Coevolution of restriction factors and retroviruses

Les virus exploitent la machinerie cellulaire de l'hôte pour se répliquer. Ils doivent s'adapter pour infecter la cellule hôte de manière optimale tout en échappant à la vigilance du système de défense de l'hôte. Ainsi l'hôte et les virus se livrent à de constantes batailles évolutives. Mon travail de thèse a porté sur l'étude des signatures évolutives de facteurs de l'hôte agissant comme des 'facteurs de restriction' en bloquant la réplication rétrovirale chez les primates. Plus spécifiquement, mon travail a visé à utiliser des données évolutives pour renseigner les analyses fonctionnelles et la biologie. Nous avons étudié le facteur anti-VIH-1 nommé TRIM5a (i) chez les prosimiens pour mieux comprendre son rôle dans le contrôle d'un lentivirus endogène, (ii) dans son activité contre d'autres anciennes infections représentées par des rétrovirus endogènes humains et (iii) en tant que protéine capable de générer des mutants de la capside. Premièrement nous nous sommes intéressés à TRIM5a chez deux espèces de lémuriens dont Microcebus murinus qui porte le lentivirus endogène PSIV dans son génome depuis plusieurs millions d'années,. Nous avons observé que TRIM5a chez M. murinus a un spectre d'activité antivirale réduit à l'opposé de TRIM5a chez le Lemur catta - non porteur du PSIV endogène - qui bloque une large variété de rétrovirus dont le PSIV. De ce fait TRIM5a aurait pu contribuer à protéger certaines espèces de lémuriens vis-à-vis d'anciennes infections par le PSIV. A l'inverse du PSIV, des virus dérivés des rétrovirus endogènes humains HERV-K and HERV-H se sont révélés largement résistants à l'inhibition par TRIM5a. Ces données illustrent une absence de protection par TRIM5a face à d'autres anciennes infections rétrovirales. Puis, pour évaluer l'impact de la protéine TRIM5a humaine sur le VIH-1, nous avons testé l'effet de mutations des résidues sous sélection positive dans la capside du VIH-1 sur l'inhibition par TRIM5a. Nos résultats montrent que TRIM5a ne jouerait pas un rôle significatif dans l'évolution de la capside du VIH-1. Enfin notre travail a porté sur le facteur anti-VIH-1 SAMHD1 récemment découvert, que nous avons séquencé chez 25 espèces de primates. L'analyse évolutive des sites sous sélection positive et des expériences fonctionnelles ont permis d'identifier le domaine de SAMHD1 interagissant avec la protéine lentivirale Vpx. De même que d'autres protéines virales contrecarrent les facteurs de restriction en les menant à la dégradation, nous avons observé que Vpx induit la dégradation de SAMHD1 de manière spécifique à l'espèce. Ces découvertes contribuent à comprendre comment les facteurs de restriction et les virus co-évoluent pour se neutraliser l'un l'autre. - Viruses hijack the host cellular machinery to replicate. They adapt to infect optimally host cells while escaping host defense systems. Viruses and the host coevolve in an evolutionary struggle. My thesis work has been devoted to study the evolutionary signatures of host factors acting as restriction factors that block retroviral replication in primates. Specifically, my work aimed at using evolutionary data to inform functional analyses and biology. We studied the anti-HIV-1 factor TRIM5a (i) in prosimians to better understand its possible role in the control of an endogenous lentivirus, (ii) in its activity against other ancient infections - as represented by HERVs, and (iii) as a protein capable of generating escape mutants in the viral capsid. First, my work focused on two lemur species, one of which was the gray mouse lemur that carries the endogenous lentivirus PSIV integrated in its genome for several million years. TRIM5a from gray mouse lemur exhibited a limited antiviral spectrum as opposed to TRIM5a from ring-tailed lemur - not a host of PSIV - that is able to block diverse retroviruses notably PSIV. These results support the possible contribution of TRIM5a in protecting lemur species from ancient infection by PSIV. In contrast, chimeric viruses derived from two human endogenous retroviruses were broadly resistant to TRIM5a-mediated restriction, suggesting TRIM5a lack of activity against other types of ancient infections. To evaluate the recent impact of human TRIM5a on HIV-1 evolution, we tested whether variants at positively selected sites in the HIV-1 capsid affected the ability of human TRIM5a alleles to restrict HIV-1. Our results indicate that TRIM5a does not play a significant role in the evolution of HIV1 capsid. At last, our work concentrated on the newly discovered anti-HIV-1 restriction factor SAMHD1. We determined its coding sequence in a panel of 25 species of primates. Evolutionary analyses of positively selected sites in SAMHD1 domains and functional assays identified the domain of SAMHD1 interacting with the lentiviral protein Vpx. Similar to other viral countermeasures targeting cellular restriction factors, Vpx was responsible of the degradation of SAMHD1 orthologs in a species-specific manner. These findings contributed to understanding how restriction factors and viruses evolve to counteract each other.

