Prédiction des durées de séjour en réadaptation en fonction du statut fonctionnel. [Usefulness of functional status to predict length of stay in rehabilitation.]

Objectif : En Suisse, la réadaptation est financée en¦partie par l'assureur qui fixe préalablement à l'admission¦un nombre de jours (durée garantie) qu'il s'engage¦à rembourser. Lorsqu'une durée garantie est trop courte,¦une demande de prolongation est nécessaire, induisant¦des démarches administratives. Les objectifs de cette¦étude étaient a) d'étudier le lien entre durées garanties¦et caractéristiques du patient ; b) d'estimer les coûts¦liés aux demandes de prolongation ; c) d'évaluer¦l'impact de l'introduction d'un modèle d'attribution de¦durée garantie basé sur l'état fonctionnel du patient.¦Méthodes : Les corrélations entre état fonctionnel,¦durée effective et durée garantie ont été testées sur¦208 séjours représentatifs. Des durées garanties fictives¦ont été calculées à partir de la médiane de durée de¦séjour de 2 335 patients, groupés selon leur niveau¦fonctionnel (score des activités de base de la vie quotidienne¦(BAVQ) 0-1 vs 2-4 vs 5-6), puis comparées aux¦durées de séjour effectives et garanties.¦Résultats : L'état fonctionnel du patient n'est pas¦corrélé à la durée garantie, et 69 % des séjours nécessitent¦au moins une demande de prolongation, représentant¦2,6 équivalents temps plein en temps administratif¦projeté sur le canton. L'application du modèle proposé¦réduirait de 28 % les demandes de prolongation, et¦n'augmenterait que marginalement la proportion de¦jours garantis en surplus (11,2 % contre 6,5 % actuellement).¦Conclusion : L'utilisation systématique d'un modèle¦d'attribution de durées garanties basées sur l'état¦fonctionnel du patient permettrait de réduire sensiblement¦les coûts administratifs liés aux demandes de¦prolongation, sans entraîner de risque accru d'une augmentation¦de la durée de séjour.

Age structure and abundance in populations of muscoid flies from a poultry facility in Southeast Brazil

Muscina stabulans, M. domestica, Chrysomya putoria, C. megacephala and Stomoxys calcitrans were the most abundant muscoid flies captured in a poultry facility in southeastern Brazil. We examined the gonadotrophic profiles of the females caught at different sites and different times and found that Mu. stabulans and M. domestica, the predominant species, presented similar gonadotrophic profiles only when captured on the manure under the cages, but very different and sometimes opposite gonadotrophic profiles when sampled from wooden posts, vegetation or electric cords. We also determined sex ratios and relative abundance for these two species and found significant differences between them. More than 50% of the females of both species of Chrysomya captured on manure carried eggs or exhibited signs of recent oviposition. The vast majority of S. calcitrans presented ovaries with eggs or signs of recent oviposition. A small proportion of them had ovaries in the recent emerged condition. Our data on ovarian stages, sex ratio and relative abundance allowed us to associate different gonadotrophic profiles with each site and characterize each site as a resting, ovipositing or mating site.

Deux extensions de Théorèmes de Hamburger (portant sur l'équation fonctionnelle de la fonction dzêta)

We propose two types of extensions to Hamburger’s theorems on the Dirichlet series with functional equation like the one of the Riemann zeta function, under weaker hypotheses. This builds upon the dictionary betweeen the moderate meromorphic functions with functional equation and the tempered distributions with extended S-support condition.

