Studies on nitrifying microorganisms in Cochin Estuary and adjacent coastal waters

This thesis entitled “Studies on Nitrifying Microorganisms in Cochin Estuary and Adjacent Coastal Waters” reports for the first time the spatial andtemporal variations in the abundance and activity of nitrifiers (Ammonia oxidizingbacteria-AOB; Nitrite oxidizing bacteria- NOB and Ammonia oxidizing archaea-AOA) from the Cochin Estuary (CE), a monsoon driven, nutrient rich tropicalestuary along the southwest coast of India. To fulfil the above objectives, field observations were carried out for aperiod of one year (2011) in the CE. Surface (1 m below surface) and near-bottomwater samples were collected from four locations (stations 1 to 3 in estuary and 4 in coastal region), covering pre-monsoon, monsoon and post-monsoon seasons. Station 1 is a low saline station (salinity range 0-10) with high freshwater influx While stations 2 and 3 are intermediately saline stations (salinity ranges 10-25). Station 4 is located ~20 km away from station 3 with least influence of fresh water and is considered as high saline (salinity range 25- 35) station. Ambient physicochemical parameters like temperature, pH, salinity, dissolved oxygen (DO), Ammonium, nitrite, nitrate, phosphate and silicate of surface and bottom waters were measured using standard techniques. Abundance of Eubacteria, total Archaea and ammonia and nitrite oxidizing bacteria (AOB and NOB) were quantified using Fluorescent in situ Hybridization (FISH) with oligonucleotide probes labeled withCy3. Community structure of AOB and AOA was studied using PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) technique. PCR products were cloned and sequenced to determine approximate phylogenetic affiliations. Nitrification rate in the water samples were analyzed using chemical NaClO3 (inhibitor of nitrite oxidation), and ATU (inhibitor of ammonium oxidation). Contribution of AOA and AOB in ammonia oxidation process was measured based on the recovered ammonia oxidation rate. The contribution of AOB and AOA were analyzed after inhibiting the activities of AOB and AOA separately using specific protein inhibitors. To understand the factors influencing or controlling nitrification, various statistical tools were used viz. Karl Pearson’s correlation (to find out the relationship between environmental parameters, bacterial abundance and activity), three-way ANOVA (to find out the significant variation between observations), Canonical Discriminant Analysis (CDA) (for the discrimination of stations based on observations), Multivariate statistics, Principal components analysis (PCA) and Step up multiple regression model (SMRM) (First order interaction effects were applied to determine the significantly contributing biological and environmental parameters to the numerical abundance of nitrifiers). In the CE, nitrification is modulated by the complex interplay between different nitrifiers and environmental variables which in turn is dictated by various hydrodynamic characteristics like fresh water discharge and seawater influx brought in by river water discharge and flushing. AOB in the CE are more adapted to varying environmental conditions compared to AOA though the diversity of AOA is higher than AOB. The abundance and seasonality of AOB and NOB is influenced by the concentration of ammonia in the water column. AOB are the major players in modulating ammonia oxidation process in the water column of CE. The distribution pattern and seasonality of AOB and NOB in the CE suggest that these organisms coexist, and are responsible for modulating the entire nitrification process in the estuary. This process is fuelled by the cross feeding among different nitrifiers, which in turn is dictated by nutrient levels especially ammonia. Though nitrification modulates the increasing anthropogenic ammonia concentration the anthropogenic inputs have to be controlled to prevent eutrophication and associated environmental changes.

Provenance, Isolation and Characterisation of Organic Matter in the Cochin Estuarine Sediment-“a Diagenetic Amino Acid Marker Scenario

