Geometric optimization methods for the analysis of gene expression data

DNA microarrays provide such a huge amount of data that unsupervised methods are required to reduce the dimension of the data set and to extract meaningful biological information. This work shows that Independent Component Analysis (ICA) is a promising approach for the analysis of genome-wide transcriptomic data. The paper first presents an overview of the most popular algorithms to perform ICA. These algorithms are then applied on a microarray breast-cancer data set. Some issues about the application of ICA and the evaluation of biological relevance of the results are discussed. This study indicates that ICA significantly outperforms Principal Component Analysis (PCA).

An in vitro transposon system for highly regulated gene expression: construction of Escherichia coli strains with arabinose-dependent growth at low temperatures.

Placing a gene of interest under the control of an inducible promoter greatly aids the purification, localization and functional analysis of proteins but usually requires the sub-cloning of the gene of interest into an appropriate expression vector. Here, we describe an alternative approach employing in vitro transposition of Tn Omega P(BAD) to place the highly regulable, arabinose inducible P(BAD) promoter upstream of the gene to be expressed. The method is rapid, simple and facilitates the optimization of expression by producing constructs with variable distances between the P(BAD) promoter and the gene. To illustrate the use of this approach, we describe the construction of a strain of Escherichia coli in which growth at low temperatures on solid media is dependent on threshold levels of arabinose. Other uses of the transposable promoter are also discussed.

Co-ordination of pathogenicity island expression by the BipA GTPase in enteropathogenic Escherichia coli (EPEC).

BipA is a novel member of the ribosome binding GTPase superfamily and is widely distributed in bacteria and plants. We report here that it regulates -multiple cell surface- and virulence-associated -components in the enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) strain E2348/69. The regulated components include bacterial flagella, the espC pathogenicity island and a type III secretion system specified by the locus of enterocyte effacement (LEE). BipA positively regulated the espC and LEE gene clusters through transcriptional control of the LEE-encoded regulator, Ler. Additionally, it affected the pattern of proteolysis of intimin, a key LEE-encoded adhesin specified by the LEE. BipA control of the LEE operated independently of the previously characterized regulators Per, integration host factor and H-NS. In contrast, it negatively regulated the flagella-mediated motility of EPEC and in a Ler-independent manner. Our results indicate that the BipA GTPase functions high up in diverse regulatory cascades to co-ordinate the expression of key pathogenicity islands and other virulence-associated factors in E. coli.

Aplicación de parámetros matemáticos en un trabajo multidisciplinario de composición musical asistida por computadora sobre una temática folklórica

Resumen: En el marco de un proyecto de la Vicerrectoría de Investigaciones de la Universidad de Caldas denominado “Resignificación músico-pictórica del mito de la Salamanca” surgió la conveniencia de aplicar y diseñar programas de fundamentación matemática que permitieran definir la estructura y el tratamiento acústico de la obra especialmente escrita para este proyecto. Principalmente nos basamos en la implementación de la Transformada Rápida de Fourier (Fast Fourier Transform) para el análisis de espectros armónicos y su modificación en vivo y en la utilización de un entorno de programación para procesamiento de sonido en tiempo real. El marco general de la investigación parte del enfoque de Regionalismo Crítico procedente de las propuestas de Kenneth Frampton referentes originalmente a la crítica de la arquitectura. El planteamiento como investigación mutidisciplinaria implica (1) una visión crítica de la substancia mítica y social subyacente, (2) una resignificación pictórica por medio de fotografía, animación y pintura, basada en la sustancia visual que contiene el mito, (3) un enfoque musical electroacústico, a partir del material que surge del folklor local, utilizando la intervención de instrumentos en vivo y procesamiento en tiempo real.

La retórica como metalenguaje en la composición musical barroca

Resumen: La idea de que los compositores barrocos planificaban su obra en función de las reglas de la retórica es común en los manuales especializados. No obstante, Brian Vickers descarta la posibilidad de su utilización como medio analítico en la música. Rubén López Cano considera la retórica como un metalenguaje y abre la posibilidad de aplicar el sistema retórico, propio del sistema lingüístico, a otro no verbal. En el presente trabajo pretendo demostrar cómo el aparato teórico de la retórica del barroco subyace en la composición musical de este período. Con el fin de ejemplificar esto, utilizo el análisis de una sección de la Pasión según San Mateo de J. S. Bach.