Phylogenetic and Ecological Significance in the Evolution of Cetacean Tonal Sounds

Cetaceans are aquatic mammals that rely primarily on sound for most daily tasks. A compendium of sounds is emitted for orientation, prey detection, and predator avoidance, and to communicate. Communicative sounds are among the most studied Cetacean signals, particularly those referred to as tonal sounds. Because tonal sounds have been studied especially well in social dolphins, it has been assumed these sounds evolved as a social adaptation. However, whistles have been reported in ‘solitary’ species and have been secondarily lost three times in social lineages. Clearly, therefore, it is necessary to examine closely the association, if any, between whistles and sociality instead of merely assuming it. Several hypotheses have been proposed to explain the evolutionary history of Cetacean tonal sounds. The main goal of this dissertation is to cast light on the evolutionary history of tonal sounds by testing these hypotheses by combining comparative phylogenetic and field methods. This dissertation provides the first species-level phylogeny of Cetacea and phylogenetic tests of evolutionary hypotheses of cetacean communicative signals. Tonal sounds evolution is complex in that has likely been shaped by a combination of factors that may influence different aspects of their acoustical structure. At the inter-specific level, these results suggest that only tonal sound minimum frequency is constrained by body size. Group size also influences tonal sound minimum frequency. Species that live in large groups tend to produce higher frequency tonal sounds. The evolutionary history of tonal sounds and sociality may be intertwined, but in a complex manner rejecting simplistic views such as the hypothesis that tonal sounds evolved ‘for’ social communication in dolphins. Levels of social and tonal sound complexity nevertheless correlate indicating the importance of tonal sounds in social communication. At the intraspecific level, tonal sound variation in frequency and temporal parameters may be product of genetic isolation and local levels of underwater noise. This dissertation provides one of the first insights into the evolution of Cetacean tonal sounds in a phylogenetic context, and points out key species where future studies would be valuable to enrich our understanding of other factors also playing a role in tonal sound evolution.

The evolution of immigration discourse in the Maltese press from 2005 to 2015: A case study of the Times of Malta