Cochin estuarine system is among the most productive aquatic environment along the Southwest coast of India, exhibits unique ecological features and possess greater socioeconomic relevance. Serious investigations carried out during the past decades on the hydro biogeochemical variables pointed out variations in the health and ecological functioning of this ecosystem. Characterisation of organic matter in the estuary has been attempted in many investigations. But detailed studies covering the degradation state of organic matter using molecular level approach is not attempted. The thesis entitled Provenance, Isolation and Characterisation of Organic Matter in the Cochin Estuarine Sediment-“ A Diagenetic Amino Acid Marker Scenario” is an integrated approach to evaluate the source, quantity, quality, and degradation state of the organic matter in the surface sediments of Cochin estuarine system with the combined application of bulk and molecular level tools. Sediment and water samples from nine stations situated at Cochin estuary were collected in five seasonal sampling campaigns, for the biogeochemical assessment and their distribution pattern of sedimentary organic matter. The sampling seasons were described and abbreviated as follows: April- 2009 (pre monsoon: PRM09), August-2009 (monsoon: MON09), January-2010 (post monsoon: POM09), April-2010 (pre monsoon: PRM10) and September- 2012 (monsoon: MON12). In order to evaluate the general environmental conditions of the estuary, water samples were analysed for water quality parameters, chlorophyll pigments and nutrients by standard methods. Investigations suggested the fact that hydrographical variables and nutrients in Cochin estuary supports diverse species of flora and fauna. Moreover the sedimentary variables such as pH, Eh, texture, TOC, fractions of nitrogen and phosphorous were determined to assess the general geochemical setting as well as redox status. The periodically fluctuating oxic/ anoxic conditions and texture serve as the most significant variables controlling other variables of the aquatic environment. The organic matter in estuary comprise of a complex mixture of autochthonous as well as allochthonous materials. Autochthonous input is limited or enhanced by the nutrient elements like N and P (in their various fractions), used as a tool to evaluate their bioavailability. Bulk parameter approach like biochemical composition, stoichiometric elemental ratios and stable carbon isotope ratio was also employed to assess the quality and quantity of sedimentary organic matter in the study area. Molecular level charactersation of free sugars and amino acids were carried out by liquid chromatographic techniques. Carbohydrates are the products of primary production and their occurrence in sediments as free sugars can provide information on the estuarine productivity. Amino acid biogeochemistry provided implications on the system productivity, nature of organic matter as well as degradation status of the sedimentary organic matter in the study area. The predominance of carbohydrates over protein indicated faster mineralisation of proteinaceous organic matter in sediments and the estuary behaves as a detrital trap for the accumulation of aged organic matter. The higher lipid content and LPD/CHO ratio pointed towards the better food quality that supports benthic fauna and better accumulation of lipid compounds in the sedimentary environment. Allochthonous addition of carbohydrates via terrestrial run off was responsible for the lower PRT/CHO ratio estimated in thesediments and the lower ratios also denoted a detrital heterotrophic environment. Biopolymeric carbon and the algal contribution to BPC provided important information on the better understanding the trophic state of the estuarine system and the higher values of chlorophyll-a to phaeophytin ratio indicated deposition of phytoplankton to sediment at a rapid rate. The estimated TOC/TN ratios implied the combined input of both terrestrial and autochthonous organic matter to sedimentsAmong the free sugars, depleted levels of glucose in sediments in most of the stations and abundance of mannose at station S5 was observed during the present investigation. Among aldohexoses, concentration of galactose was found to be higher in most of the stationsRelative abundance of AAs in the estuarine sediments based on seasons followed the trend: PRM09-Leucine > Phenylalanine > Argine > Lysine, MON09-Lysine > Aspartic acid > Histidine > Tyrosine > Phenylalanine, POM09-Lysine > Histadine > Phenyalanine > Leucine > Methionine > Serine > Proline > Aspartic acid, PRM10-Valine > Aspartic acid > Histidine > Phenylalanine > Serine > Proline, MON12-Lysine > Phenylalanine > Aspartic acid > Histidine > Valine > Tyrsine > MethionineThe classification of study area into three zones based on salinity was employed in the present study for the sake of simplicity and generalized interpretations. The distribution of AAs in the three zones followed the trend: Fresh water zone (S1, S2):- Phenylalanine > Lysine > Aspartic acid > Methionine > Valine ῀ Leucine > Proline > Histidine > Glycine > Serine > Glutamic acid > Tyrosine > Arginine > Alanine > Threonine > Cysteine > Isoleucine. Estuarine zone (S3, S4, S5, S6):- Lysine > Aspartic acid > Phenylalanine > Leucine > Valine > Histidine > Methionine > Tyrosine > Serine > Glutamic acid > Proline > Glycine > Arginine > Alanine > Isoleucine > Cysteine > Threonine. Riverine /Industrial zone (S7, S8, S9):- Phenylalanine > Lysine > Aspartic acid > Histidine > Serine > Arginine > Tyrosine > Leucine > Methionine > Glutamic acid > Alanine > Glycine > Cysteine > Proline > Isoleucine > Threonine > Valine. The abundance of AAs like glutamic acid, aspartic acid, isoleucine, valine, tyrosine, and phenylalanine in sediments of the study area indicated freshly derived organic matter.