Population genetic structure and demography analysis in palinurus elephas populations from atlantic and mediterranean waters

Report for the scientific sojourn at the University of Reading, United Kingdom, from January until May 2008. The main objectives have been firstly to infer population structure and parameters in demographic models using a total of 13 microsatellite loci for genotyping approximately 30 individuals per population in 10 Palinurus elephas populations both from Mediterranean and Atlantic waters. Secondly, developing statistical methods to identify discrepant loci, possibly under selection and implement those methods using the R software environment. It is important to consider that the calculation of the probability distribution of the demographic and mutational parameters for a full genetic data set is numerically difficult for complex demographic history (Stephens 2003). The Approximate Bayesian Computation (ABC), based on summary statistics to infer posterior distributions of variable parameters without explicit likelihood calculations, can surmount this difficulty. This would allow to gather information on different demographic prior values (i.e. effective population sizes, migration rate, microsatellite mutation rate, mutational processes) and assay the sensitivity of inferences to demographic priors by assuming different priors.

Biocontrol strain Pseudomonas fluorescens CHA0 and its genetically modified derivative with enhanced biocontrol capability exert comparable effects on the structure of a Sinorhizobium meliloti population in a gnotobiotic system

The impact of biocontrol strain Pseudomonas fluorescens CHA0 and of its genetically modified, antibiotic-overproducing derivative CHA0/pME3424 on a reconstructed population of the plant-beneficial Sinorhizobium meliloti bacteria was assessed in gnotobiotic systems. In sterile soil, the final density of the reconstructed S. meliloti population decreased by more than one order of magnitude in the presence of either of the Pseudomonas strains when compared to a control without addition of P. fluorescens. Moreover, there was a change in the proportion of each individual S. meliloti strain within the population. Plant tests also revealed changes in the nodulating S. meliloti population in the presence of strains CHA0 or CHA0/pME3424. In both treatments one S. meliloti strain, f43, was significantly reduced in its root nodule occupancy. Analysis of alfalfa yields showed a slight but statistically significant increase in shoot dry weight when strain CHA0 was added to the reconstructed S. meliloti population whereas no such effect was observed with CHA0/pME3424.

Non-nest mate discrimination and clonal colony structure in the parthenogenetic ant Cerapachys biroi

Understanding the interplay between cooperation and conflict in social groups is a major goal of biology. One important factor is genetic relatedness, and animal societies are usually composed of related but genetically different individuals, setting the stage for conflicts over reproductive allocation. Recently, however, it has been found that several ant species reproduce predominantly asexually. Although this can potentially give rise to clonal societies, in the few well-studied cases, colonies are often chimeric assemblies of different genotypes, due to worker drifting or colony fusion. In the ant Cerapachys biroi, queens are absent and all individuals reproduce via thelytokous parthenogenesis, making this species an ideal study system of asexual reproduction and its consequences for social dynamics. Here, we show that colonies in our study population on Okinawa, Japan, recognize and effectively discriminate against foreign workers, especially those from unrelated asexual lineages. In accord with this finding, colonies never contained more than a single asexual lineage and average pairwise genetic relatedness within colonies was extremely high (r = 0.99). This implies that the scope for social conflict in C. biroi is limited, with unusually high potential for cooperation and altruism.

A theoretical model of the tridimensional structure of Bacillus thuringiensis subsp. medellin Cry 11Bb toxin deduced by homology modelling

Cry11Bb is an insecticidal crystal protein produced by Bacillus thuringiensis subsp. medellin during its stationary phase; this ¶-endotoxin is active against dipteran insects and has great potential for mosquito borne disease control. Here, we report the first theoretical model of the tridimensional structure of a Cry11 toxin. The tridimensional structure of the Cry11Bb toxin was obtained by homology modelling on the structures of the Cry1Aa and Cry3Aa toxins. In this work we give a brief description of our model and hypothesize the residues of the Cry11Bb toxin that could be important in receptor recognition and pore formation. This model will serve as a starting point for the design of mutagenesis experiments aimed to the improvement of toxicity, and to provide a new tool for the elucidation of the mechanism of action of these mosquitocidal proteins.

