Molecular genetics of ocular diseases

The eye is a complex organ, which provides one of our most important senses, sight. The retina is the neuronal component of the eye and represents the connection with the central nervous system for the transmission of the information that leads to image processing. Retinitis pigmentosa (RP) is one of the most common forms of inherited retinal degeneration, in which the primary death of rods, resulting in night blindness, is always followed by the loss of cones, which leads to legal blindness. Clinical and genetic heterogeneity in retinitis pigmentosa is not only due to different mutations in different genes, but also to different effects of the same mutation in different individuals, sometimes even within the same family. My thesis work has been mainly focused on an autosomal dominant form of RP linked to mutations in the PRPF31 gene, which often shows reduced penetrance. Our study has led to the identification of the major regulator of the penetrance of PRPF31 mutations, the CNOT3 protein, and to the characterization of its mechanism of action. Following the same rationale of investigating molecular mechanisms that are responsible for clinical and genetic heterogeneity of retinitis pigmentosa, we studied a recessive form of the disease associated with mutations in the recently-identified gene FAMI61 A, where mutations in the same gene give rise to variable clinical manifestations. Our data have increased the knowledge of the relationship between genotype and phenotype in this form of the disease. Whole genome sequencing technique was also tested as a strategy for disease gene identification in unrelated patients with recessive retinitis pigmentosa and proved to be effective in identifying disease-causing variants that might have otherwise failed to be detected with other screening methods. Finally, for the first time we reported a choroidal tumor among the clinical manifestations of PTEN hamartoma tumor syndrome, a genetic disorder caused by germline mutations of the tumor suppressor gene PTEN. Our study has highlighted the heterogeneity of this choroidal tumor, showing that genetic and/or epigenetic alterations in different genes may contribute to the tumor development and growth. - L'oeil est un organe complexe, à l'origine d'un de nos sens les plus importants, la vue. La rétine est la composante neuronale de l'oeil qui constitue la connexion avec le système nerveux central pour la transmission de l'information et qui conduit à la formation des images. La rétinite pigmentaire (RP) est une des formes les plus courantes de dégénérescence rétinienne héréditaire, dans laquelle la mort primaire de bâtonnets, entraînant la cécité nocturne, est toujours suivie par la perte de cônes qui conduit à la cécité complète. L'hétérogénéité clinique et génétique dans la rétinite pigmentaire n'est pas seulement due aux différentes mutations dans des gènes différents, mais aussi à des effets différents de la même mutation chez des individus différents, parfois même dans la même famille. Mon travail de thèse s'est principalement axé sur une forme autosomique dominante de RP liée à des mutations dans le gène PRPF31, associées souvent à une pénétrance réduite, me conduisant à l'identification et à la caractérisation du mécanisme d'action du régulateur principal de la pénétrance des mutations: la protéine CNOT3. Dans la même logique d'étude des mécanismes moléculaires responsables de l'hétérogénéité clinique et génétique de la RP, nous avons étudié une forme récessive de la maladie associée à des mutations dans le gène récemment identifié FAMI61 A, dont les mutations dans le même gène donnent lieu à des manifestations cliniques différentes. Nos données ont ainsi accru la connaissance de la relation entre le génotype et le phénotype dans cette forme de maladie. La technique de séquençage du génome entier a été ensuite testée en tant que stratégie pour l'identification du gène de la maladie chez les patients atteints de RP récessive. Cette approche a montré son efficacité dans l'identification de variantes pathologiques qui n'auraient pu être détectées avec d'autres méthodes de dépistage. Enfin, pour la première fois, nous avons identifié une tumeur choroïdienne parmi les manifestations cliniques du PTEN hamartoma tumor syndrome, une maladie génétique causée par des mutations germinales du gène suppresseur de tumeur PTEN. Notre étude a mis en évidence l'hétérogénéité de cette tumeur choroïdienne, montrant que les altérations génétiques et/ou épigénétiques dans les différents gènes peuvent contribuer au développement et à la croissance tumorale.

