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Cette anne, nous avons rsum les avances dans deux pathologies trs frquentes et deux plus rares : 1) la cryptorchidie est opre plus prcocement sans utiliser des hormones. Ce traitement vise assurer la fertilit et viter le dveloppement de tumeurs testiculaires. 2) Dans le traitement de la pharyngite streptococcique, les cphalosporines orales durant quatre cinq jours, peuvent remplacer la pnicilline. 3) Le carvdilol (btabloquant), le lvosimendan (sensibilisateur du calcium) et le nsiritide (analogue du peptide natriurtique) permettent une approche neurohormonale l'insuffisance cardiaque. 4) Les glucocorticodes administrs tt et une prise en charge multidisciplinaire ralentissent le cours de la dystrophie musculaire de Duchenne. This article summarizes the medical progress achieved in 2 frequent and 2 rare pathologies: 1. Cryptorchidism should be operated around 12 months of age and hormonal treatment abandoned in order to maintain fertility and avoid development of testicular tumors. 2. For the treatment of streptococcal pharyngitis oral cephalosporins for 4 to 5 days are equivalent to a Penicillin treatment of 10 days. 3. Thanks to carvedilol (a beta-blocker agent), levosimendan (a calcium sensibiliser) and nesiritide (an analog to the natriuretic peptide) a new hormonal approach to cardiac failure is possible. 4. Corticosteroids allow to improve quality of live and life expectancy in Duchenne muscular dystrophy, provided treatment starts early and a multidisciplinary approach is assured
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AbstractThe Chlamydiales order is an important bacterial phylum that comprises some of the most successful human pathogens such as Chlamydia trachomatis, the leading infectious cause of blindness worldwide. Since some years, several new bacteria related to Chlamydia have been discovered in clinical or environmental samples and might represent emerging pathogens. The genome sequencing of classical Chlamydia has brought invaluable information on these obligate intracellular bacteria otherwise difficult to study due to the lack of tools to perform basic genetic manipulation. The recent emergence of high-throughput sequencing technologies yielding millions of reads in a short time lowered the costs of genome sequencing and thus represented a unique opportunity to study Chlamydia-re\ated bacteria. Based on the sequencing and the analysis of Chlamydiales genomes, this thesis provides significant insights into the genetic determinants of the intracellular lifestyle, the pathogenicity, the metabolism and the evolution of Chlamydia-related bacteria. A first approach showed the efficacy of rapid sequencing coupled to proteomics to identify immunogenic proteins. This method, particularly useful for an emerging pathogen such as Parachlamydia acanthamoebae, enabled us to discover good candidates for the development of diagnostic tools that would permit to evaluate at larger scale the role of this bacterium in disease. Second, the complete genome of Waddlia chondrophila, a potential agent of miscarriage, encodes numerous virulence factors to manipulate its host cell and resist to environmental stresses. The reconstruction of metabolic pathways showed that the bacterium possesses extensive capabilities compared to related organisms. However, it is still incapable of synthesizing some essential components and thus has to import them from its host. Third, the genome comparison of Protochlamydia naegleriophila to its closest known relative Protochlamydia amoebophila revealed a particular evolutionary dynamic with the occurrence of an unexpected genome rearrangement. Fourth, a phylogenetic analysis of P. acanthamoebae and Legionella drancourtii identified several genes probably exchanged by horizontal gene transfer with other intracellular bacteria that might occur within their amoebal host. These genes often encode mechanisms for resistance to metal or toxic compounds. As a whole, the analysis of the different genomes enabled us to highlight a large diversity in size, GC percentage, repeat content as well as plasmid organization. The abundant genomic data obtained during this thesis have a wide impact since they provide the necessary bases for detailed investigations on countless aspects of the biology and the evolution of Chlamydia-related bacteria, whether in wet lab or by bioinformatical analyses.RsumL'ordre des Chlamydiales est un important phylum bactrien qui comprend de nombreuses espces pathognes pour l'homme et les animaux, dont Chlamydia trachomatis, responsable du trachome, la cause majeure de ccit d'origine infectieuse travers le monde. Durant ces dernires dcennies, de nombreuses bactries apparentes aux Chlamydia ont t dcouvertes dans des chantillons environnementaux ou cliniques mais leur ventuel rle pathogne dans le dveloppement de maladies reste peu connu. Ces bactries sont des intracellulaires obligatoires car elles ont besoin d'une cellule hte pour se multiplier, ce qui rend leur tude particulirement difficile. Le dveloppement de nouvelles technologies permettant de squencer le gnome d'un organisme rapidement et moindre cot ainsi que l'essor des mthodes d'analyse s'y rapportant reprsentent une opportunit exceptionnelle d'tudier ces organismes. Dans ce contexte, cette thse dmontre l'utilit de la gnomique pour dvelopper de nouveaux outils diagnostiques ainsi que pour tudier le mtabolisme de ces bactries, leurs facteurs de virulence et leur volution.Ainsi, une premire approche a illustr l'utilit d'un squenage rapide pour obtenir les informations ncessaires l'identification de protines qui sont reconnues par des anticorps humains ou animaux. Cette mthode, particulirement utile pour un pathogne mergent tel que Parachlamydia acanthamoebae, a permis de dcouvrir de bons candidats pour le dveloppement d'un outil diagnostique qui permettrait d'valuer plus large chelle le rle de cette bactrie notamment dans la pneumonie. L'analyse du contenu gnique de Waddlia chondrophila, un autre germe qui pourrait tre impliqu dans les avortements et tes fausses-couches, a en outre mis en vidence la prsence de nombreux facteurs connus qui lui permettent de manipuler son hte. Cette bactrie possde de plus grandes capacits mtaboliques que les autres Chlamydia, mais elle est incapable de synthtiser certains composants et doit donc les importer de son hte pour subvenir ses besoins. La comparaison du gnome de Protochlamydia naegleriophila son plus proche parent, Protochlamydia amoebophila, a dvoil une volution dynamique particulire avec l'occurrence d'un rarrangement majeur inattendu aprs la sparation de ces deux espces. En outre, ces tudes ont montr l'occurrence de plusieurs transferts de gne avec d'autres organismes plus loigns, notamment d'autres intracellulaires d'amibes, souvent pour l'acquisition de mcanismes de rsistances des composs toxiques. Les donnes gnomiques acquises durant ce travail posent les fondements ncessaires a de nombreuses analyses qui permettront progressivement de mieux comprendre de nombreux aspects de ces bactries fascinantes.
