Interference of genotypes x environments interaction in the genetic control of resistance to Asian rust soybean

The objectives of this work were to identify parents resistant to Asian soybean rust using diallel crosses, obtain information on the genetic control of soybean resistance to the pathogen and verify whether the combining ability estimates interact with the environment (year or time of assessment). The F1 generation was obtained in a greenhouse from crosses between five contrasting parents for the trait resistance to soybean rust, in a complete diallel without reciprocals. Two rust-severity assessments were carried out on individual soybean plants of 25 treatments (parents and F2 and F3 populations) in 2006/2007 and 2007/2008, in an experimental field at Embrapa Soja, Londrina, PR, Brazil. Additive effects predominated in the genetic control of soybean resistance to Asian rust, and the interaction of the segregant populations with the environment, although significant, did not alter the genetic parameter's general combining ability (GCA) and specific combining ability estimates, indicating that estimates obtained in one year and one assessment can be extrapolated to others. BR01-18437 inbred line is resistant to Asian rust and showed high GCA effects. This line should be used as parent if the objective is the resistance to Phakopsora pachyrhizi.

Road Safety Audits for County Road X-23 from IA 2 to the South Corporate Limits of West Point and for County Road W-62 from US 218 to IA 27 in Lee County, Iowa, 2010

On October 20–21, 2009, two road safety audits were conducted in Lee County, Iowa: one for a 6 mile section of County Road X-23 from IA 2 to the south corporate limits of West Point and one for a 9.7 mile section of County Road W-62 from US 218 to IA 27. Both roads have high severe crash histories for the years of 2001 through 2008. Using these crash data, the Iowa Department of Transportation (Iowa DOT) has identified County Road X-23 as being in the top 5 percent of similar roads for run-off-road crashes. The Iowa DOT lists County Road W-62 as a high-risk rural road that has above-average crash numbers and is eligible for funding under the Federal High-Risk Rural Road Program. Considering these issues, the Lee County Engineer and Iowa DOT requested that road safety audits be conducted to address the safety concerns and to suggest possible mitigation strategies.

Análise AMMI com dados imputados em experimentos de interação genótipo x ambiente de algodão

O objetivo deste trabalho foi avaliar a conveniência de definir o número de componentes multiplicativos dos modelos de efeitos principais aditivos com interação multiplicativa (AMMI) em experimentos de interações genótipo x ambiente de algodão com dados imputados ou desbalanceados. Um estudo de simulação foi realizado com base em uma matriz de dados reais de produtividade de algodão em caroço, obtidos em ensaios de interação genótipo x ambiente, conduzidos com 15 cultivares em 27 locais no Brasil. A simulação foi feita com retiradas aleatórias de 10, 20 e 30% dos dados. O número ótimo de componentes multiplicativos para o modelo AMMI foi determinado usando o teste de Cornelius e o teste de razão de verossimilhança sobre as matrizes completadas por imputação. Para testar as hipóteses, quando a análise é feita a partir de médias e não são disponibilizadas as repetições, foi proposta uma correção com base nas observações ausentes no teste de Cornelius. Para a imputação de dados, foram considerados métodos usando submodelos robustos, mínimos quadrados alternados e imputação múltipla. Na análise de experimentos desbalanceados, é recomendável escolher o número de componentes multiplicativos do modelo AMMI somente a partir da informação observada e fazer a estimação clássica dos parâmetros com base nas matrizes completadas por imputação.

Health consultation : E.I. Du Pont de Nemours & Co., Inc. County Road X-23 site, Lee County, Iowa EPA facility ID: IAD980685804 (2007)

The U.S. Environmental Protection Agency (EPA) is completing a third five-year review of the E.I. du Pont de Nemours & Co., Inc., County Road X-23 Superfund site in Lee County, Iowa. The site is also known as the Baier and McCarl subsites. The EPA is inviting public comment on whether the current site remedy continues to be protective of public health and the environment. The Iowa Department of Public Health in cooperation with the Agency for Toxic Substances and Disease Registry (ATSDR) prepared this health consultation to review the current status of the Baier and McCarl subsites and to provide an evaluation of the public health status of these subsites. The information in this health consultation was current at the time of writing. Data that emerges later could alter this docum ent’s conclusions and recommendations.

