Directed evolution of human dihydrofolate reductase: towards a better understanding of binding at the active site

La dihydrofolate réductase humaine (DHFRh) est une enzyme essentielle à la prolifération cellulaire, ce qui en fait une cible de choix pour le traitement de différents cancers. À cet effet, plusieurs inhibiteurs spécifiques de la DHFRh, les antifolates, ont été mis au point : le méthotrexate (MTX) et le pemetrexed (PMTX) en sont de bons exemples. Malgré l’efficacité clinique certaine de ces antifolates, le développement de nouveaux traitements s’avère nécessaire afin de réduire les effets secondaires liés à leur utilisation. Enfin, dans l’optique d’orienter la synthèse de nouveaux composés inhibiteurs des DHFRh, une meilleure connaissance des interactions entre les antifolates et leur enzyme cible est primordiale. À l’aide de l’évolution dirigée, il a été possible d’identifier des mutants de la DHFRh pour lesquels l’affinité envers des antifolates cliniquement actifs se voyait modifiée. La mutagenèse dite ¬¬de saturation a été utilisée afin de générer des banques de mutants présentant une diversité génétique au niveau des résidus du site actif de l’enzyme d’intérêt. De plus, une nouvelle méthode de criblage a été mise au point, laquelle s’est avérée efficace pour départager les mutations ayant entrainé une résistance aux antifolates et/ou un maintient de l’activité enzymatique envers son substrat natif, soient les phénotypes d’activité. La méthode de criblage consiste dans un premier temps en une sélection bactérienne à haut débit, puis dans un second temps en un criblage sur plaques permettant d’identifier les meilleurs candidats. Plusieurs mutants actifs de la DHFRh, résistants aux antifolates, ont ainsi pu être identifiés et caractérisés lors d’études de cinétique enzymatique (kcat et IC50). Sur la base de ces résultats cinétiques, de la modélisation moléculaire et des données structurales de la littérature, une étude structure-activité a été effectuée. En regardant quelles mutations ont les effets les plus significatif sur la liaison, nous avons commencé à construire un carte moléculaire des contacts impliqués dans la liaison des ligands. Enfin, des connaissances supplémentaires sur les propriétés spécifiques de liaison ont put être acquises en variant l’inhibiteur testé, permettant ainsi une meilleure compréhension du phénomène de discrimination du ligand.

The ethical dilemma of lifestyle change: designing for sustainable schools and sustainable citizenship

his paper explores how participation and sustainability are being addressed by architects within the Building Schools for the Future (BSF) programme in the UK. The intentions promoted by the programme are certainly ambitious, but the ways to fulfil these aims are ill-explored. Simply focusing on providing innovative learning technologies, or indeed teaching young people about physical sustainability features in buildings, will not necessarily teach them the skills they will need to respond to the environmental and social challenges of a rapidly changing world. However, anticipating those skills is one of the most problematic issues of the programme. The involvement of young people in the design of schools is used to suggest empowerment, place-making and to promote social cohesion but this is set against government design literature which advocates for exemplars, standard layouts and best practice, all leading to forms of standardisation. The potentials for tokenistic student involvement and conflict with policy aims are evident. This paper explores two issues: how to foster in young people an ethic towards future generations, and the role of co-design practices in this process. Michael Oakeshott calls teaching the conversation of mankind. In this paper, I look at the philosophy of Hannah Arendt, Emmanuel Levinas, Maurice Merleau-Ponty and Luce Irigaray to argue that investigating the ethical dilemmas of the programme through critical dialogue with students offers an approach to meeting government objectives, building sustainable schools, and fostering sustainable citizenship.

