Novel Application of 2D and 3D-Similarity Searches To Identify Substrates among Cytochrome P450 2C9, 2D6, and 3A4

Cytochrome P450 (CYP450) is a class of enzymes where the substrate identification is particularly important to know. It would help medicinal chemists to design drugs with lower side effects due to drug-drug interactions and to extensive genetic polymorphism. Herein, we discuss the application of the 2D and 3D-similarity searches in identifying reference Structures with higher capacity to retrieve Substrates of three important CYP enzymes (CYP2C9, CYP2D6, and CYP3A4). On the basis of the complementarities of multiple reference structures selected by different similarity search methods, we proposed the fusion of their individual Tanimoto scores into a consensus Tanimoto score (T(consensus)). Using this new score, true positive rates of 63% (CYP2C9) and 81% (CYP2D6) were achieved with false positive rates of 4% for the CYP2C9-CYP2D6 data Set. Extended similarity searches were carried out oil a validation data set, and the results showed that by using the T(consensus) score, not only the area of a ROC graph increased, but also more substrates were recovered at the beginning of a ranked list.

The concept of e-service from a social interaction perspective

Today’s e-services are complex phenomenon consisting of several different e-services linked together. The e-services are provided by IT systems and presented to customers through user interfaces. Within web design research criteria are laid out for the design of good user interfaces, but one problem is that these analyses are performed without a service focus. This lack of service focus can result in the designed user interfaces providing indistinct service concepts, especially where several e-services are intertwined with each other.In order to design IT system interfaces, we have to be clear about which e-services are provided by the IT system and how these e-services are related to each other. This paper presents a framework for the analysis of user interfaces in terms of focused e-service, service environment and two types of intertwined e-services; related e-services and interrelating e-services. The analyses are exemplified by an Internet based e-marketplace. The paper discusses how the framework can be combined with ordinary web design criteria and how it can be used for e-service development.

En beskrivning av informationsmiljö därdatumstyrda förhållanden råder : En fallstudie av en myndighet och dess informationsmiljö med rättsakter

In this study a case study was conducted at the Transport Agency. The government agency is seeking better alternatives to its current ways of keeping track of important dates stated in legal documents. The agency wants to explore the possibility for an IT-solution for keeping track on those dates. In the case study change analysis was conducted on the vehicle type approval process. Qualitative interviews were conducted with a section manager, vehicle type and component approvers, and with a system administrator and a system manager at the Transport Agency in Borlänge. The study describes an information environment in an organization in which date-controlled conditions apply and challenges with such an environment.The study also provides a proposal for designing an IT-solution for such an environment. The result that emerged showed that the information environment in terms of the legal documents and the institutions’ (EU and UNECE) websites where they are distributed is challenging for keeping track on dates. The challenges of the websites are that they are limited and complicated in terms of information search. The challenges with the legal documents are that date-controlled conditions apply. In other words, the dates themselves determine which dates and what applies and not. The legal documents are also many, retroactive, refer to each other and contain regulations for different kinds of areas, which makes difficult to find the relevant dates. The design proposal that emerged was made based on the existing IT environment at the Transport Agency. It was proposed that important key concepts are identified, categorized and realized in a database with searchability on the most important common concepts as denominators, and that it the information conforms with E-message. The developed database was based on date, date type, vehicle category, legal document, minor version and other info. A web interface was created in ASP.NET and C # for access to the database, with the message that a webbbased IT-solution should be considered.

Att skapa sammanhållning via ett systemutvecklingsprojekt : med inspiration av idrottspsykologi