Changes in wage structure in Mexico going beyond the mean: An analysis of differences in distribution, 1987-2008

This paper conducts an empirical analysis of the relationship between wage inequality, employment structure, and returns to education in urban areas of Mexico during the past two decades (1987-2008). Applying Melly’s (2005) quantile regression based decomposition, we find that changes in wage inequality have been driven mainly by variations in educational wage premia. Additionally, we find that changes in employment structure, including occupation and firm size, have played a vital role. This evidence seems to suggest that the changes in wage inequality in urban Mexico cannot be interpreted in terms of a skill-biased change, but rather they are the result of an increasing demand for skills during that period.

Derris (Lonchocarpus) urucu (Leguminosae) Extract Modifies the Peritrophic Matrix Structure of Aedes aegypti (Diptera:Culicidae)

Aqueous suspension of ethanol extracts of Derris (Lonchocarpus) urucu (Leguminosae), collected in the state of Amazonas, Brazil, were tested for larvicidal activity against the mosquito Aedes aegypti (Diptera:Culicidae). The aim of this study was to observe the alterations of peritrophic matrix in Ae. aegypti larvae treated with an aqueous suspension of D. urucu extract. Different concentrations of D. urucu root extract were tested against fourth instar larvae. One hundred percent mortality was observed at 150 µg/ml (LC50 17.6 µg/ml) 24 h following treatment. In response to D. urucu feeding, larvae excreted a large amount of amorphous feces, while control larvae did not produce feces during the assay period. Ultrastructural studies showed that larvae fed with 150 µg/ml of D. urucu extract for 4 h have an imperfect peritrophic matrix and extensive damage of the midgut epithelium. Data indicate a protective role for the peritrophic matrix. The structural modification of the peritrophic matrix is intrinsically associated with larval mortality.

Fonction surrénalienne après bolus d'étomidate en chirurgie cardiaque: une étude rétrospective [Adrenal function after induction of cardiac surgery patients with etomidate: a retrospective study]

OBJECTIVE: A single bolus dose of etomidate decreases cortisol synthesis by inhibiting the 11-beta hydroxylase, a mitochondrial enzyme in the final step of cortisol synthesis. In our institution, all the patients undergoing cardiac surgery receive etomidate at anesthesia induction. The purpose of this study was to assess the incidence of adrenocortical dysfunction after a single dose of etomidate in selected patients undergoing major cardiac surgery and requiring high-dose norepinephrine postoperatively. STUDY DESIGN: Retrospective descriptive study in the surgical ICU of a university hospital. PATIENTS AND METHODS: Sixty-three patients presented acute circulatory failure requiring norepinephrine (>0,2 microg/kg/min) during the 48 hours following cardiac surgery. Absolute adrenal insufficiency was defined as a basal cortisol below 414 nmo/l (15 microg/dl) and relative adrenal insufficiency as a basal plasma cortisol between 414 nmo/l (15 microg/dl) and 938 nmo/l (34 microg/dl) with an incremental response after 250 microg of synthetic corticotropin (measured at 60 minutes) below 250 nmol/l (9 microg/dl). RESULTS: Fourteen patients (22%) had normal corticotropin test results, 10 (16%) had absolute and 39 (62%) relative adrenal insufficiency. All patients received a low-dose steroid substitution after the corticotropin test. Substituted patients had similar clinical outcomes compared to patients with normal adrenal function. CONCLUSION: A high incidence of relative adrenal failure was observed in selected cardiac surgery patients with acute postoperative circulatory failure.

Intergenic and external transcribed spacers of ribosomal RNA genes in lizard-infecting Leishmania: molecular structure and phylogenetic relationship to mammal-infecting Leishmania in the subgenus Leishmania (Leishmania)

