Dotierte Nanographenstreifen mit definierten Randstrukturen

Die in der vorliegenden Dissertation entwickelten organochemischen Protokolle und Konzepte erweitern die Bottom-Up-Synthese von atompräzisen Nanographenstreifen (GNR) um zwei fundamentale Bereiche. Zum einen die Dotierung der halbleitenden GNR mit Schwefel oder Stickstoffatomen und zum anderen ein Protokoll für eine lösungsbasierte Synthese von stickstoffdotierten Zickzack-Streifen.rnDie Dotierung von GNR beinhaltet die Synthese von monomeren Bausteinen bei denen, im Gegensatz zu ihren reinen Kohlenstoffhomologen, definierte Positionen am Rand mit zwei oder vier Stickstoff- beziehungsweise zwei Schwefelatomen ersetzt wurden. Die Synthese atompräziser GNR konnte mit verschiedenen experimentellen Methoden analysiert und anschaulich über STM visualisiert werden. Neben einer n-Dotierung gelang so auch erstmals eine Bottom-Up-Synthese von schwefeldotierten GNR. Eine mögliche Anwendung in der Nanoelektronik aufbauend auf dotierten GNR wurde bestätigt, indem durch Co-Polymerisation von stickstoffhaltigen mit reinen Kohlenstoffmonomeren Heteroschnittstellen zwischen dotierten und undotierten Bereichen hergestellt werden konnten. Solche Heteroschnittstellen sind fundamentale Grundlage von Dioden und damit Basis einer Vielzahl elektronischer Elemente wie Solarzellen oder Leuchtdioden.rnWährend für halbleitende GNR mit einer Armlehnen-Form ein breites Spektrum an organischen Syntheseprotokollen zur Verfügung stand, existierte zu Beginn dieser Arbeit keines für GNR mit Zickzack-Struktur. Innerhalb dieser Arbeit konnte eine Bottom-Up-Synthese zur Erschließung stickstoffdotierter GNR mit Zickzack-Randstruktur erarbeitet werden. Durch die Verwendung eines (2-Hydroxymethyl)phenylboronsäureesters werden Hydroxymethylsubsituenten entlang eines Polyphenylenrückgrats eingebaut, die nach Kondensation mit dem Stickstoffatom eine Zickzack-Kante ergeben. Innerhalb der synthetisierten Zielstrukturen kann das 9a-Azaphenalen als letztes, bislang nicht erschlossenes Isomer der Azaphenalene, als wiederkehrende Struktur, gefunden werden. Die Reaktivität der Zickzackkante konnte zudem zum Aufbau einer Vielzahl bislang unzugänglicher, polycyclischer Heteroaromaten über 1,3-dipolare Addition dieses polycyclischen Azomethin Ylides (PAMY) genutzt werden.rn

Glykopolymere für biomedizinsche Anwendungen : Synthese von mannosylierten N-(2-Hydroxyprpyl)methacrylamid Polymersystemen für die Adressierung von Zellen des Immunsystems

Das Ziel dieser Arbeit lag darin mannosylierte Polymersysteme hauptsächlich auf der Basis von N-(Hydroxy)propylmethacrylat zu synthetisieren, um gezielt Zellen des Immunsystems zu adressieren. Dazu wurden zunächst verschiedene Reaktivesterpolymere auf der Basis von Pentafluorophenylmethacrylat (PFPMA) unter Verwendung der RAFT-Polymerisation mit enger Molekulargewichtsverteilung und unterschiedlichen Anteilen an LMA (Laurylmethacrylat) hergestellt.rnUm eine genaue Aussage über den Aufbau eines statistischen PFPMA-LMA Copolymers treffen zu können, wurde die Copolymerisation von PFPMA und LMA mittels Echtzeit 1H-NMR Kinetikmessungen untersucht. Dies ermöglichte es, die Copolymerisationsparameter zu berechnen und genaue Aussagen über den Aufbau eines statistischen PFPMA-LMA Copolymers zu treffen. Die so erhaltenen Reaktivesterpolymere wurden dann in einer polymeranalogen Reaktion unter Erhalt des Polymerisationsgrades in die gewünschten HPMA-Polymere umgewandelt. Um die quantitative Umsetzung ohne auftretende Nebenreaktionen zu untersuchen, wurden verschiedene Reaktionsbedingungen gewählt und unterschiedliche Analysemethoden verwendet. Damit konnte gezeigt werden, dass es möglich ist, über den Reaktivesteransatz qualitativ hochwertige amphiphile Polymersysteme herzustellen, die auf anderen Wegen schwer zu synthetisieren und charakterisieren sind. Ein weiterer Vorteil dieser Syntheseroute ist, dass gleichzeitig sowohl Marker für die Visualisierung der Polymere in vitro und in vivo, als auch Targetliganden für die Adressierung bestimmter Zellen eingeführt werden können. Dafür wurde hauptsächlich Mannose als einfache Zuckerstruktur angebunden, da bekannt ist, dass mannosylierte Polymersysteme von Zellen des Imunsystems aufgenommen werden. Zusätzlich konnten die mannosylierten Polymere mit hydrophobem Wirkstoff beladen werden, wobei die Stabilität von beladenen Mizellen anhand der Einlagerung eines hydrophoben radioaktiven Komplexes genauer untersucht werden konnte.rnAnschließende in vitro Experimente der mannosylierten Polymermizellen an dendritischen Zellen zeigten wie erwartet eine mannosespezifische und verstärkte Aufnahme. Für eine mögliche Untersuchung dieser Systeme in vivo mittels PET konnte gezeigt werden, dass es möglich ist HPMA Polymere radioaktiv zu markieren, wobei auch erste Markierungsversuche mit einem langlebigen Radionuklid für Langzeitbiodistributionsstudien durchgeführt werden konnte.rn

