Enlarging a training set for genomic selction by imputation of un-genotyped animals in populations of varying genetic architecture

Background: The most common application of imputation is to infer genotypes of a high-density panel of markers on animals that are genotyped for a low-density panel. However, the increase in accuracy of genomic predictions resulting from an increase in the number of markers tends to reach a plateau beyond a certain density. Another application of imputation is to increase the size of the training set with un-genotyped animals. This strategy can be particularly successful when a set of closely related individuals are genotyped. ----- Methods: Imputation on completely un-genotyped dams was performed using known genotypes from the sire of each dam, one offspring and the offspring’s sire. Two methods were applied based on either allele or haplotype frequencies to infer genotypes at ambiguous loci. Results of these methods and of two available software packages were compared. Quality of imputation under different population structures was assessed. The impact of using imputed dams to enlarge training sets on the accuracy of genomic predictions was evaluated for different populations, heritabilities and sizes of training sets. ----- Results: Imputation accuracy ranged from 0.52 to 0.93 depending on the population structure and the method used. The method that used allele frequencies performed better than the method based on haplotype frequencies. Accuracy of imputation was higher for populations with higher levels of linkage disequilibrium and with larger proportions of markers with more extreme allele frequencies. Inclusion of imputed dams in the training set increased the accuracy of genomic predictions. Gains in accuracy ranged from close to zero to 37.14%, depending on the simulated scenario. Generally, the larger the accuracy already obtained with the genotyped training set, the lower the increase in accuracy achieved by adding imputed dams. ----- Conclusions: Whenever a reference population resembling the family configuration considered here is available, imputation can be used to achieve an extra increase in accuracy of genomic predictions by enlarging the training set with completely un-genotyped dams. This strategy was shown to be particularly useful for populations with lower levels of linkage disequilibrium, for genomic selection on traits with low heritability, and for species or breeds for which the size of the reference population is limited.

Dairy farms typology and management of animal genetic resources in the peri-urban zone of Bamako (Mali)

Facing growth in demand, dairy production in peri-urban areas of developing countries is changing rapidly. To characterise this development around Bamako (Mali), this study establishes a typology of dairy production systems with a special focus on animal genetic resources. The survey included 52 dairy cattle farms from six peri-urban sites. It was conducted in 2011 through two visits, in the dry and harvest seasons. The median cattle number per farm was 17 (range 5-118) and 42% of farmers owned cropland (8.3 +/- 7.3 ha, minimum 1 ha, maximum 25 ha). Feeding strategy was a crucial variable in farm characterisation, accounting for about 85% of total expenses. The use of artificial insemination and a regular veterinary follow-up were other important parameters. According to breeders’ answers, thirty genetic profiles were identified, from local purebreds to different levels of crossbreds. Purebred animals raised were Fulani Zebu (45.8%), Maure Zebu (9.2%), Holstein (3.0%), Azawak Zebu (1.3%), Mere Zebu (0.5%) and Kuri taurine (0.1%). Holstein crossbred represented 30.5% of the total number of animals (19.0% Fulani-Holstein, 11.2% Maure-Holstein and 0.3% Kuri-Holstein). Montbéliarde, Normande and Limousin crossbreds were also found (6.6%, 0.7% and 0.3%, respectively). A multivariate analysis helped disaggregate the diversity of management practices. The high diversity of situations shows the need for consideration of typological characteristics for an appropriate intervention. Although strongly anchored on local breeds, the peri-urban dairy systems included a diversity of exotic cattle, showing an uncoordinated quest of breeders for innovation. Without a public intervention, this dynamic will result in an irremediable erosion of indigenous animal genetic resources.

