Diversity and three-dimensional structures of the alpha Mcr of the methanogenic Archaea from the anoxic region of Tucuruí Lake, in Eastern Brazilian Amazonia

ABSTRACT: Methanogenic archaeans are organisms of considerable ecological and biotechnological interest that produce methane through a restricted metabolic pathway, which culminates in the reaction catalyzed by the Methyl-coenzyme M reductase (Mcr) enzyme, and results in the release of methane. Using a metagenomic approach, the gene of the a subunit of mcr (mcrα) was isolated from sediment sample from an anoxic zone, rich in decomposing organic material, obtained from the Tucuruí hydroelectric dam reservoir in eastern Brazilian Amazonia. The partial nucleotide sequences obtained were 83 to 95% similar to those available in databases, indicating a low diversity of archaeans in the reservoir. Two orders were identified -the Methanomicrobiales, and a unique Operational Taxonomic Unit (OTU) forming a clade with the Methanosarcinales according to low bootstrap values. Homology modeling was used to determine the three-dimensional (3D) structures, for this the partial nucleotide sequence of the mcrα were isolated and translated on their partial amino acid sequences. The 3D structures of the archaean mcrα observed in the present study varied little, and presented approximately 70% identity in comparison with the mcrα of Methanopyrus klanderi. The results demonstrated that the community of methanogenic archaeans of the anoxic C1 region of the Tucurui reservoir is relatively homogeneous.

3D raytracing through homogeneous anisotropic media with smooth interfaces

O raio conectando dois pontos em um meio anisotrópico, homogêneo por partes e com variação lateral, é calculado utilizando-se técnicas de continuação em 3D. Se combinado com algoritmos para solução do problema de valor inicial, o método pode ser estendido para o cálculo de eventos qS₁ e qS₂. O algoritmo apresenta a mesma eficiência e robustez que implementações de técnicas de continuação em meios isotrópicos. Rotinas baseadas neste algoritmo têm várias aplicações de interesse. Primeiramente, na modelagem e inversão de parâmetros elásticos na presença de anisotropia. Em segundo lugar, as iterações de Newton-Raphson produzem atributos da frente de onda como vetor vagarosidade e a matrix hessiana do tempo de trânsito, quantidades que permitem determinar o espalhamento geométrico e aproximações de segunda ordem para o tempo de trânsito. Estes atributos permitem calcular as amplitudes ao longo do raio e investigar os efeitos da anisotropia no empilhamento CRS em modelos de velocidade simples.

Avaliação dos marcadores TGF-β1 e TGF-βII em carcinomas mamários localmente avançados e sua associação com fatores clínico-patológicos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise da comunicação sonora do Curió Oryzoborus angolensis (Aves, Passeriformes, Emberizidae)

O Curió Oryzoborus angolensis (Aves, Passeriformes, Oscines, Emberizinae) é uma espécie Neotropical muito conhecida e apreciada entre os criadores de pássaros no Brasil, por possuir canto melodioso e variado. O canto tem como função biológica o reconhecimento específico. A presença de repertórios vocais longos, variações populacionais e individuais pode ser um indicativo de aprendizagem vocal, que é o caso do Oryzoborus angolensis. O repertório representa os diferentes tipos de unidades que constituem o canto, as notas, emitidas durante a vocalização. No caso do canto do Curió a frase pode ser caracterizada como uma sequência de notas que se repetem. Analisamos as amostras de gravações de 26 indivíduos, sendo dezesseis de cativeiro e dez selvagens provenientes de diversas localidades do país. Identificamos e denominamos cada uma das 2414 notas gravadas com uma letra do alfabeto. As medidas dos parâmetros físicos das notas (duração, intervalo entre as notas, ritmo, frequência máxima e frequência mínima) apresentaram diferenças globais significativas, podendo ser um dos caracteres responsáveis pela função de reconhecimento específico. Observamos que as notas são constituídas principalmente por sons puros e amplamente moduladas, distribuídas de forma homogênea na amostra. Descrevemos a estrutura do canto, com a análise do repertório dos indivíduos de cativeiro e selvagem, apresentado diferenças estatisticamente significativas entre si. Considerando a distribuição dos diferentes tipos de notas emitidas por indivíduos,calculamos a entropia informacional, que forneceu um índice que correspondente à previsibilidade do canto individual.

