Análise do polimorfismo numérico de sequências repetitivas em múltiplos loci (MLVA) como instrumentos de avaliação da diversidade genética de Streptococcus pneumoniae do sorotipo 14

Streptococcus pneumoniae é um importante agente etiológico de infecções invasivas e não invasivas, incluindo meningite, pneumonia e otite média. A cápsula polissacarídica é o principal fator de virulência desse microrganismo, sendo também considerada um importante marcador em estudos epidemiológicos. Dentre os mais de 90 tipos capsulares conhecidos, o sorotipo 14 se destaca pela prevalência elevada em várias regiões, inclusive no Brasil. A avaliação da diversidade genética desse microrganismo também inclui a aplicação de métodos moleculares, como PFGE e MLST. Entretanto, essas metodologias são relativamente onerosas, consomem muito tempo e os resultados obtidos com a técnica de PFGE são de difícil comparação entre diferentes laboratórios. A técnica de análise do polimorfismo numérico de segmentos repetitivos em múltiplos loci [MLVA, do inglês Multiple Loci VTNR (Variable-Number Tandem Repeat) Analysis] se apresenta como uma alternativa, embora ainda necessite de padronização e avaliação mais ampla para a espécie em questão. No presente estudo, 60 amostras de Streptococcus pneumoniae pertencentes ao sorotipo 14, isoladas de diversas fontes clínicas, em diferentes locais e períodos de tempo, foram caracterizadas pelas técnicas de MLVA (baseada na análise de 18 loci distintos), MLST, PFGE e tipagem do gene pspA. O gene pspA2 predominou entre as amostras analisadas, seguido pelo gene pspA1. Os tipos de MLVA, perfis de PFGE, e STs encontrados apresentaram resultados, em geral, concordantes, indicando o elevado poder discriminatório da versão da técnica de MLVA empregada. Cinco complexos clonais (CC) de MLVA e cinco singletons puderam ser definidos. O CC de MLVA denominado de L7 foi o predominante, compreendendo 36,7% da amostragem estudada. O CC L7 mostrou-se relacionado com genes pspA da família 2, com o CC1 de MLST, com o CC Pen14-H de PFGE, e com a não susceptibilidade à penicilina, Entre os complexos clonais de MLST, o CC1 foi o prevalente e incluiu predominantemente o ST156, pertencente ao clone internacional Spain9V-3. O CC L3 e o singleton L17 de MLVA apresentaram-se associados ao CC de PFGE Eri14-A, a família 1 de PspA e ao CC2 de MLST, que por sua vez também estava relacionado com o clone internacional England14-9. O CC L15 de MLVA esteve associado ao CC de PFGE Pen14-A, ao gene pspA2, aos CC3 e CC4 de MLST e ao clone internacional do PMEN Tennessee14-18. A técnica de MLVA revelou-se significativamente mais discriminatória que as técnicas de PFGE e MLST, conforme exemplificado pela detecção de 21 perfis de MLVA, 13 perfis de PFGE e cinco STs, entre as 22 amostras pertencentes ao CC de MLVA L7. Uma versão de MLVA, compreendendo um painel com os oito loci de maior poder discriminatório, pôde ser proposta a partir da análise dos resultados obtidos. Estes aspectos, aliados ao menor tempo e custo de execução, indicam que a técnica de MLVA constitui uma alternativa importante e satisfatória para uso em estudos sobre a diversidade genética de S. pneumoniae.

Antonomásias discursivas do nome próprio: uma abordagem semiótico-funcional e cognitiva