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Astrocytes play a central role in the brain by regulating glutamate and extracellular potassium concentrations ([K+]0), both released by neurons into the extracellular space during neuronal activity. Glutamate uptake is driven by the inwardly directed sodium gradient across the astrocyte membrane and involves the influx of three sodium ions and one proton and the efflux of one K+ ion per glutamate molecule. The glutamate transport induced rise in intracellular sodium stimulates the Na+/K+-ATPase which leads to significant energetic costs in astrocytes. To evaluate how these two fundamental functions of astrocytes, namely glutamate transport and K+ buffering, which are directly associated with neuronal activity, coexist and if they influence each other, in this thesis work we examined different cellular parameters of astrocytes. We therefore investigated the impact of altered [K+]0 on glutamate transporter activity. To assess this question we measured intracellular sodium fluctuations in mouse primary cultured astrocytes using dynamic fluorescence imaging. We found that glutamate uptake was tightly modulated both in amplitude and kinetics by [K+]0. Elevated [K+]0 strongly decreased glutamate transporter activity, with significant consequences on the cells energy metabolism. To ultimately evaluate potential effects of [K+]0 and glutamate on the astrocyte mitochondrial energy production we extended these studies by investigating their impact on the cytosolic and mitochondrial pH. We found that both [K+],, and glutamate strongly influenced cytosolic and mitochondrial pH, but in opposite directions. The effect of a simultaneous application of K+ and glutamate, however, did not fit with the arithmetical sum of each individual effects, suggesting that an additional nonlinear process is involved. We also investigated the impact of [K+]0 and glutamate transport, respectively, on intracellular potassium concentrations ([K+]0 in cultured astrocytes by characterizing and applying a newly developed Insensitive fluorescent dye. We observed that [K+]i followed [K+]0 changes in a nearly proportional way and that glutamate superfusion caused a reversible, glutamate-concentration dependent drop of [K+],, Our study shows the powerful influence of [K+]u on glutamate capture. These findings have strong implications for our understanding of the tightly regulated interplay between astrocytes and neurons in situations where [K+]0 undergoes large activity-dependent fluctuations. However, depending on the extent of K+ versus glutamate extracellular rise, energy metabolism in astrocytes will be differently regulated. Moreover, the novel insights obtained during this thesis work help understanding some of the underlying processes that prevail in certain pathologies of central nervous system, such as epilepsy and stroke. These results will possibly provide a basis for the development of novel therapeutic strategies. -- Les astrocytes jouent un rle central dans le cerveau en rgulant les concentrations de potassium (K+) et de glutamate, qui sont relchs par les neurones dans l'espace extracellulaire lorsque ceux- ci sont actifs. La capture par les astrocytes du glutamate est un processus secondairement actif qui implique l'influx d'ions sodium (Na+) et d'un proton, ainsi que l'efflux d'ions K+, ce processus entrane un cot mtabolique important. Nous avons valu comment ces fonctions fondamentales des astrocytes, la rgulation du glutamate et du K+ extracellulaire, qui sont directement associs l'activit neuronale, coexistent et si elles interagissent, en examinant diffrents paramtres cellulaires. Dans ce projet de thse nous avons valu l'impact des modifications de la concentration de potassium extracellulaire ([K+],,) sur le transport du glutamate. Nous avons mesur le transport du glutamate par le biais des fluctuations internes de Na+ grce un colorant fluorescent en utilisant de l'imagerie fluorescence dynamique sur des cultures primaires d'astrocytes. Nous avons trouv que la capture du glutamate tait troitement rgule par [K+]0 aussi bien dans son amplitude que dans sa cintique. Par la suite, nous avons port notre attention sur l'impact de [K+]0 et du glutamate sur le pH cytosolique et mitochondrial de l'astrocyte dans le but, in fine, d'valuer les effets potentiels sur la production d'nergie par la mitochondrie. Nous avons trouv qu'autant le K+ que le glutamate, de manire individuelle, influenaient fortement le pH, cependant dans des directions opposes. Leurs effets individuels, ne peuvent toutefois pas tre additionns ce qui suggre qu'un processus additionnel non-linaire est impliqu. En appliquant une nouvelle approche pour suivre et quantifier la concentration intracellulaire de potassium ([K+]0 par imagerie fluorescence, nous avons observ que [K+]i suivait les changements de [K+]0 de manire quasiment proportionnelle et que la superfusion de glutamate induisait un dcroissement rapide et rversible de [K+]i, qui dpend de la concentration de glutamate. Notre tude dmontre l'influence de [K+]0 sur la capture du glutamate. Ces rsultats permettent d'amliorer notre comprhension de l'interaction entre astrocytes et neurones dans des situations o [K+]0 fluctue en fonction de l'activit neuronale. Cependant, en fonction de l'importance de l'augmentation extracellulaire du K+ versus le glutamate, le mtabolisme nergtique des astrocytes va tre rgul de manire diffrente. De plus, les informations nouvelles que nous avons obtenues durant ce travail de thse nous aident comprendre quelques- uns des processus sous-jacents qui prvalent dans certaines pathologies du systme nerveux central, comme par exemple l'pilepsie ou l'accident vasculaire crbral. Ces informations pourront tre importantes intgrer dans la cadre du dveloppement de nouvelles stratgies thrapeutiques.
