741 resultados para Prédiction de cibles de microARN
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Cette étude examine l'effet de la révision du chapitre 3480 du Manuel de l'I.C.C.A. relatif aux éléments extraordinaires sur la valeur prédictive du bénéfice avant éléments extraordinaires. Le choix du critère de la valeur prédictive repose sur le fait que l'I.C.C.A. reconnaît qu'il s'agit ici d'une caractéristique essentielle à l'obtention d'une information comptable utile. Ainsi, le resserrement de la définition des éléments extraordinaires par l'ajout d'un troisième critère a contribué à une réduction du nombre de ces éléments dans les états financiers des entreprises canadiennes. En effet, la description de l'échantillon a montré que plusieurs catégories d'éléments extraordinaires considérées avant la révision de la norme canadienne dans la partie non courante de l'état des résultats sont déplacées, par l'effet de la révision, à la partie courante de cet état. L'examen des éléments inhabituels après la révision a permis de retrouver la majorité des éléments qui auraient pus être qualifiés d'extraordinaires si on avait appliqué l'ancienne définition. Les éléments qui ne satisfont pas les trois critères sont, en fait, considérés dans le calcul du bénéfice mais sont maintenant présentés dans la partie courante de l'état des résultats. Le bénéfice avant éléments extraordinaires incluera dorénavant un plus grand nombre d'éléments non récurrents. Par conséquent, il est possible que l'ajout du troisième critère à la définition des éléments extraordinaires entraine une diminution de la valeur prédictive du bénéfice avant éléments extraordinaires. La période d'analyse s'étale sur les six années qui entourent la révision, soit trois ans avant la révision (1987, 1988 et 1989) et trois ans après la révision (1990, 1991 et 1992). Le modèle auto régressif de premier ordre a été retenu pour la prédiction des bénéfices par action avant éléments extraordinaires de chaque période. Les résultats obtenus suggèrent que la valeur prédictive du bénéfice par action avant éléments extraordinaires a diminué à la suite de la révision du chapitre 3480 du Manuel. Il ressort de cette étude que les débats sur la manière dont les éléments extraordinaires devraient être définis et présentés dans les états des résultats des entreprises canadiennes ne sont pas résolus par cette révision.
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Au Canada, en 2015, il était estimé que 78 000 personnes allaient mourir d’un cancer, représentant 30 % de tous les décès et faisant de celui-ci la première cause de mortalité. De plus, 196 900 nouveaux cas de cancers seraient découverts au cours de cette même année (Canadian Cancer Society’s Advisory Committee on Cancer Statistics. Canadian Cancer Statistics 2015. Toronto, ON : Canadian Cancer Society; 2015). L’intégrité du génome est chaque jour menacée par des conditions environnementales qui endommagent l’ADN (ultraviolets, produits chimiques divers, etc.). Parmi les différents types de lésions, l’un des plus délétères et pouvant mener au cancer est la cassure double-brin (CDB). Celle-ci peut être réparée suivant deux mécanismes majeurs : la jonction des extrémités non homologues (Non-Homologous End-Joining ou NHEJ) ou la Recombinaison Homologue (RH). Cette dernière, prépondérante pendant les phases S/G2, consiste en la réparation d’une CDB grâce à l’utilisation d’une chromatide soeur comme modèle, permettant une réparation fidèle du dommage. La RH est sous la dépendance de diverses protéines, dont RAD51, PALB2 et BRCA2. Ces deux dernières sont connues pour être mutées dans les cancers du sein et des ovaires. Ainsi, la compréhension de l’implication de chaque acteur dans la RH est un objectif fondamental dans la lutte contre le cancer et constitue l’objectif général de cette thèse. En 2012, une étude a montré qu’une nouvelle protéine, APRIN (Androgen-induced PRoliferation INhibitor), appartenant au complexe cohésine, interagissait avec BRCA2 et jouait un rôle dans la RH. Les rôles précis d’APRIN dans ce mécanisme restaient toutefois à être définis. Le projet principal de cette thèse repose sur la caractérisation fonctionnelle d’APRIN dans la réparation par RH. Nous révélons qu’APRIN aurait un rôle spécifique et indépendant de celui de la cohésine dans la RH, et pourrait agir à diverses étapes cruciales de ce mécanisme. De plus, nos données montrent que le niveau d’expression d’APRIN pourrait être un marqueur de prédiction dans le cancer ovarien. Étant donné qu’APRIN interagit aussi avec PALB2, autre partenaire essentiel de BRCA2, nous avons également étudié et caractérisé les fonctions de divers mutants de PALB2. Nous faisons ainsi la découverte inattendue d’un nouveau phénotype induit par une troncation de cette protéine associée à certains cancers agressifs. Ainsi, cette thèse apporte des informations supplémentaires et indispensables à la compréhension de la réparation de l’ADN par RH et de la survenue de certains cancers.