Active nuclear import and cytoplasmic retention of activation-induced deaminase

The enzyme activation-induced deaminase (AID) triggers antibody diversification in B cells by catalyzing deamination and consequently mutation of immunoglobulin genes. To minimize off-target deamination, AID is restrained by several regulatory mechanisms including nuclear exclusion, thought to be mediated exclusively by active nuclear export. Here we identify two other mechanisms involved in controlling AID subcellular localization. AID is unable to passively diffuse into the nucleus, despite its small size, and its nuclear entry requires active import mediated by a conformational nuclear localization signal. We also identify in its C terminus a determinant for AID cytoplasmic retention, which hampers diffusion to the nucleus, competes with nuclear import and is crucial for maintaining the predominantly cytoplasmic localization of AID in steady-state conditions. Blocking nuclear import alters the balance between these processes in favor of cytoplasmic retention, resulting in reduced isotype class switching.

Investigating active transportation to and from school : identification of predictors and health benefits

Funding support for this doctoral thesis has been provided by the Canadian Institutes of Health Research-Public Health Agency of Canada, QICSS matching grant, and la Faculté des études supérieures et postdoctorales-Université de Montréal.

Challenging Indifference to Extreme Poverty: Considering Southern Perspectives on Global Citizenship and Change

Canadian universities are expanding opportunities for students to travel, study, volunteer and work abroad for academic credit, especially in regions of the global south often called “developing countries.” It is widely assumed that exposure to extreme poverty through shortterm placements overseas will make young Canadians and other Northerners into “global citizens” who would by definition be incapable of indifference to the lack of freedom that accompanies extreme poverty. This paper asks whether it is warranted for Northerners to attain a claim to global citizenship via this mechanism, especially in light of the burdens falling upon Southern organizations that host young people from Canada and elsewhere.

Les relations entres les générations, les valeurs au travail et les comportements de citoyenneté organisationnelle

Notre recherche a pour but de mieux comprendre les comportements de citoyenneté organisationnelle et plus particulièrement ce qui peut les favoriser ou les défavoriser. Nous en avons retenu cinq pour notre recherche: les comportements de vertu civique, d’esprit d’équipe, conformistes, de courtoisie et d’altruisme Nous avons choisi d’étudier l’influence des valeurs au travail sur ces comportements et notre objectif est de vérifier l’influence de 28 valeurs au travail sur nos cinq comportements de citoyenneté organisationnelle. Par ailleurs, nous avons choisi d’inclure à notre modèle de recherche la variable des générations. Nous cherchons à savoir si les valeurs au travail peuvent changer en fonction de l’appartenance d’un individu à l’une des 4 générations présentes sur le marché du travail (Vétérans, Baby Boomers, X et Y) et si le fait d’appartenir à une géné-ration plutôt qu’une autre aura un impact sur les comportements de citoyenneté organisationnelle. Les données ont été collectées au sein de la firme de sondage l’Observateur. Au total, 278 questionnaires sont utilisables dans le cadre de notre recherche. Des analyses de régression hiérarchiques ont permis de vérifier la capacité explicative des valeurs sur les comportements de citoyenneté organisationnelle. Des tests post hoc de Scheffé ont permis de vérifier l’existence de différences de valeurs entre les générations et des analyses de variance nous ont permis de vérifier l’influence des générations sur les comportements de citoyenneté organisationnelle. Les résultats indiquent que des liens significatifs existent entre les valeurs et les comportements de citoyenneté organisationnelle permettant ainsi de confirmer l’influence favorable ou défavorable de certaines valeurs parmi les 28 à l’étude sur nos cinq comportements de citoyenneté organisationnelle. En ce qui a trait aux différences existan-tes entre nos générations à l’étude, les résultats nous révèlent qu’elles sont beaucoup moins importantes que ce que la littérature nous laisse penser. Finalement, nos résultats ne nous permettent pas de confirmer que certaines générations sont plus disposées que d’autres à adopter des comportements de citoyenneté organisationnelle. Mots-clés : valeurs au travail, génération, comportements de citoyenneté organisationnelle.

