Reliable identification of mycobacterial species by PCR-restriction enzyme analysis (PRA)-hsp65 in a reference laboratory and elaboration of a sequence-based extended algorithm of PRA-hsp65 patterns

Abstract Background Identification of nontuberculous mycobacteria (NTM) based on phenotypic tests is time-consuming, labor-intensive, expensive and often provides erroneous or inconclusive results. In the molecular method referred to as PRA-hsp65, a fragment of the hsp65 gene is amplified by PCR and then analyzed by restriction digest; this rapid approach offers the promise of accurate, cost-effective species identification. The aim of this study was to determine whether species identification of NTM using PRA-hsp65 is sufficiently reliable to serve as the routine methodology in a reference laboratory. Results A total of 434 NTM isolates were obtained from 5019 cultures submitted to the Institute Adolpho Lutz, Sao Paulo Brazil, between January 2000 and January 2001. Species identification was performed for all isolates using conventional phenotypic methods and PRA-hsp65. For isolates for which these methods gave discordant results, definitive species identification was obtained by sequencing a 441 bp fragment of hsp65. Phenotypic evaluation and PRA-hsp65 were concordant for 321 (74%) isolates. These assignments were presumed to be correct. For the remaining 113 discordant isolates, definitive identification was based on sequencing a 441 bp fragment of hsp65. PRA-hsp65 identified 30 isolates with hsp65 alleles representing 13 previously unreported PRA-hsp65 patterns. Overall, species identification by PRA-hsp65 was significantly more accurate than by phenotype methods (392 (90.3%) vs. 338 (77.9%), respectively; p < .0001, Fisher's test). Among the 333 isolates representing the most common pathogenic species, PRA-hsp65 provided an incorrect result for only 1.2%. Conclusion PRA-hsp65 is a rapid and highly reliable method and deserves consideration by any clinical microbiology laboratory charged with performing species identification of NTM.

A new species of Leporinus Agassiz, 1829 from the upper Rio Paraná basin (Characiformes, Anostomidae) with redescription of L. elongatus Valenciennes, 1850 and L. obtusidens (Valenciennes, 1837)

Leporinus obtusidens Valenciennes, 1837 and L. elongatus Valenciennes, 1850 are redescribed based on the type specimens, including those of their junior synonyms, and recently collected specimens. Leporinus obtusidens is considered to be widespread, occuring in the river drainages of La Plata, São Francisco, and Parnaíba. Leporinus aguapeiensis Campos, 1945, described from the upper Rio Paraná, and L. silvestrii Boulenger, 1902, described from the Rio Paraguay, are considered junior synonyms of L. obtusidens. Leporinus elongatus is endemic to the Rio Jequitinhonha and Rio Pardo, two eastern Brazilian river basins, and the locality cited for the lectotype, Rio São Fransico, likely to be erroneous. Leporinus crassilabris Borodin, 1929, and L. crassilabris breviceps Borodin, 1929, both described from the Rio Jequitinhonha, are considered junior synynoms of L. elongatus. A new species of Leporinus, endemic to the upper Rio Paraná, very similar and sometimes mistaken with L. obtusidens, is formally described. In addition, comments on Leporinus pachyurus Valenciennes, 1850 and on L. bimaculatus Castelnau, 1855 are provided, and a lectotype for L. bimaculatus is selected.

Fatores maternos e neonatais associados ao mecônio no líquido amniótico em um centro de parto normal

