Prototype emitter for use in subsurface drip irrigation: Manufacturing, hydraulic evaluation and experimental analyses

The current research aims to analyse theoretically and evaluate a self-manufactured simple design for subsurface drip irrigation (SDI) emitter to avoid root and soil intrusion. It was composed of three concentric cylindrical elements: an elastic silicone membrane; a polyethylene tube with two holes drilled on its wall for water discharge; and a vinyl polychloride protector system to wrap the other elements. The discharge of the emitter depends on the change in the membrane diameter when it is deformed by the water pressure. The study of the operation of this emitter is a new approach that considers mechanical and hydraulic principles. Thus, the estimation on the membrane deformation was based on classical mechanical stress theories in composite cylinders. The hydraulic principles considered the solid deformation due to force based on water pressure and the general Darcy–Weisbach head-loss equation. Twenty emitter units, with the selected design, were handcrafted in a lathe and were used in this study. The measured pressure/discharge relationship for the emitters showed good agreement with that calculated by the theoretical approach. The variation coefficient of the handcrafted emitters was high compared to commercial emitters. Results from field evaluations showed variable values for the relative flow variation, water emission uniformity and relative flow rate coefficients, but no emitter was obstructed. Therefore, the current emitter design could be suitable for SDI following further studies to develop a final prototype.

Self assembled and ordered group III nitride nanocolumnar structures for light emitting applications