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Dans ce projet de recherche, le dépôt des couches minces de carbone amorphe (généralement connu sous le nom de DLC pour Diamond-Like Carbon en anglais) par un procédé de dépôt chimique en phase vapeur assisté par plasma (ou PECVD pour Plasma Enhanced Chemical Vapor deposition en anglais) a été étudié en utilisant la Spectroscopie d’Émission Optique (OES) et l’analyse partielle par régression des moindres carrés (PLSR). L’objectif de ce mémoire est d’établir un modèle statistique pour prévoir les propriétés des revêtements DLC selon les paramètres du procédé de déposition ou selon les données acquises par OES. Deux séries d’analyse PLSR ont été réalisées. La première examine la corrélation entre les paramètres du procédé et les caractéristiques du plasma pour obtenir une meilleure compréhension du processus de dépôt. La deuxième série montre le potentiel de la technique d’OES comme outil de surveillance du procédé et de prédiction des propriétés de la couche déposée. Les résultats montrent que la prédiction des propriétés des revêtements DLC qui était possible jusqu’à maintenant en se basant sur les paramètres du procédé (la pression, la puissance, et le mode du plasma), serait envisageable désormais grâce aux informations obtenues par OES du plasma (particulièrement les indices qui sont reliées aux concentrations des espèces dans le plasma). En effet, les données obtenues par OES peuvent être utilisées pour surveiller directement le processus de dépôt plutôt que faire une étude complète de l’effet des paramètres du processus, ceux-ci étant strictement reliés au réacteur plasma et étant variables d’un laboratoire à l’autre. La perspective de l’application d’un modèle PLSR intégrant les données de l’OES est aussi démontrée dans cette recherche afin d’élaborer et surveiller un dépôt avec une structure graduelle.
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Les charpentes en bois doivent inévitablement inclure des assemblages pouvant transférer les charges entre les éléments de façon adéquate pour assurer l’intégrité de la structure. Les assemblages sont une partie critique des structures en bois puisque dans la plupart des cas, ce sont ceux-ci qui permettent de dissiper l’énergie et d’obtenir un mode de rupture ductile sous les charges sismiques. Ce mode de rupture est préférable, puisqu’il donne lieu à une grande déformation avant effondrement, permettant ainsi une évacuation des occupants en toute sécurité lors de tremblement de terre. Les assemblages à petits diamètres tels que les clous, les rivets et les vis sont fréquemment utilisés dans les constructions en bois et on suppose qu’ils amènent une rupture ductile bien qu’il soit impossible pour les concepteurs de prédire exactement le mode de rupture à l’aide de la méthode de calcul actuelle. De plus, les rivets ont une application très limitée dû au fait que la méthode de calcul utilisée actuellement s’applique à des configurations, essences et types de produits de bois très spécifiques. L’objectif de ce projet est d’évaluer une nouvelle méthode de calcul proposée par des chercheurs de Nouvelle-Zélande, Zarnani et Quenneville, pour les assemblages à rivets, mais adaptable pour les assemblages de bois à attaches de petits diamètres. Elle permet au concepteur de déterminer avec précision le mode de rupture des assemblages de différentes configurations avec différents produits de bois. Plus de 70 essais sur les assemblages à rivets et à clous résistants à des charges variant de 40kN à 800kN ont été effectués dans le cadre de ce projet de recherche afin de valider l’utilisation de cette méthode avec le produit du bois lamellé-collé canadien Nordic Lam et la comparer avec celle présentement utilisée au Canada. Les modes de rupture ductile, fragile et mixte ont été prévus avec l’emphase sur le mode fragile puisque c’est celui-ci qui est le plus variable et le moins étudié. Les