Analysis of the regulation of Nodal function by SPC-mediated cleavage during early mammalian development

RÉSUMÉ Après implantation dans l'utérus, le foetus de mammifère est composé de trois populations différentes de cellules: l'epiblast, l'ectoderme extraembryonnaire et l'endoderme viscéral. Pendant la gastrulation, les cellules de l'epiblast donnent naissance aux trois lignées germinales: l'ectoderme, le mésoderme et l'endodermes. Les lignées germinales produisent par la suite les différents tissus et organes du corps embryonnaire et adulte. Les cellules de l'ectoderme extraembryonnaire donnent par la suite le composant foetal du placenta qui est essentiel à la survie de l'embryon dans l'utérus. L'épiblast et l'ectoderme extraembryonnaire sont entourés par l'endoderme viscéral et forment une structure connue sous le nom de bouton embryonnaire. L'endoderme viscéral joue un rôle important dans l'embryogenèse car il comporte une sous-population de cellules appelées l'endoderme viscéral antérieur dont les signaux influencent l'épiblast adjacent et déterminent le futur axe antéro-postérieur de l'embryon. La protéine de signalisation Nodal de la famille des TGFß est essentielle dans l'épiblast pour spécifier le mésendoderme, l'endoderme viscéral antérieur, ainsi que pour maintenir les cellules souche de l'ectoderme extraembryonnaire. Ainsi, dans les embryons mutants pour Nodal, aucun axe antéro-postérieur n'est établi, les lignées germinales ne sont pas spécifiés et le placenta ne se développe pas. Au niveau moléculaire, comme pour les protéines de la famille des TGFß, Nodal est initialement synthétisée sous forme de précurseur avant d'être clivée de façon endoproteolytique par des protéanes sécrétées, les proprotéines convertases du type subtilisin (SPC), qui suppriment la partie inhibitrice N-terminale du pro peptide. Dans ce contexte, le projet de ma thèse a été d'analyser l'influence des SPC sur la fonction de Nodal en employant une combinaison d'approches génétiques et biochimiques. Premièrement, nous avons constaté que le clivage du précurseur par les protéases active Nodal, mais en même temps augmente son turn-over et diminue la portée de son action. Deuxièmement, dans l'embryon, il apparaît que Nodal est activé par l'action combinée de Furin et de PACE4, deux protéases sécrétées qui sont spécifiquement exprimées dans les cellules de l'ectoderme extraembryonnaire, donc adjacentes au domaine d'expression de Nodal. De manière similaire aux mutants de Nodal, les embryons mutants pour les deux protéases ne forment pas d'endoderme viscéral antérieur et ne gastrulent pas. Cependant, certains gènes cible de Nodal restent exprimés, suggérant que toutes les activités de Nodal ne sont pas dépendent du clivage par les SPCs. En effet, la génération et l'analyse de mutants portant un allèle knock-in qui code pour une forme mutante de Nodal résistante aux SPC, ont montré que ces mutants ont les caractères phénotypique des mutants de Nodal seulement de façon partielle. La formation de mésoderme est partiellement induite, et de façon remarquable, la forme de Nodal résistante aux SPC est capable d'agir à une distance de sa source, maintenant l'expression de ses propres protéases et d'autres gènes essentiels pour la spécification de l'ectoderme extraembryonnaire. Ensemble, ces résultats prouvent que par leur action directe les protéases extraembryonnaire modulent la signalisation de Nodal pendant le développement mammifère précoce. SUMMARY : Early after implantation in the uterus, the mammalian conceptus is composed of three different cell populations: the epiblast, the extraembryonic ectoderm and the visceral endoderm. During gastrulation, epiblast cells give rise to the three embryonic germ layers: the ectoderm, the mesoderm and the endoderm. These germ layers then generate the different tissues and organs of the embryonic and adult bodies. In parallel, extraembryonic ectoderm cells give rise to the fetal component of the placenta, which is essential for the survival of the embryo in the uterus. Both the epiblast and extraembryonic ectoderm are surrounded by the visceral endoderm to form a structure known as the egg cylinder. The visceral endoderm plays an important role as it harbours a subpopulation of cells called the anterior visceral endoderm, from which signals influence the adjacent epiblast and determine the future antero-posterior embryonic axis. The TGFß-related signalling protein Nodal is required within the epiblast to specify the mesoderm, the endoderm,the anterior visceral endoderm and is also essential to maintain stem cells in the extraembryonic ectoderm. Thus, in Nodal null conceptuses, no antero-posterior axis is established, the germ layers are not specified and the placenta does not develop. At the molecular level, Nodal, like related proteins of the TGFß family, is initially synthesized as a precursor and undergoes endoproteolytic cleavage by secreted proteases of the subtilisin-like proprotein convertases (SPC) to remove an inhibitory N-terminal pro peptide. In the embryo, Nodal is activated by the combined action of Furin and PACE4, two secreted SPCs that are specifically expressed in cells of the extraembryonic ectoderm, thus adjacent to the Nodal expression domain. Similar to Nodal null .embryos, mutant embryos lacking both these proteases fail to specify the anterior visceral endoderm and to undergo gastrulation. However, these mutants still express a subset of Nodal target genes, suggesting that part of Nodal activity is independent on cleavage by SPCs. Indeed, by generating and analyzing mutants with a knock-in allele that encodes an SPC-resistant mutant form of Nodal, I could show that they retain a subset of Nodal activities. Mesoderm formation is partially induced, but most remarkably, SPC-resistant Nodal form is able to act at a distance from its source, maintaining the expression of its proteases and of other genes essential for maintenance of the extraembryonic ectoderm.

Garnet growth in the metasediments of the Zermatt-Saas Fee zone (western alps)

