Codon ambiguities as a mechanism to alter the genetic code in Saccharomyces cerevisiae

Although the genetic code is generally viewed as immutable, alterations to its standard form occur in the three domains of life. A remarkable alteration to the standard genetic code occurs in many fungi of the Saccharomycotina CTG clade where the Leucine CUG codon has been reassigned to Serine by a novel transfer RNA (Ser-tRNACAG). The host laboratory made a major breakthrough by reversing this atypical genetic code alteration in the human pathogen Candida albicans using a combination of tRNA engineering, gene recombination and forced evolution. These results raised the hypothesis that synthetic codon ambiguities combined with experimental evolution may release codons from their frozen state. In this thesis we tested this hypothesis using S. cerevisiae as a model system. We generated ambiguity at specific codons in a two-step approach, involving deletion of tRNA genes followed by expression of non-cognate tRNAs that are able to compensate the deleted tRNA. Driven by the notion that rare codons are more susceptible to reassignment than those that are frequently used, we used two deletion strains where there is no cognate tRNA to decode the rare CUC-Leu codon and AGG-Arg codon. We exploited the vulnerability of the latter by engineering mutant tRNAs that misincorporate Ser at these sites. These recombinant strains were evolved over time using experimental evolution. Although there was a strong negative impact on the growth rate of strains expressing mutant tRNAs at high level, such expression at low level had little effect on cell fitness. We found that not only codon ambiguity, but also destabilization of the endogenous tRNA pool has a strong negative impact in growth rate. After evolution, strains expressing the mutant tRNA at high level recovered significantly in several growth parameters, showing that these strains adapt and exhibit higher tolerance to codon ambiguity. A fluorescent reporter system allowing the monitoring of Ser misincorporation showed that serine was indeed incorporated and possibly codon reassignment was achieved. Beside the overall negative consequences of codon ambiguity, we demonstrated that codons that tolerate the loss of their cognate tRNA can also tolerate high Ser misincorporation. This raises the hypothesis that these codons can be reassigned to standard and eventually to new amino acids for the production of proteins with novel properties, contributing to the field of synthetic biology and biotechnology.

Characterisation of physiological conditions and evaluation of well-being in two species of bivalve molluscs (Ruditapes philippinarum and Chamelea gallina) intensively exploited in coastal and lagoon areas of the Northern Adriatic Sea (Italy)

Tese de Doutoramento, Ecologia, Especialidade de Ecofisiologia, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Universidade do Algarve, 2007

Biocaumulação de alumínio em rebentos micropropagados de Plantago sp.

Dissertação de Mestrado, Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2009

Salt removing species

Dissertação de Mestrado, Gestão da Água e da Costa, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2007

Requisitos de ácido araquidónico em microdietas para larvas de dourada (Sparus aurata, L., 1758)

Dissertação mest., Aquacultura e Pescas, Universidade do Algarve, 2009

Estudo do efeito de contaminantes na espécie sentinela, a amêijoa Ruditapes decussatus, por intermédio da análise da expressão proteica: aplicação à monitorização do meio marinho

Tese dout., Ciências e Tecnologias do Ambiente, 2009, Universidade do Algarve

Caracterização fisiológica e nutritiva da clorose férrica em citrinos

Tese dout., Ciências Agrárias, Produção Vegetal, Unidade de Ciências e Tecnologias Agrárias, Universidade do Algarve, 2000

Caracterização fisiológica e nutritiva da clorose férrica em citrinos: avaliação dos mecanismos de resistência aos efeitos do HCO3

Tese de dout., Ciências Agrárias, Unidade de Ciências e Tecnologias Agrárias (Produção Vegetal), Univ. do Algarve, 2000

Potencial de utilização de Cistus ladanifer L. na vegetalização de áreas mineiras

Dissertação de mest., Gestão e Conservação da Natureza, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2007

Growth conditions, omega - 3 fatty acid concentrations and gene expression of fatty acid desaturases in Portulaca oleracea leaves

Tese de dout., Ciências Biotecnológicas (Biotecnologia Vegetal), Univ. do Algarve, 2009