assemblages en bois lamellé-collé Nordic Lam étaient cloués ou rivetés selon différentes configurations variant de 18 à 128 clous ou rivets. Les résultats démontrent une bonne prédiction de la résistance et des modes de rupture des assemblages à clous et à rivets. Pour quelques configurations des assemblages à rivets, les prédictions de la nouvelle méthode sont plus élevées qu’avec la méthode actuelle. Les assemblages à clous ont démontré des ruptures de la tige de clous au niveau du plan de cisaillement lors de tous les essais effectués, ce qui ne correspond pas à un mode ductile ou fragile prévue par la méthode de calcul.
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Cette étude s'inscrit dans le cadre d'une recherche universitaire dans le domaine de l'éducation. Le but ciblé par celle-ci est d'évaluer l'impact ou l'effet d'un programme d'intervention sur les jeunes décrocheurs. Le programme d'intervention choisit est un programme gouvernemental fédéral, intitulé "Atelier d'orientation au travail (A.O.T.)". Il fait partie des programmes Défi et est parrainé par le ministère de l'Emploi et Immigration Canada, sous le département du développement de l'emploi. Le programme A.C.T a vu le jour en 1985 et a donc à son actif quatre ans d'opérations. Le principal objectif de ce programme est de prévenir l'abandon scolaire au secondaire. La présente recherche vise à fournir un éclairage particulier de l'impact ou effet qu'a ce programme sur la perception que se fait un jeune de son intérêt et de sa motivation à fréquenter l'école. À cet égard, certains étudiants du deuxième cycle du secondaire ont étés sondés à deux reprises par l'entremise du test de perception appelé; "Prédiction d'abandon scolaire (P.A.S.)". Ils ont passé ce test avant et après l'expérimentation du programme d'intervention A.O.T. Le test P.A.S. donne un indice sur la prédisposition d'abandon scolaire en sondant trois sections distinctes de la vie du jeune. La première partie permet de recueillir des informations sur le vécu du jeune à l'école, la deuxième sur l'aspect personnel et la troisième sur ce qui a trait à sa famille. […]
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L'approche coopérative ayant été définie comme celle favorisant la concertation des partenaires dans la poursuite de cibles communes, la reconnaissance mutuelle du champ de compétence par rapport aux objectifs poursuivis ainsi qu'un équilibre du pouvoir, chacun exerçant une influence sur son partenaire, selon son champ de compétence, nous sommes appelé à nous poser plusieurs questions auxquelles il serait utile de répondre au cours de cette recherche. 1. Quels sont les différents modèles en relation d'aide qui ont marqué et influencé les différents intervenants en relation d'aide, plus particulièrement les animateurs et les animatrices de stages au B.E.P.P.? 2. Quelles sont les caractéristiques et les particularités du modèle de relation d'aide coopérative ainsi que les facteurs de coopération qui y sont rattachés? 3. Quelles sont les principales composantes de la pratique professionnelle en animation de stages et en quoi privilégient-elles dans leur fonctionnement les valeurs rattachées à la coopération? 4. La présence des facteurs de coopération dans la pratique professionnelle de l'animateur et de l'animatrice de stages engendre-t-elle un niveau de satisfaction élevé chez les stagiaires vivant une relation coopérative avec leur animateur ou animatrice de stages? 5. Subséquemment, ces dits facteurs de coopération introduits dans la pratique professionnelle de l'animateur et de l'animatrice de stages favorisent-ils l'atteinte des objectifs de formation du stagiaire? 6. Quels sont les facteurs de coopération les plus perceptibles et les plus définis dans une pratique professionnelle de type coopératif en animation de stages et pouvant engendrer la satisfaction des stagiaires et faciliter l'atteinte de leurs objectifs de formation?
