A simple procedure for rehybridization of nuclei analyzed previously by fish

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

First radiation hybrid map of the river buffalo X chromosome (BBUX) and comparison with BTAX

We report the first radiation hybrid map of the river buffalo X chromosome generated from a recently constructed river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation hybrid panel (BBURH5000). This map contains a total of 33 cattle-derived markers, including 10 genes, four ESTs and 19 microsatellites. The markers are distributed in two linkage groups: LG1 contains eight markers spanning 125.6 cR, and LG2 contains 25 markers spanning 366.3 cR. LG1 contains six markers in common with bovine sequence assembly BUILD 3.1. With the exception of BMS2152, the order of these markers on our BBUX map is shuffled when compared to the cow X chromosome (Bos taurus; BTAX). From LG2, two markers (AMELX and BL22) map to a more distal portion of BTAX compared to BBUX. In addition, two pairs of LG2 markers exhibit inversions compared to BTAX (ILSTS017 and ATRX; XBM38 and PPEF1). Alternatively, when compared to the most recent bovine RH map (Bov-Gen 3000rads), BL1098 and BMS2227 from LG1 as well as PLS3 and BMS1820 from LG2 showed inverted positions on the BBUX map. These discrepancies in buffalo and cattle maps may reflect evolutionary divergence of the chromosomes or mapping errors in one of the two species. Although the set of mapped markers does not cover the entire X chromosome, this map is a starting point for the construction of a high-resolution map, which is necessary for characterization of small rearrangements that might have occurred between the Bubalus bubalis and Bos taurus X chromosomes.

A first generation whole genome RH map of the river buffalo with comparison to domestic cattle

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Construction of a river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation hybrid panel and preliminary RH mapping of chromosomes 3 and 10

The buffalo (Bubalus bubalis) not only is a useful source of milk, it also provides meat and works as a natural source of labor and biogas. To establish a project for buffalo genome mapping a 5,000-rad whole genome radiation hybrid panel was constructed for river buffalo and used to build preliminary RH maps from two chromosomes (BBU 3 and BBU10). The preliminary maps contain 66 markers, including coding genes, cattle ESTs and microsatellite loci. The RH maps presented here are the starting point for mapping additional loci, in particular, genes and expressed sequence tags that will allow detailed comparative maps between buffalo, cattle and other species to be constructed. A large quantity of DNA has been prepared from the cell lines forming the RH panel reported here and will be made publicly available to the international community both for the study of chromosome evolution and for the improvement of traits important to the role of buffalo in animal agriculture.

Construction of a river buffalo (Bubalus bubalis) whole-genome radiation hybrid panel and preliminary RH mapping of chromosomes 3 and 10

The buffalo (Bubalus bubalis) is a source of milk and meat, and also serves as a draft animal. In this study, a 5000-rad whole-genome radiation hybrid (RH) panel for river buffalo was constructed and used to build preliminary RH maps for BBU3 and BBU10 chromosomes. The preliminary maps contain 66 markers, including coding genes, cattle expressed sequence tags (ESTs) and microsatellite loci. The RH maps presented here are the starting point for mapping additional loci that will allow detailed comparative maps between buffalo, cattle and other species whose genomes may be mapped in the future. A large quantity of DNA has been prepared from the cell lines forming the river buffalo RH panel and will be made publicly available to the international community both for the study of chromosome evolution and for the improvement of traits important to the role of buffalo in animal agriculture.

Preliminary radiation hybrid map for river buffalo chromosome 6 and comparison to bovine chromosome 3

We present the first radiation hybrid (RH) map of river buffalo (Bubalus bubalis) chromosome 6 (BBU6) developed with a recently constructed river buffalo whole-genome RH panel (BBURH5000). The preliminary map contains 33 cattle-derived markers, including 12 microsatellites, 19 coding genes and two ESTs, distributed across two linkage groups. Retention frequencies for markers ranged from 14.4% to 40.0%. Most of the marker orders within the linkage groups on BBU6 were consistent with the cattle genome sequence and RH maps. This preliminary RH map is the starting point for comparing gene order between river buffalo and cattle, presenting an opportunity for the examination of micro-rearrangements of these chromosomes. Also, resources for positional candidate cloning in river buffalo are enhanced.

Alterações sialoquímicas e sialométricas de pacientes com paralisia cerebral: uma revisão de literatura

TEMA: paralisia cerebral e alterações salivares. O paciente com paralisia cerebral é acometido por diversas desordens no Sistema Estomatognático, sendo muitas delas expressas sob a forma de alterações no fluxo e composição salivar. A variação da concentração de constituintes da saliva está diretamente relacionada com sua capacidade tampão, antioxidante, imunológica, digestiva e lubrificante, além de sofrer variações em função da velocidade do fluxo salivar, o qual está intimamente relacionado à eficiência dos estímulos mecânicos e neurais do trato salivar. Alterações na deglutição, da percepção gustativa, do processo de mineralização dos dentes e da propriedade protetora da saliva contra lesões cariosas, infecções e inflamações, freqüentemente observadas em pacientes com paralisia cerebral, podem ser avaliadas pelo exame da saliva. OBJETIVO: realizar uma revisão de literatura relacionando as principais alterações sialométrica e sialoquímica de pacientes com paralisia cerebral e seus efeitos na saúde bucal. CONCLUSÃO: a análise sialométrica e sialoquímica oferece informações extremamente úteis no diagnóstico e no direcionamento do tratamento desses pacientes, e pode ser considerada uma indicadora prática e objetiva dos processos de doença e disfunções.