El objetivo de este trabajo es un estudio profundo del crecimiento selectivo de nanoestructuras de InGaN por epitaxia de haces moleculares asistido por plasma, concentrandose en el potencial de estas estructuras como bloques constituyentes en LEDs de nueva generación. Varias aproximaciones al problema son discutidas; desde estructuras axiales InGaN/GaN, a estructuras core-shell, o nanoestructuras crecidas en sustratos con orientaciones menos convencionales (semi polar y no polar). La primera sección revisa los aspectos básicos del crecimiento auto-ensamblado de nanocolumnas de GaN en sustratos de Si(111). Su morfología y propiedades ópticas son comparadas con las de capas compactas de GaN sobre Si(111). En el caso de las columnas auto-ensambladas de InGaN sobre Si(111), se presentan resultados sobre el efecto de la temperatura de crecimiento en la incorporación de In. Por último, se discute la inclusión de nanodiscos de InGaN en las nanocolumnas de GaN. La segunda sección revisa los mecanismos básicos del crecimiento ordenado de nanoestructuras basadas en GaN, sobre templates de GaN/zafiro. Aumentando la relación III/V localmente, se observan cambios morfológicos; desde islas piramidales, a nanocolumnas de GaN terminadas en planos semipolares, y finalmente, a nanocolumnas finalizadas en planos c polares. Al crecer nanodiscos de InGaN insertados en las nanocolumnas de GaN, las diferentes morfologias mencionadas dan lugar a diferentes propiedades ópticas de los nanodiscos, debido al diferente carácter (semi polar o polar) de los planos cristalinos involucrados. La tercera sección recoge experimentos acerca de los efectos que la temperatura de crecimiento y la razón In/Ga tienen en la morfología y emisión de nanocolumnas ordenadas de InGaN crecidas sobre templates GaN/zafiro. En el rango de temperaturas entre 650 y 750 C, la incorporacion de In puede modificarse bien por la temperatura de crecimiento, o por la razón In/Ga. Controlar estos factores permite la optimización de la longitud de onda de emisión de las nanocolumnas de InGaN. En el caso particular de la generación de luz blanca, se han seguidos dos aproximaciones. En la primera, se obtiene emisión amarilla-blanca a temperatura ambiente de nanoestructuras donde la región de InGaN consiste en un gradiente de composiciones de In, que se ha obtenido a partir de un gradiente de temperatura durante el crecimiento. En la segunda, el apilamiento de segmentos emitiendo en azul, verde y rojo, consiguiendo la integración monolítica de estas estructuras en cada una de las nanocolumnas individuales, da lugar a emisores ordenados con un amplio espectro de emisión. En esta última aproximación, la forma espectral puede controlarse con la longitud (duración del crecimiento) de cada uno de los segmentos de InGaN. Más adelante, se presenta el crecimiento ordenado, por epitaxia de haces moleculares, de arrays de nanocolumnas que son diodos InGaN/GaN cada una de ellas, emitiendo en azul (441 nm), verde (502 nm) y amarillo (568 nm). La zona activa del dispositivo consiste en una sección de InGaN, de composición constante nominalmente y longitud entre 250 y 500 nm, y libre de defectos extendidos en contraste con capas compactas de InGaN de similares composiciones y espesores. Los espectros de electroluminiscencia muestran un muy pequeño desplazamiento al azul al aumentar la corriente inyectada (desplazamiento casi inexistente en el caso del dispositivo amarillo), y emisiones ligeramente más anchas que en el caso del estado del arte en pozos cuánticos de InGaN. A continuación, se presenta y discute el crecimiento ordenado de nanocolumnas de In(Ga)N/GaN en sustratos de Si(111). Nanocolumnas ordenadas emitiendo desde el ultravioleta (3.2 eV) al infrarrojo (0.78 eV) se crecieron sobre sustratos de Si(111) utilizando una capa compacta (“buffer”) de GaN. La morfología y eficiencia de emisión de las nanocolumnas emitiendo en el rango espectral verde pueden ser mejoradas ajustando las relaciones In/Ga y III/N, y una eficiencia cuántica interna del 30% se deriva de las medidas de fotoluminiscencia en nanocolumnas optimizadas. En la siguiente sección de este trabajo se presenta en detalle el mecanismo tras el crecimiento ordenado de nanocolumnas de InGaN/GaN emitiendo en el verde, y sus propiedades ópticas. Nanocolumnas de InGaN/GaN con secciones largas de InGaN (330-830 nm) se crecieron tanto en sustratos GaN/zafiro como GaN/Si(111). Se encuentra que la morfología y la distribución espacial del In dentro de las nanocolumnas dependen de las relaciones III/N e In/Ga locales en el frente de crecimiento de las nanocolumnas. La dispersión en el contenido de In entre diferentes nanocolumnas dentro de la misma muestra es despreciable, como indica las casi identicas formas espectrales de la catodoluminiscencia de una sola nanocolumna y del conjunto de ellas. Para las nanocolumnas de InGaN/GaN crecidas sobre GaN/Si(111) y emitiendo en el rango espectral verde, la eficiencia cuántica interna aumenta hasta el 30% al disminuir la temperatura de crecimiento y aumentar el nitrógeno activo. Este comportamiento se debe probablemente a la formación de estados altamente localizados, como indica la particular evolución de la energía de fotoluminiscencia con la temperatura (ausencia de “s-shape”) en muestras con una alta eficiencia cuántica interna. Por otro lado, no se ha encontrado la misma dependencia entre condiciones de crecimiento y efiencia cuántica interna en las nanoestructuras InGaN/GaN crecidas en GaN/zafiro, donde la máxima eficiencia encontrada ha sido de 3.7%. Como alternativa a las nanoestructuras axiales de InGaN/GaN, la sección 4 presenta resultados sobre el crecimiento y caracterización de estructuras core-shell de InGaN/GaN, re-crecidas sobre arrays de micropilares de GaN fabricados por ataque de un template GaN/zafiro (aproximación top-down). El crecimiento de InGaN/GaN es conformal, con componentes axiales y radiales en el crecimiento, que dan lugar a la estructuras core-shell con claras facetas hexagonales. El crecimiento radial (shell) se ve confirmado por medidas de catodoluminiscencia con resolución espacial efectuadas en un microscopio electrónico de barrido, asi como por medidas de microscopía de transmisión de electrones. Más adelante, el crecimiento de micro-pilares core-shell de InGaN se realizó en pilares GaN (cores) crecidos selectivamente por epitaxia de metal-orgánicos en fase vapor. Con el crecimiento de InGaN se forman estructuras core-shell con emisión alrededor de 3 eV. Medidas de catodoluminiscencia resuelta espacialmente indican un aumento en el contenido de indio del shell en dirección a la parte superior del pilar, que se manifiesta en un desplazamiento de la emisión de 3.2 eV en la parte inferior, a 3.0 eV en la parte superior del shell. Este desplazamiento está relacionado con variaciones locales de la razón III/V en las facetas laterales. Finalmente, se demuestra la fabricación de una estructura pin basada en estos pilares core-shell. Medidas de electroluminiscencia resuelta espacialmente, realizadas en pilares individuales, confirman que la electroluminiscencia proveniente del shell de InGaN (diodo lateral) está alrededor de 3.0 eV, mientras que la emisión desde la parte superior del pilar (diodo axial) está alrededor de 2.3 eV. Para finalizar, se presentan resultados sobre el crecimiento ordenado de GaN, con y sin inserciones