Inclusion of South American samples reveals new population structuring of the blacktip shark (Carcharhinus limbatus) in the western Atlantic

ABSTRACT: Carcharhinus limbatus has a cosmopolitan distribution and marked genetic structuring, mainly because of its philopatric behavior. However, analysis of this structuring has not previously included South American populations. In the present study, we analyzed a sample of adult individuals collected on the northern coast of Brazil and compared the sequences of the mitochondrial control region with those of populations already genotyped. Relatively high haplotype diversity (12 haplotypes, genetic diversity of 0.796) was observed, similar to that in other populations but with a much larger number of private alleles. In contrast to populations studied previously, which were represented by neonates, the pronounced allelic variability found in the South American individuals may have resulted from migrations from other populations in the region that have yet to be genotyped. This population was also genetically distinct from the other Atlantic populations (Fst > 0.8), probably because of female philopatry, and apparently separated from the northwestern Atlantic group 1.39 million years ago. These findings indicate that the C. limbatus population from northern Brazil is genetically distinct from all other populations and should be considered as a different management unit for the protection of stocks.

Proteínas miofibrilares e maciez da carne de bovinos superprecoces de diferentes grupos genéticos

Pós-graduação em Zootecnia - FMVZ

Variação diária e caracterização morfológica das larvas de peixes do complexo estuarino do Rio Amazonas - PA

A grande importância dos recursos pesqueiros para a Amazônia, aliada à necessidade de ampliar os conhecimentos básicos sobre identificação das larvas de peixes (coletadas em ambiente natural), justifica o desenvolvimento deste trabalho, que tem como objetivo expandir as informações sobre o ictioplâncton, relacionando as com as tendências de variação diária e entre marés, do complexo estuarino do rio Amazonas – PA. As coletas foram realizadas durante o período diurno e noturno, no segundo semestre de 2007, pelo Projeto PIATAM mar II, sob ponto fixo na subárea 1 (estuário do rio Paracauari) e na subárea 2 (baía do Guajará) nas marés de sizígia e quadratura, em arrastos horizontais na sub-superfície da coluna d‟água com rede de plâncton cônico-cilíndrica e malha de 300μm. As amostras foram acondicionadas em recipientes contendo formalina a 4%. Os fatores hidrológicos foram obtidos in situ pelo Grupo de Oceanografia Química do Museu Paraense Emilio Goeldi. As amostras foram triadas e identificadas por meio de características morfológicas, morfométricas e merísticas, baseando-se na técnica de sequência regressiva de desenvolvimento e em bibliografias especializadas. As principais estruturas e características das fases iniciais dos peixes foram descritas e ilustradas, facilitando assim futuros estudos ictioplanctônicos para região. A temperatura superficial da água, potencial hidrogeniônico e oxigênio dissolvido não apresentaram diferenças significativas nas áreas estudadas. Os valores de salinidade não apresentaram diferença significativa entre as estações de coleta e marés, registrando apenas variação horizontal com aumento gradativo em direção à foz com valores máximos (12) e mínimos (0) para as subárea 1 e subárea 2, respectivamente. As maiores densidades de ovos foram registradas na subárea 1, em relação à subárea 2, com as maiores densidades para o período diurno (163,29 ovos/100m³) na subárea 1 e noturno (19,70 ovos/100m³) na subárea 2. As larvas foram distribuídas em 22 taxa representados por 13 famílias e 21 espécies, sendo os taxa dominantes: P. flavipinnis (46,29%), R. amazonica (19,75%), Engraulidae (10,70%), P. squamosissimus (7,55%), A. lineatus (5,19%), O. saurus (3,30%) e Gobiosoma sp. (2,15%), com elevada participação relativa dos Clupeiformes (76,75%). Quanto aos estágios de desenvolvimento, foi observada maior abundância de larvas em pré-flexão nas subáreas 1 e 2, sendo o estágio larval vitelino e pós-flexão os menos representativos. O período noturno apresentou as maiores densidade de larvas e número de taxa, evidenciando uma possível migração nictemeral do ictioplâncton. Apenas M. furnieri apresentou abundância significativamente maior nas amostras diurnas. A grande maioria dos taxa não apresentaram diferenças significativas entre as abundâncias diurnas e noturnas. Logo, a densidade de larvas e o número de taxa diferem entre o período diurno e noturno e entre maré. Portanto, as características morfológicas descritas no presente trabalho permitem uma adequada identificação das larvas, ampliando o conhecimento biológico das espécies estuarinas do litoral paraense, uma vez que as informações sobre larvas de peixes ainda são escassas, fazendo-se necessária uma intensificação nas pesquisas. Além disso, a compreensão da ecologia dos organismos, sobre tudo daqueles que apresentam seu ciclo de vida associado aos estuários, e as variações no transporte das larvas entre os períodos do dia e da noite e entre as marés são questões fundamentais para aprimorar o manejo e a conservação destes recursos renováveis.