Modelo fractal para resistividade complexa de rochas: interpretação petrofísica e aplicação à exploração geoelétrica

Rochas contendo metálicos disseminados ou partículas de argila em ambiente natural onde soluções eletrolíticas normalmente preenchem os poros das rochas, exibem um tipo de polarização em baixas freqüências conhecido como polarização induzida. Nesta tese foi desenvolvido um novo modelo para descrever o fenômeno de polarização das rochas, não apenas em baixas freqüências, mas compreendendo todo o espectro eletromagnético, possível de utilização na prospecção geoelétrica. Este novo modelo engloba a maioria dos modelos utilizados até o momento como casos especiais, além de superar as limitações dos mesmos. Seu circuito analógico inclui uma impedância não linear do tipo r (iwtf)^-n que simula o efeito das superfícies rugosas das interfaces entre os grãos bloqueadores (partículas metálicas e/ou de argilas) e o eletrólito. A impedância de Warburg generalizada está em série com a resistência dos grãos bloqueadores da passagem de corrente e em paralelo com a impedância da dupla camada associada a essas interfaces. Esta combinação está em série com a resistência do eletrólito nas passagens dos poros bloqueados. Os canais não bloqueados são representados por uma resistência que corresponde à resistividade normal CC da rocha. A combinação desta resistência com a capacitância "global" da rocha é finalmente conectada em paralelo ao resto do circuito mencionado acima. Os parâmetros deste modelo incluem a resistividade CC (p₀), a cargueabilidade (m), três tempos de relaxação (t, Tf and T2), um fator de resistividade de grãos (δ_r), e o expoente de freqüência (η). O tempo de relaxação fractal (Tf), e o expoente de frequencia (η) estão relacionados à geometria fractal das interfaces rugosas entre os minerais condutivos (grãos metálicos e/ou partículas de argila bloqueando os canais dos poros) e o eletrólito. O tempo de relaxação (T) é um resultado da relaxação em baixa freqüência das duplas camadas elétricas formadas nas interfaces eletrólito-cristais, enquanto (T₀) é o tempo de relaxação macroscópico da amostra como um todo. O fator de resistividade dos grãos (δ_r) relaciona a resistividade dos grãos condutivos com o valor de resistividade CC da rocha. A resistividade CC da rocha (p₀), e δ_r estão relacionados à porosidade, à condutividade do eletrólito e às relações mineralógicas entre a matriz e os grãos condutivos. O modelo foi testado sobre um intervalo largo de freqüências contra dados experimentais de amplitude e fase da resistividade bem como para dados de constante dielétrica complexa. Os dados utilizados neste trabalho foram obtidos a partir da digitalização de dados experimentais publicados, obtidos por diversos autores e englobando amostras de rochas sedimentares, ígneas e metam6rficas. É mostrado neste trabalho que os parâmetros deste modelo permitem identificar diferenças texturais e mineralógicas nas rochas. Bote modelo foi introduzido, primeiramente, como propriedade intrínseca de um semiespaço homogêneo sendo demonstrado, neste trabalho, que a resposta observada em superfície reflete as propriedades intrínsecas do meio polarizável, sendo o acoplamento eletromagnético desprezível em freqüências menores que 104 Hz. Em seguida, o meio polarizável foi embebido em um pacote de N camadas sendo demonstrado que os parâmetros fractais do meio polarizável podem ser obtidos do levantamento em superfície para diferentes espessuras dessa camada. Isto justifica a utilização pura e simples de modelos de polarização desenvolvidos para amostras em laboratório para ajustar dados de campo, o que vem sendo feito sem uma justificativa bem fundamentada. Estes resultados demonstram a importância para a prospecção geolétrica do modelo proposto nesta tese.

