Evidence for GC-biased gene conversion as a driver of between-lineage differences in avian base composition.

BACKGROUND: While effective population size (Ne) and life history traits such as generation time are known to impact substitution rates, their potential effects on base composition evolution are less well understood. GC content increases with decreasing body mass in mammals, consistent with recombination-associated GC biased gene conversion (gBGC) more strongly impacting these lineages. However, shifts in chromosomal architecture and recombination landscapes between species may complicate the interpretation of these results. In birds, interchromosomal rearrangements are rare and the recombination landscape is conserved, suggesting that this group is well suited to assess the impact of life history on base composition. RESULTS: Employing data from 45 newly and 3 previously sequenced avian genomes covering a broad range of taxa, we found that lineages with large populations and short generations exhibit higher GC content. The effect extends to both coding and non-coding sites, indicating that it is not due to selection on codon usage. Consistent with recombination driving base composition, GC content and heterogeneity were positively correlated with the rate of recombination. Moreover, we observed ongoing increases in GC in the majority of lineages. CONCLUSIONS: Our results provide evidence that gBGC may drive patterns of nucleotide composition in avian genomes and are consistent with more effective gBGC in large populations and a greater number of meioses per unit time; that is, a shorter generation time. Thus, in accord with theoretical predictions, base composition evolution is substantially modulated by species life history.

New insights into Hoogsteen base pairs in DNA duplexes from a structure-based survey.

Hoogsteen (HG) base pairs (bps) provide an alternative pairing geometry to Watson-Crick (WC) bps and can play unique functional roles in duplex DNA. Here, we use structural features unique to HG bps (syn purine base, HG hydrogen bonds and constricted C1'-C1' distance across the bp) to search for HG bps in X-ray structures of DNA duplexes in the Protein Data Bank. The survey identifies 106 A•T and 34 G•C HG bps in DNA duplexes, many of which are undocumented in the literature. It also uncovers HG-like bps with syn purines lacking HG hydrogen bonds or constricted C1'-C1' distances that are analogous to conformations that have been proposed to populate the WC-to-HG transition pathway. The survey reveals HG preferences similar to those observed for transient HG bps in solution by nuclear magnetic resonance, including stronger preferences for A•T versus G•C bps, TA versus GG steps, and also suggests enrichment at terminal ends with a preference for 5'-purine. HG bps induce small local perturbations in neighboring bps and, surprisingly, a small but significant degree of DNA bending (∼14°) directed toward the major groove. The survey provides insights into the preferences and structural consequences of HG bps in duplex DNA.

Comparison of the thermodynamics and base-pair dynamics of a full LNA:DNA duplex and of the isosequential DNA:DNA duplex

Locked nucleic acids (LNA), conformationally restricted nucleotide analogues, are known to enhance pairing stability and selectivity toward complementary strands. With the aim to contribute to a better understanding of the origin of these effects, the structure, thermal stability, hybridization thermodynamics, and base-pair dynamics of a full-LNA:DNA heteroduplex and of its isosequential DNA:DNA homoduplex were monitored and compared. CD measurements highlight differences in the duplex structures: the homoduplex and heteroduplex present B-type and A-type helical conformations, respectively. The pairing of the hybrid duplex is characterized, at all temperatures monitored (between 15 and 37 degrees C), by a larger stability constant but a less favorable enthalpic term. A major contribution to this thermodynamic profile emanates from the presence of a hairpin structure in the LNA single strand which contributes favorably to the entropy of interaction but leads to an enthalpy penalty upon duplex formation. The base-pair opening dynamics of both systems was monitored by NMR spectroscopy via imino protons exchange measurements. The measurements highlight that hybrid G-C base-pairs present a longer base-pair lifetime and higher stability than natural G-C base-pairs, but that an LNA substitution in an A-T base-pair does not have a favorable effect on the stability. The thermodynamic and dynamic data confirm a more favorable stacking of the bases in the hybrid duplex. This study emphasizes the complementarities between dynamic and thermodynamical studies for the elucidation of the relevant factors in binding events.