The Zermatt-Saas Fee Zone (ZSZ) in the Western Alps consists of multiple slices of ultramafic, mafic and metasedimentary rocks. They represent the remnants of the Mesozoic Piemonte-Ligurian oceanic basin which was subducted to eclogite facies conditions with peak pressures and temperatures of up to 20-28 kbar and 550-630 °C, followed by a greenschist overprint during exhumation. Previous studies, emphasizing on isotopie geochronology and modeling of REE-behavior in garnets from mafic eclogites, suggest that the ZSZ is buildup of tectonic slices which underwent a protracted diachronous subduction followed by a rapid synchronous exhumation. In this study Rb/Sr geochronology is applied to phengite included in garnets from metasediments of two different slices of the ZSZ to date garnet growth. Inclusion ages for 2 metapelitic samples from the same locality from the first slice are 44.25 ± 0.48 Ma and 43.19 ± 0.32 Ma. Those are about 4 Ma older than the corresponding matrix mica ages of respectively 40.02 ± 0.13 Ma and 39.55 ± 0.25 Ma. The inclusion age for a third calcschist sample, collected from a second slice, is 40.58 ± 0.24 Ma and the matrix age is 39.8 ± 1.5 Ma. The results show that garnet effectively functioned as a shield, preventing a reset of the Rb/Sr isotopie clock in the included phengites to temperatures well above the closure of Sr in mica. The results are consistent with the results of former studies on the ZSZ using both Lu/Hf and Sm/Nd geochronology on mafic eclogites. They confirm that at least parts of the ZSZ underwent close to peak metamorphic HP conditions younger than 43 m.y. ago before being rapidly exhumed about 40 m.y. ago. Fluid infiltration in rocks of the second slice occurred likely close to the peak metamorphic conditions, resulting in rapid growth of garnets. Similar calcschists from the same slice contain two distinct types of porphyroblast garnets with indications of multiple growth pulses and resorption indicated by truncated chemical zoning patterns. In-situ oxygen isotope Sensitive High Resolution Ion Microprobe (SHRIMP) analyses along profiles on central sections of the garnets reveal variations of up to 5 %o in individual garnets. The complex compositional zoning and graphite inclusion patterns as well as the variations in oxygen isotopes correspond to growing under changing fluid composition conditions caused by external infiltrated fluids. The ultramafic and mafic rocks, which were subducted along with the sediments and form the volumetrically most important part of the ZSZ, are the likely source of those mainly aqueous fluids. - La Zone de Zermatt-Saas Fee (ZZS) est constituée de multiples écailles de roches ultramafiques, mafiques et méta-sédimentaires. Cette zone, qui affleure dans les Alpes occidentales, représente les restes du basin océanique Piémontais-Ligurien d'âge mésozoïque. Lors de la subduction de ce basin océanique à l'Eocène, les différentes roches composant le planché océanique ont atteint les conditions du faciès éclogitique avec des pressions et des températures maximales estimées entre 20 - 28 kbar et 550 - 630 °C respectivement, avant de subir une rétrogression au faciès schiste vert pendant l'exhumation. Différentes études antérieures combinant la géochronologie isotopique et la modélisation des mécanismes gouvernant l'incorporation des terres rares dans les grenats des éclogites mafiques, suggèrent que la ZZS ne correspond pas à une seule unité, mais est constituée de différentes écailles tectoniques qui ont subi une subduction prolongée et diachrone suivie d'une exhumation rapide et synchrone. Afin de tester cette hypothèse, j'ai daté, dans cette étude, des phengites incluses dans les grenats des méta-sédiments de deux différentes écailles tectoniques de la ZZS, afin de dater la croissance relative de ces grenats. Pour cela j'ai utilisé la méthode géochronologique basée sur la décroissance du Rb87 en Sr87. J'ai daté trois échantillons de deux différentes écailles. Les premiers deux échantillons proviennent de Triftji, au nord du Breithorn, d'une première écaille dont les méta-sédiments sont caractérisés par des bandes méta-pélitiques à grenat et des calcschistes. Le troisième échantillon a été collectionné au Riffelberg, dans une écaille dont les méta-sédiments sont essentiellement des calcschistes qui sont mélangés avec des roches mafiques et des serpentinites. Ce mélange se trouve au-dessus de la grande masse de serpentinites qui forment le Riffelhorn, le Trockenersteg et le Breithorn, et qui est connu sous le nom de la Zone de mélange de Riffelberg (Bearth, 1953). Les inclusions dans les grenats de deux échantillons méta-pélitiques de la première écaille sont datées à 44.25 ± 0.48 Ma et à 43.19 ± 0.32 Ma. Ces âges sont à peu près 4 Ma plus vieux que les âges obtenus sur les phengites provenant de la matrice de ces mêmes échantillons qui donnent des âges de 40.02 ± 0.13 Ma et 39.55 ± 0.25 Ma respectivement. Les inclusions de phengite dans les grenats appartenant à un calcschiste de la deuxième écaille ont un âge de 40.58 ± 0.24 Ma alors que les phengites de la matrice ont un âge de 39.8 ± 1.5 Ma. Pour expliquer ces différences d'âge entre les phengites incluses dans le grenat et les phengites provenant de la matrice, nous suggérons que la cristallisation de grenat ait permis d'isoler ces phengites et de les préserver de tous rééquilibrage lors de la suite du chemin métamorphique prograde, puis rétrograde. Ceci est particulièrement important pour expliquer l'absence de rééquilibrage des phengites dans des conditions de températures supérieures à la température de fermeture du système Rb/Sr pour les phengites. Les phengites en inclusions n'ayant pas pu être datées individuellement, nous interprétons l'âge de 44 Ma pour les inclusions de phengite comme un âge moyen pour l'incorporation de ces phengites dans le grenat. Ces résultats sont cohérents avec les résultats des études antérieures de la ZZS utilisant les systèmes isotopiques de Sm/Nd et Lu/Hf sur des eclogites mafiques. ils confirment qu'aux moins une partie de la ZZS a subi des conditions de pression et de température maximale il y a moins de 44 à 42 Ma avant d'être rapidement exhumée à des conditions métamorphiques du faciès schiste vert supérieur autour de 40 Ma. Cette étude détaillée des grenats a permis, également, de mettre en évidence le rôle des fluides durant le métamorphisme prograde. En effet, si tous les grenats montrent des puises de croissance et de résorption, on peut distinguer, dans différents calcschists provenant de la deuxième écaille, deux types distincts de porphyroblast de grenat en fonction de la présence ou non d'inclusions de graphite. Nous lions ces puises de croissances/résorptions ainsi que la présence ou l'absence de graphite en inclusion dans les grenats à l'infiltration de fluides dans le système, et ceci durant tous le chemin prograde mais plus particulièrement proche et éventuellement peu après du pic du métamorphisme comme le suggère l'âge de 40 Ma mesuré dans les inclusions de phengites de l'échantillon du Riffelberg. Des analyses in-situ d'isotopes d'oxygène réalisé à l'aide de la SHRIMP (Sensitive High Resolution Ion Microprobe) dans des coupes centrales des grenats indiquent des variations jusqu'à 5 %o au sein même d'un grenat. Les motifs de zonations chimiques et d'inclusions de graphite complexes, ainsi que les variations du δ180 correspondent à une croissance de grenat sous des conditions de fluides changeantes dues aux infiltrations de fluides externes. Nous lions l'origine de ces fluides aqueux aux unités ultramafiques et mafiques qui ont été subductés avec les méta-sédiments ; unités ultramafiques et mafiques qui forment la partie volumétrique la plus importante de la ZZS.

MOLECULAR REORGANIZATION FOLLOWING SENSORY STIMULATION IN THE ADULT MOUSE BARREL CORTEX

Sensory information is an important factor in shaping neuronal circuits during development and adulthood. In the barrel cortex of adult rodents, cells from layer IV are able to adapt their functional state to an increased flow of sensory information from the mystacial whisker follicles. Previous studies in our group have shown that whisker stimulation induces the formation of inhibitory synapses in the corresponding barrel (Knott et al., 2002) and decreases neuronal responses toward the deflection of the stimulated whisker (Quairiaux et al., 2007). Together these observations have turned the barrel cortex into a model to study homeostatic plasticity. At the cellular level, neuronal activity triggers intracellular signaling cascades leading to a transcriptional response. To further characterize the molecular pathways involved in the synaptic changes after whisker stimulation in the adult mouse, a previous doctoral student in our group performed a microarray analysis on laser-dissected barrels in sections through layer IV. This study identified the regulation (up and down) of a series of genes in the stimulated barrels (thesis of Johnston-Wenger, 2010). We here focused on ten genes that presented the highest fold change according to the microarray analysis. Out of these genes, 7 are known as neuronal activity-dependent genes (Tnncl, Nptx2, Sorcs3, Ptgs2, Nr4a2, Npas4 and Adcyapl) whereas three have so far not been related to neuronal plasticity (Scn7a, Pcdhl5 and Cede3). The study aimed at confirming the results of the microarray analysis and localizing molecular modifications in the stimulated barrel column at the cellular level. In situ hybridization for Pcdhl5 after different periods of whisker stimulation (3, 6, 9, 15, 24 hrs) allowed us to confirm that the 1.25 fold change used for the microarray analysis is an appropriate threshold for considering a regulation significant after sensory-stimulation. Moreover, we confirmed with in situ hybridization a significant upregulation of the genes of interest in the stimulated barrels. In situ hybridization and immunohistochemistry allowed us to observe the distribution of the genes of interest and the corresponding protein products at the cellular level. Three observations were made: 1) alterations of the expression was restricted to the stimulated barrels for all genes tested; 2) within a barrel column not all cells responded to whisker stimulation with an altered gene expression; 3) in the stimulated barrels, two different patterns of mRNA and protein expression can be distinguished. We hypothesize that this segregation of the activity-induced gene expression reflects the segregation of the two principal thalamocortical pathways conveying the sensory information to the barrel cortex. Moreover, only neurons reaching the critical threshold will modify their gene expression program resulting in structural as well as physiological modifications that prevent the subsequent propagation of the excess of excitation to the postsynaptic targets. The activity-induced gene expression is therefore adapted in a cell-type-specific manner to induce a homeostatic response to the entire neuronal network involved in the integration of the sensory information. This to our knowledge the first study showing the distinct, but complementary contribution of the two thalamocortical pathways in experience-dependent plasticity in the adult mouse barrel cortex. -- L'information sensorielle nous permet de continuellement façonner nos circuits neuronaux autant durant le développement qu'à l'âge adulte. Chez le rongeur l'information sensorielle perçue par les vibrisses est intégrée au niveau du cortex somatosensoriel primaire (appelé en anglais « barrel cortex ») dont les cellules de la couche IV sont capables d'adapter leur état fonctionnel en réponse à une augmentation d'activité neuronale. Ce modèle expérimental a permis à notre groupe de recherche d'observer des changements rapides du circuit neuronal en fonction de l'activité sensorielle. En effet, la stimulation continue d'une vibrisse d'une souris adulte pendant 24 heures induit non seulement un remaniement synaptique (Knott et al., 2002), mais également des changements physiologiques au niveau des neurones du tonneau correspondant (Quairiaux et al., 2007). Ces observations nous permettent d'affirmer que le « barrel cortex » est un modèle approprié pour y étudier la plasticité synaptique. Au niveau cellulaire, l'activité neuronale déclenche des cascades de signalisation intracellulaire résultant en une réponse transcriptionnelle. Afin de caractériser les voies moléculaires impliquées dans la plasticité synaptique, une puce à ARN nous a permis de comparer l'expression de gènes entre un tonneau correspondant à une vibrisse stimulée et un tonneau d'une vibrisse non-stimulée (Nathalie). Cette analyse a révélé un certain nombre de gènes régulés de manière positive ou négative par l'augmentation de l'activité neuronale. Nous nous sommes concentrés sur 10 gènes dont l'expression est fortement régulée. L'expression de sept d'entre eux a déjà été démontrée comme dépendante de l'activité neuronale (Tnncl, Nptx2, Sorcs3, Ptgs2, Nr4a2, Npas4 otAdcyapl) alors que l'expression des trois autres (Scn7a, Pcdhl5 et Cedei) n'a pour le moment pas encore été liée à la plasticité neuronale. Le but de cette thèse est de confirmer les résultats de la puce à ARN et de déterminer dans quel type cellulaire ces gènes sont exprimés. L'hybridation in situ pour le gène Pcdhl5, après différentes périodes de stimulation des vibrisses (3, 6, 9, 15 et 24 heures), nous a permis de confirmer que le seuil de 1.25x utilisé dans l'analyse de la puce à ARN est approprié pour considérer qu'un gène est régulé de manière significative par la stimulation sensorielle. Nous avons également pu confirmer à l'aide de cette technique que la stimulation sensorielle augmente significativement l'expression de ces dix gènes. L'expression de ces gènes au niveau cellulaire a été observée à l'aide des techniques d'hybridation in situ et d'immunohistochimie. Trois observations ont été faites : 1) la régulation de ces gènes est restreinte aux tonneaux correspondants aux vibrisses stimulées ; 2) au niveau d'une colonne corticale correspondant aux vibrisses stimulées, seules certaines cellules présentent une altération de leur expression génique ; 3) au niveau des tonneaux stimulés, deux profils d'expression d'ARNm et de protéines sont observés. Notre hypothèse est que cette distribution pourrait correspondre à la terminaison ségrégée des deux voies thalamocortical qui amènent l'information sensorielle dans le cortex cérébral. De plus, seul les neurones atteignant le seuil critique d'activation modifient leur expression génique en réponse à la stimulation sensorielle. Ces changements d'expression géniques vont permettre à la cellule de modifier ses propriétés structurales et physiologiques de manière a prevenir la propagation d'un excès d'activité neuronale au niveau de ses cibles postsynaptics. L'activité neuronale agit donc spécifiquement sur certains types cellulaires de maniere a induire une réponse homéostatique au niveau du réseau neuronal impliqué dans l'integration de l'information sensorielle. Nos travaux démontrent pour une première fois que les deux voies sensorielles contribuent d'une manière distincte et complémentaire à la plasticité corticale induite par un changement de l'activité sensorielle chez la souris adulte.