Nas gramáticas tradicionais da língua portuguesa, o estudo sobre a antonomásia, figura de linguagem que designa o processo de passagem de um nome próprio a um nome comum e vice-versa, é visto ora ligado ao conceito de metáfora, ora ligado à relação parte- todo, isto é, à metonímia. Na maioria das vezes, os exemplos mostrados nessas abordagens tradicionais estão descontextualizados, ou seja, não são retirados de um emprego discursivo- dialógico da língua. O principal objetivo desta tese é fazer uma reflexão sobre o potencial semiótico- funcional e cognitivo dos nomes próprios nas antonomásias discursivas, ou seja, aquelas que ainda não estão dicionarizadas, porque são temporárias, e, consequentemente, sua interpretação pertence ao âmbito do processamento discursivo. Tendo como base teórica a teoria dos Espaços Mentais em seu segundo momento, reconhecida como teoria da Integração Conceptual (FAUCONNIER; TURNER, 2002), e a teoria da Iconicidade Verbal, desenvolvida por Simões (2009), baseada nos estudos semióticos de Charles Sanders Peirce, analisar-se-ão, nesta tese, os seguintes aspectos do nome próprio nas antonomásias discursivas: a forma do nome próprio, ou seja, sua plasticidade, que é a característica central da iconicidade diagramática, e a iconicidade isotópica, que age como uma espécie de condutor temático para a formação de sentido de um texto. Esses dois tipos de iconicidade se inserem numa rede mais ampla de signos denominada iconicidade verbal, ou lexical (SIMÕES, 2004), que abrange efeitos tanto de ordem discursiva (discursivização) como de ordem estilística. Assim, ao se conceber o estudo das antonomásias discursivas do nome próprio em uma perspectiva semiótico- discursiva e cognitiva, ter-se-á dado mais um passo nos estudos dos itens lexicais que atuam como organizadores de sentido de um texto

Análise clínica e molecular em indivíduos com deficiência mental idiopática no Maranhão: diagnóstico diferencial da síndrome do X frágil

O retardo mental (RM) representa um problema de saúde pública mundial ainda negligenciado no Brasil e, em especial nas regiões mais pobres como o Nordeste. A síndrome do X frágil (SXF) é uma das formas mais estudadas de RM hereditário em seres humanos. Esta doença monogênica, de herança ligada ao X dominante, é decorrente de uma mutação no exon 1 do gene FMR1, localizado na região Xq27.3. A mutação no FMR1 se caracteriza pelo aumento de repetições de trinucleotídios CGG em tandem na região 5 UTR desse gene, sendo a expansão dessas trincas o principal evento mutacional responsável pela SXF. De maneira geral, os fenótipos cognitivos de indivíduos do sexo masculino com a síndrome incluem deficiência intelectual de moderada à grave. No presente trabalho, realizamos um estudo transversal da SXF em indivíduos portadores de retardo mental de causa desconhecida, engajados em Programas de Educação Especial e em instituições psiquiátricas de São Luís-MA, rastreando amplificações de sequências trinucleotídicas no gene FMR1. A amostra foi composta por 238 indivíduos do sexo masculino, não aparentados, na faixa etária de 4 a 60 anos (média = 21 9 anos). O DNA dos participantes foi obtido a partir de 5 mL de sangue coletados em tubos com anti-coagulante EDTA e a análise molecular da região gênica de interesse foi realizada através da reação em cadeia da polimerase, utilizando-se três primers. Dentre os indivíduos triados quanto à presença de mutações no gene FMR1, apenas um apresentou um resultado inconclusivo e 2 (0,84%) foram positivos para a SXF, sendo que um deles (3503) apresentou mais de 200 repetições CGG no locus FRAXA e o outro indivíduo (3660) apresentou uma deleção de ~197 pb envolvendo parte das repetições CGG e uma região proximal às repetições CGG. Ambos possuíam história familiar de RM ligado ao X. No indivíduo 3503 observamos as seguintes características clínicas: temperamento dócil, orelhas grandes, mandíbula proeminente e flacidez ligamentar. O indivíduo 3660 apresentava hiperatividade, contato pobre com os olhos, orelhas grandes, mandíbula proeminente, pectus excavatum, macroorquidismo e pouca comunicação. O esclarecimento sobre a doença oferecido às famílias de ambos contribuiu sobremaneira para o entendimento da condição, do prognóstico e dos riscos de recorrência. A prevalência da SXF em nossa amostra, 0,84%, embora relativamente baixa, encontra-se na faixa de incidência de casos diagnosticados em outras populações que, em sua maioria, relatam incidências variando de 0 a 3%. Em parte, atribuímos o percentual encontrado aos critérios de inclusão utilizados em nosso estudo. Concluímos que o protocolo de triagem molecular utilizado em nosso estudo se mostrou eficiente e adequado para a realidade do Maranhão, podendo constituir uma ferramenta auxiliar a ser aplicada na avaliação de rotina dos portadores de RM, com grandes benefícios para o Estado.

