Introduced taxa in disturbed ecosystems

In the literature, introduced taxa are assumed to be present, more abundant, and occupy greater physical space in portions of ecosystems disturbed by human activity. This study tested this principle in two sites, Short Hills provincial Park ("SHU) and Backus Woods ("B~l"). spatial distribution of introduced taxa of vegetation, isopods, and earthworms was determined with the runs test along 300m transects encompassing gradients of anthropogenic disturbance severity. The hypothesis was that introduced taxa would be aggregated along these transects; the null hypothesis was that they would not be aggregated. The null hypothesis was rejected for the introduced taxa as a unit, and vegetation and earthworms individually. Introduced taxa were aggregated along 53.33% (N~30) and 57.14% (N~21) of the transects in SH and BW (respectively). Introduced vegetation (90.00%, N~10 and 100.00%, N~7) and earthworms (50.00%, N~10 and 50.00%, N~8) were also significantly aggregated within the sites. Introduced isopods, however, were not significantly aggregated at either place (20. 00%, N-=10 and 16. 67%, ~J~6). This study demonstrated that introduced taxa are aggregated within ecosystems disturbed by human activity. However, since introduced isopods were not significantly aggregated it was also shown that taxa respond differently.

Sincronização de cio de vacas mertolengas e inseminação artificial a tempo fixo com sémen de touro brahman

O maior rendimento num efectivo de bovinos de carne são os vitelos. O cruzamento de Bos indicus com Bos taurus tem vindo a ser praticado em vários Países como os EUA e o Brasil. A descendência daqui resultante mostra vantagens em relação às raças puras, desde a sua criação, que exige poucos custos, até ao maior lucro proveniente da sua venda. Assim, torna-se interessante explorar esta prática em Portugal onde o custo de produção é significativamente mais alto. A fim de evitar perdas de tempo na detecção de cio e permitir a aplicação de Inseminação Artificial a Tempo Fixo, hoje em dia são frequentemente utilizados protocolos de sincronização de cio e ovulação. Este trabalho teve como objectivo avaliar a influência da gonadotrofina coriónica equina, associada a uma progesterona e prostaglandina na sincronização do estro e da ovulação, sobre a taxa de sincronização e fertilização em vacas de carne Mertolengas (Bos taurus) IATF com sémen de touro de Brahman (Bos indicus). Foram seleccionadas 20 vacas Mertolengas cíclicas e com uma condição corporal entre 2 e 3,5 (escala de 1 a 5, Houghton et al., 1990). No dia 0 foi implantado a todos os animais um implante intravaginal de progesterona (CIDR®; 1,9g; Pfizer). No dia 8 administrou-se prostanglandina F2α (Dinolytic®; 5ml; IM; Pfizer). No dia 9 foi aplicada Gonadotrofina Coriónica (Intergonan® 6000UI; IM; Intervet) e o CIDR® (Pfizer) foi retirado. No dia 11 de tratamento, em horário pré-estabelecido, 48horas após a injecção de eCG foi realizada inseminaçao artificial de todos os animais com sémen de touro Brahman. A sincronização de cio neste estudo teve uma taxa de sucesso de 90% (18/20) e uma taxa de concepção de 40% (8/20). Com o cruzamento destas duas raças é esperado criar uma descendência capaz de produzir vitelos de boa qualidade e com o menor custo possível.

Estudo da metrite puerperal numa exploração leiteira da região de Idanha-a-Nova

Com o presente trabalho, pretendeu realizar-se um resumo bibliográfico, seguido de um estudo de campo, contribuindo para uma melhor identificação da metrite puerperal, dos factores responsáveis pelo seu desenvolvimento, bem como das consequências que diariamente provoca nas explorações de bovinos leiteiros em Portugal. O estudo foi realizado numa exploração leiteira de grande dimensão, e contou com uma amostragem de 202 animais que completaram a gestação entre final de Outubro e fim de Fevereiro e que foram sujeitos a um exame de monitorização das vacas recém-paridas. Durante o exame, foi possível observar a metrite puerperal em 37,8% das vacas. Constatou-se também que a palpação vaginal é um método extremamente eficaz, prático e útil na detecção da metrite puerperal em explorações de grandes dimensões. Na análise dos factores de risco, constatou-se que a incidência da metrite não se encontrou significativamente correlacionada com o número de lactações, com o período do ano em que se diagnosticou a metrite, com os partos distócicos ou com a retenção placentária. Ao dia 30-37 pp., os animais com metrite puerperal tiveram maior probabilidade de desenvolver endometrite clínica. As vacas com metrite puerperal também apresentaram menor quantidade de leite produzido, e afectaram a performance reprodutiva com um aumento do intervalo parto-concepção, do número serviços até concepção e com diminuição da taxa de animais gestantes ao 1º serviço.

