Detection of four Plasmodium species in blood from humans by 18S rRNA gene subunit-based and specific real-time PCR assays

Résumé : Un nombre croissant de cas de malaria chez les voyageurs et migrants a été rapporté. Bien que l'analyse microscopique des frottis sanguins reste traditionnellement l'outil diagnostic de référence, sa fiabilité dépend considérablement de l'expertise de l'examinateur, pouvant elle-même faire défaut sous nos latitudes. Une PCR multiplex en temps réel a donc été développée en vue d'une standardisation du diagnostic. Un ensemble d'amorces génériques ciblant une région hautement conservée du gène d'ARN ribosomial 18S du genre Plasmodium a tout d'abord été conçu, dont le polymorphisme du produit d'amplification semblait suffisant pour créer quatre sondes spécifiques à l'espèce P. falciparum, P. malariae, P. vivax et P. ovale. Ces sondes utilisées en PCR en temps réel se sont révélées capables de détecter une seule copie de plasmide de P. falciparum, P. malariae, P. vivax et P. ovale spécifiquement. La même sensibilité a été obtenue avec une sonde de screening pouvant détecter les quatre espèces. Quatre-vingt-dix-sept échantillons de sang ont ensuite été testés, dont on a comparé la microscopie et la PCR en temps réel pour 66 (60 patients) d'entre eux. Ces deux méthodes ont montré une concordance globale de 86% pour la détection de plasmodia. Les résultats discordants ont été réévalués grâce à des données cliniques, une deuxième expertise microscopique et moléculaire (laboratoire de Genève et de l'Institut Suisse Tropical de Bâle), ainsi qu'à l'aide du séquençage. Cette nouvelle analyse s'est prononcé en faveur de la méthode moléculaire pour tous les neuf résultats discordants. Sur les 31 résultats positifs par les deux méthodes, la même réévaluation a pu donner raison 8 fois sur 9 à la PCR en temps réel sur le plan de l'identification de l'espèce plasmodiale. Les 31 autres échantillons ont été analysés pour le suivi de sept patients sous traitement antimalarique. Il a été observé une baisse rapide du nombre de parasites mesurée par la PCR en temps réel chez six des sept patients, baisse correspondant à la parasitémie déterminée microscopiquement. Ceci suggère ainsi le rôle potentiel de la PCR en temps réel dans le suivi thérapeutique des patients traités par antipaludéens. Abstract : There have been reports of increasing numbers of cases of malaria among migrants and travelers. Although microscopic examination of blood smears remains the "gold standard" in diagnosis, this method suffers from insufficient sensitivity and requires considerable expertise. To improve diagnosis, a multiplex real-time PCR was developed. One set of generic primers targeting a highly conserved region of the 18S rRNA gene of the genus Plasmodium was designed; the primer set was polymorphic enough internally to design four species-specific probes for P. falciparum, P. vivax, P. malarie, and P. ovale. Real-time PCR with species-specific probes detected one plasmid copy of P. falciparum, P. vivax, P. malariae, and P. ovale specifically. The same sensitivity was achieved for all species with real-time PCR with the 18S screening probe. Ninety-seven blood samples were investigated. For 66 of them (60 patients), microscopy and real-time PCR results were compared and had a crude agreement of 86% for the detection of plasmodia. Discordant results were reevaluated with clinical, molecular, and sequencing data to resolve them. All nine discordances between 18S screening PCR and microscopy were resolved in favor of the molecular method, as were eight of nine discordances at the species level for the species-specific PCR among the 31 samples positive by both methods. The other 31 blood samples were tested to monitor the antimalaria treatment in seven patients. The number of parasites measured by real-time PCR fell rapidly for six out of seven patients in parallel to parasitemia determined microscopically. This suggests a role of quantitative PCR for the monitoring of patients receiving antimalaria therapy.

O fotojornalismo depois da fotografia: Modelos de configuração da cadeia produtiva do fotojornalismo em tempos de convergência digital

This research report concerns about the post-doctoral activities, conducted betweenSeptember 2010 and March 2011 at the University Pompeu Fabra, Barcelona. It comes to identify the consequences of the convergence phenomenon on photojournalism.Thus, in a more general approach, the effort is to to recovery the structural elements of the convergence concept in journalism. It aims to map, as well, the current debates about the repositioning of photographic practices linked to the news produced in a widespread adoption of digital devices in contemporary workflow. It is also specified,the analysis of photographic collectives as a result of the convergence frameworkapplied to photojournalism; the debate on ways of funding; alternatives facing thealleged crisis of press photography and, finally, proposes to create qualifying stages ofdevelopment of photojournalism in the digital age as well as the proposition of hypotheses concerning the structure of the productive routines. In addition, we present three cases to be analyzed in order to explore and verify the occurrence ofcharacteristics that may identify the object of research in the state of practice. Finally,we work in a series of conclusions, revisiting the main hypotheses. With this strategy, ispossible to define an sequence of analysis capable of addressing the characteristics present in the studied cases and other ones in future, thus, be able to affirm this stage as a step, in the continuous historical course of photojournalism.

