Highly specific protein sequence motifs for genome analysis

We present a method for discovering conserved sequence motifs from families of aligned protein sequences. The method has been implemented as a computer program called emotif (http://motif.stanford.edu/emotif). Given an aligned set of protein sequences, emotif generates a set of motifs with a wide range of specificities and sensitivities. emotif also can generate motifs that describe possible subfamilies of a protein superfamily. A disjunction of such motifs often can represent the entire superfamily with high specificity and sensitivity. We have used emotif to generate sets of motifs from all 7,000 protein alignments in the blocks and prints databases. The resulting database, called identify (http://motif.stanford.edu/identify), contains more than 50,000 motifs. For each alignment, the database contains several motifs having a probability of matching a false positive that range from 10−10 to 10−5. Highly specific motifs are well suited for searching entire proteomes, while generating very few false predictions. identify assigns biological functions to 25–30% of all proteins encoded by the Saccharomyces cerevisiae genome and by several bacterial genomes. In particular, identify assigned functions to 172 of proteins of unknown function in the yeast genome.

Estudo sistêmico da geração de conhecimento no IPEN

Com o escopo de fornecer subsídios para compreender como o processo de colaboração científica ocorre e se desenvolve em uma instituição de pesquisas, particularmente o IPEN, o trabalho utilizou duas abordagens metodológicas. A primeira utilizou a técnica de análise de redes sociais (ARS) para mapear as redes de colaboração científica em P&D do IPEN. Os dados utilizados na ARS foram extraídos da base de dados digitais de publicações técnico-científicas do IPEN, com o auxílio de um programa computacional, e basearam-se em coautoria compreendendo o período de 2001 a 2010. Esses dados foram agrupados em intervalos consecutivos de dois anos gerando cinco redes bienais. Essa primeira abordagem revelou várias características estruturais relacionadas às redes de colaboração, destacando-se os autores mais proeminentes, distribuição dos componentes, densidade, boundary spanners e aspectos relacionados à distância e agrupamento para definir um estado de redes mundo pequeno (small world). A segunda utilizou o método dos mínimos quadrados parciais, uma variante da técnica de modelagem por equações estruturais, para avaliar e testar um modelo conceitual, apoiado em fatores pessoais, sociais, culturais e circunstanciais, para identificar aqueles que melhor explicam a propensão de um autor do IPEN em estabelecer vínculos de colaboração em ambientes de P&D. A partir do modelo consolidado, avaliou-se o quanto ele explica a posição estrutural que um autor ocupa na rede com base em indicadores de ARS. Nesta segunda parte, os dados foram coletados por meio de uma pesquisa de levantamento com a utilização de um questionário. Os resultados mostraram que o modelo explica aproximadamente 41% da propensão de um autor do IPEN em colaborar com outros autores e em relação à posição estrutural de um autor na rede o poder de explicação variou entre 3% e 3,6%. Outros resultados mostraram que a colaboração entre autores do IPEN tem uma correlação positiva com intensidade moderada com a produtividade, da mesma forma que, os autores mais centrais na rede tendem a ampliar a sua visibilidade. Por fim, vários outros indicadores estatísticos bibliométricos referentes à rede de colaboração em P&D do IPEN foram determinados e revelados, como, a média de autores por publicação, média de publicações por autores do IPEN, total de publicações, total de autores e não autores do IPEN, entre outros. Com isso, esse trabalho fornece uma contribuição teórica e empírica aos estudos relacionados à colaboração científica e ao processo de transferência e preservação de conhecimento, assim como, vários subsídios que contribuem para o contexto de tomada de decisão em ambientes de P&D.

Avaliação em 3D da cabeça da mandíbula em crianças portadoras de mordida cruzada posterior unilateral por meio de tomografia computadorizada de feixe cônico