Construction and Operation of a Two-place Diver's Sled

Fisheries gear researchers have employed scuba diver-operated sleds to evaluate towed fishing systems since the early 1950's. One of the earliest sled designs was a converted Stokes litter in which two divers sat tandem with the forward diver operating the diving controls (Sand, 1956). The litter was relatively easy to maneuver and provided a comfortable platform for observing operational fishing gear. However, the use of underwater photographic equipment to document gear performance was difficult due to the limited mobility of the observer-cameraman.

Monitoramento de desreguladores endócrinos no rio Arroio Fundo na bacia de Jacarepaguá, RJ.

Os desreguladores endócrinos são compostos micropoluentes de ação deletéria que causam efeitos aos animais e aos seres humanos. Estes vêm trazendo a várias décadas, problemas relacionados à má formação ou ainda infertilidade de várias espécies. A presença destes compostos na ordem de ng L-1 já é capaz de gerar efeitos nocivos ao sistema endócrino. Este trabalho visou à determinação da presença e quantidade de alguns destes compostos como 17α-etinilestradiol, bisfenol A e estrona entre outros, nas águas do rio Arroio Fundo, localizado em Jacarepaguá no RJ que possui um índice de qualidade de água ruim. A primeira etapa deste trabalho foi a implementação e validação de metodologia para determinação do 17α-etinilestradiol por cromatografia líquida acoplada a detector de fluorescência onde foram estabelecido limite de detecção, de quantificação e linearidade conforme orientação do Inmetro (2010). Além da avaliação das amostras ambientais através da metodologia estabelecida. Na etapa subsequente foram realizados os experimentos relativos à determinação dos desreguladores endócrinos através da espectrometria de massas por detector tipo tandem quadrupolo, onde também foram realizados os procedimentos de validação e determinação dos compostos bisfenol A e estrona que não foram suscetíveis a efeito de matriz durante a ionização, que acabou impedindo a determinação de outros desreguladores endócrinos. Os resultados indicam que não há redução da presença dos desreguladores endócrinos detectados, e de outros compostos orgânicos também detectados, mas não identificados, entre os pontos a montante e a jusante da Unidade de Tratamento do Rio Arroio Fundo. Todavia em função do grande efeito de matriz oriundo do fato da amostra ser de extrema complexidade, não foi possível realizar uma identificação e quantificação de todos os compostos alvos.

SiO2 coating of silver nanoparticles by photoinduced chemical vapor deposition.

Gas-phase silver nanoparticles were coated with silicon dioxide (SiO2) by photoinduced chemical vapor deposition (photo-CVD). Silver nanoparticles, produced by inert gas condensation, and a SiO2 precursor, tetraethylorthosilicate (TEOS), were exposed to vacuum ultraviolet (VUV) radiation at atmospheric pressure and varying temperatures. The VUV photons dissociate the TEOS precursor, initiating a chemical reaction that forms SiO2 coatings on the particle surfaces. Coating thicknesses were measured for a variety of operation parameters using tandem differential mobility analysis and transmission electron microscopy. The chemical composition of the particle coatings was analyzed using energy dispersive x-ray spectrometry and Fourier transform infrared spectroscopy. The highest purity films were produced at 300-400 degrees C with low flow rates of additional oxygen. The photo-CVD coating technique was shown to effectively coat nanoparticles and limit core particle agglomeration at concentrations up to 10(7) particles cm(-3).

A late-Holocene pollen record from Lower Pahrangat Lake, southern Nevada, USA: high resolution paleoclimatic records and analysis of environmental responses to climate change

EXTRACT (SEE PDF FOR FULL ABSTRACT): High resolution paleobotanical records provide sufficient detail to correlate events regionally. Once correlated events can be examined in tandem to determine the underlying inputs that fashioned them. Several localities in the Great Basin have paleobotanical records of sufficient detail to generate regional reconstructions of vegetation changes for the last 2 ka and provide conclusions as to the climates that caused them.

THEORETICAL ROAD DAMAGE DUE TO DYNAMIC TYRE FORCES OF HEAVY VEHICLES. PART 1: DYNAMIC ANALYSIS OF VEHICLES AND ROAD SURFACES.