de InGaN, en templates semi polares (GaN(11-22)/zafiro) y no polares (GaN(11-20)/zafiro). Tras el crecimiento ordenado, gran parte de los defectos presentes en los templates originales se ven reducidos, manifestándose en una gran mejora de las propiedades ópticas. En el caso de crecimiento selectivo sobre templates con orientación GaN(11-22), no polar, la formación de nanoestructuras con una particular morfología (baja relación entre crecimiento perpedicular frente a paralelo al plano) permite, a partir de la coalescencia de estas nanoestructuras, la fabricación de pseudo-templates no polares de GaN de alta calidad. ABSTRACT The aim of this work is to gain insight into the selective area growth of InGaN nanostructures by plasma assisted molecular beam epitaxy, focusing on their potential as building blocks for next generation LEDs. Several nanocolumn-based approaches such as standard axial InGaN/GaN structures, InGaN/GaN core-shell structures, or InGaN/GaN nanostructures grown on semi- and non-polar substrates are discussed. The first section reviews the basics of the self-assembled growth of GaN nanocolumns on Si(111). Morphology differences and optical properties are compared to those of GaN layer grown directly on Si(111). The effects of the growth temperature on the In incorporation in self-assembled InGaN nanocolumns grown on Si(111) is described. The second section reviews the basic growth mechanisms of selectively grown GaNbased nanostructures on c-plane GaN/sapphire templates. By increasing the local III/V ratio morphological changes from pyramidal islands, to GaN nanocolumns with top semi-polar planes, and further to GaN nanocolumns with top polar c-planes are observed. When growing InGaN nano-disks embedded into the GaN nanocolumns, the different morphologies mentioned lead to different optical properties, due to the semipolar and polar nature of the crystal planes involved. The third section reports on the effect of the growth temperature and In/Ga ratio on the morphology and light emission characteristics of ordered InGaN nanocolumns grown on c-plane GaN/sapphire templates. Within the growth temperature range of 650 to 750oC the In incorporation can be modified either by the growth temperature, or the In/Ga ratio. Control of these factors allows the optimization of the InGaN nanocolumns light emission wavelength. In order to achieve white light emission two approaches are used. First yellow-white light emission can be obtained at room temperature from nanostructures where the InGaN region is composition-graded by using temperature gradients during growth. In a second approach the stacking of red, green and blue emitting segments was used to achieve the monolithic integration of these structures in one single InGaN nanocolumn leading to ordered broad spectrum emitters. With this approach, the spectral shape can be controlled by changing the thickness of the respective InGaN segments. Furthermore the growth of ordered arrays of InGaN/GaN nanocolumnar light emitting diodes by molecular beam epitaxy, emitting in the blue (441 nm), green (502 nm), and yellow (568 nm) spectral range is reported. The device active region, consisting of a nanocolumnar InGaN section of nominally constant composition and 250 to 500 nm length, is free of extended defects, which is in strong contrast to InGaN layers (planar) of similar composition and thickness. Electroluminescence spectra show a very small blue shift with increasing current, (almost negligible in the yellow device) and line widths slightly broader than those of state-of-the-art InGaN quantum wells. Next the selective area growth of In(Ga)N/GaN nanocolumns on Si(111) substrates is discussed. Ordered In(Ga)N/GaN nanocolumns emitting from ultraviolet (3.2 eV) to infrared (0.78 eV) were then grown on top of GaN-buffered Si substrates. The morphology and the emission efficiency of the In(Ga)N/GaN nanocolumns emitting in the green could be substantially improved by tuning the In/Ga and total III/N ratios, where an estimated internal quantum efficiency of 30 % was derived from photoluminescence data. In the next section, this work presents a study on the selective area growth mechanisms of green-emitting InGaN/GaN nanocolumns and their optical properties. InGaN/GaN nanocolumns with long InGaN sections (330-830nm) were grown on GaN/sapphire and GaN-buffered Si(111). The nanocolumn’s morphology and spatial indium distribution is found to depend on the local group (III)/N and In/Ga ratios at the nanocolumn’s top. A negligible spread of the average indium incorporation among different nanostructures is found as indicated by similar shapes of the cathodoluminescence spectra taken from single nanocolumns and ensembles of nanocolumns. For InGaN/GaN nanocolumns grown on GaN-buffered Si(111), all emitting in the green spectral range, the internal quantum efficiency increases up to 30% when decreasing growth temperature and increasing active nitrogen. This behavior is likely due to the formation of highly localized states, as indicated by the absence of a complete s-shape behavior of the PL peak position with temperature (up to room temperature) in samples with high internal quantum efficiency. On the other hand, no dependence of the internal quantum efficiency on the growth conditions is found for InGaN/GaN nanostructures grown on GaN/sapphire, where the maximum achieved efficiency is 3.7%. As alternative to axial InGaN/GaN nanostructures, section 4 reports on the growth and characterization of InGaN/GaN core-shell structures on an ordered array of top-down patterned GaN microrods etched from a GaN/sapphire template. Growth of InGaN/GaN is conformal, with axial and radial growth components leading to core-shell structures with clear hexagonal facets. The radial InGaN growth (shell) is confirmed by spatially resolved cathodoluminescence performed in a scanning electron microscopy as well as in scanning transmission electron microscopy. Furthermore the growth of InGaN core-shell micro pillars using an ordered array of GaN cores grown by metal organic vapor phase epitaxy as a template is demonstrated. Upon InGaN overgrowth core-shell structures with emission at around 3.0 eV are formed. With spatially resolved cathodoluminescence, an increasing In content towards the pillar top is found to be present in the InGaN shell, as indicated by a shift of CL peak position from 3.2 eV at the shell bottom to 3.0 eV at the shell top. This shift is related to variations of the local III/V ratio at the side facets. Further, the successful fabrication of a core-shell pin diode structure is demonstrated. Spatially resolved electroluminescence measurements performed on individual micro LEDs, confirm emission from the InGaN shell (lateral diode) at around 3.0 eV, as well as from the pillar top facet (axial diode) at around 2.3 eV. Finally, this work reports on the selective area growth of GaN, with and without InGaN insertion, on semi-polar (11-22) and non-polar (11-20) templates. Upon SAG the high defect density present in the GaN templates is strongly reduced as indicated by TEM and a dramatic improvement of the optical properties. In case of SAG on non-polar (11-22) templates the formation of nanostructures with a low aspect ratio took place allowing for the fabrication of high-quality, non-polar GaN pseudo-templates by coalescence of the nanostructures.