The Koundoum sheep breed in Niger: morpho-biometric study and description of the production system

The diffusion of highly productive breeds across developing countries goes along with a neglect of indigenous breeds, which are well suited to their environment but often show low yields. Thus, in Niger, the flock of Koundoum sheep are rapidly decreasing. The Koundoum is one of the few wool sheep breeds of Africa and shows important adaptive feature to its native environment, i.e. the humid pastures on the banks of the Niger River. To characterise the breed and to understand its production context, a survey has been conducted in 104 herds in four communes along the Niger River (Kollo, Tillabery, Say and Tera). Nine body measurements, including live weight, were taken on 180 adult sheep (101 females and 79 males). The herds varied from 2 to 60 heads, with a median size of eight animals and two thirds of the herds having less than 10 animals. Mainly fed on natural pastures, 85.6% of the herds received crop residues. Only natural mating was practiced. Veterinary care was restricted to anti-helminthic and some indigenous treatments. The frequent affiliation of breeders to professional unions appeared as favourable to the implementation of a collective conservation program. The Koundoum sheep were white or black coated, with the black colour being most frequent (75.6%). Wattles were present in both sexes at similar frequencies of around 14%. All biometric variables were significantly and positively correlated between them. The thoracic perimeter showed the best correlation with live weight in both males and females. Three variables were selected for live weight prediction: thoracic perimeter, height at withers and rump length. From the present study, it is expected that the in situ conservation of the Koundoum sheep will be highly problematic, due to lack of market opportunities for wool and the willingness of smallholders to get involved in pure Koundoum rearing.

Eficacia diagnostica del ácido láctico en liquido cefalorraquídeo en meningitis postclipaje de aneurisma cerebral y hemorragia subaracnoidea

La concentración de ácido láctico en LCR en pacientes con sospecha de meningitis postquirúrgica luego de clipaje de aneurisma cerebral y hemorragia subaracnoidea espontánea se midió prospectivamente por un período de tres años. Se analizaron un total de 32 muestras de líquido cefalorraquídeo, se midió la concentración de ácido láctico y se comparó con el cultivo de LCR. Los cultivos fueron positivos en cinco pacientes, con una prevalencia de infección del 15%. Se utilizó un valor umbral de ácido láctico de 4 mmol/L. y se encontró una sensibilidad del 80%, especificidad del 52%, VPP del 23%, VPN del 93%, y likelihood ratio (LHR) positivo de 1,66 con una probabilidad post test de 15% de la concentración del ácido láctico en el diagnóstico de meningitis postquirúrgica en pacientes con hemorragia subaracnoidea aneurismática. La concentración de ácido láctico en LCR tiene un desempeño limitado en el diagnóstico de meningitis postquirúrgica en pacientes con hemorragia subaracnoidea aneurismática.

Dinámicas de externalización entre las ONG locales y las ONG extranjeras (terceros actores) presentes en Egipto: 2004-2009 (TERCEROS ACTORES) PRESENTES EN EGIPTO: 2004-2009

El propósito de la presente monografía es evaluar el papel de las ONG internacionales en la apertura de espacios de participación política para la sociedad civil en Egipto. En ese sentido, se analiza el contexto de oportunidades políticas locales y transnacionales del país, así como los procesos de articulación entre la política local e internacional a través de los niveles de integración entre sus actores. Mediante una investigación de tipo cualitativa basada en los desarrollos sobre teorías de la acción colectiva planteados por Sidney Tarrow, Charles Tilly, Robert Benford y David Snow, y las teorías sobre redes transnacionales de defensa desarrolladas por Margaret Keck y Kathryn Sikkink, se avanza hacia la identificación del desarrollo de procesos de externalización como medio para el fortalecimiento de organizaciones locales como alternativa de oposición política.

Evaluation of the Larval Therapy in the Healing Process of Infected Wounds with Pseudomonas Aeruginosa in Rabbits

Introduction. During the last two decades the larval therapy has reemerged as a safe and reliable alternative for the healing of cutaneous ulcers that do not respond to the conventional treatments. Objective. To evaluate the use of the larvae of Lucilia sericata as a treatment for infected wounds with Pseudomonas aeruginosa in an animal model. Materials and methods. Twelve rabbits were randomly distributed in 3 groups: the first group was treated with larval therapy; the second was treated with antibiotics therapy and to the third no treatment was applied, therefore was established as a control group. To each animal a wound was artificially induced, and then a suspension of P. aeruginosa was inoculated into the lesion. Finally, every rabbit was evaluated until the infection development was recognized and treatment was set up for the first two groups according with the protocols mentioned above. Macroscopic evaluation of the wounds was based on the presence of edema, exudates, bad odor, inflammation around the wound and the presence of granulation tissue. The healing process was evaluated by monitoring histological changes in the dermal tissue. Results. Differences in the time required for wound healing were observed between the first group treated with larval therapy (10 days) and the second group treated with conventional antibiotics therapy (20 days). Conclusion. The L. sericata larva is and efficient tool as a therapy for infected wounds with P. aeruginosa.