CHARACTERISATION OF ARABIDOPSIS THALIANA PERMEABLE CUTICLE MUTANTS SHOWING A STRONG RESISTANCE TO BOTRYTIS CINEREA

La cuticule des plantes, composée de cutine, un polyester lipidique complexe et de cires cuticulaires, couvre l'épiderme de la plupart des parties aériennes des plantes. Elle est constituée d'une barrière hydrophobique primaire qui minimise les pertes en eau et en soluté et protège l'organisme de différents stress environnementaux tels que les rayons UV, la dessiccation et l'infection par des pathogènes. Elle est aussi impliquée dans la délimitation des organes durant le développement. La cutine est un polyester qui, dans la plupart des espèces végétales, est principalement composé d'acides gras ω-hydroxylés composé de 16 à 18 carbones. Cependant, la cutine des feuilles d'Arabidopsis a une composition différente et est principalement constituée d'acides dicarboxyliques à 16-18 carbones. Les cires sont présentes dans le polyester de la cutine ou le recouvrent. Chez Arabidopsis, un nombre de mutants, tel que 1er, bdg, hth, att1, wbc11, et des plantes transgéniques avec différents changement dans la structure de la cuticule dans les feuilles et la tige, ont récemment été décrits et servent d'outils pour étudier la relation entre la structure et la fonction de la cuticule.7 mutants d'Arabidopsis ont été isolés par une méthode de coloration qui permet de détecter une augmentation dans la perméabilité cuticulaire. Ces mutants ont été appelés pec pour permeable cuticle.Pour la première partie de mon projet, j'ai principalement travaillé avec pec9/bre1 (permeable cuticle 9/botrytis resistance 1). PEC9/BRE1 a été identifié comme étant LACS2 (LONG CHAIN ACYL-CoA SYNTHETASE 2). Dans ce mutant, la cuticule n'est pas visible sous microscopie électronique et la quantité en acides gras omega- hydroxylés et en leurs dérivés est fortement réduite. Ces altérations conduisent à une plus grande perméabilité de la cuticule qui est mise en évidence par une plus grande sensibilité à la sécheresse et aux xénobiotiques et une coloration plus rapide par bleu de toluidine. Le mutant Iacs2 démontre aussi une grande capacité de résistance à l'infection du champignon nécrotrophique B. cinerea. Cette résistance est due à l'extrusion sur les feuilles d'un composé antifongique durant l'infection. Ce travail a été publié dans EMBO journal (Bessire et al., 2007, EMBO Journal).Mon second projet était principalement concentré sur pec1, un autre mutant isolé par le premier crible. La caractérisation de pec1 a révélé des phénotypes similaires à ceux de Iacs2, mais à chaque fois dans des proportions moindres : sensibilité accrue à la sécheresse et aux herbicides, plus grande perméabilité au bleu de toluidine et au calcofluor white, altération de la structure cuticulaire et résistance à B. cinerea à travers la même activité antifongique. PEC1 a été identifié comme étant AtPDR4. Ce gène code pour un transporteur ABC de la famille PDR ("Pleiotropic Drugs Resistance") qui sont des transporteurs ayants un large spectre de substrats. Le mutant se différencie de Iacs2, en cela que la composition en acides gras de la cuticule n'est pas autant altérée. C'est principalement le dihydroxypalmitate des fleurs dont la quantité est réduite. L'expression du gène marqué avec une GFP sous le contrôle du promoteur endogène a permis de localiser le transporteur au niveau de la membrane plasmique des cellules de l'épiderme, de manière polaire. En effet, la protéine est principalement dirigée vers l'extérieure de la plante, là où se trouve la cuticule, suggérant une implication d'AtPDR4 dans le transport de composants de la cuticule. Ce travail est actuellement soumis à Plant Cell.Une étude phylogénétique a aussi montré qu'AtPDR4 était très proche d'OsPDR6 du riz. Le mutant du riz a d'ailleurs montré des phénotypes de nanisme et de perméabilité similaire au mutant chez Arabidopsis.AbstractThe cuticle, consisting principally of cutin and cuticular waxes, is a hydrophobic layer of lipidic nature, which covers all aerial parts of plants and protects them from different abiotic and biotic stresses. Recently, the research in this area has given us a better understanding of the structure and the formation of the cuticle. The Arabidopsis mutants permeable cuticle 1 (peel) and botrytis resistance 1 (brel) were identified in two screens to identify permeable cuticles. The screens used the fluorescent dye calcofluor to measure permeability and also resistance to the fungal pathogen Botrytis. These mutants have highly permeable cuticle characteristics such as higher water loss, intake of chemicals through the cuticle, higher resistance to Botrytis cinerea infection, and organ fusion.BRE1 was cloned and found to be LACS2, a gene previously identified which is important in the formation and biosynthetic pathway of the cuticle. In brel, the amount of the major component of cutin in Arabidopsis leaves and stems, dicarboxylic acids, is five times lower than in the wild type. Moreover, the permeability of the cuticle allows the release of antifungal compounds at the leaf surface that inhibits the growth of two necrotrophic fungi: Botrytis cinerea and Sclerotinia sclerotiorum.PEC1 was identified as AtPDR4, a gene that codes for a plasma membrane transporter of the Pleiotropic Drug Resistance family, a sub-family of the ABC- transporters. AtPDR4 is strongly expressed in the epidermis of expanding tissues. In the epidermis it is located in a polar manner on the external plasma membrane, facing the cuticle. Analysis of the monomer composition of the cutin reveals that in this mutant the amount of hydroxy-acids and dihydroxy-palmitate is 2-3 times lower in flowers, in which organ these cutin monomers are the major components. Thus AtPDR4 is thought to function as a putative cutin monomer transporter.