Immunologisches Reaktionsvermögen als Indikator für Belastungen bei der Milchkuh

Mit ansteigenden Jahresmilchleistungen werden die Kühe einer hohen metabolischen Belastung ausgesetzt, die bei einer suboptimalen Gestaltung der Lebensbedingungen mit einer Erhöhung der Inzidenzrate von Faktorenkrankheiten einhergehen kann. Im Vordergrund der Untersuchungen stand die Frage, inwieweit metabolische Belastungszustände von Milchkühen in der Phase des Puerperiums und in Abhängigkeit von der Milchleistung sowie Belastungen durch eine klinische Erkrankung zu Beginn der Laktation mit Hilfe von Parametern der immunologischen Abwehr und der Reaktion des Immunsystems auf eine Challenge dargestellt werden können. In die Untersuchung wurden insgesamt 68 klinisch gesunde sowie 20 klinisch erkrankte Milchkühe der Rasse Holstein Friesian einbezogen. Die Untersuchungen erfolgten in den Zeiträumen 10-21 Tage sowie 14-15 Wochen nach der Kalbung. Dazu wurden an jeweils drei Untersuchungstagen (Tag 0, 2, 7) Blutproben aus der Vena jugularis entnommen. Zur Stimulierung des unspezifischen Immunsystems wurde in beiden Versuchszeiträumen an den Untersuchungstagen 0 und 2 der Paramunitätsinducer Zylexis® appliziert. Ferner wurde den Kühen zu Beginn der Laktation der Tollwutimpfstoff Rabisin® verabreicht. Für die Auswertung wurden die untersuchten Milchkühe in Gruppen unterteilt. Die klinisch gesunden Kühe wurden anhand der nach Fett und Eiweiß korrigierten 305-Tage-Leistung in die Gruppe M = mittleres Leistungsniveau (Milchmengenleistung 6.500-8.990 kg) und die Gruppe H = hohes Leistungsniveau (Milchmengenleistung 9.000-12.500 kg) aufgeteilt. Die klinisch erkrankten Kühe wurden in der Gruppe K zusammengefasst. Zur Beurteilung der Immunabwehr wurden die Parameter Phagozytoseaktivität der isolierten Neutrophilen Granulozyten, die Vollblutbakterizidie, die Lymphozytenproliferation mit den Mitogenen ConA, PHA und PWM sowie die spezifische Antikörperbildung gegen Tollwut untersucht. Anhand der Parameter Phagozytoseaktivität, Vollblutbakterizidie und Lymphozytenproliferation wurde zusätzlich die Reaktion auf die Challenge mit dem Paramunitätsinducer Zylexis® überprüft. Zur Erfassung der metabolischen Belastungszustände wurden verschiedene Stoffwechselparameter und hämatologische Parameter erfasst. Zu Beginn der Laktation konnten bei den Kühen in der mittleren und hohen Leistungsgruppe signifikant höhere Konzentrationen an ß-Hydroxybuttersäure und Freien Fettsäuren im Vergleich zu der Laktationsmitte festgestellt werden. Die Kühe mit einem hohen Leistungsniveau zeigten darüber hinaus eine signifikant höhere Bilirubinkonzentration am Laktationsanfang gegenüber der Laktationsmitte. Die