Carrière sportive et socialisation secondaire en cyclisme sur route : les cas de la Belgique, la France et la Suisse. Rapport de fin de recherche financé par l'Agence Mondiale Antidopage

Le projet s'intéresse aux socialisations des jeunes cyclistes sur route dans la phase de la carrière où ils deviennent des espoirs nationaux. Pour certains, cela correspond au passage d'une structure sportive amateur de haut niveau vers une équipe professionnelle. Cette phase semble constituer un moment clé de la consommation de produits dopants. Ces espoirs sont exposés à un nouvel environnement et une nouvelle logique professionnelle s'impose à eux, avec ses espoirs de carrière et de profits et ses risques. Ils sont confrontés à de nouveaux groupes sociaux avec lesquels s'établit un système d'interactions. Avec le temps, ces groupes vont notamment inculquer aux jeunes coureurs de nouvelles normes en matière de santé, de fatigue, d'expériences, d'éthique et d'entraînement.Il s'agit plus particulièrement d'observer les modes de socialisation des jeunes espoirs du cyclisme pour comprendre comment s'immiscent les pratiques de dopage dans les biographies des sportifs. Dans une optique de prévention, ce travail se propose d'étudier les effets de la socialisation. Comme le souligne H. Becker (1985), la déviance est le fruit d'un acte collectif. Il s'agit alors de comprendre comment, au contact de divers groupes encadrants (pairs, entraîneurs, dirigeants, médecins), les savoir-faire mais aussi les normes, les valeurs se construisent au cours de la phase de socialisation professionnelle. Il est important de comprendre les effets des interactions entre ces groupes et le jeune espoir. Cette socialisation semble correspondre à l'inculcation d'une culture cycliste qu'il s'agira de décrire en prenant en compte deux formes de transmission des normes : une explicite, à certains moments de la journée, où sont abordées les techniques de course, les tactiques, les modes d'entraînement et une implicite, pendant laquelle sont diffusées des valeurs qui conduisent le sportif à faire le choix du dopage. Dans le cas du dopage, nous nous intéresserons notamment aux normes de santé, d'éthique, aux conceptions de la pratique sportive en adéquation avec le suivi médical pendant la phase amateur puis néo-professionnelle. La formation, ou transformation, de ces représentations sera appréhendée à travers les interactions entre coureurs et encadrement lors des différents moments de leur quotidien. Il s'agira également d'étudier le cadre social de ces interactions. A partir des récits de vie collectés, nous essayerons de déterminer les moments où les choix s'opèrent et nous y analyserons les conduites.L'acquisition des représentations associées au dopage est le produit du double mouvement de l'action sociale des individus et des effets des structures organisationnelles et institutionnelles. En conséquence, nous nous intéresserons également à l'influence des différents dispositifs tels que la famille, l'école, le club, la structure médicale, la fédération nationale, sur les représentations des coureurs.Cette étude reposera sur une analyse comparée des cyclistes belges, français et suisses. Les carrières seront analysées à partir d'entretiens semi-directifs (75) auprès de (1) jeunes athlètes (18-23 ans) qui vivent les phases de professionnalisation, (2) d'anciens cyclistes ayant vécu les normes de socialisation du milieu et (3) des acteurs clefs de l'organisation des différents dispositifs (entraîneurs, dirigeants, médecins). Notre démarche méthodologique s'adosse à celles déjà expérimentées dans des travaux antérieurs (notamment, Brissonneau, 2003).

[Illustrations de L'Art de raffiner le sucre] / Ludovic Simonneau, grav. ; Henri-Louis Duhamel du Monceau, aut. du texte

Comprend : [pl.I en reg. p.78 : moulin à sucre de canne employé en Amérique.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.II en reg. p.78 : cellier où l'on stocke les barils de sucre brut. Raffinage du sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.III en reg. p.78 : la halle aux chaudières. Raffinage du sucre. Planche gravée d'après un dessin de M. Desfriches.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.IV en reg. p.78 : la halle aux chaudières. Raffinage du sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.V en reg. p.78 : comment sont montée les chaudières pour le raffinage du sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.VI en reg. p.78 : diverses formes pour monter les pains de sucre. Raffinage du sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.VII en reg. p.78 : comment travailler au traitement et au raffinage du sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.VIII en reg. p.78 : un grenier dit aux pièces. Raffinage et stockage du sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.IX en reg. p.78 : préparation des pins de sucre avant de le mettre à l'étuve. Manière de les mettre en papier et en corde. La mise en tonne. Le travail des écumes.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218] ; [pl.X en reg. p.78 : détail d'une étuve à sucre.] [Cote : V 3992/Microfilm R 122 218]

Le Mariale lyonnais du manuscrit de Paris, BNF, fr. 818 (XIIIe siècle) : étude linguistique, commentaire historique et édition des miracles inédits avec traduction et glossaire