Tectonics and paleogeography of the Marajó Basin, northern Brazil

A área da Bacia do Marajó apresenta feições geológicas e geomorfológicas devidas principamente à distensão Mesozóica e à neotectônica pós-miocênica. O evento de distensão, com fases do Cretáceo Inferior e Superior, originou quatro sub-bacias que contituem a Bacia do Marajó, com uma espessa seqüência clástica continental mostrando influência marinha. Falhas normais NW e NNW e direcionais NE e ENE controlaram a geometria da bacia. A distensão, relacionada com a abertura do Atlântico Equatorial, propagou-se continente adentro ao longo de zonas de fraqueza crustal dos cinturões orogênicos pré-cambrianos Tumucumaque, Amapá e Araguaia. O evento neotectônico é um regime transcorrente que desenvolveu bacias transtensivas preenchidas por sedimentos marinhos rasos (Formação Pirabas) e seqüências transicionais (Grupo Barreiras) do Terciário Superior, seguidos por depósitos fluviais e seqüências transicionais do Quaternário, derivadas dos rios Amazoans e Tocantins e do estuário do Marajó. A paisagem atual tem morfologia tipicamente estuarina. A morfologia costeira apresenta escarpas em seqüências transicionais do Terciário Superior, enquanto no interior dominam elevações sustentadas por crosta laterítica do Pleistoceno Médio, aparadas por superfície erosiva a 70 m. No leste da Ilha do Marajó são reconhecidas várias gerações de paleocanais com seqüências estuarinas associadas, enquanto no lado oeste predomina uma planície flúvio-marinha.

VERIFICATION of THE PRESENCE of CAPSULE GENE SEQUENCES IN NASOPHARYNGEAL ISOLATES of NONTYPEABLE HAEMOPHILUS INFLUENZAE FROM HEALTHY CHILDREN AT A BRAZILIAN DAY CARE CENTER

Cinqüenta e oito cepas de Haemophilus influenzae foram isoladas da nasofaringe de crianças saudáveis que freqüentam uma creche, e através da técnica de Southern blot foi pesquisada nas cepas acapsuladas a presença de seqüências do gene capsular. Sete cepas (12%) caracterizadas sorologicamente como acapsuladas mostraram homologia com seqüências específicas da cápsula. Uma cepa foi caracterizada com uma linhagem H. influenzae tipo b cápsula deficiente.

Chave ilustrada para identificação dos camarões dendrobranchiata do litoral norte do estado de São Paulo, Brasil

O presente estudo teve como objetivo a elaboração de uma chave de identificação ilustrada para diferenciar as espécies de camarões marinhos Dendrobranchiata, com ocorrência no litoral do Estado de São Paulo até a profundidade de 40m. As 13 espécies apresentadas neste trabalho foram obtidas mediante coletas mensais durante os anos de 1995 a 2000 na região de Ubatuba, SP . Nesta chave estão incluídas as espécies de interesse econômico, como os peneídeos Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus brasiliensis, F. paulensis, Litopenaeus schmitti, Artemesia longinaris e o solenocerídeo Pleoticus muelleri. Além destas espécies, também foram adicionados os camarões que não são alvos das frotas pesqueiras, entre eles, Rimapenaeus constrictus, Acetes americanus, Peisos petrunkevitchi e os sicionídeos Sicyonia dorsalis, S. typica, S. laevigata e S. parri. A chave proposta servirá como uma ferramenta no auxílio da identificação dos camarões Dendrobranchiata, quer seja por pesquisadores ligados à área científica, como também por pessoas relacionadas aos órgãos responsáveis pelo controle da pesca, principalmente, na época do defeso.

Bacterial diversity of soil under eucalyptus assessed by 16S rDNA sequencing analysis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A microsatellite library for Carica papaya L. cv. Sunrise solo

Em áreas experimentais das Fazendas de Ensino e Pesquisa da UNESP/Campus de Ilha Solteira e Jaboticabal foram selecionadas e marcadas 20 plantas hermafroditas e 20 femininas dos cultivares Sunrise Solo, Improved Sunrise Solo cv.72/12 e Baixinho de Santa Amália. As sementes provenientes dos frutos selecionados foram plantadas para analisar-se a eficiência da autofecundação e a freqüência dos sexos nas progênies. Posteriormente, amostras de tecido foliar jovem das plantas matrizes foram coletadas para a extração de DNA. Foram construídas cinco bibliotecas enriquecidas de seqüências microsatélites, utilizando-se as sondas (TCA)10, (TC)13, (GATA)4, (CAC)10 e (TGAG)8. Foi possível o desenvolvimento de primers somente com a biblioteca que utilizou a sonda (TCA)10 . Esta permitiu o desenho de 32 pares de primers. Destes, 31 apresentaram padrão de banda única em agarose Metaphor e em acrilamida. Para o primer S36 foram observadas 2 bandas, mas sem polimorfismo para diferenciação da forma sexual na cultura do mamoeiro. No entanto, estes primers poderão ser testados na investigação de outras características em populações segregantes desta espécie e de espécies afins, análises de germoplasma, identificação de cultivares, evolução parental e marcas em melhoramento assistido.