Fertilización nitrogenada en cultivos de invierno en base a nitrógeno disponible en suelo y condiciones climáticas pre - siembra (temperatura y precipitaciones)

El correcto manejo del N resulta muy importante en los cultivos de trigo y cebada. Esto se explica por la importancia que tiene este nutriente en el crecimiento de los cultivos, por la movilidad que presenta en el suelo, por la diversidad de factores (bióticos como abióticos) que lo afectan y por el peso económico que tiene el correcto uso de este nutriente. Por lo expresado hemos estudiado con datos de 164 chacras para diferentes años (1999-2000-2001-2002) el efecto de la Temperatura, Precipitación, Fecha de Siembra y Antecesores sobre la disponibilidad de N-NO3 - a la siembra de cultivos de invierno. Bajas precipitaciones durante los 40 días previos a la siembra, alta temperatura del período y fecha de siembra temprana se asociaron a los mayores niveles de N-NO3 - disponibles en el suelo a la siembra. En función de esta información, cuando las lluvias durante los 40 días previos a la siembra son menos de 20 mm y se logran siembras tempranas, es esperable que no haya déficit inicial de N para los cultivos. En siembras inmediatas a períodos de precipitaciones excesivas (135 mm) es esperable muy baja disponibilidad de N-NO3 -, por lo que, si no se dispone del valor de análisis, sería necesario corregir con la dosis máxima propuesta. Para las situaciones intermedias, la única herramienta válida sería el análisis de suelo correspondiente

Plan de marketing para la inserción de una bebida natural a base de yacón con piña, en el mercado de Lima, Perú

El consumo de productos naturales en el mundo es cada vez más creciente, y dentro de ello las bebidas funcionales que desde sus orígenes han tenido una performance relativamente satisfactoria. El yacón (Smallanthus sochifolius)es una planta perene, herbácea, que crece en toda la serranía peruana. Su demanda en el mercado exterior ha hecho que cada vez tenga mayor importancia. En el 2014 se exportó USD 2 899.398,00 en forma de polvo, jarabe, deshidratado; sin embargo su consumo en el mercado nacional es bajo, a pesar del gran potencial nutritivo que posee. El mercado de Lima moderna se presenta como un importante atractivo de mercado que podría consumir la bebida. Por ello el objetivo del presente trabajo es Realizar un Plan de Marketing para el mercado de Lima moderna a fin de evaluar la factibilidad de insertar una bebida nueva: yacón con piña, para fomentar el consumo interno de este producto. La metodología utilizada fue de carácter exploratorio, descriptivo cuantitativa y cualitativa mediante información primaria y secundaria que ayudó a su desarrollo. Dentro de la información primaria se utilizó como herramienta la encuesta y la información secundaria a través de informes y estudios que se hicieron para el sector de bebidas no alcohólicas. El sector de bebidas no alcohólicas en el Perú, muestra un importante crecimiento en lo referente a bebidas saludables. En el último año (2014) el crecimiento de este sector fue de 6 por ciento, motivados por la percepción del consumidor en los beneficios saludables de estas bebidas. La zona de Lima moderna acoge al 72,2 por ciento del nivel socio económico A y B, este segmento concentra el más alto promedio de ingresos. En el análisis de Porter, se describe a la empresa como una industria, el cual para este rubro las barreras de ingreso son altas por la inversión en activos físicos y la inversión en publicidad y promoción por ser un producto nuevo. A través del estudio realizado se encontró que existe demanda para este producto, el 31,1 por ciento de los encuestados compraría definitivamente, 25,5 por ciento una vez por semana y el 18,3 por ciento todos los días. La estrategia utilizada en el presente trabajo fue la diferenciación, por las características saludables de la bebida y única en el mercado. La bebida es un producto de introducción en el mercado, el precio fijado es alto porque se orienta a un segmento de mercado selectivo y además fijado en la imagen y calidad del producto. La distribución se realizará a través de los supermercados, minimarkets, hoteles categorizados. Y por último se concluye que la introducción de un producto novedoso, podría marcar estándares en el mercado de bebidas no alcohólicas y permitir la creación de una nueva categoría de productos Premium naturales y funcionales.