mittlere Konzentration der freien Fettsäuren lag bei den Kühen in beiden Leistungsgruppen oberhalb des Referenzbereiches und wies auf eine negative Energiebilanz zu Laktationsbeginn hin. Die mittleren Konzentrationen bzw. Enzymaktivitäten der Parameter Cholesterol, Harnstoff, AST, GLDH, γ-GT, Gesamtprotein, Kalzium und Phosphor wiesen in der Laktationsmitte signifikant höhere Werte als am Laktationsanfang auf. Dabei lagen die mittleren Enzymaktivitäten von AST und GLDH sowie die Konzentrationen von Harnstoff und Gesamtprotein in der Laktationsmitte oberhalb des Referenzbereiches. Die untersuchten Stoffwechselparameter wurden durch die Challenge mit einem Paramunitätsinducer nicht signifikant beeinflusst. Hinsichtlich der Immunparameter zeigten die Milchkühe mit einem mittleren Leistungsniveau in Abhängigkeit vom Laktationszeitpunkt zu Beginn der Laktation eine signifikant höhere Phagozytoseaktivität gegenüber der Laktationsmitte (p < 0,05). Die Gruppe mit einem hohen Leistungsniveau wies dagegen keine signifikanten Unterschiede in der Phagozytoseaktivität zwischen den beiden Untersuchungszeiträumen auf. Bei den Immunparametern Vollblutbakterizidie und Lymphozytenproliferation konnten bei den Kühen beider Gruppen keine signifikanten Unterschiede in Abhängigkeit vom Laktationszeitpunkt festgestellt werden. Im Hinblick auf die Milchleistung wiesen die Kühe in den beiden Leistungsgruppen am Untersuchungstag 0 weder zu Beginn noch in der Mitte der Laktation signifikante Unterschiede bezüglich der untersuchten Immunparameter auf. Nach der Challenge durch den Paramunitätsinducer reagierten einzig die Kühe mit einer mittleren Leistung zu Beginn der Laktation auf die Challenge mit einer signifikanten Reduzierung der mittleren Phagozytoseaktivität von Tag 0 zu Tag 2 (p < 0,05). Bei den weiteren untersuchten Immunparametern konnten weder bei den Kühen mit einer mittleren noch mit einer hohen Leistung eine signifikante Reaktion auf die Challenge nachgewiesen werden. Die klinisch erkrankten Kühe zeigten im Vergleich zu den klinisch gesunden Kühen keine unterschiedlichen Konzentrationen bzw. Aktivitäten der untersuchten Stoffwechselparameter. Auch konnten anhand der immunologischen Parameter und der Reaktion auf die Challenge keine Unterschiede zwischen den klinisch gesunden Kühen festgestellt werden. Die in der vorliegenden Untersuchung geprüften metabolischen Belastungen konnten weder anhand der Immunparameter noch durch die Reaktion der Immunparameter auf eine Challenge dargestellt werden. Es wird geschlussfolgert, dass das immunologische Reaktionsvermögen nicht geeignet ist, um als Indikator für Belastungszustände bei der Milchkuh herangezogen zu werden.