To establish the relationships of the lizard- and mammal-infecting Leishmania, we characterized the intergenic spacer region of ribosomal RNA genes from L. tarentolae and L. hoogstraali. The organization of these regions is similar to those of other eukaryotes. The intergenic spacer region was approximately 4 kb in L. tarentolae and 5.5 kb in L. hoogstraali. The size difference was due to a greater number of 63-bp repetitive elements in the latter species. This region also contained another element, repeated twice, that had an inverted octanucleotide with the potential to form a stem-loop structure that could be involved in transcription termination or processing events. The ribosomal RNA gene localization showed a distinct pattern with one chromosomal band (2.2 Mb) for L. tarentolae and two (1.5 and 1.3 Mb) for L. hoogstraali. The study also showed sequence differences in the external transcribed region that could be used to distinguish lizard Leishmania from the mammalian Leishmania. The intergenic spacer region structure features found among Leishmania species indicated that lizard and mammalian Leishmania are closely related and support the inclusion of lizard-infecting species into the subgenus Sauroleishmania proposed by Saf'janova in 1982.

La recherche au sein des hautes écoles spécialisées 2012: descriptions, analyses, conclusions

Résumé Contexte et objectifs Les activités de recherche appliquée et développement (Ra&D) font partie du mandat de prestations des hautes écoles spécialisées (HES) prescrit par la loi. Néanmoins la tradition, le type et l'importance de la recherche varient fortement en fonction des domaines d'études. Il en va de même pour les liens avec les autres domaines de prestations que sont l'enseignement, la formation continue et les prestations de services. Les activités de Ra&D dans chaque HES s'inscrivent dans la tension entre l'orientation pratique (qui signifie le plus souvent une orientation vers le marché économique) et l'orientation vers la science (signe de leur rattachement au système scientifique). Il en découle des conflits d'intérêts entre les critères de qualité du « succès sur le marché » et de la « réputation scientifique ». En 2005, sur mandat de la Commission pour la technologie et l'innovation (CTI), B. Lepori et L. Attar (2006) ont mené une étude visant à examiner plus particulièrement les stratégies de recherche et l'organisation de la recherche au sein des hautes écoles spécialisées. Aujourd'hui, six ans plus tard, la phase de mise sur pied est en grande partie terminée. En lançant une nouvelle étude, l'Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie (OFFT) et la Commission fédérale des hautes écoles spécialisées (CFHES) souhaitaient faire le point sur les activités de recherche des HES, c'està- dire examiner les résultats des stratégies et de l'organisation de cette phase. Cette étude s'articule principalement autour de l'état actuel de la recherche, de ses problèmes et de ses perspectives. Structure de l'étude La recherche dans les HES se caractérise par différents facteurs d'influence (cultures disciplinaires, traditions, ancrage dans les régions linguistiques, structures organisationnelles, gouvernance, stratégies de positionnement, personnel, etc.). Dans la présente étude, ces facteurs sont systématiquement examinés selon deux dimensions: le « domaine d'études » et la « haute école spécialisée». L'analyse repose notamment sur l'exploitation de documents et de données. Mais cette étude se fonde principalement sur les entretiens menés avec les représentants des HES à différents niveaux de responsabilités. Les hautes écoles spécialisées (HES) Les entretiens avec les directions des HES ainsi que l'exploitation des données et des documents mettent en évidence la grande diversité des sept HES suisses de droit public dans leur structure, leurs combinaisons de domaines d'études et leurs orientations. Les modes de financement de la recherche varient fortement entre les HES. Concrètement, les sources de financement ne sont pas les mêmes d'une HES à l'autre (contributions des organes responsables, fonds de tiers, etc.). Les degrés et formes du pilotage concernant les contenus de la recherche diffèrent également dans une large mesure (définition de pôles de recherche, soutien cumulatif à l'acquisition de fonds de tiers), de même que les stratégies en matière de recrutement et d'encouragement du personnel. La politique de chaque HES implique des tensions et des problèmes spécifiques. Les domaines d'études Sur les dix domaines d'études, quatre ont été choisis à titre d'exemples pour des études approfondies : Technique et technologies de l'information (TI), Economie et services, Travail social, Musique, arts de la scène et autres arts. Chaque domaine d'études a été examiné à chaque fois dans deux HES. Cette méthode permet de relever les différences et les similitudes. Les résultats confirment qu'il existe des différences importantes à bien des égards entre les domaines d'études évalués. Ces différences concernent la position dans le système des hautes écoles, le volume des activités de recherche, l'importance de la recherche au sein des HES, la tradition, l'identité et l'orientation. Elles se retrouvent par ailleurs dans les buts et la place de la Ra&D dans les domaines d'études concernés. Il ressort toutefois qu'il n'y a pas lieu de parler d'une dichotomie entre les « anciens » et les « nouveaux » domaines d'études : Technique, économie et design (TED) d'une part et Santé, social et arts (SSA) d'autre part. Il semble plus pertinent de désigner le domaine d'études 4/144 Technique et TI comme le domaine dominant auquel se référent le pilotage et le financement des HES, que ce soit implicitement ou explicitement. Cadre homogène et espaces hétérogènes Le pilotage et le financement de la Ra&D au sein des hautes écoles spécialisées s'inscrivent dans un modèle-cadre fixé à l'échelle fédérale et principalement axé sur le domaine d'études Technique. Ce modèle-cadre se caractérise par un apport élevé de fonds de tiers (notamment les subventions de la CTI et les fonds privés) et des incitations en faveur de ce mode de financement, par une orientation vers le marché et par un haut degré d'autonomie des établissements partenaires/départements et instituts. Par comparaison avec les hautes écoles universitaires, les HES affichent notamment un faible niveau de financement de base dans le secteur Ra&D. Cet état de fait est certes compatible avec la forme actuelle du financement par la CTI, mais pas avec les règles de financement du Fonds national suisse (FNS). Un financement principalement basé sur les fonds de tiers signifie par ailleurs que l'orientation du contenu de la recherche et la définition de critères de qualité sont confiées à des instances externes, notamment aux mandants et aux institutions d'encouragement de la recherche. Il apparaît en dernier lieu qu'un tel modèle-cadre ne favorise pas les politiques visant à la constitution de pôles de recherche, l'obtention d'une taille critique, et la mise en place d'une coordination. Ces résultats concernent tous les domaines d'études sans avoir pour autant les mêmes conséquences : les domaines d'études se prêtant dans une faible mesure à l'acquisition de fonds de tiers sur des marchés économiques (dans cette étude, il s'agit essentiellement de la Musique, arts de la scène et autres arts, mais également du Travail social dans certains cas) ont plus de difficultés à répondre aux attentes énoncées en termes de succès et de profit. Les HES modifient plus ou moins le modèle-cadre en élaborant elles-mêmes des modèles d'organisation qui prennent en compte leur combinaison de domaines d'études et soutiennent leurs propres orientations et positionnements stratégiques. La combinaison de domaines d'études hétérogènes et de politiques différentes au sein des HES se traduit par une complexité du système des HES, beaucoup plus importante que ce que généralement supposée. De plus, au regard des connaissances lacunaires sur les structures « réelles » de gouvernance des HES, il n'est quasiment pas possible de comparer directement les hautes écoles spécialisées entre elles. Conclusions et recommandations Le principal constat qui ressort d'un ensemble de conclusions et de recommandations des auteurs est que le secteur Ra&D dans les HES doit être plus explicitement évalué en fonction des spécificités des domaines d'études, à savoir du rôle de la recherche pour l'économie et la société, des différences entre les marchés (économiques) correspondants et de l'importance de la Ra&D pour les objectifs visés. L'étude montre clairement qu'il n'y a pas à proprement parler une seule et unique recherche au sein des hautes écoles spécialisées et que la notion de « recherche appliquée » ne suffit ni comme description ni, par conséquence, comme critère d'identité commun. Partant de ce constat, nous recommandons de revoir le mode de financement de la recherche dans les HES et d'approfondir le débat sur les structures de gouvernance sur l'orientation de la Ra&D (et notamment sur les critères de qualité appliqués), de même que sur l'autonomie et la coordination. Les recommandations constituent des points de discussion et n'engagent aucunement l'OFFT ou la CFHES.