OBJETIVO: Analisar a frequência e os fatores maternos e neonatais associados ao mecônio no líquido amniótico no parto. MÉTODOS: Estudo transversal com 2.441 nascimentos em um centro de parto normal hospitalar em São Paulo, SP, em março e abril de 2005. A associação entre mecônio no líquido amniótico e as variáveis independentes (idade materna, paridade, ter ou não cesariana prévia, idade gestacional, antecedentes obstétricos, uso de ocitocina no trabalho de parto, dilatação cervical na admissão, tipo do parto atual, peso do RN, índice de Apgar de 1º e 5º minutos de vida) foi expressa como razão de prevalência. RESULTADOS: Verificou-se mecônio no líquido amniótico em 11,9% dos partos; 68,2% desses foram normais e 38,8%, cesarianas. O mecônio esteve associado a: primiparidade (RP = 1,49; IC95% 1,29;1,73), idade gestacional ≥ 41 semanas (RP = 5,05; IC95% 1,93;13,25), ocitocina no parto (RP = 1,83, IC95% 1,60;2,10), cesariana (RP = 2,65; IC95% 2,17;3,24) e índice de Apgar < 7 no 5º minuto (RP = 2,96, IC95% 2,94;2,99). A mortalidade neonatal foi 1,6/1.000 nascidos vivos; mecônio no líquido amniótico foi encontrado em 50% das mortes neonatais e associado a maiores taxas de partos cirúrgicos. CONCLUSÕES: Emprego de ocitocina, piores condições do recém-nascido logo após o parto e aumento de taxas de cesariana foram fatores associados ao mecônio. A utilização rotineira de ocitocina no intraparto poderia ser revista por sua associação com mecônio no líquido amniótico.

Utilidade clínica da angiografia coronariana em pacientes com disfunção ventricular esquerda

FUNDAMENTO: A realização da angiografia coronariana na insuficiência cardíaca sem etiologia definida é frequentemente justificada para avaliação diagnóstica de cardiopatia isquêmica. Porém, o benefício clínico dessa estratégia não é conhecido. OBJETIVO: Avaliar a prevalência de cardiopatia isquêmica mediante critérios angiográficos em pacientes com insuficiência cardíaca e fração de ejeção reduzida sem etiologia, assim como o seu impacto na decisão terapêutica. MÉTODOS: Foram avaliados pacientes ambulatoriais consecutivos com insuficiência cardíaca e disfunção sistólica, que tiveram a angiografia coronariana indicada para esclarecimento etiológico da cardiopatia, no período de 1º de janeiro de 2009 a 31 de dezembro de 2010. Os pacientes com diagnóstico de doença arterial coronariana, sorologia positiva para doença de Chagas, cardiopatia congênita, valvopatia grave ou pacientes submetidos a transplante cardíaco foram excluídos da análise. A amostra foi dividida em dois grupos conforme a indicação do cateterismo. Grupo-1: Sintomáticos em razão de angina ou insuficiência cardíaca refratária. Grupo-2: Presença de > 2 fatores de risco para doença arterial coronariana RESULTADOS: Cento e sete pacientes foram incluídos para análise, sendo 51 (47,7%) pacientes pertencentes ao Grupo-1 e 56 (52,3%), ao Grupo-2. A prevalência de cardiopatia isquêmica foi de 9,3% (10 pacientes), e todos pertenciam ao Grupo-1 (p = 0,0001). Durante o seguimento, apenas 4 (3,7%) tiveram indicação de revascularização miocárdica; 3 (2,8%) pacientes apresentaram complicações relacionadas ao procedimento. CONCLUSÃO: Em nosso trabalho, a realização da angiografia coronariana em pacientes com insuficiência cardíaca e disfunção sistólica sem etiologia, apesar de embasada pelas atuais diretrizes, não evidenciou benefício quando indicada apenas pela presença de fatores de risco para doença arterial coronariana.

O regime de metas de inflação no Brasil: uma análise empírica do IPCA

O regime monetário de metas de inflação é um padrão de conduta da política monetária que passou a ser utilizado por vários países a partir da década de 1990, dentre eles o Brasil, que adotou este modelo em 1999, após uma crise cambial. Com seu arcabouço teórico pautado nas premissas da teoria novo-clássica e tendo como principal característica o anúncio prévio de uma meta numérica para a inflação, este regime passou a ser adotado por países que buscavam alcançar a estabilidade de seus preços. O presente trabalho irá brevemente expor a base teórica e as características do referido regime. Porém, o foco principal será a discussão da utilização do IPCA (Índice de Preços ao Consumidor Amplo) pelo regime de metas como balizador da inflação no Brasil.