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But: Le diabète est un problème important de santé publique et la complication oculaire la plus commune est la rétinopathie diabétique (RD). Certaines études indiquent que la choroïde des patients diabétiques est affectée sans signe apparent de RD. Notre hypothèse est que l’élévation du stress oxydant liée à l’hyperglycémie chronique affecte la fonction choroïdienne à un stade précoce de la RD. Nous proposons d’étudier la glycolyse, le métabolisme mitochondrial, le stress nitrosatif et la méthylation de l’ADN ainsi que de caractériser les modifications histologiques dans la choroïde diabétique. Méthodes: L’expression des gènes/protéines associés à la glycolyse, au métabolisme mitochondrial et à la production de l’oxyde nitrique a été comparée par profilage génique et immunobuvardage Western entre les choroïdes saines et diabétiques. Les niveaux globaux de méthylation et d’hydroxyméthylation de l’ADN ont été quantifiés par immunoslot blot et HPLC-MS/MS dans ces tissus. Enfin, des coupes tissulaires d’yeux de donneurs sains ou diabétiques avec RD non proliférante (RDNP) ou proliférante (RDP) ont été colorées au trichrome de Masson et au Weigert. L’épaisseur de la choroïde et de la membrane de Bruch, ainsi que la densité et le diamètre des vaisseaux sanguins choroïdiens ont été analysés. Résultats: Nos résultats montrent une dérégulation de l’expression de certains transcrits de la choroïde diabétique, mais peu de différences au niveau de l’expression protéique des cibles validées. Le niveau global de méthylation de l’ADN est similaire entre les donneurs sains et diabétiques. Nos analyses histologiques démontrent une diminution de l’épaisseur de la choroïde et une dégénérescence des choriocapillaires et des veines/veinules chez les donneurs diabétiques atteints de RDP. Conclusions: L’étude de la choroïde est importante, car l’atteinte de ce tissu a de graves répercussions sur la fonction rétinienne. L’identification de cibles dans la choroïde ouvre de nouvelles perspectives pour un traitement préventif de la RD.
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Introduction: En 2015, 65 pays avaient des programmes de vaccination contre les VPH. La modélisation mathématique a joué un rôle crucial dans leur implantation. Objectifs: Nous avons réalisé une revue systématique et analysé les prédictions de modèles mathématiques de l’efficacité populationnelle de la vaccination sur la prévalence des VPH-16/18/6/11 chez les femmes et les hommes, afin d’évaluer la robustesse/variabilité des prédictions concernant l’immunité de groupe, le bénéfice ajouté par la vaccination des garçons et l’élimination potentielle des VPH-16/18/6/11. Méthodes: Nous avons cherché dans Medline/Embase afin d’identifier les modèles dynamiques simulant l’impact populationnel de la vaccination sur les infections par les VPH-16/18/6/11 chez les femmes et les hommes. Les équipes participantes ont réalisé des prédictions pour 19 simulations standardisées. Nous avons calculé la réduction relative de la prévalence (RRprev) 70 ans après l’introduction de la vaccination. Les résultats présentés correspondent à la médiane(10ème;90èmeperccentiles) des prédictions. Les cibles de la vaccination étaient les filles seulement ou les filles & garçons. Résultats: 16/19 équipes éligibles ont transmis leurs prédictions. Lorsque 40% des filles sont vaccinées, la RRprev du VPH-16 est 53%(46%;68%) chez les femmes et 36%(28%;61%) chez les hommes. Lorsque 80% des filles sont vaccinées, la RRprev est 93%(90%;100%) chez les femmes et 83%(75%;100%) chez les hommes. Vacciner aussi les garçons augmente la RRprev de 18%(13%;32%) chez les femmes et 35%(27%;39%) chez les hommes à 40% de couverture, et 7%(0%;10%) et 16%(1%;25%) à 80% de couverture. Les RRprev étaient plus élevées pour les VPH-18/6/11 (vs. VPH-16). Si 80% des filles & garçons sont vaccinés, les VPH-16/18/6/11 pourraient être éliminés. Interprétation: Même si les modèles diffèrent entre eux, les prédictions s’accordent sur: 1)immunité de groupe élevée même à basse couverture, 2)RRprev supérieures pour les VPH-18/6/11 (vs. VPH-16), 3)augmenter la couverture chez les filles a un meilleur impact qu’ajouter les garçons, 4)vacciner 80% des filles & garçons pourraient éliminer les VPH-16/18/6/11.