Feasibility of direct mapping of cerebral fluorodeoxy-D-glucose metabolism in situ at subcellular resolution using soft X-ray fluorescence.

Glucose metabolism is difficult to image with cellular resolution in mammalian brain tissue, particularly with (18) fluorodeoxy-D-glucose (FDG) positron emission tomography (PET). To this end, we explored the potential of synchrotron-based low-energy X-ray fluorescence (LEXRF) to image the stable isotope of fluorine (F) in phosphorylated FDG (DG-6P) at 1 μm(2) spatial resolution in 3-μm-thick brain slices. The excitation-dependent fluorescence F signal at 676 eV varied linearly with FDG concentration between 0.5 and 10 mM, whereas the endogenous background F signal was undetectable in brain. To validate LEXRF mapping of fluorine, FDG was administered in vitro and in vivo, and the fluorine LEXRF signal from intracellular trapped FDG-6P over selected brain areas rich in radial glia was spectrally quantitated at 1 μm(2) resolution. The subsequent generation of spatial LEXRF maps of F reproduced the expected localization and gradients of glucose metabolism in retinal Müller glia. In addition, FDG uptake was localized to periventricular hypothalamic tanycytes, whose morphological features were imaged simultaneously by X-ray absorption. We conclude that the high specificity of photon emission from F and its spatial mapping at ≤1 μm resolution demonstrates the ability to identify glucose uptake at subcellular resolution and holds remarkable potential for imaging glucose metabolism in biological tissue. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.

Regiões genômicas associadas a características de desempenho e carcaça no cromossomo 5 de linhagens Brasileiras de galinha

O objetivo deste trabalho foi caracterizar genotipicamente, e construir o mapa de ligação e mapear locos associados a características quantitativas (QTL) de desempenho e carcaça no cromossomo 5 de linhagens brasileiras galinhas. Utilizou-se uma população F2 CTCT, resultante do acasalamento entre machos da linhagem de postura CC e fêmeas da linhagem de corte TT. Um total de 356 animais foi genotipado com 11 marcadores microssatélites. A caracterização genotípica foi realizada pela estimação dos seguintes parâmetros genotípicos: conteúdo de informação polimórfica (0,45-0,69), heterozigosidades observada (0,48-1,00) e esperada (0,48-0,74), e número de alelos por loco (3-5). Empregou-se o mapeamento por intervalo combinado à modelagem fenotípica por modelo misto, no mapeamento de QTL. O comprimento do mapa de ligação foi de 174,7 cM. Não foram constatadas inversões entre o mapa obtido, o mapa consenso e o genoma. Foram mapeados nove QTL, dos quais sete foram sugestivos ("log of odds", LOD<1,5) e dois significativos ao nível cromossômico (LOD&gt;3,0). Seis destes QTL são inéditos: conversão alimentar e eficiência alimentar dos 35 aos 41 dias de idade (significativo), pesos de cabeça e fígado, e triglicerídeos e triglicerídeos+colesterol. A população CTCT apresenta variabilidade genotípica, o mapa de ligação é similar ao mapa consenso e ao genoma, e novos QTL foram mapeados.