Le manuscrit de Paris, BNF, fr. 818 renferme dans sa première partie (fol. 1-154) l'une des plus amples collections de miracles de Notre-Dame en langue vulgaire du xiiie siècle. Composée vers 1220 dans la région de Lyon, cette compilation anonyme compte parmi les rares textes littéraires produits au Moyen Âge dans l'espace francoprovençal, domaine géographiquement intermédiaire entre le domaine d'oïl et le domaine d'oc (et englobant notam- ment la plus grande partie de la Suisse romande), mais présentant des caracté- ristiques linguistiques qui lui sont propres. Malgré son grand intérêt linguistique et thématique, la collection de miracles du ms. fr. 818 demeure à ce jour partiellement inédite et n'a fait l'objet que d'études fragmentaires. Nous nous proposons donc d'apporter une contribution aux études francoprovençales en complétant l'édition de ce « Mariale en langue vulgaire » (selon l'expression de P. Meyer) et en ana- lysant la scripta très hétérogène de ce recueil, qui se présente comme un savant mélange de formes françaises et de formes lyonnaises. Grâce à l'exa- men systématique de tous les aspects remarquables de la langue du Mariale (phonétique, morphologie, lexique), nous souhaitons porter à la connais- sance des romanistes les riches matériaux francoprovençaux offerts par ce recueil, matériaux qui demeurent en partie méconnus et se trouvent parfois répertoriés dans les dictionnaires sous la fausse étiquette « française ».

Stratigraphie, morphodynamique, paléoenvironnements des terrains sédimentaires meubles à forte déclivité du domaine périglaciaire alpin

Dans le contexte d'un climat de plus en plus chaud, une étude « géosystémique » de la répartition du pergélisol dans l'ensemble d'un versant périglaciaire alpin, de la paroi rocheuse jusqu'au glacier rocheux, s'avère primordiale. S'insérant dans cette problématique, ce travail de thèse vise comme objectif général l'étude des versants d'éboulis situés à l'intérieur de la ceinture du pergélisol discontinu selon deux volets de recherche différents : une étude de la stratigraphie et de la répartition du pergélisol dans les éboulis de haute altitude et des processus qui lui sont associés ; une reconstitution de l'histoire paléoenvironnementale du domaine périglaciaire alpin pendant le Tardiglaciaire et l'Holocène. La stratigraphie et la répartition spatiale du pergélisol a été étudiée dans cinq éboulis des Alpes Valaisannes (Suisse), dont trois ont fait l'objet de forages profonds, grâce à la prospection géophysique de détail effectuée à l'aide de méthodes thermiques, de résistivité, sismiques et nucléaires. Les mesures effectuées ont permis de mettre en évidence que, dans les cinq éboulis étudiés, la répartition du pergélisol est discontinue et aucun des versants n'est intégralement occupé par du pergélisol. En particulier, il a été possible de prouver de manière directe que, dans un éboulis, le pergélisol est présent dans les parties inférieures du versant et absent dans les parties supérieures. Trois facteurs de contrôle principaux de la répartition du pergélisol déterminée au sein des éboulis étudiés ont été individualisés, pouvant agir seuls ou de manière combinée : la ventilation ascendante, l'augmentation de la granulométrie en direction de l'aval et la redistribution de la neige par le vent et les avalanches. Parmi ceux-ci, la relation ventilation - granulométrie semble être le facteur de contrôle principal permettant d'expliquer la présence de pergélisol dans les parties inférieures d'un éboulis et son absence dans les parties supérieures. Enfin, l'analyse de la structure des éboulis périglaciaires de haute altitude a permis de montrer que la stratigraphie du pergélisol peut être un élément important pour l'interprétation de la signification paléoclimatique de ce type de formes. Pour le deuxième volet de la recherche, grâce aux datations relatives effectuées à l'aide de l'utilisation conjointe de la méthode paléogéographique et du marteau de Schmidt, il a été possible de définir la chrono - stratigraphie du retrait glaciaire et du développement des glaciers rocheux et des versants d'éboulis d es quatre régions des Alpes suisses étudiées (régions du Mont Gelé - Mont Fort, des Fontanesses et de Chamosentse , dans les Alpes Valaisannes, et Massif de la Cima di Gana Bianca , dans les Alpes Tessinoises). La compilation de toutes les datations effectuées a permis de montrer que la plupart des glaciers rocheux actifs étudiés se seraient développés soit juste avant et/ou pendant l'Optimum Climatique Holocène de 9.5 - 6.3 ka cal BP, soit au plus tard juste après cet évènement climatique majeur du dernier interglaciaire. Parmi les glaciers rocheux fossiles datés, la plupart aurait commencé à se former dans la deuxième moitié du Tardiglaciaire et se serait inactivé dans la première partie de l'Optimum Climatique Holocène. Pour les éboulis étudiés, les datations effectuées ont permis d'observer que leur surface date de la période entre le Boréal et l'Atlantique récent, indiquant que les taux d'éboulisation après la fin de l'Optimum Climatique Holocène ont dû être faibles, et que l'intervalle entre l'âge maximal et l'âge minimal est dans la plupart des cas relativement court (4 - 6 millénaires), indiquant que les taux d'éboulisation durant la période de formation des éboulis ont dû être importants. Grâce au calcul des taux d'érosion des parois rocheuses sur la base du volume de matériaux rocheux pour quatre des éboulis étudiés, il a été possible mettre en évidence l'existence d'une « éboulisation parapériglaciaire » liée à la dégradation du pergélisol dans les parois rocheuses, fonctionnant principalement durant les périodes de réchauffement climatique rapide comme cela a été le cas au début du Bølling, du Préboréal à la fin de l'Atlantique récent et, peut-être, à partir des années 1980.