Detta examensarbete har genomförts av två studenter vid Högskolan Dalarna i samarbete medIT-konsultbolaget Istone Concrevi. Edsbyverken, som är en möbeltillverkare baserad i Edsbyn,är kund hos Istone och har ett behov att öka sin leveranssäkerhet. Företaget upplever också attdet finns en bristande sammanhållning mellan de som arbetar administrativt och de som arbetarmed tillverkning i verksamheten. Edsbyverken hoppas att en ökad sammanhållning ska varabidragande till en bättre leveranssäkerhet. Sammanhållning är ett begrepp som är vanligtförekommande inom idrott och lagsporter och förknippas ofta med framgång inom idrotten.Forskningsstrategin som används i studien är design and creation som fokuserar på att skapa nyaIT-produkter, artefakter. Denna studie har resulterat i en artefakt av typen instansiering i form aven applikation som utvecklats med hjälp av ett användarcentrerat och agilt arbetssätt. Syftet medstudien är att undersöka och testa hur teorier inom idrottspsykologi kan användas inom ettsystemutvecklingsprojekt med ändamål att få artefakten och utvecklingsprocessen att främjasammanhållning hos verksamheten. Datainsamlingsmetoder som använts i studien är intervjueroch enkäter. Intervjuerna har använts för att insamla bakgrundsinfo från verksamheten ochönskemål kring appen och enkäterna för feedback på appen samt för att utvärderasystemutvecklingens och appens påverkan på sammanhållningen.Resultaten från datainsamlingen är i många fall spretande med allt från positiva omdömen sommenar att sammanhållningen förbättrats, till negativa som menar att ingen inverkan skett. Vid ensammanvägning kan man dock se att majoriteten menar att detta forskningsprojekt inte lyckatsmed att förbättra sammanhållningen. En viss andel anställda vid Edsbyverken tror dock attsammanhållningen kan öka på längre sikt. Slutsatsen kring idrottspsykologi är att den vid enkoppling till systemutveckling har ett begränsat användningsområde och att många av de teoriersom förekommer om sammanhållning inte är användbara eller passande vidsystemutvecklingsarbete.

En jämförelse av molnbaserade realtidsanalystjänster : Skillnader i användbarhet mellan multi-tenant och single-tenant arkitekturer

Internet of Things är ett samlingsbegrepp för den utveckling som innebär att olika typer av enheter kan förses med sensorer och datachip som är uppkopplade mot internet. En ökad mängd data innebär en ökad förfrågan på lösningar som kan lagra, spåra, analysera och bearbeta data. Ett sätt att möta denna förfrågan är att använda sig av molnbaserade realtidsanalystjänster. Multi-tenant och single-tenant är två typer av arkitekturer för molnbaserade realtidsanalystjänster som kan användas för att lösa problemen med hanteringen av de ökade datamängderna. Dessa arkitekturer skiljer sig åt när det gäller komplexitet i utvecklingen. I detta arbete representerar Azure Stream Analytics en multi-tenant arkitektur och HDInsight/Storm representerar en single-tenant arkitektur. För att kunna göra en jämförelse av molnbaserade realtidsanalystjänster med olika arkitekturer, har vi valt att använda oss av användbarhetskriterierna: effektivitet, ändamålsenlighet och användarnöjdhet. Vi kom fram till att vi ville ha svar på följande frågor relaterade till ovannämnda tre användbarhetskriterier: • Vilka likheter och skillnader kan vi se i utvecklingstider? • Kan vi identifiera skillnader i funktionalitet? • Hur upplever utvecklare de olika analystjänsterna? Vi har använt en design and creation strategi för att utveckla två Proof of Concept prototyper och samlat in data genom att använda flera datainsamlingsmetoder. Proof of Concept prototyperna inkluderade två artefakter, en för Azure Stream Analytics och en för HDInsight/Storm. Vi utvärderade dessa genom att utföra fem olika scenarier som var för sig hade 2-5 delmål. Vi simulerade strömmande data genom att låta en applikation kontinuerligt slumpa fram data som vi analyserade med hjälp av de två realtidsanalystjänsterna. Vi har använt oss av observationer för att dokumentera hur vi arbetade med utvecklingen av analystjänsterna samt för att mäta utvecklingstider och identifiera skillnader i funktionalitet. Vi har även använt oss av frågeformulär för att ta reda på vad användare tyckte om analystjänsterna. Vi kom fram till att Azure Stream Analytics initialt var mer användbart än HDInsight/Storm men att skillnaderna minskade efter hand. Azure Stream Analytics var lättare att arbeta med vid simplare analyser medan HDInsight/Storm hade ett bredare val av funktionalitet.

Att tillämpa återkommande mätning av kundnöjdhet i IT-projekt : En vidareutvecklad modell baserad på modellerna American Customer Satisfaction Index (ACSI) och SERVQUAL