Avaliação da taxa de fertilidade em éguas da raça puro sangue lusitano : efeito da idade da égua e do tipo de cobrição (cobrição natural vs inseminação artificial)

Ao longo dos meses de estágio acompanhei diversos procedimentos médicos veterinários, sendo que a maior parte deles diziam respeito à área da reprodução equina. A Raça Puro Sangue Lusitano (PSL) é a mais importante raça portuguesa autóctone de equinos. Contudo, não existem muitos estudos no que respeita à sua eficiência reprodutiva. Este trabalho pretende fazer um estudo sobre o efeito da idade da égua e do tipo de cobrição (natural e inseminação artificial - IA) na taxa de fertilidade de éguas PSL, através do cálculo das diferentes taxas de gestação. Neste estudo, verificou-se que a percentagem de éguas gestantes no final da época reprodutiva foi de 90%, encontrando-se dentro dos valores esperados (71% - 96%). Os dados foram recolhidos durante a época reprodutiva de 2011/2012 e permitiram-me elaborar um estudo retrospectivo para melhor perceber a prática do maneio reprodutivo equino e a influência de alguns parâmetros na taxa de fertilidade das éguas. Relativamente aos diferentes tipos de sémen, verificou-se que a taxa de fertilidade em éguas cobertas por cobrição natural (n=14) foi de 78,6% e por IA (n=36) foi de 94,4%, resultado que se situa dentro dos valores esperados. No que respeita à IA, a taxa de fertilidade com sémen fresco (n=16) foi de 93,8%, com sémen refrigerado (n=19) foi de 94,7% e com sémen congelado (n=1) foi de 100%. Os valores para sémen fresco e refrigerado encontram-se dentro do esperado, sendo que para sémen congelado este é muito superior aos valores reportados na bibliografia, visto ser o tipo de sémen com menores taxas de fertilidade. Este facto deve-se, provavelmente, à dimensão da amostra, e ao facto de o sémen congelado ser de elevada qualidade. Neste estudo verificamos também que não há relação estatística entre a idade das éguas e a taxa de gestação, contrariamente ao que é referido na bibliografia, o que se deverá provavelmente ao tamanho da amostra (n=50).

Nonbreeding-Season Drivers of Population Dynamics in Seasonal Migrants: Conservation Parallels Across Taxa

For seasonal migrants, logistical constraints have often limited conservation efforts to improving survival and reproduction during the breeding season only. Yet, mounting empirical evidence suggests that events occurring throughout the migratory life cycle can critically alter the demography of many migrant species. Herein, we build upon recent syntheses of avian migration research to review the role of non-breeding seasons in determining the population dynamics and fitness of diverse migratory taxa, including salmonid fishes, marine mammals, ungulates, sea turtles, butterflies, and numerous bird groups. We discuss several similarities across these varied migrants: (i) non-breeding survivorship tends to be a strong driver of population growth; (ii) non-breeding events can affect fitness in subsequent seasons through seasonal interactions at individual- and population-levels; (iii) broad-scale climatic influences often alter non-breeding resources and migration timing, and may amplify population impacts through covariation among seasonal vital rates; and (iv) changes to both stationary and migratory non-breeding habitats can have important consequences for abundance and population trends. Finally, we draw on these patterns to recommend that future conservation research for seasonal migrants will benefit from: (1) more explicit recognition of the important parallels among taxonomically diverse migratory animals; (2) an expanded research perspective focused on quantification of all seasonal vital rates and their interactions; and (3) the development of detailed population projection models that account for complexity and uncertainty in migrant population dynamics.

Detecting recombination in 4-taxa DNA sequence alignments with Bayesian hidden Markov models and Markov chain Monte Carlo

This article presents a statistical method for detecting recombination in DNA sequence alignments, which is based on combining two probabilistic graphical models: (1) a taxon graph (phylogenetic tree) representing the relationship between the taxa, and (2) a site graph (hidden Markov model) representing interactions between different sites in the DNA sequence alignments. We adopt a Bayesian approach and sample the parameters of the model from the posterior distribution with Markov chain Monte Carlo, using a Metropolis-Hastings and Gibbs-within-Gibbs scheme. The proposed method is tested on various synthetic and real-world DNA sequence alignments, and we compare its performance with the established detection methods RECPARS, PLATO, and TOPAL, as well as with two alternative parameter estimation schemes.

Otimização da RT-PCR Multiplex para detecção de vírus dengue em amostras de Aedes aegypti infectados artificialmente