Protein-Protein- und Protein-Lipid-Wechselwirkungen beeinflussen die Oligomerisierung und Funktion des E. coli Aquaglyceroporins GlpF

Aquaporine sind hochselektive Transmembrankanäle, die in allen Lebensformen den Fluss von Wasser und kleinen, polaren Molekülen wie Glycerol über Lipidmembranen ermöglichen. Obwohl die Kanalpore für den Substratfluss im Monomer lokalisiert ist, liegen Aquaporine innerhalb biologischer Membranen als Homotetramere vor. Im Rahmen dieser Arbeit wurden proteinbezogene und lipidmembranassoziierte Einflüsse auf die Oligomerisierung und Funktion des bakteriellen Aquaglyceroporins GlpF sowohl in vitro als auch in vivo untersucht. rnDie erhöhte Stabilität der Aquaporinpore sowie Interaktion zwischen den GlpF-Monomeren sind Triebkräfte der Aquaporin-Tetramerisierung. Ferner erfordern die GlpF-Tetramerisierung und -Aktivität bei Abschirmung der Ladung anionischer Lipide und einer minimalen Membrandicke von 27 Å keine spezielle Lipidumgebung. Da anionische Lipide die GlpF-Funktion jedoch störten, kann die GlpF-Aktivität in vivo möglicherweise durch die selektive Anreicherung von anionischen Lipiden in der unmittelbaren Proteinumgebung reguliert werden. Ungünstige Lipid-GlpF-Interaktionen können jedoch in Lipidumgebungen mit hoher Ordnung in der Acylkettenregion entstehen, die zu einer Aggregation der GlpF-Tetramere und reduzierten Aktivität führen. rnFerner wurde die Auswirkung der nephrogenen Diabetes insipidus verursachenden Aquaporin 2-Punktmutation V71M auf die Oligomerisierung und Funktion des homologen, bakteriellen Aquaglyceroporins GlpF untersucht. Da weder die Oligomierisierung noch die Aktivität des homologen, bakteriellen Aquaglyceroporins eingeschränkt sind, beruht der Krankheitsmechanismus der Aquaporin 2-Mutante V71M vermutlich auf einem defekten Transportmechansimus im Menschen. rn

Saccharide based nanocapsules - From monomer building blocks to improved capsules properties

