Major histocompatibility complex associations of ankylosing spondylitis are complex and involve further epistasis with ERAP1

Ankylosing spondylitis (AS) is a common, highly heritable, inflammatory arthritis for which HLA-B*27 is the major genetic risk factor, although its role in the aetiology of AS remains elusive. To better understand the genetic basis of the MHC susceptibility loci, we genotyped 7,264 MHC SNPs in 22,647 AS cases and controls of European descent. We impute SNPs, classical HLA alleles and amino-acid residues within HLA proteins, and tested these for association to AS status. Here we show that in addition to effects due to HLA-B*27 alleles, several other HLA-B alleles also affect susceptibility. After controlling for the associated haplotypes in HLA-B, we observe independent associations with variants in the HLA-A, HLA-DPB1 and HLA-DRB1 loci. We also demonstrate that the ERAP1 SNP rs30187 association is not restricted only to carriers of HLA-B*27 but also found in HLA-B*40:01 carriers independently of HLA-B*27 genotype.

Genetic insights into common pathways and complex relationships among iImmune-mediated diseases

Shared aetiopathogenic factors among immune-mediated diseases have long been suggested by their co-familiality and co-occurrence, and molecular support has been provided by analysis of human leukocyte antigen (HLA) haplotypes and genome-wide association studies. The interrelationships can now be better appreciated following the genotyping of large immune disease sample sets on a shared SNP array: the 'Immunochip'. Here, we systematically analyse loci shared among major immune-mediated diseases. This reveals that several diseases share multiple susceptibility loci, but there are many nuances. The most associated variant at a given locus frequently differs and, even when shared, the same allele often has opposite associations. Interestingly, risk alleles conferring the largest effect sizes are usually disease-specific. These factors help to explain why early evidence of extensive 'sharing' is not always reflected in epidemiological overlap. © 2013 Macmillan Publishers Limited. All rights reserved.

Identification of multiple risk variants for ankylosing spondylitis through high-density genotyping of immune-related loci

Ankylosing spondylitis is a common, highly heritable inflammatory arthritis affecting primarily the spine and pelvis. In addition to HLA-B*27 alleles, 12 loci have previously been identified that are associated with ankylosing spondylitis in populations of European ancestry, and 2 associated loci have been identified in Asians. In this study, we used the Illumina Immunochip microarray to perform a case-control association study involving 10,619 individuals with ankylosing spondylitis (cases) and 15,145 controls. We identified 13 new risk loci and 12 additional ankylosing spondylitis-associated haplotypes at 11 loci. Two ankylosing spondylitis-associated regions have now been identified encoding four aminopeptidases that are involved in peptide processing before major histocompatibility complex (MHC) class I presentation. Protective variants at two of these loci are associated both with reduced aminopeptidase function and with MHC class I cell surface expression.

Study of miRNA polymorphisms and their potential association with breast cancer risk in Australian Caucasian populations

This project established a large and well characterised prospective breast cancer DNA biobank and used this biobank to conduct genetic studies in breast cancer. The thesis presented the results of these high-throughput genotyping studies in two separate Australian Caucasian case-control populations and identified association between three novel genetic variants in microRNA genes and breast cancer risk.

Association of microRNA 17–92 cluster host gene (MIR17HG) polymorphisms with breast cancer

Breast cancer incidence and mortality rates are increasing despite our current knowledge on the disease. Ninety-five percent of breast cancer cases correspond to sporadic forms of the disease and are believed to involve an interaction between environmental and genetic determinants. The microRNA 17–92 cluster host gene (MIR17HG) has been shown to regulate expression of genes involved in breast cancer development and progression. Study of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) located in this cluster gene could help provide a further understanding of its role in breast cancer. Therefore, this study investigated six SNPs in the MIR17HG using two independent Australian Caucasian case–control populations (GRC-BC and GU-CCQ BB populations) to determine association to breast cancer susceptibility. Genotyping was undertaken using chip-based matrix assisted laser desorption ionisation time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS). We found significant association between rs4824505 and breast cancer at the allelic level in both study cohorts (GRC-BC p = 0.01 and GU-CCQ BB p = 0.03). Furthermore, haplotypic analysis of results from our combined population determined a significant association between rs4824505/rs7336610 and breast cancer susceptibility (p = 5 × 10−4). Our study is the first to show that the A allele of rs4824505 and the AC haplotype of rs4824505/rs7336610 are associated with risk of breast cancer development. However, definitive validation of this finding requires larger cohorts or populations in different ethnical backgrounds. Finally, functional studies of these SNPs could provide a deeper understanding of the role that MIR17HG plays in the pathophysiology of breast cancer.

