949 resultados para Sequence-based PCR
Resumo:
Background: This study describes a bioinformatics approach designed to identify Plasmodium vivax proteins potentially involved in reticulocyte invasion. Specifically, different protein training sets were built and tuned based on different biological parameters, such as experimental evidence of secretion and/or involvement in invasion-related processes. A profile-based sequence method supported by hidden Markov models (HMMs) was then used to build classifiers to search for biologically-related proteins. The transcriptional profile of the P. vivax intra-erythrocyte developmental cycle was then screened using these classifiers. Results: A bioinformatics methodology for identifying potentially secreted P. vivax proteins was designed using sequence redundancy reduction and probabilistic profiles. This methodology led to identifying a set of 45 proteins that are potentially secreted during the P. vivax intra-erythrocyte development cycle and could be involved in cell invasion. Thirteen of the 45 proteins have already been described as vaccine candidates; there is experimental evidence of protein expression for 7 of the 32 remaining ones, while no previous studies of expression, function or immunology have been carried out for the additional 25. Conclusions: The results support the idea that probabilistic techniques like profile HMMs improve similarity searches. Also, different adjustments such as sequence redundancy reduction using Pisces or Cd-Hit allowed data clustering based on rational reproducible measurements. This kind of approach for selecting proteins with specific functions is highly important for supporting large-scale analyses that could aid in the identification of genes encoding potential new target antigens for vaccine development and drug design. The present study has led to targeting 32 proteins for further testing regarding their ability to induce protective immune responses against P. vivax malaria.
Resumo:
The strategic equilibrium of an N-person cooperative game with transferable utility is a system composed of a cover collection of subsets of N and a set of extended imputations attainable through such equilibrium cover. The system describes a state of coalitional bargaining stability where every player has a bargaining alternative against any other player to support his corresponding equilibrium claim. Any coalition in the sable system may form and divide the characteristic value function of the coalition as prescribed by the equilibrium payoffs. If syndicates are allowed to form, a formed coalition may become a syndicate using the equilibrium payoffs as disagreement values in bargaining for a part of the complementary coalition incremental value to the grand coalition when formed. The emergent well known-constant sum derived game in partition function is described in terms of parameters that result from incumbent binding agreements. The strategic-equilibrium corresponding to the derived game gives an equal value claim to all players. This surprising result is alternatively explained in terms of strategic-equilibrium based possible outcomes by a sequence of bargaining stages that when the binding agreements are in the right sequential order, von Neumann and Morgenstern (vN-M) non-discriminatory solutions emerge. In these solutions a preferred branch by a sufficient number of players is identified: the weaker players syndicate against the stronger player. This condition is referred to as the stronger player paradox. A strategic alternative available to the stronger players to overcome the anticipated not desirable results is to voluntarily lower his bargaining equilibrium claim. In doing the original strategic equilibrium is modified and vN-M discriminatory solutions may occur, but also a different stronger player may emerge that has eventually will have to lower his equilibrium claim. A sequence of such measures converges to the equal opportunity for all vN-M solution anticipated by the strategic equilibrium of partition function derived game. [298-words]
Resumo:
La butirilcolinesterasa humana (BChE; EC 3.1.1.8) es una enzima polimórfica sintetizada en el hígado y en el tejido adiposo, ampliamente distribuida en el organismo y encargada de hidrolizar algunos ésteres de colina como la procaína, ésteres alifáticos como el ácido acetilsalicílico, fármacos como la metilprednisolona, el mivacurium y la succinilcolina y drogas de uso y/o abuso como la heroína y la cocaína. Es codificada por el gen BCHE (OMIM 177400), habiéndose identificado más de 100 variantes, algunas no estudiadas plenamente, además de la forma más frecuente, llamada usual o silvestre. Diferentes polimorfismos del gen BCHE se han relacionado con la síntesis de enzimas con niveles variados de actividad catalítica. Las bases moleculares de algunas de esas variantes genéticas han sido reportadas, entre las que se encuentra las variantes Atípica (A), fluoruro-resistente del tipo 1 y 2 (F-1 y F-2), silente (S), Kalow (K), James (J) y Hammersmith (H). En este estudio, en un grupo de pacientes se aplicó el instrumento validado Lifetime Severity Index for Cocaine Use Disorder (LSI-C) para evaluar la gravedad del consumo de “cocaína” a lo largo de la vida. Además, se determinaron Polimorfismos de Nucleótido Simple (SNPs) en el gen BCHE conocidos como responsables de reacciones adversas en pacientes consumidores de “cocaína” mediante secuenciación del gen y se predijo el efecto delos SNPs sobre la función y la estructura de la proteína, mediante el uso de herramientas bio-informáticas. El instrumento LSI-C ofreció resultados en cuatro dimensiones: consumo a lo largo de la vida, consumo reciente, dependencia psicológica e intento de abandono del consumo. Los estudios de análisis molecular permitieron observar dos SNPs codificantes (cSNPs) no sinónimos en el 27.3% de la muestra, c.293A>G (p.Asp98Gly) y c.1699G>A (p.Ala567Thr), localizados en los exones 2 y 4, que corresponden, desde el punto de vista funcional, a la variante Atípica (A) [dbSNP: rs1799807] y a la variante Kalow (K) [dbSNP: rs1803274] de la enzima BChE, respectivamente. Los estudios de predicción In silico establecieron para el SNP p.Asp98Gly un carácter patogénico, mientras que para el SNP p.Ala567Thr, mostraron un comportamiento neutro. El análisis de los resultados permite proponer la existencia de una relación entre polimorfismos o variantes genéticas responsables de una baja actividad catalítica y/o baja concentración plasmática de la enzima BChE y algunas de las reacciones adversas ocurridas en pacientes consumidores de cocaína.
Resumo:
Introducción: La infección por un tipo de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo (VPH-AR), es el factor principal en el desarrollo de Cáncer de Cérvix (CC). La carga viral puede modular esta asociación, por lo que resulta importante su cuantificación y el establecimiento de su relación con lesiones precursoras de CC. Metodología: 60 mujeres con lesiones escamosas intraepiteliales (LEI) y 120 mujeres sin LEI, confirmadas por colposcopia, fueron incluidas en el estudio. Se determinó la carga viral de 6 tipos de VPH-AR, mediante PCR en tiempo real. Se estimaron OR crudos y ajustados para evaluar la asociación entre la carga viral de cada tipo y las lesiones cervicales. Resultados: 93.22% de mujeres con LEI y 91.23% de mujeres negativas, fueron positivas para al menos un tipo de VPH. VPH-18 y VPH-16 fueron los tipos más prevalentes, junto con VPH-31 en mujeres sin LEI. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas de las cargas virales entre éstos dos grupos, aunque se observó un mayor carga viral en lesiones para algunos tipos virales. Una mayor frecuencia de lesiones se asoció a infecciones con carga baja de VPH-16 (ORa: 3.53; IC95%: 1.16 – 10.74), en comparación a mujeres con carga alta de VPH-16, (ORa: 2.63; IC95%: 1.09 – 6.36). En infecciones por VPH-31, la presencia de carga viral alta, se asoció con una menor frecuencia de lesiones (ORa: 0.34; IC95%: 0.15 – 0.78). Conclusiones: La prevalencia tipo-específica de VPH se corresponde con las reportadas a nivel mundial. La asociación entre la carga viral del VPH y la frecuencia de LEI es tipo específica y podría depender de la duración de la infección, altas cargas relacionadas con infecciones transitorias, y bajas cargas con persistentes. Este trabajo contribuye al entendimiento del efecto de la carga viral en la historia natural del CC; sin embargo, estudios prospectivos son necesarios para confirmar estos resultados.