In dieser Arbeit wurde der vielfältige Nutzen von Kohlenhydraten in Nanokapsel Systemen untersucht. Drei verschiedene Nanokapsel-Typen wurden durch Reaktion an der Grenzfläche von inversen Miniemulsionen hergestellt. Es wurde gezeigt, dass die Kohlenhydrate nach Modifizierung als Monomer an der Kapselbildung teilnehmen können, oder zur Erhöhung der Sensitivität eines verkapselten Kontrastmittels beitragen können. Im Folgenden werden die Ergebnisse der einzelnen Projekte zusammengefasst. Eine neuartige Grenzflächen-Synthese zur Herstellung von Nanokapseln wurde entwickelt und untersucht. Bei der Reaktion handelt es sich um eine Ruthenium katalysierte Olefin-Kreuzmetathese, welche für die Reaktion an der Grenzfläche angepasst wurde. Als wasserlösliches Macromonomer wurde Dextranacrylat synthetisiert. Der Reaktionspartner war ein öl-löslichen Phosphoester (Phenyldi(undec-10-en-1-yl)phosphat). Anhand von NMR-Spektren wurde gezeigt, dass die Kapselbildung auf Olefin Kreuzmetathese beruht. Im Vergleich zu konventionellen Estern haben Phosphorester eine weitere Möglichkeit zur chemischen Funktionalisierung. Dies wurde exemplarisch durch die Verwendung von fluoreszenzmarkierten Phosphoestern gezeigt. Die Markierung wurde verwendet, um die pH-induzierte Abbaubarkeit der Nanokapseln mittels Fluoreszenz-Korrelations-Spektroskopie zu beobachten. Ziel des zweiten Projekts war es, Nanostrukturen zu entwickeln, um Infektionen mit Antibiotika-resistenten Bakterien lokal zu behandeln. Dazu wurden mit Dextranmethacrylat vernetzte Poly(acrylamid) basierte Nanogele synthetisiert und Zinknitrat zugesetzt. Die Synthese der Nanogele wurde erweitert, um durch Vernetzung freier Alkoholgruppen mit Toluoldiisocyanat eine Kapselschale zu erhalten. Die Schalenbildung spiegelte sich in einer geringeren Quellbarkeit der Gel- Schale-Hybride wieder. Die erhaltenen Gel-Schale-Hybride waren in der Lage das Wachstum von zwei Methicillin-resistenten Bakterienstämmen (S. aureus) zu unterdrücken und verzögern. Die synthetisierten Hybridstrukturen könnten in der Beschichtung von Wundauflagen Verwendung finden, um bakterielle Infektionen lokal und direkt nach Ausbruch zu behandeln. Ziel des dritten Projektes war es, die wichtigen Parameter in der Herstellung von Nanokapseln mit hoher Kontrastmittel Sensitivität zu identifizieren. Relaxivität/Signalsensitivität des Kontrastmittels ist von großer Bedeutung für die Bildgebung mittels MRI, dies kann durch die Begrenzung der Mobilität des Kontrastmittels erreicht werden. Aufgrund seiner hohen Komplexstabilität und seiner klinischen Bedeutung wurde das Kontrastmittel Gadobutrol für die Verkapselung verwendet. Das Kontrastmittel wurde in Polyharnstoff-Kapseln eingeschlossen, die durch einen inversen Miniemulsion-Prozess hergestellt wurden. Um die Viskosität im Inneren der Nanokapsel zu erhöhen, wurden zusätzlich Saccharose, Dextran und Polyacrylsäure verkapselt. In Gegenwart von Saccharose konnte die Relaxivität verdoppelt werden. Dies gründet sich vermutlich auf einem Second-sphere Effekt der Saccharose, einer auf Wasserstoffbrückenbindungen beruhende Interaktion von Kontrastmittel und Saccharose.

Synthesis and application of stimuli responsive tunable systems based on physical interactions

Novel single step synthetic procedure for hydrophobically modified alkali soluble latexes (HASE) via a miniemulsion-analogous method is presented. This facile method simplifies the copolymerization of the monomers with basically “opposite” character in terms of their hydrophilic/hydrophobic nature, which represent one of the main challenges in water based systems. Considered systems do not represent classical miniemulsions due to a high content of water soluble monomers. However, the polymerization mechanism was found to be rather similar to miniemulsion polymerization process.rnThe influence of the different factors on the system stability has been investigated. The copolymerization behavior studies typically showed strong composition drifts during copolymerization. It was found that the copolymer composition drift can be suppressed via changing the initial monomer ratio.rnThe neutralization behavior of the obtained HASE systems was investigated via potentiometric titration. The rheological behavior of the obtained systems as a function of the different parameters, such as pH, composition (ultrahydrophobe content) and additive type and content has also been investigated.rnDetailed investigation of the storage and loss moduli, damping factor and the crossover frequencies of the samples showed that at the initial stages of the neutralization the systems show microgel-like behavior.rnThe dependence of the rheological properties on the content and the type of the ultrahydrophobe showed that the tuning of the mechanical properties can be easily achieved via minor (few percent) but significant changes in the content of the latter. Besides, changing the hydrophobicity of the ultrahydrophobe via increasing the carbon chain length represents another simple method for achieving the same results.rnThe influence of amphiphilic additives (especially alcohols) on the rheological behavior of the obtained systems has been studied. An analogy was made between micellation of surfactants and the formation of hydrophobic domains between hydrophobic groups of the polymer side chain.rnDilution induced viscosity reduction was investigated in different systems, without or with different amounts or types of the amphiphilic additive. Possibility of the controlled response to dilution was explored. It was concluded that the sensitivity towards dilution can be reduced, and in extreme cases even the increase of the dynamic modulus can be observed, which is of high importance for the setting behavior of the adhesive material.rnIn the last part of this work, the adhesive behavior of the obtained HASE systems was investigated on different substrates (polypropylene and glass) for the standard labeling paper. Wet tack and setting behavior was studied and the trends for possible applications have been evaluated.rnThe novel synthetic procedure, investigation of rheological properties and the possibility of the tuning via additives, investigated in this work create a firm background for the development of the HASE based adhesives as well as rheology modifiers with vast variety of possible applications due to ease of tuning the mechanical and rheological properties of the systems.