On-axis joint transform correlation based on a four-level power spectrum

We propose a method to obtain a single centered correlation with use of a joint transform correlator. We analyze the required setup to carry out the whole process optically, and we also present experimental results.

Phase-only filters codified with Burckhardt's method

We show that Burckhardt's method is available to codify phase-only filters with amplitude-only variations. Correlation experimental results are given.

Effects of thresholding level variation in fringe binarization of multiobject joint transform correlation

It is possible to improve the fringe binarization method of joint transform correlation by choosing a suitable threshold level.

Controlled-intensity detection peaks in a binary joint transform correlator

In multiobject pattern recognition the height of the correlation peaks should be controlled when the power spectrum of ajoint transform correlator is binarized. In this paper a method to predetermine the value of detection peaks is demonstrated. The technique is based on a frequency-variant threshold in order to remove the intraclass terms and on a suitable factor to normalize the binary joint power spectrum. Digital simulations and experimental hybrid implementation of this method were carried out.

Diffraction theory of optimized low-resolution Fresnel encoded lenses

A mathematical model describing the behavior of low-resolution Fresnel encoded lenses (LRFEL's) encoded in any low-resolution device (e.g., a spatial light modulator) has recently been developed. From this model, an LRFEL with a short focal length was optimized by our imposing the maximum intensity of light onto the optical axis. With this model, analytical expressions for the light-amplitude distribution, the diffraction efficiency, and the frequency response of the optimized LRFEL's are derived.

New multiple matched filter: design and experimental realization

A method of making a multiple matched filter which allows the recognition of different characters in successive planes in simple conditions is proposed. The generation of the filter is based on recording on the same plate the Fourier transforms of the different patterns to be recognized, each of which is affected by different spherical phase factors because the patterns have been placed at different distances from the lens. This is proved by means of experiments with a triple filter which allows satisfactory recognition of three characters.

Application of fuzzy-rule-based postprocessing to correlation methods in pattern recognition

One of the most important problems in optical pattern recognition by correlation is the appearance of sidelobes in the correlation plane, which causes false alarms. We present a method that eliminate sidelobes of up to a given height if certain conditions are satisfied. The method can be applied to any generalized synthetic discriminant function filter and is capable of rejecting lateral peaks that are even higher than the central correlation. Satisfactory results were obtained in both computer simulations and optical implementation.

Nonlinear filtering in object and Fourier space in a joint transform optical correlator: comparison and experimental realization

The use of different kinds of nonlinear filtering in a joint transform correlator are studied and compared. The study is divided into two parts, one corresponding to object space and the second to the Fourier domain of the joint power spectrum. In the first part, phase and inverse filters are computed; their inverse Fourier transforms are also computed, thereby becoming the reference in the object space. In the Fourier space, the binarization of the power spectrum is realized and compared with a new procedure for removing the spatial envelope. All cases are simulated and experimentally implemented by a compact joint transform correlator.

Computation of arbitrarily constrained synthetic discriminant functions

An algorithm for computing correlation filters based on synthetic discriminant functions that can be displayed on current spatial light modulators is presented. The procedure is nondivergent, computationally feasible, and capable of producing multiple solutions, thus overcoming some of the pitfalls of previous methods.

Correlation postprocessing-based method for the detection of de focused images

We present a method to detect patterns in defocused scenes by means of a joint transform correlator. We describe analytically the correlation plane, and we also introduce an original procedure to recognize the target by postprocessing the correlation plane. The performance of the methodology when the defocused images are corrupted by additive noise is also considered.