El drama migratorio del cual está siendo Europa testigo en estas últimas semanas es en parte el resultado de una falta de políticas comunitarias en relación a este tema, hecho del cual, en los últimos años, se han hecho eco multitud de medios. Europa, y en especial los países del Mediterráneo, ha experimentado un incremento sustancial en el número de inmigrantes que llegan a sus costas en condiciones cada vez más deplorables y arriesgando gravemente su integridad física. Este hecho está principalmente motivado por el aumento y la intensidad de los conflictos bélicos en países de África y Oriente próximo. En el caso de Malta, un diminuto archipiélago ubicado entre los territorios de Libia y Sicilia, el cambio en la tendencia migratoria que se produjo en 2002 le hizo pasar de ser un país de emigrantes a un país receptor de inmigrantes. Este cambio dio como resultado la aparición de grupos y partidos anti-inmigración, como Azzjoni Nazzjonali, y de un sentimiento de preocupación frente a la llegada de inmigrantes que crece de manera constante según se refleja en encuestas europeas (véase Eurobarometer 82-83). Desde el punto de vista lingüístico, el discurso discriminatorio empleado por los medios de comunicación, organismos y figuras políticas ha sido ampliamente estudiado dentro de la rama del Análisis Crítico del Discurso (Charteris-Black, 2006; Fairclough, 1989, Reisigl & Wodak, 2001; Santa Ana, 1999; Van Dijk, 1984, 1992, 1999, 2000, 2006, Van Leeuwen & Wodak, 1999). En los últimos años, se ha potenciado el uso de un enfoque cognitivo en el análisis de este tipo de discursos. Dicho enfoque utiliza elementos tomados de la lingüística cognitiva para explicar cómo la representación de eventos y participantes en el discurso atiende, o está motivada por la conceptualización mental de dichos eventos y participantes (Charteris-Black, 2006; Hart, 2011; Musolff, 2012; Núñez-Perucha, 2011; O’Brien, 2003; Santa Ana, 1999; Van Dijk, 1992, 1998, 1999, 2000, 2006; Wodak, 2006). El Análisis Crítico del Discurso es una disciplina cuyo principal objetivo es analizar cómo ciertos fenómenos sociales que se basan en relaciones de abuso de poder y dominación se representan en el discurso de las denominadas élites (Van Dijk, 2001). Muchos de estos discursos atienden a lo que en lingüística se ha denominado discurso de discriminación, en donde un grupo dominante ejerce poder sobre otro mediante el uso de diversas herramientas discursivas. Generalmente, estos estudios sobre discursos de discriminación se han centrado en fenómenos como el machismo o el racismo. Dentro de este último campo, cabe destacar el trabajo de Van Dijk en el análisis del discurso del racismo y del discurso de la inmigración (Van Dijk, 1992, 1999, 2000, 2001, 2006). El presente trabajo se centra en analizar cómo la prensa maltesa ha representado el fenómeno de la inmigración y a los inmigrantes desde 2005 hasta 2015. Dentro de esta línea temporal, se presta especial atención al día 2 de abril de 2013. Esta es la fecha en la que la Associated Press, una organización de prensa independiente con subscriptores alrededor del mundo, decidió incluir un importante cambio léxico en su manual de estilo. El motivo del mismo era modificar el uso del adjetivo “ilegal” recomendando su uso para referirse exclusivamente a acciones (ej. Inmigración ilegal) pero nunca para referirse a individuos (ej. Inmigrante ilegal). Nuestro estudio pretende identificar hasta qué punto esta medida se ha puesto en práctica en los periódicos malteses y qué repercusiones ha tenido su incorporación en la representación de los inmigrantes y la inmigración. Para ello, se ha seleccionado como caso de estudio uno de los periódicos en lengua inglesa más leídos en el archipiélago, Times of Malta. El estudio se ha centrado en el análisis de un total de treinta artículos de opinión repartidos de manera homogénea (quince y quince) en dos corpus. El primer corpus contiene artículos pertenecientes a un periodo de tiempo que va desde 2005 hasta la fecha en la cual el cambio léxico de la Associated Press fue publicado, es decir, el 2 de abril de 2013. Por otro lado, el segundo corpus contiene artículos desde el 2 de abril de 2013 hasta mediados de 2015. Para agilizar y facilitar el análisis de los artículos, se ha hecho uso del programa llamado WordSmith Tools, el cual está especializado en el trabajo con corpus. Este programa se utilizó principalmente para analizar la representación semántica de los distintos participantes y eventos. Los resultados del análisis demuestran que el periódico ha aplicado el cambio léxico sugerido por la Associated Press al no encontrarse ningún ejemplo de “inmigrante ilegal” o “migrante ilegal” a partir del 2 de abril de 2013. En estos mismos resultados también se aprecia una representación más positiva de la figura del inmigrante en el segundo corpus, dónde el inmigrante abandona la categoría léxica de “criminal” para comenzar a ser visto cada vez más como la víctima. También a nivel léxico, se puede observar cómo los autores tienden a usar cada vez más el término “migrante” en lugar de “inmigrante”. A pesar de que este último continúa siendo el término más utilizado para referirse a la persona que llega desde otro país, el significativo incremento del uso de la palabra “migrante” en el segundo corpus es llamativo y puede deberse a que la palabra “inmigrante” haya adquirido connotaciones negativas por su repetido uso junto al adjetivo “ilegal”. De entre las estrategias discursivas empleadas en la representación de la sociedad maltesa, cabe destacar dos. Por un lado, tenemos el uso de la victimización, mediante la cual la población maltesa aparece como una víctima frente a la inmigración, que es vista como una amenaza, al mismo tiempo que Malta es también víctima de la falta de apoyo internacional. En segundo lugar, es también común encontrar artículos en donde el autor destaca las cualidades positivas de la sociedad maltesa, especialmente su generosidad. Esta última estrategia es lo que Van Dijk denomina national self-glorifiation (2000:220; 2006:738). En cuanto al uso de las metáforas, el cambio es menos significativo. En general, ambos corpus muestran ejemplos de metáforas en las que el inmigrante aparece conceptualizado como parte de un fenómeno natural incontrolable, un invasor o un organismo dispuesto a infectar o dañar de algún modo el país. En el segundo corpus, sin embargo, desaparecen las metáforas en las que el inmigrante se percibe como un animal inferior, que sí aparecían en el primer corpus. Esto supone un cambio positivo. Hasta este punto hemos resumido los cambios en la representación de los inmigrantes. Respecto al modo en el cual el fenómeno de la inmigración aparece representado en los periódicos, también encontramos cambios importantes. A nivel léxico, el cambio que mencionábamos relativo a los términos “inmigrante” y “migrante” también se produce a la hora de nombrar este fenómeno social. De este modo, la palabra “migración” es más usada en el segundo corpus que en el primero, aunque sigue ocupando el segundo lugar por detrás de la palabra “inmigración”. En cuanto a los contenidos, se puede observar un cambio positivo hacia una mayor concienciación social. Por ejemplo, vemos cómo en el segundo corpus en ocasiones se pide una respuesta estatal a temas como la integración de los inmigrantes o el racismo entre la sociedad, mientras que en el primer corpus la integración era una labor del inmigrante y el racismo era un tema incómodo. En el segundo corpus también encontramos la queja más clara hacia el uso de centros de detención en la isla. En el primer corpus, aunque algunos autores manifestaban su disconformidad con las condiciones en las cuales los inmigrantes vivían dentro de los centros de detención, todos asumían que tener dichos centros era una medida necesaria. Esta especie de consenso social y político acerca del uso de centros de detención se consigue mediante el empleo de herramientas discursivas que representen la inmigración como una amenaza de la cual hay que protegerse (negative other-presentation Van Dijk, 2000:221; 2006:738). En resumen, podemos decir que este trabajo muestra una progresión en el discurso de inmigración en Malta hacia una representación más positiva y amable del inmigrante y de la inmigración. Aunque las limitaciones de este estudio hacen imposible establecer una relación única y directa entre los cambios experimentados por el periódico y el cambio léxico sugerido por la Associated Press, lo cierto es que la descriminalización de los inmigrantes a nivel léxico (mediante la supresión de términos como “ilegal” o “detenidos”) ha influido de manera positiva en el tono y la forma en que este periódico se refiere al fenómeno social de la inmigración