Fluência digital e uso de ambientes virtuais: caracterização de alunos de enfermagem

O objetivo do estudo foi caracterizar o perfil de licenciandos de enfermagem, identificar a fluência digital, o conhecimento, a habilidade e o interesse no uso de ambientes virtuais de aprendizagem. Trata-se de uma pesquisa quantitativa, exploratório-descritiva realizada com 51 licenciandos de enfermagem por meio de questionário. Dos participantes do estudo 51 (100%) afirmam ter conhecimento em informática, sendo que 26 (49%) indicam um nível intermediário; 47 (92%) fazem uso diário da Internet; 51 (100%) navegam em redes sociais e possuem e-mail; 51(100%) utilizam MSN e 32 (62,7%) Skype; 41 (82%) acessam Chats, 33 (64,7%) Fóruns de discussão e 22 (43%) Blogs; 33 (64,7%) utilizam frequentemente o Moodle e 26 (51%) o COL; e a grande maioria (45- 88,2%) relatou interesse no uso de ambientes virtuais de aprendizagem. Os alunos foram considerados fluentes digitais e apresentaram conhecimento, habilidade e expressivo interesse no uso de ambientes virtuais de aprendizagem em sua formação acadêmica.

Digital storytelling: un’applicazione didattica per ripensare ai media attraverso i media

El presente trabajo de investigación propone un proyecto de investigación centrado en los pre-adolescentes para estudiar, a través deautobiografías digitales (digital storytelling, DST) producidas por ellos, laspracticas cultural-medial y las representaciones que ellos han construido sobre los medios, en relación con los contextos de uso significativos, como el hogar, la escuela o su grupo de par. Los medios forman parte de las actividades cotidianas de los niños quien los emplean en prácticas de socialización, aprendizaje, juego y de construcción de la identidad y del conocimiento. Los digital storytelling,insertados en el contexto escolar, serán empleados como metodología didácticapara la adquisición de competencias tecnológicas y como instrumento de lainvestigación. Los DST, como practica cultural de los chicos, constituirán nuestrocampo para la observación de las modalidades de uso de los medios por parte delos jóvenes y sus capacidad de recombinar lenguajes y construir contenidos. LosDST proporcionaran, además, la posibilidad de acceder al universo simbólicoinfantil para comprender el significado que las tecnologías tienen en sus cotidianidad

Especificitats de la narrativa audiovisual informativa a Internet: anàlisi de les rutines de producció i dels vídeos produïts per La Vanguardia Digital, VilaWeb i 3cat24.cat

El present projecte d’investigació és el treball de recerca del Doctorat en Comunicació Pública (bienni 2007-2009) i es proposa de desenvolupar-lo com a tesi doctoral. Vol estudiar les especificitats de la narrativa audiovisual informativa a Internet de tres mitjans digitals decomunicació catalans. Per a fer-ho es proposa una metodologia qualitativa dividida en dos blocs: el primer, a partir de l'observació, entrevistes en profunditat i enquestes, vol investigar les novesrutines de producció audiovisual en aquests tres mitjans, condicionades per un nou entorn digital; el segon, a partir de la narratologia, vol analitzar els efectes d'aquestes rutines i d'aquest nou entorn enel producte audiovisual resultant

Desarrollo de Surrogates para la representación dinámica de la información digital

El volumen de información a la que un usuario tiene acceso en Internet esenorme. La representación de la misma ha ido evolucionando a lo largo del tiempo a lavez que se han establecido reglas, recomendaciones y directrices que conforman toda una ingeniería de diseño de interfaces con el propósito de mejorar la representación e interacción entre el usuario y el ordenador. Aún así, hay que ir evolucionando en la manera de tratar esta representación de la información ya que Internet es un espacio donde afloran, día tras día, nuevas tecnologías y servicios.De hecho, en este proyecto trataremos de mejorar la representación de lainformación mediante unos objetos que llamaremos surrogates o sustitutos. Como sunombre indica, estos sustitutos serán la representación de los elementos a reemplazar y cuya función podríamos calificar como de “puerta de enlace”. Dichos objetos estaránformados por elementos propios de la información a la que representan con el objetivo de que el usuario identifique de una manera más rápida y sencilla esta información.En definitiva, desarrollaremos unos surrogates que puedan ser usados endiferentes interfaces independientemente de la tecnología que se haya empleado para sudesarrollo y dotándolos de una serie de características y métodos con el fin de mejorar la interacción entre el usuario y la información.