Rissbildung und Zugtragverhalten von mit Stabstahl und Fasern bewehrtem Ultrahochfesten Beton (UHPC)

Ultrahochfester Beton (UHPC) ist ein sehr gefügedichter zementgebundener Werkstoff, der sich nicht nur durch eine hohe Druckfestigkeit, sondern auch durch einen hohen Widerstand gegen jede Form physikalischen oder chemischen Angriffs auszeichnet. Duktiles Nachbruchverhalten bei Druckversagen wird meist durch die Zugabe dünner kurzer Fasern erreicht. In Kombination mit konventioneller Betonstahl- oder Spannbewehrung ermöglicht UHPC die Ausführung sehr schlanker, weitgespannter Konstruktionen und eröffnet zugleich neue Anwendungsgebiete, wie zum Beispiel die flächenhafte Beschichtung von Brückendecks. Durch das Zusammenwirken kontinuierlicher Bewehrungselemente und diskontinuierlich verteilter kurzer Fasern ergeben sich unter Zugbeanspruchung Unterschiede gegenüber dem bekannten Stahl- und Spannbeton. In der vorliegenden Arbeit wird hierzu ein Modell entwickelt und durch eine umfangreiche Versuchsreihe abgesichert. Ausgangspunkt sind experimentelle und theoretische Untersuchungen zum Verbundverhalten von Stabstählen in einer UHPC-Matrix und zum Einfluss einer Faserzugabe auf das Reiß- und Zugtragverhalten von UHPC. Die Modellbildung für UHPC-Zugelemente mit gemischter Bewehrung aus Stabstahl und Fasern erfolgt auf der Grundlage der Vorgänge am diskreten Riss, die daher sehr ausführlich behandelt werden. Für den elastischen Verformungsbereich der Stabbewehrung (Gebrauchslastbereich) kann damit das Last-Verformungs-Verhalten für kombiniert bewehrte Bauteile mechanisch konsistent unter Berücksichtigung des bei UHPC bedeutsamen hohen Schwindmaßes abgebildet werden. Für die praktische Anwendung wird durch Vereinfachungen ein Näherungsverfahren abgeleitet. Sowohl die theoretischen als auch die experimentellen Untersuchungen bestätigen, dass der faserbewehrte UHPC bei Kombination mit kontinuierlichen Bewehrungselementen selbst kein verfestigendes Verhalten aufweisen muss, um insgesamt verfestigendes Verhalten und damit eine verteilte Rissbildung mit sehr keinen Rissbreiten und Rissabständen zu erzielen. Diese Beobachtungen können mit Hilfe der bisher zur Verfügung stehenden Modelle, die im Wesentlichen eine Superposition isoliert ermittelter Spannungs-Dehnungs-Beziehungen des Faserbetons und des reinen Stahls vorsehen, nicht nachvollzogen werden. Wie die eigenen Untersuchungen zeigen, kann durch ausreichend dimensionierte Stabstahlbewehrung zielgerichtet und ohne unwirtschaftlich hohe Fasergehalte ein gutmütiges Verhalten von UHPC auf Zug erreicht werden. Die sichere Begrenzung der Rissbreiten auf deutlich unter 0,1 mm gewährleistet zugleich die Dauerhaftigkeit auch bei ungünstigen Umgebungsbedingungen. Durch die Minimierung des Material- und Energieeinsatzes und die zu erwartende lange Nutzungsdauer lassen sich so im Sinne der Nachhaltigkeit optimierte Bauteile realisieren.

Hyperspectral field measurements to determine dry matter yield and nutritive value of legume-grass swards

Summary: Productivity, botanical composition and forage quality of legume-grass swards are important factors for successful arable farming in both organic and conventional farming systems. As these attributes can vary considerably within a field, a non-destructive method of detection while doing other tasks would facilitate a more targeted management of crops, forage and nutrients in the soil-plant-animal system. This study was undertaken to explore the potential of field spectral measurements for a non destructive prediction of dry matter (DM) yield, legume proportion in the sward, metabolizable energy (ME), ash content, crude protein (CP) and acid detergent fiber (ADF) of legume-grass mixtures. Two experiments were conducted in a greenhouse under controlled conditions which allowed collecting spectral measurements which were free from interferences such as wind, passing clouds and changing angles of solar irradiation. In a second step this initial investigation was evaluated in the field by a two year experiment with the same legume-grass swards. Several techniques for analysis of the hyperspectral data set were examined in this study: four vegetation indices (VIs): simple ratio (SR), normalized difference vegetation index (NDVI), enhanced vegetation index (EVI) and red edge position (REP), two-waveband reflectance ratios, modified partial least squares (MPLS) regression and stepwise multiple linear regression (SMLR). The results showed the potential of field spectroscopy and proved its usefulness for the prediction of DM yield, ash content and CP across a wide range of legume proportion and growth stage. In all investigations prediction accuracy of DM yield, ash content and CP could be improved by legume-specific calibrations which included mixtures and pure swards of perennial ryegrass and of the respective legume species. The comparison between the greenhouse and the field experiments showed that the interaction between spectral reflectance and weather conditions as well as incidence angle of light interfered with an accurate determination of DM yield. Further research is hence needed to improve the validity of spectral measurements in the field. Furthermore, the developed models should be tested on varying sites and vegetation periods to enhance the robustness and portability of the models to other environmental conditions.