Tannin-tolerant bacteria from crossbred Holstein x Zebu cows

The objective of this work was to isolate and characterize tannin-tolerant ruminal bacteria from crossbred Holstein x Zebu cows fed a chopped mixture of elephant grass (Pennisetum purpureum), young stems of "angico-vermelho" (Parapiptadenia rigida), and banana tree (Musa sp.) leaves. A total of 117 bacteria strains were isolated from enrichment cultures of rumen microflora in medium containing tannin extracts. Of these, 11 isolates were able to tolerate up to 3 g L-1 of tannins. Classical characterization procedures indicated that different morphological and physiological groups were represented. Restriction fragments profiles using Alu1 and Taq1 of 1,450 bp PCR products from the 16S rRNA gene grouped the 11 isolates into types I to VI. Sequencing of 16S rRNA PCR products was used for identification. From the 11 strains studied, seven were not identifiable by the methods used in this work, two were strains of Butyrivibrio fibrisolvens, and two of Streptococcus bovis.

Relation between plaque type, plaque thickness, blood shear stress, and plaque stress in coronary arteries assessed by X-ray Angiography and Intravascular Ultrasound

Purpose: Atheromatic plaque progression is affected, among others phenomena, by biomechanical, biochemical, and physiological factors. In this paper, the authors introduce a novel framework able to provide both morphological (vessel radius, plaque thickness, and type) and biomechanical (wall shear stress and Von Mises stress) indices of coronary arteries. Methods: First, the approach reconstructs the three-dimensional morphology of the vessel from intravascular ultrasound(IVUS) and Angiographic sequences, requiring minimal user interaction. Then, a computational pipeline allows to automatically assess fluid-dynamic and mechanical indices. Ten coronary arteries are analyzed illustrating the capabilities of the tool and confirming previous technical and clinical observations. Results: The relations between the arterial indices obtained by IVUS measurement and simulations have been quantitatively analyzed along the whole surface of the artery, extending the analysis of the coronary arteries shown in previous state of the art studies. Additionally, for the first time in the literature, the framework allows the computation of the membrane stresses using a simplified mechanical model of the arterial wall. Conclusions: Circumferentially (within a given frame), statistical analysis shows an inverse relation between the wall shear stress and the plaque thickness. At the global level (comparing a frame within the entire vessel), it is observed that heavy plaque accumulations are in general calcified and are located in the areas of the vessel having high wall shear stress. Finally, in their experiments the inverse proportionality between fluid and structural stresses is observed.

Interação genótipo x ambiente e características pré-desmama em animais da raça Simental em duas estações de nascimento

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da interação genótipo x ambiente (GxA), nas características peso à desmama e ganho de peso do nascimento à desmama, em machos e fêmeas da raça Simental, nascidos nas estações chuvosa e seca. Foram avaliados 20 mil animais, aos 210 dias de idade. Realizou-se uma análise multicaracterística, que considerou como distinta a mesma característica nos diferentes grupos ambientais, e uma análise unicaracterística, que considerou cada característica como a mesma em todos os grupos ambientais. Ainteração GxA foi avaliada por meio da correlação genética (r g). As interações foram consideradas importantes quando os valores de r g ficaram abaixo de 0,80. As distribuições posteriores das estimativas de herdabilidades mostraram ausência de heterogeneidade de variâncias entre os sexos, entretanto houve interação GxA entre os grupos ambientais. Observaram-se valores de correlação genética de 0,54 a 0,78 e 0,55 a 0,75 para peso à desmama e ganho de peso do nascimento à desmama, respectivamente. As seleções, baseadas tanto na análise unicaracterística quanto na multicaracterística, não mostraram diferenças significativas quanto ao ganho genético dos animais. Há efeito das estações de nascimento nas características avaliadas, em todos os grupos ambientais, e a interação GxA é mais evidente em fêmeas do que em machos.