Genetic association analysis of miRNA SNPs implicates MIR145 in breast cancer susceptibility

Background MicroRNAs (miRNAs) are important small non-coding RNA molecules that regulate gene expression in cellular processes related to the pathogenesis of cancer. Genetic variation in miRNA genes could impact their synthesis and cellular effects and single nucleotide polymorphisms (SNPs) are one example of genetic variants studied in relation to breast cancer. Studies aimed at identifying miRNA SNPs (miR-SNPs) associated with breast malignancies could lead towards further understanding of the disease and to develop clinical applications for early diagnosis and treatment. Methods We genotyped a panel of 24 miR-SNPs using multiplex PCR and chip-based matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) analysis in two Caucasian breast cancer case control populations (Primary population: 173 cases and 187 controls and secondary population: 679 cases and 301 controls). Association to breast cancer susceptibility was determined using chi-square (X 2 ) and odds ratio (OR) analysis. Results Statistical analysis showed six miR-SNPs to be non-polymorphic and twelve of our selected miR-SNPs to have no association with breast cancer risk. However, we were able to show association between rs353291 (located in MIR145) and the risk of developing breast cancer in two independent case control cohorts (p = 0.041 and p = 0.023). Conclusions Our study is the first to report an association between a miR-SNP in MIR145 and breast cancer risk in individuals of Caucasian background. This finding requires further validation through genotyping of larger cohorts or in individuals of different ethnicities to determine the potential significance of this finding as well as studies aimed to determine functional significance. Keywords: Association analysis; Breast cancer; microRNA; miR-SNPs; MIR145

Association of the microRNA-Single Nucleotide Polymorphism rs2910164 in miR146a with sporadic breast cancer susceptibility: A case control study

Background Breast cancer (BC) is primarily considered a genetic disorder with a complex interplay of factors including age, gender, ethnicity, family history, personal history and lifestyle with associated hormonal and non-hormonal risk factors. The SNP rs2910164 in miR146a (a G to C polymorphism) was previously associated with increased risk of BC in cases with at least a single copy of the C allele in breast cancer, though results in other cancers and populations have shown significant variation. Methods In this study, we examined this SNP in an Australian sporadic breast cancer population of 160 cases and matched controls, with a replicate population of 403 breast cancer cases using High Resolution Melting. Results Our analysis indicated that the rs2910164 polymorphism is associated with breast cancer risk in both primary and replicate populations (p = 0.03 and 0.0013, respectively). In contrast to the results of familial breast cancer studies, however, we found that the presence of the G allele of rs2910164 is associated with increased cancer risk, with an OR of 1.77 (95% CI 1.40–2.23). Conclusions The microRNA miR146a has a potential role in the development of breast cancer and the effects of its SNPs require further inquiry to determine the nature of their influence on breast tissue and cancer.

Expected Performance of the ATLAS Experiment - Detector, Trigger and Physics

A detailed study is presented of the expected performance of the ATLAS detector. The reconstruction of tracks, leptons, photons, missing energy and jets is investigated, together with the performance of b-tagging and the trigger. The physics potential for a variety of interesting physics processes, within the Standard Model and beyond, is examined. The study comprises a series of notes based on simulations of the detector and physics processes, with particular emphasis given to the data expected from the first years of operation of the LHC at CERN.