Caracterización y evaluación del germoplasma nativo de quínoa (Chenopodium quinoa Willd.) del Noroeste Argentino en base a atributos morfológicos y agronómicos

La información generada en la caracterización y evaluación de las colecciones de germoplasma permite conocer el tipo de material genético que se conserva en el banco. Esta tesis aborda la caracterización morfológica, la evaluación fenológica y los patrones de interacción genotipo × ambiente (G × A) para rendimiento en grano, sus determinantes fisiológicos y componentes numéricos de un conjunto de poblaciones del germoplasma nativo de quínoa (Chenopodium quinoa Willd.) del Noroeste Argentino, combinando localidades y años en tres ecorregiones de cultivo. Los resultados mostraron que el germoplasma es altamente diverso a nivel fenotípico, reflejando variación en el ambiente de origen. Se observó amplia variación en el tiempo a floración entre poblaciones y ambientes evaluados y el patrón de respuesta fue coherente con una adaptación fotoperiódica cuantitativa a días cortos. Los efectos del fotoperíodo fueron más importantes en las poblaciones cultivadas a menor altitud, mientras que la temperatura lo fue para las poblaciones cultivadas a mayor altitud. Por otro lado, de acuerdo al tamaño y naturaleza de las interacciones G x A, se necesita de estrategias de mejoramiento y evaluación estructuradas para acomodar sus efectos, ya sea evitándolas o explotándolas. El análisis de agrupamiento sobre la matriz estandarizada de rendimiento reveló cuatro grupos genotípicos con diferentes patrones de respuesta a través de dos grupos ambientales (altiplano vs. valles interandinos), siendo esta clasificación congruente con la basada en atributos morfo-fenológicos. Los determinantes fisiológicos y componentes numéricos influyeron sobre las respuestas genotípicas para rendimiento en los dos mega-ambientes. Los resultados indican que el desempeño promedio de las poblaciones para tiempo a floración tuvo una influencia determinante sobre la biomasa aérea y el número de granos, y ambos a su vez sobre el rendimiento. Por lo tanto, esta tesis destaca el rol de la fenología en la adaptación genotípica de quínoa a las diferentes condiciones agroecológicas del NOA

Estudio del funcionamiento y la estructura espacial de los paisajes urbano - rurales argentinos como base para la generación de pautas de ordenamiento territorial sustentable

El paisaje urbano-rural argentino ha sido sometido a profundos cambios en los últimos años. Entre ellos, la despoblación progresiva de la fase rural como fuente de aumento de la población en la fase urbana y la expansión e intensificación de la agricultura en relación al mercado global han sido los más importantes. Estos cambios modifican los flujos de energía, materia y/o información que vinculan las fases urbana y rural. La posibilidad de lograr un uso sustentable de recursos en un paisaje urbano-rural está asociada al grado de acoplamiento entre las fases, tanto para satisfacer al consumo como para absorber los desechos generados. Sin embargo, esta interrelación entre la demanda de las ciudades sobre la oferta de los ecosistemas que los contienen ha sido poco estudiada. En esta tesis se describen y cuantifican las interacciones, en términos de intercambio de materia y energía, entre una serie de ciudades argentinas de tamaño medio (25 a 41 mil habitante) y sus ecosistemas circundantes. La caracterización del funcionamiento del paisaje se realizó a través de las metodologías de Huella Ecológica y Análisis de Flujos de Materia y Energía. En segunda instancia, la caracterización de la estructura espacial se realizó a través de metodologías geoestadísticas y mediante una modificación de la Huella Ecológica, la cual incorpora la heterogeneidad del paisaje. Los resultados muestran que, en términos funcionales, los paisajes urbanorurales, aunque contrastantes, presentaron características similares: alto consumo energético y gran capacidad de producir bienes agrícolas y/o ganaderos, los cuales son exportados en su mayoría, satisfaciendo también gran parte del consumo local. Sin embargo, todos los paisajes resultaron fuertemente dependientes de sistemas externos, tanto para ubicar su producción como para suplir la demanda energética. A su vez, el consumo de energía muestra un nivel de impacto alto en términos de emisiones de carbono, mostrando un déficit en la capacidad de mitigar estas emisiones a escala de paisaje. El proceso de agriculturización ha generado una homogeneización de los distintos paisajes urbano-rurales, afectando distintos aspectos de los ecosistemas, que generalmente no son considerados en los an⭩sis de la sustentabilidad regionales. Generar cambios en el territorio que permitan aumentar el nivel de vinculación entre las fases urbana y rural así como establecer estrategias para la mitigación de emisiones de carbono puede mejorar considerablemente el nivel de sustentabilidad de los paisajes urbano-rurales