Theory is presented for simulating the dynamic wheel forces generated by heavy road vehicles and the resulting dynamic response of road surfaces to these loads. Sample calculations are provided and the vehicle simulation is validated with data from full-scale tests. The methods are used in the accompanying paper to simulate the road damage done by a tandem-axle vehicle.

Investigation of anti-lock braking strategies for heavy goods vehicles

An articulated lorry was instrumented in order to measure its performance in straight-line braking. The trailer was fitted with two interchangeable tandem axle sub-chassis, one with an air suspension and the other with a steel monoleaf four-spring suspension. The brakes were only applied to the trailer axles, which were fitted with anti-lock braking systems (ABS), with the brake torque controlled in response to anticipated locking of the leading axle of the tandem. The vehicle with the air suspension was observed to have significantly better braking performance than the steel suspension, and to generate smaller inter-axle load transfer and smaller vertical dynamic tyre forces. Computer models of the two suspensions were developed, including their brakes and anti-lock systems. The models were found to reproduce most of the important features of the experimental results. It was concluded that the poor braking performance of the steel four-spring suspension was mainly due to interaction between the ABS and inter-axle load transfer effects. The effect of road roughness was investigated and it was found that vehicle stopping distances can increase significantly with increasing road roughness. Two alternative anti-lock braking control strategies were simulated. It was found that independent sensing and actuation of the ABS system on each wheel greatly reduced the difference in stopping distances between the air and steel suspensions. A control strategy based on limiting wheel slip was least susceptible to the effects of road roughness.

黑麂和费氏麂四种卫星DNA的克隆特征和染色体定位

近年来,分子细胞遗传学研究已基本证实了染色体的串联融合(端粒一着丝粒融合)是麂属动物核型演化的主要重排方式.尽管染色体串联融合的分子机制还不清楚,但通过染色体的非同源重组,着丝粒区域的卫星DNA被认为可能介导了染色体的融合.以前的研究发现在赤麂和小麂染色体的大部分假定的串联融合位点处存在着非随机分布的卫星DNA.然而在麂属的其他物种中,这些卫星DNA的组成以及在基因组中的分布情况尚未被研究.本研究从黑麂和费氏麂基因组中成功地克隆了4种卫星DNA (BMC5、BM700、BM1.1k和FM700),并分析了这些卫星克隆的特征以及在小麂、黑麂、贡山麂和费氏麂染色体上的定位情况.结果表明,卫星Ⅰ和Ⅱ DNA (BMC5,BM700和FM700)的信号除了分布在这些麂属动物染色体的着丝粒区域外,也间隔地分布在这些物种的染色体臂上.其研究结果为黑麂、费氏麂和贡山麂的染色体核型也是从一个2n=70的共同祖先核型通过一系列的串联融合进化而来的假说提供了直接的证据.

A COMPARATIVE-STUDY OF KARYOTYPES OF MUNTJACS BY CHROMOSOME PAINTING

We have used a combination of chromosome sorting, degenerate oligonucleotide-primed polymerase chain reaction (DOP-PCR), chromosome painting and digital image capturing and processing techniques for comparative chromosome analysis of members of the genus Muntiacus. Chromosome-specific ''paints'' from a female Indian muntjac were hybridised to the metaphase chromosomes of the Gongshan, Black, and Chinese muntjac by both single and three colour chromosome painting. Karyotypes and idiograms for the Indian, Gongshan, Black and Chinese muntjac were constructed, based on enhanced 4', 6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) banding patterns. The hybridisation signal for each paint was assigned to specific bands or chromosomes for all of the above muntjac species. The interspecific chromosomal homology was demonstrated by the use of both enhanced DAPI banding and comparative chromosome painting. These results provide direct molecular cytogenetic evidence for the tandem fusion theory of the chromosome evolution of muntjac species.

Evolution of the black muntjac (Muntiacus crinifrons) karyotype revealed by comparative chromosome painting

The black muntjac (Muntiacus crinifrons) has an unusual karyotype of 2n = 8 in females and 2n = 9 in males. We have studied the evolution of this karyotype by hybridising chromosome-specific paints derived from flow-sorted chromosomes of the Chinese muntjac (M. reevesi, 2n = 46) to chromosomes of the black muntjac. The hybridisation pattern allowed us to infer chromosomal homologies between these two species. Tandem and centromeric fusions, reciprocal translocations, and insertions are involved in the reduction of the diploid number from 2n = 46 to 2n = 8, 9. The painting patterns further show complex chromosomal rearrangements in the male black muntjac which involve more than half the karyotype, including both sex chromosomes. Since early meiosis is reported to be normal without any visible inversion loops of the synaptonemal complex, the observed chromosomal rearrangements would lead to heterosynapsis and, therefore, leave a large fraction of the male black muntjac karyotype balanced between the two sexes.