Resumo:
En aquesta tesi proposem dos esquemes de xarxa amb control d'admissió per al trànsit elàstic TCP amb mecanismes senzills. Ambdós esquemes són capaços de proporcionar throughputs diferents i aïllament entre fluxos, on un "flux" es defineix com una seqüència de paquets relacionats dins d'una connexió TCP. Quant a l'arquitectura, ambdós fan servir classes de paquets amb diferents prioritats de descart, i un control d'admissió implícit, edge-to-edge i basat en mesures. En el primer esquema, les mesures són per flux, mentre que en el segon, les mesures són per agregat. El primer esquema aconsegueix un bon rendiment fent servir una modificació especial de les fonts TCP, mentre que el segon aconsegueix un bon rendiment amb fonts TCP estàndard. Ambdós esquemes han estat avaluats satisfactòriament a través de simulació en diferents topologies de xarxa i càrregues de trànsit.
Resumo:
Molts bacteris del grup fluorescent del gènere Pseudomonas són capaços de controlar malalties de les plantes causades per fongs i bacteris fitopatògens (ACBs) o mostren activitat com a bacteris promotors del creixement de les plantes (BPCPs). S'han descrit diversos metabòlits que intervenen de manera important en la seva activitat com a ACBs i BPCPs entre els quals en destaquen el 2,4-diacetilfloroglucinol (Phl), àcid fenazin-1-carboxílic (PCA), Pirrolnitrina (Prn), àcid cianhídric (HCN), àcid 3-indolacètic (IAA), sideròfors i quitinases. L'objectiu principal del nostre treball ha estat la comparació de les característiques d'un grup de Pseudomonas del grup fluorescent utilitzant una aproximació polifàsica amb la finalitat d'establir possibles relacions entre algunes de les característiques i la capacitat d'actuar com a ACB o BPCP. Atesa la importància en el biocontrol de la producció de metabòlits com Phl, PCA i Prn, l'objectiu preliminar ha estat la recerca i obtenció de soques productores d'aquests metabòlits. Per assolir aquest objectiu s'ha emprat una aproximació molecular basada en la detecció dels gens biosintètics implicats en la seva producció en lloc de la detecció directa dels metabòlits per evitar els efectes que poden tenir les condicions de cultiu en la inducció o repressió de la seva síntesi. S'han realitzat diferents protocols basats (i) en la cerca assistida de productors mitjançant l'ús de marcadors fenotípics i posterior confirmació per PCR i, (ii) en l'ús de la PCR per a la detecció dels gens directament dels extractes bacterians, d'enriquiments d'aquests extractes i la realització de la hibridació en colònies per al posterior aïllament. La cerca assistida de productors de Phl mitjançant marcadors fenotípics i posteriorment la utilització de tècniques moleculars (amplificació per PCR del gen phlD), ha estat el millor mètode en el tipus de mostres processades en el nostre treball, on la proporció de productors és relativament baixa. En total s'han aïllat a partir de diversos ambients 4 soques portadores dels gens de la síntesi de PCA, 15 de Phl i 1 de Prn. S'ha constituït una col·lecció de 72 soques de Pseudomonas del grup fluorescent que inclou 18 aïllats propis portadors dels gens biosintètics necessaris per la producció de Phl PCA i Prn; 6 soques de referència procedents de col·leccions de cultius tipus, 14 soques productores dels diferents antibiòtics cedides per altres investigadors i una selecció de 34 soques procedents d'un treball previ realitzat en el nostre grup de recerca. A la col·lecció s'hi troben soques candidates a ACB i BPCP de diverses malalties i plantes. Les 72 soques s'han caracteritzat fenotípica i genotípicament. La caracterització fenotípica s'ha portat a terme mitjançant la identificació a nivell d'espècie amb galeries API 20NE i proves bioquímiques específiques; la producció de metabòlits com PCA, Phl, Prn, IAA, HCN, quitinases i sideròfors mitjançant l'ús de diferents tècniques; antagonisme in vitro en diversos medis enfront dos fongs (Stemphylium vesicarium i Penicillium expansum) i tres bacteris fitopatògens (Erwinia amylovora, Pseudomonas syringae pv. syringae i Xanthomonas