Crystal structure of hemoglobin from the maned wolf (Chrysocyon brachyurus) using synchrotron radiation

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Crystallization, preliminary X-ray diffraction analysis and Patterson search of oxyhaemoglobin I from the wolf (Chrysocyon brachiurus)

Oxyhaemoglobin I isolated from the Brazilian wolf Chrysocyon brachiurus has been crystallized and X-ray diffraction data has been collected to 2.06 A resolution using a synchrotron-radiation source. Crystals were determined to belong to the space group P2(1)2(1)2(1) and preliminary structural analysis revealed the presence of one tetramer in the asymmetric unit. The structure was determined using standard molecular-replacement techniques and is currently being refined using maximum-likelihood protocols. This is the first haemoglobin isolated from a member of the Canidae family to be crystallized and it will provide further insights in the comparative biochemistry of vertebrate haemoglobins.

Measurement of the top-quark mass in t(t)over-bar events with dilepton final states in pp collisions at root s=7 TeV

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Estudo das precipitações máximas anuais em Presidente Prudente

Considerando a importância sócio-econômica da região de Presidente Prudente, este estudo teve como objetivo estimar a precipitação pluvial máxima esperada para diferentes níveis de probabilidade e verificar o grau de ajuste dos dados ao modelo Gumbel, com as estimativas dos parâmetros obtidas pelo método de máxima verossimilhança. Pelos resultados, o teste de Kolmogorov-Sminorv (K-S) mostrou que a distribuição Gumbel testada se ajustou com p-valor maior que 0.28 para todos os períodos de tempo considerados, comprovando que a distribuição Gumbel apresenta um bom ajustamento aos dados observados para representar as precipitações pluviais máximas. As estimativas de precipitação obtidas pelo método de máxima verossimilhança são consistentes, conseguindo reproduzir com bastante fidelidade o regime de chuvas da região de Presidente Prudente. Assim, o conhecimento da distribuição da precipitação pluvial máxima mensal e das estimativas das precipitações diárias máximas esperadas, possibilita um planejamento estratégico melhor, minimizando assim o risco de ocorrência de perdas econômicas para essa região.

Análise de dados de gastroenterite hemorrágica canina para identificar fatores de risco por regressão logística

No presente estudo, ajustou-se um modelo de regressão logística para prever a probabilidade de óbito de cães acometidos por gastroenterite hemorrágica. O modelo Logístico é recomendado para variáveis-resposta dicotômicas em estudo de Coorte. Registraram-se 176 animais censitariamente atendidos com gastroenterite hemorrágica em quatro clínicas veterinárias da cidade de Lavras, sul de Minas Gerais, entre os anos de 1992 e 1999. Após terem sido selecionadas por meio do teste de Pearson ou teste exato de Fisher, ajustou-se o modelo considerando-se as variáveis sexo, idade, diárias de internação e número de atendimentos. A estimação dos parâmetros foi feita pelo método da máxima verossimilhança. Conclui-se que quando os cães acometidos por gastroenterite hemorrágica são atendidos apenas uma vez, aqueles com idade superior a 6 meses possuem 15,45 vezes mais chances de morrerem (P<0,05) do que aqueles com menos de 6 meses de idade. Quando os animais que apresentam a enfermidade possuem mais de 6 meses de idade, a chance de morrerem, se forem atendidos apenas uma vez, é 20,251 vezes maior (P<0,05) do que se recebessem de 2 a 7 atendimentos.