Genomic mapping of cAMP receptor protein (CRPMt) in Mycobacterium tuberculosis: relation to transcriptional start sites and the role of CRPMt as a transcription factor

Chromatin immunoprecipitation identified 191 binding sites of Mycobacterium tuberculosis cAMP receptor protein (CRPMt) at endogenous expression levels using a specific alpha-CRPMt antibody. Under these native conditions an equal distribution between intragenic and intergenic locations was observed. CRPMt binding overlapped a palindromic consensus sequence. Analysis by RNA sequencing revealed widespread changes in transcriptional profile in a mutant strain lacking CRPMt during exponential growth, and in response to nutrient starvation. Differential expression of genes with a CRPMt-binding site represented only a minor portion of this transcriptional reprogramming with similar to 19% of those representing transcriptional regulators potentially controlled by CRPMt. The subset of genes that are differentially expressed in the deletion mutant under both culture conditions conformed to a pattern resembling canonical CRP regulation in Escherichia coli, with binding close to the transcriptional start site associated with repression and upstream binding with activation. CRPMt can function as a classical transcription factor in M. tuberculosis, though this occurs at only a subset of CRPMt-binding sites.

Evaluación de tres densidades de siembra de Clitoria spp. en la producción de biomasa forrajera en base a materia seca

El presente trabajo preliminar tuvo como objetivo evaluar, el efecto de tres densidades de siembra, sobre la producción de biomasa forrajera en base a materia seca de Clitoria spp. bajo riego en época seca y su valor económico. El estudio se llevó a cabo en la Hacienda "Santa Rosa", ubicada al norte de la comunidad de Sabana Grande, Municipio de Managua. Se utilizó un diseño de bloques completos al azar (BCA), en un arreglo sencillo de tres densidades de siembra, con 42, 63 y 84 kg/ha. Se realizaron dos cortes; el primero, a los 57 días después de su establecimiento y, el segundo, 57 días después de realizado el primer corte. Los resultados mostraron que, las densidades de siembra sobre la producción de biomasa en base a materia seca total por hectárea (PBMSTH}, para cada momento de corte realizado, reflejó su mayor valor en la densidad de 84 kg/ha, con 3.153 y 4.433 ton/MS/há para el 1 10 y 2do corte, sin embargo, estos no tuvieron diferencias significativas (P>0.05) sobre las demás densidades (42 y 63 kg/ha), respectivamente. Por otra parte, las variables altura (ALT) y cobertura (COB) mostraron su mayor valor para la densidad (84 kg/ha), con 59.87 cm y 93.33 o/o respectivamente, pero estos no presentaron diferencias significativas (P>0.05) sobre las demás densidades. La prueba de rangos múltiples de Tukey, para los efectos de densidad de siembra sobre la PBMSTH, ALT y COB, no presentaron diferencias significativas. (P> 0.05; P> 0.01). De todas las densidades evaluadas, los menores costos de producción de forraje fueron para la densidad 42 kg/ha con C$ 4127.00.

Valor nutritivo del pasto pangola (Digitaria decumbens stent.) vr. transvala a distintos niveles de fertilización y diversas edades de corte

