Binding site size limitations of imidazole-pyrrole polyamides for recognition in the minor groove of DNA

The discovery that the three ring polyamide Im-Py-Py-Dp containing imidazole (Im) and pyrrole (Py) carboxamides binds the DNA sequence 5'-(A,T)G(A,T)C(A,T)-3' as an antiparallel dimer offers a new model for the design of ligands for specific recognition of sequences in the minor groove containing both G,C and A,T base pairs. In Chapter 2, experiments are described in which the sequential addition of five N- methylpyrrolecarboxamides to the imidazole-pyrrole polyamide Im-Py-Py-Dp affords a series of six homologous polyamides, Im-(Py)_2-7-Dp, that differ in the size of their binding site, apparent first order binding affinity, and sequence specificity. These results demonstrate that DNA sequences up to nine base pairs in length can be specifically recognized by imidazole-pyrrole polyamides containing three to seven rings by 2:1 polyamide-DNA complex formation in the minor groove. Recognition of a nine base pair site defines the new lower limit of the binding site size that can be recognized by polyamides containing exclusively imidazole and pyrrolecarboxamides. The results of this study should provide useful guidelines for the design of new polyamides that bind longer DNA sites with enhanced affinity and specificity.

In Chapter 3 the design and synthesis of the hairpin polyamide Im-Py-Im-Py-γ-Im- Py-Im-Py-Dp is described. Quantitative DNase I footprint titration experiments reveal that Im-Py-Im-Py-γ-Im-Py-Im-Py-Dp binds six base pair 5'-(A,T)GCGC(A,T)-3' sequences with 30-fold higher affinity than the unlinked polyamide Im-Py-Im-Py-Dp. The hairpin polyamide does not discriminate between A•T and T•A at the first and sixth positions of the binding site as three sites 5'-TGCGCT-3', 5'-TGCGCA-3', and 5 'AGCGCT- 3' are bound with similar affinity. However, Im-Py-Im-Py-γ-Im-Py-Im-PyDp is specific for and discriminates between G•C and C•G base pairs in the 5'-GCGC-3' core as evidenced by lower affinities for the mismatched sites 5'-AACGCA-3', 5'- TGCGTT-3', 5'-TGCGGT-3', and 5'-ACCGCT-3'.

In Chapter 4, experiments are described in which a kinetically stable hexa-aza Schiff base La³⁺ complex is covalently attached to a Tat(49-72) peptide which has been shown to bind the HIV-1 TAR RNA sequence. Although these metallo-peptides cleave TAR site-specifically in the hexanucleotide loop to afford products consistent with hydrolysis, a series of control experiments suggests that the observed cleavage is not caused by a sequence-specifically bound Tat(49-72)-La(L)³⁺ peptide.

1976 step in the Pacific climate: forty environmental changes between 1968-1975 and 1977-1984

Examination of 40 time series of multidisciplinary environmental variables from the Pacific Ocean and the Americas, collected in 1968 to 1984, demonstrated the remarkable consistency of a major climate-related, step-like change in 1976. To combine the 40 variables (e.g., air and water temperatures, Southern Oscillation, chlorophyll, geese, salmon, crabs, glaciers, atmospheric dust, coral, carbon dioxide, winds, ice cover, Bering Strait transport) into a single time series, standard variants of individual annual values (subtracting the mean and dividing by a standard deviation) were averaged. Analysis of the resulting time series showed that the single step in 1976, separating the 1968-1975 period from the 1977-1984 period, accounted for 89% of variance within the composite time series. Apparently, one of the Earth's large ecosystems occasionally undergoes large abrupt shifts.

Assessing the quality of water quality assessments: An analytical quality control protocol for benthic diatoms

In this paper, the background to the development of an analytical quality control procedure for the Trophic Diatom Index (TDI) is explained, highlighting some of the statistical and taxonomic problems encountered, and going on to demonstrate how the system works in practice. Most diatom-based pollution indices, including the TDI, use changes in the relative proportions of different taxa to indicate changing environmental conditions. The techniques involved are therefore much simpler than those involved in many studies of phytoplankton, for example, where absolute numbers are required.

High-resolution automatic water quality monitoring systems applied to catchment and reservoir monitoring

Automatic recording instruments provide the ideal means of recording the responses of rivers, lakes and reservoirs to short-term changes in the weather. As part of the project ‘Using Automatic Monitoring and Dynamic Modelling for the Active Management of Lakes and Reservoirs', a family of three automatic monitoring stations were designed by engineers at the Centre for Ecology and Hydrology in Windermere to monitor such responses. In this article, the authors describe this instrument network in some detail and present case studies that illustrate the value of high resolution automatic monitoring in both catchment and reservoir applications.