Discriminação social e emprego, um estudo empírico

A compreensão e análise da diferenciação social tem sido desde há muito estudada pela Psicologia Social, tanto ao nível subjectivo, como ao nível de comportamentos claramente discriminatórios ou mesmo hostis entre diferentes grupos sociais. A sociedade, hoje, valoriza mais comportamentos de tolerância e flexibilidade, não sendo socialmente desejável manifestar atitudes preconceituosas face a grupos minoritários, contudo, estas continuam a existir ao nível latente. Constata-se que, para além da precarização do emprego, existem pessoas que encontram maiores dificuldades em ser admitidas nas empresas, como, por exemplo, pessoas com deficiência, ex-toxicodependentes, ex-presidiários, desempregados de longa duração e mesmo os jovens à procura do primeiro emprego. Estes grupos de pessoas têm sido apoiados pelo Estado, através do Instituto de Emprego e Formação Profissional para aceder à formação profissional e ao emprego. Compreende-se que o empresário se centre essencialmente na produtividade e não queira correr riscos, evitando a integração de pessoas tidas como “problemáticas”. Por outro lado, esta realidade pode encobrir atitudes de discriminação e preconceito relativamente a alguns grupos sociais. Este artigo reflecte esta problemática e evidencia as atitudes dos empresários de PME´S no Algarve, face à admissão de pessoas na sua empresa e à admissão nas empresas em geral. Verificámos, assim, que os grupos sociais a que as pessoas pertencem determinam, de algum modo, o seu acesso ao emprego.

As atitudes dos empresários face a pessoas com deficiência

As pessoas com deficiência de acordo com o Secretariado Nacional de Reabilitação (1996) apresentam um índice de desemprego de 51% e possuem um nível de habilitação mais baixo do que a população nacional. Estes números, que são preocupantes, podem por outro lado reflectir uma discriminação social em relação a estas pessoas. A nossa sociedade aparenta hoje uma maior tolerância e flexibilidade ao nível dos valores, não sendo “politicamente correcto” manifestar atitudes de rejeição face a grupos minoritários. Brown (1996) refere que, actualmente, as atitudes preconceituosas não se manifestam do mesmo modo que há alguns anos, contudo, ao nível latente, estas continuam a existir. A presente comunicação baseada num estudo empírico realizado, através de questionário, pretende reflectir sobra a atitude dos empresários de PME´S face a esta realidade. Pretendemos conhecer as atitudes dos empresários, de diferentes sexo, idade, nível habilitacional e de vários sectores de actividade, face à aceitação de pessoas deficientes. Os resultados diferenciam as atitudes dos empresários consoante este se refira à sua empresa ou às empresas dos outros. Verificámos, também, que a formação profissional faz a diferença, bem como o sector de actividade, o nível habilitacional e a idade.

Estudo da aplicação de um sistema frigorífico de absorção movido a energia solar na Ilha do Príncipe

Dissertação de mest., Energias Renováveis e Gestão de Energia (Tecnológica), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2012

Listeria monocytogenes em condições de simulação do sistema gastrointestinal e a infecção no modelo de Galleria mellonella

Dissertação de mest., Biologia Molecular e Microbiana, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011

Avaliação da qualidade da água das ribeiras Odelouca, Odeleite e Foupana (Algarve, Portugal): uso de macroinvertebrados bentónicos como bioindicadores

São várias as perturbações antropogénicas que afectam os rios e as ribeiras em Portugal, razão pela qual é urgente a implementação de medidas que visem a sua protecção. Neste contexto, foi criada em 2000 a directiva quadro da água (DQA) que visa atingir o bom estado das massas de água até 2015. Este trabalho teve como objectivos: contribuir para o conhecimento da comunidade de macroinvertebrados nas ribeiras do Algarve; verificar a existência de diferenças na comunidade de macroinvertebrados entre ribeiras e em função dos habitats; comparar duas metodologias (INAG e “Habitats”) de amostragem para avaliação da qualidade ecológica da água; avaliar o estado ecológico (através de índices bióticos: IBMWP and IPtIs) das ribeiras de Odelouca, Foupana e Odeleite utilizando para este fim os macroinvertebrados. Estes índices são baseados no grau de tolerância à poluição e abundância de cada família. Os macroinvertebrados bentónicos (bioindicadores) foram recolhidos com uma rede de arrasto manual (malha 500μm), sendo o esforço de amostragem de 6 arrastos/ponto. Não se encontraram diferenças em termos de índices ecológicos e da estrutura da comunidade de macroinvertebrados (ao nível das famílias) quer entre ribeiras como entre habitats. A análise da estrutura da comunidade não diferiu para ambas as metodologias testadas, sugerindo que na metodologia INAG não existe perda de informação relacionada com a insuficiência de amostragens em determinados habitats. No entanto, verifica-se uma tendência para valores dos índices bióticos apresentarem sempre valores iguais ou superiores no caso da metodologia “Habitats. Os valores dos índices de qualidade da água permitiram classificar na generalidade a qualidade da água nas ribeiras em estudo como boa. A informação relativa aos índices bióticos deve ser complementadas com análises físico-químicas, ou com métodos como o River Habitat Survey (RHS), que permite determinar o índice “Habitat Quality Assessment” (HQA), que expressa as características naturais nos rios importantes para os organismos (número de zonas de corrente rápida, árvores), e “Habitat Modification Score” (HMS), que quantifica as alterações ocorridas nas ribeiras (ocupação do solo em torno dos rios: agricultura, pontes).