Transcriptional regulation of RNA polymerase III in mammalian cells

L'ARN Polymérase III (Pol III) transcrit un ensemble de petits ARN non traduits impliqués dans des processus cellulaires tels que la biosynthèse des protéines, la maturation des ARNs ou le contrôle transcriptionnel. De ce fait, la Pol III joue un rôle important dans la régulation de la croissance et la prolifération cellulaire. L'initiation de la transcription par la Pol III nécessite l'interaction entre des facteurs de transcription et le complexe de la Pol III lui-même. Un sous- complexe de la Pol III, composé de 3 sous-unités, HsRPC3, HsRPC6 et HsRPC7 sert d'intermédiaire dans cette interaction. Dans cette étude, nous avons caractérisé une nouvelle sous-unité de la Pol III, HsRPC7-Like, homologue à HsRPC7. Nous avons montré que ces deux homologues se trouvent spécifiquement chez les vertébrés. Ils proviennent d'un ancêtre commun qui, après duplication il y a 600 millions d'années, a donné naissance à ces deux paralogues. Dans les cellules humaines, deux formes de Pol III coexistent : l'une contientt HsRPC7, l'autre HsRPC7-Like. Nous avons localisé, à l'échelle du génome entier, la présence de ces deux formes de Pol III dans des cellules humaines et dans le foie de souris. Les deux sous-unités ont démontré des caractéristiques identiques, suggérant qu'elles possèdent des fonctions similaires. Cependant, nous avons analysé les motifs d'expression des gènes codant pour RPC7 et RPC7-Like dans des lignées cellulaires dans des conditions variées telles que la concentration de sérum et la densité cellulaire, ainsi que les motifs d'expression dans le foie de souris et des cellules d'hépatocarcinome de souris. Nos résultats suggèrent que l'expression de ces deux sous-untiés varie en fonction de l'activité de prolifération de la cellule. - RNA polymerase III (Pol III) transcribes a set of genes coding for short untranslated RNAs involved in essential cellular processes as for example protein biosynthesis, RNA maturation, and transcriptional control. Thereby Pol III plays an important role in regulating cell growth and proliferation. Initiation of Pol III transcription requires interactions between transcription factors and the Pol III core complex. A Pol III sub-complex composed of three subunits, HsRPC3, HsRPC6, and HsRPC7 mediates this interaction. In this study, we have characterized a new Pol III subunit, HsRPC7-Like, an homologue of HsRPC7. We have shown that these two homologues are specific to vertebrates and originate from an ancestor gene that duplicated 600 mio years ago to give birth to two paralogues. In human cells, two forms of Pol III coexist, one containing HsRPC7 and the other HsRPC7-Like. We have localized, genome-wide, these two Pol III forms in human cells and mouse liver. Both subunits were found on all types of Pol III genes, suggesting that they share similar function. However, we analysed the expression patterns of the RPC7 and RPC7-Like coding genes under various conditions of serum concentration and cell density in different cell lines, as well as expression patterns in mouse liver and mouse hepatocarcinoma cells. Our results suggest that the expression of these two subunits varies with the proliferation rate of the cell.

THE CXCR7/CXCR4/CXCL12 AXIS IN HUMAN NEUROBLASTOMA: INVOLVEMENT IN MALIGNANT PROGRESSION

Le neuroblastome (NB) est la tumeur maligne solide extra-crânienne la plus fréquente chez le jeune enfant. L'évolution clinique est très hétérogène, et les NBs de haut risque échappent encore aux traitements les plus agressifs. Diverses études ont montré que les chimiokines et leurs récepteurs, particulièrement l'axe CXCR4/CXCL12, sont impliqués dans la progression tumorale. Dans le NB, l'expression de CXCR4 est corrélée à un pronostic défavorable. De récentes études ont identifié l'expression d'un autre récepteur, CXCR7, présentant une forte affinité pour le ligand CXCL12. Cependant, son implication potentielle dans l'agressivité des NBs reste encore inconnue. Notre étude a pour objectif d'analyser le rôle de CXCR7 dans le comportement malin du NB, et son influence sur la fonctionnalité de l'axe CXCR4/CXCL12. Les profils d'expression de CXCR7 et CXCL12 ont d'abord été évalués sur un large échantillonnage de tissus de NB, incluant des tissus de tumeurs primaires et de métastases, provenant de 156 patients. CXCL12 est fortement détecté dans les vaisseaux et le stroma des tumeurs. Contrairement à CXCR4, CXCR7 n'est que très faiblement exprimé par les tumeurs indifférenciées. Néanmoins, l'expression de CXCR7 augmente dans les tumeurs matures, et se trouve spécifiquement associée aux cellules neurales différentiées, telles que les cellules ganglionnaires. L'expression de CXCR7 est faiblement détectée dans un nombre réduit de lignées de NB, mais peut-être induite suite à des traitements avec des agents de différenciation in vitro. La surexpression de CXCR7, CXCR4 et une combinaison des deux récepteurs dans les lignées IGR-NB8 et SH-SY5Y a permis l'analyse de leur fonction respective. En réponse à leur ligand commun, chaque récepteur induit l'activation de la voie ERK 1/2, mais pas celle de la voie Akt. Contrairement à CXCR4, l'expression exogène de CXCR7 réduit fortement la prolifération des cellules de NB in vitro, et in vivo dans un modèle d'injection sous-cutanée de. souris immunodéprimées. CXCR7 altère également la migration des cellules induite par l'axe CXCR4/CXCL12. De plus, l'utilisation d'un modèle orthotopique murin a démontré que la croissance tumorale induite par CXCR4 peut être fortement retardée lorsque les deux récepteurs sont co-exprimés dans les cellules de NB. Aucune induction de métastases n'a pu être observée dans ce modèle. Cette étude a permis d'identifier un profil d'expression opposé et des rôles distincts pour CXCR7 et CXCR4 dans le NB. En effet, contrairement à CXCR4, CXCR7 présente des propriétés non tumorigéniques et peut être associé au processus de différenciation du NB. De plus, nos analyses suggèrent que CXCR7 peut réguler les mécanismes induits par CXCR4. Ces données ouvrent donc de nouvelles perspectives de recherche quant au rôle de l'axe CXCR7/CXCR4/CXCL12 dans la biologie des NBs. - Neuroblastoma (NB) is a typical childhood and heterogeneous neoplasm for which efficient targeted therapy for high-risk tumours is not yet identified. The chemokine CXCL12, and its receptors CXCR4 and CXCR7 have been involved in tumour progression and dissemination in various cancer models. In the context of NB, CXCR4 expression is associated to undifferentiated tumours and poor prognosis, while the role of CXCR7, the recently identified second CXCL12 receptor, has not yet been elucidated. In this report, CXCR7 and CXCL12 expression were evaluated using a tissue micro-array (TMA) including 156 primary and 56 metastatic NB tissues. CXCL12 was found to be highly associated to NB vascular and stromal structures. In opposite to the CXCR4 expression pattern, the neural-associated CXCR7 expression was extremely low in undifferentiated tumours, while its expression increased in maturated tissues and was specifically associated to the differentiated neural tumour cells. As determined by RT-PCR, CXCR7 expression was only found in a minority of NB cell lines. Moreover, its expression in two CXCR7-negative NB cell lines was further induce upon treatment with differentiation agents in vitro. The relative roles of the two CXCL12 receptors was further assessed by overexpressing individual CXCR7 or CXCR4 receptors, or a combination of both, in the IGR-NB8 and SH-SY5Y NB cell lines. In vitro functional analyses indicated that, in response to their common ligand, both receptors induced activation of ERK 1/2 cascade, but not Akt signaling pathway. CXCR7 strongly reduced in vitro growth, in contrast to CXCR4. Sub-cutaneous implantations of CXCR7-expressing NB cells showed that CXCR7 also drastically reduced in vivo growth. Moreover, CXCR7 impaired CXCR4-mediated chemotaxis, and altered CXCR4-mediated growth when CXCR4/CXCR7-expressing NB cells were engrafted orthotopically in mouse adrenal gland, a CXCL12-producing environment. In such model, CXCR7 alone, or in association with CXCR4, did not induce NB cell metastatic dissemination. In conclusion, the CXCL12 receptors, CXCR7 and CXCR4, revealed opposite expression patterns and distinct functional roles in NB. While CXCR4 favours NB growth and chemotaxis, CXCR7 elicits anti-tumorigenic properties and may be associated with NB differentiation. Importantly, CXCR7 may act as a negative modulator of CXCR4 signaling, further opening new research perspectives for the role of the global CXCR7/CXCR4/CXCL12 axis in NB.

