinal plants from the traditional pharmacopeia of the James Bay Cree

Nous avons utilisé une approche ethnobotanique pour identifier des espèces de plantes utilisées par les Cris afin de traiter les symptômes du diabète de type 2. Larix laricina du Roi (L. laricina) a récemment été identifiée comme une des meilleures plantes qui a stimulé le transport de glucose dans les cellules C2C12 et fortement potentialisé la différenciation des 3T3-L1 en indiquant une sensibilité potentiellement accrue à l’insuline. Ensuite, ces études de criblage ont été effectuées sur des extraits éthanolique (EE) en utilisant une série de bioessais in vitro. Cependant, les préparations traditionnelles des plantes sont souvent faites avec l’eau chaude. Le but de cette thèse de doctorat était d’isoler les principes actifs de L. laricina par un fractionnement guidé par l’adipogenèse; d’évaluer et de comparer l’activité et les mécanismes antidiabétiques des EE et des extraits aqueux (HWE) de ces 17 plantes. Pour le fractionnement de L. laricina, on a isolé plusieurs composés connus et identifié un nouveau composé actif cycloartane triterpene, qui a amélioré fortement l’adipogenèse et a été responsable en partie de l’activité adipogénique (potentiellement similaire à l’effet sensibilisateur à l’insuline des glitazone) de l’extrait éthanolique issu de l’écorce de L. laricina. Pour le métabolisme lipidique, nos résultats ont confirmé que 10 parmi les 17 EE ont augmenté la différenciation des adipocytes alors que 2 extraits seulement l’ont inhibée. Les HWE ont montré une faible activité adipogénique ou antiadipogénique. Les EE de R. groenlandicum et K. angustifolia ont le PPAR γ (peroxisome proliferator-activated receptor γ), le SREBP-1 (sterol regulatory element binding protein-1) et le C/EBP (CCAAT-enhancer binding proteins) α, alors que ceux de P. balsamifera et A. incana les ont inhibés. L’effet inhibiteur de P. balsamifera a également été prouvé d’avoir impliqué l’activation de la protéine kinase activée par l’AMP (AMPK). Les EE et HWE de R. groenlandicum ont stimulé les mêmes facteurs de transcription alors que les extraits aqueux d’autres plantes sélectionnées ont perdu ces effets en comparaison avec leurs extraits éthanoliques respectifs. L’analyse phytochimique a également identifié le groupe des espèces actives et inactives, notamment lorsque les espèces ont été séparées par famille de plante. Finalement concernant l’homéostasie de glucose, nos résultats ont confirmé que plusieurs EE ont stimulé le transport de glucose musculaire et inhibé l’activité de la glucose-6-phosphatase (G6Pase) hépatique. Certains des HWE ont partiellement ou complètement perdu ces activités antidiabétiques par rapport aux EE, tandis qu’une seule plante (R.groenlandicum) a juste conservé un potentiel similaire entre les EE et HWE dans les deux essais. Dans les cellules musculaires, les EE de R.groenlandicum, A. incana et S. purpurea ont stimulé le transport de glucose en activant la voie de signalisation de l’AMPK et en augmentant le niveau d’expression des GLUT4. En comparaison avec les EE, les HWE de R.groenlandicum ont montré des activités similaires; les HWE de A. incana ont complètement perdu leur effet sur tous les paramètres étudiés; les HWE de S. purpurea ont activé la voie de l’insuline au lieu de celle de l’AMPK pour augmenter le transport de glucose. Dans les cellules H4IIE, les EE et HWE des 5 plantes ont activé la voie de l’AMPK, et en plus les EE et HWE de 2 plantes ont activé la voie de l’insuline. La quercétine-3-O-galactoside et la quercétine 3-O-α-L-arabinopyranoside ont été identifiées comme des composés ayant un fort potentiel antidiabétique et donc responsables de l'activité biologique des plantes HWE actifs avec le transport du glucose. En conclusion, on a isolé plusieurs composés connus et identifié un nouveau triterpène actif à partir du fractionnement de L. laricina. Nous avons fourni également une preuve directe pour l'évaluation et la comparaison d'une action analogue à l'insuline ou insulino-sensibilisateur des EE et HWE de plantes médicinales Cris au niveau de muscle, de foie et de tissus adipeux. Une partie de leur action peut être liée à la stimulation des voies de signalisation intracellulaire insulino-dépendante et non-insulino-dépendante, ainsi que l’activation de PPARγ. Nos résultats indiquent que les espèces de plantes, les tissus ou les cellules cibles, ainsi que les méthodes d'extraction sont tous des déterminants significatifs de l'activité biologique de plantes médicinales Cris sur le métabolisme glucidique et lipidique.