MOVPE growth of III-V semiconductors on silicon for third generation solar cells

Esta Tesis trata sobre el desarrollo y crecimiento -mediante tecnología MOVPE (del inglés: MetalOrganic Vapor Phase Epitaxy)- de células solares híbridas de semiconductores III-V sobre substratos de silicio. Esta integración pretende ofrecer una alternativa a las células actuales de III-V, que, si bien ostentan el récord de eficiencia en dispositivos fotovoltaicos, su coste es, a día de hoy, demasiado elevado para ser económicamente competitivo frente a las células convencionales de silicio. De este modo, este proyecto trata de conjugar el potencial de alta eficiencia ya demostrado por los semiconductores III-V en arquitecturas de células fotovoltaicas multiunión con el bajo coste, la disponibilidad y la abundancia del silicio. La integración de semiconductores III-V sobre substratos de silicio puede afrontarse a través de diferentes aproximaciones. En esta Tesis se ha optado por el desarrollo de células solares metamórficas de doble unión de GaAsP/Si. Mediante esta técnica, la transición entre los parámetros de red de ambos materiales se consigue por medio de la formación de defectos cristalográficos (mayoritariamente dislocaciones). La idea es confinar estos defectos durante el crecimiento de sucesivas capas graduales en composición para que la superficie final tenga, por un lado, una buena calidad estructural, y por otro, un parámetro de red adecuado. Numerosos grupos de investigación han dirigido sus esfuerzos en los últimos años en desarrollar una estructura similar a la que aquí proponemos. La mayoría de éstos se han centrado en entender los retos asociados al crecimiento de materiales III-V, con el fin de conseguir un material de alta calidad cristalográfica. Sin embargo, prácticamente ninguno de estos grupos ha prestado especial atención al desarrollo y optimización de la célula inferior de silicio, cuyo papel va a ser de gran relevancia en el funcionamiento de la célula completa. De esta forma, y con el fin de completar el trabajo hecho hasta el momento en el desarrollo de células de III-V sobre silicio, la presente Tesis se centra, fundamentalmente, en el diseño y optimización de la célula inferior de silicio, para extraer su máximo potencial. Este trabajo se ha estructurado en seis capítulos, ordenados de acuerdo al desarrollo natural de la célula inferior. Tras un capítulo de introducción al crecimiento de semiconductores III-V sobre Si, en el que se describen las diferentes alternativas para su integración; nos ocupamos de la parte experimental, comenzando con una extensa descripción y caracterización de los substratos de silicio. De este modo, en el Capítulo 2 se analizan con exhaustividad los diferentes tratamientos (tanto químicos como térmicos) que deben seguir éstos para garantizar una superficie óptima sobre la que crecer epitaxialmente el resto de la estructura. Ya centrados en el diseño de la célula inferior, el Capítulo 3 aborda la formación de la unión p-n. En primer lugar se analiza qué configuración de emisor (en términos de dopaje y espesor) es la más adecuada para sacar el máximo rendimiento de la célula inferior. En este primer estudio se compara entre las diferentes alternativas existentes para la creación del emisor, evaluando las ventajas e inconvenientes que cada aproximación ofrece frente al resto. Tras ello, se presenta un modelo teórico capaz de simular el proceso de difusión de fosforo en silicio en un entorno MOVPE por medio del software Silvaco. Mediante este modelo teórico podemos determinar qué condiciones experimentales son necesarias para conseguir un emisor con el diseño seleccionado. Finalmente, estos modelos serán validados y constatados experimentalmente mediante la caracterización por técnicas analíticas (i.e. ECV o SIMS) de uniones p-n con emisores difundidos. Uno de los principales problemas asociados a la formación del emisor por difusión de fósforo, es la degradación superficial del substrato como consecuencia de su exposición a grandes concentraciones de fosfina (fuente de fósforo). En efecto, la rugosidad del silicio debe ser minuciosamente controlada, puesto que éste servirá de base para el posterior crecimiento epitaxial y por tanto debe presentar una superficie prístina para evitar una degradación morfológica y cristalográfica de las capas superiores. En este sentido, el Capítulo 4 incluye un análisis exhaustivo sobre la degradación morfológica de los substratos de silicio durante la formación del emisor. Además, se proponen diferentes alternativas para la recuperación de la superficie con el fin de conseguir rugosidades sub-nanométricas, que no comprometan la calidad del crecimiento epitaxial. Finalmente, a través de desarrollos teóricos, se establecerá una correlación entre la degradación morfológica (observada experimentalmente) con el perfil de difusión del fósforo en el silicio y por tanto, con las características del emisor. Una vez concluida la formación de la unión p-n propiamente dicha, se abordan los problemas relacionados con el crecimiento de la capa de nucleación de GaP. Por un lado, esta capa será la encargada de pasivar la subcélula de silicio, por lo que su crecimiento debe ser regular y homogéneo para que la superficie de silicio quede totalmente pasivada, de tal forma que la velocidad de recombinación superficial en la interfaz GaP/Si sea mínima. Por otro lado, su crecimiento debe ser tal que minimice la aparición de los defectos típicos de una heteroepitaxia de una capa polar sobre un substrato no polar -denominados dominios de antifase-. En el Capítulo 5 se exploran diferentes rutinas de nucleación, dentro del gran abanico de posibilidades existentes, para conseguir una capa de GaP con una buena calidad morfológica y estructural, que será analizada mediante diversas técnicas de caracterización microscópicas. La última parte de esta Tesis está dedicada al estudio de las propiedades fotovoltaicas de la célula inferior. En ella se analiza la evolución de los tiempos de vida de portadores minoritarios de la base durante dos etapas claves en el desarrollo de la estructura Ill-V/Si: la formación de la célula inferior y el crecimiento de las capas III-V. Este estudio se ha llevado a cabo en colaboración con la Universidad de Ohio, que cuentan con una gran experiencia en el crecimiento de materiales III-V sobre silicio. Esta tesis concluye destacando las conclusiones globales del trabajo realizado y proponiendo diversas líneas de trabajo a emprender en el futuro. ABSTRACT This thesis pursues the development and growth of hybrid solar cells -through Metal Organic Vapor Phase Epitaxy (MOVPE)- formed by III-V semiconductors on silicon substrates. This integration aims to provide an alternative to current III-V cells, which, despite hold the efficiency record for photovoltaic devices, their cost is, today, too high to be economically competitive to conventional silicon cells. Accordingly, the target of this project is to link the already demonstrated efficiency potential of III-V semiconductor multijunction solar cell architectures with the low cost and unconstrained availability of silicon substrates. Within the existing alternatives for the integration of III-V semiconductors on silicon substrates, this thesis is based on the metamorphic approach for the development of GaAsP/Si dual-junction solar cells. In this approach, the accommodation of the lattice mismatch is handle through the appearance of crystallographic defects (namely dislocations), which will be confined through the incorporation of a graded buffer layer. The resulting surface will have, on the one hand a good structural quality; and on the other hand the desired lattice parameter. Different research groups have been working in the last years in a structure similar to the one here described, being most of their efforts directed towards the optimization of the heteroepitaxial growth of III-V compounds on Si, with the primary goal of minimizing the appearance of crystal defects. However, none of these groups has paid much attention to the development and optimization of the bottom silicon cell, which, indeed, will play an important role on the overall solar cell performance. In this respect, the idea of this thesis is to complete the work done so far in this field by focusing on the design and optimization of the bottom silicon cell, to harness its efficiency. This work is divided into six chapters, organized according to the natural progress of the bottom cell development. After a brief introduction to the growth of III-V semiconductors on Si substrates, pointing out the different alternatives for their integration; we move to the experimental part, which is initiated by an extensive description and characterization of silicon substrates -the base of the III-V structure-. In this chapter, a comprehensive analysis of the different treatments (chemical and thermal) required for preparing silicon surfaces for subsequent epitaxial growth is presented. Next step on the development of the bottom cell is the formation of the p-n junction itself, which is faced in Chapter 3. Firstly, the optimization of the emitter configuration (in terms of doping and thickness) is handling by analytic models. This study includes a comparison between the different alternatives for the emitter formation, evaluating the advantages and disadvantages of each approach. After the theoretical design of the emitter, it is defined (through the modeling of the P-in-Si diffusion process) a practical parameter space for the experimental implementation of this emitter configuration. The characterization of these emitters through different analytical tools (i.e. ECV or SIMS) will validate and provide experimental support for the theoretical models. A side effect of the formation of the emitter by P diffusion is the roughening of the Si surface. Accordingly, once the p-n junction is formed, it is necessary to ensure that the Si surface is smooth enough and clean for subsequent phases. Indeed, the roughness of the Si must be carefully controlled since it will be the basis for the epitaxial growth. Accordingly, after quantifying (experimentally and by theoretical models) the impact of the phosphorus on the silicon surface morphology, different alternatives for the recovery of the surface are proposed in order to achieve a sub-nanometer roughness which does not endanger the quality of the incoming III-V layers. Moving a step further in the development of the Ill-V/Si structure implies to address the challenges associated to the GaP on Si nucleation. On the one hand, this layer will provide surface passivation to the emitter. In this sense, the growth of the III-V layer must be homogeneous and continuous so the Si emitter gets fully passivated, providing a minimal surface recombination velocity at the interface. On the other hand, the growth should be such that the appearance of typical defects related to the growth of a polar layer on a non-polar substrate is minimized. Chapter 5 includes an exhaustive study of the GaP on Si nucleation process, exploring different nucleation routines for achieving a high morphological and structural quality, which will be characterized by means of different microscopy techniques. Finally, an extensive study of the photovoltaic properties of the bottom cell and its evolution during key phases in the fabrication of a MOCVD-grown III-V-on-Si epitaxial structure (i.e. the formation of the bottom cell; and the growth of III-V layers) will be presented in the last part of this thesis. This study was conducted in collaboration with The Ohio State University, who has extensive experience in the growth of III-V materials on silicon. This thesis concludes by highlighting the overall conclusions of the presented work and proposing different lines of work to be undertaken in the future.