A dengue é a mais importante doença viral transmitida por mosquitos, no que diz respeito à morbidade e mortalidade, que afeta os seres humanos. Este vírus é transmitido pelos vetores Aedes albopictus e Aedes aegypti, este último é o principal vetor nas Américas. O controle da doença se baseia na vigilância laboratorial e vigilância entomológica. A vigilância laboratorial visa aprimorar a capacidade do diagnóstico, detectando precocemente a circulação viral e monitorando os sorotipos circulantes. Dentro deste tipo de vigilância, a RT-PCR é um método bastante usado no diagnóstico da doença em humanos e mosquitos, porém, a má conservação do material pode comprometer a integridade do RNA e trazer resultados falso-negativos. O desenvolvimento de melhores métodos de vigilância do vírus dengue (DENV) em mosquitos é de grande valor para os programas de controle. Desta maneira, o presente projeto visou otimizar a técnica de RT-PCR Multiplex para detecção de DENV em amostras de Ae. aegypti infectadas artificialmente pelo vírus. Primers que amplificam uma região de 80 pb do gene rpL8 de mosquito foram desenhados no site Primer3 e avaliados na ferramenta online Multiple Primer Analyzer, junto com primers que amplificam os sorotipos DENV. Não houve competição de primers e foi observado bandas distintas no gel de agarose. Foi avaliado o efeito de diferentes formas de preservação do material genético das amostras (RNAlater®, freezer -80°C e nitrogênio líquido) por 7 dias, onde não houve diferenças significativas em relação à integridade do RNA. O efeito de diferentes formas de extração de RNA (Kit da QIAGEN® , TRIzol® e Chomczymski-Sacchi) também foi avaliado e o método ChomczymskiSacchi obteve o melhor desempenho. A otimização desta técnica permitirá uma maior confiabilidade nos resultados, já que além da detecção dos sorotipos, haverá uma confirmação da qualidade do RNA, aprimorando a capacidade do diagnóstico e auxiliando a prevenção e controle da transmissão da dengue.

The challenge of maintaining Atlantic forest biodiversity: A multi-taxa conservation assessment of specialist and generalist species in an agro-forestry mosaic in southern Bahia

Recent developments have highlighted the importance of forest amount at large spatial scales and of matrix quality for ecological processes in remnants. These developments, in turn, suggest the potential for reducing biodiversity loss through the maintenance of a high percentage of forest combined with sensitive management of anthropogenic areas. We conducted a multi-taxa survey to evaluate the potential for biodiversity maintenance in an Atlantic forest landscape that presented a favorable context from a theoretical perspective (high proportion of mature forest partly surrounded by structurally complex matrices). We sampled ferns, butterflies, frogs, lizards, bats, small mammals and birds in interiors and edges of large and small mature forest remnants and two matrices (second-growth forests and shade cacao plantations), as well as trees in interiors of small and large remnants. By considering richness, abundance and composition of forest specialists and generalists, we investigated the biodiversity value of matrix habitats (comparing them with interiors of large remnants for all groups except tree), and evaluated area (for all groups) and edge effects (for all groups except trees) in mature forest remnants. our results suggest that in landscapes comprising high amounts of mature forest and low contrasting matrices: (1) shade cacao plantations and second-growth forests harbor an appreciable number of forest specialists; (2) most forest specialist assemblages are not affected by area or edge effects, while most generalist assemblages proliferate at edges of small remnants. Nevertheless, differences in tree assemblages, especially among smaller trees, Suggest that observed patterns are unlikely to be stable over time. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Untangling associations between chironomid taxa in Neotropical streams using local and landscape filters

1. Analyses of species association have major implications for selecting indicators for freshwater biomonitoring and conservation, because they allow for the elimination of redundant information and focus on taxa that can be easily handled and identified. These analyses are particularly relevant in the debate about using speciose groups (such as the Chironomidae) as indicators in the tropics, because they require difficult and time-consuming analysis, and their responses to environmental gradients, including anthropogenic stressors, are poorly known. 2. Our objective was to show whether chironomid assemblages in Neotropical streams include clear associations of taxa and, if so, how well these associations could be explained by a set of models containing information from different spatial scales. For this, we formulated a priori models that allowed for the influence of local, landscape and spatial factors on chironomid taxon associations (CTA). These models represented biological hypotheses capable of explaining associations between chironomid taxa. For instance, CTA could be best explained by local variables (e.g. pH, conductivity and water temperature) or by processes acting at wider landscape scales (e.g. percentage of forest cover). 3. Biological data were taken from 61 streams in Southeastern Brazil, 47 of which were in well-preserved regions, and 14 of which drained areas severely affected by anthropogenic activities. We adopted a model selection procedure using Akaike`s information criterion to determine the most parsimonious models for explaining CTA. 4. Applying Kendall`s coefficient of concordance, seven genera (Tanytarsus/Caladomyia, Ablabesmyia, Parametriocnemus, Pentaneura, Nanocladius, Polypedilum and Rheotanytarsus) were identified as associated taxa. The best-supported model explained 42.6% of the total variance in the abundance of associated taxa. This model combined local and landscape environmental filters and spatial variables (which were derived from eigenfunction analysis). However, the model with local filters and spatial variables also had a good chance of being selected as the best model. 5. Standardised partial regression coefficients of local and landscape filters, including spatial variables, derived from model averaging allowed an estimation of which variables were best correlated with the abundance of associated taxa. In general, the abundance of the associated genera tended to be lower in streams characterised by a high percentage of forest cover (landscape scale), lower proportion of muddy substrata and high values of pH and conductivity (local scale). 6. Overall, our main result adds to the increasing number of studies that have indicated the importance of local and landscape variables, as well as the spatial relationships among sampling sites, for explaining aquatic insect community patterns in streams. Furthermore, our findings open new possibilities for the elimination of redundant data in the assessment of anthropogenic impacts on tropical streams.