Trouble Ahead: The Cocaleros of Peru

Este artículo es una versión reducida del original publicado en la Revista Current History, Vol. 105, No. 688, febrero, 2006, pp. 79-86. La revista Desafíos ha decidido publicar apartes por considerarlo de interés para la discusión sobre los efectos y resultados de la política de erradicación de cultivos ilícitos en Colombia. – This article is an abbreviated reproduction of the article published in the Current History Journal, Vol. 105, Nr. 688, Februrary, 2006, pp. 79-86. Desafíos Journal decided to publish parts of it due to the consideration of its interest for the discussion on consequences and results of the eradication policy of ilegal crops in Colombia.An anti-narcotics policy that ignores the social consequences of drug crops eradication only manages to further radicalize and isolate the population in areas in which lawlessness and potential terrorist activity thrive. It also strengthens the bond between disaffected social groups and guerrilla organizations in these areas. Washington cannot continue to be blind to the fact that the three current US policies on counterterrorism, anti-narcotics, and democratization in Peru and elsewhere in Latin America, are not working in harmony. Paradoxically, the eradication of drug crops —the core of Peru’s US-sponsored anti-narcotics policy— enlarges pockets of poverty and fuels anger against the government. It also perpetuates the proverbial quagmire of alienation in which terrorism breeds. Instead of strengthening the State, drug eradication, particularly in the way it is currently carried out in the Andean countries, increases the risk of State failure.-----El efecto de una política antinarcóticos que ignora las consecuencias de la erradicación de cultivos de coca es radicalizar y aislar aún más la población en aquellas zonas donde prosperan la anarquía y el terrorismo. Además, fortalece los lazos entre los descontentos sociales y los grupos guerrilleros en esas mismas áreas. Washington no puede seguir ciega al hecho de que las tres políticas actuales de Estados Unidos —antiterrorismo, antinarcóticos y democratización en el Perú y otras regiones en América Latina— no están funcionando armónicamente. Resulta paradójico que la erradicación de cultivos de coca -eje de la política antinarcóticos peruana respaldada por Estados Unidos- ensanche las bolsas de miseria y aliente la ira contra el gobierno, además de perpetuar los proverbiales miasmas de marginación en las que se engendra el terrorismo. En vez de fortalecer al Estado, la erradicación de cultivos de coca, tal y como se está llevando a cabo en los países andinos, incrementa las posibilidades de su fracaso.

El alcance del contagio ideológico del gobierno de Bush en la juventud bogotana.¿Resistir o Ceder? : Estudio sobre la influencia que ha tenido la política de guerra preventiva interpretada a través de la teoría neorrealista en el pensamiento de los estudiantes de Relaciones Internacionales y Ciencia Política en Bogotá

Se tiene como meta analizar, teniendo en cuenta el alcance global que alcanza la política de guerra preventiva, en qué medida un grupo social específico ha logrado recibir el impacto que fomenta la difusión de esta política.

Asociación entre degeneración macular relacionada con la edad y la hipertensión arterial Bogotá 2014

Estudio Casos y Controles 1:1 que busca la relación entre la DMRE e HTA. Se estudian otras variables. Muestra de 400 pacientes, edad promedio 66,9 años +/-9,2 años. HTA y DM OR 2,315 y OR 4,626. Oclusión vascular OR 13,549 (IC 95% 3,023-60,724).