Durante o desenvolvimento da oclusão, a instalação de maloclusões podem resultar em desarmonias dento faciais de natureza e severidade diversas, podendo provocar alterações no desenvolvimento crânio facial, dentre as estruturas envolvidas as Articulações Temporo Mandibulares (ATM), podem sofrer alguma influência, dessa forma a avaliação desta região, no aspecto morfológico e funcional, constituí tema de interesse, sempre que levados em conta os aspectos funcionais da oclusão. A relação entre a forma e a função, tanto das cabeças da mandíbula, bem como o contorno da fossa mandibular com as maloclusões ainda é controversa e não está compreendida por completo, porém a literatura sobre o assunto, demonstra correlação entre a instalação de maloclusões e modificações neste sistema, mesmo que algumas alterações não sejam de ordem estatística e em amostras de indivíduos em tenra idade, as mesmas podem comprometer o desenvolvimento adequado em indivíduos adultos ou mesmo adultos jovens. Tendo como propósito nesse estudo a avaliação das cabeças da mandíbula quanto ao volume e superficíe dos lados direito e esquerdo, cruzado e não cruzado, a amostra selecionada foi de 20 indivíduos com mordida cruzada posterior unilateral, com idades entre 06 e 09 anos de idade, utilizando imagens de tomografia computadorizada por feixe cônico, imagens obtidas por um equipamento modelo i- Cat, sendo utilizado na reformatação e manipulação das imagens o programa computacional - NemoCeph 3D® versão 11.5. Nas medições propostas para esse estudo, utilizou-se o teste t pareado de Student para amostras com distribuição normal. Na observação das tabelas e seus respectivos gráficos, podemos verificar que na comparação entre os lados direito e esquerdo, e cruzado e não cruzado das cabeças da mandíbula, com relação ao volume e superfície, existem diferenças numéricas entre elas, porém não pode ser observado diferenças estatísticas significantes, nessa amostra especifica com a metodologia empregada para esse estudo. Assim foi possível concluir que nas Mordidas Cruzadas Posteriores Unilaterais as cabeças da mandíbula tanto em seu volume como em sua superfície não apresentaram diferenças estatisticamente significantes na amostra estudada.

Emaranhamento de feixes de fótons por meio do campo magnético

Foi proposta uma experiência na qual seria possível produzir um emaranhamento quântico de feixes de fótons com diferentes frequências, movendo-se em uma mesma direção, controlado por meio de um campo magnético externo. Nessa experiência, a interação entre o campo magnético e fótons é realizada por intermédio de elétrons, que interagem tanto com os fótons quanto com o campo magnético externo. Foi desenvolvida uma teoria que descreve processos físicos. Derivamos medidas de emaranhamento de informação e de Schmidt para um sistema geral de dois qubits e a medida residual para um sistema geral de três qubits. Usando a informação obtida da análise dos sistemas de dois e de três quase-fótons, calculamos medidas de emaranhamento. Criamos um programa para cálculo numérico, nesses casos, através do qual construímos gráficos de dependência das medidas de emaranhamentos em feixes de dois e de três fótons. Os resultados obtidos nos permitem ver como a medida de emaranhamento depende dos parâmetros, que caracterizam o sistema em questão. Por exemplo, se ambas as polarizações dos fótons coincidem, então, nenhum emaranhamento ocorre. O emaranhamento acontece apenas se as polarizações do fóton forem opostas.

Comprimento efetivo de colunas de aço em pórticos deslocáveis

Dentro da prática de verificação e projeto de estruturas metálicas, o cálculo de instabilidade exerce papel importante, já que o aço, por sua elevada resistência, incentiva o uso de colunas significativamente esbeltas. É comum na verificação da instabilidade de pórticos metálicos de andares múltiplos a utilização do conhecido fator K, que define, para a coluna, um comprimento efetivo. Tal fator é usualmente obtido em ábacos construídos a partir de duas hipóteses distintas para o mecanismo de instabilidade: a de flambagem por deslocamento lateral do andar e a de flambagem com esse deslocamento impedido. Essa divisão, e os modelos usualmente utilizados para tratá-la, se mostram incompletos para o caso de pórticos que se distanciem das hipóteses simplificadoras adotadas, e podem induzir a confusões e mal-entendido no uso do fator K. Neste trabalho, serão mostrados modelos alternativos para a determinação desse fator, buscando-se maior generalidade, assim como tentativas de esclarecer algumas possíveis ambiguidades no seu uso; além disso, esses modelos serão aplicados a alguns exemplos particulares. Como complemento ao trabalho, foi criado um programa de computador para determinar deslocamentos e esforços em segunda ordem para esse tipo de edificação, assim como ábacos alternativos. Os resultados obtidos nos exemplos serão contrastados com os fornecidos pelo programa e pelos ábacos.

Avaliação de métodos numéricos de análise linear de estabilidade para perfis de aço formados a frio.