Rôle et mécanisme d'action de la metformine et du telmisartan sur la régulation de la prise alimentaire

Dans ce travail de thèse, nous avons étudié les mécanismes d'action de deux médicaments connus pour diminuer la prise alimentaire et pondérale : la metformine et le telmisartan. Nous avons dans un premier temps étudié les effets de la metformine, un antidiabétique oral connu pour avoir des effets anorexigènes. Les mécanismes hypothalamiques potentiellement impliqués dans la modulation de la prise alimentaire par la metformine ont été étudiés dans trois groupes de rats : un groupe de rats obèses (DIO), un groupe de rats résistants à l'obésité (DR) ainsi qu'un groupe contrôle. A la fin de la période de prise pondérale de six mois, les rats DIO avaient des taux d'ARNm de NPY hypothalamique plus élevés que leurs congénères résistants et contrôles. Chez les DIO ainsi que chez les DR un traitement par metformine induit une baisse significative de la prise alimentaire accompagnée par une baisse du poids. Nous avons pu d'autre part constater que la perte de poids obtenue par un traitement de metformine était corrélée aux taux circulants de leptine avant le traitement. Cet effet s'accompagne d'une augmentation de l'expression du récepteur ObRb au niveau hypothalamique. Dans un second temps, nous avons étudié les effets du telmisartan, un inhibiteur du récepteur à l'angiotensine II ayant une activité agoniste partielle PPARγ. L'influence du telmisartan associé à la pioglitazone sur la prise alimentaire et pondérale a été examinée en étudiant leur effet sur les neuropeptides hypothalamiques responsables du contrôle de la prise alimentaire. Quatre groupes de souris soumises à un régime riche en graisse ont été formés : un groupe placebo, un groupe pioglitazone, un groupe telmisartan et un groupe pioglitazone-telmisartan. Le telmisartan a aboli la prise pondérale induite par une diète riche en graisse ou par un traitement de pioglitazone. Cette diminution était corrélée à une baisse de la prise alimentaire et de l'expression hypothalamique d'AgRP. Cette étude confirme donc les effets anorexigènes du telmisartan et démontre pour la première fois le rôle fonctionnel du telmisartan sur l'expression hypothalamique d'AgRP. English Abstract : In this work, we investigated the effect of two drugs known to have interessants effects on food intake and body weight. First we investigated the hypothalamic mechanisms potentially implicated in the modulation of feeding by the glucose-lowering drug metformin in three different groups of animals: diet-induced obese (DIO) and diet-resistant (DR) male rats as well as lean controls (CT). At the end of the high fat diet period, despite higher leptin levels, DIO rats had higher levels of hypothalamic NPY expression than DR or CT, suggesting a central leptin resistance. In DIO but also in DR rats, metformin treatment induced significant reductions of food intake accompanied by decreases in body weight. Interestingly, the weight loss achieved by metformin was correlated with pre-treatment plasma leptin levels. This effect was paralleled by a stimulation of the expression of the leptin receptor gene (ObRb) in the arcuate nucleus. Next we investigated the antihypertensive drug Telmisartan, an angiotensin II receptor blocker with PPARγ agonistic properties. The influence of telmisartan, of pioglitazone and of their association on weight gain and food intake was assessed by studying their effects on neuro-endocrine mediators involved in food intake. Mice were fed a high fat diet, weightmatched and randomized in four treatment groups: vehicle, pioglitazone, telmisartan and pioglitazone-telmisartan. Telmisartan treatment was found to abolish weight and fat gain in either vehicle or pioglitazone treated mice. This effect was accompanied by a decrease in food intake. The hypothalamic expression of the agouti-related protein and plasma leptin levels show also a decrease under metformin treatment. This study confirms the anorexigenic effects of telmisartan in mice fed a high fat diet, and suggests for the first time a functional role of telmisartan on hypothalamic orexigenic agouti-related protein regulation.

Mise en oeuvre des politiques de la mobilité urbaine : analyse comparée de processus de régulation des usages des voies publiques et de l'air dans quatre villes suisses

Résumé Ce travail s'intéresse à la mise en oeuvre des politiques publiques visant à résoudre les problèmes engendrés par le développement de la mobilité urbaine. Nous adoptons sur cette dernière un point de vue nouveau, à savoir que l'enjeu de la régulation du trafic est d'abord celui de la maîtrise des usages nombreux et conflictuels sur deux ressources collectives, l'air et les voies publiques. Pour comprendre comment ces usages sont régulés, nous mobilisons les deux apports théoriques de l'économie institutionnelle (Bromley 1991, Devlin et Grafton 1990, Ostrom 1990, 2000) et de l'analyse des politiques publiques (Knoepfel et al. 2001) au sein du cadre d'analyse des régimes institutionnels de ressources collectives. La première problématise la difficulté de définir des règles communes d'usage pour éviter la surexploitation des ressources alors que la seconde met en jeu notamment le problème de la coordination des politiques publiques d'exploitation et de protection de l'environnement. Sur ce socle, nous choisissons de retenir une approche « institutionnaliste centrée sur les acteurs » (Scharpf 1997), aussi thématisée par les approches néo-institutionnalistes (Hall/Taylor 1996, March/Olsen 1989) visant à expliquer le changement politique par deux types de variables explicatives, à savoir les changements dans la régulation publique (variable institutionnelle) et les changements de la configuration des acteurs en présence, à partir desquels nous bâtissons nos hypothèses de recherche. En l'espèce, l'étude mobilise la variable explicative des régimes institutionnels de l'air et du sol mobilisés par les acteurs de la mobilité pour comprendre l'évolution de la répartition des usages sur les routes urbaines. Ce processus passe par le recours à des ressources de politiques publiques comme le droit, l'argent, l'information, le consensus, le soutien politique, l'infrastructure ou le temps que les acteurs peuvent activer en fonction des règles institutionnelles en présence. On peut classer ces dernières d'abord selon leur niveau de généralité (niveaux opérationnel, des choix collectifs et constitutionnel - Ostrom 1990). L'étude établit que la régulation des usages connaît une importante gradation que rend compte le concept de résistance normative. En fonction de cette dernière, les acteurs essaient de s'imposer au moyen de deux dimensions des règles, que ce travail met en exergue, à savoir selon qu'elles régulent tantôt le mode de décision tantôt le mode d'appropriation. Ces règles décisionnelles et possessionnelles déterminent les possibilités d'accès, ainsi que la procédure d'intervention et la place qui sont réservées aux acteurs, aussi bien pour les ressources collectives physiques que de politique publique. L'étude permet ainsi à la fois d'apporter des éléments nouveaux à la théorie des changements de régimes institutionnels de ressources collectives, d'éclairer un peu plus les processus de mise en couvre de l'action publique et de contribuer au débat sur les principales propositions permettant de maîtriser les impacts négatifs du développement de la mobilité.

Il pastore pentecostale : un filo conduttore tra il cielo e la terra

Cet article se propose de prendre pour objet deux assemblées pentecôtistes de l'Est de la France - l'Église Évangélique de Pentecôte de Besançon (Franche-Comté) et la Porte Ouverte Chrétienne de Mulhouse (Alsace) - qui ont fait l'objet d'investigations ethnographiques dans le cadre de notre thèse de doctorat. Après avoir situé ces deux assemblées dans la mouvance du pentecôtisme français, nous nous sommes concentré sur la figure du pasteur pentecôtiste. L'exemplarité de l'histoire de vie des pasteurs, le rôle central que jouent ces derniers dans la « mise en présence » du Saint Esprit durant le culte et l'inspiration divine dont sont supposés être imprégnés leurs enseignements bibliques légitiment ce personnage dans sa fonction d'intermédiaire incontournable dans la relation entre le fidèle et son Dieu, alors même que le pentecôtisme s'inscrit historiquement dans la mouvance évangélique qui valorise la relation personnelle du chrétien né de nouveau avec son créateur. This paper considers two Pentecostal assemblies in Eastern France - the Église Évangélique de Pentecôte of Besançon (Franche-Comté) and the Porte Ouverte Chrétienne of Mulhouse (Alsace) - I have investigated for my PhD research, following an ethnographical method. After located these two assemblies in the sphere of influence of the French Pentecostalism, we focused on the Pentecostal pastor figure. The exemplary nature of the story of life of the pastors, the central role that pastors play in encounters with divine during the cult and the divine inspiration of their biblical educations legitimize this figure like inescapable intermediary between the believer and his God. Even if Pentecostalism is historically part of the evangelical sphere of influence which values personal relationships of the born again Christian with his creator.