Determination of Transmembrane Water Fluxes in Neurons Elicited by Glutamate Ionotropic Receptors and by the Cotransporters KCC2 and NKCC1: A Digital Holographic Microscopy Study.

Digital holographic microscopy (DHM) is a noninvasive optical imaging technique that provides quantitative phase images of living cells. In a recent study, we showed that the quantitative monitoring of the phase signal by DHM was a simple label-free method to study the effects of glutamate on neuronal optical responses (Pavillon et al., 2010). Here, we refine these observations and show that glutamate produces the following three distinct optical responses in mouse primary cortical neurons in culture, predominantly mediated by NMDA receptors: biphasic, reversible decrease (RD) and irreversible decrease (ID) responses. The shape and amplitude of the optical signal were not associated with a particular cellular phenotype but reflected the physiopathological status of neurons linked to the degree of NMDA activity. Thus, the biphasic, RD, and ID responses indicated, respectively, a low-level, a high-level, and an "excitotoxic" level of NMDA activation. Moreover, furosemide and bumetanide, two inhibitors of sodium-coupled and/or potassium-coupled chloride movement strongly modified the phase shift, suggesting an involvement of two neuronal cotransporters, NKCC1 (Na-K-Cl) and KCC2 (K-Cl) in the genesis of the optical signal. This observation is of particular interest since it shows that DHM is the first imaging technique able to monitor dynamically and in situ the activity of these cotransporters during physiological and/or pathological neuronal conditions.

Economia digital : una sortida per a múltiples sistemes comercials

Economia Digital: Una sortida per a múltiples sistemes comercials, és un treball de recerca que tracta sobre el comerç electrònic en tots els seus aspectes, partint d’un anàlisi teòric que estableix les bases d’aquest sistema comercial; seguit d’un estudi de dos casos concrets d’empreses que han introduït Internet en la seva activitat. Per una banda, una d’aquestes empreses, Destil·leries Julián Segarra, s’ha servit de les noves tecnologies, amb un ús publicitari, per tal de donar-se a conèixer però sense oferir la possibilitat de venda online. D’altra banda, Surfdevils S.L. no només utilitza els recursos que ofereix la xarxa de manera informativa, sinó que va més enllà i permet adquirir els seus productes mitjançant el seu espai web. A més es realitza un breu estudi sobre els hàbits de compra per Internet, mitjançant una enquesta efectuada a una mostra de la població.Tot aquest estudi, serveix per arribar a la conclusió que introduir el comerç electrònic dins del seu funcionament és rentable per a les empreses i beneficiós pels consumidors, ja que els ofereix la possibilitat d’adquirir els productes en un mercat més ampli, transparent i competitiu.

MRSA screening by the Xpert MRSA PCR assay: pooling samples of the nose, throat, and groin increases the sensitivity of detection without increasing the laboratory costs.

The performance of the Xpert MRSA polymerase chain reaction (PCR) assay on pooled nose, groin, and throat swabs (three nylon flocked eSwabs into one tube) was compared to culture by analyzing 5,546 samples. The sensitivity [0.78, 95 % confidence interval (CI) 0.73-0.82] and specificity (0.99, 95 % CI 0.98-0.99) were similar to the results from published studies on separated nose or other specimens. Thus, the performance of the Xpert MRSA assay was not affected by pooling the three specimens into one assay, allowing a higher detection rate without increasing laboratory costs, as compared to nose samples alone.