Contexte environnemental et vie active chez les personnes ayant des incapacités physiques

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Reconstruction des structures magnéto-convectives solaires sous une région active, par l’utilisation conjointe d’un modèle de convection anélastique et d’une méthode d’assimilation de données.

L’utilisation d’une méthode d’assimilation de données, associée à un modèle de convection anélastique, nous permet la reconstruction des structures physiques d’une partie de la zone convective située en dessous d’une région solaire active. Les résultats obtenus nous informent sur les processus d’émergence des tubes de champ magnétique au travers de la zone convective ainsi que sur les mécanismes de formation des régions actives. Les données solaires utilisées proviennent de l’instrument MDI à bord de l’observatoire spatial SOHO et concernent principalement la région active AR9077 lors de l’ ́évènement du “jour de la Bastille”, le 14 juillet 2000. Cet évènement a conduit à l’avènement d’une éruption solaire, suivie par une importante éjection de masse coronale. Les données assimilées (magnétogrammes, cartes de températures et de vitesses verticales) couvrent une surface de 175 méga-mètres de coté acquises au niveau photosphérique. La méthode d’assimilation de données employée est le “coup de coude direct et rétrograde”, une méthode de relaxation Newtonienne similaire à la méthode “quasi-linéaire inverse 3D”. Elle présente l’originalité de ne pas nécessiter le calcul des équations adjointes au modèle physique. Aussi, la simplicité de la méthode est un avantage numérique conséquent. Notre étude montre au travers d’un test simple l’applicabilité de cette méthode à un modèle de convection utilisé dans le cadre de l’approximation anélastique. Nous montrons ainsi l’efficacité de cette méthode et révélons son potentiel pour l’assimilation de données solaires. Afin d’assurer l’unicité mathématique de la solution obtenue nous imposons une régularisation dans tout le domaine simulé. Nous montrons enfin que l’intérêt de la méthode employée ne se limite pas à la reconstruction des structures convectives, mais qu’elle permet également l’interpolation optimale des magnétogrammes photosphériques, voir même la prédiction de leur évolution temporelle.

Antiobesity and antidiabetic activity of P. balsamifera, its active Salicortin, and L. laricina, medicinal plants from the traditional pharmacopoeia of the James Bay Cree