Estratificação ambiental pela análise da interação genótipo x ambiente em milho

O objetivo deste trabalho foi realizar a estratificação de ambientes de cultivo de milho nos Estados do Paraná, Minas Gerais e Bahia, por diferentes métodos, bem como determinar o grau de associação e divergência entre os métodos de estratificação. Foram avaliados quatro métodos: o tradicional de Lin; o de dissimilaridade ambiental; o de decomposição da interação genótipo x ambiente (GxA) em partes simples e complexa; e o de análise de fatores. Esses métodos foram aplicados a 48 híbridos experimentais de milho, avaliados em 11 ambientes de cultivo nos três Estados, divididos em dois conjuntos de experimentos. Além dos híbridos, foram avaliadas seis cultivares comerciais, utilizadas como testemunhas, comuns aos dois conjuntos. Verificou-se a predominância de interação GxA do tipo complexa. A decomposição da interação GxA em partes simples e complexa e a análise de fatores são métodos fortemente associados entre si, mas moderadamente associados aos demais. Além disso, esses métodos são mais rigorosos no processo de estratificação ambiental e ponderam de maneira mais eficiente a magnitude da interação GxA.

Teucrium x mailhoi Giraudias nothosubsp. orientalis nova, un nou híbrid del vessant meridional dels Pirineus.

Teucrium × mailhoi Giraudias nothosubsp. orientalis nova, un nou híbrid del vessant meridional dels Pirineus.- Donem notícia de l"observació d"una petita població de l"híbrid entre Teucrium aureum Schreb. subsp. aureum i T. pyrenaicum L. subsp. guarensis P. Monts. al vessant sud de la serra de Moixeró (Pirineus orientals), que proposem com a nova notosubespècie. Fem també una comparació morfològica entre l"híbrid i els dos presumptes parentals, i en presentem imatges de materials d"herbari i de la població natural.

Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória

O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância "identical&#8209;by&#8209;descent" associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve efeito de QTL, ou nulo, quando não. A comparação entre os modelos foi feita nas posições dos marcadores (seis marcadores microssatélites) e nas intermediárias, entre os marcadores. O MRA detectou QTL significativo na posição 65 cM do cromossomo 7 e, portanto, foi mais eficiente que a metodologia tradicional, que não detectou QTL significativo em nenhum dos fenótipos avaliados. A metodologia proposta possibilitou a detecção de QTL com efeito sobre toda a trajetória de crescimento, dentro da amplitude de idade considerada (do nascimento aos 150 dias).

Yield QTL analysis of Oryza sativa x O. glumaepatula introgression lines

The objective of this work was to evaluate the yield performance of two generations (BC2F2 and BC2F9) of introgression lines developed from the interspecific cross between Oryza sativa and O. glumaepatula, and to identify the SSR markers associated to yield. The wild accession RS&#8209;16 (O. glumaepatula) was used as donor parent in the backcross with the high yielding cultivar Cica&#8209;8 (O. sativa). A set of 114 BC2F1 introgression lines was genotyped with 141 polymorphic SSR loci distributed across the whole rice genome. Molecular analysis showed that in average 22% of the O. glumaepatula genome was introgressed into BC2F1 generation. Nine BC2F9 introgression lines had a significantly higher yield than the genitor Cica&#8209;8, thus showing a positive genome interaction among cultivated rice and the wild O. glumaepatula. Seven QTL were identified in the overall BC2F2, with one marker interval (4879&#8209;EST20) of great effect on yield. The alleles with positive effect on yield came from the cultivated parent Cica&#8209;8.

Cervical nerve root synovial sarcoma in a child with chromosomal (X;18) translocation. Case report and review of the literature.

We report on an 11-year-old female with a history of cervicobrachialgia and progressive weakness of the right arm. Cervical spine MRI showed an enhancing heterogeneous intradural mass occupying the right C6-C7 foramen. She underwent a right C6-C7 foraminotomy with a complete macroscopic removal of the lesion. Pathological examination revealed a synovial sarcoma. Treatment was completed by chemotherapy and proton radiotherapy, and the girl remained free of symptoms for 3 years. After appearance of new symptoms, a local recurrence was confirmed, and despite aggressive treatment with salvage chemotherapy and radiotherapy, the disease progressed beyond medical control, and the child died, 6 years after diagnosis. Early recognition of this rare entity compared to its more benign differential diagnosis is crucial, as an aggressive management is needed.