Influence de deux milieux séquentiels pour la culture d'embryons sur la production d'hormone gonadotrophine chorionique et de progestérone par des cellules JEG-3 et BeWo [Effects of different embryo development media on hCG and progesterone release by JEG-3 and BeWo cells]

Current in vitro fertilisation (IVF) practice requires synchronisation between the¦environment of cultured oocytes and embryos and the surroundings to what they would have¦been exposed to in vivo. Commercial, sequential media follow this requirement but their exact¦composition is not available. We have compared two widely used IVF culture media systems using¦the two choriocarcinoma cell lines JEG-3 and BeWo. The two hormones hCG and progesterone¦were determined in the culture supernatants as endpoints. In both cell lines, but in a more¦pronounced way in JEG-3, progesterone rather than hCG production was stimulated, and a¦higher hormone release was observed in the fertilisation than in the cleavage media. Differences¦between manufacturers were small and did not favour one system over the other. We conclude¦that both sequential media systems can be equally well used in current IVF laboratory practice.¦© 2012 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.

Influence de l'anhydrobiose sur l'infestation de Biomphalaria glabrata par un miracidium de Schistosoma mansoni

Sur 410 B. glabrata infestées par 1 miracidium de S. mansoni, 300 ont été placées dans des boîtes aérées, sur de la terre humide, et soumises à 6 semaines de dessiccation progressive. Au terme de l'expérience, il y avait 71 survivantes (23.66%), dont 9 positives. Les 110 autres planorbes ont cosntitué le lot témein, avec 106 survivantes (96.36%) à la première semaine d'apparition des cercaires. L'étude hebdomadaire des émissions cercariennes a montré des variations périodiques pour les deux sexes, une plus grande production de certaines femelles chez les témoins, mais une production de cercaires mâles ou femelles semblable chez les mollusques ayant subi l'anhydrobiose. Le faible nombre de ces dernies n'a pas permis une étude comparée significative de la survie des porteurs de formes larvaires mâles et femelles. La durée du développement du parasite chez son hôte ne semble pas modifiée si l'on tient compte de la phase d'estivation.

Intoxication par les champignons [Mushroom poisoning].

Mushroom poisoning is a regular complaint for consultation in emergency facilities. These situations are usually benign and symptomatic treatment is sufficient. However, severe damage can occur, potentially life-threatening. We review the various syndromes associated with the toxins involved, their management and the major signs that are suggestive of serious injury and requiring hospitalization.

Le professorat universitaire: une sélection genrée marquée par des critères d'excellence

Comme d'autres institutions académiques européennes, les universités suisses connaissent des changements importants et « l'excellence académique » est devenu un critère central lors de la sélection des dossiers pour les postes de rang professoral. Dans cet article, nous analyserons les critères d'excellence tels qu'ils apparaissent dans le programme Professeur.e.s boursiers.ières du FNS et les confronterons aux résultats d'une recherche sur les trajectoires de la relève académique que nous avons menée à l'Université de Lausanne. Nous montrerons comment la définition de l'excellence académique obéit à des logiques genrées qui rendent l'accession à un poste professoral plus difficile pour les femmes que pour les hommes. Nous verrons pourquoi les critères d'évaluation des sciences dures, qui sont peu à peu transférés vers les sciences humaines, renforcent les mécanismes d'exclusions des femmes des mondes académiques.