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Les mdicaments anticancreux sont souvent caractriss par une importante variabilit pharmacocintique interindividuelle, des relations entre concentration et rponse clinique et une marge thrapeutique troite. Pourtant, le suivi thrapeutique des concentrations de ces mdicaments (TDM) est encore rare en oncologie. Les bases scientifiques justifiant un TDM des nouvelles thrapies cibles orales sont encore trs htrognes. Cependant, d'assez solides vidences existent pour l'imatinib et certaines apparaissent progressivement pour d'autres composs. A ct de cela, le TDM est aussi pratiqu dans des situations spcifiques de traitement par certaines chimiothrapies conventionnelles. Des efforts considrables restent toutefois raliser pour mieux caractriser la pharmacocintique de ces mdicaments, pour prciser leurs relations concentration-effet et pour conduire des tudes prospectives randomises valuant le bnfice clinique de l'approche TDM en oncologie.
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Justine est une adolescente qui prsente un fonctionnement limite et dont les symptmes principaux sont des vomissements provoqus et rpts. Elle expulse les aliments comme elle vacue la pense. Elle investit les actes en se dbarrassant de la tension interne. L'effraction de la sexualit renforce l'impossibilit d'investir une position passive comme si elle ractivait le temps originaire de la sduction. L'auteur dcrit la difficult trouver sa place dans l'espace de la psychothrapie, alors qu'il y a chec de la mise en scne psychique chez la patiente. Condamne l'expulsion dans un premier temps, et cherchant contrer son vcu de passivit, elle voque l'preuve prilleuse que reprsente l'approche mlancolique vers la reconnaissance de l'altrit de l'objet, dans les traces internes qu'il lui a laisses.
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Aprs avoir propos une dfinition opratoire du mythe littraire, et suggr, sous l'tiquette de mytholectures, un mode d'approche de cet objet, le travail se subdivise en deux grandes parties.La premire, diachronique, cherche sonder le devenir historique du mythe de Perceval, de Chrtien de Troyes nos jours; il s'agit essentiellement d'observer comment la valeur et le sens du mythe se sont labors progressivement au fil de ses reprises - comment chaque priode, chaque auteur a rencontr le mythe sous un rapport singulier, susceptible de lui fournir un miroir qui reflte certaines de ses proccupations et lui permette, paralllement, de configurer son exprience du monde. Les principales tapes de ce parcours (qui touche environ quatre-vingts auteurs) sont Richard Wagner et Julien Gracq.La seconde partie propose deux approches thmatiques du mythe de Perceval: l'une d'elles est centre sur la problmatique familiale et les enjeux relationnels qui, de reprise en reprise, ne cessent d'tre rinterprts sous divers angles (dont Oedipe, cet anti-Perceval, n'est jamais trs loin). L'autre axe thmatique s'intresse la propension marque du mythe de Perceval fonctionner comme modle des deux ples de l'activit littraire que sont la lecture (qute de sens) et l'criture (qute potique): divers arts potiques percevaliens (de Wagner Perec, en passant par Proust ou Handke) closent ainsi le parcours.
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Le jeu trilogique de Lausanne permet d'tudier le dveloppement de la communication familiale ds la naissance et de crer des ponts entre l'approche systmique de la famille et la recherche dveloppementale. Cet article dcrit comment se construit la communication familiale avant le langage verbal, soulignant l'importance de l'intersubjectivit, de l'alliance coparentale et de la comptence du nourrisson interagir trois ds le dbut. Il en esquisse les implications cliniques.
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Cette thse est construite en quatre parties : trois annexes qui prsentent six tudes de cas (env. 800 pages), prcdes par une analyse transversale, plus synthtique (env. 150 pages), dont traite ce rsum. Chaque annexe contient une synthse dtaille des tudes de cas. Cette thse aborde la gestion des ressources naturelles en affirmant d'emble que l'appellation est inapproprie, car ce ne sont pas les ressources qui sont gres, mais leurs usages. Il s'agit donc d'identifier et d'analyser ce qui influence les comportements humains en lien avec la ressource. Cette affirmation fonde la perspective des sciences sociales sur la gestion des ressources naturelles, dans laquelle s'inscrit cette thse. L'approche no-institutionnaliste considre que les usages sont influencs par des institutions, qui sont elles-mmes influences par les usagers. Ces institutions sont des constructions humaines qui composent le contexte institutionnel dans lequel les acteurs dcident de leurs usages (abattre un arbre, prlever de l'eau, etc.). Les usages des ressources ne sont donc jamais libres et il s'agit de comprendre comment ces rgles du jeu influencent les pratiques. Elles sont nombreuses, interdpendantes et forment la trame sur laquelle se dcident les usages. Pour saisir cette complexit, l'auteur applique le cadre d'analyse des rgimes institutionnels des ressources (RIR) qui se limite l'analyse de deux types de droits d'usages : ceux issues des rgles de la proprit (titres de proprit, servitudes, etc.) et ceux issus des politiques publiques (lois, ordonnances, etc.). Le RIR permet d'identifier un rgime institutionnel , spcifique la ressource tudie, dont les volutions peuvent tre compares dans le temps ou entre plusieurs lieux. Dans cette recherche, ce cadre d'analyse a t appliqu au mme objet - la gestion forestire dans les zones de captage d'eau souterraine destine au rseau public - dans trois pays : en France, en Suisse et en Indonsie. Trois annes de recherche de terrain ont permis l'auteur de s'intresser non seulement aux rgles prdtermines (la rglementation), mais aussi aux rgles effectivement actives sur le terrain (la rgulation) par les acteurs rencontrs. Les tudes de cas montrent que les rgles prvues sont ingalement actives et que les acteurs privilgient parfois la ngociation directe pour rsoudre leurs rivalits d'usages, la place d'invoquer leurs droits acquis. Ce constat conduit l'auteur proposer un largissement de la focale du RIR, qui constitue le coeur de