A swirler stabilized combustion chamber for a micro-gas turbine fuelled with natural gas

Micro-gas turbines are a good alternative for on-site power generation, since their operation is very reliable. The possibility of operating with various fuels increases versatility and, as a result, the usage of these devices. Focusing on a performance improvement of a tri-fuel low-cost micro-gas turbine, this work presents investigations of the inner flow of its combustion chamber. The aim of this analysis was the characterization of the flame structure by the temperature field of the chamber inner flow. The chamber was fuelled with natural gas. In the current chamber, a swirler and a reversed flow configuration were utilized to provide flame stabilization. The inner flow investigations were done with numerical analysis, which were compared to experimental data. The analysis of the inner flow was done with numerical simulations, which used the RSM turbulence model. A β-PDF equilibrium model was adopted to account for the turbulent combustion process. Different models of heat transfer were compared. Thermal radiation and specially heat conduction in the liner walls played significant roles on results.

Análise comparativa da evolução e das complicações pós-operatórias nas cirurgias plásticas do contorno corporal em pacientes idosos e jovens com perda ponderal maciça

INTRODUÇÃO: Os procedimentos aplicados a pacientes ex-obesos idosos após terapêuticas bariátricas estão em ascensão. Dados fidedignos quanto à evolução e às complicações nesse grupo populacional ainda são escassos na literatura. O objetivo do presente estudo é analisar a evolução e as complicações em abdominoplastias realizadas em pacientes com idade mais avançada após perda ponderal maciça, e compará-las às de pacientes mais jovens. MÉTODO: Foram analisados, retrospectivamente, pacientes com perda ponderal maciça submetidos a cirurgia para contorno da região abdominal, entre julho de 2005 e julho de 2011, no Hospital Estadual Sapopemba (HESAP). Como critério para divisão dos grupos, a fim de analisar o período pós-operatório e as complicações das abdominoplastias realizadas após perda ponderal maciça, foi estabelecida idade > 60 anos. RESULTADOS: Foram analisados 264 pacientes, 19 deles com idade entre 60 anos e 75 anos (grupo I) e 245 entre 22 anos e 59 anos (grupo J). O grupo I apresentou 10,5% de complicações maiores (P > 0,999) e 41,1% de complicações menores (P = 0,280), enquanto o grupo J obteve 10,6% de complicações maiores (P > 0,999) e 30,2% de complicações menores (P = 0,280). CONCLUSÕES: Os pacientes com > 60 anos de idade não apresentaram maior número de complicações que o grupo mais jovem.

Mass-transport deposits on Mediterranean continental margins

Extensive mass transport deposits and multiple slide scars testify widespread and recurrent submarine sediment failures occurring during the late Quaternary on the SW-Adriatic and SE-Sicilian margins. These mass movements and their consequences contributed to shape the continental slopes and fill the basins with characteristic signatures. Geomorphological, seismo-stratigraphic, sedimentological and biostratigraphic data provide clues to: 1) define distinct failure mechanisms investigating on factors that determine dissimilar organization of coeval displaced masses, 2) reconstruct successive phases of failure stressing on the same location where slide scars crosscut and mass-transport deposits overlap, 3) analyze regional setting and indicate the most suitable place where to calculate mass wasting frequency. Discussions on the role of fluid flow, currents activity and tectonic deformation determine a wider view on the construction of the studied continental margins.

Maßgeschneiderte Kieselgelträger für die metallocen-katalysierte Polyolefinsynthese

Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Synthese und Charakterisierung von porösen Kieselgelen und ihrem Einsatz als Träger in der heterogenen metallocen-katalysierten Polymerisation von Ethylen. Im Vordergrund stand die Optimierung dieses Prozesses durch das Maßscheidern der Trägereigenschaften unter sonst identischen Polymerisationsbedingungen und das Erforschen des heterogenen Polymerisationsprozesses. Das verwendete Katalysatorsystem (Methylaluminoxan mit Dicyclopentadienylzirkoniumdichlorid) besitzt sehr hohe Aktivitäten und verbleibt im Falle der heterogenen Reaktionsführung im Produkt. Der Mechanismus verläuft über mehrere Phasen, wobei besonderes Augenmerk auf die Trägerpartikelfragmentierung gelenkt wurde. Es wurden zwei Synthesekonzepte für die Herstellung der Träger verfolgt. Im ersten Teil der Arbeit wurden monodisperse unporöse Kieselgel-Nanopartikel (Monosphere) zu Agglomeratträgern über einen Sprühtrocknungsprozess aufgebaut. Die Stabilität der Agglomerate wurde über den Zusatz von monodispersen Kieselgel-Binderpartikeln während der Herstellung variiert. Es wurden sowohl die porenstrukturellen als auch morphologischen Eigenschaften der Agglomeratprodukte untersucht und mit den physiko-chemischen Eigenschaften der Nanopartikel korreliert. In einem zweiten Ansatz wurden sphärische hochporöse Kieselgele mit abgestufter Porosität bei konstanter spezifischer Oberfläche hergestellt und als Träger in der Polyethylensynthese getestet.

Approcci molecolari e bioinformatici volti alla caratterizzazione di Vgt1, QTL coinvolto nella regolazione dell'epoca di fioritura in Zea Mays

The genetic control of flowering time has been addressed by many quantitative trait locus (QTL) studies. A survey of the results from 29 independent studies reporting information on 441 QTLs led to the production of a QTL consensus map, which enabled the identification of 59 chromosome regions distributed on all chromosomes and shown to be frequently involved in the genetic control of flowering time and related traits. One of the major QTLs for flowering time, the Vegetative to generative transition 1 (Vgt1) locus , corresponds to an upstream (70 kb) non-coding regulatory element of ZmRap2.7, a repressor of flowering. A transposon (MITE) insertion was identified as a major allelic difference within Vgt1. One of the hypotheses is that Vgt1 might function by modifying ZmRap2.7 chromatin through an epigenetic mechanism. Therefore, the methylation state at Vgt1 was investigated using an approach that combines digestion with McrBc, an endonuclease that acts upon methylated DNA, and quantitative PCR. The analyses were performed on genomic DNA from leaves of six different maize lines at four stages of development. The results showed a trend of reduction of methylation from the first to the last stage with the exception of a short genomic region flanking the MITE insertion, which showed a constant and very dense methylation throughout leaf development and for both alleles. Preliminary results from bisulfite sequencing of a small portion of Vgt1 revealed differential methylation of a single cytosine residue between the two alleles. ZmRap2.7 expression was assayed in the four developmental stages afore mentioned for the six genotypes, in order to establish a link between methylation at Vgt1 and ZmRap2.7 transcription. To assess the role of Vgt1 as a transcriptional enhancer, two reporter vectors for stable transformation of plants have been developed.

Etablierung einer Ko-Kultur von Alveolarepithel und mikrovaskulärem Endothel als in-vitro-Modell einer humanen respiratorischen Einheit

Ziel der Promotionsarbeit war die Etablierung einer humanen respiratorischen Einheit in vitro zur Untersuchung von Wirkmechanismen einer akuten Lungenschädigung. Als Ko-Kulturmodell wurde eine Kultur humaner Alveoloarepithelzellen vom Typ II (A549, NCI H441, primäre hATII Zellen) mit mikrovaskulären Endothelzellen (ISO-HAS-1, primäre HPMEC) auf den beiden Seiten einer mikroporösen Filtermembran (Bilayer) gewählt. Ein differenzierter Monolayer von NCI H441 konnte in Bilayer-Ko-Kultur mit ISO-HAS-1 oder HPMEC durch die Zugabe von Dexamethason (1 µM) unter Verwendung eines serumhaltigen Mediums induziert werden. Dabei wurde eine von Tag 10 bis Tag 12 phänotypisch stabile Ko-Kultur mit TER-Werten um 500 Ohm x cm2 erhalten. Im Hinblick auf die Freisetzung von IL-8 und MCP-1 und die fehlende Freisetzung von RANTES nach Stimulation waren NCI H441 den hATII Zellen ähnlicher als die häufig als hATII-analog eingesetzte Zell-Linie A549, die RANTES freisetzte. Außerdem bildeten A549 trotz zahlreicher Variatione