Dual-wavelength digital holographic microscopy with sub-nanometer axial accuracy

We present dual-wavelength Digital Holographic Microscopy (DHM) measurements on a certified 8.9 nm high Chromium thin step sample and demonstrate sub-nanometer axial accuracy. We introduce a modified DHM Reference Calibrated Hologram (RCH) reconstruction algorithm taking into account amplitude contributions. By combining this with a temporal averaging procedure and a specific dual-wavelength DHM arrangement, it is shown that specimen topography can be measured with an accuracy, defined as the axial standard deviation, reduced to at least 0.9 nm. Indeed, it is reported that averaging each of the two wavefronts recorded with real-time dual-wavelength DHM can provide up to 30% spatial noise reduction for the given configuration, thanks to their non-correlated nature. ©2008 COPYRIGHT SPIE

Automaattisen nukleiinihappoeristyslaitteen ja reaaliaikaisen PCR-menetelmän soveltuvuus herpes simplex -virusten keskushermostoinfektiodiagnostiikkaan

Keskushermosto- ja neonataali-infektiot ovat herpes simplex -virusten aiheuttamista taudeista vakavimpia. Niihin on olemassa lääkitys, joka on tehokkain, kun se aloitetaan aivan sairauden alkuvaiheessa. Näiden infektioiden diagnostiikassa PCR-menetelmä on herkin. Tämä menetelmä on kuitenkin työläs ja aikaa vievä, joten uudet nopeammat menetelmät ovat tervetulleita. Opinnäytetyö tehtiin HUSLABin virologian osastolle. Työssä testattiin QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkausta, joka on tehty käytettäväksi Roche diagnosticsin reaaliaikaisella PCR-laitteella LightCyclerillä. Lisäksi työssä testattiin automaattista bioMérieuxin NucliSens easyMAG- nukleiinihappoeristyslaitetta. Referenssinä käytettiin HUSLABin virologian osastolla testaushetkellä käytössä olevia menetelmiä. Reaaliaikaisen PCR-menetelmän herkkyyttä testattiin positiivisilla HSV-1 ja HSV-2 kontrollilaimennussarjoilla. Menetelmän oikeellisuutta testattiin määrittämällä laaduntarkkailu- ja potilasnäytteitä, jotka olivat likvoria. Tuloksia verrattiin QCMD:n antamiin ja perinteisellä ”in house”- PCR-menetelmällä saatuihin referenssituloksiin. Spesifisyyttä testattiin muiden ihmisten herpesvirusten positiivisilla kontrolleilla. Automaattisen nukleiinihappoeristysmenetelmän toimivuutta testattiin HSV-positiivisilla ja -negatiivisilla likvornäytteillä, jotka oli aikaisemmin eristetty fenoli-kloroformiuutolla. Tulokset QIAGENIN artus®HSV-1/2 LC PCR-reagenssipakkauksesta olivat hyviä. Kont-rollilaimennussarjan määrityksessä reaaliaikainen PCR-menetelmä osoittautui perinteistä ”in house”- PCR-menetelmää herkemmäksi. Potilasnäytteiden määrityksessä tulokset olivat yhtenevät. EasyMAG- nukleiinihappoeristysmenetelmällä eristettyjen potilasnäytteiden määrityksistä saadut tulokset olivat myös hyviä. Kun tuloksia verrattiin fenoli-kloroformiuutolla saatuihin tuloksiin, olivat tulokset yhtä näytettä lukuun ottamatta yhtenevät. Molemmat testattavat menetelmät ovat nopeita ja virhelähteiden mahdollisuus on vähäisempi kuin perinteisessä ”in house”-PCR menetelmässä ja fenoli-kloroformiuutolla nukleiinihappoa eristettäessä. Tutkimusten tulokset osoittivat molempien menetelmien soveltuvan hyvin HSV:n eristykseen ja määritykseen likvornäytteistä.

Perfil, competências e fluência digital dos enfermeiros do Programa de Aprimoramento Profissional

Estudo descritivo, exploratório, realizado na cidade de São Paulo, que objetivou identificar o perfil, as competências e a fluência digital do enfermeiro aprimorando para uso da tecnologia no trabalho. A população composta por 60 aprimorandos do Programa de Aprimoramento Profissional respondeu um questionário com dados sobre o perfil, a fluência digital e as competências profissionais. Verificou-se que 95,0% dos participantes eram do sexo feminino, 61,7% na faixa etária entre 23 a 25 anos, 75,0% graduados em escolas públicas, 58,3% cursando enfermagem cardiovascular, 98,3% teve contato com recursos computacionais na graduação; 100,0% possuía computador em casa; 86,7% acessava a internet diariamente; 96,7% utilizava o Messenger e 58,3% apresentava grau intermediário de conhecimento e habilidade em informática. As competências profissionais requeridas frente à tecnologia referiram-se ao saber ser inovador, criativo, atualizado para conhecer e gerenciar programas e saber utilizar os recursos tecnológicos.