Genetic trends in the expected progeny difference of the asymptotic weight of Nelore females

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estimativas de (Co)variâncias entre características de reprodução e de crescimento em fêmeas de um rebanho Nelore

Informações de 7986 nascimentos de animais da raça Nelore, ocorridos entre 1960 e 1993, provenientes de um rebanho do Estado de São Paulo, foram usadas para estudar componentes de (co)variâncias, herdabilidades e correlações genéticas de peso ao desmame (P240), peso a um ano de idade (P365), idade ao primeiro parto (IPP), primeiro intervalo de partos (IEP1), eficiência reprodutiva (ER), anos de permanência da matriz no rebanho (LONG) e peso ao desmame do primeiro bezerro da matriz (P240B). As análises foram realizadas utilizando-se o software MTDFREML, estimando-se os componentes de (co)variâncias por máxima verossimilhança restrita, assumindo modelo animal. As estimativas de herdabilidade apresentaram resultados similares entre as diferentes análises, sendo mais altas (0,26 a 0,35) para P240, P365 e IPP e mais baixas (0,08 a 0,26) para IEP1, ER, LONG e P240B. de modo geral, as estimativas de correlação genética e fenotípica entre crescimento e reprodução foram baixas e entre as características de reprodução, mais altas e de sentido favorável. Algumas correlações entre o efeito genético materno das características de crescimento e o direto das características de reprodução foram de média magnitude e de sentido desfavorável, sugerindo antagonismo genético entre produção de leite e reprodução.

Análise de fatores genéticos e ambientais que afetam a infestação de fêmeas bovinas da raça Caracu por carrapatos (Boophilus microplus)

Este trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar o efeito de fatores de meio sobre a infestação de bovinos Caracu pelo carrapato Boophilus microplus (Canestrini, 1887) e estimar parâmetros genéticos do grau de infestação por esse ectoparasita. Foram realizadas contagens em fêmeas de dois rebanhos, nas quatro estações, por dois anos consecutivos (setembro/1998 a julho/2000). Contou-se o número de carrapatos (NC) em um dos lados do animal e atribuiu-se escore visual (EC) de acordo com a quantidade de carrapatos no animal. Foram feitas de uma a oito avaliações, totalizando-se 4.079 e 3.994 observações de NC e EC, respectivamente, em 718 animais. Os dados foram analisados pelo método dos quadrados mínimos com um modelo que incluiu efeitos de rebanho (R), cor do animal (C), R x C, animal dentro de R x C como erro a, ano e estação da avaliação, espessura de pelame e idade do animal como covariável. As estimativas dos componentes de variância foram obtidas pelo método da máxima verossimilhança restrita livre de derivadas, utilizando-se um modelo que incluiu os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (fazenda-ano-época), espessura do pelame e idade do animal como covariável e os efeitos aleatórios aditivos diretos e de ambiente permanente. Antes das análises, a variável NC foi transformada para log10 (n + 1) e EC para (x + 0,5)½, em que n é o número de carrapatos contados no animal e x, o escore (0 a 4). A incidência de carrapatos foi maior no verão e, quanto maior a espessura do pelame, maior o nível de infestação. As estimativas de herdabilidade e repetibilidade foram, respectivamente, 0,22 e 0,29 para NC e 0,15 e 0,21 para EC; a correlação genética entre NC e EC foi igual a 1,00. Os resultados sugerem que é possível obter progresso genético para resistência a carrapato pela seleção.

Estimação de parâmetros genéticos para a produção de leite no dia do controle e em 305 dias para primeiras lactações de vacas da raça Holandesa