Caracterização espaço-temporal de plumas de sedimentos por sensoriamento remoto: um estudo de caso na foz do rio Paraíba do Sul.

Sedimentos em suspensão representam um dos principais fatores que afetam a qualidade dos sistemas aquáticos no mundo; influenciam os processos geomórficos de construção da paisagem e podem indicar problemas de erosão e perda de solo na bacia hidrográfica contribuinte. O seu monitoramento espacial e temporal é fundamental nas atividades de gestão ambiental de áreas costeiras. Nesse sentido, a hipótese básica desta pesquisa é que o padrão espacial e temporal de plumas de sedimentos costeiras associado ao regime hidrológico do rio pode ser caracterizado a partir de imagens orbitais de média resolução espacial. Para comprová-la, elegeu-se a foz do rio Paraíba do Sul como área de estudo para definição e teste metodológico, e formulou-se como principal objetivo mapear qualitativamente a pluma costeira deste rio a partir de imagens Landsat 5 e CBERS-2, ao longo do período compreendido entre 1985 e 2007. As datas avaliadas foram criteriosamente definidas através de três estratégias de análise, totalizando cinqüenta imagens. Pesquisa bibliográfica e avaliação da resposta espectral da feição de interesse nas imagens selecionadas consistiram nas etapas principais da definição da metodologia. As plumas foram então identificadas, mapeadas e extraídas; posteriormente, suas características espaciais e temporais foram analisadas por intermédio de sistemas de informação geográfica e avaliadas em conjunto com dados históricos de vazão. Os resultados indicam que a banda do vermelho forneceu uma melhor discriminação interna da pluma, sendo, portanto, utilizada como base para as análises realizadas neste trabalho. Com exceção do procedimento de correção atmosférica, a metodologia proposta consiste na utilização de técnicas simples de processamento digital de imagens, baseadas na integração de técnicas semi-automáticas e de análise visual. A avaliação do padrão dos sedimentos e dos mapas temáticos qualitativos de concentração de sedimentos em suspensão indica a forte diferenciação existente entre cenários representativos de épocas de cheia e seca do rio. Análises espaciais do comportamento da pluma contribuem ainda para um maior conhecimento do espaço geográfico, fornecendo subsídios aos mais variados setores do planejamento e gestão ambiental.

Tastes and odours in potable water:perception versus reality

Tastes and odours are amongst the few water quality standards immediately apparent to a consumer and, as a result, account for most consumer complaints about water quality. Although taste and odour problems can arise from a great many sources, from an operational point of view they are either ”predictable” or ”unpredictable”. The former - which include problems related to actinomycete and algal growth - have a tendency to occur in certain types of water under certain combinations of conditions, whereas the latter - typically chemical spills - can occur anywhere. Long-term control is one option for predictable problems, although biomanipulation on a large scale has had utile success. Detection and avoidance is a more practicable option for both predictable and unpredictable problems, particularly if the distribution network can be serviced from other sources. Where these are not feasible, then water treatment, typically using activated carbon, is possible. In general there is a reasonable understanding of what compounds cause taste and odour problems, and how to treat these. An efficient taste and odour control programme therefore relies ultimately on good management of existing resources. However, a number of problems lie outside the remit of water supply companies and will require more fundamental regulation of activities in the catchment.

Trânsitos ficcionais: um estudo sobre a experiência da viagem na ficção contemporânea

Este trabalho se propõe a analisar a experiência da viagem no contexto da ficção contemporânea brasileira. Para tanto, serão utilizadas as constantes viagens do protagonista do romance Budapeste, de Chico Buarque, para discutir as questões que serão apresentadas. Com a ajuda do pensamento de estudiosos como Bauman, Augé, Schutz, Maffesoli, Deleuze e Guattari, este estudo seguirá os trânsitos ficcionais e as linhas de fuga do protagonista para discutir sobre o modo como o homem contemporâneo vivencia a experiência da mobilidade

Efeitos do uso de antiinflamatório e do exercício aeróbico sobre a regeneração tecidual e perfil biomecânico do tendão calcâneo de ratos após ruptura completa