La saturation de la mémoire auditive à court terme, une étude en électrophysiologie

La présente étude vise à approfondir les connaissances relatives aux mécanismes neuronaux qui sous-tendent la maintenance de sons variant en hauteur dans la mémoire auditive à court terme (MACT), plus précisément lors de sa saturation. À cet effet, la technique des potentiels reliés aux évènements (PRE) en électrophysiologie a été utilisée. La sélection des participants s’est déroulée par l’entremise de deux expériences comportementales : l’une était une tâche de discrimination et l’autre, une tâche qui évaluait l’habileté générale des participants à réussir une tâche similaire à celle de l’expérience principale en électroencéphalographie (EEG). Les résultats comportementaux de notre tâche en EEG ont montré que la performance diminuait de façon significative plus la charge en mémoire augmentait (séquences de 2, 4, 6 et 8 sons) et que l’estimation de la capacité de la MACT mesurée par K augmentait entre 2 et 4 sons pour atteindre un plafond à 4 sons (effet plafond). Le K maximum étant de 2.84 sons, l’empan mnésique (EM) auditif semble être près de 3 sons. Les résultats électrophysiologiques ont montré que la composante électrophysiologique reliée à la maintenance de sons en MACT, la Sustained Anterior Negativity (SAN), était modulée par le nombre de sons à maintenir : son amplitude augmentait de 2 à 4 sons et ce, jusqu’à l’atteinte d’un plafond à 4 sons. Ces résultats suggèrent que la maintenance de sons additionnels dans la MACT n’est plus possible après sa saturation. Nous soutenons donc que la SAN est un index électrophysiologique de l’activité neuronale associée à la maintenance d’items auditifs dans la MACT et que son amplitude est un bon indicateur de la capacité individuelle de la MACT, estimée par K. Des résultats post-hoc ont démontré que les musiciens et les non-musiciens tendent à avoir des différences au niveau de la SAN, sans pour autant modifier l’effet de charge en mémoire. Une analyse qualitative et quantitative de l’utilisation des stratégies mnésiques ont permis de clarifier leur implication et leur nature au sein d’une tâche cognitive de mémoire, plus précisément en audition. Pour conclure, l’ensemble de ces résultats suggère également que la SAN est reliée à la maintenance de sons dans la MACT et ainsi, un bon indicateur de sa capacité.

Corrélats neuronaux sous-jacents aux expressions émotionnelles : une comparaison entre musique, voix et visage

Cette thèse a pour objectif de comparer les expressions émotionnelles évoquées par la musique, la voix (expressions non-linguistiques) et le visage sur les plans comportemental et neuronal. Plus précisément, le but est de bénéficier de l’indéniable pouvoir émotionnel de la musique afin de raffiner notre compréhension des théories et des modèles actuels associés au traitement émotionnel. Qui plus est, il est possible que cette disposition surprenante de la musique pour évoquer des émotions soit issue de sa capacité à s’immiscer dans les circuits neuronaux dédiés à la voix, bien que les évidences à cet effet demeurent éparses pour le moment. Une telle comparaison peut potentiellement permettre d’élucider, en partie, la nature des émotions musicales. Pour ce faire, différentes études ont été réalisées et sont ici présentées dans deux articles distincts. Les études présentées dans le premier article ont comparé, sur le plan comportemental, les effets d’expressions émotionnelles sur la mémoire entre les domaines musical et vocal (non-linguistique). Les résultats ont révélé un avantage systématique en mémoire pour la peur dans les deux domaines. Aussi, une corrélation dans la performance individuelle en mémoire a été trouvée entre les expressions de peur musicales et vocales. Ces résultats sont donc cohérents avec l’hypothèse d’un traitement perceptif similaire entre la musique et la voix. Dans le deuxième article, les corrélats neuronaux associés à la perception d’expressions émotionnelles évoquées par la musique, la voix et le visage ont été directement comparés en imagerie par résonnance magnétique fonctionnelle (IRMf). Une augmentation significative du signal « Blood Oxygen Level Dependent » (BOLD) a été trouvée dans l’amygdale (et à l’insula postérieure) en réponse à la peur, parmi l’ensemble des domaines et des modalités à l’étude. Une corrélation dans la réponse BOLD individuelle de l’amygdale, entre le traitement musical et vocal, a aussi été mise en évidence, suggérant à nouveau des similarités entre les deux domaines. En outre, des régions spécifiques à chaque domaine ont été relevées. Notamment, le gyrus fusiforme (FG/FFA) pour les expressions du visage, le sulcus temporal supérieur (STS) pour les expressions vocales ainsi qu’une portion antérieure du gyrus temporal supérieur (STG) particulièrement sensible aux expressions musicales (peur et joie), dont la réponse s’est avérée modulée par l’intensité des stimuli. Mis ensemble, ces résultats révèlent des similarités mais aussi des différences dans le traitement d’expressions émotionnelles véhiculées par les modalités visuelle et auditive, de même que différents domaines dans la modalité auditive (musique et voix). Plus particulièrement, il appert que les expressions musicales et vocales partagent d’étroites similarités surtout en ce qui a trait au traitement de la peur. Ces données s’ajoutent aux connaissances actuelles quant au pouvoir émotionnel de la musique et contribuent à élucider les mécanismes perceptuels sous-jacents au traitement des émotions musicales. Par conséquent, ces résultats donnent aussi un appui important à l’utilisation de la musique dans l’étude des émotions qui pourra éventuellement contribuer au développement de potentielles interventions auprès de populations psychiatriques.