arboricola pv. juglandis); l'eficàcia de la inhibició de la infecció en bioassaigs in vivo sobre material vegetal enfront els fongs P. expansum en poma i S. vesicarium en fulles de perera i enfront el bacteri E. amylovora en fruits immadurs de perera i, finalment, en assaigs de promoció de creixement en dos portaempelts comercials de Prunus. Cal destacar que P. expansum causa la podridura blava en pomes i peres en postcollita, S. vesicarium la taca bruna de la perera i E. amylovora el foc bacterià de les rosàcies. El nombre de soques de Pseudomonas, sobre el total de les 72 estudiades, productores d'IAA (4) i quitinases (6) és baix, mentre que és elevat en el cas del HCN (32), que a més està associat a la producció de Phl. Els resultats obtinguts en l'antagonisme in vitro han mostrat en el cas dels bacteris que és dependent del patogen indicador i del medi de cultiu. La presència o absència de ferro no sembla ser un factor que potencií l'antagonisme. En el cas dels fongs no s'ha observat però, influència del medi de cultiu emprat. En el total de 72 soques s'ha observat un percentatge baix de soques que manifesten antagonisme en tots els medis assajats vers 3 o 4 dels patògens (7). Solament 2 d'aquestes 7 soques han mostrat ser també efectives en bioassaigs d'inhibició de les infeccions causades per 2 dels 3 patògens assajats. Algunes de les soques efectives en els bioassaigs no són antagonistes in vitro en cap dels medis assajats enfront el mateix patogen. En el cas de la promoció del creixement, s'han observat més soques promotores del creixement del portaempelts de prunera Marianna 2624 que no en l'híbrid de presseguer-ametller GF677 i les eficàcies assolides són també majors en el cas de Marianna 2624, detectant una elevada especificitat soca/portaempelts La caracterització genotípica s'ha realitzat mitjançant l'anàlisi dels polimorfismes en la longitud dels fragments de restricció de DNA ribosomal (RFLP-rDNA) i l'anàlisi dels polimorfismes en la longitud dels fragments de macrorestricció genòmica de DNA cromosòmic separats per electroforesi en camp polsant (MRFLP-PFGE). Ambdues anàlisis van mostrar una gran heterogeneïtat genètica entre les soques caracteritzades i no s'ha pogut relacionar les agrupacions obtingudes amb les característiques fenotípiques o capacitat d'actuar com a ACB o BPCP. Els patrons de macrorestricció genòmica (MRFLP-PFGE) del bacteri model P. fluorescens EPS288 són estables en el temps i independents de les condicions de cultiu assajades al laboratori o en mostres naturals, mostrant ser una tècnica eficaç en la identificació de reaïllats de mostres naturals inoculades prèviament amb el bacteri. Una selecció de soques que comparteixen el fet de produir floroglucinol s'han caracteritzat mitjançant RFLP i seqüenciació del gen phlD. S'ha establert una relació entre les agrupacions obtingudes en les anàlisis RFLP-rDNA, RFLP-phlD i les seqüències del gen. En l'anàlisi filogenètica de les seqüències del gen phlD s'ha observat un elevat grau de polimorfisme obtenint-se 3 agrupacions principals. Les agrupacions semblen relacionar-se amb els patrons de producció de metabòlits (Phl, HCN i Prn en una primera agrupació; Phl i HCN en la segona i solament Phl en la tercera), però aquestes no s'han pogut relacionar amb l'origen geogràfic de les soques o la seva activitat com a ACBs i/o BPCP. Amb les dades obtingudes de la caracterització fenotípica i genotípica s'ha realitzat una anàlisi multivariant (correspondències, correlacions d'Spearman i de freqüències amb variables categòriques). S'ha demostrat la importància de disposar d'una tècnica que permeti depurar una col·lecció de soques descartant les soques genèticament idèntiques, ja que influeixen en els resultats de les anàlisis. Pels tres patògens assajats com a indicadors i els dos portaempelts emprats, no s'ha observat cap correlació entre la inhibició de la infecció o la promoció del creixement amb les característiques fenotípiques i genotípiques de les soques que fos significatiu i consistent en les tres tècniques emprades.