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Cette recherche observationnelle de type longitudinal porte sur l'étude de la stabilité du style interactif des garçons réputés agressifs. Elle vise à décrire les styles interactifs. L'agression, la prosocialité, la dominante sociale sont étudiées. Les styles interactifs basés sur les mesures observationnelles sont comparés aux styles interactifs créés à partir des questionnaires d'évaluation des comportements sociaux (QECS) remplis par les enseignantes et les enseignants. L'influence de l'âge, du type d'activité et des caractéristiques des groupes de pairs est examinée au regard de l'expression des conduites. Douze garçons réputés agressifs ont participé à l'âge de 9 ans, 1 1 ans et 15 ans à des activités de groupe avec 31 garçons réputés agressifs et 17 garçons non agressifs. Les séances d'activité ont été filmées afin de permettre l'observation différée. La technique d'observation dite par centration focale est privilégiée. Les résultats portant sur les mesures observationnelles indiquent que les garçons présentent des styles très diversifiés. L'examen des composantes indique qu'il y a beaucoup de variabilité selon les facteurs temporel et situationnel. Les sujets-cibles émettent plus de prosocialité que toutes autres conduites. Les analyses mettent en évidence un effet significatif d'activité. Les garçons manifestent plus de prosocialité et de dominance prosociale à la collation alors qu'ils émettent plus de conduites liées à la dominance sociale lors du casse-tête. L'âge tend à avoir une certaine influence. Les garçons manifestent plus de prosocialité et de dominance sociale à l'âge de 9 ans qu'à l’âge de 11 ans. Les analyses portant sur le jugement des enseignantes et des enseignants lors d'évaluation en milieu scolaire révèlent qu'il y a peu de concordance d'un point d'évaluation à l'autre au point de vue de la prosocialité et de l'agression. De même, il existe peu de concordance entre le jugement des enseignantes et des enseignants versus les mesures observationnelles. Les enseignantes et les enseignants sur-évaluent les conduites d'agression et sous-évaluent les conduites prosociales plus souvent que ne le font les observatrices. En milieu scolaire, les enseignantes et les enseignants jugent qu'avec le temps, les garçons présentent significativement moins d'agression tandis que les conduites prosociales demeurent peu élevées tout au long de l'étude. Un regard critique est porté sur le Questionnaire d'évaluation des comportements sociaux. Les analyses portant sur le phénomène de similarité et de dissimilarité révèlent un phénomène de similarité entre les sujets et leur groupe d'activité à l'âge de neuf ans et à l'âge de 11 ans. À l'âge de 15 ans, les sujets émettent significativement moins de conduites d'agression que leur groupe d'activité, en fait, ils n'en émettent pas. Cependant, ils émettent autant de prosocialité, de dominance sociale et de dominance prosociale. Dans l'ensemble, les analyses révèlent que le style interactif des garçons réputés agressifs présenterait une certaine plasticité. Ces garçons auraient donc une capacité de s'adapter selon les situations et les caractéristiques des groupes de pairs. Un échantillon plus grand de sujets permettrait d'effectuer des analyses par catégorisation.