sa thse. On ne s'intresse plus seulement ce qui est rgul, mais aussi ce qui ne l' est pas et qui chappe l'application classique du RIR. Ce renversement de perspective est crucial pour comprendre les usages concrets des ressources dans les rgimes peu intgrs, o les pratiques s'expliquent davantage par la marge de manoeuvre laisse aux acteurs que par les rgles prdtermines. Cette relecture, teste avec succs dans cette thse, permet d'intgrer la marge de manoeuvre l'analyse au moyen du RIR. Elle se concrtise par l'identification des lacunes et incohrences dans les rgimes institutionnels tudis. Le champ d'application du RIR s'en trouve largi et sa vulgarisation pour des non-spcialistes est facilite, notamment pour les environnementalistes. La complmentarit entre les approches s'en trouve renforce. Les rsultats montrent deux choses : premirement les acteurs disposent toujours d'une marge de manoeuvre pour ngocier des rgulations ponctuelles, qui sont autant d'alternatives l'application des rgles prvues. Deuximement, la conclusion d'accords issus de la ngociation bi-/multilatrale dpend directement de la marge de manoeuvre laisse par le contexte institutionnel. Ceci explique pourquoi la ngociation entre les propritaires forestiers et les exploitants de captages s'imposent en Indonsie, est envisageable en France, mais n'aboutit pas en Suisse. Les nombreuses tentatives infructueuses de mise en oeuvre de solutions ngocies, notamment sous forme de paiements pour services environnementaux (PSE), trouvent ici une explication. - This thesis (written in French) is built in four parts: three annexes that present six case studies (approx. 800 pages), preceded by a transverse, more conceptual analysis (approx. 150 pages), which this summary is about. Each annexe contains a detailed summary of the case studies. 'Natural resource management' is an inappropriate designation because it is not the resources that are managed but the uses made of them, therefore this thesis addresses the identification and analysis of the influences on human behaviour in relation to the resource. This statement roots the social sciences perspective on the management of natural resources, in which this thesis fits. A neoinstitutionalist approach considers that the uses are influenced by institutions, which are themselves influenced by users. These institutions are human constructions that form the institutional context in which the actors decide on the use of resources (felling a tree, collecting water, etc.). Thus, the uses of resources are never independent from institutional influences and it becomes necessary to understand how these rules of the game affect practices. They are numerous, interrelated and form the basis for the uses of resources. To understand this complexity, the author applies the institutional regime resource framework (IRR) which limits the analysis to two types of use rights: those resulting from the property rights (deeds, easements, etc.) and those from public policies (laws, ordinances, etc.). The IRR identifies an 'institutional regime', specific to the resource, from which developments can be compared over time or between several places. In this research, this analytical framework has been applied to the same topic - forest management in the recharging areas of groundwater piped for public supply - in three countries: France, Switzerland and Indonesia. Three years of field research allow the author to look not only at predetermined rules (rules), but also at regulations that are actually activated on the ground (rules-in-use). The case studies show that the predetermined rules are unevenly applied and that sometimes actors favour direct negotiation to resolve their rivalry of uses, instead of invoking their vested rights. From this observation the author proposes an enlargement of the IRR's scope, forming the core of his thesis. The interest covers not only what 'is' regulated, but what 'is not' and so is beyond the classical application of the IRR. This shift in perspective is crucial to understand the concrete uses of resources in poorly integrated regimes, where practices are explained by the margin of manoeuvre left to the actors rather than predetermined rules. This reinterpretation, tested successfully in this research, allows the margin of manoeuvre to be integrated in the analysis using the IRR and is made concrete by the identification of gaps and inconsistencies in the investigated institutional context. The new interpretation of the IRR in this thesis complements and enhances its classical application. In particular, its use and understanding by non-specialists, especially environmentalists, is facilitated. The results show two things: first the actors always have leeway to negotiate ad hoc regulations, which are alternatives to the application of the predefined rules. Second, the conclusion of bi/multilateral negotiated agreements depends directly on the leeway left by the institutional context. This explains why the negotiation between forest owners and operators of water catchments is needed in Indonesia, is possible in France, but does not succeed in Switzerland. This offers an explanation for many unsuccessful attempts to implement negotiated solutions, notably payments for environmental services (PES).
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Summary: Amphibians are among the most vulnerable animals of the world. One third of all species are currently threatened with extinction. Habitat loss is the major menace to pond- and stream-breeding species in the old world. In highly urbanized landscape like the Swiss Plateau, most species suffer from habitat reduction and fragmentation. Among all indigenous species, the European tree frog (Hyla arborea L., 1758) is one of the most endangered. It experienced an alarming decline during the last century and its regional long-term persistence is not guaranteed. We developed a monitoring framework based on calling male counts which included multiple visits to each wetland during the reproduction period in order to precisely determine its distribution on the Lemanic coast. Our results indicate that visiting populations 3 limes under suitable climatic conditions (temperature >20C) provides reliable presence/absence data. Based on our monitoring data, we analyzed