Resumo:
La presencia de microorganismos patógenos en alimentos es uno de los problemas esenciales en salud pública, y las enfermedades producidas por los mismos es una de las causas más importantes de enfermedad. Por tanto, la aplicación de controles microbiológicos dentro de los programas de aseguramiento de la calidad es una premisa para minimizar el riesgo de infección de los consumidores. Los métodos microbiológicos clásicos requieren, en general, el uso de pre-enriquecimientos no-selectivos, enriquecimientos selectivos, aislamiento en medios selectivos y la confirmación posterior usando pruebas basadas en la morfología, bioquímica y serología propias de cada uno de los microorganismos objeto de estudio. Por lo tanto, estos métodos son laboriosos, requieren un largo proceso para obtener resultados definitivos y, además, no siempre pueden realizarse. Para solucionar estos inconvenientes se han desarrollado diversas metodologías alternativas para la detección identificación y cuantificación de microorganismos patógenos de origen alimentario, entre las que destacan los métodos inmunológicos y moleculares. En esta última categoría, la técnica basada en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se ha convertido en la técnica diagnóstica más popular en microbiología, y recientemente, la introducción de una mejora de ésta, la PCR a tiempo real, ha producido una segunda revolución en la metodología diagnóstica molecular, como pude observarse por el número creciente de publicaciones científicas y la aparición continua de nuevos kits comerciales. La PCR a tiempo real es una técnica altamente sensible -detección de hasta una molécula- que permite la cuantificación exacta de secuencias de ADN específicas de microorganismos patógenos de origen alimentario. Además, otras ventajas que favorecen su implantación potencial en laboratorios de análisis de alimentos son su rapidez, sencillez y el formato en tubo cerrado que puede evitar contaminaciones post-PCR y favorece la automatización y un alto rendimiento. En este trabajo se han desarrollado técnicas moleculares (PCR y NASBA) sensibles y fiables para la detección, identificación y cuantificación de bacterias patogénicas de origen alimentario (Listeria spp., Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis y Salmonella spp.). En concreto, se han diseñado y optimizado métodos basados en la técnica de PCR a tiempo real para cada uno de estos agentes: L. monocytogenes, L. innocua, Listeria spp. M. avium subsp. paratuberculosis, y también se ha optimizado y evaluado en diferentes centros un método previamente desarrollado para Salmonella spp. Además, se ha diseñado y optimizado un método basado en la técnica NASBA para la detección específica de M. avium subsp. paratuberculosis. También se evaluó la aplicación potencial de la técnica NASBA para la detección específica de formas viables de este microorganismo. Todos los métodos presentaron una especificidad del 100 % con una sensibilidad adecuada para su aplicación potencial a muestras reales de alimentos. Además, se han desarrollado y evaluado procedimientos de preparación de las muestras en productos cárnicos, productos pesqueros, leche y agua. De esta manera se han desarrollado métodos basados en la PCR a tiempo real totalmente específicos y altamente sensibles para la determinación cuantitativa de L. monocytogenes en productos cárnicos y en salmón y productos derivados como el salmón ahumado y de M. avium subsp. paratuberculosis en muestras de agua y leche. Además este último método ha sido también aplicado para evaluar la presencia de este microorganismo en el intestino de pacientes con la enfermedad de Crohn's, a partir de biopsias obtenidas de colonoscopia de voluntarios afectados. En conclusión, este estudio presenta ensayos moleculares selectivos y sensibles para la detección de patógenos en alimentos (Listeria spp., Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis) y para una rápida e inambigua identificación de Salmonella spp. La exactitud relativa de los ensayos ha sido excelente, si se comparan con los métodos microbiológicos de referencia y pueden serusados para la cuantificación de tanto ADN genómico como de suspensiones celulares. Por otro lado, la combinación con tratamientos de preamplificación ha resultado ser de gran eficiencia para el análisis de las bacterias objeto de estudio. Por tanto, pueden constituir una estrategia útil para la detección rápida y sensible de patógenos en alimentos y deberían ser una herramienta adicional al rango de herramientas diagnósticas disponibles para el estudio de patógenos de origen alimentario.