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L'implantation d'un changement du programme d'étude de techniques de bureau dans les collèges du Québec fait l'objet de la présente recherche. Les changements entraînés par cette révision sont majeurs. Nous avons donc voulu savoir quels sont les motifs que ces professionnels de l'enseignement, à la suite de cette expérience d'implantation, identifient commune étant des stimuli pouvant susciter, dans le cadre d'une tâche reliée â la gestion de programme, un engagement de leur part pour s'approprier un nouveau programme. Après recension des écrits axée sur la définition des concepts de changement en éducation, enseigner, motivation, implication et satisfaction au travail, nous avons étudié le modèle de gestion de programme de Young et celui de Vroom portant sur la prédiction du comportement motivé dont nous nous sommes servis dans l'élaboration du devis de recherche. Nous nous sommes arrêtés à l'impact et aux effets du changement sur la vie professionnelle de l'enseignant en regard de conditions favorables et d'intérêt de celui-ci pour le changement, pour finalement nous attarder au rôle que peuvent jouer les stimuli et les systèmes de stimuli dans l'implantation d'un changement. Le présent rapport analyse les résultats d'un questionnaire distribué à 105 enseignantes d'expérience de techniques de bureau de la province de Québec qui travaillent dans le réseau au moins depuis 1983 et qui ont donc dispensé l'enseignement de l'ancien et du nouveau programme. La cueillette des incitatifs nous a permis de cerner quelques paramètres devant servir à développer une banque de stimuli dans le cadre de l'enseignement collégial de TUB. Cette démarche veut aborder la question de l'impact du changement sous l'angle des facteurs mobilisateurs qui se rattachent à une approche humaniste de la gestion des ressources humaines et prendre en considération les éléments qui touchent et mobilisent le professionnel dans la continuité d'une expérience de changement.
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Les antigènes testiculaires du cancer sont des cibles idéales pour l’immunothérapie du cancer car ce sont des protéines immunogéniques dont l’expression est restreinte aux cellules germinales et au cancer. Le but de cette étude est d’évaluer le potentiel de MAGE-A11, un antigène testiculaire du cancer, comme cible pour développer un vaccin contre le cancer de la prostate. Pour ce faire, l’anticorps monoclonal 5C4 qui a la capacité de reconnaître la présence de MAGE-A11 dans les tissus fixés et inclus en paraffine a été produit. De plus, l’expression de MAGE-A11 a été analysée sur plusieurs lignées de cellules cancéreuses. Il a été démontré que MAGE-A11 est exprimé dans plusieurs types de cancers notamment dans le cancer du côlon et du cerveau. Finalement, nous avons identifié trois épitopes du CMH classe II HLA-DR1 dans la protéine MAGE-A11 confirmant ainsi l’immunogénicité de cet antigène et son potentiel comme cible pour l’immunothérapie du cancer.
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Différents courants théoriques, principalement les courants collaboratifs et égocentriques, ont été élaborés pour expliquer l’adaptation de la production verbale lors d’une interaction avec une autre personne. Toutefois, ces courants s’opposent concernant la considération des besoins réels de l’interlocuteur dans la planification initiale des productions verbales. Ce mémoire comprend deux expérimentations réalisées sous un même devis expérimental. Une tâche a été développée pour départager différents types d’adaptation et sources d’information possibles. Les résultats suggèrent que généralement, les personnes produisent de l’information qu’elles-mêmes connaissent et rajoutent de l’information dans un deuxième temps, lorsque nécessaire. Toutefois, lorsqu’elles rencontrent une personne aux connaissances atypiquement restreintes, elles peuvent prendre en considération le vrai niveau de connaissance et produire les informations les plus utiles. Les résultats suggèrent donc que les personnes sont collaboratives pour produire leurs expressions référentielles et qu’elles s’ajustent au réel niveau de connaissances tôt dans l’interaction, lorsqu’elles peuvent utiliser une heuristique de connaissances prototypiques. Avec un interlocuteur aux connaissances atypiquement restreintes, elles produisent cependant des références ciblées, mais spécifiquement lorsqu’il est rencontré avant un interlocuteur prototypique.