Estudio del funcionamiento y la estructura espacial de los paisajes urbano - rurales argentinos como base para la generación de pautas de ordenamiento territorial sustentable

El paisaje urbano-rural argentino ha sido sometido a profundos cambios en los últimos años. Entre ellos, la despoblación progresiva de la fase rural como fuente de aumento de la población en la fase urbana y la expansión e intensificación de la agricultura en relación al mercado global han sido los más importantes. Estos cambios modifican los flujos de energía, materia y/o información que vinculan las fases urbana y rural. La posibilidad de lograr un uso sustentable de recursos en un paisaje urbano-rural está asociada al grado de acoplamiento entre las fases, tanto para satisfacer al consumo como para absorber los desechos generados. Sin embargo, esta interrelación entre la demanda de las ciudades sobre la oferta de los ecosistemas que los contienen ha sido poco estudiada. En esta tesis se describen y cuantifican las interacciones, en términos de intercambio de materia y energía, entre una serie de ciudades argentinas de tamaño medio (25 a 41 mil habitante) y sus ecosistemas circundantes. La caracterización del funcionamiento del paisaje se realizó a través de las metodologías de Huella Ecológica y Análisis de Flujos de Materia y Energía. En segunda instancia, la caracterización de la estructura espacial se realizó a través de metodologías geoestadísticas y mediante una modificación de la Huella Ecológica, la cual incorpora la heterogeneidad del paisaje. Los resultados muestran que, en términos funcionales, los paisajes urbanorurales, aunque contrastantes, presentaron características similares: alto consumo energético y gran capacidad de producir bienes agrícolas y/o ganaderos, los cuales son exportados en su mayoría, satisfaciendo también gran parte del consumo local. Sin embargo, todos los paisajes resultaron fuertemente dependientes de sistemas externos, tanto para ubicar su producción como para suplir la demanda energética. A su vez, el consumo de energía muestra un nivel de impacto alto en términos de emisiones de carbono, mostrando un déficit en la capacidad de mitigar estas emisiones a escala de paisaje. El proceso de agriculturización ha generado una homogeneización de los distintos paisajes urbano-rurales, afectando distintos aspectos de los ecosistemas, que generalmente no son considerados en los an⭩sis de la sustentabilidad regionales. Generar cambios en el territorio que permitan aumentar el nivel de vinculación entre las fases urbana y rural así como establecer estrategias para la mitigación de emisiones de carbono puede mejorar considerablemente el nivel de sustentabilidad de los paisajes urbano-rurales

Dinámica de los hidratos de carbono no estructurales de reserva en la base de los tallos y en las raíces de Piptochaetium napostaense (Speg.) Hack, y Stipa tenuis Phil

p.1-7

Maintenance of a case-base for the retrieval of rotationally symmetric shapes for the design of metal castings

In this paper, we discuss the problem of maintenance of a CBR system for retrieval of rotationally symmetric shapes. The special feature of this system is that similarity is derived primarily from graph matching algorithms. The special problem of such a system is that it does not operate on search indices that may be derived from single cases and then used for visualisation and principle component analyses. Rather, the system is built on a similarity metric defined directly over pairs of cases. The problems of efficiency, consistency, redundancy, completeness and correctness are discussed for such a system. Performance measures for the CBR system are given, and the results for trials of the system are presented. The competence of the current case-base is discussed, with reference to a representation of cases as points in an n-dimensional feature space, and a Gramian visualisation. A refinement of the case base is performed as a result of the competence analysis and the performance of the case-base before and after refinement is compared.

