Routine libraries for pattern recognition in quasispecies.

The results obtained through biological research usually need to be analyzed using computational tools, since manual analysis becomes unfeasible due to the complexity and size of these results. For instance, the study of quasispecies frequently demands the analysis of several, very lengthy sequences of nucleotides and amino acids. Therefore, bioinformatics tools for the study of quasispecies are constantly being developed due to different problems found by biologists. In the present study, we address the development of a software tool for the evaluation of population diversity in quasispecies. Special attention is paid to the localization of genome regions prone to changes, as well as of possible hot spots.

Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome

Background. From shotgun libraries used for the genomic sequencing of the phytopathogenic bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri (XAC), clones that were representative of the largest possible number of coding sequences (CDSs) were selected to create a DNA microarray platform on glass slides (XACarray). The creation of the XACarray allowed for the establishment of a tool that is capable of providing data for the analysis of global genome expression in this organism. Findings. The inserts from the selected clones were amplified by PCR with the universal oligonucleotide primers M13R and M13F. The obtained products were purified and fixed in duplicate on glass slides specific for use in DNA microarrays. The number of spots on the microarray totaled 6,144 and included 768 positive controls and 624 negative controls per slide. Validation of the platform was performed through hybridization of total DNA probes from XAC labeled with different fluorophores, Cy3 and Cy5. In this validation assay, 86% of all PCR products fixed on the glass slides were confirmed to present a hybridization signal greater than twice the standard deviation of the deviation of the global median signal-to-noise ration. Conclusions. Our validation of the XACArray platform using DNA-DNA hybridization revealed that it can be used to evaluate the expression of 2,365 individual CDSs from all major functional categories, which corresponds to 52.7% of the annotated CDSs of the XAC genome. As a proof of concept, we used this platform in a previously work to verify the absence of genomic regions that could not be detected by sequencing in related strains of Xanthomonas. © 2010 Moreira et al; licensee BioMed Central Ltd.

Screening of genomic libraries

Microsatellites, or simple sequence repeats (SSRs), have proven to be an important molecular marker in plant genetics and breeding research. The main strategies to obtain these markers can be through genomic DNA and from expressed sequence tags (ESTs) from mRNA/cDNA libraries. Genetic studies using microsatellite markers have increased rapidly because they can be highly polymorphic, codominant markers and they show heterozygous conserved sequences. Here, we describe a methodology to obtain microsatellite using the enrichment library of DNA genomic sequences. This method is highly efficient to development microsatellite markers especially in plants that do not have available ESTs or genome databases. This methodology has been used to enrich SSR marker libraries in Citrus spp., an important tool to genotype germplasm, to select zygotic hybrids, and to saturate genetic maps in breeding programs. © Springer Science+Business Media, LLC 2013.

Report on the Workshop on User Education Techniques for Use in Special Libraries

Informe del Taller efectuado para identificar una definicion de educacion del usuario que sea apropiada para las bibliotecas especializadas del Sistema de Informacion del Caribe; para analizar el punto de vista del usuario de los sistemas de informacion; y para revisar algunas tecnicas que permitan el uso de los medios de comunicacion para llegar al usuario.

Gestão do conhecimento em bibliotecas universitárias: análise de experiências no Brasil e em Portugal

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise de instrumentos de avaliação da competência informacional voltados para a educação superior

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A importância da observação da estrutura textual durante a catalogação de assunto de livros científicos em bibliotecas universitárias: uma análise realizada a partir da técnica de Protocolo Verbal

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Movimento estudantil, gestão democrática e autonomia na Universidade

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

A Universidade Aberta a Terceira Idade e as redes de apoio afetivo e social do idoso

Pós-graduação em Educação - FFC

A minha vida seria muito diferente se não fosse a matemática: o sentido e os significados do ensino de matemática em processos de exclusão e de inclusão escolar e social na educação de jovens e adultos

A presente investigação se configura em termos qualitativos de pesquisa como um estudo de caso dos alunos de uma escola estadual integrante do programa especial de Educação de Jovens e Adultos EJA. Tais alunos estavam matriculados na 3 e na 4 etapas do programa, cujo formato curricular corresponde às quatro últimas séries do Ensino Fundamental de 5 a 8 séries, cuja operacionalização concentra conhecimento, espaço e tempo uma vez que cada etapa é desenvolvida em um ano letivo. A escola escolhida se localiza em área geográfica de ocupação cuja comunidade vive na condição de exclusão social, justamente no entorno de duas universidades públicas. Os jovens e adultos originados desse contexto, que estudam nessa escola, vivenciaram uma trajetória escolar marcada por impedimentos de estudar, reprovações e interrupções escolares que os impediram de concluir o Ensino Fundamental. Por essas razões, me propus investigar para conhecer, no âmbito do ensino da Matemática, elementos que contribuem para a (re)inclusão escolar com sucesso desses alunos, bem como elementos que acabam por incidir na sua (re)exclusão escolar, um fenômeno que retroalimenta o processo inevitável de exclusão social desses alunos. Para tanto, assumi a construção de uma trama narrativa relativa ao contexto dessa escola, envolvendo e interagindo dialogicamente os seus sujeitos nesta pesquisa, quais sejam, alunos, professores e funcionários da escola. Considerei suas historicidades e suas interpretações dos eventos pedagógicos vividos por eles em relação ao ensino de Matemática, objetivando produzir outros sentidos, relações e nexos que respondam ao como e ao por que os elementos de análise destacados contribuem e incidem no processo de inclusão ou exclusão escolar. As análises por mim procedidas possibilitam evidenciar os termos da indiferença escolar e do despreparo docente quer pela desconsideração da história do alunado quer pela visão distorcida de currículo justo e igualdade de oportunidades na comparação com os alunos legalmente ditos vinculados ao ensino regular.

Biografia histórica: a trajetória intelectual de Sérgio Buarque de Holanda entre os anos de 1930 e 1980

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Proposta de formação em serviço como prática de educação continuada para bibliotecários catalogadores da Rede de Bibliotecas da UNESP

Pós-graduação em Ciência da Informação - FFC

Educação superior no período noturno: impacto do entorno educacional no cotidiano do estudante

Pós-graduação em Educação - FFC

Planejamento escolar: um estudo a partir de produções acadêmicas (1961-2005)

Pós-graduação em Educação - FFC

Gestão do conhecimento na educação ambiental: estudo de casos em programas de educação ambiental em universidades brasileiras

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)