Ruptura do tendão calcâneo é uma das lesões tendíneas mais frequentes. Embora a maioria dos trabalhos sugira que o exercício seja benéfico na cicatrização tendínea, não há consenso sobre o efeito do antiinflamatório neste contexto. Trabalhos experimentais tentam reproduzir lesão aguda deste tendão, em diferentes espécies animais. Neste estudo, descrevemos uma técnica de tenotomia completa do tendão calcâneo direito em ratos e, em seguida, avaliamos os efeitos do uso do antiinflamatório e do exercício aeróbico, isoladamente e em combinação, sobre a proliferação celular e o perfil biomecânico do tendão calcâneo, durante o processo de cicatrização após tenotomia. Estudo experimental com 156 ratos machos adultos, da raça Wistar, com idade média de 3 meses e peso médio de 300g. Após anestesia com tiopental e com auxílio da microscopia de luz, foi realizada incisão longitudinal posterior de cinco milímetros, em direção proximal, a partir da tuberosidade posterior do calcâneo da pata direita do rato. Foi feito corte transversal do tendão calcâneo, a sete milímetros da tuberosidade do calcâneo, com preservação do tendão plantar. Utilizamos as técnicas de Hematoxilina e Eosina, Picrosirius-red e Resorcina-fucsina de Weigert para avaliação da cicatrização tendínea e das fibras dos sistemas colágeno e elástico. Após a tenotomia, metade dos animais receberam tenoxicam intramuscular por 7 dias e no 8o dia iniciou-se protocolo de exercício em esteira na metade de cada grupo. Os ratos foram divididos aleatoriamente em 4 grupos de tratamento: A sem antiinflamatório E sem exercício (controle); B com antiinflamatório E com exercício; C sem antiinflamatório E com exercício; D com antiinflamatório E sem exercício. Os animais foram eutanasiados com 1, 2, 4 e 8 semanas após a tenotomia, para avaliação histológica pelo PCNA, e biomecânica através do teste de resistência à tração e da medida do ciclo locomotor. Foram realizados análise de variância, teste de Kruskal-Wallis e o método de Bonferroni, no programa R Project, versão 2.11.1. O tempo cirúrgico médio foi de 1 minuto e 24 segundos, sem complicações observadas até a 8a semana pós-operatória. Observamos proliferação celular e fibrilogênese com duas semanas, e diminuição da celularidade e das fibras elásticas na 8a semana, além de mudanças na organização estrutural do sistema colágeno. Encontramos pico da imunomarcação com PCNA na 2a semana em todos os grupos, exceto no grupo A, cujo pico aconteceu com 1 semana da tenotomia. Evidenciamos resistência à tração significativamente maior (p=0,02) nos ratos submetidos ao exercício, 8 semanas após ruptura. Nos grupos com antiinflamatório, observamos um ciclo locomotor mais estável durante todo o tempo avaliado. Consideramos a técnica cirúrgica experimental de tenotomia completa do tendão calcâneo, realizada com auxílio da microscopia de luz e preservação do tendão plantar, simples, rápida, com sinais de cicatrização tendínea normal e de fácil reprodução em ratos. O exercício aeróbico, iniciado precocemente após tenotomia completa do tendão calcâneo, é significativamente benéfico na sua recuperação biomecânica e o uso combinado com antiinflamatório confere maior estabilidade na marcha, o que pode proteger contra rerruptura tendínea em ratos

Estudo evolutivo da Contabilidade pública no Brasil e as ações do Conselho Federal de Contabilidade diante dos novos rumos da Contabilidade aplicada ao setor público

O objetivo deste trabalho é analisar a evolução da Contabilidade pública no Brasil, com a chegada da família real portuguesa e edição do Alvará Régio, em 1808, até os dias atuais, com a edição das Normas Brasileiras de Contabilidade Técnicas aplicadas ao setor público (NBC TSP) e a convergência, no setor público, das Normas Internacionais de Contabilidade pelo Grupo de estudos da área pública do Conselho Federal de Contabilidade (CFC) com colaboração de entidades públicas e privadas. Por se tratar de um estudo de fatos históricos, optou-se pelo tipo de abordagem qualitativa para alcançar os objetivos desta pesquisa. O método adotado foi a pesquisa bibliográfica, como forma de relatar o estudo histórico da Contabilidade pública e verificar processos do passado, em cada época, e sua influência nos procedimentos contábeis de hoje, facilitando a análise dos fenômenos no ambiente social, entre as condições concomitantes e suas alterações. Os resultados revelam que ações e a união de vários órgãos da administração pública e privada, principalmente do Conselho Federal de Contabilidade, em prol da adoção de um novo padrão na Contabilidade aplicada ao setor público, permitiram enfatizar a Contabilidade como Ciência social, que estuda o patrimônio, compatibilizando as regras contábeis as normas legais.