Amphotericin B nano-formulations : development, characterisation and suitability for oral administration

In der Form von Nanokapseln (AmB-HST), Nanoemulsion beziehungsweise multilamellaren Vesikeln (MLV) wurden drei Amphotericin-B-Formulierungen für die orale Applikation entwickelt, charakterisiert und verglichen. Die neuartige homogene Nanokapsel-Formulierung des hydrophoben Polyen-Antimykotikums Amphotericin B wurde in Analogie zu einem für Simvastatin und andere Arzneistoffe etablierten Prozess aus der Reinsubstanz, Lezithin und Gelatine mit Hilfe des HST-Verfahrens hergestellt. Photometrische Untersuchungen zeigten, dass das Endprodukt aus Monomeren aufgebaut ist. Mittels Mikroskopie ließen sich die Aggregate vor der Umhüllung mit Lezithin und Gelatine im Ausgangsmaterial als individuelle kugelförmige Arzneistoffpartikel darstellen. Strukturuntersuchungen mit dynamischer licht streuung (DLS) zeigten eine enge Größenverteilung der verkapselten Partikel von ca. 1 µm. Die Struktur der Hülle der HST-Partikel wurde erstmalig mit Neutronenstreuung unter Verwendung der Deuterium-basierten Lösungsmittel kontrastmethode aufgeklärt. Durch die teilweise Kontrastmaskierung des Partikelkerns bei der Neutronenstreuung konnte die Lezithin-Gelatine-Hülle als eine dünne, 5,64 ± 0.18 nm dicke Schicht aufgelöst werden, welche der biologischen Lipidmembran ähnlich, im Vergleich aber geringfügig größer ist. Dieses Resultat eröffnet Wege für die Optimierung der Formulierung von pharmazeutischen Nanopartikeln, z.B. durch Oberflächenmodifizierungen. Weitere Untersuchungen mittels Kleinwinkelneutronenstreuung unter Verwendung der D-Kontrastvariation deuten darauf hin, dass die Komponenten der Nanokapseln nicht den gleichen Masseschwerpunkt haben, sondern asymmetrisch aufgebaut sind und dass die stärker streuenden Domänen weiter außen liegen. Die Partikel sind im Vergleich zu Liposomen dichter. In-Vitro Freisetzungsstudien belegen das Solubilisierungsvermögen des HST-Systems, wonach die Freisetzung des Arzneistoffes aus der Formulierung zu allen gemessenen Zeitpunkten höher als diejenige der Reinsubstanz war. rnDie Nanoemulsion-Formulierung von Amphotericin B wurde mit einem Öl und Tensid system, jedoch mit unterschiedlichen Co-Solvenzien, erfolgreich entwickelt. Gemäß der Bestimmung der Löslichkeit in verschiedenen Hilfsstoffen erwies sich der Arzneistoff Amphotericin B als nicht-lipophil, gleichzeitig aber auch als nicht-hydrophil. Die zur Ermittlung der für die Emulsionsbildung notwendigen Hilfstoffkonzentrationen erstellten ternären Diagramme veranschaulichten, dass hohe Öl- und Tensidgehalte zu keiner Emulsionsbildung führten. Dementsprechend betrug der höchste Ölgehalt 10%. Die Tröpfchengröße wuchs mit zunehmender Tensidkonzentration, wobei die Co-Solventmenge der Propylenglykol-haltigen Nanoemulsion indirekt verringert wurde. Für die Transcutol®P-haltige Nanoemulsion hingegen wurde das Gegenteil beobachtet, nämlich eine Abnahme der Tröpfchengröße bei steigenden Tensidkonzentrationen. Durch den Einschluss des Arzneistoffes wurde nicht die Viskosität der Formulierung, sondern die Tröpfchengröße beeinflusst. Der Wirkstoffeinschluss führte zu höheren Tröpfchengrößen. Mit zunehmender Propylenglykolkonzentration wurde der Wirkstoffgehalt erhöht, mit zunehmender Transcutol®P-Konzentration dagegen vermindert. UV/VIS-spektroskopische Analysen deuten darauf hin, dass in beiden Formulierungen Amphotericin B als Monomer vorliegt. Allerdings