Efeitos do pinning nos regimes dinâmicos de vórtices em supercondutores do tipo II

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudos conformocionais de diversas proteínas em solução utilizando a técnica de espalhamento de raios-X à baixo ângulo-saxs

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estrutura e função de mastoparanos dos venenos de vespas

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo de nanofios de Au e dendrímeros

A primeira parte deste trabalho aborda a simulação computacional de dinâmica molecular clássica da interação de sistemas matriciais constituídos de nanofios paralelos de Au simuladas em função do tempo. Como resultados foram encontrados os tempos de colisões entre os fios da matriz. A segunda parte deste trabalho utiliza dinâmica molecular clássica para simular cinco gerações de dendrímeros PAMAM, cada qual interagindo individualmente com um nanotubo de carbono em função do tempo resultando num motor molecular. Além disso, foram calculados os espectros de absorção deste sistema e foi verificado que eles são nanomotores controlados pela luz. Para todos estes sistemas foram calculadas energias cinética, potencial, total, velocidade, propriedades termodinâmicas como variação de entropia molar, capacidade molar térmica e temperatura in situ. Estas grandezas nos forneceram valiosas informações sobre o comportamento destes sistemas.

Simulação computacional da adsorção dos poluentes benzeno, tolueno e p-xileno sobre carvão ativado

Os maiores problemas de contaminação de aquíferos e solos são atribuídos aos hidrocarbonetos monoaromáticos, que são os constituintes mais solúveis e mais móveis da fração de algumas substâncias, como por exemplo, da gasolina. Para a remoção destes contaminantes, a adsorção por carvão ativado é o método mais utilizado, pois o carvão apresenta uma habilidade significativa para adsorver componentes orgânicos de baixo peso molecular, como o benzeno, o tolueno e o p-xileno. Neste trabalho, verificou-se a adsorção dos mesmos sobre carvão ativado via simulação computacional. Como base, utilizou-se o modelo postulado de carvão preparado por Bourke et al. (2007). Várias etapas foram concluídas desde os modelos das estruturas do carvão e dos poluentes até as simulações de dinâmica molecular. Para a análise conformacional da estrutura do carvão, foi utilizado o método semi-empírico PM3 e para o processo de dinâmica, o campo de força AMBER FF99SB. A estrutura passou por um aquecimento, à pressão constante, até alcançar uma temperatura final de 298K (25ºC), sendo suas informações coletadas a cada 50ps. Posteriormente, a estrutura foi submetida a equilíbrio de sistema, à temperatura constante de 298K (25ºC), por 500ps para então suas informações serem analisadas. Por fim, o sistema foi então submetido à dinâmica molecular durante 15 ns. Após análise dos resultados, constatou-se que os grupos éter, lactona e carbonila (cetona) presentes na estrutura de carvão ativado conferem caráter ácido à mesma e devido a isto e à sua consequente carga superficial negativa, a adsorção tornou-se viável uma vez que os poluentes apresentavam carga superficial positiva, o que corrobora o entendimento que já se tem a respeito desse tipo de fenômeno.

Estudos computacionais e sintéticos visando o planejamento racional de novos agentes anticolinesterásicos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Peptídeos cíclicos em espécies do semiárido brasileiro e uma cultivada: caracterização e atividade biológica

Pós-graduação em Química - IQ

Modelos mecânicos para o estudo da dinâmica do DNA

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

On the Electrochemical Deposition and Dissolution of Divalent Metal Ions

The deposition of Cu2+ and Zn2+ from aqueous solution has been investigated by a combination of classical molecular dynamics, density functional theory, and a theory developed by the authors. For both cases, the reaction proceeds through two one-electron steps. The monovalent ions can get close to the electrode surface without losing hydration energy, while the divalent ions, which have a stronger solvation sheath, cannot. The 4s orbital of Cu interacts strongly with the sp band and more weakly with the d band of the copper surface, while the Zn4s orbital couples only to the sp band of Zn. At the equilibrium potential for the overall reaction, the energy of the intermediate Cu+ ion is only a little higher than that of the divalent ion, so that the first electron transfer can occur in an outer-sphere mode. In contrast, the energy of the Zn+ ion lies too high for a simple outer-sphere reaction to be favorable; in accord with experimental data this suggests that this step is affected by anions.

Biophysical Characterization of the Recombinant Importin-alpha from Neurospora crassa

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Ab initio protein folding simulations using atomic burials as informational intermediates between sequence and structure

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

P-I class metalloproteinase from Bothrops moojeni venom is a post-proline cleaving peptidase with kininogenase activity: Insights into substrate selectivity and kinetic behavior

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Characterization of a Hexameric Exo-Acting GH51 alpha-l-Arabinofuranosidase from the Mesophilic Bacillus subtilis

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Dynamical aspects of the unzipping of multiwalled boron nitride nanotubes

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Bending of Layer-by-Layer Films Driven by an External Magnetic Field

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)