Respuesta fisiológica, productiva y cualitativa del cultivar Syrah (Vitis vinifera L) con diferentes frecuencias de riego y densidad de goteros en suelos arcillosos

La disponibilidad hídrica es uno de los principales factores que determinan el rendimiento del viñedo en muchas regiones vitícolas, por lo que sus consecuencias han sido ampliamente estudiadas. Sin embargo, para una cantidad de agua de riego determinada, otros aspectos como la frecuencia de aplicación, o la combinación entre el caudal de los goteros y la distancia entre los mismos (es decir, el patrón de distribución de agua en el suelo), pueden jugar un papel relevante, pero estos factores han sido poco estudiados. El objetivo de este trabajo ha sido evaluar las implicaciones agronómicas y fisiológicas de dos frecuencias de riego (IrrF, cada 2 y 4 días) y dos patrones de distribución de agua (DisP, goteros de 2 L h-1 separados 0,6 m vs. goteros de 4 L h-1 separados 1,2 m). El experimento se llevó a cabo durante cuatro temporadas consecutivas en un viñedo cv. Syrah con un suelo arcilloso en el centro de España, y los dos factores fueron evaluados bajo dos condiciones de disponibilidad hídrica (Baja: 20% de ETo y Media: 40% de ETo). El efecto de la frecuencia de riego y el patrón de distribución de agua en la respuesta agronómica del cv. Syrah se ha estudiado en el capítulo 1. La frecuencia de riego y el patrón de distribución de agua en el suelo afectaron a algunos aspectos de los componentes de rendimiento y desarrollo vegetativo en las dos condiciones de disponibilidad hídrica, aunque los efectos observados no fueron los mismos todos los años. Los efectos fueron más evidentes para IrrF en condiciones de baja disponibilidad hídrica y para DisP en condiciones de disponibilidad hídrica media. Dos de los cuatro años del experimento, el pasar de frecuencia de riego de 2 días a 4 días causó un incremento medio de rendimiento del 20% para la situación de baja disponibilidad hídrica. La textura del suelo, sin duda ha condicionado los resultados obtenidos en los tratamientos regados con el 20% de la ETo, ya que regar cada dos días implicaba la aplicación de pequeñas cantidades de agua y se formaban bulbos de riego superficiales, probablemente favoreciendo las pérdidas por evaporación. En el capítulo 2, se ha analizado el efecto de la frecuencia de riego y del patrón de distribución de agua en el estado hídrico de la planta y el intercambio gaseoso a nivel de hoja con el fin de explicar las diferencias observadas en la respuesta agronómica. En lo que respecta a la frecuencia de riego, en condiciones de baja disponibilidad hídrica, las plantas regadas cada 4 días (plantas 4d), mostraron mayores tasas de asimilación neta y conductancia estomática que las plantas regadas cada 2 días (plantas 2d), lo que es consistente con la hipótesis de que con la frecuencia de riego de 2 días se produjo una pérdida de eficiencia del uso del agua, probablemente debido a una mayor evaporación como consecuencia del hecho de que el volumen de suelo mojado creado era pequeño y cerca de la superficie. En condiciones de disponibilidad hídrica media, las diferencias en el intercambio gaseoso a nivel de hoja fueron mucho más pequeñas. Al comienzo del verano cada frecuencia de riego se comportó mejor uno de los días de medida, compensando al final del ciclo de riego de 4 días. Sin embargo, a medida que avanzó el verano y el déficit de agua se hizo más alto, las diferencias significativas aparecieron sólo en el 'día 4' del ciclo de riego, cuando las plantas 2d se comportaron mejor que las plantas regadas 4d que llevaban tres días sin regarse. Estas diferencias fisiológicas fueron menores que en condiciones de baja disponibilidad hídrica y al parecer no suficientes para afectar el comportamiento agronómico. En cuanto al patrón de distribución de agua, el efecto fue poco significativo, pero la mayor densidad de goteros tendió a presentar un mayor intercambio gaseoso a nivel de hoja, especialmente a media mañana. El efecto fue más importante para las condiciones de disponibilidad hídrica media. En el capítulo 3, se han comparado las relaciones entre el intercambio gaseoso a nivel de hoja, el estado hídrico y la demanda atmosférica, con el fin de explicar los cambios en la intensidad de la respuesta fisiológica observados en el Capítulo 2. No se han encontrado diferencias en dichas relaciones para el patrón de distribución de agua, por lo que sólo se ha analizado el efecto de la frecuencia de riego. El estudio se ha centrado fundamentalmente en si las plantas mostraron una respuesta fisiológica diferente a los cambios en el estado hídrico y en la demanda atmosférica según el tiempo transcurrido desde el último riego. Las diferencias observadas explican los resultados obtenidos en los capítulos anteriores, y sugieren la existencia de procesos de aclimatación vinculados a la frecuencia de riego y a la disponibilidad hídrica. Las plantas bajo condiciones de baja disponibilidad hídrica se mostraron más aclimatadas al estrés hídrico que aquellas en condiciones de disponibilidad hídrica media. La frecuencia de riego afectó claramente la relación entre los parámetros de intercambio gaseoso a nivel de hoja, el estado hídrico de la planta y las condiciones atmosféricas, y junto con la cantidad de agua aplicada tuvo implicaciones en el desarrollo de mecanismos de aclimatación que afectaron a la respuesta fisiológica de la planta, afectando a la eficiencia del riego. ABSTRACT Water availability is one of the major factors that determine vineyard performance in many grape growing regions, so its implications have been widely studied before. However, for a given irrigation water amount, other aspects such as application frequency, or emitter spacing and flow rate (i.e., distribution pattern), may play a relevant role, but these factors have been scarcely studied. The aim of this work was to evaluate the agronomic and physiological implications of two irrigation frequencies (IrrF, every 2 and 4 days) and two water distribution patterns (DisP, 2 L h−1 emitters every 0.6 m vs. 4 L h−1 emitters every 1.2 m). The experiment was carried out during four consecutive seasons in a cv. Syrah vineyard with a clay soil in central Spain, and the two factors were evaluated under two water availability conditions (LOW WA: 20% of ETo and MEDIUM WA: 40% of ETo). The effect of irrigation frequency and water distribution pattern on the agronomical response of cv. Syrah was studied in Chapter 1. IrrF and DisP affected some aspects of vegetative development and yield components under both water availability conditions, although the effects observed were not the same every year. The effects were more evident for IrrF under low water availability and for DisP under medium water availability. Two out of the four years of the experiment, the change of irrigation frequency from 2 days to 4 days promoted an average yield increase of 20% for the LOW WA situation. Soil texture certainly conditioned the results obtained under LOW WA conditions, since high frequency irrigation implied applying small amounts of water that resulted in limited superficial water bulbs, which probably favored water evaporation. In Chapter 2, the effect of irrigation frequency and water distribution pattern on plant water status and leaf gas exchange was analyzed to explain the differences observed in the agronomical response. Concerning irrigation frequency, under LOW WA conditions, applying irrigation every 4 days, resulted in higher net assimilation rates and stomatal conductance than doing it every 2 days, supporting the hypothesis that the latter frequency resulted in a water use efficiency loss, probably due to higher evaporation as a consequence of the fact the wetted soil volume created was small and close to the surface. Under MEDIUM WA conditions, differences in leaf gas exchange were much smaller. At the beginning of the summer each irrigation frequency behaved better one of the measurements days, compensating at the end of the 4-day irrigation cycle. However, as the summer progressed and water deficit became higher, significant differences appeared only on ‘day 4’ of the irrigation cycle, when 2d plants behaved better than 4d plants. These physiological differences were smaller than under LOW WA conditions and apparently not sufficient to affect agronomical performance. Regarding water distribution pattern, the effect was less significant but the closest emitter spacing resulted in general terms in a higher leaf gas exchange, especially at midmorning. The effect was more noticeable for MEDIUM WA conditions. In Chapter 3, the relationships between leaf gas exchange and leaf water status and atmospheric demand were compared to explain the changes in the intensity of the physiological response observed in Chapter 2. No differences were found in the relationships for water distribution pattern, so only the effect of irrigation frequency was analyzed focusing on whether the plants have a different physiological response to changes in water status and atmospheric demand according to the time elapsed since the last irrigation. Differences observed in the relationships explained the results obtained in the previous chapters, and point at the occurrence of acclimation processes linked to irrigation frequency and to water availability. Plants under LOW WATER AVAILABILITY conditions seemed to be more acclimated to water stress than those under MEDIUM WATER AVAILABILITY conditions. Irrigation frequency clearly affected the relationship between leaf gas exchange parameters, plant water status and atmospheric conditions, and together with the amount of water applied had implications in the development of acclimation mechanisms that affected plant physiological response, thus affecting irrigation efficiency.