The evolution of IL-4 and IL-13 and their receptor subunits

Peer reviewed

The Evolution of Pharmaceutical Care for Drug Misusers

This survey was funded by a grant from the Chief Scientist Office (CSO), Grant No: CZH/4/998.

The evolution of IL-4 and IL-13 and their receptor subunits

Peer reviewed

The Evolution of Pharmaceutical Care for Drug Misusers

This survey was funded by a grant from the Chief Scientist Office (CSO), Grant No: CZH/4/998.

The evolution of emigrant travel to New Zealand in the nineteenth and twentieth centuries

Peer reviewed

The Evolution of Male-Biased Dispersal under the Joint Selective Forces of Inbreeding Load and Demographic and Environmental Stochasticity

Peer reviewed

The evolution of IL-4 and IL-13 and their receptor subunits

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Substitutions in the glycogenin-1 gene are associated with the evolution of endothermy in sharks and tunas

We thank Sean Tracey and Jaime McAllister for supplying albacore and southern bluefin tuna samples, Eva Giacomello for collecting the skipjack tuna sample, Elena Sarropoulou for providing the Atlantic bonito assembly, Helen Hipperson for assistance in the lab, Barbara Block and Ziheng Yang for advice, the editors and reviewers for comments, and the Leverhulme Trust and BBSRC for funding

The Roles of Phenotypic Plasticity and Plant-Microbe Interactions in the Evolution of Complex Traits in Boechera stricta