the species requirements regarding its breeding habitat. It appeared that anthropogenic activities had paradoxical effects on the species. On one hand, urbanization, traffic and intensive agriculture had a strong detrimental effect on tree frog distribution. On the other hand, large tree frog populations were frequently associated with gravel pits and military training grounds. Our results allowed us to create a habitat suitability map taking into account detrimental landscape elements around ponds (>1100m away from urban areas and >500m away from first class roads). In parallel, we developed a metapopulation model of the European tree frog in order to identify the critical threats to the long term persistence of the species. Our results indicated that suitable pond density is at the low end of the species requirements. Pond creation must therefore be considered an essential complementary approach to pond conservation and restoration. Our model also provided a mapping solution permitting the location of the must suitable area for pond creation from a metapopulation perspective. As many other amphibians, the European tree frog is not only exposed to an aquatic habitat (breeding and larval period), but also to a terrestrial stage (summer and overwintering habitats). Unfortunately, animals in their terrestrial phase are less conspicuous and, as a consequence, their terrestrial needs are relatively unknown. Using a recent tracking method (the Harmonic Direction Finder), we followed post-breeding frogs and identified favored terrestrial habitats, thus providing another practical conservation tool. We conclude that only the combination of multiple spatially explicit approaches (landscape-scale habitat suitability, metapopulation dynamics and terrestrial needs) is likely to provide wildlife managers with effective tools for the conservation of highly endangered amphibians. Rsum: Les amphibiens font partie des animaux les plus vulnrables du monde. Un tiers des espces est actuellement menac d'extinction. Dans l'ancien monde, la disparition des habitats constitue la principale menace pour les grenouilles, crapauds, tritons et salamandres. Dans les paysages fortement urbaniss comme le Plateau Suisse, la plupart des espces souffrent d'une rduction et d'une fragmentation de leurs habitats. Parmi toutes les espces indignes, la rainette verte (Hyla arborea L., 1758) est l'une des plus menace. Sa distribution a rgress de manire alarmante durant le sicle pass et sa survie rgionale long terme n'est pas assure. Nous avons dvelopp une mthode de suivi des populations se basant sur le comptage des mles chanteurs durant la priode de reproduction. Cette mthode requiert plusieurs visites chaque plan d'eau de manire dterminer prcisment la distribution de l'espce. Nos rsultats dmontrent que 3 visites par population dans des conditions climatiques favorable (temprature >20C) permettent d'obtenir des donnes de prsence/ absence valables. Sur la base de nos comptages sur la Cte lmanique, nous avons analys les exigences de l'espce concernant ses sites de reproduction. Il est apparu que les activits humaines avaient un effet paradoxal sur l'espce. D'une part, l'urbanisation, le trafic routier et l'intensification de l'agriculture ont un effet fortement prjudiciable, tandis que d'autre part les plus grandes populations sont souvent associes des gravires et autres places d'armes. Nos rsultats ont permis de crer une carte de qualit d'habitat prenant en compte les lments paysagers prjudiciables la rainette (situ plus de 1100m de zones urbaines et plus de 500m de routes de premire classe). En parallle, nous avons dvelopp un modle mtapopulationnel (incluant l'ensemble des populations) de manire identifier les menaces prpondrantes sur la survie long terme de l'espce. Nos rsultats ont permis de dterminer que la densit actuelle de plans d'eau adquats est la limite infrieure des exigences de l'espce. La cration d'tangs doit donc tre considre comme une approche indispensable et complmentaire la protection et la restauration des sites existants. Notre modle a galement fourni des rsultats cartographiables permettant l'identification des sites les plus appropris dans une perspective mtapopulationnelle. Comme de nombreux autres amphibiens, la rainette verte est expose un habitat aquatique (reproduction et dveloppement larvaire) ainsi qu' un habitat terrestre (t et hiver). Les animaux tant particulirement cryptiques dans cette seconde phase, leurs besoins terrestres sont relativement mal connus. Nous avons donc dvelopp une nouvelle mthode de tlmtrie base sur le goniomtre harmonique. Cette mthode nous a permis de suivre des rainettes dans leurs migrations jusqu' leurs habitats d't et d'tablir ainsi des recommandations pratiques pour la conservation de la rainette. Nous concluons que la combinaison de multiples approches spatialement explicites (qualit d'habitat, dynamique de mtapopulation et habitats terrestres) est seule mme de produire des outils efficaces pour la conservation des espces menaces d'amphibiens.
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Nouveaux cahiers de linguistique franaise 30 Dpartement de linguistique, Universit de Genve Antoine AUCHLIN, Prsentation Tim ROHRER et Mary Jean VIGNONE, The Bankers Go to Washington: Theory and Method in Conceptual Metaphor Analysis, Napoleon KATSOS et Chris CUMMINS, Scalar implicature : Theory, processing and acquisition, Jacques MOESCHLER, Pourquoi le sens est-il structur ? Une approche vriconditionelle de la signification linguistique et du sens pragmatique, Joanna BLOCHOWIAK, Les questions enchssant les verbes d'attitude dans le contexte d'explications, Cristina GRISOT et Bruno CARTONI, Une description bilingue des temps verbaux : tude contrastive en corpus, Jacques MOESCHLER, Cristina GISOT et Bruno CARTONI, Jusqu'o les temps verbaux sont-ils procduraux ? Hasmik JIVANIAN, Relations causales pistmiques : Focalisation de parce que et contrefactualit, Cosmina-Maria HODOROAGA, Les traits dmonstratifs de la citation, Mara AVELAR MIRANDA, L'intgration entre gestes et prosodie : une vision incarne, Tea PRSIR, L'tude du discours reprsent dans le cadre de l'intgration exprientielle, Jean-Philippe GOLDMAN et Yves SCHERRER, Cration automatique de dictionnaires bilingues d'entits nommes grce Wikipdia.