Anatomia do Lenho de Espécies de Stryphnodendron Mart. (Leguminosae-Mimosoideae)

Os estudos anatômicos do xilema secundário têm contribuído com a botânica sistemática na segregação de grupos taxonômicos. Desta forma, podendo se tornar muito importante na aplicação para identificação de espécies, o que adquire maior conotação em grupos de comprovada importância econômica. O gênero Stryphnodendron apresenta uma ampla distribuição no Brasil e as espécies que o compõem são muito utilizadas com finalidades farmacológicas, no entanto existem espécies que são morfologicamente muito semelhantes neste gênero. Sendo assim, este trabalho teve como objetivos descrever a estrutura anatômica do lenho de sete espécies do gênero Stryphnodendron, identificar os caracteres que poderão ser utilizados na segregação do grupo e verificar se a anatomia do lenho corrobora a proposta de delimitação de S. polyphyllum, feitas no último trabalho de revisão taxonômica do gênero. Foram selecionadas duas espécies paucifolioladas e cinco espécies multifolioladas, o material botânico foi obtido por coleta in situ para as espécies de ocorrência na Mata Atlântica e a partir de coleções de madeira de referência para as espécies de Cerrado e Floresta Amazônica. Foram utilizadas as metodologias usuais para anatomia do lenho e as descrições seguiram em linhas gerais as recomendações a IAWA Committee. Os resultados demonstraram que as espécies apresentam características anatômicas em comum, que podem ser diagnósticas para o gênero Stryphnodendron como: camada de crescimento distinta, raios homogêneos, cristais formando séries cristalíferas no parênquima axial e nas fibras, pontoações ornamentadas e parênquima axial paratraqueal. Os resultados das análises de agrupamento e de componentes principais evidenciaram a segregação das espécies em dois grupos, um com as espécies multifolioladas e outro com espécies paucifolioladas. As espécies paucifolioladas foram segregadas por apresentarem diâmetro tangencial dos vasos superior a 200 μm e parênquima axial difuso em agregados. Os resultados também evidenciaram um conjunto de caracteres que permitiram a individualização das espécies estudadas. As características qualitativas do lenho mais importantes para segregação das espécies em questão foram: tipos de parênquima axial e de demarcação da camada de crescimento; arranjo e agrupamento dos elementos de vasos; presença de fibras gelatinosas, de fibras septadas e de espessamento helicoidal em fibras. As características quantitativas foram: frequência de vasos; comprimento das fibras; número de células na largura dos raios; altura e largura dos raios e diâmetro das pontoações parênquimo-vasculares.

Promoção de Segurança Alimentar e Nutricional na Estratégia Saúde da Família: uma aproximação a partir da escuta de diferentes atores sociais

A garantia de Segurança Alimentar e Nutricional (SAN) remete à necessidade de ações intersetoriais que articulem as dimensões alimentar e nutricional, além da questão contemporânea da sustentabilidade e da perspectiva do direito humano à alimentação adequada. O setor saúde tem funções específicas e importantes que contribuem para o conjunto das políticas de governo voltadas para a garantia da SAN a população. Desta forma, ações promotoras de SAN devem ser desenvolvidas em todos os níveis de atenção do Sistema Único de Saúde, sendo a Atenção Básica à Saúde, por meio da Estratégia Saúde da Família (ESF), um campo privilegiado de implementação dessas ações, uma vez que está configurada como a porta preferencial de entrada dos usuários no sistema de saúde e como o centro norteador da rede de assistência. Este é um estudo exploratório e descritivo de abordagem qualitativa que teve como objetivo conhecer o que profissionais de equipes de saúde da Família, gestores dos âmbitos federal e municipal ligados à ESF, além de representantes de organizações da sociedade civil atuantes no campo da SAN entendem sobre SAN e sobre práticas promotoras de SAN na ESF. A construção das informações ocorreu por meio de entrevistas semi-estruturadas e grupos focais. Os profissionais referiram-se a SAN como a garantia de uma alimentação que atenda às necessidades nutricionais e que seja segura para o consumo, enquanto que entre os representantes da sociedade civil organizada e gestores predominou uma compreensão mais ampla da SAN. Os diferentes atores identificaram a ESF com um espaço promotor de SAN a partir do levantamento de ações já desenvolvidas ou que possam vir a ser desenvolvidas, porém as ações citadas encontram-se majoritariamente ligadas à dimensão nutricional da SAN. Os atores referiram um conjunto de problemas estruturais que desencadeiam dificuldades no cotidiano da organização dos serviços e das práticas dos profissionais e consequentemente na execução de ações promotoras de SAN nessa estratégia. Este trabalho levantou a necessidade de difundir a interdependência entre saúde e SAN entre gestores e profissionais ligados à ESF para que estes possam identificar melhor nas ações dos serviços de saúde elementos promotores da SAN, e desta forma compreender seu papel de agentes promotores de saúde e SAN.