Para o projeto de estruturas com perfis de aço formados a frio, é fundamental a compreensão dos fenômenos da instabilidade local e global, uma vez que estes apresentam alta esbeltez e baixa rigidez à torção. A determinação do carregamento crítico e a identificação do modo de instabilidade contribuem para o entendimento do comportamento dessas estruturas. Este trabalho avalia três metodologias para a análise linear de estabilidade de perfis de aço formados a frio isolados, com o objetivo de determinar os carregamentos críticos elásticos de bifurcação e os modos de instabilidade associados. Estritamente, analisa-se perfis de seção U enrijecido e Z enrijecido isolados, de diversos comprimentos e diferentes condições de vinculação e carregamento. Determinam-se os carregamentos críticos elásticos de bifurcação e os modos de instabilidade globais e locais por meio de: (i) análise com o Método das Faixas Finitas (MFF), através do uso do programa computacional CUFSM; (ii) análise com elementos finitos de barra baseados na Teoria Generalizada de Vigas (MEF-GBT), via uso do programa GBTUL; e (iii) análise com elementos finitos de casca (MEF-cascas) por meio do uso do programa ABAQUS. Algumas restrições e ressalvas com relação ao uso do MFF são apresentadas, assim como limitações da Teoria Generalizada de Viga e precauções a serem tomadas nos modelos de cascas. Analisa-se também a influência do grau de discretização da seção transversal. No entanto, não é feita avaliação em relação aos procedimentos normativos e tampouco análises não lineares, considerando as imperfeições geométricas iniciais, tensões residuais e o comportamento elastoplástico do material.

Estudo de modelos para o comportamento a altas queimas de varetas combustíveis de reatores a água leve pressurizada

Este trabalho tem como objetivo estudar as modificações introduzidas, ao longo de sucessivas versões, nos modelos empíricos do programa computacional FRAPCON utilizado para a simulação do comportamento sob irradiação de varetas combustíveis de Reatores a Água Leve Pressurizada (Pressurized Water Reactor - PWR) em regime de estado estacionário e sob condições de alta queima. No estudo, foram analisados os modelos empíricos utilizados pelo FRAPCON e que são apresentados em sua documentação oficial. Um estudo bibliográfico foi conduzido sobre os efeitos da alta queima em combustíveis nucleares visando melhorar o entendimento dos modelos utilizados pelo FRAPCON nestas condições. Foram feitas simulações do comportamento sob irradiação de uma vareta combustível típica de um reator PWR utilizando as versões 3.3, 3.4 e 3.5 do FRAPCON. Os resultados apresentados pelas diferentes versões do programa foram comparados entre si de forma a verificar as consequências das mudanças de modelo nos parâmetros de saída do programa. Foi possível observar que as modificações introduzidas trouxeram diferenças significativas nos resultados de parâmetros térmicos e mecânicos da vareta combustível, principalmente quando se evoluiu da versão FRAPCON-3.3 para a versão FRAPCON-3.5. Nessa ultima versão, obteve-se menores temperaturas na vareta combustível, menores tensões e deformações no revestimento, menor espessura da camada de oxido formada no revestimento a altas queimas na vareta combustível.

Computational approaches to subjectivity and sentiment analysis: Present and envisaged methods and applications

Recent years have witnessed a surge of interest in computational methods for affect, ranging from opinion mining, to subjectivity detection, to sentiment and emotion analysis. This article presents a brief overview of the latest trends in the field and describes the manner in which the articles contained in the special issue contribute to the advancement of the area. Finally, we comment on the current challenges and envisaged developments of the subjectivity and sentiment analysis fields, as well as their application to other Natural Language Processing tasks and related domains.

Deporte e igualdad: las voces de las deportistas de élite

El objetivo de esta investigación ha sido analizar y valorar las percepciones de las deportistas de élite ante su insuficiente presencia en el deporte. La metodología utilizada permite examinar e interpretar los pensamientos y creencias de una cohorte de deportistas de alto rendimiento. El instrumento utilizado para el tratamiento de los datos ha sido el programa informático AQUAD 7. En este estudio se abordan diferentes modalidades de relación de las participantes (el balonmano como deporte colectivo, el atletismo como individual y la lucha judo como una competición entre dos individuos). Los resultados muestran que las deportistas perciben situaciones de discriminación de género y ausencias de igualdad de oportunidades en su desarrollo profesional. Las conclusiones de este estudio aconsejan proponer un cambio en las políticas tendentes a la equiparación efectiva en la carrera deportiva de las mujeres.