Spectrophotometric determination of arsenic in soil samples using 2-(5-bromo-2-pyridylazo)-5-di-ethylaminophenol (Br-PADAP)

Um novo método, simples e sensível para a determinação de arsênio em solo é proposto neste trabalho. Este método é baseado na redução de prata (I) e ferro (III) pela arsina seguida da reação de complexação do ferro (II) com o reagente espectrofotométrico 2-(5-bromo-2-piridilazo)-5-di-etilaminofenol (Br-PADAP). A determinação de arsênio apresentou uma sensitividade de Sandell de 3.1x10^-4 cm^-2, foi linear na faixa de 0.1 µg ml^-1 to 2.0 µg ml^-1 (r₅₆₀ = 0.9995), apresentou uma absortividade molar de 2.45x10⁵ l mol^-1 cm^-1 e um limite de detecção de 1.4 ng ml^-1 (3s) estes dados foram obtidos para 10 ml de amostra. A seletividade foi melhorada com o uso de EDTA com agente mascarante. O método proposto foi aplicado na determinação do arsênio na presença de outros íons e em amostras de solo. Os resultados revelaram que antimônio (III), mercúrio (II), germânio (IV), platina (IV) interferem na análise em todas as proporções analisadas. As interferências podem ser facilmente removidas pelo uso do EDTA. A precisão e a exatidão deram resultados satisfatórios, com desvio padrão relativo abaixo de 5%. As recuperações de arsênio em solo variaram de 95,55 a 102,70% com uma média de 99,63%. Estes resultados demonstraram que o método proposto é aplicável para a análise do arsênio em diferentes amostras de solo.

Molecular detection of Treponema pallidum sp. pallidum in blood samples of VDRL-seroreactive women with lethal pregnancy outcomes: a retrospective observational study in northern Brazi

INTRODUÇÃO: Apesar das medidas de controle da sífilis materna e congênita estarem disponíveis no Brasil, existem dificuldades da rede em prover o diagnóstico laboratorial da infecção durante o pré-natal. O objetivo deste estudo foi confirmar a presença do Treponema pallidum pela PCR em mulheres com sorologia positiva ao VDRL e com resultado letal da gravidez, isto é, aborto, natimorto e neomorto. MÉTODOS: Estudo retrospectivo realizado em mulheres VDRL-sororeativas com resultado negativo da gravidez, admitidas na Fundação Santa Casa de Misericórdia do Pará FSCM-PA entre janeiro e julho de 2004. As amostras de soro e DNA de sangue total foram obtidas no mesmo período da triagem pelo VDRL. Estas amostras foram analisadas pelo ELISA IgG, FTA-Abs IgM e PCR simples (polA). RESULTADOS: Durante o período de estudo, 0,7% (36/4.912) das mulheres com resultado letal da gravidez apresentaram VDRL positivo. O genepolA foi amplificado em 72,7% (24/33) destas mulheres,com 55,6% (20/36) e 94,4% (34/36) apresentando anticorpos tipo IgG e IgM contra o T. pallidum, respectivamente. A comparação destes resultados mostrou uma diferença estatística significativa, sendo que os resultados da PCR versus FTA-Abs Ig Mmostraram-se concordantes, sugerindo que a sífilis materna era uma infecção ativa. A causa básica de morte dos conceptos não foi relatada em 97,2% (35/36) dos casos. Entre as mulheres que foram submetidas ao VDRL no pré-natal, somente quatro das nove soropositivas receberam tratamento. CONCLUSÕES: A elevada frequência de sífilis no grupo de estudo indica a fragilidade do serviço no diagnóstico, tratamento e monitoramento da infecção, comprometendo o controle epidemiológico.