Karyotypic relationships of horses and zebras: results of cross-species chromosome painting

Complete sets of chromosome-specific painting probes, derived from flow-sorted chromosomes of human (HSA), Equus caballus (ECA) and Equus burchelli (EBU) were used to delineate conserved chromosomal segments between human and Equits burchelli, and among four equid species, E. przewalskii (EPR), E. caballus, E. burchelli and E. zebra hartmannae (EZH) by cross-species chromosome painting. Genome-wide comparative maps between these species have been established. Twenty-two human autosomal probes revealed 48 conserved segments in E. burchelli. The adjacent segment combinations HSA3/21, 7/16p, 16q/19q, 14/15, 12/22 and 4/8, presumed ancestral syntenies for all eutherian mammals, were also found conserved in E. burchelli. The comparative maps of equids allow for the unequivocal characterization of chromosomal rearrangements that differentiate the karyotypes of these equid species. The karyotypes of E. przewalskii and E. caballus differ by one Robertsonian translocation (ECA5 = EPR23 + EPR24); numerous Robertsonian translocations and tandem fusions and several inversions account for the karyotypic differences between the horses and zebras. Our results shed new light on the karyotypic evolution of Equidae. Copyright (C) 2003 S. Karger AG, Basel.

The mitochondrial genome organization of the rice frog, Fejervarya limnocharis (Amphibia : Anura): a new gene order in the vertebrate mtDNA

The mitochondrial DNA of the rice frog, Fejervarya limnocharis (Amphibia, Anura), was obtained using long-and-accurate polymerase chain reaction (LA-PCR) combining with subcloning method. The complete nucleotide sequence (17,717 bp) of mitochondrial genome was determined subsequently. This mitochondrial genome is characterized by four distinctive features: the translocation of ND5 gene, a cluster of rearranged tRNA genes (tRNA(Thr), tRNA(Pro), tRNA(Leu) ((CUN))) a tandem duplication of tRNA(Mer) gene, and eight large 89-bp tandem repeats in the control region, as well as three short noncoding regions containing two repeated motifs existing in the gene cluster of ND5/tRNA(Thr)/tRNA(Pro)/tRNA(Leu)/tRNA(Phe). The tandem duplication of gene regions followed by deletions of supernumerary genes can be invoked to explain the shuffling of tRNAM(Met) and a cluster of tRNA and ND5 genes, as observed in this study. Both ND5 gene translocation and tandem duplication of tRNA(Met) were first observed in the vertebrate mitochondrial genomes. (c) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.

Global distribution of Y-chromosome haplogroup C reveals the prehistoric migration routes of African exodus and early settlement in East Asia

The regional distribution of an ancient Y-chromosome haplogroup C-M130 (Hg C) in Asia provides an ideal tool of dissecting prehistoric migration events. We identified 465 Hg C individuals out of 4284 males from 140 East and Southeast Asian populations. We genotyped these Hg C individuals using 12 Y-chromosome biallelic markers and 8 commonly used Y-short tandem repeats (Y-STRs), and performed phylogeographic analysis in combination with the published data. The results show that most of the Hg C subhaplogroups have distinct geographical distribution and have undergone long-time isolation, although Hg C individuals are distributed widely across Eurasia. Furthermore, a general south-to-north and east-to-west cline of Y-STR diversity is observed with the highest diversity in Southeast Asia. The phylogeographic distribution pattern of Hg C supports a single coastal 'Out-of-Africa' route by way of the Indian subcontinent, which eventually led to the early settlement of modern humans in mainland Southeast Asia. The northward expansion of Hg C in East Asia started similar to 40 thousand of years ago (KYA) along the coastline of mainland China and reached Siberia similar to 15 KYA and finally made its way to the Americas. Journal of Human Genetics (2010) 55, 428-435; doi:10.1038/jhg.2010.40; published online 7 May 2010