La prévalence de l’obésité, du diabète de type 2, et du syndrome métabolique, sont à la hausse chez les Cris d’Eeyou Istchee (CEI-Nord du Québec). Ces problèmes sont aggravés par leur diète non traditionnelle, leur sédentarité, ainsi que par une résistance culturelle aux produits pharmaceutiques. Afin de développer des traitements antidiabétiques culturellement adaptés, notre équipe a effectué une enquête ethnobotanique qui a identifié 17 plantes provenant de la pharmacopée traditionnelle des CEI. À partir des études de criblage effectuées in vitro, deux plantes parmi les 17 ont attiré notre attention. Populus balsamifera L. (Salicaceae) pour ses propriétés anti-obésité et Larix laricina K. Koch (Pinaceae) pour ses propriétés antidiabétiques. P. balsamifera et son composé actif salicortin ont inhibé l’accumulation de triglycérides durant l’adipogénèse dans les adipocytes 3T3-L1. L. laricina a augmenté le transport de glucose et l’activation de l’AMPK dans les cellules musculaires C2C12, l’adipogénèse dans les 3T3-L1 et a démontré un fort potentiel découpleur (propriété anti-obésité). Les objectifs de cette thèse sont d'évaluer les potentiels anti-obésité et antidiabétique et d’élucider les mécanismes d'action de P. balsamifera, salicortin, et L. laricina chez la souris C57BL/6 rendue obèse par une diète riche en gras (HFD). Les souris ont été soumises pendant huit (étude préventive) ou seize semaines (étude traitement) à une HFD, ou à une HFD dans laquelle P. balsamifera, salicortin, ou L. laricina a été incorporé soit dès le départ (prévention), ou dans les 8 dernières des 16 semaines d'administration de HFD (traitement). iv Les résultats démontrent que P. balsamifera (dans les deux études) et salicortin (évalué dans l’étude traitement) diminuent: le poids corporel, le gras rétropéritonéal, la sévérité de la stéatose et l’accumulation de triglycérides hépatique (ERK impliqué), les niveaux de glycémie et d'insuline, et le ratio leptine/adiponectine. Dans les deux études, P. balsamifera a significativement réduit la consommation de nourriture mais cet effet coupe-faim nécessite d’être approfondi. Dans l'étude préventive, P. balsamifera a augmenté la dépense énergétique (hausse de la température à la surface de la peau et de l’activation de la protéine découplante-1; UCP-1). Les voies de signalisation activées par P. balsamifera et par salicortin (de façon plus modeste) sont impliquées dans: la production de glucose hépatique (Akt), l’expression de Glut4 dans le muscle squelettique, la captation du glucose et du métabolisme des lipides (Akt dans le tissu adipeux), la différenciation des adipocytes (ERK et PPARg), l’inflammation dans le foie (IKKαβ), et l'oxydation des acides gras dans le muscle, le foie, ou le tissu adipeux (PPARa et CPT-1). D’autre part, L. laricina a également diminué les niveaux de glycémie et d’insuline, le ratio leptine/adiponectine, le gras rétropéritonéal et le poids corporel. Ces effets ont été observés en conjonction avec une augmentation de la dépense énergétique: hausse de température à la surface de la peau (prévention) et amélioration de la fonction mitochondriale et de la synthèse d'ATP (traitement). En conclusion, l’utilisation de P. balsamifera, salicortin et L. laricina comme des traitements alternatifs et culturellement adaptés aux CEI représente une contribution importante dans la prévention et le traitement de l’obésité et du diabète.

Cosmopolitan citizenship and pathologies of pluralism

There are two interconnected questions obscured in the contemporary discourse of legal pluralism. The first concerns the legitimacy of the various forms of pluralism. The second concerns their pathology. If we accept that law does not issue from a unitary source, the problem becomes to characterize the kinds of pluralism in which we find ourselves and to discern their principles of legitimacy. It cannot be taken for granted that they are all legitimate, that is to say, that they can both articulate and fulfill founding principles of justification. That leads to the second question. To celebrate all legal pluralism simply by drawing attention to it as anobservable, documented fact, without considering whether that pluralism conduces to the just and the good, is like speaking of the pluralism of the body’s mechanisms without asking whether any given complex of cells is malignant or benign.

Fin de vie active des travailleurs canadiens : une analyse des départs d’emploi de carrière et des emplois de transition selon l’industrie, 1993-2010

Avec la vague des départs à la retraite amorcée par la génération des baby-boomers, le marché du travail canadien traversera inéluctablement une période de transition. Le vide laissé par ces départs obligera de nombreuses industries à réajuster leur tir afin de ne pas être secouées par de trop fortes turbulences. À cet effet, l’impact des retraites n’aura pas la même ampleur pour chacune des branches d’activité. S’appuyant sur les données longitudinales de l’Enquête sur la dynamique du travail et du revenu de 1993 à 2010, cette recherche analyse les tendances au fil du temps et entre les industries en regard des départs d’emploi de carrière. Une attention particulière est aussi portée aux emplois de transition selon le secteur d’activité, afin de déterminer si cette pratique peut amoindrir les répercussions des départs d’emploi de carrière. Les résultats montrent que l’intensité des départs d’emploi de carrière s’accroit au cours de la période considérée et que d’importantes variations existent entre les travailleurs des diverses catégories d’industries examinées. L’industrie des services professionnels, scientifiques et techniques affiche la plus faible proportion de travailleurs ayant quitté un emploi de carrière (26 %). À l’autre extrémité du spectre, les travailleurs du secteur de l’hébergement et des services de restauration présentent la plus forte probabilité d’effectuer un départ d’emploi de carrière (47 %). Au chapitre des emplois de transition, les travailleurs en provenance l’industrie de la construction montrent la plus forte propension à oeuvrer au sein d’un tel type d’emploi. Si certaines industries se démarquent des autres, cela s’explique surtout en raison du comportement différentiel des travailleurs les plus âgés (55 à 64 ans).