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Au Mali, le monde rural est un système complexe dont le développement implique son appréhension dans sa complexité. Cependant, la réalité malienne montre un manque de formation, d'organisation et une exploitation irrationnelle des ressources entravant les efforts du développement. Dans cette situation, il est difficile au crédit rural de jouer son rôle dans le développement. Les paysans du Mali, et plus précisément ceux dans la zone Office de la Haute Vallée du Niger (OHVN), tirent annuellement de leurs cultures, des revenus assez faibles. Malheureusement ces sommes ne restent pas dans le secteur rural pour faciliter la promotion de l'agriculture. Elles sont, pour la plupart, utilisées pour payer les arriérés de crédit. Ainsi, au cours d'un stage que nous avons eu à effectuer à Bancoumana (un secteur tabacole encadré par l'Office), il a été constaté que les paysans sont confrontés à plusieurs problèmes, qu'ils soient d'origine économique, sociologique ou autre. Entre autres problèmes: la faiblesse des revenus d'où incapacité d'investir et d'épargner; - l'insuffisance de sensibilisation sur le crédit rural; - l'insuffisance de formation en gestion et organisation. Dans cette problématique, nous soulevons des points d'ordre économique et social. En fait, dans la politique de crédit pratiquée par de nombreux organismes de développement (expérience vécue en Madagascar), on ne tient pas compte des habitudes et de la tradition en matière de crédit. Les politiques de crédit restent incomprises et inappliquées par les paysans. L'élaboration de ces politiques ne s'appuie pas solidement sur le vécu des participants et des bénéficiaires-cibles, encore moins sur les valeurs. En se basant sur nos investigations antérieures, nous avons jugé nécessaire de voir comment évolue la politique de crédit dans la zone de l'Office de la Haute Vallée du Niger. La présente étude a pour but de comprendre le fonctionnement du crédit rural dans notre zone d'étude, à l'aide d'une analyse descriptive. Nous proposons des recommandations et des suggestions s'il y a lieu.
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L’irinotécan est un agent de chimiothérapie largement utilisé pour le traitement de tumeurs solides, particulièrement pour le cancer colorectal métastatique (mCRC). Fréquemment, le traitement par l’irinotécan conduit à la neutropénie et la diarrhée, des effets secondaires sévères qui peuvent limiter la poursuite du traitement et la qualité de vie des patients. Plusieurs études pharmacogénomiques ont évalué les risques associés à la chimiothérapie à base d’irinotécan, en particulier en lien avec le gène UGT1A, alors que peu d’études ont examiné l’impact des gènes codant pour des transporteurs. Par exemple, le marqueur UGT1A1*28 a été associé à une augmentation de 2 fois du risque de neutropénie, mais ce marqueur ne permet pas de prédire la toxicité gastrointestinale ou l’issue clinique. L’objectif de cette étude était de découvrir de nouveaux marqueurs génétiques associés au risque de toxicité induite par l’irinotécan, en utilisant une stratégie d’haplotype/SNP-étiquette permettant de maximiser la couverture des loci génétiques ciblés. Nous avons analysé les associations génétiques des loci UGT1 et sept gènes codants pour des transporteurs ABC impliqués dans la pharmacocinétique de l’irinotécan, soient ABCB1, ABCC1, ABCC2, ABCC5, ABCG1, ABCG2 ainsi que SLCO1B1. Les profils de 167 patients canadiens atteints de mCRC sous traitement FOLFIRI (à base d’irinotécan) ont été examinés et les marqueurs significatifs ont par la suite été validés dans une cohorte indépendante de 250 patients italiens. Nous avons découvert dans la région intergénique en aval du gène UGT1, un nouveau marqueur (rs11563250G) associé à un moindre risque de neutropénie sévère (rapport des cotes (RC)=0.21; p=0.043 chez les