Les expériences de vulnérabilité collective : de la fragilisation de principes normatifs à leur réaffirmation, de la problématisation de frontières intergroupes à la reconnaissance de droits universels

Plan du travail La première partie de cette thèse est consacrée à la tentative d'identifier les racines et lés contours d'une théorie de la vulnérabilité collective. Des approches théoriques et empiriques différentes sont exposées, et parfois revisitées, dans le but de proposer une perspective intégrative des sollicitations psychologiques particulières et des comportements sociaux caractéristiques d'un contexte de vulnérabilité collective. Dans le premier chapitre, les liens conceptuels entre les trois notions fondamentales de normes, de communautés et d'histoire sont explicités, afin de clarifier l'approche non-réductionniste des dynamiques collectives qui oriente le travail. Une attention particulière est accordée aux processus par lesquels des comportements sociaux orientés par des normes pertinentes au sein d'une communauté permettent de clarifier et de transformer des identités sociales (Reicher, 1982), voire de générer de nouveaux faits institutionnels (Searle, 1995). Il s'agit aussi de mettre en évidence l'apport potentiel d'une théorie qui se construit autour de l'articulation entre l'individu et son contexte social, à un débat épistémologique et méta-théorique entre psychologues sociaux, présent dès l'origine de la discipline (voire notamment Doise, 1982 ; Greenwood, 2004 ; Reicher, 2004 ; Tajfel, 1972). Les deux chapitres suivants proposent une logique explicative de la manière dont les membres d'une communauté, traversant une expérience de vulnérabilité collective, construisent une ligne d'action pour réagir aux sollicitations particulières d'un tel contexte social. Plus précisément, le chapitre 2 met en perspective des travaux de psychologie sociale sur le décalage entre l'identification d'injustices personnelles et l'identification d'injustices collectives, avec des travaux de sciences politiques sur le contraste entre l'irrationnalité apparente des comportements politiques compte tenu des situations de vie individuelles, et la rationnalité collective émergente de ces comportements en réaction à l'évolution de la situation collective. Le chapitre 3 met en perspective les travaux de psychologie sociale sur les motivations psychologiques et les stratégies mises en oeuvre afin de protéger la croyance fondamentale de vivre dans un monde juste, avec des travaux sociologiques rendant compte de l'incapacité humaine à supporter des situations d'anomie. Ces deux chapitres permettent ainsi d'étayer théoriquement l'hypothèse fondamentale qu'une expérience de vulnérabilité collective suscite des réactions qui dépassent la somme des réactions individuelles aux expériences personnelles de victimisation correspondantes. Ils amèneront à identifier deux types de comportements sociaux comme réactions typiques à un contexte de vulnérabilité collective : la contestation des dirigeants et des institutions du pouvoir établi, ainsi que la condamnation des transgressions des principes normatifs fragilisés. Lors des deux derniers chapitres de la partie théorique, ces phénomènes sont inscrits dans une temporalité plus longue. Le chapitre 4 tâche, d'une part, de préciser les conditions sociohistoriques particulières dans lesquelles la mise en cause du pouvoir établi et la réaffirmation de principes normatifs fragilisés amène à la reconnaissance que ces principes devraient s'appliquer également au traitement de personnes en dehors des frontières d'une communauté d'appartenance exclusive, ainsi qu'en particulier à la reconnaissance de droits universels. D'autre part, ce chapitre soulève la question des processus d'institutionnalisation qui stabilisent dans le temps les acquis normatifs résultant d'épisodes socio-historiques spécifiques, en particulier sous forme d'une inscription dans le droit international. L'idée est développée ainsi que c'est avant tout lors d'épisodes de problématisation d'identités exclusives que naît ou renaît l'aspiration à instituer une identité humaine. Le chapitre 5, finalement, introduit un second processus par lequel les acquis normatifs, résultant d'épisodes de vulnérabilité collective, sont susceptibles d'être préservés, à partir de l'idée que ceux-ci ne génèrent pas seulement des conditions favorables à l'émergence de nouvelles institutions, mais affectent également les engagements identitaires d'un nombre important d'individus simultanément. L'hypothèse est développée que la transition à la vie adulte constitue un passage du parcours de vie qui est particulièrement propice à un effet durable du contexte socio-historique sur les engagements identitaires d'une personne. De cette manière, la génération des jeunes adultes lors d'une expérience de vulnérabilité collective est susceptible de porter à travers le temps les traces des reconfigurations symboliques résultant de l'événement. Les arguments théoriques développés à travers les cinq premiers chapitres sont condensés sous forme d'une série de propositions théoriques falsifiables, en plus de l'hypothèse fondamentale d'irréductibilité de l'expérience collective. Afin de faciliter et de structurer la lecture des chapitres 2 à 5, chacune de ces propositions est placée en amont du chapitre dans lequel sont présentés les principaux arguments théoriques qui l'étayent. Ceci devrait aider à la mise en relief d'un fil rouge qui organise ces chapitres au-delà des ramifications argumentatives plus fines. Les propositions théoriques énoncées sont conçues comme un système théorique ; la signification de chacune d'entre elle peut être appréhendée au mieux en relation avec l'ensemble des autres propositions. Néanmoins, ces propositions sont formulées de manière à ce que chacune puisse être confrontée séparément à des observations empiriques systématiques. Il s'agit de répondre entre autres à une exigence pragmatique : aucune base de données, existante à ce jour, ne permettrait une évaluation complète du système théorique proposé. Les deux autres parties de la thèse présentent une suite d'études empiriques destinées à évaluer la pertinence des idées théoriques développées lorsque celles-ci sont appliquées à deux types particuliers d'expériences de vulnérabilité collective : au contexte des sociétés européennes connaissant actuellement un phénomène d'exclusion sociale massive (deuxième partie) et au contexte des sociétés d'après-guerre (troisième partie). Dans les deux cas, une stratégie méthodologique en deux temps est poursuivie. La première étape consiste dans la présentation d'analyses secondaires de la base de données internationale la plus pertinente à disposition. Il s'agit des données du European Social Survey (EES), ainsi que de l'enquête People on War (PoW), c'est-à-dire de deux enquêtes comparatives portant sur des échantillons représentatifs des populations d'un nombre de contextes considérables. Elles présentent l'avantage majeur de fournir simultanément des informations sur les expériences de victimisation pertinentes -situations de chômage et de pauvreté, dans le premier cas, expériences traumatisantes de la guerre dans le second - et sur l'expression de jugements politiques ou normatifs. Etant donné le caractère représentatif des échantillons étudiés, il est possible de construire des indicateurs qui informent sur la qualité des expériences collectives par agrégation des expériences individuelles à un niveau contextuel. L'utilisation de méthodes d'analyse multiniveaux permet ensuite de démêler l'impact des expériences collectives de celui des expériences individuelles sur les jugements exprimés. La deuxième étape consiste à compléter les analyses secondaires par une enquête réalisée directement en vue du cadre théorique présenté ici. Deux enquêtes ont été réalisées sur des échantillons de jeunes (pré-)adultes, à travers des contextes moins nombreux, mais directement sélectionnés selon des critères théoriques. Ainsi, l'Enquête sur l'entrée dans la vie adulte à travers trois régions françaises (EVA), se concentre sur trois contextes régionaux qui représentent trois situations-type quant à l'intensité de la vulnérabilité collective liée à l'exclusion sociale : particulièrement forte, intermédiaire ou particulièrement faible. L'enquête Transition to adulthood and collective expériences survey (TRACES) rassemble quatre pays d'ex-Yougoslavie, selon un plan qui croise les deux types de vulnérabilité collective pris en compte : deux contextes sur quatre ont été marqués par un épisode de vulnérabilité collective particulièrement intense lié à la guerre, et deux contextes sont marqués par une très forte vulnérabilité collective liée à l'exclusion sociale ; l'un de ces deux derniers contextes seulement a également été fortement affecté par la guerre. Se concentrant sur des échantillons plus modestes, ces deux enquêtes permettent des approfondissements importants, du fait qu'elles recourent à des outils d'enquête taillés sur mesure pour la problématique présente, en particulier des outils permettant d'évaluer les réactions face à des cas concrets de violations des droits humains, présentés sous forme de scénarios. Dans leur ordre de présentation, l'objet des quatre chapitres empiriques se résume de la manière suivante. Le chapitre 6 présente des analyses secondaires des deux premières vagues du ESS (2002 et 2004), portant en premier lieu sur l'impact du degré d'exclusion sociale sur la contestation des dirigeants et des institutions politiques, à travers vingt pays européens. Une importance particulière est accordée à la manière dont les expériences modulent l'effet des insertions dans des relations entre groupes asymétriques sur les jugements politiques, ainsi que sur la durabilité des effets des expériences collectives en fonction des cohortes. Les analyses de l'enquête EVA, dans le chapitre 7, approfondissent l'étude des liens entre contexte de vulnérabilité collective liée à l'exclusion sociale, l'insertion dans des rapports sociaux asymétriques et la contestation des institutions politiques. De plus, elles mettent en perspective ces liens avec les variations, en fonction du contexte et de l'origine sociale, de la condamnation de transgressions concrètes des droits socio-économiques. Le chapitre 8 rapporte les analyses secondaires de l'enquête PoW de 1999, qui visent en premier lieu à expliquer - à travers 14 contextes d'après-guerre sur quatre continents - les condamnations des violations du droit international humanitaire et la reconnaissance du caractère légal des normes transgressées en fonction de la distribution des expériences traumatisantes au sein de chaque contexte. Ces analyses permettent en particulier de comparer l'effet à moyen terme de ces expériences en fonction de l'âge au moment de la période du conflit armé. Finalement, le chapitre 9 présente des résultats de l'enquête TRACES. Ceux-ci permettent d'évaluer l'impact des expériences d'une vulnérabilité collective liée à la guerre sur la cohorte des jeunes adultes de la guerre, et de le mettre en perspective avec l'impact de l'exclusion sociale massive. Plusieurs dimensions sont prises en compte : la contestation des institutions politiques et la force de la condamnation de la violation des normes humanitaires ou des droits socio-économiques, ainsi que la reconnaissance d'une juridiction internationale en la matière. De plus, les fonctions psychologiques spécifiques de l'engagement dans la réaffirmation de normes fragilisées sont étudiées, notamment en termes d'effets sur la restauration de la croyance en une justice fondamentale, et sur la satisfaction de vie personnelle. Au fil de ces quatre chapitres empiriques, les propositions théoriques énoncées au préalable servent de passerelles entre le système théorique et les études empiriques. Dans l'introduction de chaque étude, les propositions qui s'y appliquent sont reprises et ensuite reformulées sous forme d'une hypothèse opérationnelle qui adopte la proposition générale au contexte et au phénomène spécifiques. Les deux parties empiriques sont suivies d'une conclusion, qui établit d'abord un bilan de l'apport de l'ensemble des quatre enquêtes analysées à la vérification de toutes les propositions théoriques, pour extraire ensuite trois principes explicatifs plus généraux et pour préciser leur insertion dans un contexte méta-théorique plus large.