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RESUME Dal et le dynamisme des formes. L'laboration de l'activit paranoaque-critique dans le contexte socioculturel des annes 1920-1930 Rendre nouveau lisibles des textes dont on ne sait plus reconnatre les enjeux historiques et cognitifs, tel est le principal dfi que cet ouvrage consacr aux crits surralistes de Dal se propose de relever. La thse fait ressortir l'image sans doute un peu droutante d'un crateur stratge qui, assimilant de manire originale les savoirs les plus varis et dialoguant avec les intellectuels de son temps, propose au tournant des annes 1930 une thorie du surralisme novatrice, capable de redynamiser un groupe en pleine crise. L'tude, combinant des perspectives sociologiques et linguistiques, explore tout d'abord les crits caractre manifestaire et dessine les traits conceptuels et stylistiques qui font la singularit du projet de Dal dans le cadre du mouvement surraliste. S'inspirant des images-devinettes, de la production des fous, de l'interprtation des figures aux formes indtermines, le Catalan conoit une mthode crative et cognitive qui se fonde sur une pense subconsciente active, schmatisant et fertilisant automatiquement toute donne perue. Dans le domaine de la peinture, ce sont les formes des objets qui sont surdtermines par les dsirs subconscients du crateur et du spectateur et qui acquirent ainsi des significations inattendues. Dans le domaine de l'criture, ce sont les formes sonores et graphiques des mots ou encore l'ossature discursive qui, investies par les fantasmes de l'crivain et du lecteur, gnrent une multitude d'images. A l'aune des modes de connaissance propres l'poque, l'tude porte ensuite sur deux modles de pense - le paradigme photographique et l'imaginaire li la notion d'espace-temps dveloppe par Einstein dans le cadre de la thorie de la relativit gnrale - qui sont en vogue pendant les annes 1930 et que le peintre se rapproprie pour signifier la dimension rvlatrice et objective de ses oeuvres. Premirement, pour penser la mthode paranoaque-critique , le Catalan reprend et dtourne les phases de production du clich : loin de reproduire fidlement le visible, le dispositif photographique dalinien permet de rvler les penses subconscientes. Deuximement, ds 1933-1934, Dal reformule le modle de l'espace-temps de la relativit gnrale d'Einstein pour penser la faon dont une entit invisible (le fantasme) s'objective et se matrialise dans la ralit extrieure. L'tude du dynamisme psychique confr par Dal aux formes des objets, aux formes verbales et picturales permet finalement de mettre en lumire le foisonnement mais aussi l'extrme cohrence de l'univers surraliste du Catalan, et de souligner la valeur de l'approche paranoaque-critique de la ralit tant sur le plan de l'histoire culturelle que sur le plan de la connaissance.
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This project is a study of the men's movement in Switzerland, especially regarding organizations seeking to redefine male identity. So far, this topic has been understudied, in Switzerland. The few studies available on the subject mostly adopt a (pro)feminist perspective. Their main purpose is to criticize men's movement participants. What is more, scarce researches on this problem mostly conducted by members of the Swiss men's movement themselves are mainly descriptive and methodologically problematic. In this context, I initiated the first national and sociological study of the men's movement in Switzerland. My main goals are: firstly, to propose a typology of organizations forming the men's movement in Switzerland. Secondly, I develop a sociological analysis of this phenomenon, taking into account in this process especially the characteristics of the Swiss context. Consequently, I adopted a mixed method approach, which included two main research steps: Firstly, I defined a representative sample of men's movement organizations in Switzerland. Based on a content analysis of men's organizations' websites, I was able to distinguish three ideal-types: Radical Criticism of Masculinity, Criticism of Hegemonic Masculinity, Defense of Men and Traditional Masculinity. Based on these three concepts, I subsequently analyzed the discourse on masculinity amongst men's movement organizations. Secondly, I conducted a survey of men's movement participants. This survey was based on the results of the content analysis. In this particular stage, I mainly used factor analysis. My results show that it would be all too simplistic to characterize the men's movement, in Switzerland, as a criticism of women's emancipation. On the contrary, my analysis reveals a more complex picture: The two main factors, which influence the men's movement, in Switzerland, are the contemporary sociological context and the Swiss society's particular features. I find that male roles, on the one hand, depend very much on today's cultural shift from materialistic to self-expression values. On the other hand, male role models reflect a social adaptation process. Moreover, as a reaction to deep changes in contemporary family structures, I observe an individualization process, characterized by separation between parental and conjugal functions that greatly shapes male role models. - Cette thse analyse le phnomne des hommes en mouvement, dans le contexte de la Suisse. Cet ensemble est form d'organisations regroupant des hommes impliqus consciemment dans un processus d'actions et de rflexions sur l'identit masculine. La revue de la littrature rvle qu'en Suisse, le sujet des hommes en mouvement est trs peu tudi. Jusqu'ici, les rares recherches s'y intressant adoptent gnralement une approche (pro)fministe, dont l'objectif est de dnoncer ce phnomne. En outre, de rares recherches, issues des acteurs mmes de ce mouvement, proposent une vue descriptive de l'ensemble, mais souffrant de faiblesses mthodologiques. Par notre recherche, nous souhaitons contribuer l'tude de ce sujet, en initiant la premire tude d'envergure nationale portant sur les hommes en mouvement. L'objectif final est de dboucher sur une typologie des organisations runissant les hommes en mouvement, puis sur une analyse de la spcificit de cet ensemble, dans le contexte suisse. Pour remplir ces objectifs, nous avons mis en place un dispositif de mthodes mixtes, en deux phases. Lors d'une premire tape, nous avons slectionn un chantillon reprsentatif de la diversit des organisations masculines. Par une analyse de contenu effectue sur la documentation rcolte sur les sites Internet de ces dernires, nous avons pu, en utilisant une dmarche inductive et qualitative, faire merger trois idaux-types : Critique radicale de la masculinit, Critique de la masculinit hgmonique, Dfense des hommes et de la masculinit traditionnelle. Ces concepts permettent de rendre compte, de manire schmatique, des trois types de discours contemporains sur l'identit masculine diffuss par les hommes en mouvement. Lors d'une seconde tape, nous avons ralis une enqute auprs des membres des organisations masculines. Pour y parvenir, nous avons cr un questionnaire incluant des propositions labores partir des rsultats de l'tape prcdente. Lors de cette phase, nous avons ralis une analyse factorielle. Les rsultats montrent que le phnomne du mouvement des hommes ne saurait se rduire, en Suisse, un mouvement de ressac visant attaquer les droits des femmes. Au contraire, il s'agit d'un phnomne complexe, fortement dpendant du contexte sociologique contemporain et des caractristiques de la socit helvtique. Nous affirmons, entre autres, que les modles masculins observables dans cet ensemble sont faonns, d'une part, par une transition culturelle, caractrise par le passage des valeurs matrialistes aux valeurs d'expression de soi. D'autre part, les modles masculins prns par les hommes en mouvement refltent un processus d'adaptation sociale. En effet, en raction au contexte de reconfiguration des formes familiales, on assiste une individualisation des rapports de filiation et au dtachement de la fonction parentale et conjugale, qui imprgnent fortement les modles masculins dfendus par ces hommes.