Parameter identification of structural dynamic models by inverse statistical analysis

Auf dem Gebiet der Strukturdynamik sind computergestützte Modellvalidierungstechniken inzwischen weit verbreitet. Dabei werden experimentelle Modaldaten, um ein numerisches Modell für weitere Analysen zu korrigieren. Gleichwohl repräsentiert das validierte Modell nur das dynamische Verhalten der getesteten Struktur. In der Realität gibt es wiederum viele Faktoren, die zwangsläufig zu variierenden Ergebnissen von Modaltests führen werden: Sich verändernde Umgebungsbedingungen während eines Tests, leicht unterschiedliche Testaufbauten, ein Test an einer nominell gleichen aber anderen Struktur (z.B. aus der Serienfertigung), etc. Damit eine stochastische Simulation durchgeführt werden kann, muss eine Reihe von Annahmen für die verwendeten Zufallsvariablengetroffen werden. Folglich bedarf es einer inversen Methode, die es ermöglicht ein stochastisches Modell aus experimentellen Modaldaten zu identifizieren. Die Arbeit beschreibt die Entwicklung eines parameter-basierten Ansatzes, um stochastische Simulationsmodelle auf dem Gebiet der Strukturdynamik zu identifizieren. Die entwickelte Methode beruht auf Sensitivitäten erster Ordnung, mit denen Parametermittelwerte und Kovarianzen des numerischen Modells aus stochastischen experimentellen Modaldaten bestimmt werden können.

Exploratory and dust-bathing behaviour in laying hens kept in commercial aviaries and furnished cages

The aim of the present thesis was to identify management factors that affect the extent of exploratory behaviour (ground pecking, scratching) as well as quantitative and qualitative as-pects of dust-bathing behaviour in laying hens kept in commercial furnished cages (‘small group housing’) and aviaries. Based on the results, it should be considered which management measures can be recommended for farmers to enhance hen welfare. The feasibility of direct observations of dust-bathing behaviour as well as video observations of exploratory and dust-bathing behaviour was tested in two aviaries. The direct observations were judged to be unfeasible under the conditions encountered. For the analysis of the video recordings, different sampling intervals for instantaneous scan sampling, different extents of observation time, and intra- and inter-observer reliabilities were compared and the most ap-propriate observation scheme selected. Applying the selected scheme (observing the first 16 minutes of every hour distributed over two consecutive light days with a sample interval of two minutes), within the range of environmental conditions found in 22 aviaries, pecking, scratching and dust-bathing behaviour was performed on average 25, 2 and 7 % of the obser-vation time. Hen numbers in the litter were positively associated with stocking density and group size. More scratching was performed with increasing litter height as well as in humid litter. If no litter had been provided, thus substrate consisted of dust and faeces, a reduced proportion of dust-bathing was found. The same method was then used in 16 furnished cage systems. On average 12 % of the total hen number were found on the scratching mats. The hens spent 8 % of the observed time pecking at the mat, 4 % dust-bathing and 0.4 % scratch-ing. Higher proportions were found on the mats and more dust-bathing behaviour occurred, if substrate was provided. Also with increasing light intensity and stocking density more hens were observed on the mats. More pecking and scratching occurred in conditions of higher stocking density, probably due to social facilitation, and of increased mat area per hen. With increasing mat numbers per cage less pecking was observed. Wider mats led to increased dust-bathing behaviour. Finally, 129 dust-baths recorded in 17 aviaries were analysed in detail. On average they lasted 17 minutes, with the tossing phase taking 69 % of this time, including on average 2 vertical wing shakes and 3 scratches with one leg per minute tossing phase. Dust-bath duration de-creased with increasing litter height. Litter type influenced all recorded parameters: dust-bath duration was highest on straw and lowest on fine material and fine material mixed with straw, where on both also the proportion of the tossing phase was lowest. The number of vertical wing shakes during the dust-bath was highest on straw and lowest on fine material mixed with straw as against the frequency of vertical wing shaking that was lowest on straw and highest on fine material. If dust-bathing hens were disturbed twice or more, dust-bathing duration decreased. With increasing light intensity a decreased proportion of the tossing phase as well as a reduced number of vertical wing shakes were recorded. Possibly the light stimulated the hens to dust-bath more often with less tossing behaviour per performance. The observed variation of the dust-bathing parameters could reflect successful adaptation or frustration of the hens. The litter and light conditions on the investigated farms were predominantly restrictive in terms of stimulation of exploration and dust-bathing behaviour. Thus, it was only possible to analyse possible associations between these factors and exploration and dust-bathing behav-iour within the range found. Based on the results the following management recommendations can be given: To allow hens in furnished cages more normal activity, substrate availability should be improved and mat space and light intensity increased. With regard to aviaries as well litter availability should be improved. Litter height should not be too low. Disturbances during dust-bathing should be prevented, but no influencing factors could be identified.

