Pseudo-messenger RNA: Phantoms of the transcriptome

The mammalian transcriptome harbours shadowy entities that resist classification and analysis. In analogy with pseudogenes, we define pseudo-messenger RNA to be RNA molecules that resemble protein- coding mRNA, but cannot encode full-length proteins owing to disruptions of the reading frame. Using a rigorous computational pipeline, which rules out sequencing errors, we identify 10,679 pseudo - messenger RNAs ( approximately half of which are transposonassociated) among the 102,801 FANTOM3 mouse cDNAs: just over 10% of the FANTOM3 transcriptome. These comprise not only transcribed pseudogenes, but also disrupted splice variants of otherwise protein- coding genes. Some may encode truncated proteins, only a minority of which appear subject to nonsense- mediated decay. The presence of an excess of transcripts whose only disruptions are opal stop codons suggests that there are more selenoproteins than currently estimated. We also describe compensatory frameshifts, where a segment of the gene has changed frame but remains translatable. In summary, we survey a large class of non- standard but potentially functional transcripts that are likely to encode genetic information and effect biological processes in novel ways. Many of these transcripts do not correspond cleanly to any identifiable object in the genome, implying fundamental limits to the goal of annotating all functional elements at the genome sequence level.

XPS study of the major minerals in bauxite: Gibbsite, bayerite and (pseudo-)boehmite

Synthetic corundum (Al2O3), gibbsite (Al(OH)(3)), bayerite (Al(OH)(3)), boehmite (AlO(OH)) and pseudoboehmite (AlO(OH)) have been studied by high resolution XPS. The chemical compositions based on the XPS survey scans were in good agreement with the expected composition. High resolution A12p scans showed no significant changes in binding energy, with all values between 73.9 and 74.4 eV. Only bayerite showed two transitions, associated with the presence of amorphous material in the sample. More information about the chemical and crystallographic environment was obtained from the 0 Is high resolution spectra. Here a clear distinction could be made between oxygen in the crystal structure, hydroxyl groups and adsorbed water. Oxygen in the crystal structure was characterised by a binding energy of about 530.6 eV in all minerals. Hydroxyl groups, present either in the crystal structure or on the surface, exhibited binding energies around 531.9 eV, while water on the surface showed binding energies around 533.0 eV. A distinction could be made between boehmite and pseudoboehmite based on the slightly lower ratio of oxygen to hydroxyl groups and water in pseudoboehmite. (c) 2005 Elsevier Inc. All rights reserved.

ENTRE NÚMEROS E PALAVRAS: DIFERENÇAS QUE COLIDEM NO FRACASSO ESCOLAR

Esta dissertação - Entre números e palavras: diferenças que colidem no fracasso escolar - procura observar, inicialmente, as diretrizes curriculares e os sistemas avaliativos, com ênfase sobre o Currículo Oficial, instituído em 2008, e o Sistema de Avaliação do Rendimento Escolar (SARESP) do Estado de São Paulo, para, posteriormente, buscar compreender as relações que se estabelecem quando observados pelo discurso dos professores, que em sala de aula são o ponto de contato entre o currículo e os alunos. Para tanto, além da análise dos documentos curriculares e dos sistemas de avaliação oficiais, referendamo-nos em pressupostos teóricos relacionados ao campo curricular, tendo como principal viés os conceitos de Capital Cultural e Habitus desenvolvidos por Pierre Bourdieu. A partir destas discussões e conceitos se organizam as entrevistas realizadas com professores de Língua Portuguesa do 9º ano do ensino fundamental da rede pública do Estado de São Paulo, em que buscamos problematizar o Currículo Oficial, as metas e resultados de desempenho estabelecidos pelo SARESP, as relações de poder e ideologia presentes nas diretrizes curriculares no encontro com o Capital Cultual dos alunos. Deste modo, este estudo observa um amplo conjunto de práticas que mobilizam as ações educativas, com reflexos sobre o funcionamento da escola, bem como sobre os professores e os alunos; bem como, problematiza a constituição de diretrizes curriculares, o estabelecimento de currículos oficiais e sua unicidade, os resultados advindos das avaliações sistêmicas, as relações de poder e ideologias que atravessam os documentos oficiais e sua influência sobre a formação escolar dos alunos.