erwiesen sich die Formulierungen Caco-2-Zellen und humanen roten Blutkörperchen gegenüber als toxisch. Da die Kontrollproben eine höhere Toxizität als die wirkstoffhaltigen Formulierungen zeigten, ist die Toxizität nicht nur auf Amphotericin, sondern auch auf die Hilfsstoffe zurückzuführen. Die solubilisierte Wirkstoffmenge ist in beiden Formulierungen nicht ausreichend im Hinblick auf die eingesetzte Menge an Hilfsstoff nach WHO-Kriterien. Gemäß diesen Untersuchungen erscheinen die Emulsions-Formulierungen für die orale Gabe nicht geeignet. Dennoch sind Tierstudien notwendig, um den Effekt bei Tieren sowie die systemisch verfügbare Wirkstoffmenge zu ermitteln. Dies wird bestandskräftige Schlussfolgerungen bezüglich der Formulierung und Aussagen über mögliche Perspektiven erlauben. Nichtsdestotrotz sind die Präkonzentrate sehr stabil und können bei Raumtemperatur gelagert werden.rnDie multilamellar-vesikulären Formulierungen von Amphotericin B mit ungesättigten und gesättigten neutralen Phospholipiden und Cholesterin wurden erfolgreich entwickelt und enthielten nicht nur Vesikel, sondern auch zusätzliche Strukturen bei zunehmender Cholesterinkonzentration. Mittels Partikelgrößenanalyse wurden bei den Formulierungen mit gesättigten Lipiden Mikropartikel detektiert, was abhängig von der Alkylkettenlänge war. Mit dem ungesättigten Lipid (DOPC) konnten hingegen Nanopartikel mit hinreichender Verkapselung und Partikelgrößenverteilung gebildet werden. Die Ergebnisse der thermischen und FTIR-spektroskopischen Analyse, welche den Einfluss des Arzneistoffes ausschließen ließen, liefern den Nachweis für die mögliche, bereits in der Literatur beschriebene Einlagerung des Wirkstoffs in lipid- und/oder cholesterinreiche Membranen. Mit Hilfe eines linearen Saccharosedichtegradienten konnte die Formulierung in Vesikel und Wirkstoff-Lipid-Komplexe nach bimodaler Verteilung aufgetrennt werden, wobei der Arzneistoff stärker mit den Komplexen als mit den Vesikeln assoziiert ist. Bei den Kleinwinkelneutronenstreu-Experimenten wurde die Methode der Kontrastvariation mit Erfolg angewendet. Dabei konnte gezeigt werden, dass Cholesterol in situ einen Komplex mit Amphotericin B bildet. Diesen Sachverhalt legt unter anderem die beobachtete Differenz in der äquivalenten Streulängendichte der Wirkstoff-Lipid- und Wirkstoff-Lipid-Cholesterin-haltigen kleinen unilamellaren Vesikeln nahe. Das Vorkommen von Bragg-Peaks im Streuprofil weist auf Domänen hin und systematische Untersuchungen zeigten, dass die Anzahl der Domänen mit steigendem Cholesteringehalt zunimmt, ab einem bestimmten Grenzwert jedoch wieder abnimmt. Die Domänen treten vor allem nahe der Außenfläche der Modellmembran auf und bestätigen, dass der Wirkstoff in den Cholesterinreichen Membranen vertikal eingelagert ist. Die Formulierung war sowohl Caco-2-Zellen als auch humanen roten Blutkörperchen gegenüber nicht toxisch und erwies sich unter Berücksichtigung der Aufnahme in Caco-2-Zellen als vielversprechend für die orale Applikation. Die Formulierung zeigt sich somit aussichtsreich und könnte in Tabletten weiterverarbeitet werden. Ein Filmüberzug würde den Wirkstoff gegen die saure Umgebung im Magen schützen. Für die Bestimmung der systemischen Verfügbarkeit der Formulierung sind Tierstudien notwendig. Die entwickelten multilamellaren Formulierungen einschließlich der Wirkstoff-Cholesterin-Komplexe bieten somit gute Aussichten auf die mögliche medizinische Anwendung. rnrn