Reconstruction active par projection de lumière non structurée

Cette thèse porte sur la reconstruction active de modèles 3D à l’aide d’une caméra et d’un projecteur. Les méthodes de reconstruction standards utilisent des motifs de lumière codée qui ont leurs forces et leurs faiblesses. Nous introduisons de nouveaux motifs basés sur la lumière non structurée afin de pallier aux manques des méthodes existantes. Les travaux présentés s’articulent autour de trois axes : la robustesse, la précision et finalement la comparaison des patrons de lumière non structurée aux autres méthodes. Les patrons de lumière non structurée se différencient en premier lieu par leur robustesse aux interréflexions et aux discontinuités de profondeur. Ils sont conçus de sorte à homogénéiser la quantité d’illumination indirecte causée par la projection sur des surfaces difficiles. En contrepartie, la mise en correspondance des images projetées et capturées est plus complexe qu’avec les méthodes dites structurées. Une méthode d’appariement probabiliste et efficace est proposée afin de résoudre ce problème. Un autre aspect important des reconstructions basées sur la lumière non structurée est la capacité de retrouver des correspondances sous-pixels, c’est-à-dire à un niveau de précision plus fin que le pixel. Nous présentons une méthode de génération de code de très grande longueur à partir des motifs de lumière non structurée. Ces codes ont l’avantage double de permettre l’extraction de correspondances plus précises tout en requérant l’utilisation de moins d’images. Cette contribution place notre méthode parmi les meilleures au niveau de la précision tout en garantissant une très bonne robustesse. Finalement, la dernière partie de cette thèse s’intéresse à la comparaison des méthodes existantes, en particulier sur la relation entre la quantité d’images projetées et la qualité de la reconstruction. Bien que certaines méthodes nécessitent un nombre constant d’images, d’autres, comme la nôtre, peuvent se contenter d’en utiliser moins aux dépens d’une qualité moindre. Nous proposons une méthode simple pour établir une correspondance optimale pouvant servir de référence à des fins de comparaison. Enfin, nous présentons des méthodes hybrides qui donnent de très bons résultats avec peu d’images.

Reconstruction des mouvements du plasma dans une région active solaire à l'aide de données d'observation et d'une minimisation Lagrangienne

À ce jour, les différentes méthodes de reconstruction des mouvements du plasma à la surface du Soleil qui ont été proposées présupposent une MHD idéale (Welsch et al., 2007). Cependant, Chae & Sakurai (2008) ont montré l’existence d’une diffusivité magnétique turbulente à la photosphère. Nous introduisons une généralisation de la méthode du Minimum Energy Fit (MEF ; Longcope, 2004) pour les plasmas résistifs. Le Resistive Minimum Energy Fit (MEF-R ; Tremblay & Vincent, 2014) reconstruit les champs de vitesse du plasma et la diffusivité magnétique turbulente qui satisfont à l’équation d’induction magnétique résistive et qui minimisent une fonctionnelle analogue à l’énergie cinétique totale. Une séquence de magnétogrammes et de Dopplergrammes sur les régions actives AR 9077 et AR 12158 ayant chacune produit une éruption de classe X a été utilisée dans MEF-R pour reconstruire les mouvements du plasma à la surface du Soleil. Les séquences temporelles des vitesses et des diffusivités magnétiques turbulentes calculées par MEF-R sont comparées au flux en rayons X mous enregistré par le satellite GOES-15 avant, pendant et après l’éruption. Pour AR 12158, nous observons une corrélation entre les valeurs significatives de la diffusivité magnétique turbulente et de la vitesse microturbulente pour les champs magnétiques faibles.