Contribución a la localización en interiores basada en comunicaciones inalámbricas

Determinar con buena precisión la posición en la que se encuentra un terminal móvil, cuando éste se halla inmerso en un entorno de interior (centros comerciales, edificios de oficinas, aeropuertos, estaciones, túneles, etc), es el pilar básico sobre el que se sustentan un gran número de aplicaciones y servicios. Muchos de esos servicios se encuentran ya disponibles en entornos de exterior, aunque los entornos de interior se prestan a otros servicios específicos para ellos. Ese número, sin embargo, podría ser significativamente mayor de lo que actualmente es, si no fuera necesaria una costosa infraestructura para llevar a cabo el posicionamiento con la precisión adecuada a cada uno de los hipotéticos servicios. O, igualmente, si la citada infraestructura pudiera tener otros usos distintos, además del relacionado con el posicionamiento. La usabilidad de la misma infraestructura para otros fines distintos ofrecería la oportunidad de que la misma estuviera ya presente en las diferentes localizaciones, porque ha sido previamente desplegada para esos otros usos; o bien facilitaría su despliegue, porque el coste de esa operación ofreciera un mayor retorno de usabilidad para quien lo realiza. Las tecnologías inalámbricas de comunicaciones basadas en radiofrecuencia, ya en uso para las comunicaciones de voz y datos (móviles, WLAN, etc), cumplen el requisito anteriormente indicado y, por tanto, facilitarían el crecimiento de las aplicaciones y servicios basados en el posicionamiento, en el caso de poderse emplear para ello. Sin embargo, determinar la posición con el nivel de precisión adecuado mediante el uso de estas tecnologías, es un importante reto hoy en día. El presente trabajo pretende aportar avances significativos en este campo. A lo largo del mismo se llevará a cabo, en primer lugar, un estudio de los principales algoritmos y técnicas auxiliares de posicionamiento aplicables en entornos de interior. La revisión se centrará en aquellos que sean aptos tanto para tecnologías móviles de última generación como para entornos WLAN. Con ello, se pretende poner de relieve las ventajas e inconvenientes de cada uno de estos algoritmos, teniendo como motivación final su aplicabilidad tanto al mundo de las redes móviles 3G y 4G (en especial a las femtoceldas y small-cells LTE) como al indicado entorno WLAN; y teniendo siempre presente que el objetivo último es que vayan a ser usados en interiores. La principal conclusión de esa revisión es que las técnicas de triangulación, comúnmente empleadas para realizar la localización en entornos de exterior, se muestran inútiles en los entornos de interior, debido a efectos adversos propios de este tipo de entornos como la pérdida de visión directa o los caminos múltiples en el recorrido de la señal. Los métodos de huella radioeléctrica, más conocidos bajo el término inglés “fingerprinting”, que se basan en la comparación de los valores de potencia de señal que se están recibiendo en el momento de llevar a cabo el posicionamiento por un terminal móvil, frente a los valores registrados en un mapa radio de potencias, elaborado durante una fase inicial de calibración, aparecen como los mejores de entre los posibles para los escenarios de interior. Sin embargo, estos sistemas se ven también afectados por otros problemas, como por ejemplo los importantes trabajos a realizar para ponerlos en marcha, y la variabilidad del canal. Frente a ellos, en el presente trabajo se presentan dos contribuciones originales para mejorar los sistemas basados en los métodos fingerprinting. La primera de esas contribuciones describe un método para determinar, de manera sencilla, las características básicas del sistema a nivel del número de muestras necesarias para crear el mapa radio de la huella radioeléctrica de referencia, junto al número mínimo de emisores de radiofrecuencia que habrá que desplegar; todo ello, a partir de unos requerimientos iniciales relacionados con el error y la precisión buscados en el posicionamiento a realizar, a los que uniremos los datos correspondientes a las dimensiones y realidad física del entorno. De esa forma, se establecen unas pautas iniciales a la hora de dimensionar el sistema, y se combaten los efectos negativos que, sobre el coste o el rendimiento del sistema en su conjunto, son debidos a un despliegue ineficiente de los emisores de radiofrecuencia y de los puntos de captura de su huella. La segunda contribución incrementa la precisión resultante del sistema en tiempo real, gracias a una técnica de recalibración automática del mapa radio de potencias. Esta técnica tiene en cuenta las medidas reportadas continuamente por unos pocos puntos de referencia estáticos, estratégicamente distribuidos en el entorno, para recalcular y actualizar las potencias registradas en el mapa radio. Un beneficio adicional a nivel operativo de la citada técnica, es la prolongación del tiempo de usabilidad fiable del sistema, bajando la frecuencia en la que se requiere volver a capturar el mapa radio de potencias completo. Las mejoras anteriormente citadas serán de aplicación directa en la mejora de los mecanismos de posicionamiento en interiores basados en la infraestructura inalámbrica de comunicaciones de voz y datos. A partir de ahí, esa mejora será extensible y de aplicabilidad sobre los servicios de localización (conocimiento personal del lugar donde uno mismo se encuentra), monitorización (conocimiento por terceros del citado lugar) y seguimiento (monitorización prolongada en el tiempo), ya que todos ellas toman como base un correcto posicionamiento para un adecuado desempeño. ABSTRACT To find the position where a mobile is located with good accuracy, when it is immersed in an indoor environment (shopping centers, office buildings, airports, stations, tunnels, etc.), is the cornerstone on which a large number of applications and services are supported. Many of these services are already available in outdoor environments, although the indoor environments are suitable for other services that are specific for it. That number, however, could be significantly higher than now, if an expensive infrastructure were not required to perform the positioning service with adequate precision, for each one of the hypothetical services. Or, equally, whether that infrastructure may have other different uses beyond the ones associated with positioning. The usability of the same infrastructure for purposes other than positioning could give the opportunity of having it already available in the different locations, because it was previously deployed for these other uses; or facilitate its deployment, because the cost of that operation would offer a higher return on usability for the deployer. Wireless technologies based on radio communications, already in use for voice and data communications (mobile, WLAN, etc), meet the requirement of additional usability and, therefore, could facilitate the growth of applications and services based on positioning, in the case of being able to use it. However, determining the position with the appropriate degree of accuracy using these technologies is a major challenge today. This paper provides significant advances in this field. Along this work, a study about the main algorithms and auxiliar techniques related with indoor positioning will be initially carried out. The review will be focused in those that are suitable to be used with both last generation mobile technologies and WLAN environments. By doing this, it is tried to highlight the advantages and disadvantages of each one of these algorithms, having as final motivation their applicability both in the world of 3G and 4G mobile networks (especially in femtocells and small-cells of LTE) and in the WLAN world; and having always in mind that the final aim is to use it in indoor environments. The main conclusion of that review is that triangulation techniques, commonly used for localization in outdoor environments, are useless in indoor environments due to adverse effects of such environments as loss of sight or multipaths. Triangulation techniques used for external locations are useless due to adverse effects like the lack of line of sight or multipath. Fingerprinting methods, based on the comparison of Received Signal Strength values measured by the mobile phone with a radio map of RSSI Recorded during the calibration phase, arise as the best methods for indoor scenarios. However, these systems are also affected by other problems, for example the important load of tasks to be done to have the system ready to work, and the variability of the channel. In front of them, in this paper we present two original contributions to improve the fingerprinting methods based systems. The first one of these contributions describes a method for find, in a simple way, the basic characteristics of the system at the level of the number of samples needed to create the radio map inside the referenced fingerprint, and also by the minimum number of radio frequency emitters that are needed to be deployed; and both of them coming from some initial requirements for the system related to the error and accuracy in positioning wanted to have, which it will be joined the data corresponding to the dimensions and physical reality of the environment. Thus, some initial guidelines when dimensioning the system will be in place, and the negative effects into the cost or into the performance of the whole system, due to an inefficient deployment of the radio frequency emitters and of the radio map capture points, will be minimized. The second contribution increases the resulting accuracy of the system when working in real time, thanks to a technique of automatic recalibration of the power measurements stored in the radio map. This technique takes into account the continuous measures reported by a few static reference points, strategically distributed in the environment, to recalculate and update the measurements stored into the map radio. An additional benefit at operational level of such technique, is the extension of the reliable time of the system, decreasing the periodicity required to recapture the radio map within full measurements. The above mentioned improvements are directly applicable to improve indoor positioning mechanisms based on voice and data wireless communications infrastructure. From there, that improvement will be also extensible and applicable to location services (personal knowledge of the location where oneself is), monitoring (knowledge by other people of your location) and monitoring (prolonged monitoring over time) as all of them are based in a correct positioning for proper performance.