BALAÃO – O QUE OUVE AS PALAVRAS DE EL, TEM O CONHECIMENTO DE ELYON E VÊ A VISÃO DE SHADDAI: UM ESTUDO DE NÚMEROS 22-24

A presente pesquisa busca avaliar exegeticamente o texto que se encontra na Bíblia, especificamente no livro de Números capítulos 22-24 que relata sobre um personagem conhecido como Balaão. A pesquisa tem também como objeto o estudo sobre o panteão de divindades relatado no mesmo texto, assim como também o estudo dos textos descobertos em Deir Alla, na Jordânia, que apresentam um personagem designado como Balaão, possivelmente o mesmo personagem de Nm 22-24. A motivação que levou ao desenvolvimento dessa pesquisa foi o fato de se ter deparado com os conceitos dos diversos nomes divinos exibidos no texto, além da questão do profetismo fora de Israel, assim como as possibilidades hermenêuticas que se abrem para a leitura desse texto bíblico. O conceito geral sempre foi o de que Israel era a única nação onde existiam “verdadeiros” profetas e uma adoração a um único Deus, o “monoteísmo”. O que despertou interesse foi perceber, especialmente por meio da leitura dos livros bíblicos, que o profetismo não se restringiu somente a Israel. Ele antecede à formação do antigo Israel e já existia no âmbito das terras do antigo Oriente Médio, e que Israel ainda demorou muito tempo para ser monoteísta. Quem é esse Balaão, filho de Beor? Estudaremos sobre sua pessoa e sua missão. Examinaremos os textos de Deir Alla sobre Balaão e sua natureza de personagem mediador entre o divino e o humano. Esse personagem é apresentado como um grande profeta e que era famoso como intérprete de presságios divinos. Analisaremos a importante questão sobre o panteão de deuses que são apresentados na narrativa de Balaão nomeados como: El, Elyon Elohim e Shaddai, além de Yahweh. Entendemos, a princípio, que o texto possui uma conexão com a sociedade na qual foi criado e usando da metodologia exegética, faremos uma análise da narrativa em questão, buscando compreender o sentido do texto, dentro de seu cenário histórico e social. Cenário este, que nos apresentou esse profeta, não israelita, que profere bênçãos dos deuses sobre Israel e que, além disso, pronuncia maldições sobre os inimigos desse mesmo Israel. Percebemos que, parte do texto pesquisado é apresentado sob a ótica de Israel sobre as outras nações. A pesquisa defende, portanto, que o texto de Nm 22-24, além de nos apresentar um profeta fora de Israel igual aos profetas da Bíblia, defende que, o panteão de divindades também era adorado por Israel e que tais nomes são epítetos de uma mesma divindade, no caso YHWH. Defende, também, um delineamento de um projeto de domínio político e militar de Israel sobre as nações circunvizinhas.

A comparison of pseudo-paper and paper prototyping methods for mobile evaluations

The research presented in this paper is part of an ongoing investigation into how best to support meaningful lab-based usability evaluations of mobile technologies. In particular, we report on a comparative study of (a) a standard paper prototype of a mobile application used to perform an early-phase seated (static) usability evaluation, and (b) a pseudo-paper prototype created from the paper prototype used to perform an early-phase,contextually-relevant, mobile usability evaluation. We draw some initial conclusions regarding whether it is worth the added effort of conducting a usability evaluation of a pseudo-paper prototype in a contextually-relevant setting during early-phase user interface development.

Real teams or pseudo teams? The changing landscape needs a better map

Commentary on focal article by Tannenbaum et al., Teams are changing: Are research and practice evolving fast enough?

A comparison of pseudo-paper and paper prototyping methods for mobile evaluations

The research presented in this paper is part of an ongoing investigation into how best to support meaningful lab-based usability evaluations of mobile technologies. In particular, we report on a comparative study of (a) a standard paper prototype of a mobile application used to perform an early-phase seated (static) usability evaluation, and (b) a pseudo-paper prototype created from the paper prototype used to perform an early-phase,contextually-relevant, mobile usability evaluation. We draw some initial conclusions regarding whether it is worth the added effort of conducting a usability evaluation of a pseudo-paper prototype in a contextually-relevant setting during early-phase user interface development.

Continuity of Pseudo-differential Operators on Bessel And Besov Spaces

We study the continuity of pseudo-differential operators on Bessel potential spaces Hs|p (Rn ), and on the corresponding Besov spaces B^(s,q)p (R ^n). The modulus of continuity ω we use is assumed to satisfy j≥0, ∑ [ω(2−j )Ω(2j )]2 < ∞ where Ω is a suitable positive function.

Identification of DNA-binding proteins by incorporating evolutionary information into pseudo amino acid composition via the top-n-gram approach

DNA-binding proteins are crucial for various cellular processes and hence have become an important target for both basic research and drug development. With the avalanche of protein sequences generated in the postgenomic age, it is highly desired to establish an automated method for rapidly and accurately identifying DNA-binding proteins based on their sequence information alone. Owing to the fact that all biological species have developed beginning from a very limited number of ancestral species, it is important to take into account the evolutionary information in developing such a high-throughput tool. In view of this, a new predictor was proposed by incorporating the evolutionary information into the general form of pseudo amino acid composition via the top-n-gram approach. It was observed by comparing the new predictor with the existing methods via both jackknife test and independent data-set test that the new predictor outperformed its counterparts. It is anticipated that the new predictor may become a useful vehicle for identifying DNA-binding proteins. It has not escaped our notice that the novel approach to extract evolutionary information into the formulation of statistical samples can be used to identify many other protein attributes as well.

Fractional Derivatives and Fractional Powers as Tools in Understanding Wentzell Boundary Value Problems for Pseudo-Differential Operators Generating Markov Processes

Mathematics Subject Classification: 26A33, 31C25, 35S99, 47D07.