Raft miniemulsion (co)polymerization of methyl methacrylate and n-butyl acrylate

This thesis work is part of a larger synthesis project about alkyd resins from natural sources, copolymerized with methyl acrylate and n-butyl acrylates, which wil be used for coatings purpose. The aim is to control the copolymerization of methyl acrylate and n-butyl acrylate in RAFT miniemulsion. The research was divided into three parts. First the homopolymerization of methyl methacrylate and n-butyl acrylate was studied by varying different parameters such as the amount of surfactant, the amount of initiator, pH, and especially the RAFT agent. Then two macro RAFT agents were synthesized, as suggested by the existing literature. Finally, the two monomers were copolymerized using both the RAFT used for the homopolymerization and those synthesized in the second stage. To verify the obtained control over the polymerization, the synthesized polymers were analyzed by gel permeation chromatography, GPC, thus finding their molecular weight and its polydispersity.

Sensitive and selective detection of free FXIII activation peptide: a potential marker of acute thrombotic events

Coagulation factor XIII (FXIII) stabilizes fibrin fibers and is therefore a major player in the maintenance of hemostasis. FXIII is activated by thrombin resulting in cleavage and release of the FXIII activation peptide (AP-FXIII). The objective of this study was to characterize the released AP-FXIII and determine specific features that may be used for its specific detection. We analyzed the structure of bound AP-FXIII within the FXIII A-subunit and interactions of AP-FXIII by hydrogen bonds with both FXIII A-subunit monomers. We optimized our previously developed AP-FXIII ELISA by using 2 monoclonal antibodies. We determined high binding affinities between the antibodies and free AP-FXIII and demonstrated specific binding by epitope mapping analyses with surface plasmon resonance and enzyme-linked immunosorbent assay. Because the structure of free AP-FXIII had been characterized so far by molecular modeling only, we performed structural analysis by nuclear magnetic resonance. Recombinant AP-FXIII was largely flexible both in plasma and water, differing significantly from the rigid structure in the bound state. We suggest that the recognized epitope is either occluded in the noncleaved form or possesses a structure that does not allow binding to the antibodies. On the basis of our findings, we propose AP-FXIII as a possible new marker for acute thrombotic events.

Further Quantum Mechanical Evidence that Difluorotoluene does not Hydrogen Bond

Calculations were run on the methylated DNA base pairs adenine:thymine and adenine:difluorotoluene to further investigate the hydrogen-bonding properties of difluorotoluene (F). Geometries were optimized using hybrid density functional theory. Single-point calculations at the MP2(full) level were performed to obtain more rigorous energies. The functional counterpoise method was used to correct for the basis set superposition error (BSSE), and the interaction energies were also corrected for fragment relaxation. These corrections brought the B3LYP and MP2 interaction energies into excellent agreement. In the gas phase, the Gibbs free energies calculated at the B3LYP and MP2 levels of theory predict that A and T will spontaneously form an A:T pair while A:F spontaneously dissociates into A and F. Solvation effects on the pairing of the bases were explored using implicit solvent models for water and chloroform. In aqueous solution, both A:T and A:F are predicted to dissociate into their component monomers. Semiempirical calculations were performed on small sections of B-form DNA containing the two pairs, and the results provide support for the concept that base stacking is more important than hydrogen bonding for the stability of the A:F pair within a DNA helix.

Anti-idiotypic Fab Fragments Image a Conserved N-terminal Epitope Patch of Grass Pollen Allergen Phl p 1

BACKGROUND AND AIMS: Naturally occurring anti-idiotypic antibodies structurally mimic the original antibody epitope. Anti-idiotypes, therefore, are interesting tools for the portrayal of conformational B-cell epitopes of allergens. In this study we used this strategy particularly for major timothy grass pollen (Phleum pratense) allergen Phl p 1. METHODS AND RESULTS: We used a combinatorial phage display library constructed from the peripheral IgG repertoire of a grass pollen allergic patient which was supposed to contain anti-idiotypic Fab specificities. Using purified anti-Phl p 1 IgG for biopanning, several Fab displaying phage clones could be isolated. 100 amplified colonies were screened for their binding capacity to anti-Phl p 1-specific antibodies, finally resulting in four distinct Fab clones according to sequence analysis. Interestingly, heavy chains of all clones derived from the same germ line sequence and showed high homology in their CDRs. Projecting their sequence information on the surface of the natural allergen Phl p 1 (PDB ID: 1N10) indicated matches on the N-terminal domain of the homo-dimeric allergen, including the bridging region between the two monomers. The resulting epitope patches were formed by spatially distant sections of the primary allergen sequence. CONCLUSION: In this study we report that anti-idiotypic specificities towards anti-Phl p 1 IgG, selected from a Fab library of a grass pollen allergic patient, mimic a conformational epitope patch being distinct from a previously reported IgE epitope area.