Agroforestry systems of timber species and cacao: survival and growth during the early stages

In recent times, increased emphasis has been placed on diversifying the types of trees to shade cacao (Theobroma cacao L.) and to achieve additional services. Agroforestry systems that include profitable and native timber trees are a viable alternative but it is necessary to understand the growth characteristics of these species under different environmental conditions. Thus, timber tree species selection should be based on plant responses to biotic and abiotic factors. The aims of this study were (1) to evaluate growth rates and leaf area indices of the four commercial timber species: Cordia thaisiana, Cedrela odorata, Swietenia macrophylla and Tabebuia rosea in conjunction with incidence of insect attacks and (2) to compare growth rates of four Venezuelan Criollo cacao cultivars planted under the shade of these four timber species during the first 36 months after establishment. Parameters monitored in timber trees were: survival rates, growth rates expressed as height and diameter at breast height and leaf area index. In the four Cacao cultivars: height and basal diameter. C. thaisiana and C. odorata had the fastest growth and the highest survival rates. Growth rates of timber trees will depend on their susceptibility to insect attacks as well as to total leaf area. All cacao cultivars showed higher growth rates under the shade of C. odorata. Growth rates of timber trees and cacao cultivars suggest that combinations of cacao and timber trees are a feasible agroforestry strategy in Venezuela.

Zelluläre und biochemische Charakterisierung der bifunktionalen Methyltransferase Dnmt2

Seit der Entdeckung der Methyltransferase 2 als hoch konserviertes und weit verbreitetes Enzym sind zahlreiche Versuche zur vollständigen Charakterisierung erfolgt. Dabei ist die biologische Funktion des Proteins ein permanent umstrittener Punkt. In dieser Arbeit wird dnmA als sensitiver Oszillator bezüglich des Zellzyklus und weiterer Einflüsse gezeigt. Insgesamt liegt der Hauptfokus auf der Untersuchung der in vivo Charakterisierung des Gens, der endogenen subzellulären Verteilung, sowie der physiologischen Aufgaben des Proteins in vivo in D. discoideum. Um Hinweise auf Signalwege in vivo zu erhalten, in denen DnmA beteiligt ist, war es zunächst notwendig, eine detaillierte Analyse des Gens anzufertigen. Mit molekularbiologisch äußerst sensitiven Methoden, wie beispielsweise Chromatin‐IP oder qRT‐PCR, konnte ein vollständiges Expressionsprofil über den Zell‐ und Lebenszyklus von D. discoideum angelegt werden. Besonders interessant sind dabei die Ergebnisse eines ursprünglichen Wildtypstammes (NC4), dessen dnmA‐Expressionsprofil quantitativ von anderen Wildtypstämmen abweicht. Auch auf Proteinebene konnten Zellzyklus‐abhängige Effekte von DnmA bestimmt werden. Durch mikroskopische Untersuchungen von verschiedenen DnmA‐GFP‐Stämmen wurden Lokalisationsänderungen während der Mitose gezeigt. Weiterhin wurde ein DnmA‐GFP‐Konstrukt unter der Kontrolle des endogenen Promotors generiert, wodurch das Protein in der Entwicklung eindeutig als Zelltypus spezifisches Protein, nämlich als Präsporen‐ bzw. Sporenspezifisches Protein, identifiziert werden konnte. Für die in vivo Analyse der katalytischen Aktivität des Enzyms konnten nun die Erkenntnisse aus der Charakterisierung des Gens bzw. Proteins berücksichtigt werden, um in vivo Substratkandidaten zu testen. Es zeigte sich, dass von allen bisherigen Substrat Kandidaten lediglich die tRNA^Asp als in vivo Substrat bestätigt werden konnte. Als besondere Erkenntnis konnte hierbei ein quantitativer Unterschied des Methylierungslevels zwischen verschiedenen Wildtypstämmen detektiert werden. Weiterhin wurde die Methylierung sowie Bindung an einen DNA‐Substratkandidaten ermittelt. Es konnte gezeigt werden, dass DnmA äußerst sequenzspezifisch mit Abschnitten des Retrotransposons DIRS‐1 in vivo eine Bindung eingeht. Auch für den Substrakandidaten snRNA‐U2 konnte eine stabile in vitro Komplexbildung zwischen U2 und hDnmt2 gezeigt werden. Insgesamt erfolgte auf Basis der ermittelten Expressionsdaten eine erneute Charakterisierung der Aktivität des Enzyms und der Substrate in vivo und in vitro.