Resumo:
A driver controls a car by turning the steering wheel or by pressing on the accelerator or the brake. These actions are modelled by Gaussian processes, leading to a stochastic model for the motion of the car. The stochastic model is the basis of a new filter for tracking and predicting the motion of the car, using measurements obtained by fitting a rigid 3D model to a monocular sequence of video images. Experiments show that the filter easily outperforms traditional filters.
Resumo:
In recent years, a large number of papers have reported the response of the cusp to solar wind variations under conditions of northward or southward Interplanetary Magnetic Field (IMF) Z-component (BZ). These studies have shown the importance of both temporal and spatial factors in determining the extent and morphology of the cusp and the changes in its location, connected to variations in the reconnection geometry. Here we present a comparative study of the cusp, focusing on an interval characterised by a series of rapid reversals in the BZ-dominated IMF, based on observations from space-borne and ground-based instrumentation. During this interval, from 08:00 to 12:00 UT on 12 February 2003, the IMF BZ component underwent four reversals, remaining for around 30 min in each orientation. The Cluster spacecraft were, at the time, on an outbound trajectory through the Northern Hemisphere magnetosphere, whilst the mainland VHF and Svalbard (ESR) radars of the EISCAT facility were operating in support of the Cluster mission. Both Cluster and the EISCAT were, on occasion during the interval, observing the cusp region. The series of IMF reversal resulted in a sequence of poleward and equatorward motions of the cusp; consequently Cluster crossed the high altitude cusp twice before finally exiting the dayside magnetopause, both times under conditions of northward IMF BZ. The first magnetospheric cusp encounter, by all four Cluster spacecraft, showed reverse ion dispersion typical of lobe reconnection; subsequently, Cluster spacecraft 1 and 3 (only) crossed the cusp for a second time. We suggest that, during this second cusp crossing, these two spacecraft were likely to have been on newly closed field lines, which were first reconnected (opened) at low latitudes and later reconnected again (re-closed) poleward of the northern cusp.
Resumo:
It is known that germin, which is a marker of the onset of growth in germinating wheat, is an oxalate oxidase, and also that germins possess sequence similarity with legumin and vicilin seed storage proteins. These two pieces of information have been combined in order to generate a 3D model of germin based on the structure of vicilin and to examine the model with regard to a potential oxalate oxidase active site. A cluster of three histidine residues has been located within the conserved beta-barrel structure. While there is a relatively low level of overall sequence similarity between the model and the vicilin structures, the conservation of amino acids important in maintaining the scaffold of the beta-barrel lends confidence to the juxtaposition of the histidine residues. The cluster is similar structurally to those found in copper amine oxidase and other proteins, leading to the suggestion that it defines a metal-binding location within the oxalate oxidase active site. It is also proposed that the structural elements involved in intermolecular interactions in vicilins may play a role in oligomer formation in germin/oxalate oxidase.
Resumo:
Ancient DNA (aDNA) research has long depended on the power of PCR to amplify trace amounts of surviving genetic material from preserved specimens. While PCR permits specific loci to be targeted and amplified, in many ways it can be intrinsically unsuited to damaged and degraded aDNA templates. PCR amplification of aDNA can produce highly-skewed distributions with significant contributions from miscoding lesion damage and non-authentic sequence artefacts. As traditional PCR-based approaches have been unable to fully resolve the molecular nature of aDNA damage over many years, we have developed a novel single primer extension (SPEX)-based approach to generate more accurate sequence information. SPEX targets selected template strands at defined loci and can generate a quantifiable redundancy of coverage; providing new insights into the molecular nature of aDNA damage and fragmentation. SPEX sequence data reveals inherent limitations in both traditional and metagenomic PCR-based approaches to aDNA, which can make current damage analyses and correct genotyping of ancient specimens problematic. In contrast to previous aDNA studies, SPEX provides strong quantitative evidence that C U-type base modifications are the sole cause of authentic endogenous damage-derived miscoding lesions. This new approach could allow ancient specimens to be genotyped with unprecedented accuracy.