Activité et émotions. Perspective développementale des émotions comme instruments psychologiques.

L'auteur propose une analyse des travaux de Wallon sur la fonction première des émotions et de ceux de Vygotski sur les instruments psychologiques pour montrer que les émotions peuvent être considérées comme instruments psychologiques. Celles-ci, en cours de développement s'intègrent aux autres fonctions et deviennent ainsi un système expressif, corporel, culturellement marqué, qui accompagne toutes les formes de communication. Ce système expressif constitue une forme d'intelligence spatiale et des situations. Intelligence dont l'expression peut être entravée par différents mécanismes, internes ou externes au sujet. L'exemple des effets des différentes formes d'organisation de travail est ainsi discuté.

Impact of anti-T cell therapy in the immunogenicity of seasonal influenza vaccine in kidney transplants recipients

1. Mise en perspective de l'étude La grippe est une cause importante de morbidité et de mortalité après la transplantation d'organe. Bien que la principale stratégie de prévention de la grippe après la transplantation d'organes soit l'administration du vaccin antigrippal annuel, l'immunogénicité de ce vaccin chez les greffés d'organe n'est pas optimale. Nous avons effectué une étude prospective pour évaluer l'influence de la thérapie d'induction sur l'immunogénicité du vaccin de la grippe. 2. Méthodes Nous avons comparé la réponse au vaccin de la grippe chez deux groupes de greffés rénaux en fonction de la thérapie d'induction reçu (thymoglobulin vs basiliximab). Le taux des anticorps ont étés mesurés par inhibition de l'hémagglutination (HI). La réponse au vaccin (taux de séroconversion) a été définie comme l'augmentation > 4 fois du taux d'anticorps (immunoglobulines) et ceci a été notre outcome primaire. 3. Résultats Soixante transplantés rénaux ont été inclus dans l'étude (thymoglobuline=22, basiliximab=38). Les patients dans le group traité par thymoglobuline étaient plus âgés (p=0.16), avaient des valeurs de créatinine plus élevés (p=0.16) et avaient étés transplanté auparavant (p=0.02). Aucune différence n'a été mise en évidence au niveau de taux des immunoglobulines pour les 3 souches virales entre les 2 groupes (p=0.69 pour H INI, p=0.56 pour H3N2, p=0.7 pour Influenza Β). Le taux de séroconversion à au moins une souche virale a été de 68 % pour le groupe thymoglobuline et de 73% pour le groupe basiliximab (p=0.77). 4. Conclusion Aucune différence significative n'a été démontré dans l'immunogénicité du vaccin de la grippe dans les transplantés rénaux ayant reçu soit du thymoglobuline soit du basiliximab comme traitement d'induction.

Role of Wnt/β-catenin in intestinal homeostasis

RESUME: La voie de signalisation Wnt est, dérégulée dans approximativement 90% des tumeurs colorectales humaines. La protéine ß-caténine, transducteur central de la voie de signalisation Wnt, peut directement moduler la transcription des gènes en interagissant avec des facteurs de transcription de la famille TCF/LEF. Afin d'étudier le rôle de la voie de signalisation Wnt dans l'homéostasie de l'épithélium intestinal normal, nous avons généré un modèle marin d'ablation inductible du gène de la ß-caténine. Cette ablation dans les souris adultes a provoqué une perte rapide de cellules progénitrices et des structures des cryptes de la muqueuse intestinale, cdincidant avec un blocage de la prolifération et une augmentation de la différentiation entérocytique. Notamment, les ceIIules souches intestinales sont induites à se différentier de façon terminale suite au blocage de la voie de signalisation Wnt, provoquant une perte complète de l'homéostasie intestinale. Le profil transcriptionnel des cryptes isolées par la microdissection au laser a confirmé ces observations et nous a permis d'identifier des gènes potentiellement responsables du maintien des cellules souches intestinales. Nos résultats démontrent donc la nécessité de la voie de signalisation Wnt/ß-catenin pour le maintien de l'épithélium intestinal. Ceci remet en question les efforts ciblant la voie de signalisation aberrante de Wnt en tant que nouvelle stratégie pour le traitement du cancer colorectal. SUMMARY: The Wnt signaling pathway is deregulated in over 90% of human colorectal cancers. ß-Catenin, the central signal transducer of the Wnt pathway, can directly modulate gene expression by interacting with transcription factors of the TCF/LEF-family. In order to investigate the role of Wnt signaling in the homeostasis of normal intestinal epithelium, we use atissue-specific, inducible ß-catenin gene ablation mouse model. Loss of ß-catenin in adult mice resulted in a rapid loss of progenitor cells and crypt structures, coinciding with blocked proliferation and with increased enterocytic differentiation. Importantly, intestinal stem cells were induced to terminally differentiate upon this block of Wnt signaling, resulting in a complete loss of intestinal homeostasis. Transcriptional profiling of mutant crypt RNA isolated by laser capture microdissection confirmed those observations and allowed us to identify genes potentially responsible for the maintenance of intestinal stem cells. Thus, our data show an essential requirement of Wnt/ß-catenin signaling in the maintenance of intestinal epithelium. This challenges attempts to target aberrant Wnt signaling as a new therapeutic strategy to treat colorectal cancer.

A discrete forest in a continuous landscape : investigating interactions between natural resource management and sustainable development