Efeito do tratamento térmico em microondas e do tempo de armazenamento em água sobre a citotoxicidade de resinas acrílicas para base e reembasamento de próteses

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Pollen spectrum of propolis samples from São Paulo State, Brazil

The pollen spectrum of propolis is a good indicative of the phytogeographical origin of the bee product and the local flora available for bee visiting. The present study aimed to perform pollen analysis of propolis produced by Apis mellifera L., in the São Paulo State, Brazil. Propolis samples were directly obtained from beekeepers and slides were prepared for qualitative and quantitative analysis of pollen after propolis extraction. According to the results twenty-eight types of pollen were found and distributed in fifteen botanical families. Pollens from Mimosoideae and Myrtaceae types were found in all samples. In São Paulo State, there is a wide variety of vegetal sources which are components of the final propolis composition.

Estimating cyclopoid copepod species richness and geographical distribution (Crustacea) across a large hydrographical basin: comparing between samples from water column (plankton) and macrophyte stands

Species richness and geographical distribution of Cyclopoida freshwater copepods were analyzed along the La Plata River basin. Ninety-six samples were taken from 24 sampling sites, twelve sites for zooplankton in open waters and twelve sites for zooplankton within macrophyte stands, including reservoirs and lotic stretches. There were, on average, three species per sample in the plankton compared to five per sample in macrophytes. Six species were exclusive to the plankton, 10 to macrophyte stands, and 17 were common to both. Only one species was found in similar proportions in plankton and macrophytes, while five species were widely found in plankton, and thirteen in macrophytes. The distinction between species from open water zooplankton and macrophytes was supported by nonmetric multidimensional analysis. There was no distinct pattern of endemicity within the basin, and double sampling contributes to this result. This lack of sub-regional faunal differentiation is in accordance with other studies that have shown that cyclopoids generally have wide geographical distribution in the Neotropics and that some species there are cosmopolitan. This contrasts with other freshwater copepods such as Calanoida and some Harpacticoida. We conclude that sampling plankton and macrophytes together provided a more accurate estimate of the richness and geographical distribution of these organisms than sampling in either one of those zones alone.

Molecular Identification of Nocardia Isolates from Clinical Samples and an Overview of Human Nocardiosis in Brazil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Textured macro- and mesoporous alumina samples designed in the presence of different surfactant types

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Development of a Loop-Mediated Isothermal Amplification Method for Detection of Histoplasma capsulatum DNA in Clinical Samples

Improved methods for the detection of Histoplasma capsulatum are needed in regions with limited resources in which the organism is endemic, where delayed diagnosis of progressive disseminated histoplasmosis (PDH) results in high mortality rates. We have investigated the use of a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay to facilitate rapid inexpensive molecular diagnosis of this disease. Primers for LAMP were designed to amplify the Hcp100 locus of H. capsulatum. The sensitivity and limit of detection were evaluated using DNA extracted from 91 clinical isolates of known geographic subspecies, while the assay specificity was determined using DNA extracted from 50 other fungi and Mycobacterium tuberculosis. Urine specimens (n = 6) collected from HIV-positive individuals with culture- and antigen-proven histoplasmosis were evaluated using the LAMP assay. Specimens from healthy persons (n = 10) without evidence of histoplasmosis were used as assay controls. The Hcp100 LAMP assay was 100% sensitive and specific when tested with DNA extracted from culture isolates. The median limit of detection was <= 6 genomes (range, 1 to 300 genomes) for all except one geographic subspecies. The LAMP assay detected Hcp100 in 67% of antigen-positive urine specimens (4/6 specimens), and results were negative for Hcp100 in all healthy control urine specimens. We have shown that the Hcp100 LAMP assay is a rapid affordable assay that can be used to expedite culture confirmation of H. capsulatum in regions in which PDH is endemic. Further, our results indicate proof of the concept that the assay can be used to detect Histoplasma DNA in urine. Further evaluation of this assay using body fluid samples from a larger patient population is warranted.

Chromosomal Mapping of Repetitive DNA and Cytochrome C Oxidase I Sequence Analysis Reveal Differentiation among Sympatric Samples of Astyanax fasciatus (Characiformes, Characidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Taxonomic assessment and enzymes production by yeasts isolated from marine and terrestrial Antarctic samples

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)