Anàlisi microscòpica de l'esperma ejaculada i de la maduració epididimària dels espermatozoides de Sus domesticus

El present treball analitza la morfologia espermàtica de l'ejaculat de Sus domesticus, la histologia del conducte epididimari i la qualitat de l'esperma epididimari. El material d'estudi prové de mascles reproductors porcins de les races Landrace i Pietrain, sans i sexualment madurs. La metodologia emprada es basa en l'examen al microscopi òptic (camp dar, contrast de fases i contrast interferencial) i al microscopi electrònic (de rastreig i de transmissió). Per a l'anàlisi estadística de les dades s'ha utilitzat el test de la X2 de Pearson (p<0,01). L'estudi de la morfologia espermàtica de l'ejaculat permet distingir diversos tipus de gàmetes que s'han classificat en tres grups: espermatozoides madurs, espermatozoides immadurs i espermatozoides aberrants, així com algunes cèI.lules somàtiques. L'espermatozoide madur de Sus domesticus és un gàmeta típic de mamífer (format per tres parts: cap, peça de connexió i cua) en que destaquen: la forma oval i plana del cap, el desenvolupament d'una protuberància acrosòmica apical en una de les cares del cap i la presencia dels cossos laminars en la peça de connexió. L'espermatozoide immadur es caracteritza per la presencia de la gota citoplasmàtica, el major desenvolupament de la protuberància acrosòmica apical i per la flexibilitat del cap. Els espermatozoides aberrants es descriuen i classifiquen segons la morfologia externa i la morfologia interna, distingint-se una amplia gama de malformacions que afecten les diverses parts de l'espermatozoide. Les cèl·lules somàtiques presents en l'ejaculat ofereixen les característiques pròpies d'un macròfag i se les ha observat englobant espermatozoides immadurs. L'estudi de l'estructura i la ultraestructura de les tres regions anatòmiques de l'epidídim (caput, corpus i cauda) revela que: a) l'epiteli epididimari és pseudoestratificat amb esterocilis, b) cada regió epididimària presenta uns valors característics en relació al diàmetre intern del conducte, a l'alçada de l'epiteli, a la longitud dels esterocilis i al nombre de cèl·lules somàtiques luminals, i c) l'epiteli epididimari esta format per cinc tipus cel·lulars: les cèl·lules principals, les cèl·lules basals, les cèl·lules dares, les cèl·lules estretes i les cèl·lules basòfiles. Dels resultats obtinguts es pot deduir que: a) aquests cinc tipus cel·lulars es distribueixen al llarg del conducte epididimari de forma no homogènia, b) les cèl·lules basals, les cèl·lules principals, les cèI.Iules dares i les cèl·lules estretes són diversos estadis del desenvolupament d'un mateix tipus cel·lular especialitzat en la secreció i reabsorció cel·lular, i c) les cèl·lules basòfiles són les precursores de les cèl·lules somàtiques luminals. La qualitat de l'esperma procedent de les tres regions de l'epidídim ha estat analitzada a partir dels següents paràmetres espermàtics: vitalitat, resistència osmòtica dels acrosomes, estabilitat cefàlica, morfologia, malformacions i aglutinació. La vitalitat espermàtica disminueix progressivament al llarg del conducte epididimari. La resistència osmòtica dels acrosomes s'assoleix en la regió corporal de l'epidídim. L'estabilitat cefàlica dels espermatozoides és més elevada en les dues primeres regions de l'epidídim que en la regió caudal. Cada regió de l'epidídim es caracteritza per una morfologia espermàtica específica: a) el caput es caracteritza per l'elevat percentatge d'espermatozoides immadurs amb gota citoplasmàtica proximal, b) el corpus es caracteritza per l'elevat percentatge d'espermatozoides immadurs amb gota citoplasmàtica distal, i c) el cauda es caracteritza per l'elevat percentatge d'espermatozoides madurs. S'han estudiat les següents malformacions d'origen epididimari: espermatozoides de cua doblegada per l'anell de Jensen (origen en el cauda), espermatozoides de cua enrotllada i espermatozoides de cues fusionades (origen en el corpus). Els espermatozoides perden la capacitat de doblegar la cua per la peça intermèdia a mesura que avancen pel conducte epididimari. L'aglutinació espermàtica tendeix a augmentar progressivament al llarg del conducte epididimari, si bé, no s'han observat variacions significatives en els diversos tipus d'aglutinació. La maduració epididimaria dels espermatozoides de Sus domesticus és un procés lent i complex, i la qualitat de l'ejaculat depèn de que aquesta maduració hagi estat completa. La presencia en l'esperma ejaculat de formes gamètiques pròpies de l'esperma epididimari és un signe d'una incompleta maduració dels espermatozoides; i, pot considerar-se com un paràmetre indicador d'estrés del mascle reproductor, tant més quant més s'assembli a la morfologia espermàtica de la regió cefàlica de l'epidídim.