All organisms live in complex habitats that shape the course of their evolution by altering the phenotype expressed by a given genotype (a phenomenon known as phenotypic plasticity) and simultaneously by determining the evolutionary fitness of that phenotype. In some cases, phenotypic evolution may alter the environment experienced by future generations. This dissertation describes how genetic and environmental variation act synergistically to affect the evolution of glucosinolate defensive chemistry and flowering time in Boechera stricta, a wild perennial herb. I focus particularly on plant-associated microbes as a part of the plant’s environment that may alter trait evolution and in turn be affected by the evolution of those traits. In the first chapter I measure glucosinolate production and reproductive fitness of over 1,500 plants grown in common gardens in four diverse natural habitats, to describe how patterns of plasticity and natural selection intersect and may influence glucosinolate evolution. I detected extensive genetic variation for glucosinolate plasticity and determined that plasticity may aid colonization of new habitats by moving phenotypes in the same direction as natural selection. In the second chapter I conduct a greenhouse experiment to test whether naturally-occurring soil microbial communities contributed to the differences in phenotype and selection that I observed in the field experiment. I found that soil microbes cause plasticity of flowering time but not glucosinolate production, and that they may contribute to natural selection on both traits; thus, non-pathogenic plant-associated microbes are an environmental feature that could shape plant evolution. In the third chapter, I combine a multi-year, multi-habitat field experiment with high-throughput amplicon sequencing to determine whether B. stricta-associated microbial communities are shaped by plant genetic variation. I found that plant genotype predicts the diversity and composition of leaf-dwelling bacterial communities, but not root-associated bacterial communities. Furthermore, patterns of host genetic control over associated bacteria were largely site-dependent, indicating an important role for genotype-by-environment interactions in microbiome assembly. Together, my results suggest that soil microbes influence the evolution of plant functional traits and, because they are sensitive to plant genetic variation, this trait evolution may alter the microbial neighborhood of future B. stricta generations. Complex patterns of plasticity, selection, and symbiosis in natural habitats may impact the evolution of glucosinolate profiles in Boechera stricta.

Finance past, finance future: a brief exploration of the evolution of financial practices

As we work our way through the latest financial crisis, politicians seem both powerless to act convincingly and unable to craft from the welter of diverse and antagonistic narratives a coherent and convincing vision of the future. In this article, we argue that a temporal lens brings clarity to such confusion, and that thinking in terms of time and reflecting on privileged temporal structures helps to highlight underlying assumptions and distinguish different narratives from one another. We begin by articulating our understanding of temporality, and we proceed to apply this to the evolution of financial practice during different historical epochs as recently delineated by Gordon (2012). We argue that the principles of finance were effectively in place by the eighteenth century and that consequent developments are best conceptualized as phases in which one particular aspect is intensified. We find that in different historical periods, the temporal intensification associated with specific models of finance shifts, over history, from the past to the present to the future. We argue that a quite idiosyncratic understanding of the future has been intensified in the present phase, what we refer to as proximal future, and we explain how this has come to be. We then consider the ethical consequences of privileging an intensification of proximal future before mapping an alternative model centred on intensifying distal future, highlighting early signs of its potential emergence in the shadows of our present.

The Evolution of Chimpanzee Sanctuaries in the United States

Chimpanzees are native only to the jungles of equatorial Africa, but for the last hundred years, they have also lived in captivity in the United States, most commonly in biomedical research laboratories, but also at Air Force bases for experiments for the space program, at accredited and unaccredited zoos, at circuses, as performers in Hollywood and even in private homes and backyards as pets. But that has been gradually evolving over the last few decades, as more and more chimpanzees move to newly-established chimpanzee sanctuaries. That transition was already underway even before the announcement by the National Institutes of Health (NIH) last year that it will retire all of its remaining chimpanzees from labs to sanctuaries. By thoroughly examining the evolution of these sanctuaries leading up to that seminal decision, along with the many challenges they face, including money, medical care, conflicting philosophies on the treatment of animals and the pitfalls that have led other sanctuaries to the brink of ruin, we can take away a better understanding of why chimpanzee sanctuaries are needed and why caretakers of other animal species are now looking to the chimpanzee sanctuary movement as a model to show how animals can be cared for in retirement.

Combined analysis of variation in core, accessory and regulatory genome regions provides a super-resolution view into the evolution of bacterial populations

The use of whole-genome phylogenetic analysis has revolutionized our understanding of the evolution and spread of many important bacterial pathogens due to the high resolution view it provides. However, the majority of such analyses do not consider the potential role of accessory genes when inferring evolutionary trajectories. Moreover, the recently discovered importance of the switching of gene regulatory elements suggests that an exhaustive analysis, combining information from core and accessory genes with regulatory elements could provide unparalleled detail of the evolution of a bacterial population. Here we demonstrate this principle by applying it to a worldwide multi-host sample of the important pathogenic E. coli lineage ST131. Our approach reveals the existence of multiple circulating subtypes of the major drug–resistant clade of ST131 and provides the first ever population level evidence of core genome substitutions in gene regulatory regions associated with the acquisition and maintenance of different accessory genome elements.