Estudo do polimorfismo Ser49Gly do gene do receptor beta adrenérgico 1 (β-adr 1) na população do estado do Rio de Janeiro, Brasil estratificada por cor da pele e ancestralidade genômica

As doenças cardiovasculares possuem a maior taxa de óbitos no mundo, e notavelmente nos últimos anos as pesquisas genéticas sobre as mesmas estão baseadas em estudos de associação, no qual o gene suspeito que esteja em maior frequência entre os pacientes passa a ser considerado um possível fator causal. Os polimorfismos genéticos que ocorrem no receptor beta-adrenérgico podem resultar em mudanças significativas na função do receptor, podendo acarretar fisiopatologias. Neste trabalho, o objetivo foi estimar a diversidade e a frequência do polimorfismo Ser49Gly do gene do receptor beta-adrenérgico 1 a partir de uma amostra de 188 indivíduos da população do Estado do Rio de Janeiro. As frequências também foram analisadas a partir da estratificação da amostra por critério fenotípico em função do padrão de cor da pele em (negros e não negros) ou ancestralidade genética em (afrodescendente e não afrodescendente), definida através da informação dos marcadores de ancestralidade Indels e SNP de cromossomo Y, para avaliar se os padrões de ancestralidade ou cor da pele são fundamentais para a diferenciação e distanciamento genético. Fragmentos de interesse foram amplificados por PCR (reação de cadeia de polimerase) com primers específicos para o marcador Ser49Gly e as reações de genotipagem foram realizadas com enzimas de restrição Eco0109I. Os valores da heterozigosidade variaram entre 0,25-0,50 e 0,20-0,41 nos grupos estratificados por ancestralidade e cor da pele, respectivamente. No que diz respeito à análise do equilíbrio de Hardy-Weinberg, não houve um desvio significativo na distribuição do marcador nas amostras gerais do Estado do Rio de Janeiro, ou mesmo nas amostras estratificadas. A distribuição dos alelos na amostra dos 188 indivíduos da população geral do Rio de Janeiro (AC_RJ) mostrou uma frequência de 80,30% e 19,70% para o alelo selvagem e mutado Ser49Gly, respectivamente. A comparação das análises sobre a distribuição das frequências alélicas para este marcador mostrou a ocorrência de diferenças significativas na distribuição das frequências alélicas entre negros e não negros e afrodescendentes e não afrodescendentes. A diferença significativa observada entre os negros e afrodescendentes, foi em menor grau de distanciamento. A informação obtida em relação à ancestralidade foi crucial para a obtenção dos dados sobre o aumento da variável mutada do polimorfismo Ser49Gly nas populações negras e afrodescendentes do Estado Rio de Janeiro. Tal evidência, em combinação com estudos clínicos podem contribuir para uma análise pormenorizada do padrão de susceptibilidade à doença em questão, em falhas do mecanismo deste receptor.

Formação do enfermeiro na perspectiva da formação permanente: ambiguidades conceituais e questionamentos políticos

A educação permanente é estruturada e tem um eixo que define e configura demandas educativas no setor saúde, pensando neste processo de trabalho em saúde, e com política de educação trazendo definições hegemônica sendo recomendação como política para o setor saúde através das políticas do MS. O estudo avalia o conceito teórico/prático da operacionalização da política através da especialização em SF como proposta da educação em saúde. Método bibliográfico por existir um consórcio com estas características de formação. Pesquisa subsidiada, por entrevistas, devido a não possibilidade de acesso a documentos informativos sobre educação em saúde através do consórcio do MS. Apesar do consenso construído a partir de documentos oficiais do governo, a compreensão de seu real significado se torna algo divisível a partir da proposta. Este conceito vêem de encontro com a conceituação desta prática aos profissionais de saúde. A organização do trabalho, constrói uma cultura ainda fortemente hierarquizada, legitimando espaços de definição e operação de demandas, ao mesmo tempo que dificulta a criação de práticas mais horizontais que aproximem-se das reais necessidades educacionais pelo processo de trabalho em saúde. Este estudo demonstrou a fragilidade da educação permanente como conceito prático e como proposta das pólitcas públicas de saúde.