Increased surfactant protein D fails to improve bacterial clearance and inflammation in serpinB1-/- mice

Previously, we described the protective role of the neutrophil serine protease inhibitor serpinB1 in preventing early mortality of Pseudomonas aeruginosa lung infection by fostering bacterial clearance and limiting inflammatory cytokines and proteolytic damage. Surfactant protein D (SP-D), which maintains the antiinflammatory pulmonary environment and mediates bacterial removal, was degraded in infected serpinB1-deficient mice. Based on the hypothesis that increased SP-D would rescue or mitigate the pathological effects of serpinB1 deletion, we generated two serpinB1(-/-) lines overexpressing lung-specific rat SP-D and inoculated the mice with P. aeruginosa. Contrary to predictions, bacterial counts in the lungs of SP-D(low)serpinB1(-/-) and SP-D(high) serpinB1(-/-) mice were 4 logs higher than wild-type and not different from serpinB1(-/-) mice. SP-D overexpression also failed to mitigate inflammation (TNF-α), lung injury (free protein, albumin), or excess neutrophil death (free myeloperoxidase, elastase). These pathological markers were higher for infected SP-D(high)serpinB1(-/-) mice than for serpinB1(-/-) mice, although the differences were not significant after controlling for multiple comparisons. The failure of transgenic SP-D to rescue antibacterial defense of serpinB1-deficient mice occurred despite 5-fold or 20-fold increased expression levels, largely normal structure, and dose-dependent bacteria-aggregating activity. SP-D of infected wild-type mice was intact in 43-kD monomers by reducing SDS-PAGE. By contrast, proteolytic fragments of 35, 17, and 8 kD were found in infected SP-D(low)serpinB1(-/-), SP-D(high) serpinB1(-/-) mice, and serpinB1(-/-) mice. Thus, although therapies to increase lung concentration of SP-D may have beneficial applications, the findings suggest that therapy with SP-D may not be beneficial for lung inflammation or infection if the underlying clinical condition includes excess proteolysis.

The Effects of Pi-Pi Stacking on the Controlled Radical Polymerization of Vinyl Aromatics

The atom transfer radical polymerization (ATRP) of styrene (St) was conducted in the presence of varying equivalence (eq) of hexafluorobenzene (HFB) and octafluorotoluene (OFT) to probe the effects of pi-pi stacking on the rate of the polymerization and on the tacticity of the resulting polystyrene (PSt). The extent of the pi-pi stacking interaction between HFB/OFT and the terminal polystyrenic phenyl group was also investigated as a function of solvent, both non-aromatic solvents (THF and hexanes) and aromatic solvents (benzene and toluene). In all cases the presence of HFB or OFT resulted in a decrease in monomer conversion indicating a reduction in the rate of the polymerization with greater retardation of the rate with increase eq of HFB or OFT (0.5 eq to 1 eq HFB/OFT compared to St). Additionally, when aromatic solvents were used instead of non-aromatic solvents the effect of the HFB/OFT on the rate was minimized, consistent with the aromatic solvent competitively interacting with the HFB/OFT. The effects of temperature and ligand strength on the ATRP of St in the presence of HFB were also probed. It was found that when using N,N,N’,N’,N’’-pentamethyldiethylenetriamine (PMDETA) as the ligand the effects of HFB at 38o were the same as at 86oC. When tris[2-(dimethylamino)ethyl]-amine (Me6TREN) was used as the ligand at 38o there was a decrease in monomer conversion similar to the analogous PMDETA reaction. When the polymerization was conducted at 86oC there was no effect on the monomer conversion with HFB present compared to when HFB was absent. To investigate the pi-pi stacking effect even further, the reverse pi-pi stacking system was observed by conducting the ATRP of pentafluorostyrene (PFSt) in the presence of varying eq of benzene and toluene, which in both cases resulted in an increase in monomer conversion compared to when benzene or toluene were absent; in summary the rate of the ATRP of PFSt increases when benzene or toluene waas present in the reaction. The pi-pi stacking interaction between the HFB/OFT and the dormant alkyl bromide of the polymer chain was verified by 1H-NMR with 1-bromoethylbenzene as the alkyl bromide. Also verified by 1H-NMR was the interaction between HFB/OFT and St and the interaction between PFSt and benzene. In all 1H-NMR spectra a perturbation in the aromatic and/or vinyl peaks was observed when the pi-pi stacking agent was present compared to when it was absent. The tacticity of the PSt formed in the presence of 1 eq of HFB was compared to the PSt formed in the absence of HFB by observing the C1 signal in their 13C-NMR spectra, but no change in shape or chemical shift of the signal was observed indicating that there was no change in tacticity.