Summary Forests are key ecosystems of the earth and associated with a large range of functions. Many of these functions are beneficial to humans and are referred to as ecosystem services. Sustainable development requires that all relevant ecosystem services are quantified, managed and monitored equally. Natural resource management therefore targets the services associated with ecosystems. The main hypothesis of this thesis is that the spatial and temporal domains of relevant services do not correspond to a discrete forest ecosystem. As a consequence, the services are not quantified, managed and monitored in an equal and sustainable manner. The thesis aims were therefore to test this hypothesis, establish an improved conceptual approach and provide spatial applications for the relevant land cover and structure variables. The study was carried out in western Switzerland and based primarily on data from a countrywide landscape inventory. This inventory is part of the third Swiss national forest inventory and assesses continuous landscape variables based on a regular sampling of true colour aerial imagery. In addition, land cover variables were derived from Landsat 5 TM passive sensor data and land structure variables from active sensor data from a small footprint laserscanning system. The results confirmed the main hypothesis, as relevant services did not scale well with the forest ecosystem. Instead, a new conceptual approach for sustainable management of natural resources was described. This concept quantifies the services as a continuous function of the landscape, rather than a discrete function of the forest ecosystem. The explanatory landscape variables are therefore called continuous fields and the forest becomes a dependent and function-driven management unit. Continuous field mapping methods were established for land cover and structure variables. In conclusion, the discrete forest ecosystem is an adequate planning and management unit. However, monitoring the state of and trends in sustainability of services requires them to be quantified as a continuous function of the landscape. Sustainable natural resource management iteratively combines the ecosystem and gradient approaches. Résumé Les forêts sont des écosystèmes-clés de la terre et on leur attribue un grand nombre de fonctions. Beaucoup de ces fonctions sont bénéfiques pour l'homme et sont nommées services écosystémiques. Le développement durable exige que ces services écosystémiques soient tous quantifiés, gérés et surveillés de façon égale. La gestion des ressources naturelles a donc pour cible les services attribués aux écosystèmes. L'hypothèse principale de cette thèse est que les domaines spatiaux et temporels des services attribués à la forêt ne correspondent pas à un écosystème discret. Par conséquent, les services ne sont pas quantifiés, aménagés et surveillés d'une manière équivalente et durable. Les buts de la thèse étaient de tester cette hypothèse, d'établir une nouvelle approche conceptuelle de la gestion des ressources naturelles et de préparer des applications spatiales pour les variables paysagères et structurelles appropriées. L'étude a été menée en Suisse occidentale principalement sur la base d'un inventaire de paysage à l'échelon national. Cet inventaire fait partie du troisième inventaire forestier national suisse et mesure de façon continue des variables paysagères sur la base d'un échantillonnage régulier sur des photos aériennes couleur. En outre, des variables de couverture ? terrestre ont été dérivées des données d'un senseur passif Landsat 5 TM, ainsi que des variables structurelles, dérivées du laserscanning, un senseur actif. Les résultats confirment l'hypothèse principale, car l'échelle des services ne correspond pas à celle de l'écosystème forestier. Au lieu de cela, une nouvelle approche a été élaborée pour la gestion durable des ressources naturelles. Ce concept représente les services comme une fonction continue du paysage, plutôt qu'une fonction discrète de l'écosystème forestier. En conséquence, les variables explicatives de paysage sont dénommées continuous fields et la forêt devient une entité dépendante, définie par la fonction principale du paysage. Des méthodes correspondantes pour la couverture terrestre et la structure ont été élaborées. En conclusion, l'écosystème forestier discret est une unité adéquate pour la planification et la gestion. En revanche, la surveillance de la durabilité de l'état et de son évolution exige que les services soient quantifiés comme fonction continue du paysage. La gestion durable des ressources naturelles joint donc l'approche écosystémique avec celle du gradient de manière itérative.

A multilevel approach to understanding circadian rhythmicity : social and sleep-dependent effects in ants and mice

Résumé françaisLa majorité des organismes vivants sont soumis à l'alternance du jour et de la nuit, conséquence de la rotation de la terre autour de son axe. Ils ont développé un système interne de mesure du temps, appelé horloge circadienne, leur permettant de s'adapter et de synchroniser leur comportement et leur physiologie aux cycles de lumière. Cette dernière est considérée comme étant le signal majeur entraînant l'horloge interne et. par conséquent, les rythmes journaliers d'éveil et de sommeil. Outre sa régulation circadienne, le sommeil est contrôlé par un processus homéostatique qui détermine son besoin. La contribution de ces deux processus dans le fonctionnement cellulaire du cerveau n'a pas encore été investiguée. La mesure de l'amplitude ainsi que de la prévalence des ondes delta de l'EEG (activité delta) constitue un index très fiable du besoin de sommeil. Il a été démontré que cette activité est génétiquement déterminée et associée à un locus de trait quantitatif situé sur le chromosome 13 de la souris.Grâce à des expériences de privation de sommeil et d'analyses de transcriptome du cerveau dans trois souches de souris présentant diverses réponses à la privation de sommeil, nous avons trouvé que Homerla, localisé dans la région d'intérêt du chromosome 13, est le meilleur marqueur du besoin de sommeil. Homerla est impliqué dans la récupération de l'hyperactivité neuronale induite par le glutamate, grâce à son effet tampon sur le calcium intracellulaire. Une fonction fondamentale du sommeil pourrait donc être de protéger le cerveau et de lui permettre de récupérer après une hyperactivité neuronale imposée par une veille prolongée.De plus, nous avons montré que 2032 transcrits sont exprimés rythmiqueraent dans le cerveau de la souris, parmi lesquels seulement 391 le restent après que les animaux aient été privés de sommeil à différents moments au cours des 24 heures. Cette observation montre clairement que la plupart des changements rythmiques au niveau du transcriptome dépendent du sommeil et non de l'horloge circadienne et souligne ainsi l'importance du sommeil dans la physiologie des mammifères.La plupart des expériences concernant les rythmes circadiens ont été réalisées sur des individus isolés en négligeant l'effet du contexte social sur les comportements circadiens. Les espèces sociales, telles que les fourmis, se caractérisent par une division du travail où une répartition des tâches s'effectue entre ses membres. De plus, certaines d'entre elles doivent être pratiquées en continu comme les soins au couvain tandis que d'autres requièrent une activité rythmique comme le fourragement. Ainsi la fourmi est un excellent modèle pour l'étude de 1 influence du contexte social sur les rythmes circadiens.A ces fins, nous avons décidé d'étudier les rythmes circadiens chez une espèce de fourmi Camponotus fellah et de caractériser au niveau moléculaire son horloge circadienne. Nous avons ainsi développé un système vidéo permettant de suivre l'activité locomotrice de tous les individus d'une colonie. Nos résultats montrent que, bien que la plupart des fourmis soient arythmiques à l'intérieur de la colonie, elles développent d'amples rythmes d'activité en isolation. De plus, ces rythmes disparaissent presque aussitôt que la fourmi est réintroduite dans la colonie. Cette rythmicité observée en isolation semble être générée par l'horloge circadienne car elle persiste en condition constante (obscurité totale). Nous avons ensuite regardé si cette apparente arythmie observée dans la colonie résultait d'un effet masquant des interactions sociales sur les rythmes circadiens d'activité. Nos résultats suggèrent que l'horloge interne est fonctionnelle dans la colonie mais que l'expression de ses rythmes au niveau comportemental est inhibée par les interactions sociales. Les analyses moléculaires du statut de l'horloge dans différents contextes sociaux sont actuellement en cours. Le contexte social semble donc un déterminant majeur du comportement circadien chez la fourmi.AbstractAlmost all living organisms on earth are subjected to the alternance of day and night re-sulting from the rotation of the earth around its axis. They have evolved with an internal timing system, termed the circadian clock, enabling them to adapt and synchronize their behavior and physiology to the daily changes in light and related environmental parame¬ters. Light is thought to be the major cue entraining the circadian clock and consequently the rhythms of rest/activity. In addition to its circadian dependent timing, sleep is reg¬ulated by a homeostatic process that determines its need. The contribution of these two processes in the cellular functioning of the brain has not yet been considered. A highly reliable index of the homeostatic process of sleep is the measure of the amplitude and prevalence of the EEG delta waves (delta activity). It has been shown that sleep need, measured by delta activity, is genetically determined and associated with a Quantitative Trait Locus (QTL) located on the mouse chromosome 13. By using sleep deprivation and brain transcriptome profiling in three inbred mouse strains showing different responses to sleep loss, we found that Homerla, localized within this QTL region is the best transcrip¬tional marker of sleep need. Interestingly Homerla is primarily involved in the recovery from glutamate-induced neuronal hyperactivity by its buffering effect on intracellular cal¬cium. A fundamental function of sleep may therefore reside in the protection and recovery of the brain from a neuronal hyperactivity imposed by prolonged wakefulness.Moreover, time course gene expression experiments showed that 2032 brain tran¬scripts present a rhythmic variation, but only 391 of those remain rhythmic when mice are sleep deprived at four time points around the clock. This finding clearly suggests that most changes in gene transcription over the day are sleep-wake dependent rather than clock dependent and underlines the importance of sleep in mammalian physiology.In the second part of this PhD, I was interested in the social influence on circadian behavior. Most experiments done in the circadian field have been performed on isolated individuals and have therefore ignored the effect of the social context on circadian behav-ior. Eusocial insect species such as ants are characterized by a division of labor: colony tasks are distributed among individuals, some of them requiring continuous activity such as nursing or rhythmic ones such as foraging. Thus ants represent a suitable model to study the influence of the social context on the circadian clock and its output rhythms.The aim of this part was to address the effect of social context on circadian rhythms in the ant species Camponotus fellah and to characterize its circadian clock at the molecu¬lar level. We therefore developed a video tracking system to follow the locomotor activity of all individuals in a colony. Our results show that most ants are arrhythmic within the colony, but develop, when subjected to social isolation, strong rhythms of activity that intriguingly disappear when individuals are reintroduced into the colony. The rhythmicity observed in isolated ants seems to be driven by the circadian clock as it persists under constant conditions (complete darkness). We then tested whether the apparent arrhyth- micity in the colony stemmed from a masking effect of social interactions on circadian rhythms. Indeed, we found that circadian clocks of ants in the colony are functional but their expression at the behavioral level is inhibited by social interactions. The molecular assessment of the circadian clock functional state in the different social context is still under investigation. Our results suggest that social context is a major determinant of circadian behavior in ants.