Resumo:
Recently, the introduction of second generation sequencing and further advance-ments in confocal microscopy have enabled system-level studies for the functional characterization of genes. The degree of complexity intrinsic to these approaches needs the development of bioinformatics methodologies and computational models for extracting meaningful biological knowledge from the enormous amount of experimental data which is continuously generated. This PhD thesis presents several novel bioinformatics methods and computational models to address specific biological questions in Plant Biology by using the plant Arabidopsis thaliana as a model system. First, a spatio-temporal qualitative analysis of quantitative transcript and protein profiles is applied to show the role of the BREVIS RADIX (BRX) protein in the auxin- cytokinin crosstalk for root meristem growth. Core of this PhD work is the functional characterization of the interplay between the BRX protein and the plant hormone auxin in the root meristem by using a computational model based on experimental evidence. Hyphotesis generated by the modelled to the discovery of a differential endocytosis pattern in the root meristem that splits the auxin transcriptional response via the plasma membrane to nucleus partitioning of BRX. This positional information system creates an auxin transcriptional pattern that deviates from the canonical auxin response and is necessary to sustain the expression of a subset of BRX-dependent auxin-responsive genes to drive root meristem growth. In the second part of this PhD thesis, we characterized the genome-wide impact of large scale deletions on four divergent Arabidopsis natural strains, through the integration of Ultra-High Throughput Sequencing data with data from genomic hybridizations on tiling arrays. Analysis of the identified deletions revealed a considerable portion of protein coding genes affected and supported a history of genomic rearrangements shaped by evolution. In the last part of the thesis, we showed that VIP3 gene in Arabidopsis has an evo-lutionary conserved role in the 3' to 5' mRNA degradation machinery, by applying a novel approach for the analysis of mRNA-Seq data from random-primed mRNA. Altogether, this PhD research contains major advancements in the study of natural genomic variation in plants and in the application of computational morphodynamics models for the functional characterization of biological pathways essential for the plant. - Rcemment, l'introduction du squenage de seconde gnration et les avances dans la microscopie confocale ont permis des tudes l'chelle des diffrents systmes cellulaires pour la caractrisation fonctionnelle de gnes. Le degrs de complexit intrinsque ces approches ont requis le dveloppement de mthodologies bioinformatiques et de modles mathmatiques afin d'extraire de la masse de donnes exprimentale gnre, des information biologiques significatives. Ce doctorat prsente la fois des mthodes bioinformatiques originales et des modles mathmatiques pour rpondre certaines questions spcifiques de Biologie Vgtale en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme modle. Premirement, une analyse qualitative spatio-temporelle de profiles quantitatifs de transcripts et de protines est utilise pour montrer le rle de la protine BREVIS RADIX (BRX) dans le dialogue entre l'auxine et les cytokinines, des phytohormones, dans la croissance du mristme racinaire. Le noyau de ce travail de thse est la caractrisation fonctionnelle de l'interaction entre la protine BRX et la phytohormone auxine dans le mristme de la racine en utilisant des modles informatiques bass sur des preuves exprimentales. Les hypothses produites par le modle ont men la dcouverte d'un schma diffrentiel d'endocytose dans le mristme racinaire qui divise la rponse transcriptionnelle l'auxine par le partitionnement de BRX de la membrane plasmique au noyau de la cellule. Cette information positionnelle cre une rponse transcriptionnelle l'auxine qui dvie de la rponse canonique l'auxine et est ncessaire pour soutenir l'expression d'un sous ensemble de gnes rpondant l'auxine et dpendant de BRX pour conduire la croissance du mristme. Dans la seconde partie de cette thse de doctorat, nous avons caractris l'impact sur l'ensemble du gnome des dltions grande chelle sur quatre souches divergentes naturelles d'Arabidopsis, travers l'intgration du squenage ultra-haut-dbit avec l'hybridation gnomique sur puces ADN. L'analyse des dltions identifies a rvl qu'une proportion considrable de gnes codant tait affecte, supportant l'ide d'un historique de rarrangement gnomique model durant l'volution. Dans la dernire partie de cette thse, nous avons montr que le gne VP3 dans Arabidopsis a conserv un rle volutif dans la machinerie de dgradation des ARNm dans le sens 3' 5', en appliquant une nouvelle approche pour l'analyse des donnes de squenage d'ARNm issue de transcripts amplifis alatoirement. Dans son ensemble, cette recherche de doctorat contient des avances majeures dans l'tude des variations gnomiques naturelles des plantes et dans l'application de modles morphodynamiques informatiques pour la caractrisation de rseaux biologiques essentiels la plante. - Le dveloppement des plantes est crit dans leurs codes gntiques. Pour comprendre comment les plantes sont capables de s'adapter aux changements environnementaux, il est essentiel d'tudier comment leurs gnes gouvernent leur formation. Plus nous essayons de comprendre le fonctionnement d'une plante, plus nous ralisons la complexit des mcanismes biologiques, tel point que l'utilisation d'outils et de modles mathmatiques devient indispensable. Dans ce travail, avec l'utilisation de la plante modle Arabidopsis thalicinci nous avons rsolu des problmes biologiques spcifiques travers le dveloppement et l'application de mthodes informatiques concrtes. Dans un premier temps, nous avons investigu comment le gne BREVIS RADIX (BRX) rgule le dveloppement de la racine en contrlant la rponse deux hormones : l'auxine et la cytokinine. Nous avons employ une analyse statistique sur des mesures quantitatives de transcripts et de produits de gnes afin de dmontrer que BRX joue un rle antagonisant dans le dialogue entre ces deux hormones. Lorsque ce-dialogue molculaire est perturb, la racine primaire voit sa longueur dramatiquement rduite. Pour comprendre comment BRX rpond l'auxine, nous avons dvelopp un modle informatique bas sur des rsultats exprimentaux. Les simulations successives ont men la dcouverte d'un signal positionnel qui contrle la rponse de la racine l'auxine par la rgulation du mouvement intracellulaire de BRX. Dans la seconde partie de cette thse, nous avons analys le gnome entier de quatre souches naturelles d'Arabidopsis et nous avons trouv qu'une grande partie de leurs gnes taient manquant par rapport la souche de rfrence. Ce rsultat indique que l'historique des modifications gnomiques conduites par l'volution dtermine une disponibilit diffrentielle des gnes fonctionnels dans ces plantes. Dans la dernire partie de ce travail, nous avons analys les donnes du transcriptome de la plante o le gne VIP3 tait non fonctionnel. Ceci nous a permis de dcouvrir le rle double de VIP3 dans la rgulation de l'initiation de la transcription et dans la dgradation des transcripts. Ce rle double n'avait jusqu'alors t dmontre que chez l'homme. Ce travail de doctorat supporte le dveloppement et l'application de mthodologies informatiques comme outils inestimables pour rsoudre la complexit des problmes biologiques dans la recherche vgtale. L'intgration de la biologie vgtale et l'informatique est devenue de plus en plus importante pour l'avance de nos connaissances sur le fonctionnement et le dveloppement des plantes.