Optimizing phosphorus diffusion for photovoltaic applications: peak doping, inactive phosphorus,gettering, and contact formation

The phosphosilicate glass (PSG), fabricated by tube furnace diffusion using a POCl3 source, is widely used as a dopant source in the manufacturing of crystalline silicon solar cells. Although it has been a widely addressed research topic for a long time, there is still lack of a comprehensive understanding of aspects such as the growth, the chemical composition, possible phosphorus depletion, the resulting in-diffused phosphorus profiles, the gettering behavior in silicon, and finally the metal-contact formation. This paper addresses these different aspects simultaneously to further optimize process conditions for photovoltaic applications. To do so, a wide range of experimental data is used and combined with device and process simulations, leading to a more comprehensive interpretation. The results show that slight changes in the PSG process conditions can produce high-quality emitters. It is predicted that PSG processes at 860 °C for 60 min in combination with an etch-back and laser doping from PSG layer results in high-quality emitters with a peak dopant density Npeak = 8.0 × 1018 cm−3 and a junction depth dj = 0.4 μm, resulting in a sheet resistivityρsh = 380 Ω/sq and a saturation current-density J0 below 10 fA/cm2. With these properties, the POCl3 process can compete with ion implantation or doped oxide approaches.

AS INOVAÇÕES TECNOLÓGICAS E OS INTERMEDIÁRIOS DA PRODUÇÃO E DO ACESSO À INFORMAÇÃO JORNALÍSTICA

O jornalismo é um dos principais meios de oferta de temas para a discussão e formação da opinião pública, porém depende de um sistema técnico para ser transmitido. Durante mais de cem anos as informações produzidas pela imprensa foram emitidas, armazenadas, transmitidas e recebidas pelos chamados veículos de comunicação de massa que utilizam a rede centralizada cujas características estão na escassez material, produção em série e massificação. Esse sistema separa no tempo e no espaço emissores e receptores criando uma relação desigual de força em que as grandes empresas controlaram o fluxo informativo, definindo quais fatos seriam veiculados como notícia. Em 1995, a internet cuja informação circula sob a tecnologia da rede distribuída, foi apropriada pela sociedade, alterando a forma de produção, armazenamento e transmissão de informação. A tecnologia despertou a esperança de que esta ferramenta poderia proporcionar uma comunicação mais dialógica e democrática. Mas aos poucos pode-se perceber novas empresas se apropriando da tecnologia da rede distribuída sob a qual circula a internet, gerando um novo controle do fluxo informativo. Realizou-se nessa pesquisa um levantamento bibliográfico para estabelecer uma reflexão crítica dos diferentes intermediários entre fato e a notícia tanto da rede centralizada como na rede distribuída, objetivando despertar uma discussão que possa oferecer novas ideias para políticas, bem como alternativas para uma comunicação mais democrática e mais libertária.

Activation of microhelix charging by localized helix destabilization

We report that aminoacylation of minimal RNA helical substrates is enhanced by mismatched or unpaired nucleotides at the first position in the helix. Previously, we demonstrated that the class I methionyl-tRNA synthetase aminoacylates RNA microhelices based on the acceptor stem of initiator and elongator tRNAs with greatly reduced efficiency relative to full-length tRNA substrates. The cocrystal structure of the class I glutaminyl-tRNA synthetase with tRNAGln revealed an uncoupling of the first (1⋅72) base pair of tRNAGln, and tRNAMet was proposed by others to have a similar base-pair uncoupling when bound to methionyl-tRNA synthetase. Because the anticodon is important for efficient charging of methionine tRNA, we thought that 1⋅72 distortion is probably effected by the synthetase–anticodon interaction. Small RNA substrates (minihelices, microhelices, and duplexes) are devoid of the anticodon triplet and may, therefore, be inefficiently aminoacylated because of a lack of anticodon-triggered acceptor stem distortion. To test this hypothesis, we constructed microhelices that vary in their ability to form a 1⋅72 base pair. The results of kinetic assays show that microhelix aminoacylation is activated by destabilization of this terminal base pair. The largest effect is seen when one of the two nucleotides of the pair is completely deleted. Activation of aminoacylation is also seen with the analogous deletion in a minihelix substrate for the closely related isoleucine enzyme. Thus, for at least the methionine and isoleucine systems, a built-in helix destabilization compensates in part for the lack of presumptive anticodon-induced acceptor stem distortion.

A zinc finger directory for high-affinity DNA recognition

We have used two monovalent phage display libraries containing variants of the Zif268 DNA-binding domain to obtain families of zinc fingers that bind to alterations in the last 4 bp of the DNA sequence of the Zif268 consensus operator, GCG TGGGCG. Affinity selection was performed by altering the Zif268 operator three base pairs at a time, and simultaneously selecting for sets of 16 related DNA sequences. In this way, only four experiments were required to select for all possible 64 combinations of DNA triplet sequences. The results show that (i) for high-affinity DNA binding in the range observed for the Zif268 wild-type complex (Kd = 0.5–5 nM), finger 1 specifically requires the arginine at the carboxy terminus of its recognition helix that forms a bidentate hydrogen-bond with the guanine base (G) in the crystal structure of Zif268 complexed to its DNA operator sequence GCG TGG GCG; (ii) when the guanine base (G) is replaced by A, C, or T, a lower-affinity family (Kd ⩾ 50 nM) can be detected that shows an overall tendency to bind G-rich DNA; (iii) the residues at position 2 on the finger 2 recognition helix do not appear to interact strongly with the complementary 5′ base in the finger 1 binding site; and (iv) unexpected substitutions at the amino terminus of finger 1 can occasionally result in specificity for the 3′ base in the finger 1 binding site. A DNA recognition directory was constructed for high-affinity zinc fingers that recognize all three bases in a DNA triplet for seven sequences of the type GNN. Similar approaches may be applied to other zinc fingers to broaden the scope of the directory.