A General Approach Towards the Synthesis of Amido-Functionalized Biodegradable Polyesters

The thesis presented here describes methodologies to produce pendant group functionalized polyesters from amido-functionalized α-hydroxy acids. The synthetic methods used to produce the functionalized α-hydroxy acids are compatible with a wide array of functional groups, making this technique highly versatile. The synthesis of functionalized polyesters was investigated to develop polymers with properties that may improve the capabilities of existing biodegradable polyesters for applications in controlled release pharmaceuticals. Chemically modified a-hydroxy acids were synthesized by reacting glyoxylic acid with a primary or secondary amide. To demonstrate the utility of this reaction, fourstructurally dissimilar amide substituents were examined including 2-pyrrolidione, benzamide, acetamide and acrylamide. The reaction is synthetically simple, provides high yields and is uniquely flexible, functionalized monomer. The compatibility of this procedure with the collection of functional groups mentioned circumvents the need for syntheses. The amido-functionalized monomers were polymerized by two different techniques: melt polycondensation and solution polymerization. Melt polycondensation was conducted by heating the monomer past its melting temperature under reduced pressure. Oligomeric functionalized polyesters (= 800 g/mol) with low PDIs (= 1.05) were obtained by melt polycondensation. Melt polycondensation was not compatible with all of the synthesized monomers. Two of the monomers (containing benzamide and acrylamide functionalities) degraded before the polycondensation reaction occurred. Thermal gravimetric analysis confirmed that a process other than polyesterification was occurring, indicating that some amido-functionalized α-hydroxy acids cannot be synthesized in the melt.Solution polymerization was conducted to polymerize functionalized α-hydroxy acids that were incompatible with melt polycondensation. Several modified Steglich polyesterifications were tested including p-toluenesulfonic acid mediated and scandium (III) triflate catalyzed. Only oligomeric functionalized polyesters were formed bythis method. A number of possible side reactions including the formation of an N-acylurea and a cyclic polymer ring were possible. The utility of this procedure appears to be limited due to the complexity of the reaction and its inability to produce high molecular weight polymer.

Studying Electrophoretic Separations Using Cholate Micelles: Effects Of Ph, Temperature, And Composition

Micelle-forming bile salts have previously been shown to be effective pseudo-stationary phases for separating the chiral isomers of binaphthyl compounds with micellar electrokinetic capillary chromatography (MEKC). Here, cholate micelles are systematically investigated via electrophoretic separations and NMR using R, S-1, 1¿- binaphthyl- 2, 2¿-diylhydrogenphosphate (BNDHP) as a model chiral analyte. The pH, temperature, and concentration of BNDHP were systematically varied while monitoring the chiral resolution obtained with MEKC and the chemical shift of various protons in NMR. NMR data for each proton on BNDHP is monitored as a function of cholate concentration: as cholate monomers begin to aggregate and the analyte molecules begin to sample the micelle aggregate we observe changes in the cholate methyl and S-BNDHP proton chemical shifts. From such NMR data, the apparent CMC of cholate at pH 12 is found to be about 13-14 mM, but this value decreases at higher pH, suggesting that more extreme pHs may give rise to more effective separations. In general, CMCs increase with temperature indicating that one may be able to obtain better separations at lower temperatures. S-BNDHP concentrations ranging from 50 ¿M to 400 ¿M (pH 12.8) gave rise to apparent cholate CMC values from 10 mM to 8 mM, respectively, indicating that S-BNDHP, the chiral analyte molecule, may play an active role in stabilizing cholate aggregates. In all, these data show that NMR can be used to systematically investigate a complex multi-variable landscape of potential optimizations of chiral separations.

Kinetics of the interaction of desAABB-fibrin monomer with immobilized fibrinogen

The soluble and stable fibrin monomer-fibrinogen complex (SF) is well known to be present in the circulating blood of healthy individuals and of patients with thrombotic diseases. However, its physiological role is not yet fully understood. To deepen our knowledge about this complex, a method for the quantitative analysis of interaction between soluble fibrin monomers and surface-immobilized fibrinogen has been established by means of resonant mirror (IAsys) and surface plasmon resonance (BIAcore) biosensors. The protocols have been optimized and validated by choosing appropriate immobilization procedures with regeneration steps and suitable fibrin concentrations. The highly specific binding of fibrin monomers to immobilized fibrin(ogen), or vice versa, was characterized by an affinity constant of approximately 10(-8)M, which accords better with the direct dissociation of fibrin triads (KD approximately 10(-8) -10(-9) M) (J. R. Shainoff and B. N. Dardik, Annals of the New York Academy of Science, 1983, Vol. 27, pp. 254-268) than with earlier estimations of the KD for the fibrin-fibrinogen complex (KD approximately 10(-6) M) (J. L. Usero, C. Izquierdo, F. J. Burguillo, M. G. Roig, A. del Arco, and M. A. Herraez, International Journal of Biochemistry, 1981, Vol. 13, pp. 1191-1196).