Intelligent design assistant (IDA): a case base reasoning system for material and design

This paper describes the approach to the modelling of experiential knowledge in an industrial application of Case-Based Reasoning (CBR). The CBR involves retrieval techniques in conjunction with a relational database. The database is especially designed as a repository of experiential knowledge, and includes qualitative search indices. The system is intended to help design engineers and material engineers in the submarine cable industry. It consists of three parts: a materials database; a database of experiential knowledge; and a CBR system used to retrieve similar past designs based upon component and material qualitative descriptions. The system is currently undergoing user testing at the Alcatel Submarine Networks site in Greenwich.

Case base adaptation using solution-space metrics

In this paper we propose a generalisation of the k-nearest neighbour (k-NN) retrieval method based on an error function using distance metrics in the solution and problem space. It is an interpolative method which is proposed to be effective for sparse case bases. The method applies equally to nominal, continuous and mixed domains, and does not depend upon an embedding n-dimensional space. In continuous Euclidean problem domains, the method is shown to be a generalisation of the Shepard's Interpolation method. We term the retrieval algorithm the Generalised Shepard Nearest Neighbour (GSNN) method. A novel aspect of GSNN is that it provides a general method for interpolation over nominal solution domains. The performance of the retrieval method is examined with reference to the Iris classification problem,and to a simulated sparse nominal value test problem. The introducion of a solution-space metric is shown to out-perform conventional nearest neighbours methods on sparse case bases.

Case base reduction using solution-space metrics

In this paper we propose a case base reduction technique which uses a metric defined on the solution space. The technique utilises the Generalised Shepard Nearest Neighbour (GSNN) algorithm to estimate nominal or real valued solutions in case bases with solution space metrics. An overview of GSNN and a generalised reduction technique, which subsumes some existing decremental methods, such as the Shrink algorithm, are presented. The reduction technique is given for case bases in terms of a measure of the importance of each case to the predictive power of the case base. A trial test is performed on two case bases of different kinds, with several metrics proposed in the solution space. The tests show that GSNN can out-perform standard nearest neighbour methods on this set. Further test results show that a caseremoval order proposed based on a GSNN error function can produce a sparse case base with good predictive power.

Central nervous system drugs: Low temperature X-ray structures of (I) the base 5-(2,3-dichlorophenyl)-2,4-diamino-6-fluoromethyl-pyrimidine (4030W92) and (II) 5-(2,6-dichlorophenyl)-1-H-2,4-diamino-6-methyl-pyrimidine methanesulphonic acid salt (227C89)

The X-ray crystal structures of (I), the base 4030W92, 5-(2,3-dichlorophenyl)-2,4-diamino-6-fluoromethyl-pyrimidine, C11H9Cl2FN4, and (II) 227C89, the methanesulphonic acid salt of 5-(2,6-dichlorophenyl)-1-H-2,4-diamino-6-methyl-pyrimidine, C11H11Cl2N4 center dot CH3O3S, have been carried out at low temperature. A detailed comparison of the two structures is given. Structure (I) is non-centrosymmetric, crystallizing in space group P2(1) with unit cell a = 10.821(3), b = 8.290(3), c = 13.819(4) angstrom, beta = 105.980(6)degrees, V = 1191.8(6) angstrom(3), Z = 4 (two molecules per asymmetric unit) and density (calculated) = 1.600 mg/m(3). Structure (II) crystallizes in the triclinic space group P (1) over bar with unit cell a = 7.686(2), b = 8.233(2), c = 12.234(2) angstrom, alpha = 78.379(4), beta = 87.195(4), gamma = 86.811(4)degrees, V = 756.6(2) angstrom(3), Z = 2, density (calculated) = 1.603 mg/m(3). Final R indices [I > 2sigma(I)] are R1 = 0.0572, wR2 = 0.1003 for (I) and R1 = 0.0558, wR2 = 0.0982 for (II). R indices (all data) are R1 = 0.0983, wR2 = 0.1116 for (I) and R1 = 0.1009, wR2 = 0.1117 for (II). 5- Phenyl-2,4 diaminopyrimidine and 6-phenyl-1,2,4 triazine derivatives, which include lamotrigine (3,5-diamino-6-(2,3-dichlorophenyl)-1,2,4-triazine), have been investigated for some time for their effects on the central nervous system. The three dimensional structures reported here form part of a newly developed data base for the detailed investigation of members of this structural series and their biological activities.