imaxin|software: PLN aplicada a la mejora de la comunicación multilingüe de empresas e instituciones

imaxin|software es una empresa creada en 1997 por cuatro titulados en ingeniería informática cuyo objetivo ha sido el de desarrollar videojuegos multimedia educativos y procesamiento del lenguaje natural multilingüe. 17 años más tarde, hemos desarrollado recursos, herramientas y aplicaciones multilingües de referencia para diferentes lenguas: Portugués (Galicia, Portugal, Brasil, etc.), Español (España, Argentina, México, etc.), Inglés, Catalán y Francés. En este artículo haremos una descripción de aquellos principales hitos en relación a la incorporación de estas tecnologías PLN al sector industrial e institucional.

Optimum Design of Electromagnets for Magnetic Levitation of Transport Systems based on the Inverse Problem Solutions

Article is devoted to design of optimum electromagnets for magnetic levitation of transport systems. The method of electromagnets design based on the inverse problem solution of electrical equipment is offered. The method differs from known by introducing a stage of minimization the target functions providing the stated levitation force and magnetic induction in a gap, and also the mass of an electromagnet. Initial values of parameters are received, using approximate formulas of the theory of electric devices and electrical equipment. The example of realization of a method is given. The received results show its high efficiency at design. It is practical to use the offered method and the computer program realizing it as a part of system of the automated design of electric equipment for transport with a magnetic levitation.

Algorithm for Estimation of Electricity Consumption Reduction by Using Variable Frequency Drive of Main Line Pumps

The article is about using of variable frequency drives for reduction oil pumping main line pumps energy consumption. Block diagram of developed computer program is shown in the article. The computer program allows to determine the reduction of energy consumption and to estimate payback period of variable frequency drives.

Age determination and stable isotope composition of sediment cores from the Arctic Ocean

On the basis of 52 sediment cores, analyzed and dated at high resolution, the paleoceanography and climate of the Last Glacial Maximum (LGM) were reconstructed in detail for the Fram Strait and the eastern and central Arctic Ocean. Sediment composition and stable isotope data suggest three distinct paleoenvironments: (1) a productive region in the eastern to central Fram Strait and along the northern Barents Sea continental margin characterized by Atlantic Water advection, frequent open water conditions, and occasional local meltwater supply and iceberg calving from the Barents Sea Ice Sheet; (2) an intermediate region in the southwestern Eurasian Basin (up to 84-85°N) and the western Fram Strait characterized by subsurface Atlantic Water advection and recirculation, a moderately high planktic productivity, and a perennial ice cover that breaks up only occasionally; and (3) a central Arctic region (north of 85°N in the Eurasian Basin) characterized by a low-salinity surface water layer and a thick ice cover that strongly reduces bioproduction and bulk sedimentation rates. Although the total inflow of Atlantic Water into the Arctic Ocean may have been reduced during the LGM, its impact on ice coverage and halocline structure in the Fram Strait and southwestern Eurasian Basin was strong.

A numerical model for predicting shoreline changes /

A mathematical model for long-term, three-dimensional shoreline evolution is developed. The combined effects of variations of sea level; wave refraction and diffraction; loss of sand by density currents during storms, by rip currents, and by wind; bluff erosion and berm accretion; effects of manmade structures such as long groin or navigational structures; and beach nourishment are all taken into account. A computer program is developed with various subroutines which permit modification as the state-of-the-art progresses. The program is applied to a test case at Holland Harbor, Michigan. (Author).

Interaction of waves and currents /

This report presents an overview of wave-current interacion, including comprehensive review of references to significant U.S. and foreign literature available through December 1981. Specific topics under review are the effects of horizontally and vertically varying currents on waves, wave refraction by currents, dissipation and turbulence, small- and medium-scale currents, caustics and focusing, and wave breaking. The results of the review are then examined for engineering applications. The most appropriate general-purpose computer program to include wave-current interaction is the Dutch Rijkswaterstaat program CREDIZ, which is based on a parabolic wave equation. Further applications include wave and current forces on structures and possibly sediment transport. The report concludes with a brief state-of-the-art review of wave-current interaction and a list of topics needing further research and development.