Domain–domain communication in a miniature archaebacterial tRNA synthetase

The three-dimensional structure of tRNA is organized into two domains—the acceptor-TΨC minihelix with the amino acid attachment site and a second, anticodon-containing, stem–loop domain. Aminoacyl-tRNA synthetases have a structural organization that roughly recapitulates the two-domain organization of tRNAs—an older primary domain that contains the catalytic center and interacts with the minihelix and a secondary, more recent, domain that makes contacts with the anticodon-containing arm. The latter contacts typically are essential for enhancement of the catalytic constant kcat through domain–domain communication. Methanococcus jannaschii tyrosyl-tRNA synthetase is a miniature synthetase with a tiny secondary domain suggestive of an early synthetase evolving from a one-domain to a two-domain structure. Here we demonstrate functional interactions with the anticodon-containing arm of tRNA that involve the miniaturized secondary domain. These interactions appear not to include direct contacts with the anticodon triplet but nonetheless lead to domain–domain communication. Thus, interdomain communication may have been established early in the evolution from one-domain to two-domain structures.

Sequence dependent hypermutation of the immunoglobulin heavy chain in cultured B cells

The variable (V) regions of immunoglobulin heavy and light chains undergo high rates of somatic mutation during the immune response. Although point mutations accumulate throughout the V regions and their immediate flanking sequences, analysis of large numbers of mutations that have arisen in vivo reveal that the triplet AGC appears to be most susceptible to mutation. We have stably transfected B cell lines with γ2a heavy chain constructs containing TAG nonsense codons in their V regions that are part of either a putative (T)AGC hot spot or a (T)AGA non-hot spot motif. Using an ELISA spot assay to detect revertants and fluctuation analysis to determine rates of mutation, the rate of reversion of the TAG nonsense codon has been determined for different motifs in different parts of the V region. In the NSO plasma cell line, the (T)AGC hot spot motif mutates at rates of ≈6 × 10−4/bp per generation and ≈3 × 10−5/bp per generation at residues 38 and 94 in the V region. At each of these locations, the (T)AGC hot spot motif is 20–30 times more likely to undergo mutation than the (T)AGA non-hot spot motif. Moreover, the AGA non-hot spot motif mutates at as high a rate as the hot spot motif when it is located adjacent to hot spot motifs, suggesting that more extended sequences influence susceptibility to mutation.

Transglutaminase-catalyzed inactivation of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase and α-ketoglutarate dehydrogenase complex by polyglutamine domains of pathological length

Several adult-onset neurodegenerative diseases are caused by genes with expanded CAG triplet repeats within their coding regions and extended polyglutamine (Qn) domains within the expressed proteins. Generally, in clinically affected individuals n ≥ 40. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase binds tightly to four Qn disease proteins, but the significance of this interaction is unknown. We now report that purified glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase is inactivated by tissue transglutaminase in the presence of glutathione S-transferase constructs containing a Qn domain of pathological length (n = 62 or 81). The dehydrogenase is less strongly inhibited by tissue transglutaminase in the presence of constructs containing shorter Qn domains (n = 0 or 10). Purified α-ketoglutarate dehydrogenase complex also is inactivated by tissue transglutaminase plus glutathione S-transferase constructs containing pathological-length Qn domains (n = 62 or 81). The results suggest that tissue transglutaminase-catalyzed covalent linkages involving the larger poly-Q domains may disrupt cerebral energy metabolism in CAG/Qn expansion diseases.

The UNI3 Gene Is Required for Assembly of Basal Bodies of Chlamydomonas and Encodes δ-Tubulin, a New Member of the Tubulin Superfamily

We have cloned the UNI3 gene in Chlamydomonas and find that it encodes a new member of the tubulin superfamily. Although Uni3p shares significant sequence identity with α-, β-, and γ-tubulins, there is a region of Uni3p that has no similarity to tubulins or other known proteins. Mutant uni3–1 cells assemble zero, one, or two flagella. Pedigree analysis suggests that flagellar number in uni3–1 cells is a function of the age of the cell. The uniflagellate uni3–1 cells show a positional phenotype; the basal body opposite the eyespot templates the single flagellum. A percentage of uni3–1 cells also fail to orient the cleavage furrow properly, and basal bodies have been implicated in the placement of cleavage furrows in Chlamydomonas. Finally when uni3–1 cells are observed by electron microscopy, doublet rather than triplet microtubules are observed at the proximal end of the basal bodies. We propose that the Uni3 tubulin is involved in both the function and cell cycle-dependent maturation of basal bodies/centrioles.

On the acidity and reactivity of HNO in aqueous solution and biological systems

The gas phase and aqueous thermochemistry and reactivity of nitroxyl (nitrosyl hydride, HNO) were elucidated with multiconfigurational self-consistent field and hybrid density functional theory calculations and continuum solvation methods. The pKa of HNO is predicted to be 7.2 ± 1.0, considerably different from the value of 4.7 reported from pulse radiolysis experiments. The ground-state triplet nature of NO− affects the rates of acid-base chemistry of the HNO/NO− couple. HNO is highly reactive toward dimerization and addition of soft nucleophiles but is predicted to undergo negligible hydration (Keq = 6.9 × 10−5). HNO is predicted to exist as a discrete species in solution and is a viable participant in the chemical biology of nitric oxide and derivatives.

A single G-to-C change causes human centromere TGGAA repeats to fold back into hairpins.

Recently, we established that satellite III (TGGAA)n tandem repeats, which occur at the centromeres of human chromosomes, pair with themselves to form an unusual "self-complementary" antiparallel duplex containing (GGA)2 motifs in which two unpaired guanines from opposite strands intercalate between sheared G.A base pairs. In separate studies, we have also established that the GCA triplet does not form bimolecular (GCA)2 motifs but instead promotes the formation of hairpins containing a GCA-turn motif in which the loop contains a single cytidine closed by a sheared G.A pair. Since TGCAA is the most frequent variant of TGGAA found in satellite III repeats, we reasoned that the potential of this variant to form GCA-turn miniloop fold-back structures might be an important factor in modulating the local structure in natural (TGGAA)n repeats. We report here the NMR-derived solution structure of the heptadecadeoxynucleotide (G)TGGAATGCAATGGAA(C) in which a central TGCAA pentamer is flanked by two TGGAA pentamers. This 17-mer forms a rather unusual and very stable hairpin structure containing eight base pairs in the stem, only four of which are Watson-Crick pairs, and a loop consisting of a single cytidine residue. The stem contains a (GGA)2 motif with intercalative 14G/4G stacking between two sheared G.A base pairs; the loop end of the stem consists of a sheared 8G.10A closing pair with the cytosine base of the 9C loop stacked on 8G. The remarkable stability of this unusual hairpin structure (Tm = 63 degrees C) suggests that it probably plays an important role in modulating the folding of satellite III (TGGAA)n repeats at the centromere.