First report of black rot of Colocasia esculenta caused by Ceratocystis fimbriata in Brazil

Ceratocystis fimbriata foi encontrado em tubérculos de inhame (Colocasia esculenta), apresentando lesões escuras, pouco profundas, contendo estruturas de reprodução do fungo, cuja coloração variava do cinza ao negro. As amostras foram coletadas em supermercados, quitandas e varejões nos Estados de São Paulo, Rio de Janeiro, Bahia, Rondônia e Distrito Federal que, na maioria dos casos, comercializavam inhame produzido no Estado de São Paulo. Os sintomas de podridão negra indicam se tratar de uma doença de pós-colheita. Seqüências de rDNA indicam que os isolados de Colocasia sp. pertencem ao clado da America Latina do complexo C. fimbriata, embora esses isolados sejam mais agressivos em pseudo-pecíolos de C. esculenta do que os isolados de Ficus carica e Mangifera indica.

Prática de atividade física e composição corporal em mulheres na menopausa

OBJETIVO: Analisar a relação entre a prática de atividade física e composição corporal em mulheres na menopausa. METODOS: Participaram do estudo 62 mulheres, com 50 anos ou mais (61,2±7,6 anos), todas na menopausa. A prática de atividade física foi avaliada através do acelerômetro (minutos na semana e counts). A massa magra e massa gorda total e de tronco foram mensuradas com uso da absortimetria de raios X de dupla energia e expressas em valores percentuais. A relação entre as variáveis de composição corporal e a atividade física foi avaliada pela correlação de Spearman e de Pearson. As comparações entre grupos (de acordo com a prática de atividade física e idade) foram realizadas por meio do teste t independente e Mann-Whitney. RESULTADOS: O grupo de idade igual ou inferior a 59 anos apresentou maiores médias de atividade física total em counts (3.572.435 versus 2.843.840) e minutos por semana de atividade física moderada-vigorosa (273 minutos versus 156 minutos). As mulheres que acumularam 150 minutos ou mais de atividade física moderada-vigorosa apresentaram valores inferiores de massa gorda total (43,8 versus 47,2 kg/m²), valores superiores de massa corporal magra (53,8 versus 49,6 kg) e IMC reduzido (27,7 versus 30,46 kg/m²) quando comparadas àquelas com menos de 150 minutos de atividade física na semana. Apenas o tempo em atividades moderadas apresentou correlação negativa com o percentual de gordura total (r=-0,26, p<0,05); já atividade física total em counts correlacionou-se com o percentual de massa magra (r=0,30), percentual de gordura total (r=-0,32), gordura de tronco (r=-0,29), e IMC (r=-0,32), todas as correlações apresentaram significância estatística de p<0,05. CONCLUSÃO: Mulheres na menopausa com idade igual ou superior a 50 anos que apresentam minutos em atividades moderada e vigorosa, e counts de atividade física total superiores possuem níveis inferiores de massa gorda e superiores de massa magra.

Deposição de glyphosate aplicado para controle de plantas daninhas em soja transgênica

Inúmeros fatores estão envolvidos na tecnologia de aplicação de um herbicida, sendo a deposição correta fundamental para que o produto possa expressar sua eficiência. Com o objetivo de avaliar a deposição de uma solução traçante constituída de glyphosate Roundup Ready (0,96 kg e.a. ha-1) + corante FDC-1 (1.500 ppm), foi conduzido um experimento em área semeada com soja transgênica e infestada com amendoim-bravo (Euphorbia heterophylla), localizada em Londrina-PR. As aplicações foram efetuadas em diferentes estádios de desenvolvimento da cultura, correspondendo a 17, 24, 31, 38 e 45 dias após a emergência da soja. Os alvos, plantas de soja, amendoim-bravo e placas na superfície do solo (linha e entrelinha), foram coletados após pulverização, e a solução traçante foi nestes depositada, posteriormente recuperada através de lavagem com agitação em água destilada. As amostras das soluções recuperadas foram submetidas à análise, utilizando-se procedimentos espectrofotométricos, e os resultados de absorbância convertidos para concentração em µL cm-2 e µL por planta. As freqüências acumuladas dos dados originais de depósito foram adequadamente ajustadas segundo modelo de Gompertz, apresentando elevada precisão (R² > 0,95). Os resultados indicaram que o depósito da calda de pulverização nas plantas de soja e amendoim-bravo reduziu progressivamente com o desenvolvimento da cultura e infestação, sugerindo que a maior garantia de eficiência de controle pode ser conseguida com aplicações precoces.