I dagens samhälle är det allt viktigare för företag att behålla sina existerande kunder då konkurrensen blir allt hårdare. Detta medför att företag försöker vidta åtgärder för att vårda relationer med sina kunder. Detta problem är även högst relevant inom IT-branschen. Inom IT-branschen är det vanligt att arbeta agilt i IT-projekt. Vår samarbetspartner har sett ett ökat behov av att mäta servicekvalitet på ett återkommande sätt inom IT-projekt, detta för att mäta relevanta variabler som sträcker sig utanför kravspecifikationen. För att mäta framgång gällande detta arbetssätt vill man kunna mäta Nöjd Kund Index (NKI) för att kunna jämföra IT-projekt internt i företaget. Då tidigare forskning visat avsaknad av modeller innehållande både mätning av servicekvalitet samt NKI har lämplig litteratur studerats där det framkommit att modellen SERVQUAL är vedertagen för mätning av servicekvalitet och modellen American Customer Satisfaction Index (ACSI) är vedertagen för mätning av NKI. Detta har legat till grund för arbetets problemformulering och syfte. Syftet med arbetet är att skapa en vidareutvecklad modell för mätning av NKI för att jämföra IT-projekt internt samt återkommande mätning av servicekvalitet inom IT-projekt. Framtagande av denna modell har sedan skett genom forskningsstrategin Design and Creation. Intervjuer har genomförts för kravfångst till den vidareutvecklade modellen. Resultatet av denna forskningsstrategi blev sedan en vidareutvecklad modell baserad på ovan nämnda modeller med återkommande förhållningssätt för mätning av servicekvalitet inom IT-projekt och mätning av NKI för att jämföra IT-projekt internt i företaget. Den framtagna modellen har sedan verifierats genom ytterligare intervjuer med respondenter som innehar god erfarenhet från kundsidan av IT-projekt. Från dessa intervjuer kunde sedan slutsats dras att denna modell är att anse som applicerbar i empirin gällande IT-projekt.

Dialekter och röstigenkänning : Ett röstigenkännings-API:s förmåga att uppfatta svenska dialekters kännetecken och röstkombinationer

Allt eftersom utvecklingen går framåt inom applikationer och system så förändras också sättet på vilket vi interagerar med systemet på. Hittills har navigering och användning av applikationer och system mestadels skett med händerna och då genom mus och tangentbord. På senare tid så har navigering via touch-skärmar och rösten blivit allt mer vanligt. Då man ska styra en applikation med hjälp av rösten är det viktigt att vem som helst kan styra applikationen, oavsett vilken dialekt man har. För att kunna se hur korrekt ett röstigenkännings-API (Application Programming Interface) uppfattar svenska dialekter så initierades denna studie med dokumentstudier om dialekters kännetecken och ljudkombinationer. Dessa kännetecken och ljudkombinationer låg till grund för de ord vi valt ut till att testa API:et med. Varje dialekt fick alltså ett ord uppbyggt för att vara extra svårt för API:et att uppfatta när det uttalades av just den aktuella dialekten. Därefter utvecklades en prototyp, närmare bestämt en android-applikation som fungerade som ett verktyg i datainsamlingen. Då arbetet innehåller en prototyp och en undersökning så valdes Design and Creation Research som forskningsstrategi med datainsamlingsmetoderna dokumentstudier och observationer för att få önskat resultat. Data samlades in via observationer med prototypen som hjälpmedel och med hjälp av dokumentstudier. Det empiriska data som registrerats via observationerna och med hjälp av applikationen påvisade att vissa dialekter var lättare för API:et att uppfatta korrekt. I vissa fall var resultaten väntade då vissa ord uppbyggda av ljudkombinationer i enlighet med teorin skulle uttalas väldigt speciellt av en viss dialekt. Ibland blev det väldigt låga resultat på just dessa ord men i andra fall förvånansvärt höga. Slutsatsen vi drog av detta var att de ord vi valt ut med en baktanke om att de skulle få låga resultat för den speciella dialekten endast visade sig stämma vid två tillfällen. Det var istället det ord innehållande sje- och tje-ljud som enligt teorin var gemensamma kännetecken för alla dialekter som fick lägst resultat överlag.

Modeling and illustrating requirement prioritization in public e-service development from a value-based perspective

A major problem in e-service development is the prioritization of the requirements of different stakeholders. The main stakeholders are governments and their citizens, all of whom have different and sometimes conflicting requirements. In this paper, the prioritization problem is addressed by combining a value-based approach with an illustration technique. This paper examines the following research question: How can multiple stakeholder requirements be illustrated from a value-based perspective in order to be prioritizable? We used an e-service development case taken from a Swedish municipality to elaborate on our approach. Our contributions are: 1) a model of the relevant domains for requirement prioritization for government, citizens, technology, finances and laws and regulations; and 2) a requirement fulfillment analysis tool (RFA) that consists of a requirement-goal-value matrix (RGV), and a calculation and illustration module (CIM). The model reduces cognitive load, helps developers to focus on value fulfillment in e-service development and supports them in the formulation of requirements. It also offers an input to public policy makers, should they aim to target values in the design of e-services.