Estudo de incidência de hipertiroidismo felino

O Hipertiroidismo Felino é uma endocrinopatia emergente em felinos geriátricos nos últimos 20 anos. É caracterizada pela elevada produção de hormonas tiróideias, originando sinais clínicos multisistémicos por vezes inespecíficos, tornando o seu diagnóstico um desafio. O diagnóstico é estabelecido maioritariamente com base no aumento da concentração sérica de tiroxina (T4) total e no quadro clínico. O tratamento pode ser realizado através de três modalidades distintas, o maneio médico, a tiroidectomia e a radioterapia. A sua etiologia permanece desconhecida, sendo considerada actualmente uma doença multifactorial, com elevada incidência e prevalência em diversos Países, como EUA, Reino Unido e Alemanha. A sua incidência em Portugal é desconhecida. Actualmente os factores de risco mais preponderantes são a idade geriátrica, e o contacto com químicos goitrogénicos presentes no alimento ou no ambiente. A raça europeu comum apresenta maior predisposição para o desenvolvimento da doença, as raças Himalaia e Siâmes apresentam menor risco. O presente estudo foi realizado com os objectivos de determinar a incidência de hipertiroidismo felino na região de Aveiro entre Outubro de 2010 e Janeiro de 2012 e os seus potenciais factores de risco. A incidência de hipertiroidismo em animais com idade ≥ 8 anos foi 7,69% e 9,84% em animais com idade ≥ 10 anos. Gatos mais geriátricos, assim como animais do sexo masculino apresentam maior predisposição ao desenvolvimento da doença.

Contribuição para o estudo do linfoma no cão em Portugal : análise da casuística em dois centros de referência

O linfoma é um grupo heterogéneo de neoplasias que apresentam morfologia variável e apresentações clínicas diversas, exigindo diferentes abordagens diagnósticas e terapêuticas. O prognóstico difere bastante entre os canídeos afectados. A presente dissertação refere-se a um estudo retrospectivo (2008-2012), de 50 canídeos com linfoma, com o objectivo de comparar os resultados obtidos com a bibliografia publicada, determinando ainda o impacto do imunofenótipo (B ou T) na sobrevida de cães com linfoma. Foi registado o mesmo número de machos e fêmeas e as raças mais frequentes foram o Boxer, Rottweiller e Cocker Spaniel. O diagnóstico da doença foi realizado maioritariamente por histopatologia de linfonodo (56%), revelando 84% de linfomas da forma multicêntrica. Quando determinado, o imunofenótipo mais frequente foi o de células B (69%). A maioria dos canídeos estava em estadios avançados da doença (III-V) (98%) no momento do diagnóstico, revelando 54% dos casos sub-estadio "b" segundo a OMS. O tratamento quimioterápico mais utilizado foi o protocolo CHOP (n=26) seguido do COP (n=9). A toxicidade hematológica e gastrointestinal secundárias à quimioterapia estiveram em igual número (22% cada), não se observando efeitos adversos em 56% dos cães com linfoma. Por último, o tempo médio de sobrevivência registado foi de 393 dias. Não foi encontrada uma relação estatísticamente significativa entre as variáveis (raça, sub-estadio e sexo) e o imunofenótipo de linfoma, sendo os tempos médios de sobrevivência de linfomas T e B semelhantes, 388 e 463 dias, respectivamente. No nosso caso, as principais diferenças encontradas, relativamente à bibliografia publicada, foram uma quantidade elevada de pacientes em sub-estadio "b" e os tempos médios de sobrevivência semelhantes para os diferentes imunofenótipos.