Este estudio Se desarrolló en el periodo de julio a diciembre de 1990 en el Centro de Investigación Zootecnia “La Polvosa” de la UCA (Universidad Centroamericana), situada en el km 23 112 de la carretera nueva a León, depto. de Managua. El centro se ubica a una elevación de 40 msnrn a 1 2 grados 12 minutos, Latitud norte y 86 grados 22 minutos, longitud oeste registra temperaturas promedio anuales de 32 grados centígrados los y unos 8OO mm de precipitación media por año, por lo cual, es posible calificar su zona agroecológica como de trópico seco se evaluó la respuesta en términos de valor nutritivo del pasto Pangola (Digitaria decumbens Stent.) vr. Transvala, utilizándose un diseño experimental en bloques completos al azar (BCA) con arreglo factorial, se estudió el efecto de dos factores (Niveles de fertilizantes-edades de cortes) con cuatro repeticiones, formándose un total de 16 tratamientos El ensayo contó con un área experimental total de 357.75 mt2 para la toma de muestras, se empleó el método del metro cuadrado realizándose en las parcelas un muestreo sin reemplazo para cada frecuencia en estudio. Previo al momento experimental, se efectúo una poda de control procediéndose después a aplicar de una sola vez los respectivos niveles de fertizante. El estudio estadístico contempló el uso del análisis de varianza (ANDEVA), se hizo una separción de medias por Tukey, y se midió la influencia porcentual (Individual y asociada) de 4 niveles de fertilizante (0, 50,100 y150 kg urea (46%N2) / mz) y 4 edades de corte (15, 30.. 45y 60 días), sobre nueve variables o componentes bromatológicos (MS, PB,FC, ELN, EE, EB (Kcal/ 100g), Cz, Ca y P). Todos los componentes bromatológicos evaluados excepto el EE.. presentaron una variación significativa (P<0.05), bajo el efecto de los factores en estudio. Los niveles de fertilizante influyeron ios valores de mayor mérito con la dosis •150 kg urea / rnz, observando la PB.. 9.76% ;el ELN, 56.54 y la EB,190.97 Kcal ,' 100 g. En tanto que los 50 kg1mz mostraron !os mayores índices en FC (28.88), EE (2.75) y Cz. (11.:39) las parcelas no fertilizadas brindaron los porcentajes más altos de MS (23.78) y Ca (0.60),y el nivel 100 kg/ mz El mejor en P (0.39) y el más bajo en FC (26.61). A su vez con O kg / mz_. Observaron sus níveles minimos la PB (6.91), el ELN (53.58). el valor energético (175.45 Kcal/ 100 g) y el P (O.28), y con 100 kg/ mz los menores en MS y Cz (25.08 y 10.38 respectivamente), a. los 150kg/mz el EE (2.29) y el Ca (0.49), rindieron sus índices más bajos. En cuanto a la frecuencia de corte, la edad 15 días presentó los máximos contenidos en PH (11.95), ELN (56.45),EB (202.40 Kcal/ 100g), EE (2.65) y el mínimo en FC (27.09). Observando el corte a los 60 días, las mayores proporciones en MS (30.91) Cz (12.43) )'Ca (0.58),en tanto que con 30 y 45 días se dieron los más altos valores de P (0.34) FC (28.55) respectivamente los índices más bajos de PB (6.48),ELN (52.63), Ca (0.47)y P (0.30), se obtuvieron a los 45 días de madurez mientras que la MS (22.88) y la Cz (9.56),alcanzaron sus valores más pequeños con 15 días de corte a los 60 días, la EB (175. 42 Kcal ./ 100g) y el EE (2.20) respondieron con sus por cientos más bajos. Para los tratamientos resultantes de la combinación de un nivel de fertilizante y una edad de corte, la interacción 50 kg/mz-60 días reportó el mayor contenido en MS (32.72), sobresaliendo el tratamiento 150 kg / mz-15 días al presentar los valores más altos en EB (214.39 Kcal/100g), PB (14.30) y ELN (59.02), aunque la combinación 50 kg/mz-30 días brindó igual valor en ELN y el máximo en Cz (13.10) con aplicaciones de 100 kg/mz y frecuencia de 15 días se obtuvieron los menores índices en FC (24.82) y Cz (9.37). Consiguiéndose en O kg / mz-15 días el valor más alto en Ca (0.76) y el menor en P (0.22), observando la MS su índice más bajo (18.37) con el tratamiento 100 kg / mz-15 días. Finalmente, en las interacciones que incluyen la frecuencia 45 días, se encontró que las parcelas no fertilizadas presentaron los menores contenidos en PB (5.02), ELN (48.95) y EB (165.44 Kcal/ 1oo g). en cambio al aplicar 100 kg /rnz, se obtuvieron (para la misma interacción) los valores más bajos en EE (1.72), Ca (0.43) y el mayor en P (0.44),en tanto los niveles 50 y 150 kg / mz influyeron los índices más altos en EE (3.85) y FC (30.75) respectivamente.