Usability of government websites in Uganda

Government websites offer great benefits to citizens and governments. Such benefits, however,cannot be realized if websites are unusable. This study investigates usability of government websites in Uganda.Using the feature investigation method, the study evaluated four Ugandan government websites according tothree perspectives. Results show that websites are partially usable in the design layout and navigationperspectives but are rather weak in stating legal policies. Evaluation results provide the Ugandan governmentwith a clear picture of what needs to be improved according to international website design standards. Moreover,the parsimonious evaluation framework proposed in the research is useful for any country that wants to do aquick and easy evaluation of their government websites.

Passive MVC och MVVM designmönster i Android : En jämförelse av kodkomplexitet mellan Passive MVC och MVVM

Det mobila operativsystemet Android är idag ett ganska dominerande operativsystem på den mobila marknaden dels på grund av sin öppenhet men också på grund av att tillgängligheten är stor i och med både billiga och dyra telefoner finns att tillgå. Men idag har Android inget fördefinierat designmönster vilket leder till att varje utvecklare får bestämma själv vad som ska användas, vilket ibland kan leda till onödigt komplex kod i applikationerna som sen blir svårtestad och svårhanterlig. Detta arbete ämnar jämföra två designmönster, Passive Model View Controller (PMVC) och Model View View-Model (MVVM), för att se vilket designmönster som blir minst komplext med hjälp av att räkna fram mätvärden med hjälp av Cyclomatic Complexity Number (CCN). Studien är gjord utifrån arbetssättet Design & Creation och ämnar bidra med: kunskap om vilket mönster man bör välja, samt om CCN kan peka ut vilka delar i en applikation som kommer att ta mer eller mindre lång tid att testa. Under studiens gång tog vi även fram skillnader på om man anväder sig av den så kallade Single Responsibilyt Principle (SRP) eller inte. Detta för att se om separerade vyer gör någon skillnad i applikationernas komplexitet. I slutändan så visar studien på att komplexiteten i små applikationer är väldigt likvärdig, men att man även på små applikationer kan se skillnad på hur komplex koden är men också att kodkomplexitet på metodnivå kan ge riktlinjer för testfall.

QoS-aware model driven architecture through the UML and CIM

The specification of Quality of Service (QoS) constraints over software design requires measures that ensure such requirements are met by the delivered product. Achieving this goal is non-trivial, as it involves, at least, identifying how QoS constraint specifications should be checked at the runtime. In this paper we present an implementation of a Model Driven Architecture (MDA) based framework for the runtime monitoring of QoS properties. We incorporate the UML2 superstructure and the UML profile for Quality of Service to provide abstract descriptions of component-and-connector systems. We then define transformations that refine the UML2 models to conform with the Distributed Management Taskforce (DMTF) Common Information Model (CIM) (Distributed Management Task Force Inc. 2006), a schema standard for management and instrumentation of hardware and software. Finally, we provide a mapping the CIM metamodel to a .NET-based metamodel for implementation of the monitoring infrastructure utilising various .NET features including the Windows Management Instrumentation (WMI) interface.

Volunteered Geographic Information For Water Management: A Prototype Architecture

Driven by Web 2.0 technology and the almost ubiquitous presence of mobile devices, Volunteered Geographic Information (VGI) is knowing an unprecedented growth. These notable technological advancements have opened fruitful perspectives also in the field of water management and protection, raising the demand for a reconsideration of policies which also takes into account the emerging trend of VGI. This research investigates the opportunity of leveraging such technology to involve citizens equipped with common mobile devices (e.g. tablets and smartphones) in a campaign of report of water-related phenomena. The work is carried out in collaboration with ADBPO - Autorità di bacino del fiume Po (Po river basin Authority), i.e. the entity responsible for the environmental planning and protection of the basin of river Po. This is the longest Italian river, spreading over eight among the twenty Italian Regions and characterized by complex environmental issues. To enrich ADBPO official database with user-generated contents, a FOSS (Free and Open Source Software) architecture was designed which allows not only user field-data collection, but also data Web publication through standard protocols. Open Data Kit suite allows users to collect georeferenced multimedia information using mobile devices equipped with location sensors (e.g. the GPS). Users can report a number of environmental emergencies, problems or simple points of interest related to the Po river basin, taking pictures of them and providing other contextual information. Field-registered data is sent to a server and stored into a PostgreSQL database with PostGIS spatial extension. GeoServer provides then data dissemination on the Web, while specific OpenLayers-based viewers were built to optimize data access on both desktop computers and mobile devices. Besides proving the suitability of FOSS in the frame of VGI, the system represents a successful prototype for the exploitation of user local, real-time information aimed at managing and protecting water resources.