La Connectivitat biològica entre el massís de l' Albera i el massís de les Salines: una aproximació des de la fauna vertebrada

Aquest projecte pretén estudiar la falta de connectivitat biològica entre la serra de l' Albera i el massís de les Salines (Pirineu empordanès)

Avaluació preliminar de la qualitat ambiental de la platja del Judío de Matanzas (Cuba)

Avaluació de la qualitat ambiental d’una platja de Cuba (El Judío) la qual està sotmesa a una forta pressió antròpica, s’ha determinat l’estat ecològic i higiènico-sanitari, mitjançant indicadors microbiològics i fisicoquímics de l’aigua, del sediment que es troba dins l’aigua i de l’ aspecte estètic de la platja. Els resultats obtinguts són comparats amb la legislació cubana existent, Norma Cubana 22:1999, per tal de determinar si aquesta és apta per a l’ús recreatiu

Pla de gestió Reserva Natural de Fauna Salvatge de l’Illa de Fluvià

El projecte es basa en l’ elaboració del Pla de gestió de la Reserva Natural de Fauna Salvatge de l’ Illa del Fluvià, coneguda també com l’ Illa de Fares o de Besalú, entre les comarques de la Garrotxa i el Pla de l’ Estany. Es donen un seguit de propostes de millores i també propostes que permetin aprofitar el potencia educatiu de la zona

Connectivitat biològica entre els espais oberts a l’espai natural de les Guilleries

L’objectiu principal d’aquest projecte és establir les propostes de gestió necessàries per tal de poder preservar els espais oberts a la zona de Sant Sadurní d’Osormort (Guilleries), i poder ho fer extensible a altres zones de Catalunya i d’Europa. Per dur a terme l’ estudi utilitzen com indicador els lepidòpters ropalòcers de zones obertes . Aquest projecte proposa millores en la gestió del territori d’estudi, per tal d’aconseguir una millora en l’ecosistema i una millor connectivitat biològica

Enhancing learning beyond the classroom: blogging and other social networking tools

Blogging has become one of the key ingredients of the so-called socials networks. This phenomenon has indeed invaded the world of education. Connections between people, comments on each other posts, and assessment of innovation are usually interesting characteristics of blogs related to students and scholars. Blogs have become a kind of new form of authority, bringing about (divergent) discussions which lead to creation of knowledge. The use of blogs as an innovative, educational tool is not at all new. However, their use in universities is not very widespread yet. Blogging for personal affairs is rather commonplace, but blogging for professional affairs – teaching, research and service, is scarce, despite the availability of ready-to-use, free tools. Unfortunately, Information Society has not reached yet enough some universities: not only are (student) blogs scarcely used as an educational tool, but it is quite rare to find a blog written by University professors. The Institute of Computational Chemistry of the University of Girona and the Department of Chemistry of the Universitat Autònoma de Barcelona has joined forces to create “InnoCiència”, a new Group on Digital Science Communitation. This group, formed by ca. ten researchers, has promoted the use of blogs, twitters. wikis and other tools of Web 2.0 in activities in Catalonia concerning the dissemination of Science, like Science Week, Open Day or Researchers’ Night. Likewise, its members promote use of social networking tools in chemistry- and communication-related courses. This communication explains the outcome of social-network experiences with teaching undergraduate students and organizing research communication events. We provide live, hands-on examples and interactive ground to show how blogs and twitters can be used to enhance the yield of teaching and research. Impact of blogging and other social networking tools on the outcome of the learning process is very depending on the target audience and the environmental conditions. A few examples are provided and some proposals to use these techniques efficiently to help students are hinted

Pla de gestió de la Serra de Montgrony

Estudi amb la informació de base, la diagnosi i les accions proposades per tal de dur a terme una gestió apropiada del LIC Serra de Montgrony. La gestió està enfocada a fer compatibles les activitats antròpiques que es duen a terme a la zona amb la conservació de la biodiversitat de l’espai