Dados de 39.578 controles leiteiros de 3.766 primeiras lactações de vacas da raça Holandesa, ocorridas de 1994 a 2002, foram analisados com os objetivos de estimar parâmetros genéticos para as produções de leite no dia do controle (PLDC) e para a produção até 305 dias de lactação (P305) e comparar estes dois critérios de seleção. Os componentes de variância foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal univariado ou bivariado. Para as PLDC, os modelos incluíram o efeito aleatório genético aditivo, o efeito fixo de grupo contemporâneo e, como covariáveis, a idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático) e os dias em lactação (efeito linear). Para a P305, foi utilizado o mesmo modelo, substituindo dias em lactação por duração da lactação. Os grupos de contemporâneos foram formados por ano, mês do controle e rebanho (para as PLDC) e por ano, época do parto e rebanho (para a P305). As herdabilidades estimadas para a P305 foram de 0,27 e 0,25 para as análises univariadas e bivariadas, respectivamente. Para as PLDC, as herdabilidades variaram de 0,11 a 0,31. Para o modelo bivariado (pelo qual avaliaram-se simultaneamente P305 e as PLDC), as herdabilidades para os controles (PLDC) foram menores, variando de 0,08 a 0,25. As maiores estimativas ocorreram para as produções do 4º e 5º controles, correspondendo aos 2º e 3º meses de lactação. As correlações genéticas entre P305 e os controles individuais foram positivas e elevadas, variando de 0,83 a 1,00. Os resultados indicaram que a seleção direta para P305, como tradicionalmente realizada, implicaria maiores ganhos genéticos para a produção de leite (PL) na maioria dos controles quinzenais. Além disso, a seleção direta para as produções parciais poderia proporcionar ganhos correlacionados também para a P305, mas estes ganhos seriam menores que os obtidos via seleção direta.

Estimativas de (Co)Variâncias e Tendências Genéticas para Pesos em um Rebanho Canchim

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Genetic parameters estimate for milk and mozzarella cheese yield, fat and protein percentage in dairy buffaloes in Brazil

The aim of this study was analyze the (co)variance components and genetic and phenotypic relationships in the following traits: accumulated milk yield at 270 days (MY270,), observed until 305 days of lactation; accumulated milk yield at 270 days (MY270/A) and at 305 days (MY305), observed until 335 days of lactation; mozzarella cheese yield (MCY) and fat (FP) and protein (PP) percentage, observed until 335 days of lactation. The (co)variance components were estimated by Restricted Maximum Likelihood methodology in analyses single, two and three-traits using animal models. Heritability estimated for MY270, MY270/A, MY305, MCY, FP and PP were 0.22; 0.24, 0.25, 0.14, 0.29 and 0.40 respectively. The genetic correlations between MCY and the variables MY270, MY270/A, MY305, PP and FP was: 0.85; 1.00; 0.89; 0.14 and 0.06, respectively. This way, the selection for the production of milk in long period should increase MCY. However, in the search of animals that produce milk with quality, the genetic parameters suggest that another index should be composed allying these studied traits.

Herdabilidades e Correlações Genéticas para Peso e Perímetro Escrotal de Machos e Características Reprodutivas e de Crescimento de Fêmeas, na Raça Canchim

The objective of this study was to estimate heritabilities of and genetic correlations among male body weight (BW12) and scrotal circumference (SC12) at 12 months of age, and female body weights at first (BWFC) and second (BWSC) calvings, age at first (AFC) and second (ASC) calvings, adult weight (AW), and mature weight (A) and maturation rate (k) obtained by the use of the Von Bertalanffy model. The restricted maximum likelihood method with an animal model that included the fixed effects of contemporary group and the random effects of animals, was used to estimate the variance and covariance components. The heritability estimates were equal to: 0.37 (BW12),0.30 (SC12),0.38 (A), 0.35 (k), 0.12 (AFC), 0.33 (BWFC), 0.04 (ASC), 0.39 (BWSC), and 0.38 (AW). The genetic correlations among BW12 and the female traits were: 0.19 (parameter A), 0.62 (parameter k), -0.58 (AFC), 0.69 (BWFC), -0.56 (ASC), 0.61 (BWSC), and 0.60 (AW). The genetic correlations among SC12 and the female traits were: -0.24 (A), 0.27 (k), -0.47 (AFC), 0.09 (BWFC), -0.67 (ASC), 0.07 (BWSC), and -0.17 (AW). These results indicate that male body weight and scrotal circumference and female weights (BWFC, BWSC and AW) and growth curve parameters A and k have enough additive genetic variation to respond to mass selection. Selection to increase male body weight at 12 months of age should result on favorable correlated changes in AFC, ASC and parameter k of females, but with increases in female body weights (BWFC, BWSC and AW). Selection to increase SC12 should result on desirable correlated responses in AFC, ASC and k, without any considerable change in female adult body weights.