Aplicação da Técnica de “NESTED PCR” Durante o Período Pré-Patente para Identificação de Schistosoma Mansoni no Hospedeiro Intermediário Biomphalaria Glabrata

Biomphalaria glabrata, molusco de água doce, desempenha um importante papel em Parasitologia Médica, por ser o hospedeiro intermediário de Schistosoma mansoni, tremátode digenético responsável pela schistosomose intestinal. A detecção de moluscos infectados pelo Schistosoma mansoni tem uma grande importância em Saúde pública, porque identifica focos de transmissão da schistosomose. As limitações dos métodos clássicos para o diagnóstico de infecções pré patentes fazem com que os métodos de biologia moleculares sejam vistos como possíveis alternativas através da detecção de ADN do S. mansoni em moluscos hospedeiros. A detecção de sequências específicas de ADN por reacção de polimerase em cadeia (PCR) tem-se verificado ser de extrema importância para a análise genética e diagnóstico de várias doenças infecciosas. Neste estudo foi aplicada a técnica de Nested-PCR, com o objectivo de identificar, no período pré-patente, S. mansoni em moluscos expostos a 1, 5 e 10 miracídios em diferentes períodos de tempo. Foram utilizados moluscos das estirpes albina e selvagem de B. glabrata. Para a realização das técnicas de PCR e de Nested–PCR (NPCR) foram utilizados dois pares de oligonucleótidos desenhados especificamente para detectar o ADN de S. mansoni . Verificou-se amplificação do fragmento de ADN do parasita em 80% das amostras analisadas, independentemente da dose de miracídios e do período de exposição. O método utilizado é altamente sensível, mostrando ser uma ferramenta útil na detecção de hospedeiros intermediários de S. mansoni, consequentemente na identificação de focos de schistosomose intestinal.

Técnicas de Data e Text Mining Para Anotação de Um Arquivo Digital

O presente trabalho cujo Título é técnicas de Data e Text Mining para a anotação dum Arquivo Digital, tem como objectivo testar a viabilidade da utilização de técnicas de processamento automático de texto para a anotação das sessões dos debates parlamentares da Assembleia da República de Portugal. Ao longo do trabalho abordaram-se conceitos como tecnologias de descoberta do conhecimento (KDD), o processo da descoberta do conhecimento em texto, a caracterização das várias etapas do processamento de texto e a descrição de algumas ferramentas open souce para a mineração de texto. A metodologia utilizada baseou-se na experimentação de várias técnicas de processamento textual utilizando a open source R/tm. Apresentam-se, como resultados, a influência do pré-processamento, tamanho dos documentos e tamanhos dos corpora no resultado do processamento utilizando o algoritmo knnflex.

Aplicação da Técnica de “Nested Pcr” Durante o Período Pré-Patente para Identificação de Schistosoma Mansoni no Hospedeiro Intermediário Biomphalaria Glabrata

Biomphalaria glabrata, molusco de água doce, desempenha um importante papel em Parasitologia Médica, por ser o hospedeiro intermediário de Schistosoma mansoni, tremátode digenético responsável pela schistosomose intestinal. A detecção de moluscos infectados pelo Schistosoma mansoni tem uma grande importância em Saúde pública, porque identifica focos de transmissão da schistosomose. As limitações dos métodos clássicos para o diagnóstico de infecções pré patentes fazem com que os métodos de biologia moleculares sejam vistos como possíveis alternativas através da detecção de ADN do S. mansoni em moluscos hospedeiros. A detecção de sequências específicas de ADN por reacção de polimerase em cadeia (PCR) tem-se verificado ser de extrema importância para a análise genética e diagnóstico de várias doenças infecciosas. Neste estudo foi aplicada a técnica de Nested-PCR, com o objectivo de identificar, no período pré-patente, S. mansoni em moluscos expostos a 1, 5 e 10 miracídios em diferentes períodos de tempo. Foram utilizados moluscos das estirpes albina e selvagem de B. glabrata. Para a realização das técnicas de PCR e de Nested–PCR (NPCR) foram utilizados dois pares de oligonucleótidos desenhados especificamente para detectar o ADN de S. mansoni . Verificou-se amplificação do fragmento de ADN do parasita em 80% das amostras analisadas, independentemente da dose de miracídios e do período de exposição. O método utilizado é altamente sensível, mostrando ser uma ferramenta útil na detecção de hospedeiros intermediários de S. mansoni, consequentemente na identificação de focos de schistosomose intestinal.