Resumo:
Cashew (Anacardium occidentale L.) is the most economically important tropical nut crop in the world, and yet there are no sequence tagged site (STS) markers available for its study. Here we use an automated, high-throughput system to isolate cashew microsatellites from a non-enriched genomic library blotted onto membranes at high density for screening. Sixty-five sequences contained a microsatellite array, of which 21 proved polymorphic among a closely related seed garden population of 49 genotypes. Twelve markers were suitable for multiplex analysis. Of these, 10 amplified in all three related tropical tree species tested: Anacardium microcarpum, Anacardium pumilum and Anacardium nanum.
Resumo:
In the present study, a genomic analysis of full VP1 sequence region of 15 clinical re-isolates (14 healthy vaccinees and one bone marrow tumor patient) was conducted, aiming to the identification of mutations and to the assessment of their impact on virus fitness, providing also insights relevant with the natural evolution of Sabin strains. Clinical re-isolates were analyzed by RT-PCR, sequencing and computational analysis. Some re-isolates were characterized by an unusual mutational pattern in which non-synonymous mutations outnumbered the synonymous ones. Furthermore, the majority of amino-acid substitutions were located in the capsid exterior, specifically in N-Ags, near N-Ags and in the north rim of the canyon. Also mutations, which are well-known determinants of attenuation, were identified. The results of this study propose that some re-isolates are characterized by an evolutionary pattern in which non-synonymous mutations with a direct phenotypic impact on viral fitness are fixed in viral genomes, in spite of synonymous ones with no phenotypic impact on viral fitness. Results of the present retrospective characterization of Sabin clinical re-isolates, based on the full VP1 sequence, suggest that vaccine-derived viruses may make their way through narrow breaches and may evolve into transmissible pathogens even in adequately immunized populations. For this reason increased poliovirus laboratory surveillance should be permanent and full VP1 sequence analysis should be conducted even in isolates originating from healthy vaccinees.
Resumo:
BACKGROUND: In order to maintain the most comprehensive structural annotation databases we must carry out regular updates for each proteome using the latest profile-profile fold recognition methods. The ability to carry out these updates on demand is necessary to keep pace with the regular updates of sequence and structure databases. Providing the highest quality structural models requires the most intensive profile-profile fold recognition methods running with the very latest available sequence databases and fold libraries. However, running these methods on such a regular basis for every sequenced proteome requires large amounts of processing power.In this paper we describe and benchmark the JYDE (Job Yield Distribution Environment) system, which is a meta-scheduler designed to work above cluster schedulers, such as Sun Grid Engine (SGE) or Condor. We demonstrate the ability of JYDE to distribute the load of genomic-scale fold recognition across multiple independent Grid domains. We use the most recent profile-profile version of our mGenTHREADER software in order to annotate the latest version of the Human proteome against the latest sequence and structure databases in as short a time as possible. RESULTS: We show that our JYDE system is able to scale to large numbers of intensive fold recognition jobs running across several independent computer clusters. Using our JYDE system we have been able to annotate 99.9% of the protein sequences within the Human proteome in less than 24 hours, by harnessing over 500 CPUs from 3 independent Grid domains. CONCLUSION: This study clearly demonstrates the feasibility of carrying out on demand high quality structural annotations for the proteomes of major eukaryotic organisms. Specifically, we have shown that it is now possible to provide complete regular updates of profile-profile based fold recognition models for entire eukaryotic proteomes, through the use of Grid middleware such as JYDE.
Resumo:
The most popular retrotransposon-based molecular marker system in use at the present time is the sequence-specific amplification polymorphism (SSAP) system . This system exploits the insertional polymorphism of long terminal repeat (LTR) retrotransposons around the genome. Because the LTR sequence is used to design primers for this method, its successful application requires sequence information from the terminal region of the mobile elements . In this study, two LTR sequences were isolated from the cashew genome and used successfully to develop SSAP marker systems. These were shown to have higher levels of polymorphism than amplified fragment length polymorphic markers for this species.