Variances of direct genetic effects, maternal genetic effects, and cytoplasmic inheritance effects for milk yield, fat yield, and fat percentage

Milk yield, fat yield, and fat percentage during the first three lactations were studied using New York Holsteins that were milked twice daily over a 305-d, mature equivalent lactation. Those data were used to estimate variances from direct and maternal genetic effects, cytoplasmic effects, sire by herd interaction, and cow permanent environmental effects. Cytoplasmic line was traced to the last female ancestor using DHI records from 1950 through 1991. Records were 138,869 lactations of 68,063 cows calving from 1980 through 1991. Ten random samples were based on herd code. Samples averaged 4926 dams and 2026 cytoplasmic lines. Model also included herd-year-seasons as fixed effects and genetic covariance for direct-maternal effects. Mean estimates of the effects of maternal genetic variances and direct-maternal covariances, as fractions of phenotypic variances, were 0.008 and 0.007 for milk yield, 0.010 and 0.010 for fat yield, and 0.006 and 0.025 for fat percentage, respectively. Average fractions of variance from cytoplasmic line were 0.011, 0.008, and 0.009 for milk yield, fat yield, and fat percentage. Removal of maternal genetic effects and covariance for maternal direct effects from the model increased the fraction of direct genetic variance by 0.014, 0.021, and 0.046 for milk yield, fat yield, and fat percentage; little change in the fraction was due to cytoplasmic line. Exclusion of cytoplasmic effects from the model increased the ratio of additive direct genetic variance to phenotypic variance by less than 2%. Similarly, when sire by herd interaction was excluded, the ratio of direct genetic variance to phenotypic variance increased 1% or less.

Genetic parameters estimates for milk, fat and protein yield analyzed by test day models for Murrah buffaloes in Brazil

The objectives of this study were to estimate genetic parameters for test-day milk, fat and protein yields, in Murrah buffaloes. In this study 4,757 complete lactations of Murrah buffaloes were analyzed. The (co) variance components were estimated by restricted maximum likelihood using MTDFREML software. The bi-trait animal test-day models included genetic additive direct and permanent environment effects, as random effects, and the fixed effects of contemporary group (herds-year-month of control) and age of the cow at calving as linear and quadratic covariable. The heritability estimate at first control was 0.19, increased until the third control (0.24), decreasing thereafter, reaching the lowest value at the ninth control (0.09). The highest heritability estimates for fat and protein yield were 0.23 (first control) and 0.33 (third control), respectively. For milk yield, genetic and phenotypic correlation estimates ranged from 0.37 to 0.99 and from 0.52 to 0.94, respectively. Genetic correlations were higher than phenotypic ones. For fat and protein yields, genetic correlation estimates ranged from 0.42 to 0.97.

Crystallization and X-ray diffraction data analysis of human deoxyhaemoglobin A(0) fully stripped of any anions

In this work, initial crystallographic studies of human haemoglobin (Hb) crystallized in isoionic and oxygen-free PEG solution are presented. Under these conditions, functional measurements of the O-2-linked binding of water molecules and release of protons have evidenced that Hb assumes an unforeseen new allosteric conformation. The determination of the high-resolution structure of the crystal of human deoxy-Hb fully stripped of anions may provide a structural explanation for the role of anions in the allosteric properties of Hb and, particularly, for the influence of chloride on the Bohr effect, the mechanism by which Hb oxygen affinity is regulated by pH. X-ray diffraction data were collected to 1.87 Angstrom resolution using a synchrotron-radiation source. Crystals belong to the space group P2(1)2(1)2 and preliminary analysis revealed the presence of one tetramer in the asymmetric unit. The structure is currently being refined using maximum-likelihood protocols.