Esplenopatias cirúrgicas em cães, estudo retrospetivo num hospital de referência na área da Grande Lisboa

As esplenopatias são doenças comuns em canídeos que tanto podem estar associadas com doenças benignas com excelente prognóstico, como doenças com alto grau de malignidade com elevada taxa de mortalidade. O objetivo do presente trabalho foi caracterizar a população de canídeos esplenectomizados num hospital de referência na área da grande Lisboa. A população foi constituída por 73 indivíduos da espécie Canis familiaris sujeitos a esplenectomia total ou parcial. A população foi analisada e distribuída segundo vários parâmetros, como o a raça, o sexo, a idade, o diagnóstico pré-cirúrgico, o diagnóstico histopatológico, o hematócrito pré cirúrgico e por fim a sobrevida. Da análise total de canídeos, observou-se que, a maioria dos canídeos esplenectomizados eram do género masculino, de raça indeterminada e com uma média de 10 anos de idade. Constatou-se que cerca de metade dos canídeos esplenectomizados sobreviveram após um ano da cirurgia e que o diagnóstico histopatológico mais comum foi o hemangiossarcoma, seguido do hematoma esplénico. Através dos testes estatísticos conclui-se que o hematócrito não apresenta qualquer relação com a sobrevida dos animais, embora possa estar relacionado com o diagnóstico histopatológico. Este estudo visou ainda uma caracterização detalhada dos canídeos diagnosticados com hemangiossarcoma. Os animais mais afectados nesta amostra, eram do género masculino com 9anos de idade e eram da raça Boxer e Labrador. Confirmou-se ainda que esta é uma doença com mau prognóstico, apresentando uma taxa de mortalidade de 80%.

Seroprevalência de border disease em Pequenos ruminantes na região do Baixo Alentejo

A “Border Disease” é uma doença infecciosa causada por um pestivírus que afecta maioritariamente pequenos ruminantes, causando problemas reprodutivos, alterações congénitas e animais persistentemente infectados. Não existem registos da seroprevalência desta patologia em Portugal. O objectivo deste trabalho foi estudar a seroprevalência de “Border Disease” em explorações de pequenos ruminantes na região do Baixo Alentejo e relacioná-la com a raça dos animais, dimensão do efectivo, coabitação com bovinos e localização da exploração. Em 197 animais, observaram-se 10 seropositivos que correspondem a uma seroprevalência de 5%. Em 29 explorações observaram-se 6 positivas nas quais, havia pelo menos um animal seropositivo, que corresponde a 20,6 % das explorações. Não foi observada relação significativa da prevalência nas explorações com as raças dos animais, a dimensão do efectivo e a sua localização geográfica. Existe maior probabilidade de casos seropositivos de “Border Disease” em pequenos ruminantes que coabitem com bovinos. A seroprevalência de “Border Disease” é baixa na região do Baixo Alentejo. Mais estudos devem ser efectuados de forma a identificar a estirpe do vírus “Border Disease” (BDV) presente nesta região, a verificar se a seroconversão poderá ter origem no contacto com o vírus da diarreia viral bovina (BVDV) e estudar o impacto desta doença na produção de pequenos ruminantes no Baixo Alentejo.

Otite externa canina : estudo preliminar sobre a otalgia e factores associados

A Otite externa é uma doença de grande importância na clínica de pequenos animais, não só pelo facto da alta percentagem de casos mas também pelo insucesso do tratamento ou má abordagem diagnóstica e/ou terapêutica. Os objectivos deste estudo foram explorar aspectos intrínsecos à otite externa e a forma como estes interferem no desenvolvimento da mesma; revelar a importância de um bom exame otológico, bem como a realização de citologias auriculares associadas ao mesmo; estudar e compreender otalgia canina. Este estudo foi realizado no período de 25 de Maio a 29 de Fevereiro de 2011 em duas instituições Médico veterinárias, nas quais foram observados e analisados estatisticamente 30 cães, com otite externa uni ou bilateral. Todo a amostragem deste estudo foi sujeita ao exame otológico, que compreende uma história pregressa, exame ortoscópico, citológico e exame de presença de dor auricular. As raças puras, bem como animais com orelhas pendentes foram mais afectados pela otite externa. Os casos agudos de otite foram mais observados que em relação à situação contrária. A presença de lesões na abertura do canal auricular foi associada à presença de otite externa, bem como a presença de pêlos no interior do mesmo. Otites infecciosas detiveram a maioria dos casos, assim como a presença de Malassezia spp. O conteúdo purulento foi sempre associado à presença de agentes infecciosos. O teste “pressão no tragus” foi invariavelmente mais associado a otalgia canina nos vários parâmetros efectuados.