canadiens, RC=0.27; p=0.036 chez les italiens, et RC=0.31 p=0.001 pour les deux cohortes combinées). De plus, le RC est demeuré significatif après correction pour multiples comparaisons (p=0.041). Par ailleurs, pour l’haplotype défini par les marqueurs rs11563250G et UGT1A1*1 (rs8175347 TA6), le RC était de 0.17 (p=0.0004). Un test génétique évaluant ces marqueurs permettrait d’identifier les patients susceptibles de bénéficier d’une augmentation de dose d’irinotécan. En revanche, une autre combinaison de marqueurs, ABCC5 rs3749438 et rs10937158 (T–C), a prédit un risque plus faible de diarrhée sévère dans les deux cohortes (RC = 0.43; p=0.001). La coexistence des marqueurs ABCG1 rs225440T et ABCC5 rs2292997A a prédit un risque accru de neutropénie (RC=5.93; p=0.0002), alors qu’une prédiction encore plus significative a été obtenue lorsque ces marqueurs sont combinés au marqueur de risque bien établi UGT1A1*28 rs8175347 (RC=7.68; p<0.0001). Enfin, les porteurs de l’allèle de protection UGT1 rs11563250G en absence d’allèles de risque, ont montré une incidence réduite de neutropénie sévère (8.2% vs. 34.0%; p<0.0001). Nous concluons que ces nouveaux marqueurs génétiques prédictifs pourraient permettre d’améliorer l’évaluation du risque de toxicité et personnaliser le traitement à base d’irinotécan pour les patients atteints du cancer colorectal métastatique.
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Les protéines existent sous différents états fonctionnels régulés de façon précise par leur environnement afin de maintenir l‘homéostasie de la cellule et de l‘organisme vivant. La prévalence de ces états protéiques est dictée par leur énergie libre de Gibbs alors que la vitesse de transition entre ces états biologiquement pertinents est déterminée par le paysage d‘énergie libre. Ces paramètres sont particulièrement intéressants dans un contexte thérapeutique et biotechnologique, où leur perturbation par la modulation de la séquence protéique par des mutations affecte leur fonction. Bien que des nouvelles approches expérimentales permettent d‘étudier l‘effet de mutations en haut débit pour une protéine, ces méthodes sont laborieuses et ne couvrent qu‘une fraction de l‘ensemble des structures primaires d‘intérêt. L‘utilisation de modèles bio-informatiques permet de tester et générer in silico différentes hypothèses afin d‘orienter les approches expérimentales. Cependant, ces méthodes basées sur la structure se concentrent principalement sur la prédiction de l‘enthalpie d‘un état, alors que plusieurs évidences expérimentales ont démontré l‘importance de la contribution de l‘entropie. De plus, ces approches ignorent l‘importance de l‘espace conformationnel protéique dicté par le paysage énergétique cruciale à son fonctionnement. Une analyse des modes normaux peut être effectuée afin d‘explorer cet espace par l‘approximation que la protéine est dans une conformation d‘équilibre où chaque acide aminé est représenté par une masse régie par un potentiel harmonique. Les approches actuelles ignorent l‘identité des résidus et ne peuvent prédire l‘effet de mutations sur les propriétés dynamiques. Nous avons développé un nouveau modèle appelé ENCoM qui pallie à cette lacune en intégrant de l‘information physique et spécifique sur les contacts entre les atomes des chaînes latérales. Cet ajout permet une meilleure description de changements conformationnels d‘enzymes, la prédiction de l‘effet d‘une mutation allostérique dans la protéine DHFR et également la prédiction de l‘effet de mutations sur la stabilité protéique par une valeur entropique. Comparativement à des approches spécifiquement développées pour cette application, ENCoM est plus constant et prédit mieux l‘effet de mutations stabilisantes. Notre approche a également été en mesure de capturer la pression évolutive qui confère aux protéines d‘organismes thermophiles une thermorésistance accrue.