Adsorption potentials for nonplanar geometries

We present a method to compute, assuming a continuous distribution of sources, the elementary potential created by a differential element of volume of matter, whose integral generates a known adsorption field V(z) for a planar surface. We show that this elementary potential is univocally determined by the original field and can be used to generate adsorption potentials for other nontrivial geometries. We illustrate the method for the Chizmeshya-Cole-Zaremba physisorption potential and discuss several examples and applications.

Cashew industry in Kerala problems and potentials

India is the largest producer and processor of cashew in the world. The export value of cashew is about Rupees 2600 crore during 2004-05. Kerala is the main processing and exporting center of cashew. In Kerala most of the cashew processing factories are located in Kollam district. The industry provides livelihood for about 6-7 lakhs of employees and farmers, the cashew industry has national importance. In Kollam district alone there are more than 2.5 lakhs employees directly involved in the industry, which comes about 10 per cent of the population of the district, out of which 95 per cent are women workers. It is a fact that any amount received by a woman worker will be utilized directly for the benefit of the family and hence the link relating to family welfare is quite clear. Even though the Government of Kerala has incorporated the Kerala State Cashew Development Corporation (KSCDC) and Kerala State Cashew Workers Apex Industrial Co—operative Society (CAPEX) to develop the Cashew industry, the cashew industry and ancillary industries did not grow as per the expectation. In this context, an attempt has been made to analyze the problems and potential of the industry so as to make the industry viable and sustainable for the perpetual employment and income generation as well as the overall development of the Kollam district.

Studies on gaussian effective potentials in some models

In classical field theory, the ordinary potential V is an energy density for that state in which the field assumes the value ¢. In quantum field theory, the effective potential is the expectation value of the energy density for which the expectation value of the field is ¢o. As a result, if V has several local minima, it is only the absolute minimum that corresponds to the true ground state of the theory. Perturbation theory remains to this day the main analytical tool in the study of Quantum Field Theory. However, since perturbation theory is unable to uncover the whole rich structure of Quantum Field Theory, it is desirable to have some method which, on one hand, must go beyond both perturbation theory and classical approximation in the points where these fail, and at that time, be sufficiently simple that analytical calculations could be performed in its framework During the last decade a nonperturbative variational method called Gaussian effective potential, has been discussed widely together with several applications. This concept was described as a means of formalizing our intuitive understanding of zero-point fluctuation effects in quantum mechanics in a way that carries over directly to field theory.

Correlations derived from modern nucleon-nucleon potentials

Various modern nucleon-nucleon (NN) potentials yield a very accurate fit to the nucleon-nucleon scattering phase shifts. The differences between these interactions in describing properties of nuclear matter are investigated. Various contributions to the total energy are evaluated employing the Hellmann-Feynman theorem. Special attention is paid to the two-nucleon correlation functions derived from these interactions. Differences in the predictions of the various interactions can be traced back to the inclusion of nonlocal terms.

Hypernuclear structure with the new Nijmegen potentials

Information on level density for nuclei with mass numbers A?20250 is deduced from discrete low-lying levels and neutron resonance data. The odd-mass nuclei exhibit in general 47 times the level density found for their neighboring even-even nuclei at the same excitation energy. This excess corresponds to an entropy of ?1.7kB for the odd particle. The value is approximately constant for all midshell nuclei and for all ground state spins. For these nuclei it is argued that the entropy scales with the number of particles not coupled in Cooper pairs. A simple model based on the canonical ensemble theory accounts qualitatively for the observed properties.

The Fishing Industry in Kerala - Problem and Potentials

importance of fishing and other allied industries in the economy was realised only very recently. Consequently only very few studies are available on the subject. Here an attempt is made to survey the available literature on the subject.

Ionization potentials and radii of atoms and ions of element 104 (unnilquadium) and of hafnium (2+) derived from multiconfiguration Dirac-Fock calculations

Multiconfiguration relativistic Dirac-Fock (MCDF) values have been computed for the first four ionization potentials (IPs) of element 104 (unnilquadium) and of the other group 4 elements (Ti, Zr, and Hf). Factors were calculated that allowed correction of the systematic errors between the MCDF IPs and the experimental IPs. Single "experimental" IPs evaluated in eV (to ± 0.1 eV) for element 104 are: [104(0),6.5]; [104( 1 + ),14.8]; [104(2 + ),23.8]; [104(3 + ),31.9]. Multiple experimental IPs evaluated in eV for element 104 are: [(0-2+ ),21.2±0.2]; [(0-3+ ),45.1 ±0.2]; [(0-4+ ),76.8±0.3].Our MCDF results track 11 of the 12 experimental single IPs studied for group 4 atoms and ions. The exception is Hf( 2 + ). We submit our calculated IP of 22.4 ± 0.2 eV as much more accurate than the value of 23.3 eV derived from experiment.