Efecto de diferentes niveles de energía conservando la relación energía-proteína en piensos de inicio y finalización en pollos de engorde

En el presente estudio se compararon cuatro dietas con diferentes niveles de energía 2,940, 3,040, 3,140 y 3,240 (Kcal EM/Kg de alimento), los cuales fueron ajustados a los requerimientos nutricionales en cuanto a la relación caloría proteína recomendados por la Hubbard Farm, Inc. (1991). Durante un periodo de 56 días los broilers fueron evaluados en la granja avícola "Buenos Aires" que pertenece a la Tip Top Industrial S.A. se utilizaron 803 pollos de engorde de un día de nacidos de la línea Hubbard, los que fueron distribuidos aleatoriamente en tres unidades experimentales proporcionales a los cuatro tratamientos existentes, estos distribuidos en un diseño completamente al azar y sometidos a la prueba de Tukey el que proporciona la superioridad existente entre tratamientos. Se encontraron diferencias significativas (P<0.05) entre tratamientos en las variables peso vivo, ganancia de peso y conversión alimenticia pero no así para el consumo alimenticio. Los tratamientos T1 T2, T3 y T4 presentaron mortalidad al final del periodo de 2.57, 4.41, 7.88 y 10.89 (%) respectivamente y rendimiento en la canal del 84.45 % para todos los tratamientos. Se concluyó que las dietas más energéticas proporcionaban las mejores conversiones alimenticias y las mayores ganancias de peso. Y a medida que se incrementaba el nivel energético en las dietas los costos alimenticios también se incrementaban. La fórmula más económica es el T1 (2940 Kcal EM/Kg de alimento, 21.63 y 18.89 % de proteína para inicio y finalización) durante todas las semanas de estudio. El momento óptimo para la matanza es la sexta semana para el T 1 (2940 Kcal EM/Kg de alimento, 21.63 y 18.89 % de proteínas) y T2 (3040 Kcal EM/Kg de alimento, 22.36 y 19.15 % de proteínas) por efecto de los costos alimenticios.

Producción y calidad de la materia seca del pasto estrella (Cynodon niemfuensis L. pers), durante la época de verano, en el departamento de Boaco, Nicaragua

El presente ensayo se realizó en la finca "La Camorra" propiedad del Señor Rodolfo Blandón Luquez. Entre octubre/97 abril/98, en el departamento de Boaco. Se utilizó un diseño experimental de bloques completamente al azar, se evaluaron los efectos de tres frecuencias de corte (21, 24, 27 días) sobre la producción y calidad de la materia seca del pasto Estrella (Cynodon nlemfuensis), durante la época de verano, sin fertilizar, como una forma de generar información a los ganaderos que manejan sus pasturas en todo el pais. Los resultados de los análisis de varianza y prueba de rangos múltiples (Duncan) determinaron que las frecuencias de cortes tuvieron diferencias significativas (p<0.05) sobre la producción de materia seca y materia verde. El mayor rendimiento de materia seca/corte se obtuvo en la frecuencia de 27 días con 1569.47 kg/ha y, la menor producción correspondió a 21 días (869.27 kg/ha). Los resultados del análisis realizados determinaron que existe diferencias significativa (p<0.05) de las frecuencias de corte sobre los porcentajes de proteína bruta. y fibra cruda encontrándose el mejor porcentaje de proteína a los 24 días con 10.8 y, el menor valor a los 27 días con 9.6. Con respecto a fibra cruda el mayor valor porcentual fue a los 27 días con 37.1 y, el menor a los 21 días con 32.7 El análisis económico determino que, para los tratamientos avaluados se obtuvieron ganancias, alcanzando mayor relación B/C para el tratamiento de 27 días de C$1.56.

Producción de biomasa de Moringa oleifera bajo diferentes densidades de siembra y frecuencias de corte en el trópico seco de Nicaragua