Patterns of discrepancy in perceptions of workgroup and organizational cultures and their relationships to well-being, commitment and organizational citizenship behavior

La culture organisationnelle influence la manière dont les organismes relèvent les défis externes auxquels elle fait face et façonnent les comportements normatifs de leurs membres. Des études portant sur le degré d’acceptation et d’adoption d’une culture organisationnelle indiquent une grande variance en fonction de multiples facteurs (p. ex. : l’âge, l’occupation, la hiérarchie, etc.) et leurs liens aux résultats subséquents. Différentes évaluations culturelles considèrent les sondages d’auto-évalulation comme étant des moyens acceptables de créer des liens entre les perceptions et les résultats. En effet, ces instruments mesurent les croyances, les suppositions et les valeurs d’une personne, mais l’un des facteurs pouvant compromettre les réponses est le manque de cadre de référence. Un des objectifs de l’étude est de déterminer la manière dont la mesure des perceptions culturelles est reliée à la contextualisation des questions du sondage. À l’aide de deux orientations, nous tentons de déterminer si les perceptions de la culture en lien avec l’organisation entière sont différentes de celles en lien avec le groupe de travail immédiat. De plus, l’étude explore la manière dont les différences algébriques entre les perceptions des deux référents sont simultanément reliées au bien-être psychologique au travail, à l’engagement et aux comportements de citoyenneté organisationnelle. Comme objectif final, nous déterminons lequel des deux référents prédit le mieux ces résultats. Les cent quatre-vingt-neuf participants de l’étude faisaient partie d’un établissement d’enseignement postsecondaire de langue anglaise du Québec. En premier lieu, les participants recevaient, de façon aléatoire, l’un des deux questionnaires - soit celui orienté sur l’organisation entière, soit celui orienté sur le groupe de travail immédiat -, puis, en deuxième lieu, son référent opposé correspondant. Les résultats indiquent que les perceptions de culture en lien avec l’organisation entière sont significativement différentes de celle en lien avec le groupe de travail immédiat. L’étude démontre que les similitudes entre les perceptions sont directement proportionnelles au bien-être ainsi qu’aux engagements organisationnels et de groupe de travail. De plus grandes différences perceptuelles sont associées à des niveaux plus élevés de bien-être et d’engagement organisationnel normatif. Ces associations sont plus fortes lorsque les perceptions de la culture organisationnelle sont plus positives que les perceptions de la culture du groupe de travail. Les différences algébriques opposées sont liées à des niveaux plus élevés de comportements de citoyenneté organisationnelle ainsi que d’engagements affectifs et de continuité envers le groupe de travail. Les résultats de l’étude suggèrent aussi que les perceptions de la culture du groupe de travail sont plus liées aux résultats pertinents que les perceptions de la culture organisationnelle. Les implications théoriques et pratiques des mesures de perceptions de culture sont examinées.

Mobilizing in borderline citizenship regimes : a comparative analysis of undocumented migrants’ collective actions

This article seeks to explain how and why groups and networks of undocumented migrants mobilizing in Berlin, Montréal, and Paris since the beginning of the 2000s construct different types of claims. The authors explore the relationship between undocumented migrants and state authorities at the local level through the concept of the citizenship regime and its specific application to undocumented migrants (which they describe as the “borderline citizenship regime”). Despite their common formal exclusion from citizenship, nonstatus migrants experience different degrees and forms of exclusion in their daily lives, in terms of access to certain rights and services, recognition, and belonging within the state (whether through formally or nonformally recognized means). As a result, they have an opportunity to create different, specific forms of leeway in the society in which they live. The concurrence of these different degrees of exclusion and different forms of leeway defines specific conditions of mobilization. The authors demonstrate how the content of their claims is influenced by these conditions of mobilization.