Resumo:
L'article publi de le cadre de cette thse est intitul "Effectiveness of interventions targeting frequent users of emergency departments: A systematic review." Il a t publi par les "Annals of Emergency Medicine (AEM)" en juillet 2011. Le titre en franais pourrait tre: "Efficacit des interventions ciblant les utilisateurs frquents des services d'urgence: Une revue systmatique." Le titre du journal amricain pourrait tre: "Annales de Mdecine d'Urgence". Il s'agit du journal du "Collge Amricain des Mdecins d'Urgence", en anglais "American College of Emergency Physicians (ACEP)". L'article a t soumis l'AEM en raison de l'intrt que ses rdacteurs en chef portent pour le sujet des utilisateurs frquents des services d'urgence, dmontr depuis plus de dix ans par la publication de nombreux articles dans ce domaine. Le facteur d'impact de l'AEM est de surcrot le plus important des journaux d'urgence, assurant ainsi une large diffusion des articles publis. Lors de sa publication, l'article a t accompagn d'un ditorial sign par le Docteur Maria C. Raven, mdecin au Centre Hospitalier de Bellevue New York, Etats-Unis.Contexte et enjeuxLa Direction Gnrale du Centre Hospitalier Vaudois (CHUV) finance, dans le cadre du plan stratgique 2009-2013, un axe "populations vulnrables". Cet axe est port en grande partie par des projets dvelopps au sein de la Policinlique Mdicale Universitaire et l'Unit des Populations Vulnrables qui prend en charge, enseigne la prise en charge et s'interroge sur la prise en charge des personnes les plus vulnrables. C'est dans ce contexte que nous avons t amens rflchir l'existence ventuelle de marqueurs de vulnrabilit; l'utilisation frquente des services d'urgence par certains individus constitue n'en pas douter l'un de ces marqueurs. Il existe une importante littrature dcrivant en dtail ces utilisateurs frquents des services d'urgence, raison pour laquelle nous avons dcid de faire un pas supplmentaire et de nous interroger sur l'efficacit des interventions (quelle qu'elles soient) ciblant cette population particulire. Nous avons ainsi entrepris une revue systmatique de la littrature scientifique mdicale et sociale pour approfondir cette question, et c'est prcisment le rsultat de cette recherche qui constitue ce travail de thse.Conclusions et perspectivesLes utilisateurs frquents des services d'urgence sont des individus particulirement vulnrables, et ce aussi bien aux Etats-Unis, qu'en Europe ou en Australie: ils prsentent par exemple une mortalit suprieure aux autres utilisateurs des urgences; ils sont galement plus risque de prsenter une consommation abusive d'alcool ou de drogues, une maladie mentale, ou une maladie chronique. Ils sont plus souvent sans abri, sans assurance et d'un statut socio-conomique bas.De nombreuses interventions on t dveloppes pour prendre en charge les utilisateurs frquents des urgences. Le but de ces interventions est d'une part de rduire la consommation des services d'urgence et d'autre part d'amliorer la sant au sens large de ces patients vulnrables. C'est en ces termes (rduction de la frquence d'utilisation des services d'urgence et amlioration de la sant) que l'efficacit d'une intervention est mesure.Parmi l'ensemble des interventions tudies, l'une semble particulirement efficace pour rduire le nombre de visites aux urgences et amliorer un certain nombre de marqueurs sociaux (accs un logement ou une assurance-maladie). Cette intervention est appele "case management" (ou "gestion de cas", difficile tentative de traduction de ce concept en franais), et consiste en une approche multidisciplinaire (mdecins, infirmiers, assistants sociaux) fournissant un service individualis, dans le cadre de l'hpital et souvent galement dans la communaut. L'approche consiste valuer les besoins prcis du patient, l'accompagner dans son parcours de soin, l'orienter si ncessaire et mettre en place autour de lui un rseau communiquant de manire adapte.Le "case management" ayant montr son efficacit dans la prise en charge des utilisateurs frquents des services d'urgence, y-compris en termes de cots, notre conclusion va dans le sens d'encourager les hpitaux valuer l'importance de ce phnomne dans leur propre pratique et mettre en place des quipes de prise en charge de ces patients, dans le double but de soutenir des patients particulirement vulnrables et de rduire la consommation des services d'urgence. Suite la rflexion suscite par ce travail de thse, une telle quipe a t mise en place en 2010, dans un cadre de recherche-action, au niveau du CHUV. Ce projet est dirig par le Dr Patrick Bodenmann, responsable de l'Unit Populations Vulnrables de la Policlinique Mdicale Universitaire de Lausanne. Le Dr Bodenmann est galement le directeur de cette thse et le dernier auteur de la revue systmatique.