El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar el efecto de tres densidades de siembra y frecuencias de corte sobre la producción de Moringa Oleífera. El ensayo se llevó a cabo en la hacienda "Santa Rosa", localizada geográficamente a 12°08'15" de latitud Norte y 86°09'36" de longitud Este, Municipio de Managua, de Octubre 2001 a Noviembre 2002. Se utilizó un diseño de BCA, en un arreglo de parcelas divididas donde las densidades de siembras (25, 50 y 75 plantas/m2) eran para las parcelas grandes y las frecuencias de cortes (45, 60 y 75 días) eran para las parcelas pequeñas. Las variables de estudio fueron: porcentaje de la materia seca (% MS), porcentaje de Ceniza(% Ceniza), Altura promedio, Tasa de Crecimiento (TC), Rendimiento de materia fresca total (RMFT), Rendimiento de materia fresca fracción fina (RMFFF), Rendimiento de la materia fresca fracción gruesa (RMFFG), Rendimiento de Materia Seca Total (RMST) y Rendimiento de Materia Seca Fracción Fina (RMSFF). Se realizó análisis de varianza y comparaciones con la Prueba de Tukey utilizando MINITAB, versión 13.0. Los resultados en el análisis de varianza mostraron que las densidades de siembras no presentaron efecto significativo (P<0,05) sobre las variables evaluadas, no así las frecuencias de corte que si presentaron efecto significativo (P<0,05) para la mayoría de las variables, excepto para RMFFF y la RMSFF, la frecuencia de corte a los 75 días presentó los mejores resultados para las variables %MS (17.97%), % Ceniza (9.15%), Altura (149.78cm), TC (34.70 kg MS/ha/día), RMFT (81.03 ton/ha/año), RMFFF (34.34 ton/ha/año), RMFFG (43.68 ton/ha/año), RMST (14.44 ton/ha/año) y RMSFF (6.13 ton/ha/año) respectivamente. Con relación a las épocas, durante la lluvia se obtuvieron los mejores valores (P<0,05) en Altura (148.57 cm), TC (44.23 kg MS/ha/día), RMFT (53.75 ton/ha/año), RMFFF (28.80 ton/ha/año), RMFFG (22.82 ton/ha/año), RMST (8.68 ton/ha/año) y RMSFF (4.58 ton/ha/año), excepto para %MS (18.21%) y % Ceniza (9.12%) cuyos mejores resultados fueron en la época seca.

Disponibilidad y composición botánica de dos cultivares (La Libertad y Mulato) de pasto Brachiaria brizantha, Hacienda Las Mercedes, UNA, Managua, Nicaragua

Con el objeto de determinar la producción de biomasa forrajera, la composición botánica, su calidad nutritiva (proteína) y analizar el uso y la proyección de uso de dos cultivares del pasto de Brachiaria hrízantha, durante el periodo lluvioso del año 2005. Se llevo a acabo el presente estudio en la finca las Mercedes propiedad de la Universidad Nacional Agraria, la cual se ubica en el Km 1O de la carretera norte. Una de las actividades productivas de la finca es la explotación lechera con un área aproximada de 30 manzanas de pasto. Se utilizó las aras de pasto Brachiaria con dos cultivares (la Libertad y Multo),donde se realizaron cortes cada 15 días, se determinó la producción de biomasa total fresca y seca, así como la producción de la fracción de la planta hoja y tallo, así mismo se determinó la relación entre estos para cada uno de los cultivares evaluados, así como entre ellos, además se realizó análisis de calidad (nitrógeno - proteína), en el laboratorio de suelo de la UNA Para la determinación de la biomas se utilizó parte del programa Rotanal, en la toma de datos de campo se empleó el método de doble muestreo, al igual que para la determinación de la composición botánica. Finalmente se realizó un análisis sobre el uso de las pastura de Brachiaria en estudio y la proyección de futuro de su uso, Se encontró que la producción de biomasa fresca y seca del Cv mulato supero a la Libertad, la producción de hojas también fue mayor en el Cv mulato y la relación hoja tallo, los contenidos de nitrógeno también resultaron ser superiores en el Cv mulato. La composición botánica fue dominada en rangos mayores de 95% por la especies de pasto en estudio, el restante por algunas especies de leguminosas como Mimosa púdica (dormilona) y de malezas como Sida Spp (escoba lisa). El análisis de uso permitió determinar que las pasto Brachiaria brizantha Cvs la Libertad y mulato han sido subutilizado, manteniéndose cargas que pueden ser duplicadas con el rendimiento que este pasto presenta en ambos cultivares, además de que la producción de estos cultivares podrían mejorar si se les proporciona un mejor manejo de fertilización.