Distribuição temporal de perfis eletrofocéticos de Acido nucleico de rotavírus em fezes de crianças em Belém, Pará

Amostras de rotavírus provenientes de crianças habitantes na periferia de Belém, Pará, foram analisadas por eletroforese em gel de policrilamida (PAGE). As bandas correspondentes aos 11 segmentos de ARN foram detectadas em 46 (76,7%) das 60 amostras de rotavírus. Das amostras classificadas 5 (109%) foram relativas ao subgrupo I, 41 (89,1%) ao subgrupo II e, em 23,3%) não foi possível classificação face a ausência das bandas 10 e 11. As amostras de rotavírus sub-grupo II e codificadas como "1N2L" foram as mais freqüentes, ocorrendo em 30 (65,2%) das 46 classificadas.

Criptosporidiose em crianças de 1 a 2 anos de idade, com diarréia aguda em Belém, Pará, Brasil

Num período de 12 meses, 201 espécimes fecais de 61 crianças foram examiandos com vista a detecção de Cryptosporidium. Cento e quinze espécimes foram obtidos durante os episódios diarréicos e 86 de crianças sem diarréia (grupo controle). Todos os espécimes fecais foram examinados pelo método de coloração de Ziehl-Neelsen modificado. Cryptosporidum foi identificado em seis (5,2%) das 115 amostras das crianças com diarréia. Em nenhum dos controles foi obtida a presença desse parasito. O presente estudo sugere que o Cryptosporidium é um agente causal de diarréia auto-limitada em crianças imunocompetentes em Belém, Pará.

Résistance a la dessiccation de Biomphalaria glabrata adultes infestés par plusieurs miracidiums de Schistosoma mansoni

Les auteurs ont soumis à 6 semaines d'anhydrobiose 1200 Biomphalaria adultes, saines, ou parasitées par 8 ± 2 miracidiums de Schistosoma mansoni depois 3 ou 12 jours, ou émettant des cercaires. Les planorbes étaient placées individuellement sur, ou dans de la terre humide, dans des boîtes closes ou aérées. La survie a été nulle chez les planorbes saines, infestées, ou déjà positives, placées dans les boîtes closes. Chez les mollusques placés dans les boîtes aérées, elle a été de 44% chez les témoins sains, et de 40,6% pour l'emsemble des infestées depuis 3 et 12 jours, avec chez ces derniers une meilleure survie lorsqu'ils étaient en surface. N n'est pas apparu de différence entre les infestations de 3 jours et de 12 jours. La mortalité et la production cercarienne sont infériéures à celles de planorbes infestées et gardées en eau. L'analyse des émissions montre une production des cercaires mâles siginificativement inférieure à celle des cercaires femelles ou mâles et femelles. Chez toutes les B. glabrata positives, les auteurs ont observé des variations périodiques dans la production des cercaires, quel que soit le sexe de celles-ci. De plus, chez les mollusques préalablement soumis à dessiccation, il existe de nombreus arrêts ou pauses dans l'émission des larves.

Prise en charge par le praticien des infections après transplantation d'organes solides [Management of infection after organ transplantation by the primary care physician]

The primary care physician is frequently consulted in first line for infectious complications in organ transplant recipients. Many infections without signs of severity can nowadays be managed on an outpatient basis. However, a number of clinical situations specific to transplant recipients may require special attention and knowledge. In particular, the general practitioner must be aware of the potential interactions between immunosuppressive and antimicrobial therapies, the risk of renal dysfunction as a consequence of diarrhea or urinary tract infection, and the diagnostic of CMV disease as a cause of fever without obvious source occurring several months after transplantation. Collaboration with the transplantation specialists is recommended in order to assure an optimal management of these patients.

Espécie nova de Mytilopsis Conrad, 1857, do rio Tocantins, Tucuruí, Pará, Brasil: (Mollusca, Bivalvia, Dreissenidae)

A new species of Mytilopsis, mollusk bivalvi from Brazilian Amazon Region (Tocantins, Pará) is described. It is different from the American other species due small dimensions and height/width relation.