Partículas magnéticas: ferrita de ítrio 'Y IND. 3''FE IND. 5''O IND. 12' (YIG) recoberta com sílica ('SIO IND. 2')

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Effect of serum sample inactivation on the performance of latex agglutination test for paracoccidioidomycosis serodiagnosis

Paracoccidioidomycosis is diagnosed from the direct observation of the causative agent, but serology can facilitate and decrease the time required for diagnosis. The objective of this study was to determine the influence of serum sample inactivation on the performance of the latex agglutination test (LAT) for detecting antibodies against Paracoccidioides brasiliensis. The sensitivity of LAT from inactivated or non-inactivated samples was 73% and 83%, respectively and the LAT selectivity was 79% and 90%, respectively. The LAT evaluated here was no more specific than the double-immunodiffusion assay. We suggest the investigation of other methods for improving the LAT, such as the use of deglycosylated antigen.

Influence of the sample area in the variability of losses in the mechanical harvesting of soybeans

The mechanical harvesting is an important stage in the production process of soybeans and, in this process; the loss of a significant number of grains is common. Despite the existence of mechanisms to monitor these losses, it is still essential to use sampling methods to quantify them. Assuming that the size of the sample area affects the reliability and variability between samples in quantifying losses, this paper aimed to analyze the variability and feasibility of using different sizes of sample area (1, 2 and 3 m²) in quantifying losses in the mechanical harvesting of soybeans. Were sampled 36 sites and the cutting losses, losses by other mechanisms of the combine and total losses were evaluated, as well as the water content in seeds, straw distribution and crop productivity. Data were subjected to statistical analysis (descriptive statistics and analysis of variance) and Statistical Control Process (SCP). The coefficients of variation were similar for the three frames available. Combine losses showed stable behavior, whereas cutting losses and total losses showed unstable behavior. The frame size did not affect the quantification and variability of losses in the mechanical harvesting of soybeans, thus a frame of 1 m² can be used for determining losses.

Uso de sombras na correção do efeito vinhete

When registering spectral radiance from surface targets, digital numbers recorded by the imagery sensor may vary. Such variation causes imperfections on the images coming from aerial surveys. Variation in the image brightness related to the distance from the center of the image is known as the vignetting effect. Correcting this effect aims at achieving an homogeneous image brightness. The purpose of this paper is to present a specific methodology to determine a model in order to minimize this vignette effect based on a model fit by Least Squares Method (LSM), using digital numbers (DN) from shadowed regions. The main hypothesis is that the recorded DN of shadow pixels should be suitable to model the vignetting effect. Considering that the vignetting effect could be modeled as a trend of spatial image variation, a trend surface analysis of a sample of pixels from shadowed regions was carried out. Two approaches were adopted to represent the shadow regions of an image. The first one takes into account the components R, G, B of the aerial image within the visible spectral band, and the second one considers the component I of the HSI image. In order to evaluate the methodology, a study case with a color aerial image was carried out. The findings showed that the best results were obtained by applying the model in the RGB components, which allows to conclude that the vignetting effect can be modeled based on trend surfaces fit on shadow regions DN.

Avaliação de uma técnica para geração de modelos digitais de superfície utilizando múltiplas imagens

The efficient generation of digital surface model (DSM) from optical images has been explored for many years and the results are dependent on the project characteristics (image resolution, size of overlap between images, among others), of the image matching techniques and the computer capabilities for the image processing. The points generated from image matching have a direct impact on the quality of the DSM and, consequently, influence the need for the costly step of edition. This work aims at assessing experimentally a technique for DSM generation by matching of multiple images (two or more) simultaneously using the vertical line locus method (VLL). The experiments were performed with six images of the urban area of Presidente Prudente/SP, with a ground sample distance (GSD) of approximately 7cm. DSMs of a small area with homogeneous texture, repetitive pattern, moving objects including shadows and trees were generated to assess the quality of the developed procedure. This obtained DSM was compared to cloud points acquired by LASER (Light Amplification by Simulated Emission of Radiation) scanning as wells as with a DSM generated by Leica Photogrammetric Suite (LPS) software. The accomplished results showed that the MDS generated by the implemented technique has a geometric quality compatible with the reference models.

Clay mineralogy and magnetic susceptibility of Oxisols in geomorphic surfaces

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A multidomain approach to asteroid families' identification

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Comparison surface characteristics and chemical composition of conventional metallic and Nickel-Free brackets

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)