New insights into the long-term evolutionary history of the avian MHC

SummaryGene duplication and neofunctidnalization are important processes in the evolution of phenotypic complexity. They account for important evolutionary novelties that confer ecological adaptation, such as the major histocompatibility complex (MHC), a multigene family with a central role in vertebrates' adaptive immune system. Multigene families, which evolved in large part through duplication, represent promising systems to study the still strongly depbated relative roles of neutral and adaptive processes in the evolution of phenotypic complexity. Detailed knowledge on ecological function and a well-characterized evolutionary history place the mammals' MHC amongst ideal study systems. However mammalian MHCs usually encompass several million base pairs and hold a large number of functional and non-functional duplicate genes, which makes their study complex. Avian MHCs on the other hand are usually way more compact, but the reconstruction of. their evolutionary history has proven notoriously difficult. However, no focused attempt has been undertaken so far to study the avian MHC evolutionary history in a broad phylogenetic context and using adequate gene regions.In the present PhD, we were able to make important contributions to the understanding of the long-term evolution of the avian MHC class II Β (MHCI1B). First, we isolated and characterized MHCIIB genes in barn owl (Tyto alba?, Strigiformes, Tytonidae), a species from an avian lineage in which MHC has not been studied so far. Our results revealed that with only two functional MHCIIB genes the MHC organization of barn owl may be similar to the 'minimal essential' MHC of chicken (Gallus gallus), indicating that simple MHC organization may be ancestral to birds. Taking advantage of the sequence information from barn owl, we studied the evolution of MHCIIB genes in 13 additional species of 'typical' owls (Strigiformes, Strigidae). Phylogenetic analyses revealed that according to their function, in owls the peptide-binding region (PBR) encoding exon 2 and the non-PBR encoding exon 3 evolve by different patterns. Exon 2 exhibited an evolutionary history of positive selection and recombination, while exon 3 traced duplication history and revealed two paralogs evolving divergently from each other in owls, and in a shorebird, the great snipe {Gallinago media). The results from exon 3 were the first ever from birds to demonstrate gene orthology in species that diverged tens of millions of years ago, and strongly questioned whether the taxa studied before provided an adequate picture of avian MHC evolution. In a follow-up study, we aimed at explaining a striking pattern revealed by phylogenetic trees analyzing the owl sequences along with MHCIIB sequences from other birds: One owl paralog (termed DAB1) grouped with sequences of passerines and falcons, while the other (DAB2) grouped with wildfowl, penguins and birds of prey. This could be explained by either a duplication event preceding the evolution of these bird orders, or by convergent evolution of similar sequences in a number of orders. With extensive phylogenetic analyses we were able to show, that indeed a duplication event preceeded the major avian radiation -100 my ago, and that following this duplication, the paralogs evolved under positive selection. Furthermore, we showed that the divergently evolving amino acid residues in the MHCIIB-encoded β-chain potentially interact with the MHCI I α-chain, and that molecular coevolution of the interacting residues may have been involved in the divergent evolution of the MHCIIB paralogs.The findings of this PhD are of particular interest to the understanding of the evolutionary history of the avian MHC and, by providing essential information on long-term gene history in the avian MHC, open promising perspectives for advances in the understanding of the evolution of multigene families in general, and for avian MHC organization in particular. Amongst others I discuss the importance of including protein structure in the phylogenetic study of multigene families, and the roles of ecological versus molecular selection pressures. I conclude by providing a population genomic perspective on avian MHC, which may serve as a basis for future research to investigate the relative roles of neutral processes involving effective population size effects and of adaptation in the evolution of avian MHC diversity and organization.RésuméLa duplication de gènes et leur néo-fonctionnalisation sont des processus importants dans l'évolution de la complexité phénotypique. Ils sont impliqués dans l'apparition d'importantes nouveautés évolutives favorisant l'adaptation écologique, comme c'est le cas pour le complexe majeur d'histocompatibilité