Improving Short DNA Sequence Alignment with Parallel Computing

Variations in different types of genomes have been found to be responsible for a large degree of physical diversity such as appearance and susceptibility to disease. Identification of genomic variations is difficult and can be facilitated through computational analysis of DNA sequences. Newly available technologies are able to sequence billions of DNA base pairs relatively quickly. These sequences can be used to identify variations within their specific genome but must be mapped to a reference sequence first. In order to align these sequences to a reference sequence, we require mapping algorithms that make use of approximate string matching and string indexing methods. To date, few mapping algorithms have been tailored to handle the massive amounts of output generated by newly available sequencing technologies. In otrder to handle this large amount of data, we modified the popular mapping software BWA to run in parallel using OpenMPI. Parallel BWA matches the efficiency of multithreaded BWA functions while providing efficient parallelism for BWA functions that do not currently support multithreading. Parallel BWA shows significant wall time speedup in comparison to multithreaded BWA on high-performance computing clusters, and will thus facilitate the analysis of genome sequencing data.

Diseño de un software interactivo como recurso didáctico en el aprendizaje de una lengua extranjera

Tesis (Maestría en Enseñanza Superior) UANL.

Ingeniería software

UANL

Métricas de software en lenguajes de cuarta generación José Luis Martínez Flores

Tesis (Maestría en Ciencias de la Administración, con especialidad en Sistemas) U.A.N.L.

El impacto de la enseñanza de métricas de software en la implementación de un sistema computacional por Edgar Danilo Domínguez Vera

Tesis (Maestría en Ciencias de la Administración con Especialidad en Sistemas) U.A.N.L.

Propuesta didáctica utilización del software como recurso para mejorar el rendimiento de un curso de física moderna [por] Jorge Enrique Figueroa Martínez

Tesis (Maestría en la Enseñanza de las Ciencias con Especialidad en Física) U.A.N.L.

Aplicación del software AutoCAD en el diseño dimensional de elementos de máquinas

Tesis (Maestría en Ciencias de la Ingeniería Mecánica con Especialidad en Diseño Mecánico) UANL, 2000.

Control de software

Tesis (Maestría en Informática Administrativa) U.A.N.L.

Investigación de mercados con desarrollo sustentado en software y tecnología

Tesis (Maestría en Ciencias de la Administración con Especialidad en Relaciones Industriales)- UANL, 2001

El impacto de la omisión de métricas de calidad en el desarrollo de software por Irma Guadalupe Uicab Luna

Tesis (Maestro en Ciencias de la Administración con Especialidad en Sistemas) U.A.N.L.

Desarrollo de un Software educativo en historia del arte del movimiento muralista en México

[Tesis] ( Maestría en Artes con Especialidad en Educación por el Arte) U.A.N.L.

Aplicación de conceptos de desarrollo organizacional, planeación estratégica y reingeniería en el departamento de soporte técnico de una empresa comercializadora de software y hardware.

Tesis (Maestro en Ciencias de la Administración con Especialidad en Relaciones Industriales) UANL, 2010.

Variables críticas que influyen en la decisión para la selección de outsourcing de software, caso de las empresas en el área metropolitana de Monterrey.

Tesis (Doctor en Filosofía con Especialidad en Administración) UANL, 2011.

Valor del conocimiento como detonante de la competitividad y el desempeño económico en las empresas de servicios : el caso de empresas de software del estado de Nuevo León.

Tesis (Doctor en Filosofía con Especialidad en Administración) UANL, 2012.

Patterns and quality of object-oriented software systems

Lors de ces dix dernières années, le coût de la maintenance des systèmes orientés objets s'est accru jusqu' à compter pour plus de 70% du coût total des systèmes. Cette situation est due à plusieurs facteurs, parmi lesquels les plus importants sont: l'imprécision des spécifications des utilisateurs, l'environnement d'exécution changeant rapidement et la mauvaise qualité interne des systèmes. Parmi tous ces facteurs, le seul sur lequel nous ayons un réel contrôle est la qualité interne des systèmes. De nombreux modèles de qualité ont été proposés dans la littérature pour contribuer à contrôler la qualité. Cependant, la plupart de ces modèles utilisent des métriques de classes (nombre de méthodes d'une classe par exemple) ou des métriques de relations entre classes (couplage entre deux classes par exemple) pour mesurer les attributs internes des systèmes. Pourtant, la qualité des systèmes par objets ne dépend pas uniquement de la structure de leurs classes et que mesurent les métriques, mais aussi de la façon dont celles-ci sont organisées, c'est-à-dire de leur conception, qui se manifeste généralement à travers les patrons de conception et les anti-patrons. Dans cette thèse nous proposons la méthode DEQUALITE, qui permet de construire systématiquement des modèles de qualité prenant en compte non seulement les attributs internes des systèmes (grâce aux métriques), mais aussi leur conception (grâce aux patrons de conception et anti-patrons). Cette méthode utilise une approche par apprentissage basée sur les réseaux bayésiens et s'appuie sur les résultats d'une série d'expériences portant sur l'évaluation de l'impact des patrons de conception et des anti-patrons sur la qualité des systèmes. Ces expériences réalisées sur 9 grands systèmes libres orientés objet nous permettent de formuler les conclusions suivantes: • Contre l'intuition, les patrons de conception n'améliorent pas toujours la qualité des systèmes; les implantations très couplées de patrons de conception par exemple affectent la structure des classes et ont un impact négatif sur leur propension aux changements et aux fautes. • Les classes participantes dans des anti-atrons sont beaucoup plus susceptibles de changer et d'être impliquées dans des corrections de fautes que les autres classes d'un système. • Un pourcentage non négligeable de classes sont impliquées simultanément dans des patrons de conception et dans des anti-patrons. Les patrons de conception ont un effet positif en ce sens qu'ils atténuent les anti-patrons. Nous appliquons et validons notre méthode sur trois systèmes libres orientés objet afin de démontrer l'apport de la conception des systèmes dans l'évaluation de la qualité.