Structural studies of the hipersaline adaptation of proteins belonging to halophilic archaea

183 p.

Insights into mechanism kinematics for protein motion simulation

Background: The high demanding computational requirements necessary to carry out protein motion simulations make it difficult to obtain information related to protein motion. On the one hand, molecular dynamics simulation requires huge computational resources to achieve satisfactory motion simulations. On the other hand, less accurate procedures such as interpolation methods, do not generate realistic morphs from the kinematic point of view. Analyzing a protein's movement is very similar to serial robots; thus, it is possible to treat the protein chain as a serial mechanism composed of rotational degrees of freedom. Recently, based on this hypothesis, new methodologies have arisen, based on mechanism and robot kinematics, to simulate protein motion. Probabilistic roadmap method, which discretizes the protein configurational space against a scoring function, or the kinetostatic compliance method that minimizes the torques that appear in bonds, aim to simulate protein motion with a reduced computational cost. Results: In this paper a new viewpoint for protein motion simulation, based on mechanism kinematics is presented. The paper describes a set of methodologies, combining different techniques such as structure normalization normalization processes, simulation algorithms and secondary structure detection procedures. The combination of all these procedures allows to obtain kinematic morphs of proteins achieving a very good computational cost-error rate, while maintaining the biological meaning of the obtained structures and the kinematic viability of the obtained motion. Conclusions: The procedure presented in this paper, implements different modules to perform the simulation of the conformational change suffered by a protein when exerting its function. The combination of a main simulation procedure assisted by a secondary structure process, and a side chain orientation strategy, allows to obtain a fast and reliable simulations of protein motion.

Ninguém pode ficar parado: juventude, trabalho e projetos de vida

Este trabalho tem como objetivo estudar e discutir as maneiras pelas quais os jovens na atualidade vêm construindo trajetórias, narrativas e projetos de vida a partir das novas configurações assumidas pelo trabalho. Com a finalidade de atingir o objetivo proposto além do levantamento de referencial teórico-bibliográfico foi realizada pesquisa de campo. O referencial teórico-bibliográfico foi desenvolvido em torno das três principais categorias que envolvem o tema e dos desdobramentos delas provenientes: cenário atual, trabalho e juventude. Nessa abordagem, tanto sujeito quanto subjetividade são compreendidos como produções culturais e sociais, modos de ser e de estar no mundo que emergem dentro de contextos históricos específicos. O trabalho é entendido como uma instância privilegiada de inserção social e, portanto, como categoria que contribui de modo central para as produções de subjetividade, possuindo fundamental papel para que os jovens possam construir projetos de vida que possibilitem o desenvolvimento de trajetórias e narrativas consistentes. Pelo caráter múltiplo e heterogêneo da juventude, foi realizado um recorte desse universo para a realização do trabalho de campo, participando deste jovens entre 21 e 26 anos pertencentes à classes médias e media alta, moradores do Rio de Janeiro que exercem função de estagiários em uma empresa nacional privada localizada no mesmo Estado. Foi utilizada metodologia qualitativa para a realização da pesquisa baseada em entrevistas individuais como instrumento de coleta de dados. A análise dos resultados seguiu pressupostos teórico-metodológicos da análise de discurso. Os principais resultados mostraram que os projetos de vida dos jovens carregam em si muitas características inerentes ao contexto contemporâneo e às maneiras como o trabalho se configura: as idéias de flexibilidade, mudança, aceleração, movimento constante, abertura ao novo, entre outras. São projetos de vida múltiplos caracterizados pela mutabilidade, nos quais uma das poucas certezas que os guia é a de que ninguém pode ficar parado. As trajetórias são marcadas pelo movimento e pela lógica do cada um por si havendo um enorme comprometimento consigo mesmo. Os projetos possuem caráter individual, não sendo a eles integrados interesses coletivos. De um modo geral, pode-se observar que os projetos se mostram como tentativas de adaptação ao complexo cenário atual que parece facilitar a emergência de modos de ser e estar cada vez mais individualizados.

Équation de production: adaptation du modèle de Ricker à un stock de poissons exploité par différents engins

The authors have developed the method used by Pianet and Le Hir (Doc.Sci.Cent. ORSTOM Pointe-Noire, 17, 1971) for the study of albacore (Thunnus albacares) in the Pointe-Noire region. The method is based on the fact that the ratio between unit of effort and number of fish for two fishing gears is equal to the ratio of their catchability coefficients.